이유
1. 처분개요

가. 경기도지사는 2011.12.23. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」(이하 “「산업입지법」”이라 한다) 제7조의4 및 제19조의2에 따라 경기도 김포시 OOO 일대 1,121,000㎡를 AAA 일반산업단지(이하 “이 건 산업단지”라 한다)로 지정하고, 김포도시공사를 이 건 산업단지 개발사업의 시행자로 지정하였으며, 2015.10.5. 이 건 산업단지 개발사업의 시행자를 청구법인으로 변경하여 고시하였다.

나. 처분청은 청구법인이 2023년도 재산세 과세기준일(2023.6.1.) 현재 소유하고 있는 이 건 산업단지 내 토지 955,991.90㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 중 89,382.65㎡에 대하여 「지방세특례제한법」제78조 제1항에 따라 재산세의 100분의 35를 경감하고, 나머지 면적 중 223,795.41㎡는 종합합산과세대상으로, 24,674.13㎡는 별도합산과세대상으로, 618,139.71㎡는 분리과세 대상으로 구분한 후 별도의 감면을 적용하지 아니하여, 2023.9.6. 청구법인에게 재산세 등 합계 OOO원을 부과·고지(이하 “이 건 재산세 등 부과처분”이라 한다)하였다.

다. 청구법인은 2023.11.24. 이에 불복하여 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

(1) 이 건 토지는 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지조성공사에 제공하는 토지에 해당하므로, 그 용도와 관계 없이 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제5호에 따른 재산세 분리과세대상으로 보아야 한다.

「지방세법」제106조 제1항 제3호 사목은 “국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지”를 재산세 분리과세대상으로 본다고 규정하고 있고, 동법 시행령 제102조 제7항 제5호는 “「산업입지법」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 같은 법에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지조성공사에 제공하는 토지”를 분리과세대상으로 정하면서, 가목에서 그 기간이 착공일부터 준공인가일과 토지 공급 완료일 중 빠른 날까지인 것으로 규정하고 있다.

위 각 규정은 ‘산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지조성공사에 제공’될 것을 재산세 분리과세의 요건으로 정하고 있을 뿐, 그 용도가 주택건설용 또는 산업단지용에 해당할 것을 요건으로 하고 있지 않다.

「산업입지법」제2조 제8호에서도 “산업단지”의 범위를 규정하며 산업시설용지 외에도 이와 관련된 교육ㆍ연구ㆍ업무ㆍ지원ㆍ정보처리ㆍ유통 시설 및 이들 시설의 기능 향상을 위하여 주거ㆍ문화ㆍ환경ㆍ공원녹지ㆍ의료ㆍ관광ㆍ체육ㆍ복지 시설 등을 집단적으로 설치하기 위하여 포괄적 계획에 따라 지정ㆍ개발되는 일단(一團)의 토지로서 동법 제7조에 따라 산업단지로 지정된 토지가 이에 포함된다고 규정하고 있으므로,

이 건 토지가 경기도지사의 실시계획인가에 따라 산업단지로 지정되었고, 이 건 산업단지의 개발사업시행자인 청구법인이 해당 토지를 산업단지조성공사에 제공하는 이상, 이 건 토지는 그 용도와 관계 없이 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제5호에 따른 재산세 분리과세대상에 해당한다고 보아야 한다.

(2) 이 건 토지는 「산업입지법」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산으로서 조성공사가 시행되고 있는 토지에 해당하므로, 「지방세특례제한법」제78조 제1항 본문에 따라 재산세가 감면되어야 한다.

「지방세특례제한법」제78조 제1항 본문은 “「산업입지법」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산”으로서 “조성공사가 시행되고 있는 토지”에 대해 재산세의 100분의 35를 경감한다고 규정하고 있다.

청구법인은 이 건 산업단지 개발사업의 시행자로서 해당 산업단지를 조성하기 위해 이 건 토지를 취득하였고 2020.12.29. 해당 토지 전체에 대한 착공신고를 마쳤으므로, 이 건 토지는 2023년도 재산세 과세기준일(2023.6.1.) 현재 조성공사가 시행되고 있는 토지로서 「지방세특례제한법」제78조 제1항 본문에 따른 재산세 감면대상에 해당한다.

산업단지의 경우 사업부지 면적이 커서 사업장 전체 면적에 대해 일시에 물리적 형상 변경을 하는 것이 불가능하고, 착공신고 이후 통상 3년~5년에 걸쳐 순차적으로 그 형상이 바뀌어 가는 바, 처분청의 의견과 같이 물리적 형상 변경이 이루어진 부분만을 재산세 분리과세대상으로 볼 경우 산업단지 조성사업 초기 단계에 있는 산업단지는 모두 재산세 감면이 배제되는 불합리한 결과가 초래된다.

따라서 청구법인이 2023년도 재산세 과세기준일 현재 이 건 토지에 포함되는 부분의 공사를 시작한 사실이 인정되는 이상 해당 토지를 「지방세특례제한법」제78조 제1항 본문에 따른 재산세 감면대상으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 도시개발사업의 시행자가 도시개발사업에 제공하는 토지는 주택건설용 및 산업단지용 토지에 한정하여 재산세 분리과세대상이 되는 것이므로, 이 건 토지 중 위 각 용도에 해당하지 않는 토지는 분리과세대상으로 볼 수 없다.

「지방세법」제106조 제1항 제3호 사목은 “국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지”를 재산세 분리과세 대상으로 본다고 규정하고 있고, 위 조항의 위임을 받은 동법 시행령 제102조 제7항 제4호는 “「도시개발법」 제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)”를 재산세 분리과세 대상으로 구분하고 있다.

산업단지개발사업의 시행자는 「산업입지법」제21조 제1항 제1호에 따라 「도시개발법」제11조에 따른 사업시행자 지정을 받은 것으로 의제되는 바, 청구법인은 이 건 산업단지 개발사업의 시행자로서 「도시개발법」제11조에 따른 도시개발사업의 시행자에 해당하므로 그 도시개발사업에 제공하는 이 건 토지 중 주택건설용 토지와 산업단지용 토지만이 재산세 분리과세 대상에 해당한다고 보아야 한다.

따라서 처분청이 이 건 토지 중 주택건설용 토지 및 산업단지용 토지에 해당하는 부분만을 재산세 분리과세 대상으로 본 이 건 재산세 등 부과처분은 적법하다.

(2) 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득한 토지는 조성공사가 시행되고 있는 부분에 한정하여 재산세를 감면하는 것이므로, 이 건 토지 중 착공되지 않은 토지는 재산세 감면대상으로 볼 수 없다.

「지방세특례제한법」제78조 제1항은 「산업입지법」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산으로서 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서 재산세를 감면한다고 규정하고 있다.

사업지구 내 토지의 사용현황이 서로 다른 경우 각각의 사실상의 현황을 기준으로 과세하는 것이므로(지방세운영과-2110, 2019.7.12. 참조) 각 필지의 사용현황(착공 여부 등)에 따라 과세 대상을 구분하여야 하는 것인 바, 이 건 토지 중 실제 착공이 들어가지 않은 필지의 경우 위 규정에 따른 재산세 감면대상에 해당하지 않는다고 보아야 한다.

따라서 처분청이 이 건 토지 중 착공이 이루어진 부분만을 재산세 감면대상으로 보고, 착공이 되지 않은 채 농지 등으로 그 공시지가가 산정되고 있는 토지 부분은 재산세 감면대상에 해당하지 않는 것으로 본 이 건 재산세 등 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 토지는 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지조성공사에 제공하는 토지에 해당하므로 「지방세법」제106조 제3호에 따른 재산세 분리과세대상 및 「지방세특례제한법」제78조 제1항에 따른 재산세 감면대상으로 보아야 한다는 주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 김포도시공사는 이 건 산업단지의 민간사업자 공모를 통하여 2014.7.31. BBB과 사업협약을 체결하였고, BBB은 2014.12.11. 특수목적법인인 청구법인을 설립하였다.

(나) 경기도지사는 2011.12.23. 「산업입지법」제7조의4 및 제19조의2에 따라 경기도 김포시 OOO 일대 1,121,000㎡를 이 건 산업단지로 지정하고, 김포도시공사를 이 건 산업단지 개발사업의 시행자로 지정하였으며, 2015.10.5. 이 건 산업단지 개발사업의 시행자를 청구법인으로 변경하여 고시하였다.

(다) 청구법인은 2020.12.29. 처분청에 이 건 산업단지 조성공사에 대한 착공신고서를 제출하였다.

(라) 처분청은 2021.1.19. 이 건 산업단지에 대한 공사착공 사항을 아래와 같이 공고하였다.

＜표1＞ 이 건 산업단지 조성공사의 착공 등에 대한 공개

■ 사업면적 : 1,121,000㎡

■ 착공일 : 2020.12.29.

■ 준공예정일 : 2021.12.31.

■ 사업시행자 : 청구법인

(마) 처분청은 토지의 실제 이용 상황을 기준으로 공시지가를 조사하도록 되어 있는 「2023년도 적용 개별공시자가 조사ㆍ산정 지침」에 따라 이 건 토지를 조사한 결과, 이 건 토지의 71.9%가 전·답·과수원 등 농지로 그 공시지가가 산정되어 있어 이 건 산업단지 조성을 위한 착공에 이르지 않은 것으로 보인다는 취지로 아래 공시지가 자료를 제출하였다.

＜표2＞ 이 건 토지의 개별공시지가 자료

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」제106조 제1항 제3호 사목은 “국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지”를 재산세 분리과세 대상으로 본다고 규정하고 있고, 위 조항의 위임을 받은 동법 시행령 제102조 제7항 제5호는 “「산업입지법」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 같은 법에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지조성공사에 제공하는 토지”를 분리과세 대상으로 구분하고 있다.

(나) 청구법인은 이 건 산업단지개발사업의 시행자로서 경기도지사로부터 동법에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 이 건 토지를 산업단지조성공사에 제공하였으므로, 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제5호에 따른 재산세 분리과세 대상에 해당하는 것으로 판단된다.

(다) 처분청은 이 건 토지에 주택건설용 및 산업단지용 토지에 해당하지 않는 토지가 포함되어 있으므로 그와 같은 토지에 대하여는 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호에 따라 재산세 분리과세를 적용할 수 없다는 의견이나, 설령 이 건 토지 중 일부가 위 제4호에 따른 재산세 분리과세 대상에 해당하지 않는다고 하더라도 이 건 토지 전부가 동 조항 제5호의 요건에 부합하는 이상 이를 재산세 분리과세대상으로 보아야 할 것이다.

(라) 한편 「지방세특례제한법」제78조 제1항 본문은 “「산업입지법」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산”으로서 “조성공사가 시행되고 있는 토지”의 경우 재산세의 100분의 35를 경감한다고 규정하고 있다.

(마) 「산업입지법」제2조 제8호 및 제9호의 문언에 비추어 볼 때 산업단지의 “조성공사”란 용지, 도로, 전기ㆍ통신시설, 용수공급시설, 하수ㆍ폐기물처리시설 등을 아우르는 일단의 토지를 조성하는 사업을 통칭하는 것이고, 이러한 사업은 그 특성상 용지조성공사를 시작으로 하여 순차적으로 진행될 수밖에 없는 바,

용지조성공사는 수직적으로 건축물을 쌓아 올리는 건축공사와 달리 수평적으로 일단의 토지를 조성하는 것이어서 착공신고서에 기재된 면적 중 일부분에 대하여 흙깎기나 흙쌓기 등의 작업이 시작된 이상 그 신고에 따른 산업단지조성공사가 시작되었다고 보아야 한다(조심 2022지56, 2024.2.14. 같은 뜻임).

(바) 이 건 토지는 2023년도 재산세 과세기준일(2023.6.1.) 현재 이 건 산업단지 개발사업의 시행자인 청구법인이 이 건 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산으로서 착공신고(2020.12.29.)를 마치고 조성공사가 시행되고 있는 토지에 해당하므로, 「지방세특례제한법」제78조 제1항 본문에 따른 재산세 감면대상에 해당한다.

(사) 따라서 처분청이 이 건 토지 중 일부를 재산세 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상으로 구분하고, 「지방세특례제한법」제78조 제1항 본문에 따른 재산세 감면을 배제하여 청구인에게 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

가. 삭제 ＜2019. 12. 3.＞

나. 삭제 ＜2019. 12. 3.＞

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지

나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야

다. 제13조 제5항에 따른 골프장용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

라. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지

마. 국가 및 지방자치단체 지원을 위한 특정목적 사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

바. 에너지ㆍ자원의 공급 및 방송ㆍ통신ㆍ교통 등의 기반시설용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

아. 그 밖에 지역경제의 발전, 공익성의 정도 등을 고려하여 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

(2) 지방세법 시행령

제102조(분리과세대상 토지의 범위) ⑦ 법 제106조 제1항 제3호 사목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 다만 제9호 및 제11호에 따른 토지 중 취득일로부터 5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 않은 토지는 제외한다.

4. 「도시개발법」 제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)와 종전의 「토지구획정리사업법」(법률 제6252호 토지구획정리사업법폐지법률에 의하여 폐지되기 전의 것을 말한다. 이하 이 호에서 같다)에 따른 토지구획정리사업의 시행자가 그 토지구획정리사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다) 및 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제8조의3에 따른 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구에 대한 개발사업시행자가 그 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다). 다만, 다음 각 목의 기간 동안만 해당한다.

가. 도시개발사업 실시계획을 고시한 날부터 「도시개발법」에 따른 도시개발사업으로 조성된 토지가 공급 완료(매수자의 취득일을 말한다)되거나 같은 법 제51조에 따른 공사 완료 공고가 날 때까지

나. 토지구획정리사업의 시행인가를 받은 날 또는 사업계획의 공고일(토지구획정리사업의 시행자가 국가인 경우로 한정한다)부터 종전의 「토지구획정리사업법」에 따른 토지구획정리사업으로 조성된 토지가 공급 완료(매수자의 취득일을 말한다)되거나 같은 법 제61조에 따른 공사 완료 공고가 날 때까지

다. 경제자유구역개발사업 실시계획 승인을 고시한 날부터 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 따른 경제자유구역개발사업으로 조성된 토지가 공급 완료(매수자의 취득일을 말한다)되거나 같은 법 제14조에 따른 준공검사를 받을 때까지

5. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 같은 법에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지조성공사에 제공하는 토지. 다만, 다음 각 목의 기간으로 한정한다.

가. 사업시행자가 직접 사용하거나 산업단지조성공사 준공인가 전에 분양ㆍ임대 계약이 체결된 경우: 산업단지조성공사 착공일부터 다음의 날 중 빠른 날까지

1) 준공인가일

2) 토지 공급 완료일(매수자의 취득일, 임대차 개시일 또는 건축공사 착공일 등 해당 용지를 사실상 사용하는 날을 말한다. 이하 이 호에서 같다)

나. 산업단지조성공사 준공인가 후에도 분양ㆍ임대 계약이 체결되지 않은 경우: 산업단지조성공사 착공일부터 다음의 날 중 빠른 날까지

1) 준공인가일 후 5년이 경과한 날

2) 토지 공급 완료일

(3) 지방세특례제한법

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2025년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

2. 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 토지의 취득일(「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제19조의2에 따른 실시계획의 승인 고시 이전에 취득한 경우에는 실시계획 승인 고시일)부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 재산세를 추징한다.