이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.3.21. 서울특별시 영등포구 OOO을 본점으로 하고 서울특별시 역세권 청년주택 신축·운용을 사업목적으로 하여 설립된 부동산투자회사로,

2022.8.31. 서울특별시 동작구 OOO 소재 토지 818㎡(이하 “이 건 제①토지”라 한다) 및 그 지상 건축물 920㎡(이하 “이 건 제①건축물”이라 하고, 이 건 제①토지와 합하여 이하 “이 건 제①부동산”이라 한다)에, 2022.10.31. 서울특별시 동작구 OOO 외 1필지 2,015㎡(이하 “이 건 제②토지”라 하고, 이 건 제①토지와 합하여 이하 “이 건 토지”라 한다) 및 그 지상 건축물 4,586㎡(이하 “이 건 제②건축물”이라 하고, 각 이 건 제①건축물과 합하여 이하 “이 건 건축물”, 이 건 제②토지와 합하여 이하 “이 건 제②부동산”이라 하며, 이 건 제①부동산과 이 건 제②부동산을 합하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)에 공공지원민간임대주택[임대주택(432세대 : 공공임대 195세대, SH선매입 17세대, 민간임대 220세대)용 건축물 및 그 부속토지 2,446.875㎡(이하 “임대주택 부속토지”라 하고, 임대주택용 건축물과 합하여 이하 “임대주택”이라 한다)와 근린생활시설용 건축물 및 그 부속토지 386.125㎡(이하 “근린생활시설 부속토지”라 한다)]을 신축하기 위하여 각각 취득한 후,

각각 같은 날 이 건 부동산의 취득이 「지방세특례제한법」제180조의2 제1항에 제1호(이하 “대도시 중과배제규정”이라 한다)에 따른 「부동산투자회사법」 제2조 제1호에 따른 부동산투자회사가 취득하는 부동산으로 보아 그 각각의 취득가액 OOO원과 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제13조 제2항 본문 세율(이하 “중과세율”이라 한다)이 아닌「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목에 따른 세율(이하 “일반세율”이라 한다)을 적용하여 산출한 각각의 취득세 등 OOO원 및 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 이후, 청구법인은 2023.2.16. 이 건 부동산의 취득이 대하여 대도시 중과배제규정 보다 감면율이 큰 「지방세특례제한법」제31조 제1항 제1호(이하 “임대사업자 면제규정”이라 한다)에 따른 임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택을 건축하기 위하여 취득한 것에 해당하여 취득세 등 면제대상에 해당한다고 보아 기 납부한 취득세 등의 일부에 대한 환급을 구하는 사유로 하여 경정청구(이하 “이 건 제①경정청구”라 한다)를 하였으나,

처분청은 2023.2.22. 이 건 건축물 및 근린생활시설 부속토지의 취득에 대하여는 임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택을 건축하기 위하여 취득한 것으로 볼 수 없다고 하여 이를 거부하였고, 이 건 토지 중 근린생활시설 부속토지를 제외한 토지 2,446.875㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여는 기 납부한 취득세 등에서 「지방세특례제한법」제31조 제1항 및 제177조의2 제1항(이하 “최소납부세제규정”이라 한다) 적용대상으로 보아 쟁점토지의 과세표준에 중과세율을 적용하여 산출한 취득세의 15%세액을 제외한 나머지 취득세 등을 환급하였다.

다. 이후, 청구법인은 2023.3.31. ① 쟁점토지에 대한 최소납부세제규정을 적용할 때에는 중과세율을 적용하여 산출한 세액이 아닌 일반세율을 적용하여 산출한 취득세액의 15%를 적용(이하 “쟁점①”이라 한다), ② 이 건 건축물 및 근린생활시설 부속토지의 취득에 대하여 임대사업자 면제규정이 적용되지 않는다고 하더라도 대도시 중과배제규정을 적용, ③ 위 ②를 수용할 경우 그에 따른 중과배제세액을「농어촌특별세」상 감면에 해당되지 않아 감면 농어촌특별세(이하 “감면농특세”라 한다) 과세대상에 해당하지 않아 환급(이하 “쟁점②”라 한다), ④ 이 건 토지 중 처분청에 기부채납 할 목적으로 취득한 부분에 대하여는 취득세 비과세를 적용하여야 하므로 이 건 취득세 등의 일부가 환급되어야 한다는 사유로 경정청구(이하 “이 건 제②경정청구”라 한다)를 하였으나, 처분청은 2023.5.9. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.6.9. 이의신청을 하였고, 서울특별시장은 이에 대하여 2023.9.8. 위 다의 ②·④에 대하여는 인용으로, 나머지 신청에 대하여는 기각으로 결정(이하 “이 건 이의신청 결정”이라 한다)을 하였으며, 청구법인은 이에 불복하여 2023.12.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 최소납부세제규정 적용 시 일반세율을 적용하여 산출한 취득세액의 15%만을 부과하여야 한다.

최소납부세제규정에서 취득세 면제규정에도 불구하고 85%에 해당하는 감면율을 적용한다고 하면서 「지방세법」제13조 제1항부터 제4항까지의 세율을 적용하지 아니한 감면율이라고 규정하고 있고,

조세심판원에서도 “공동주택분 토지는 임대사업자 면제규정에 따라 취득세가 면제되는 것이고, 최소납부세액규정에서는 대도시 중과배제규정은 적용을 배제하도록 규정하고 있으므로 최소납부세액을 산정함에 있어서는 중과세율이 아닌 일반세율을 적용하여 산출한 취득세의 100분의 85를 감면하는 것이 타당하다”라고 판단하였다.

따라서 쟁점토지에 대한 최소납부세제 세액의 산출에 있어는 중과세율을 적용한 산출세액이 아닌 일반세율을 적용한 산출세액의 15%를 세액으로 산정하여야 하므로 처분청이 쟁점토지에 대한 최소납부세제 세액을 산출하면서 중과세율을 적용한 후 15%를 그 세액으로 산정한 것은 부당하다.

(2) 이 건 이의신청 결정에 따라 이 건 건축물 및 근린생활시설 부속토지의 취득에 대하여 대도시 중과배제규정이 적용되었다고 하더라도, 그 중과배제세액은 감면농특세 부과대상 감면에 해당되지 않는다.

「지방세특례제한법」 제2조 제6호에서 “지방세 특례”를 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말한다고 정의하고 있고, 「농어촌특별세법」제2조 제1항에서는 “감면”을 「지방세특례제한법」 등에 따라 취득세 등이 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제와 「지방세법」제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용되는 것을 의미한다고 규정하고 있으므로 문언해석상 중과세율 적용배제를 「농어촌특별세법」에 따른 감면의 범위에 포함된다고 볼 수가 없다.

또한, 대도시 중과배제규정은 2014.12.31. 「조세특례제한법」에서 「지방세특례제한법」으로 이관된 것으로, 이관되기 이전 기획재정부(조세지출예산과-190, 2007.3.27.)와 행정안전부(지방세정팀-332, 2007. 1.19.)에서 모두 「지방세특례제한법」제180조의2에 따라서 중과세율 적용배제되는 것은 감면농특세의 과세대상이 아니라고 해석한 바 있다.

처분청이 중과세율 적용배제가 「농어촌특별세법」상 감면에 해당한다고 볼 근거가 없음에도 처분청이 이 건 건축물 및 근린생활시설 부속토지의 취득에 대하여 중과세율 적용배제를 적용하면서 「농어촌특별세법」상 감면에 해당하다고 보고 감면농특세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청(서울특별시장) 의견

(1) 최소납부세제규정 적용 시 일반세율을 적용하여 산출한 취득세액의 15%만을 부과하여야 한다.

최소납부세제규정에서 이 법에 따라 취득세가 면제되는 경우에는 이 법에 따른 취득세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다고 규정하고 있다.

최소납부세제의 입법취지는 정책적 목적에 따라 면제혜택을 부여하더라도 납세능력이 있는 일부에 대해서는 일부 납세의무를 부담하게 하여 지방공공재 사용에 따른 최소한의 비용을 지불해야 할 필요가 있고 성실히 조세를 부담하는 타 납세자와의 조세형평에도 부합하게 하기 위한 것으로, 취득세가 중과세율 적용된 후 면제되는 경우 납부하여야 할 최소납부세액의 산출에 있어 일반세율을 적용하여 산출하도록 규정한 것이다.

또한, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세 요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에도 부합한바, 중과세율을 적용한 산출세액이 아닌 일반세율로 적용한 산출세액의 15%를 최소납부세액으로 하여야 한다고 판단되므로 청구법인의 주장은 타당하다.

(2) 이 건 이의신청 결정에 따라 이 건 건축물 및 근린생활시설 부속토지의 취득에 대하여 대도시 중과배제규정이 적용되었다고 하더라도, 그 중과배제세액은 감면농특세 부과대상 감면에 해당한다.

먼저 관계법령을 살펴보면, 「농어촌특별세법」제2조 제1항 각 호 외 본문에서는 이 법에서 “감면”이란 「조세특례제한법」ㆍ「관세법」ㆍ「지방세법」 또는 「지방세특례제한법」에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록 면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다고 규정하고, 그 제1호에서 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제를 규정하고 있으며, 같은 법 제3조 본문 및 제1호에서는 취득세 등의 감면을 받은 자는 감면농특세를 납부할 의무를 지게 된다고 규정하고 있다.

한편,「지방세특례제한법」제180조의2 제1항 제1호에서「부동산투자회사법」제2조 제1호에 따른 부동산투자회사가가 취득하는 부동산에 대하여는 「지방세법」제13조 제2항의 취득세 중과세 규정을 적용하지 않는다고 규정하고 있다.

청구법인은 「지방세특례제한법」제180조의2 제1항의 중과세 배제는 감면농특세 과세대상인 감면에 해당하지 않는다는 기획재정부장관의 유권해석을 근거로 감면농특세의 환급을 주장하나, 대법원 2023. 3.16. 선고 2022두66125 판결에서 「지방세특례제한법」제2조 제1항 제6호에서 ‘지방세 특례’란 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다)등을 말한다고 규정하고, 같은 법 제4조 제1항, 제182조는 지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액공제를 모두 ‘지방세 감면’으로 통칭하고 있으며, 「지방세특례제한법」제2장에서 ‘감면’이라는 표제 하에 세액감면뿐만 아니라 ‘중과세율 적용 배제’에 관한 규정, ‘특례세율 적용’ 또는 ‘세율의 경감’에 관한 규정도 다수 규정하고 있는바,「지방세특례제한법」제180조의2 제1항의 대도시 중과세배제규정이 ‘제2장 감면’ 항목이 아니라 ‘제4장 보칙’의 항목이라 하더라도 ‘제2장 감면’ 항목에 포함된 대도시 중과세율 적용배제에 관한 규정들과 차이가 없고 중복감면을 금지한 같은 법 제180조 규정의 적용 대상을 ‘제2장 감면’ 항목으로 제한할 이유가 없다고 보아, 「지방세특례제한법」제180조의2 제1항의 중과세율 적용배제를 감면 규정이 아니라고 볼 수 없다고 판시한 바 있다.

처분청이 중과세율 적용배제를 「농어촌특별세법」상 감면에 해당하는 것으로 보아 처분청이 이 건 건축물에 대하여 중과세율 적용배제를 적용하면서 「농어촌특별세법」상 감면에 해당하지 않는 것으로 보고 감면농특세를 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 중과세율을 적용하여 최소납부세액을 산출한 처분의 당부

②「지방세특례제한법」제180조의2 제1항에 따른 중과세율 적용배제가 감면농특세 과세대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2022.3.21. 「부동산투자회사법」 및 기타규정에 따라 회사의 자산을 주택건설사업 등에 해당하는 방법으로 투자·운영하여 그 수익을 주주에게 배당하는 것을 목적으로, 서울특별시 영등포구 OOO을 본점 소재지로 하여 설립된 것으로 확인된다.

(나) 청구법인은 2022.8.31. 및 2022.10.31. 이 건 부동산에 공공지원민간임대주택 신축하기 위하여 각각 취득한 후, 각각 같은 날 이 건 부동산의 취득이 대도시 중과배제규정에 따른 「부동산투자회사법」 제2조 제1호에 따른 부동산투자회사가 취득하는 부동산에 해당한다고 보아 그 각각의 취득가액 OOO원과 OOO원을 과세표준으로 하고, 일반세율이 아닌 중과세율을 적용하여 산출한 각각의 취득세 등 OOO원 및 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

(다) 청구법인은 2022.11.11. 대한주택건설협회장에게 아래와 같이 주택건설사업자등록을 한 것으로 확인된다.

ㅇㅇㅇ

(라) 청구법인은 2023.2.2. 이 건 토지 지상에 민간임대주택 등으로 사용할 공동주택 등을 신축하기 위하여 처분청으로부터 주택건설사업계획을 아래와 같이 승인받은 것으로 확인된다.

ㅇㅇㅇ

(마) 청구법인은 2023.2.14. 서울특별시 영등포구청장으로부터 임대주택을 목적물로하여 임대사업자등록을 받은 것으로 확인된다.

ㅇㅇㅇ

(바) 청구법인은 2023.2.16. 이 건 부동산이 취득에 대하여 대도시 중과배제규정 보다 감면율이 큰 임대사업자 면제규정의 적용대상에도 해당하므로 기 납부한 이 건 취득세 등 일부가 환급되어야 한다는 사유로 하여 이 건 제①경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.2.22. 이에 대하여 이 건 건축물 및 근린생활시설 부속토지의 취득에 대하여는 임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택을 건축하기 위하여 취득한 것으로 볼 수가 없다고 하여 이를 거부하였고, 쟁점토지의 취득에 대하여는 기 납부한 취득세 등에서 「지방세특례제한법」제31조 제1항 및 최소납부세제규정 적용대상으로 보아 쟁점토지의 과세표준에 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 15%세액을 제외한 나머지 취득세 등을 환급하였다.

(사) 청구법인은 2023.3.31. ① 쟁점①, ② 이 건 건축물 및 근린생활시설 부속토지의 취득에 대하여 임대사업자 면제규정이 적용되지 않는다고 하더라도 대도시 중과배제규정을 적용, ③ 쟁점②, ④ 이 건 토지 중 처분청에 기부채납 할 목적으로 취득한 부분에 대하여는 취득세 비과세를 적용하여야 하므로 이 건 취득세 등의 일부가 환급되어야 한다는 사유로 이 건 제②경정청구를 하였으나, 처분청은 2023. 5.9. 이를 거부하였다.

(아) 청구법인은 이에 불복하여 2023.6.9. 이의신청을 하였고, 서울특별시장은 이에 대하여 2023.9.8. 위 (사)의 ②·④에 대하여는 인용으로, 나머지 신청에 대하여는 기각으로 이 건 이의신청 결정을 하였다.

(자) 2011.1.1. 「지방세법」의 전부개정으로 구 취득세와 구 등록세가 현행 취득세로 통합되면서 「지방세법」제15조에 세율의 특례 규정이 신설되었고, 당시 「농어촌특별세법」에서는 “감면”의 범위에 “「지방세법」제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용”이 추가ㆍ신설(제2조 제1항 제3호)되었으며, 그 외 개정사항은 없는 것으로 확인된다.

(차) 최근 확정된 대법원 2023.3.16. 선고 2022두66125 판결에서는 「지방세특례제한법」제180조의2 제1항 제1호 역시 같은 법 제180조에서 “중복감면 배제”하고 있는 “감면규정”에 포함된다고 해석함이 타당하다고 판시한바 있다.

다만, 위 대법원 판결은 부동산의 취득이 「지방세특례제한법」제57조 제3항 제3호에 따른「법인세법」에 따른 현물출자에 따라 취득하는 재산에 대한 취득세 감면규정과 같은 법 제180조의2에 따라 부동산투자회사가 취득하는 부동산에 대한 “대도시 중과배제” 규정이 동시에 적용될 때 같은 법 제180조의 “중복감면 배제” 규정을 적용할 수 있는지 여부에 대해 다툰 사안에서, “대도시 중과배제” 규정도 「지방세특례제한법」상 “감면”에 해당하여 “중복감면 배제” 규정 적용대상이라는 판결로, 이 건의 쟁점과 같이 “대도시 중과배제” 규정의 적용으로 세액이 감소한 경우 「농어촌특별세법」상 감면으로서 감면농특세 과세대상에 해당하는지 여부를 다투었다고 보기는 어렵다.

(카) 「농어촌특별세법」의 소관부처인 기획재정부는 최초 신설 당시부터 “대도시 중과배제”와 같은 형식으로서 “대도시 중과배제” 규정만을 규정한 「지방세특례제한법」제180조의2 제2항의 규정에 대해 감면농특세 과세대상에 해당하지 아니한다고 해석하여 왔고(기획재정부 2007.3.27. 조세지출예산과-190호), “대도시 중과배제” 규정이 2015.1.1. 「조세특례제한법」에서 「지방세특례제한법」으로 이관된 이후에도 감면농특세 과세대상여부에 대하여 종전과 동일한 입장(기획재정부 2022.10.18. 조세특례제도과-710호)인 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

「지방세특례제한법」제31조 제1항에서 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다고 하면서 그 제1호에서 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제177조의2 제1항에서 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다고 규정하고 있다.

처분청은 최소납부세제규정 적용 시 중과세율을 적용하여 산출한 취득세액의 15%를 최소납부세액으로 보아 이 건 제②경정청구를 거부하였으나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히, 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이고,「지방세특례제한법」제177조의2 제1항 본문에서 이 법에 따라 취득세가 면제되는 경우에는 이 법에 따른 취득세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다고 규정하고 있는(조심 2020지3358, 2021.10.18. 결정, 같은 뜻임)바, 처분청이 청구법인의 쟁점토지 취득에 대하여 임대사업자 면제규정을 적용하여 취득세를 면제한 점, 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시 최소납부세액규정에서 대도시 중과세율을 배제하도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인의 쟁점토지 취득에 대하여 최소납부세액을 산출함에 있어서 중과세율이 아닌 일반세율을 적용하여 산출한 세액의 100분의 85에 해당하는 감면율을 적용하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

「지방세특례제한법」제180조의2 제1항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산의 취득에 대해서는 「지방세법」에 따른 취득세를 과세할 때 2024년 12월 31일까지 같은 법 제13조 제2항 본문 및 같은 조 제3항의 세율을 적용하지 아니한다고 하면서 그 제1호에서 「부동산투자회사법」 제2조제1호에 따른 부동산투자회사가 취득하는 부동산이라고 규정하고 있고, 「농어촌특별세법」제2조 제1항에서 이 법에서 “감면”이란 「조세특례제한법」ㆍ「관세법」ㆍ「지방세법」 또는 「지방세특례제한법」에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다고 하면서 그 제1호에서 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제라고, 그 제3호에서 「지방세법」 제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용이라고 규정하고 있다.

처분청은 대도시 중과배제규정이 「농어촌특별세법」제2조 제1항 제1호에서 정하는 ‘세액감면’에 해당한다는 의견이나, 「농어촌특별세법」제2조 제1항에서 「농어촌특별세법」상 과세대상이 되는 “감면”에 대하여 ① 「지방세특례제한법」 등에 따라 취득세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 ② 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제에 해당하거나 「지방세법」제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용에 해당하는 것만을 열거하고 있는바, 위 정의규정에 비추어 볼 때 대도시 중과배제규정이 「농어촌특별세법」상 과세대상인 ‘감면’에 해당하려면 그 규정의 적용으로 취득세가 경감되는 것뿐만 아니라 그 경감의 방식이 세액감면 등 열거된 방식이거나 「지방세법」제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율 적용대상에 해당하여야 할 것인 점, 지방세관계법상 세액감면에 대한 정의가 따로 규정되어 있지 않더라도 세액감면은 통상적으로 과세표준에 세율을 곱하여 세액을 산출한 이후 지방세관계법에 따른 감면규정을 적용하여 그 세액의 일부나 전부를 경감하는 방식을 말한다고 봄이 타당하고, 이와 달리 세액산출 이전에 세율의 적용에 관한 사안인 ‘중과세율 적용배제’가 ‘세액감면’의 범주에 포함된다고 보기는 어려운 점, 「농어촌특별세법」의 개정연혁을 보더라도 「농어촌특별세법」에서 대도시 중과배제규정의 적용에 따른 감소세액을 감면농특세 과세대상 감면으로 본다는 별도의 규정을 두고 있지 아니하므로 그 규정을 그대로 「농어촌특별세법」의 과세대상인 ‘감면’으로 볼 수는 없다고 판단되는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인의 이 건 건축물 및 근린생활시설 부속토지의 취득에 대하여 중과세율 적용배제를 적용하면서 「농어촌특별세법」상 감면에 해당하지 않아 감면농특세 부과대상에 해당하지 않는 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법

제31조(임대주택 등에 대한 감면) ① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택”이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서 “단기민간임대주택”이라 한다)인 경우 또는 같은 법 제5조에 따라 등록한 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 “임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 「지방세법」에 따라 산출한 취득세의 세액(연부로 부동산을 취득하는 경우 매회 세액을 합산한 것을 말하며, 1년 이내에 동일한 소유자로부터 부동산을 취득하는 경우 또는 1년 이내에 연접한 부동산을 취득하는 경우에는 각각의 부동산에 대하여 산출한 취득세의 세액을 합산한 것을 말한다) 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 취득세: 200만원 이하

나. 재산세: 50만원 이하(「지방세법」 제122조에 따른 세 부담의 상한을 적용하기 이전의 산출액을 말한다)

2. 제7조부터 제9조까지, 제13조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제44조 제2항, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항(2020년 12월 31일까지로 한정한다), 제62조, 제63조 제2항ㆍ제4항, 제66조, 제73조, 제74조의2 제1항, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제85조의2 제1항 제4호 및 제92조에 따른 감면

제180조(중복 특례의 배제) 동일한 과세대상의 동일한 세목에 대하여 둘 이상의 지방세 특례 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면되는 세액이 큰 것 하나만을 적용한다. 다만, 제73조, 제74조의2 제1항, 제92조 및 제92조의2와 다른 지방세 특례 규정이 함께 적용되는 경우에는 해당 특례 규정을 모두 적용하되, 제73조, 제74조의2 제1항 및 제92조 간에 중복되는 경우에는 그 중 감면되는 세액이 큰 것 하나만을 적용한다.

제180조의2(지방세 중과세율 적용 배제 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산의 취득에 대해서는 「지방세법」에 따른 취득세를 과세할 때 2024년 12월 31일까지 같은 법 제13조 제2항 본문 및 같은 조 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.

1. 「부동산투자회사법」 제2조제1호에 따른 부동산투자회사가 취득하는 부동산

(2) 농어촌특별세법

제2조(정의) ① 이 법에서 “감면”이란 「조세특례제한법」ㆍ「관세법」ㆍ「지방세법」 또는 「지방세특례제한법」에 따라 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제

2. 「조세특례제한법」 제72조 제1항에 따른 조합법인 등에 대한 법인세 특례세율의 적용 또는 같은 법 제89조 제1항 및 제89조의3에 따른 이자소득ㆍ배당소득에 대한 소득세 특례세율의 적용

3. 「지방세법」 제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용

제5조(과세표준과 세율) ①농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.