이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 1980.3.1. 스마트 홈 시스템, 도어폰 등 유선 통신장비 제조업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인으로 2016.12.19. A로부터 서울특별시 강서구 OOO 내 산업시설용지 D24-3 2,065㎡를 ㈜A과 공동[청구법인 80%, ㈜A 20%]으로 취득한 후,

2017.2.14. 청구법인 소유지분 면적 1,652㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대해 구 「지방세특례제한법」 (2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것) 제78조 제4항(이하 “지특법 감면규정”이라 한다)에 따른 산업용 건축물 감면 50%(이하 “기본감면율”이라 한다) 및 구 「서울특별시 시세감면조례」 (2017.5.8. 조례 제6468호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정전조례”) 제14조(이하 “개정전조례 감면규정”이라 한다)에 따른 감면율 25%(이하 “추가감면율”이라 한다)를 합한 감면율 75%를 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 이후 청구법인은 2022.1.6. 이 건 토지 중 42.25%에 해당하는 면적 697.93㎡는 감면 용도에 사용하지 않아 감면대상이 아닌 것으로 보아 취득세 등 합계 OOO원을 추가 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2021.11.29. 이 건 토지에 건축물 15,112.87㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축하여 취득하였으나, 처분청은 청구법인이 지특법 감면을 적용받은 후 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 보아

2023.4.17. 구 「지방세특례제한법」 (2020.1.15. 법률 제16865호 개정 되기 전의 것) 제78조 제5항 제1호(이하 “지특법 추징규정”이라 한다)에 따라 이 건 토지 중 나머지 면적 954.1㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 기 감면된 취득세 등 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.7.13. 이의신청을 거쳐 2023.11.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점토지 취득 후 유예기간(3년) 내 해당 용도로 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’가 있다.

조세심판원은 유예기간 내 건축공사를 착공하고 유예기간이 경과한 후 건물의 준공을 완료하여 해당 용도로 직접 사용한다면 감면된 취득세를 추징할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 판단한바(조심 2016지0942, 2016.12.22., 참조), 청구법인은 2016.12.19. 이 건 토지를 취득한 후 이 건 건축물을 유예기간 내에 착공하였고 유예기간이 경과한 후 준공을 완료하여 해당 용도로 직접 사용하였으므로 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 있다.

또한, ① 직원들의 대규모 근무지 이동에 따라 이 건 건축물을 효율적으로 구성하여야 했고 이에 따라 지속적으로 설계가 변경될 수밖에 없었던 점 ② 이 건 건축물 착공 후 ㈜B(이하 “1차공사업체”라 한다)의 부실시공 및 하수급업체에 대한 채무불이행으로 인해 공사업체가 변경된 점 ③ 건축 현장 공사 인부들의 코로나바이러스감염증-19 감염 ④ 중국 자재생산공장 직원들이 코로나바이러스감염증-19에 감염되어 강제격리되었고 이로 인해 건축자재 수급이 지연된 점 등 유예기간 내 이 건 건축물을 준공할 수 없는 대내외적 어려움이 계속적으로 발생하였다.

위와 같은 대내외적 어려움 속에서도 청구법인은 공사기한 단축을 위해 1차공사업체와의 공사 중단 합의 이전에 이미 2차공사업체를 선정하고, 2차공사업체와 하수급업체와의 채무불이행 분쟁이 일어날 것을 대비해 청구법인이 하수급업체에게 직접 하도급대금을 지급할 수 있도록 직접지급 합의서를 작성하는 등 청구법인은 이 건 토지를 해당 용도로 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였다.

또한, 「OOO일반산업단지 관리기본계획 변경고시」(서울특별시고시 제2015-181호, 2015.6.25.)에서는 OOO산업단지의 조기활성화를 위해 ‘토지 매매계약 체결 후 5년 이내 완공’(이하 “개발기한제”라 한다)을 원칙으로 한다는 내용을 고시하고 있고, A의 2016.3.24.자 분양공고에서는 개발기한제와 지특법 감면규정 내용이 함께 안내되어 있으며 서울시와 청구법인이 2016.6.10. 체결한 입주계약서에서도, A와 청구법인이 2016.6.20. 체결한 토지매매계약서에서도 개발기한제에 대한 내용이 재차 명시되어 있다.

청구법인은 서울시 고시와 A의 분양공고 등을 신뢰하여 5년 내 준공의무만 이행한다면 지특법 감면에 대한 추징을 피할 수 있는 정당한 사유가 있다고 믿었고, 실제로 2016.12.19. 쟁점토지의 취득일로부터 4년 11개월(토지매매계약으로부터 5년 5개월)만인 2021.11.29. 이 건 건축물을 준공하였는바 청구법인은 정상적인 노력을 다하였음에도 부득이하게 유예기간을 경과하여 해당 용도로 직접 사용한 것이고 이는 감면된 취득세 등을 추징할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 한다.

(2) 조례에 따른 추가감면율은 추징할 수 있는 근거 법령이 없으므로 추징할 수 없다.

구 지특법 및 개정 지특법 제78조 제5항은 모두 동일하게 추징의 대상으로 “제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다”고 규정하고 있을 뿐, 그 외 별도로 추징의 대상을 규정한 조항은 없다.

위 추징대상 조항에 규정된 “제4항에 따라 감면된 취득세”가 무엇인지 따라가 보면, 산업용 건축물을 신축하기 위해 취득한 토지에 대해 “취득세의 100분의 50을 경감한다”고 규정하고 있을 뿐이어서(같은 항 제2호 가목) 추징대상(제4항에 따라 감면된 취득세)은 기본 감면분임을 알 수 있습다.

그 외에 같은 조 제8항은 “제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다”고 하여 조례 추가감면분에 대하여 규정하고 있는데 25%의 조례 추가감면분은 제4항이 아닌, ‘제8항 및 그 위임 조례에 따라 감면된 취득세’로서 위 추징대상(제4항에 따라 감면된 취득세)에 포함되지 않는다.

요컨대, 추징 부과처분의 근거법령인 개정 지특법 제78조 제5항상, 추징의 대상은 제4항에 따라 경감된 취득세(50% 기본감면분)일 뿐이고, 제8항에 의하여 구 감면조례에 따라 추가로 경감된 취득세(25% 조례 추가감면분)는 추징의 대상이 되지 못한다.

그리고 추징사유 발생 당시 시행되던 개정 감면조례상으로도 조례 추가감면분에 대한 추징 부과처분의 근거규정이 전혀 없다.

결국 추징 부과처분은 취득세 감면과는 별개의 독립된 침익적 처분으로서 그 근거법령은 엄격하게 한정적으로 해석하여야 한다는 점을 고려할 때, 조례 추가감면분에 대한 추징 부과처분은 아무런 추징 근거조항 없이 이루어진 것이므로 조세법률주의 내지 법률유보원칙에 반하는 중대한 위법이 있으므로 취소되어야 한다.

(3) 청구법인은 가산세를 면할 ‘정당한 사유’가 있다.

대법원에서는 가산세란 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고납부 의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 단순한 법령의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석 상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다고 판시하였다(대법원 2022.1.14. 선고 2017두41108 판결, 참조).

청구법인은 서울시 고시와 A의 분양공고 등을 신뢰하여 5년 내 준공의무만 이행한다면 지특법 감면에 대한 추징을 피할 수 있는 정당한 사유가 존재한다고 믿었고, 처분청은 감면 유예기간(3년)에 대한 별도의 안내를 하지 않았으므로 청구법인을 포함한 다수의 입주기업들이 오인하게끔 만든 귀책사유가 있으며, 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있는 정당한 사유가 있다고 판단되는바 가산세(이하 “쟁점가산세”라 한다) 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 유예기간 내 이 건 건축물을 착공하였다면 유예기간을 경과하여 사용승인이 났더라도 감면된 취득세를 추징할 수 없다고(조심 2016지0942 2016.12.22., 참조) 주장하나, 해당 조세심판원 결정례는 청구인이 행정자치부 유권해석 등을 근거로 처분청에 문의를 한 결과 처분청이 청구인에게 ‘쟁점토지의 취득일부터 3년 이내에 산업용 건축물의 건축공사에 착공하는 경우 감면받은 취득세 등이 추징되지 않는다’고 유선상 잘못 안내한 사실을 인정하고 있는 점과 청구인이 2013.1.18. 쟁점토지를 취득하고 지속적으로 공사를 실시하여 2016.3.3. 사용승인을 받아 공장용 건축물로 사용하고 있는 점 등을 종합적으로 고려하여 유예기간 내 사용승인을 받지 못한 불가피한 사유가 있다고 인정하면서 청구인이 산업용 건축물을 신축하기 위한 정상적인 노력을 다하였다고 본 건으로, 처분청이 청구법인에게 위와 같은 잘못된 안내를 하지 않아 사실관계가 다른 이 건에는 원용할 수는 없다.

이와 관련하여 대법원에서는 토지 지상에 해당 업무에 직접 사용할 건축물을 ‘건축 중’이라는 사유가 그 토지를 업무에 직접 사용한 것이라고 볼 수 있는지에 대하여는 그 신축한 건축물이 사용승인 받은 시점에 그 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 보아야 한다고(대법원 2022.11.10. 선고, 2022두49748 판결 참조) 판시하고 있으므로 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

다음으로 청구법인은 ① 직원들의 대규모 근무지 이동에 따라 이 건 건축물을 효율적으로 구성하여야 했고 이에 따라 지속적으로 설계가 변경될 수밖에 없었던 점 ② 이 건 건축물 착공 후 1차공사업체의 부실시공 및 하수급업체에 대한 채무불이행으로 인해 공사업체가 변경된 점 ③ 건축 현장 공사 인부들의 코로나바이러스감염증-19 감염 ④ 중국 자재생산공장 직원들이 코로나바이러스감염증-19에 감염되어 강제격리되었고 이로 인해 건축자재 수급이 지연된 점 등 부득이하게 공사가 지연될 수밖에 없는 대내외적 어려움이 존재하였고 이는 유예기간 내 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다고 주장한다.

여기에 대하여 살펴보면 건물 외·내부의 효율적인 공간 구성을 위한 설계 변경이나 공사 과정에서의 업체 변경은 신축 과정에서 발생할 수 있는 예측 가능한 사항에 해당한다고 하겠는데, 청구법인은 이 건 토지 취득일인 2016.12.19.로부터 약 1년 5개월이 지나서야 설계용역 계약을 체결하였고, 약 2년이 경과한 2018.12.경 공사에 착공하였으며, 2018.11.19. 1차공사업체와, 2019.10.24. 2차공사업체와 건설공사 계약을 체결하였는데 1차 건설공사계약서에서는 이 건 건축물의 준공예정일이 2020.12.10.로, 2차 건설공사계약서에서는 준공예정일이 2021.9.30.로 공사 계약 체결 당시 이미 감면 유예기간(2019.12.18.)을 경과하여 준공되는 것으로 계약하였으며, 실제로 이 건 건축물은 유예기간을 약 2년여 경과한 2021.11.29. 준공되어 사용승인을 득하였다.

다시 말해 이 건 토지의 취득일로부터 설계용역 계약까지 약 17개월, 착공까지 약 24개월, 실제 준공까지 약 48개월이 소요되었는데 청구법인의 주장과 제출한 자료로는 그 일련의 과정에서 행정관청의 사용 금지ㆍ제한 등 외부적인 사유나 기타 객관적인 사유로 인하여 이 건 토지를 산업용 건축물로 직접 사용을 하지 못하였다는 특별한 사정이 있었다고 보이지 않으며, 청구법인이 이 건 토지 취득 후 정상적인 노력을 다하였다면 유예기간인 3년 이내에 이 건 건축물에 대한 사용승인을 받아 해당 용도로 직접 사용이 가능하였을 것으로 판단된다.

또한, 조세심판원은 코로나바이러스감염증-19 사태 등의 사정은 행정관청의 사용 금지·제한 등 외부적 사유라거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이하게 당초 용도에 사용할 수 없는 경우라고 보기 어려워 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다고 판단하였으며(조심 2022지0281 결정, 2022.12.13. 등 참조), 청구법인은 유예기간인 2019.12.18. 이내에 해당 용도로 직접 사용하여야 하나 코로나바이러스감염증-19 사태는 이미 감면 유예기간을 경과한 2019.12.경부터 본격적으로 발생하였으므로 이로 인해 공사 지연이 발생하여 유예기간 내 해당 용도로 직접 사용하지 못하였다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

이어 청구법인은 서울시 고시 등을 신뢰하여 5년 내 준공의무만 이행한다면 지특법 감면에 대한 추징을 피할 수 있는 정당한 사유가 있다고 믿었고 처분청은 유예기간(3년)을 별도로 안내하지 않았으므로 처분청에 귀책사유가 있는바 정당한 사유가 있다고 주장하나,

서울시 고시나 A의 분양공고 등에서 명시한 “5년 이내 완공”의 문구는 산업단지 내 건축물 등의 신속 건축을 독려함에 그 취지가 있고 단순히 입주기업들에 대한 입주요건을 규정한 것이므로 지특법 감면에 대한 추징 여부는 이와 별도로 법상 규정한 요건을 충족하였는지 여부로 판단하여야 하는데,

A의 2016.3.24.자 분양공고를 살펴보면 지특법 감면에 대해 “상기 「지방세특례제한법」 관련조항의 세부내용을 확인하여야 하며, 취득세 관련 상세한 사항은 강서구청 부과과로 문의하시기 바랍니다”라고 안내되어 있고, 서울 OOO일반산업단지 산업시설용지 분양계약 안내 공문에서도 “부동산 취득과 관련한 세금납부에 관한 사항은 강서구청 부과과로 문의하시기 바랍니다”라고 안내하는 등 감면과 관련한 사항을 사전에 확인하도록 안내하고 있고, 무엇보다 법령상 지방세 감면을 받으려는 자는 스스로 감면을 신청하여야 하고 이에 따른 추징 사유 등도 본인이 숙지하여야 하는 것인바, 감면 유예기간 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 감면 조례 규정의 개정 취지는 「지방세특례제한법」 제78조 제8항에서 조례에 감면율만을 위임하고 있어 법령과 중복되는 반복적인 문구를 삭제하고자 하는 것이고, 청구법인은 법령상 지특법 감면에 따라 이 건 토지를 산업용 건축물을 신축하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면받은 후, 유예기간 3년 내 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 없어 추징 대상이 된 이상 법령상 감면분 뿐만 아니라 이를 원인으로 한 조례 감면분에 대하여도 당연히 추징이 이루어지는 것이 합리적이라고 하겠으므로, 처분청의 조례 감면분에 대한 추징은 달리 잘못이 없다.

(3) 이 건의 경우 처분청이 청구법인에게 유예기간(3년)과 관련하여 “서울시 고시 및 A의 분양공고 등에서 규정한 5년 내 준공의무만 이행한다면 지특법 감면에 대한 추징을 피할 수 있는 정당한 사유가 있다”라는 공적인 견해 표명을 하였다거나 청구법인에 이에 관한 정당한 기대를 제공하였다고 볼 수 없으며,

오히려 A의 2016.3.24.자 분양공고를 살펴보면 지특법 감면에 대해 “상기 「지방세특례제한법」 관련조항의 세부내용을 확인하여야 하며, 취득세 관련 상세한 사항은 강서구청 부과과로 문의하시기 바랍니다”라고 안내하고 있고, 서울 OOO일반산업단지 산업시설용지 분양계약 안내 공문에도 “부동산 취득과 관련한 세금납부에 관한 사항은 강서구청 부과과로 문의하시기 바랍니다”라고 기재되어 있는 등 감면과 관련된 사항을 사전에 확인하도록 안내하고 있어, 처분청의 쟁점가산세 처분은 신의성실의 원칙에 반하지 아니하고 청구법인에게 가산세를 면할 정당한 사유 또한 있다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면 받은 후 유예기간(3년) 내 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는지 여부

② 조례에 따라 감면된 추가감면분을 「지방세특례제한법」 제78조 제5항에 따라 추징할 수 있는지 여부

③ 쟁점가산세를 면할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2018.5.2. ㈜C(이하 ‘설계업체’라 한다)와 이 건 건축물 신축을 위한 ‘건축 및 인테리어 디자인 설계용역 계약’을 체결하였다.

＜건축 및 인테리어 디자인 설계용역 계약서 일부 발췌＞ 가. 대지면적: 2,065㎡(624.66평) 나. 건축면적: 1,230㎡(372평) 다. 연 면 적: 13,884㎡(4,200평) 라. 규 모: 지하4층, 지상9층 마. 용 도: 산업부지(교육연구시설) 바. 구 조: RC조 + 철골구조

(나) 청구법인은 2018.9.6. 설계용역 계약서상 내용을 일부 수정하여(연면적 15,112.87㎡, 지하 5층∼지상 9층) 건축허가를 득하였다.

(다) 청구법인은 2018.11.19. B㈜와 이 건 건축물 신축을 위한 건설공사계약(계약금액: OOO, 계약기간: 2018.12.1.~2020.12.10.)을 체결하고, 2018.12.7. 처분청(건축과)에 이 건 건축물에 대한 착공신고를 하였다(착공예정일자: 2018.12.1.).

(라) 청구법인은 2019.11.15. 1차공사업체와의 분쟁으로 공사를 중단하는 것을 내용으로 하는 계약해제합의서를 작성하였고, 1차공사업체와 공사 중단에 대한 협의를 하던 중 공사기간을 단축하기 위해 2019.10.24. D㈜와 건설공사계약(계약금액: OOO, 계약기간: 2019.11.1.∼2021.9.30.)을 체결하였다.

(마) 청구법인은 2019.11.1. 처분청(건축과)에 건축관계자 변경신고서를 제출하였다.

ㅇㅇㅇ

(바) 청구법인은 2020.1.8. 2차공사업체와 하수급인과의 하도급계약에 있어 하수급인이 시공한 분에 해당하는 하도급대금을 청구법인이 직접 하수급인에게 지급할 수 있도록 ‘하도급대금 직접지급 합의서’를 체결하였다.

(사) 이 건 건축물의 신축과 관련하여 청구법인이 제출한 주요 추진 경과는 아래와 같다.

일자

관련 내용

비고(경과 개월수)

2016.4.27.

ㅇ 사업계획서 작성 (지상 10층 / 지하 3층)

-8

2016.12.19

- 쟁점토지 취득

0

2018.5.2.

ㅇ 설계용역 계약 체결 (지상 9층 / 지하 3층)

+17

2018.9.6.

ㅇ 건축허가 (지상 9층 / 지하 5층)

+21

2018.11.19.

ㅇ 1차공사업체(B㈜)와 도급계약 체결

- 계약금액 OOO원, 2018.12.1.착공 2020.12.10. 준공

2018.12.7.

- 착공신고( 착공예정일자 2018.12.1.)

+24

2019.10.24.

ㅇ 2차공사업체(D㈜)와 도급계약 체결

- 계약금액 OOO원, 2019.11.1.착공 2021.9.30. 준공

2019.11.1.

ㅇ 시공자 변경신고 (B → D)

2019.11.15.

ㅇ 1차공사업체(B㈜)와 계약변경(신축공사→부지조성공사) 및 도급계약 해제

2019.12.18.

ㅇ 유예기간 3년 경과

+36

2020.1.8.

ㅇ 하도급대금 직접지급 합의서 작성

2021.3.15.

2021.5.4.

ㅇ 공기 연장 신청[㈜E]

- 주요 건축자재 품귀현상, 하수급업체 변경, 공사인부들의 코로나19 감염, 중국 자재생산공장 강제격리로 인한 자재 수급지연 등으로 완공 지연에 따른 일정 변경 요청

2021.11.29.

ㅇ 사용승인서

+59

2022.9.7.

ㅇ 기업부설연구소 인정

2022.10.7.

ㅇ 공장등록 (유선 통신장비 제조업)

(아) 처분청은 2020.11.10. 청구법인에게 ‘산업단지 감면에 따른 의무사항 준수 안내문’을 발송하였고, 안내문의 유의사항에는 아래와 같이 기재되어 있다.

ㅇㅇㅇ

(자) 처분청은 2023.3.2. 청구법인에게 ‘취득세 감면에 따른 보완 자료 요청’이라는 제목의 공문을 발송하였고, 해당 공문에는 “3년 이내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유와 관련된 소명 자료를 제출하여 달라”는 내용이 담겨있다.

(차) 청구법인은 2023.3.13. ‘취득세 감면에 따른 보완 자료 요청’ 공문에 대해 아래와 같이 소명 자료를 제출하였다.

ㅇㅇㅇ

(카) 「OOO일반산업단지 관리기본계획 변경고시」(서울특별시고시 제2015-181호, 2015.6.25.)에서는 OOO산업단지의 조기활성화를 위해 “토지 매매계약 체결 후 5년 이내 완공(2년 이내 공사착공)”을 원칙으로 한다는 내용을 고시하고 있다.

ㅇㅇㅇ

(타) A의 2016.3.24.자 분양공고에서는 “1-3. 분양(입주) 대상용지 공급조건”과 “7-17. 조세 감면 관련” 사항을 아래와 같이 안내하고 있다.

ㅇㅇㅇ

(파) 처분청이 2016.6.14. 청구법인에게 시행한 ‘서울 OOO일반산업단지 산업시설용지 분양계약 안내’ 공문 (마) 조항에서는 부동산 취득과 관련한 세금납부에 관한 사항을 안내하고 있고 아래와 같이 기재되어 있다.

ㅇㅇㅇ

(하) 서울시와 청구법인이 2016.6.10. 체결한 ‘OOO일반산업단지 입주계약서’ 제1조(입주내용 및 구성)에서는 착공예정일을 “분양계약 체결 이후 2년 이내”로, 준공예정일을 “분양계약 체결 이후 5년 이내”로 규정하고 있고, A와 청구법인이 2016.6.20. 체결한 ‘OOO일반산업단지 토지매매계약서’ 제12조(개발기한 준수의무)에서는 “매수인은 본 계약체결일로부터 2년 이내에 착공하고 동 시설을 5년 이내에 준공하기로 한다”고 규정하고 있다.

(거) 추가감면율을 규정한 「서울특별시 시세감면조례」개정연혁은 다음과 같다.

개정전 조례

(쟁점토지 취득 당시)

개정 조례

(추징사유 발생 당시)

제14조(산업단지 등에 대한 감면) 「지방세특례제한법」 제78조 제1항부터 제4항까지에 따라 취득세를 경감하는 경우 같은 조 제8항에 따른 추가 경감률은 취득세의 100분의 25(같은 조 제4항 제2호 나목의 경우에는 취득세의 100분의 15)로 하며, 2016년 12월 31일까지 적용한다. 다만, 「지방세특례제한법」제78조에 따른 추징대상이 되는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다.

제13조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제8항에 따른 "조례로 정하는 율"은 다음과 같다.

1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 25로 한다.

2. 법 제78조 제4항 제2호 나목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 15로 한다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴보면, 청구법인은 이 건 건축물의 건축 공사 지연이 대내외적 어려움에 따른 불가피한 사유였으며, 정상적인 노력을 다해 건축물을 완공하고 해당 용도로 사용하였으므로, 쟁점토지 취득 후 유예기간(3년) 내 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 주장이나,

이 건 건축물의 효율적인 설계 변경 및 1차공사업체의 부실로 인한 공사업체 변경 등의 사유는 신축공사 과정에서 발생할 수 있는 내부적인 사유로서 이러한 사정으로 유예기간(3년)이 경과한 후 약 2년여가 경과하여 이 건 건축물을 준공한 데에 쟁점토지를 직접 사용하지 못한 직접적인 지연 사유로 보기는 어렵다 하겠고, 코로나19와 건축자재 인상 사유 등은 유예기간이 경과한 유에 발생한 것으로서 유예기간 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유로 보기는 어려운 점, 서울특별시 고시 및 A의 분양공고에서 '5년 이내 완공'을 명시하고 있으나, 이는 「지방세특례제한법」 상의 추징규정과는 별개로 산업단지 내 신속한 건축을 독려하기 위한 조항에 불과한 것으로 보이는 점 등에 비추어 유예기간 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 인정하기 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴보면, 청구법인은 조례에 따른 추가감면분에 대한 취득세 추징은 법적 근거가 없다는 주장이나,

「지방세특례제한법」 제78조 제4항은 산업단지등에서 공장용 건축물등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대하여 기본감면율을, 위 같은 조 제8항은 “제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우” 추가감면율을 조례로 정하는 위임 규정을, 같은 조 제5항은 추징 사유가 발생하는 경우 “제4항에 따라 감면된 취득세”를 추징하도록 각 규정하고 있는바, 조례에 의한 추가감면율을 규정한 위 제8항은 제4항의 감면규정에 연관되어 있으므로, 조례를 통해 추가감면이 이루어졌다 하더라도 그 감면은 본질적으로 제4항에서 감면하도록 한 취득세의 범위에 포함된다 할 것으로, 추징사유에 해당하여 취득세를 추징할 경우, 제5항의 “제4항에 의해 감면된 취득세”를 추징하도록 한 규정에 따라 제8항에 의해 추가로 감면된 부분도 포함된다고 보는 것이 타당하다 할 것인 점, 위 제8항에 의한 추가감면율도 제4항과 동일한 목적을 가지고 감면 혜택을 부여한 것이므로, 감면 요건이 충족되지 않으면 기본감면율 뿐만 아니라 추가감면율도 함께 추징하는 것이 감면제도의 일관성 및 책임성을 강화하려는 입법자의 의도에 부합한다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 추가감면율을 포함하여 추징한 이 건 취득세 등의 부과처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살펴보면, 청구법인은 서울특별시 고시와 OOO의 분양공고를 신뢰하여 「지방세특례제한법」에 따른 추징을 피할 수 있다고 믿었고, 처분청의 감면 유예기간 안내 부족으로 쟁점가산세를 면할 정당한 사유가 있다고 주장하나,

신뢰보호의 원칙은 어디까지나 법령 자체에서 명백히 규정한 내용을 벗어날 수는 없다 하겠고, 해당 고시나 공고가 조세 감면 규정을 완전히 대체하거나 구체적인 법적 효력을 가지는 것이 아니며, 적법한 세법 규정과 배치되는 부분이 있는 경우 해당 고시 등이 우선시 될 수 없다 하겠는 점, A의 2016.3.24.자 분양공고 상의 조세감면 관련 유의사항에서 “상기 「지방세특례제한법」 관련조항의 세부내용을 확인하여야 하며, 취득세 관련 상세한 사항은 강서구청 부과과로 문의하시기 바랍니다”라고 안내하고 있고, 처분청의 2016.6.14.자 분양계약안내 중 세금납부에 대하여는 처분청(부과과)에 문의하도록 기재되어 있는 사실을 살펴볼 때, 청구법인이 조세 법령의 내용을 충분히 이해하지 못했거나 안내가 부족했다는 주장은 가산세 면제 사유로 받아들이기 어려운 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세기본법

제52조(가산세의 부과) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따른 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 지방세관계법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.

② 가산세는 해당 의무가 규정된 지방세관계법의 해당 지방세의 세목으로 한다.

제57조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.

(2) 지방세특례제한법 (2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(「건축법」 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.

나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 경감한다.

다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑧ 제1항부터 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(제4항 제2호나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.

(3) 지방세특례제한법 (2020.1.15. 법률 제16865호 개정 되기 전의 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "직접 사용"이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(「건축법」 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.

나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선(「건축법」 제2조제1항제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2019년 12월 31일까지 경감한다.

다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.

(4) 서울특별시 시세감면조례 (2017.5.8. 조례 제6468호로 개정되기 전의 것)

제14조(산업단지 등에 대한 감면) 「지방세특례제한법」 제78조 제1항부터 제4항까지에 따라 취득세를 경감하는 경우 같은 조 제8항에 따른 추가 경감률은 취득세의 100분의 25(같은 조 제4항 제2호 나목의 경우에는 취득세의 100분의 15)로 하며, 2016년 12월 31일까지 적용한다. 다만, 「지방세특례제한법」제78조에 따른 추징대상이 되는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다.

(5) 서울특별시 시세감면조례 (2019.9.26. 조례 제7338호로 일부개정된 것)

제13조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제8항에 따른 "조례로 정하는 율"은 다음과 같다.

1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 25로 한다.

2. 법 제78조 제4항 제2호 나목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 15로 한다.

부칙 제3조(일반적 경과조치) 이 조례 시행 당시 개정전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 시세에 대해서는 개정전의 규정에 따른다.