이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020사업연도(이하 “쟁점사업연도”라 한다) 대한 법인세를 2021.5.31. 관할 세무서장에게 신고하였으나, 법인지방소득세는 청구법인의 담당자 과실로 법정신고기한(2021.6.30.)내에 신고하지 아니하였고, 2022.8.8. 2020사업연도에 수취한 이자소득 OOO원(이하 “쟁점이자소득”이라 한다)을 과세표준에 포함하고, 쟁점이자소득에 대해 기납부한 법인지방소득세(특별징수분) OOO원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 차가감세액으로 하여 기한 후 신고하였다.

나. 청구법인은 쟁점세액을 환급하여 달라며 2024.1.5. 처분청에 경정청구하였으나, 처분청은 2024.2.29. 경정할 이유가 없다는 취지로 청구법인에 거부하는 통지(이하 “이 건 거부처분”이라 한다)를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.4.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점사업연도에 대한 법인세를 2021.5.31. 신고하였으나, 법인지방소득세는 신고기한(2021.6.30.)까지 신고를 누락하였는데 이는 청구법인 담당자의 단순 과실에 따른 신고 누락임이 명확한바, 과세표준 신고를 하지 아니하는 것으로 결정한 것이 아니므로 이 건 거부처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면, 청구법인은 「법인세법」 제60조에 따른 신고의무가 있는 내국법인임에도, 각 사업연도의 종료일(2021.2.28.)이 속하는 달의 말일부터 4개월 이내(2021.6.30.)에 그 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 신고하지 않았다.

이는 비영리내국법인인 청구법인이 비영리법인에 대한 과세특례규정(제103조의32 제1항)에 따라 쟁점사업연도 기간 내 특별징수된 이자소득에 대하여 과세표준 신고를 하지 아니한 것으로 보아야 하는바, 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 「지방세법」 제103조의19에 따라 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함할 수 없다 할 것이고(제103조의32 제1항 후단), 비록 청구법인의 주장처럼 직원의 단순 실수라 하더라도 신고하지 않은 것이 당사자 사이에 다툼이 없는 이상 달리 볼 것은 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

비영리내국법인이 법인지방소득세 과세표준 신고기한까지 신고하지 아니한 원천징수된 이자소득을 기한 후 신고에 의하여 과세표준에 포함하고 환급신청할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 교육사업을 목적사업으로 영위하는 비영리법인으로, 수익사업에서 발생한 소득에 대한 2020사업연도(2020.3.1.∼2021.2.28.) 법인세 과세표준 및 세액을 신고기한 내인 2021.5.31. 종로세무서장에게 신고하였다.

(나) 청구법인은 2020사업연도 법인지방소득세를 법정신고기한(2021.6.30.)내에 신고하지 아니하였다.

(다) 청구법인은 2022.8.8. 2020사업연도 법인지방소득세 과세표준에 쟁점이자소득을 포함하고, 쟁점이자소득에 대해 기납부한 법인지방소득세(특별징수분) OOO원을 차가감세액으로 하여 기한 후 신고하였다.

(라) 처분청은 청구법인이 신고 납부 기한 내에 신고하지 않았음을 확인하고 「지방세법」 제103조의32 제1항 및 지방세법 시행령 제100조의22 규정에 따라 청구법인이 환급청구한 특별징수세액 OOO원의 환급이 불가함을 구두 통보하였다.

(마) 청구법인은 2022.8.19. 지방세 이의신청서를 제출하였고 2022.10.31. 기각결정을 통지받았다.

(바) 청구법인은 2022.11.14. 심판청구서를 제출하였으나 2023.11.29. 경정청구 전심절차를 이행하지 않은 사유로 각하 결정을 통보받았다(조심 2023지599, 2023.11.28.).

(사) 청구법인은 2024.1.5. 종로구청장에게 경정청구서를 제출하고 2024.2.29. 결정 또는 경정을 하지 아니한다는 내용의 결정을 통보받았다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 법인세 신고와 달리 법인지방소득세 신고를 청구법인의 단순 과실로 누락했을 뿐 신고의사가 없었던 것이 아니므로 환급을 거부한 처분은 부당하다고 주장하나,

법인지방소득세는 법인세와 밀접한 연관이 있지만, 법인지방소득세는 독립세로서 「지방세법」에 따라 법인세와 별도로 과세표준과 세액을 따로 신고해야 하는 의무를 부담하므로, 법인세 신고가 이루어졌다고 하여 법인지방소득세 신고 의무가 면제되거나 법인지방소득세 신고로 간주할 수 없는 점, 청구법인은 「지방세법 시행령」 제100조의22 제2항 규정이 법에서 위임된 범위를 초과하여 위법하다고 주장하나, 청구법인이 법정 신고기한 내 신고를 하지 않은 사실은 다툼의 여지가 없으며, 동 시행령의 위법성 여부에 대한 주장은 본원에서 판단할 사항이 아닌 점,

청구법인은 법인지방소득세 과세표준 및 세액을 기한 내에 신고하지 아니하였다가 기한 후에 원천징수된 이자소득을 법인지방소득세 과세표준에 포함하여 신고하였으나，당초 지방소득세 신고기한 내에 원천징수된 이자소득에 대한 과세표준신고서를 제출하지 아니하였으므로 원천징수 과세방식을 선택한 것으로 보아 과세절차가 종결된 것으로, 기한 후 신고에 의하여 환급청구를 할 수 없으므로 처분청의 이 건 거부처분은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2009부2891, 2010.3.8. 조세심판관합동회의, 같은 뜻).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세기본법

제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때

② 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 90일 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송의 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

3. 제1호 및 제2호의 사유와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 지방세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

③ 제1항 및 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 지방자치단체의 장은 청구받은 날부터 2개월 이내에 그 청구를 한 자에게 과세표준 및 세액을 결정ㆍ경정하거나 결정ㆍ경정하여야 할 이유가 없다는 것을 통지하여야 한다.

④ 제1항 및 제2항에 따라 청구를 한 자가 제3항에서 정한 기간 내에 같은 항에 따른 통지를 받지 못한 경우 그 청구를 한 자는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심판청구나 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다.

⑤ 제1항 및 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 지방자치단체의 장이 제3항에서 정한 기간 내에 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정이 곤란한 경우에는 청구를 한 자에게 관련 진행상황과 제4항에 따라 이의신청, 심판청구나 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다는 사실을 통지하여야 한다.

⑥ 「국세기본법」 제45조의2 제5항에 따른 원천징수대상자가 지방소득세의 결정 또는 경정의 청구를 하는 경우에는 제1항부터 제4항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 각 호 외의 부분 중 “과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자”는 “「지방세법」 제103조의13, 제103조의18, 제103조의29, 제103조의52에 따라 특별징수를 통하여 지방소득세를 납부한 특별징수의무자나 해당 특별징수 대상 소득이 있는 자”로, “법정신고기한이 지난 후”는 “「지방세법」 제103조의13, 제103조의29에 따른 지방소득세 특별징수세액의 납부기한이 지난 후”로, 제1항제1호 중 “과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액”은 “지방소득세 특별징수 계산서 및 명세서나 법인지방소득세 특별징수 명세서에 기재된 과세표준 및 세액”으로, 제1항제2호 중 “과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액”은 “지방소득세 특별징수 계산서 및 명세서나 법인지방소득세 특별징수 명세서에 기재된 환급세액”으로, 제2항 각 호 외의 부분 중 “과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자”는 “「지방세법」 제103조의13, 제103조의18, 제103조의29, 제103조의52에 따라 특별징수를 통하여 지방소득세를 납부한 특별징수의무자나 해당 특별징수 대상 소득이 있는 자”로 본다.

⑦ 결정 또는 경정의 청구 및 통지절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제51조(기한 후 신고) ① 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 자는 지방자치단체의 장이 「지방세법」에 따라 그 지방세의 과세표준과 세액(이 법 및 「지방세법」에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전에는 납기 후의 과세표준 신고서(이하 “기한후신고서”라 한다)를 제출할 수 있다.

② 제1항에 따라 기한후신고서를 제출한 자로서 지방세관계법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 그 세액을 납부하여야 한다.

③ 제1항에 따라 기한후신고서를 제출하거나 제49조제1항에 따라 기한후신고서를 제출한 자가 과세표준 수정신고서를 제출한 경우 지방자치단체의 장은 「지방세법」에 따라 신고일부터 3개월 이내에 그 지방세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 신고인에게 통지하여야 한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정 또는 경정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다.

④ 기한후신고서의 기재사항 및 신고절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 지방세법

제103조의19(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우로서 「법인세법」 제57조에 따라 외국 납부 세액공제를 하는 경우에는 같은 조 제1항에 따른 외국법인세액(이하 “외국법인세액”이라 한다)을 이 조 제1항에 따른 금액에서 차감한 금액을 법인지방소득세 과세표준으로 한다. 이 경우 해당 사업연도의 과세표준에 「법인세법」 제57조제2항 단서에 따라 손금에 산입한 외국법인세액이 있는 경우에는 그 금액을 이 조 제1항에 따른 금액에 가산한 이후에 전단의 규정을 적용한다.

③ 제2항 전단에 따라 차감하는 외국법인세액이 해당 사업연도의 제1항에 따른 금액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 15년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 법인지방소득세 과세표준을 계산할 때 차감할 수 있다.

④ 제2항 및 제3항을 적용할 때 차감액의 계산 방법, 이월 방법 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제103조의23(과세표준 및 세액의 확정신고와 납부) ① 「법인세법」 제60조에 따른 신고의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 신고하여야 한다.

② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표ㆍ포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서

3. 대통령령으로 정하는 법인지방소득세 안분명세서. 다만, 하나의 특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시ㆍ군 또는 자치구에만 사업장이 있는 법인의 경우는 제외한다.

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류

③ 내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세 산출세액에서 다음 각 호의 법인지방소득세 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업연도에 대한 법인지방소득세로서 제1항에 따른 신고기한까지 납세지 관할 지방자치단체에 납부하여야 한다. 다만, 「조세특례제한법」 제104조의10제1항제1호에 따라 과세표준 계산의 특례를 적용받은 경우에는 제3호에 해당하는 세액을 공제하지 아니한다.

1. 제103조의22에 따른 해당 사업연도의 공제ㆍ감면 세액

2. 제103조의26에 따른 해당 사업연도의 수시부과세액

3. 제103조의29에 따른 해당 사업연도의 특별징수세액

4. 제103조의32 제5항에 따른 해당 사업연도의 예정신고납부세액

④ 제1항은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 적용한다.

⑤ 둘 이상의 지방자치단체에 법인의 사업장이 있는 경우에는 본점 소재지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 제2항 각 호의 첨부서류를 제출하면 법인의 각 사업장 소재지 관할 지방자치단체의 장에게도 이를 제출한 것으로 본다.

⑥ 제1항에 따른 신고를 할 때 그 신고서에 제2항 제1호부터 제3호까지의 서류를 첨부하지 아니하면 이 법에 따른 신고로 보지 아니한다. 다만, 「법인세법」 제4조 제3항 제1호 및 제7호에 따른 수익사업을 하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다.

⑦ 납세지 관할 지방자치단체장은 제1항 및 제2항에 따라 제출된 신고서 또는 그 밖의 서류에 미비한 점이 있거나 오류가 있는 경우에는 보정을 요구할 수 있다.

제103조의29(특별징수의무) ① 「법인세법」 제73조 및 제73조의2에 따른 원천징수의무자가 내국법인으로부터 법인세를 원천징수하는 경우에는 원천징수하는 법인세(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이를 적용한 법인세)의 100분의 10에 해당하는 금액을 법인지방소득세로 특별징수하여야 한다.

② 제1항에 따라 특별징수를 하여야 하는 자를 “특별징수의무자”라 한다.

③ 특별징수의무자는 특별징수한 지방소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 지방자치단체에 납부하여야 한다.

④ 특별징수의무자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 제3항에 따른 납부기한까지 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 「지방세기본법」 제56조에 따라 산출한 금액을 가산세로 부과하며, 특별징수의무자가 징수하지 아니한 경우로서 납세의무자가 그 법인지방소득세액을 이미 납부한 경우에는 특별징수의무자에게 그 가산세액만을 부과한다. 다만, 국가 또는 지방자치단체와 그 밖에 대통령령으로 정하는 자가 특별징수의무자인 경우에는 특별징수 의무불이행을 이유로 하는 가산세는 부과하지 아니한다.

⑤ 법인지방소득세의 특별징수에 관하여 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「법인세법」에 따른 원천징수에 관한 규정을 준용한다.

제103조의 32(비영리내국법인에 대한 과세특례) ① 비영리내국법인은 「법인세법」 제4조 제3항 제2호에 따른 이자ㆍ할인액 및 이익(「소득세법」 제16조 제1항 제11호의 비영업대금의 이익은 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제103조의29에 따라 특별징수된 이자소득에 대하여는 제103조의23에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 제103조의19에 따라 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

② 제1항에 따른 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준 신고와 징수에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 지방세법 시행령

제100조의22(비영리내국법인의 과세표준 신고의 특례) ① 법 제103조의32 제1항을 적용할 때에 비영리내국법인은 특별징수된 이자소득 중 일부에 대해서도 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제103조의32 제1항에 따라 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대해서는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등을 통하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다.

③ 법 제103조의32 제5항에 따라 양도소득과세표준 예정신고를 하려는 경우에는 행정안전부령으로 정하는 법인지방소득에 대한 양도소득과세표준 예정신고서를 제출하여야 한다.

④ 비영리내국법인이 법 제103조의32 제5항에 따라 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제103조의23 제1항에 따라 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고 납부세액은 법 제103조의23 제3항에 따른 납부할 세액에서 공제한다.