이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2017.8.25. 대구광역시 달성군 OOO 토지 31,769.1㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하고,「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호 가목에 따른 ‘산업단지 등에서 산업용 건축물을 건축하려는 자가 취득하는 부동산’으로 신고하여 취득세 등의 100분의 50을 감면받았다.

나. 처분청은 청구법인이 이 건 토지 중 18,232㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않은 것으로 보아, 2021.12.10. 청구법인에게 기 감면한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.2.23. 이의신청을 거쳐 2022.8.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 감면 유예기간 내에 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 있다.

청구법인은 금형제작 및 자동차 부품양산을 주요사업으로 하는 사업체로, 본점인 OOO공장을 OOO공장으로 이전하여 국내 자동차 산업 불황에 따른 영업적자에 대응하고자 하였다(1공장체제 계획 수립).

이러한 노력에 따라 2021년 8월 OOO공장 증축 및 OOO공장 매각 계획을 수립하였고, 2022년 1월 실제 AAA(주)와 OOO공장 매각계약을 체결하게 되었다.

그러나 OOO공장 매각과정에서 매각가액 합의에 난항을 겪는 등 여러 가지 복합적인 어려움이 있었고, 이에 따르는 각종 사업환경의 변화(누적되는 경영악화와 자금난)에 의해 불가피하게 유예기간을 넘길 수밖에 없었던 기업 의사결정의 ‘내부적 사정’이 있었다.

여기에 2020년 1월부터 코로나19의 대유행에 따른 사회적 거리두기 및 집합금지 정책으로 건물 증축, 건설 업무에 심각한 제약을 받는 ‘외부적 사정’마저 겹치게 되었다.

(2) 공장입지기준면적 이내인 이 건 토지 중 일부인 쟁점토지를 해당 용도에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.

이 건 토지는 하나의 울타리로 둘러 쌓여 있는 1필지의 공장용 토지로, 동일한 면적 내에서 ‘사용’과 ‘미사용’을 구분하는 것은 객관적인 공장면적 사용기준에 부합하지 않는다.

청구법인은 업종의 기준공장면적률이 적용된 공장입지 기준(15%) 면적인 4,765㎡를 초과한 5,890㎡의 공장건물을 신축하여 산업단지입주를 위한 기준면적을 충족하고 있고, 주차장 부지까지 포함하면 이 건 토지 중 일부인 13,537.1㎡(이하 “쟁점외토지”라 한다)를 해당 용도로 사용하고 있다.

그럼에도 나대지 상태로 방치하였다는 이유로 쟁점토지(18,232㎡)를 목적 사업에 사용하지 않았다고 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은,「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 입법취지에 벗어나고, 기업의 경쟁력을 향상시키고자 하는 청구법인의 투자 결정과정과 성실한 사업의지 등을 전혀 고려하지 않는 부당한 처사이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 감면 유예기간 내에 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 없다.

청구법인은 OOO공장의 매각시기에 따라 OOO공장의 추가 투자가 진행될 예정이어서 어쩔 수 없이 쟁점토지를 유예기간 내에 해당 목적으로 사용하지 못하고 있다고 자인하고 있다.

처분청의 출장결과보고서 및 이의신청에 따른 현장사진 등에서도 쟁점토지는 사실상 나대지 상태로 있고, 쟁점토지와 쟁점외토지는 펜스가 설치되어 있지 아니할 뿐, 공장이 설치된 형태나 쟁점토지의 상태를 보면 별도로 구분된 토지로 확인되는 점에서 청구법인은 쟁점 토지를 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보인다.

이에 대하여 청구법인은 코로나19 등으로 불가피하게 유예기간을 넘길 수밖에 없었다고 주장하나, 청구법인이 2017.8.25. 이 건 토지를 취득한 후 2년 5개월이 경과한 후인 2020.1.20. 국내에 첫 코로나 바이러스 감염증 환자가 발생한 것으로 나타난다.

또한 이 건 토지를 취득한 후 3년 이내에 산업용 건축물 신축을 위한 설계, 건축허가, 착공 등 건축행위를 전혀 하지 않았고, 그 결과 쟁점토지를 취득하고 5년이 다 되어가는 2022.4.13. 현재에도 나대지 상태로 있는 것으로 확인된다.

이러한 사정을 감안하면, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 오랜 기간 그대로 방치할 수밖에 없었던 것에 대해서는 불가피한 사정이나 정당한 사유도 인정하기 어렵다.

(2)「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 근거로, 그 입법목적과 취지가 서로 다른「지방세특례제한법」에 의한 이 건 취득세 등 추징이 곧바로 배제되어야 한다고 보기는 어렵다.

청구법인은 공장입지 기준(15%) 면적을 초과한 공장건물을 신축하였으므로, 쟁점토지를 산업용 건축물의 부속토지로 보아야 한다고 주장한다.

그러나 산업단지 내 감면이 적용된 토지 전체가「지방세법 시행령」제102조 제1항 제1호에 따라 분리과세대상 토지에 해당된 경우, 공장입지 기준면적의 범위 내라 하더라도 그 토지 중 일부를 유예기간 이내에 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축에 사용하지 아니하는 경우에는 해당 토지에 대하여 감면된 취득세 등을 추징하여야 할 것이다(행정안전부 지방세특례제도과-626., 2021.3.12.).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 해당 용도에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가.「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(「건축법」제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

(2) 지방세법

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지

(3) 지방세법 시행령

제102조(분리과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 공장용지 : 제101조 제1항 제1호 각 목에서 정하는 지역에 있는 공장용 건축물(제103조 제1항 제2호 및 제3호의 건축물을 포함한다)의 부속토지로서 행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지. 다만, 「건축법」 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 하는 건축물로서 허가 등을 받지 않은 공장용 건축물이나 사용승인을 받아야 하는 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 않고 사용 중인 공장용 건축물의 부속토지는 제외한다.

(4) 지방세법 시행규칙

제50조(공장입지기준면적) 영 제102조 제1항 제1호에서 “행정자치부령으로 정하는 공장입지기준면적”이란 별표3에 따른 공장입지기준면적을 말한다.

【별표3】공장입지기준면적(제50조 관련)

1.공장입지기준면적＝공장건축물 연면적×

100

업종별 기준공장 면적률

2. 공장입지기준면적의 산출기준

가. 공장건축물 연면적 : 해당 공장의 경계구역 안에 있는 모든 공장용 건축물 연면적(종업원의 후생복지시설 등 각종 부대시설의 연면적을 포함하되, 무허가 건축물 및 위법시공 건축물 연면적은 제외한다)과 옥외에 있는 기계장치 또는 저장시설의 수평투영면적을 합한 면적을 말한다.

나. 업종별 기준공장면적률 : 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제8조에 따라 산업통상자원부장관이 고시하는 “업종별 기준공장면적률”에 따른다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 1999.2.19. 경상남도 창원시를 본점으로 하여 금형 제작 및 자동차부품 양산을 사업목적으로 설립되었고, 2014.9.19. OOO산업단지공단과 대구광역시 달성군 OOO 소재 OOO국가산업단지 입주계약을 체결한 후, 2017.8.25. 이 건 토지를 한국토지주택공사로부터 취득하였다.

(나) 청구법인은 2018.5.2. 이 건 토지 중 일부인 쟁점외토지에 OOO공장[A동(공장동) 5,814.13㎡, B동(수위동) 57.50㎡]을 신축하였다.

(다) 처분청 담당공무원이 2021.10.25. 이 건 토지에 현장 출장하고 작성한 출장복명서에는, “현장 확인 결과 산업용 건축물의 부속 토지로 직접 사용하고 있는 부분(쟁점외토지) 외에, 일부분은 나대지(잡종지) 상태로서 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 것으로 확인된다.”라는 내용이 기재되어 있다.

(라) 청구법인은 2021.12.30. ㈜BBB와 건축물 설계용역 계약을 체결하였고, 2022.3.4. 처분청에 건축(증축)허가 신청서를 접수하였으며, 2022.4.18. ㈜CCC과 건설공사 도급계약을 체결하였고, 2022.5.6. 처분청에 착공신고(착공예정일자: 2022.5.9., 준공예정일자: 2022.10.30.)를 하였다.

(마) 공장등록증 및 공장입지기준고시에 의하면, 청구법인은 주형 및 금형 제조업(분류번호 29294)을 영위하는 법인으로 위 업종에 대한 기준공장 면적율은 15%이며, 동 면적율을 기준으로「지방세법 시행규칙」제50조에 따른 공장입지기준면적을 산정하면 4,765㎡(건축물 연면적 31,769.1㎡×100/15)인 것으로 나타난다.

(바) 재산세 과세내역서에 의하면, 처분청은 이 건 토지에 대해 위 공장입지기준면적 이내인 것으로 보아 2018년부터 2021년까지의 재산세 과세대상을 분리과세대상으로 구분한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

(가)「지방세특례제한법」(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제78조 제4항은 제1호 각 목의 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다고 규정하면서, 그 제1호 가목에서 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지를, 그 제2호 가목에서 산업용 건축물등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고, 같은 법 제78조 제5항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서, 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다.

(나) 처분청은 쟁점토지에 대하여 이 건 취득세 등을 추징한 것이 정당하다는 의견이나, 하나의 울타리 내에 소재하고, 하나의 출입문을 사용하는 이 건 토지에 대하여 필지를 분할하였거나 별도 구획을 한 사실이 확인되지 아니하는 점, 청구법인은 쟁점토지를 제3자에게 임대하는 등 다른 용도로 사용한 사실이 없는바, 쟁점토지는 언제든지 공장용 건축물의 부속토지 용도로 사용될 수 있는 토지에 해당하는 것으로 봄이 타당한 점(조심 2021지3345, 2022.11.3., 같은 뜻임), 처분청은 이 건 토지에 대하여「지방세법 시행령」제102조 제1항 제1호에서 규정하는 공장입지기준면적 이내인 것으로 보아 재산세 과세대상을 분리과세대상으로 구분하고 있는 것으로 확인되는바, 이와 달리 취득세 감면에 있어서는 쟁점토지를 공장용 건축물의 부속토지가 아닌 것으로 보는 것은 상호 간에 모순된 판단으로서 타당성이 없어 보이는 점(조심 2024지348, 2024.5.1., 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 이와 다른 전제에서 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.