이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.7.31. 서울특별시 OOO 외 3필지(이하 “이 건 토지”라 한다)를 매매로 취득한 후, 2020.8.10. 처분청으로부터 이 건 토지의 취득이 「지방세특례제한법」제50조 제1항 본문에 따른 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 하여 취득세 등을 감면받았다.

나. 이후, 처분청은 2023.9.27. 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후, 「지방세특례제한법」제50조 제1항 제2호에 따른 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 하여 그 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 처분청에 수정신고하고, 납부하였다.

다. 청구법인은 2023.9.27. 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후, 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하였거나 직접 사용하지 못한 것에는 정당한 사유 등이 있으므로 이 건 취득세 등이 환급되어야 한다는 사유로 하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.11.29. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

청구법인은 서울특별시 OOO 외 2필지(이하 “종전교회부지”라 한다) 지상에서 종교행위를 하고 있었으나, OOO지역주택조합(이하 “이 건 조합”이라 한다)이 종전교회부지 및 이 건 토지를 포함한 그 일대에서 지역주택조합사업을 하게됨에 따라 청구법인은 이 건 조합으로부터 종전교회부지에 대한 대토로 제공받은 이 건 토지 등에 새 교회(지하 1층 내지 지상 5층, 연면적 2,997㎡, 이하 “쟁점교회”이라 한다)를 신축하여 이전 할 예정이었으므로 ① 「지방세특례제한법」제50조 제1항 제2호에 따른 감면유예기간(3년)의 시기는 이 건 토지뿐만 아니라 이 건 토지 이외의 쟁점교회의 신축부지(서울특별시 OOO 외 8필지, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 모두 취득한 시점(2022.5.22.)부터 기산하여야 하고, ② 쟁점교회 신축행위 자체를 종교행위 목적으로 하는 사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있으며, ③ 설령, 청구법인이 이 건 토지를 감면유예기간(3년) 이내에 종교행위 용도로 사용하지 못하였다고 하더라도 사용하지 못한 것의 주요 사유가 이 건 조합이 쟁점토지의 소유권을 너무 늦게 청구법인에게 이전하였기 때문으로 그 지연에는 외부적인 정당한 사유가 있다고 볼 수 있으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나.처분청 의견

「지방세법 시행령」제20조 제2항에서 “유상승계취득의 경우에는 사실상의 잔금지급일(신고인이 제출한 자료로 사실상의 잔금지급일을 확인할 수 없는 경우에는 계약상의 잔금지급일을 말하고, 계약상 잔금 지급일이 명시되지 않은 경우에는 계약일부터 60일이 경과한 날을 말한다)에 취득한 것으로 본다.”라고 규정하고 있고,

건축물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과한 점 등을 종합하여 볼 때, 종교용 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세의 감면규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점부터 그 토지를 종교용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 보아야 하며(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결, 같은 뜻임),

청구법인과 이 건 조합이 2020.7.28. 작성한 부동산매매계약서 내용에서 일부 쟁점토지에 대하여 그 당시 이 건 조합과 종전 토지 소유주가 매매대금으로 인해 분쟁중인 사실이 매매계약서에 기재되어 있어 청구법인은 그 당시 교회 신축에 필요한 쟁점토지의 취득이 지연될 것을 예상하였을 것이여 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 감면유예기간(3년) 이내에 종교행위 용도로 직접 사용하지 않은 것에는 정당한 사유가 있다고도 볼 수 없으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종교행위를 목적으로 취득한 부동산을 취득일로부터 감면유예기간(3년) 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 않은 것으로 보고 한 처분의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구법인은 이 건 토지 및 쟁점토지 취득을 위하여 2020.7.28. 이 건 조합과 아래와 같이 매매계약을 체결하였다.

부동산매매계약서

순번

지번

지목

면적(㎡)

비고

1

182-1

대

479

2

184-68

대

340

3

184-78

대

202

합계

1,021

위 지상물 일체포함

□ 매매목적물의 표시 : 서울시 OOO

위 표시 부동산에 대하여 매도인 대한예수교장로회 OOO교회(이하 “갑”이라 한다)와 매수인 OOO지역주택조합(이하 “을”이라 한다)는 신의와 성실로 다음과 같이 부동산 매매계약을 체결한다.

제1조(목적) 이 계약은 “을”이 “갑”소유의 부동산을 포함한 사업대상부지 전 필지를 매입하여 주택법에서 정한 공동주택건설(이하 “사업”이라 한다)을 함에 있어 이 계약 체결이후 “갑”, “을”간의 권리와 의무 그리고 책임 범위를 정함을 목적으로 한다.

제2조 계약조건

구분

금액

지급시기

계약금

OOO원

2020.7.31.

잔금

OOO원

2021.2.28.

(1) 대금지급방법

① 위 매매대금 총액은 교회신설부지의 면적증감 및 아직 매매계약이 체결되지 않은 OOO 매매대금 등의 사유로 변경될 수 있으며, 면적 확정 및 위 토지의 매매계약 체결후 변경계약을 체결하기로 한다.

②

순번

지번

지목

면적(㎡)

매매금액(원)

1

204-49

대

50

2

204-57

대

215

3

204-59

대

99

4

204-60

대

92

합계

556

OOO원

계약금 OOO원은 아래 목록 토지(“갑”의 교회신설부지)의 매매대금을 “을”이 지급하고 “갑”명의로 소유권이전등기한다.

② 잔금 8,038,912,107원은 “갑”의 교회신설부지 중 아래 목록토지의 매매대금을 “을”이 지급하고 분할등기 및 분쟁완료 후 “갑”명의로 소유권이전등기한다.

순번

지번

지목

면적(㎡)

매매금액(원)

1

204-56

대

34.3

2

204-110

대

29.96

3

204-266

대

82.6

4

204-85

대

3.02

5

204-87

대

48.82

6

204-343

대

63.52

7

204-48

대

107

8

204-58

대

132

9

204-61

대

139.7

10

204-88

대

3.57

합계

644.49

OOO원

③ 위 토지 중 OOO는 매매대금 등으로 분쟁 중으로 잔금기일 이전이라도 위 토지의 분쟁이 종료되고 분할등기가 필요한 토지들의 분할등기가 완료되어 위 토지들을 “갑”에게 소유권이전등기 가능할 경우 잔금기일을 앞당기기로 한다. 단 OOO는 사정상 소유권이전등기를 늦출수 있으며, 최악의 경우 차감할 수도 있다.

2020.7.28.

(나) 청구법인은 2020.8.2. 내부 당회를 개최하여 아래의 안건을 처리하였다고 주장하며, 그 자료를 우리 원에 제출하였다.

결의사항

본 당회는 아래와 같이 결의한다.

1) 본 교회가 위치해 있는 지역이 아파트 재건축지역으로 인하여 본 교회를 이전하기로 한다.

2) 본 교회 새성전 위치는 조합과 협의한대로 204-49 주변 14필지로 한다.

3) 새성전 건축부지는 204-49번지 외 13필지 1,200㎡를 법적인 하자없이 대토받기로 한다.

4) 위 필지 중 먼저 204-49, 204-57, 204-59, 204-60을 대토받기로 하고, 나머지는 매입 되는대로 받기로 한다.

5) 본 교회 새성전 건축부지는 건축조합하여 매입하여 본 교회 이름으로 등기하기로 한다.

6) 현재 본 교회 부지(182-1, 184-68, 184-78번지)는 새성전 건축부지가 완전히 본 교회로 등기될 때 재건축조합에 양도하기로 한다.

7) 위 안건을 수반하기 위하여 본 교회 당회장인 A 목사를 본 교회 대표자로 만장일치로 선출한다.

2020.8.2.

(다) 청구법인은 쟁점교회의 부속토지로 볼 수 있는 이 건 토지 및 쟁점토지를 2020.7.31. 등에 취득한 것으로 확인된다.

순번

지번

취득일

구분

1

204-49

2020.7.31.

이 건 토지

(지상건축물 포함)

2

204-57

2020.7.31.

3

204-59

2020.7.31.

4

204-60

2020.7.31.

5

204-48

2021.9.10.

쟁점토지(지상건축물 포함)

6

204-58

2021.9.10.

7

204-56

2022.5.22.

쟁점토지

8

204-110

2022.5.22.

9

204-266

2022.5.22.

10

204-85

2022.5.22.

11

204-87

2022.5.22.

12

204-343

2022.5.22.

13

204-61

2022.5.22.

(라) 청구법인은 2020.5.31. 이 건 토지 등 지상에 쟁점교회를 신축하기 위하여 서울특별시 OOO 소재 주식회사 A 건축사무소와 OOO원을 계약금액으로 하여 설계·감리계약을 체결하였다고 주장하며, 그 계약서를 우리 원에 제출하였다.

(마) 청구법인은 2020.10.26. 이 건 토지 등 지상의 건축물을 철거하기 위하여 경기도 OOO 소재 주식회사 B과 OOO원을 계약금액으로 하여 건축물 철거공사계약을 체결하였다고 주장하며, 그 계약서를 우리 원에 제출하였다.

착공신고서

대지위치

서울특별시 OOO 외 12

허가일자

2022.5.20.

착공예정일자

2022.7.30.

준공예정일자

2023.5.30.

(바) 청구법인은 이 건 토지 및 쟁점토지의 지상에 쟁점교회를 신축하기 위하여 처분청으로부터 2022.5.20. 건축허가를 받은 것으로 확인되고, 2022.8.1. 아래와 같이 처분청에 착공신고서를 제출한 것으로 확인된다.

(사) 청구법인은 2023.9.27. 청구법인이 이 건 토지를 취득(2020.7.31.)한 후, 감면유예기간(3년) 이내에 쟁점교회가 신축되지 않아 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 하여 이 건 취득세 등을 처분청에 수정신고하고, 납부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

「지방세특례제한법」제50조 제1항에서 “종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다”고 하면서 그 제2호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우라고 규정하고 있다.

청구법인은 「지방세특례제한법」제50조 제1항 제2호에 따른 감면유예기간(3년)의 시기는 이 건 토지 뿐만 아니라, 쟁점토지를 모두 취득한 시점(2022.5.22.)부터 기산하여야 한다고 주장하나, 「지방세특례제한법」제50조 제1항 본문 및 그 제2호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 면제된 취득세를 추징하도록 규정하고 있고, 일정한 사유가 있어 그 감면유예기간(3년)의 기산일을 달리 적용하도록 규정한 바가 없는 이상, 조세법률주의 원칙상 취득일부터 감면유예기간(3년)을 기산하는 것이 타당한(조심 2018지3276, 2019.7.17. 결정 등)바, 청구법인의 이 건 토지 취득에 대한 감면유예기간(3년) 기산일을 이 건 토지의 취득일(2020.7.31.)로 보는 것이 조세법률주의원칙에 부합한 점,

청구법인은 쟁점교회 신축행위 자체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있다고 주장하나, 「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, “종교단체가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산”이란 종교의식 등을 할 수 있는 건축물 등을 신축하여 상시적으로 예배, 찬양집회, 기도와 신앙교육 등의 종교활동에 사용되는 것을 의미한다 할 것인(조심 2019지2279, 2019.9.17. 결정 등, 같은 뜻임)바, 청구법인이 이 건 토지의 취득일(2020.7.31.)부터 감면유예기간(3년)의 종료시점까지 쟁점교회를 신축하지 못한 점,

청구법인은 설령, 청구법인이 이 건 토지를 감면유예기간(3년)이내에 종교행위 용도로 사용하지 못하였다고 하더라도 사용하지 못한 것의 주요 사유가 이 건 조합이 쟁점토지의 소유권을 청구법인에게 너무 늦게 이전한 것으로 그 지연에는 외부적인 정당한 사유가 있다고 볼 수 있다고 주장하나, “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 공익성이 있는 사업을 수행하는 비영리법인이라 할지라도 부동산 취득 당시 유예기간 이내에 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설령, 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고, 취득 후 유예기간 이내에 당해 부동산을 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 부동산을 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것(대법원 1998.7.10. 선고, 98두726 판결, 같은 뜻임)인바, 이 건 조합이 쟁점토지의 소유권을 청구법인에게 늦게 이전한 것과 관련하여 청구법인이 이 건 토지를 취득하기 위하여 2020.7.28. 이 건 조합과 체결한 계약서를 보면 쟁점토지 중 상도동 204-48, 204-58 토지에 대한 매매대금 등으로 분쟁 중이라고 기재되어 있어 청구법인은 이미 그 당시 쟁점토지의 소유권을 늦게 이전받을 것이라고 예측한 것으로 보이고, 그 사유는 청구법인과 이 건 조합간의 문제로 법령에 의한 금지·제한 등과 같은 외부적인 사유라고 보기가 어려운 점, 청구법인이 이 건 토지를 취득(2020.7.31.)한 후 약 2년이 경과한 2022.8.1.에서야 처분청에 착공신고서를 제출한 것 등에서 볼 때 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 감면유예기간(3년) 이내에 종교행위 용도로 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다 한 것으로도 보기가 어려운 점 등에 비추어 볼 때 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 감면유예기간(3년) 이내에 종교행위 목적으로 하는 사업에 직접 사용하였다고 보거나 그 사업에 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수가 없으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

② 이 법에 따라 부동산에 대한 취득세 감면을 받은 자가 제1항 또는 그 밖에 이 법의 각 규정에서 정하는 추징 사유에 해당하여 그 해당 부분에 대해서 감면된 세액을 납부하여야 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 납부하여야 하며, 해당 세액은 「지방세법」 제20조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. 다만, 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 이자상당액을 가산하지 아니한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령

제123조의2(감면된 취득세의 추징에 관한 이자상당액의 계산 등) ① 법 제178조 제2항 본문에 따라 가산하여 납부해야 하는 이자상당액은 감면된 세액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

1. 당초 감면받은 부동산에 대한 취득세 납부기한의 다음 날부터 추징사유가 발생한 날까지의 기간. 다만, 「지방세기본법」 제60조에 따라 환급ㆍ충당한 후 추징사유가 발생한 경우에는 같은 법 시행령 제43조 제1항 각 호에 따른 날부터 추징사유가 발생한 날까지의 기간으로 한다.

2. 「지방세기본법 시행령」제34조 제1항에 따른 이자율