이유
1. 처분개요

가. 처분청은 청구법인이 2021.4.30.과 2021.7.14. 주식회사 AAA(이하 “이 건 주식발행법인”이라 한다)의 발행주식 총 OOO주 중 OOO주(50%)를 각각 취득하여 2021.7.14. 최초로 과점주주(지분율 100%)가 되었음에도 취득세 등을 신고·납부하지 않은 것으로 보아, 2024.1.11. 청구법인에게 최초로 과점주주가 된 날 현재(2021.7.14.) 이 건 주식발행법인이 연부취득 중으로, 계약금 OOO원(이하 “이 건 연부금”이라 한다)을 지급한 상태인 경기도 화성시 OOO잡종지 23,279㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 장부가액에 주식소유비율(100%)을 적용하여 계산한 금액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함된 금액으로 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2024.3.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점토지는 경기도 화성시 OOO일반산업단지내 BBB 주식회사가 2016.1.24. 분양계약을 체결한 토지로, 이 건 주식발행법인은 2019.1.23. BBB 주식회사로부터 쟁점토지에 대한 수분양자의 지위를 승계하기 위하여, 2018.1.5. 및 2018.1.23. 그 계약금에 해당하는 OOO원을 2회에 걸쳐 각 OOO원씩 지급하였다. 당시에 이 건 주식발행법인은 이 건 연부금을 기업회계기준에 따라 ‘건설중인자산’ 계정과목으로 법인장부에 계상하였다.

한편, 「지방세법」 제10조의6 제4항에서 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등의 취득당시 가액은 해당 법인의 결산서와 그 밖의 장부 등에 따른 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다고 규정하고 있다. 청구법인이 이 건 주식발행법인의 과점주주가 되었을 당시에 이 건 주식발행법인의 장부에는 쟁점토지가 존재하지 않았으므로, 청구법인은 쟁점토지가 과점주주 간주 취득세 과세대상이 아니라고 판단하여 쟁점토지에 대한 취득세 등을 신고하지 않았다.

반면에, 처분청은 「지방세법 기본통칙」7-3(과점주주의 납세의무) 제2호를 근거로, 쟁점토지가 연부취득에 따른 취득세 과세대상 자산이기 때문에 과점주주 간주취득세 납세의무도 성립한다며, 이 건 취득세 등을 부과처분하였다.

그러나, 처분청이 주장하는 것과 같이 청구법인에게 쟁점토지에 대한 과점주주 간주취득세 납세의무가 성립하려면, 쟁점토지의 취득이 완료되어 법인장부에 ‘토지’ 계정과목으로 계상되고, 등기부등본 등 공적장부에도 이 건 주식발행법인의 명의로 소유권이전등기까지 완료되어야 한다. 이 건 주식발행법인의 경우 당시에 쟁점토지에 대한 분양대금 중 계약금에 해당하는 1회분만 납입된 상태였고, 이 또한 법인장부에 미완성 자산을 처리하는 임시계정과목인 ‘건설중인자산’으로 계상된 상태였다.

청구법인은 공시대상기업집단에 해당하는 CCC의 계열사로, 청구법인이 100% 지분을 인수하면서 이 건 주식발행법인 또한 CCC 기업집단에 편입되어 공시가 의무화된바, 회계감사인의 동의없이 법인장부상 계정과목을 임의로 선택하거나 변경할 수 없다. 따라서, 이 건 주식발행법인이 이 건 연부금 지급금액을 ‘건설중인자산’ 으로 계상한 것은 이 건 주식발행법인이 임의로 선택해서가 아니라, 한국채택회계기준의 규정을 준수하기 위한 것이다.

한편, 처분청은 2019년부터 2022년까지 쟁점토지에 대한 재산세 납세의무자를 이 건 주식발행법인으로 보아, 재산세를 부과한바 있다. 그러나, 이 건 주식발행법인은 당시에 용지매매계약서상 계약금에 해당하는 이 건 연부금만 지급한 상태였을뿐 쟁점토지를 실제로 취득한 것이 아니였으므로, 재산세 납세의무자가 아니라는 이유로 처분청에 재산세 부과처분의 위법을 주장하였다. 이후에 처분청은 착오를 인정하고, 2023년 10월 원인무효를 환급사유로 하여 기납부한 재산세를 환급가산금까지 포함하여 환급하였다.

간주취득세는 원래의 취득 개념에 포섭되지 않는 것을 취득으로 간주하여 과세하는 예외적인 규정일 뿐만 아니라, 실제 과점주주가 취득하는 주식의 가치는 당해 법인의 순자산가치(자산-부채)를 반영한 것임에도 불구하고, 과점주주 간주취득세의 과세표준에는 부채가 전혀 반영되지 않은 자산의 취득당시가액만이 반영되므로, 그 적용대상에 대한 해석을 엄격하는 것이 조세법률주의에 부합하는 것이라 하겠다.

따라서, 결산서 등 법인장부에 취득세 과세대상 자산으로 계상되지 않은 쟁점토지에 대하여 이 건 취득세 등을 부과한 것은 조세법률주의에 반하는 처분이며, 처분청에서도 이 건 주식발행법인이 쟁점토지를 취득하지 않은 사실을 이유로 재산세 부과처분을 취소한 사례가 있었던 점 등을 고려하면, 이 건 취득세 등의 부과처분은 위법하다.

나.처분청 의견

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 같은뜻임).

「지방세법 시행령」제20조 제5항에서 연부로 취득하는 것은 그 사실상의 연부금 지급일을 취득일로 본다고 규정하고 있는데, 연부취득의 경우에는 연부계약을 체결한 매수인이 계약상 또는 사실상의 연부금 지급일에 연부금을 지급한 금액에 상당하는 비율만큼 당해 재산을 부분취득하는 것으로 해석하여야 할 것이고(대법원 1988.10.11. 선고 86누703 판결 등, 같은 뜻임), 이 경우 과점주주 취득세의 과세표준은 과점주주가 납세의무가 성립할 당시의 법인장부가액을 기준으로 산출하여야 할 것이다(감심2011-123, 2011.7.21., 같은 뜻임).

청구법인의 경우 2021.7.14. 종전주주로부터 이 건 주식발행법인의 주식을 취득함에 따라 청구법인의 주식소유비율이 증가(지분 50%→100%)하여 최초로 과점주주(지분율 100%)가 된 사실이 확인되므로, 「지방세법 시행령」제11조 제2항 규정에 따라 과점주주 취득세 납세의무가 성립한 것이고, 「지방세법」 제10조 제1항에서 연부로 취득하는 경우의 취득세 과세표준은 연부금액이라고 규정하고 있으므로, 이 건 주식발행법인이 쟁점토지를 분양받기 위하여 납입한 계약금 역시 취득세 과세표준 즉 취득세 과세대상 물건의 장부가액에 포함된다고 할 수 있다. 또한, 「지방세법 기본통칙」7-3에서, 과점주주의 납세의무 성립 당시 당해 법인의 취득시기가 도래하지 아니한 물건에 대하여는 과점주주에게 납세의무가 없으며, 연부취득 중인 물건에 대하여는 연부취득 시기가 도래된 부분에 한하여 납세의무가 있다고 규정하고 있으므로, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

과점주주 취득세 납세의무성립일 현재 연부취득중인 쟁점토지에 대하여는 과점주주 취득세를 부과할 수 없다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 법인등기사항전부증명서에 의하면 청구법인은 1962.2.21. 서울특별시 종로구 OOO를 본점으로 하고, 건축 및 토목공사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 것과, 이 건 주식발행법인은 2016.3.23. 경기도 화성시 OOO을 본점으로 하고, 플랜트사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 사실이 확인된다.

(나) 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점토지는 2016.12.27. 경기도시공사와 화성도시공사의 공동명의로 소유권보존등기되었다가 2024.2.26. 이 건 주식발행법인 명의로 소유권이전등기된 사실이 확인된다.

(다) 화성도시공사 및 경기도시공사와 AAA 주식회사 사이에 2018.1.24. 체결된 쟁점토지의 분양계약서 주요내용은 아래의 ＜표1＞와 같고, 이 건 주식발행법인은 2019.1.23. AAA 주식회사의 수분양자 지위를 승계하기 위하여 아래의 ＜표2＞과 같이 권리의무 승계 계약을 체결한 사실이 나타난다.

＜표1＞ 분양계약서 주요내용

○○○

＜표2＞ 권리의무 승계 계약서 주요내용

○○○

(라) 화성도시공사가 2023.11.27. 발급한 분양대금 납부확인서에 의하면, 이 건 주식발행법인이 쟁점토지의 분양대금을 아래의 ＜표3＞과 같이 총 6회에 걸쳐 납부하기로 약정한 것과, 실제로 2018.1.5.부터 2023.1.25.까지 4차례의 중도금을 납부한 사실 및 청구법인의 과점주주 간주취득세 납세의무 성립일(2021.7.14.) 현재 계약금 OOO원을 납부한 사실이 나타난다.

＜표3＞ 분양대금 납부 확인서

(단위 : 원)

○○○

(마) 이 건 주식발행법인의 ‘건설중인자산’ 계정별원장에 의하면, 쟁점토지의 분양대금 지급액을 아래와 ＜표4＞과 같이 건설중인 자산 계정과목으로 법인장부에 기장하다가, 2024.2.26. 소유권을 취득한 후 아래의 ＜표5＞와 같이 토지 계정과목으로 대체한 사실이 나타난다.

＜표4＞ 이 건 주식발행법인의 계정별원장(건설중인자산) 기재내역

(단위 : 원)

○○○

＜표5＞ 이 건 주식발행법인의 계정별원장(토지) 기재내역

(단위 : 원)

○○○

(바) 이 건 주식발행법인의 2019.12.31. 현재 및 2020.12.31. 현재 재무상태표에 의하면, ‘토지’ 계정과목의 잔액은 모두 “OOO원”이고, ‘건설중인자산’ 계정과목의 잔액은 2019.12.31. 현재 “OOO원”에서 2020.12.31. 현재 “OOO원”으로 증가된 사실이 나타난다.

(사) 청구법인은 계정과목 분류를 설명하기 위하여 한국회계기준원 회계기준위원회가 2017.9.22. 의결한 일반기업회계기준을 제출하였으며, 제출된 서류에는 유형자산의 개념, 인식조건 충족여부 판단기준 등이 아래의 ＜표6＞와 같이 기재되어 있다.

＜표6＞ 기업회계기준 유형자산 관련 주요내용

○○○

(아) 이 건 주식발행법인의 2021.1.1.~2021.12.31. 사업연도에 대한 주식등변동상황명세서에는 아래의 ＜표7＞과 같이 기재되어 있다.

＜표7＞ 주식등변동상황명세서 주요 기재내용

○○○

(자) 청구법인이 제출한 지방세인터넷납부시스템 위택스 화면출력 자료에 의하면, 처분청이 이 건 주식발행법인에게 토지분 재산세 등 총 OOO원을 환급한 것과, 그 환급사유는 원인무효인 사실이 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」제6조 제20호에서 “연부(年賦)”란 매매계약서상 연부계약 형식을 갖추고 일시에 완납할 수 없는 대금을 2년 이상에 걸쳐 일정액씩 분할하여 지급하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제20조 제5항에서 연부로 취득하는 것은 그 사실상의 연부금 지급일을 취득일로 본다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 과점주주 취득세 납세의무성립일 현재 연부취득 중인 쟁점토지에 대하여 과점주주 취득세를 부과한 것은 위법하다고 주장한다.

그러나, 청구법인은 2021.4.30.과 2021.7.14. 이 건 주식발행법인의 주식을 각 50%씩 취득하여 2021.7.14. 과점주주가 된 사실이 이 건 주식발행법인의 주식등변동상황명세서에서 확인되는 점,

이 건 주식발행법인은 2019.1.23. 쟁점토지 수분양자의 지위를 승계하기 위하여 AAA 주식회사와 승계 계약을 체결한바, 그 승계계약은 2018.1.23.부터 2025.1.23.까지 대금을 2년 이상에 걸쳐 지급하기로 약정한 연부계약 형식인 사실이 확인되고, 실제로도 이 건 주식발행법인이 2018.1.5.부터 2023.12.27.까지 2년 이상에 걸쳐 대금을 지급한 사실이 분양대금납부확인서 및 이 건 주식발행법인의 법인장부를 통해 확인되므로, 이 건 주식발행법인의 쟁점토지 취득은 연부취득에 해당하는 점,

청구법인이 이 건 주식발행법인의 주식을 취득하여 과점주주 취득세의 납세의무가 성립한 날인 2021.7.14.이전에 이 건 주식발행법인은 이 건 연부금을 지급한 사실이 화성도시공사가 2023.11.27. 발급한 분양대금 납부확인서에서 확인되는 점,

과점주주 취득세 납세의무성립일 현재 연부취득중인 물건의 경우 연부 취득시기가 도래한 부분에 한하여 과점주주 취득세 납세의무가 있다고 보는 것이 타당한 점(지방세법 운영예규 법 7-3, 같은 뜻임),

기업회계기준에서는 기업이 보유한 부동산 등에 대하여 취득목적 등을 반영하여 재고자산, 유형자산, 투자부동산 등 다양한 계정과목으로 분류하도록 규정하고 있는 바, 취득세 과세대상에 대하여 계정분류에 관계없이 법인장부가액을 기초로 하여 과세표준을 산정하는 것이 과세형평성 면에서 타당해 보이는 점 등에 비추어,

청구법인은 이 건 과점주주 취득세 납세의무 성립일에 쟁점토지 중 이 건 연부금에 해당하는 부분을 취득한 것으로 간주되어 취득세 등의 납세의무가 성립된 것으로 보는 것이 타당하므로, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2021.12.7. 법률 제18544호로 개정되기 전의 것)

제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

20. “연부(年賦)”란 매매계약서상 연부계약 형식을 갖추고 일시에 완납할 수 없는 대금을 2년 이상에 걸쳐 일정액씩 분할하여 지급하는 것을 말한다.

제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조제2호에 따른 과점주주 중 대통령령으로 정하는 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

④ 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다.

제107조(납세의무자) ② 제1항에도 불구하고 재산세 과세기준일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다.

4. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합과 재산세 과세대상 재산을 연부(年賦)로 매매계약을 체결하고 그 재산의 사용권을 무상으로 받은 경우에는 그 매수계약자

(2) 지방세법 시행령(2018.2.9. 대통령령 제28627호로 개정된 것)

제11조(과점주주의 취득 등) ② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 “주식등의 비율”이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.

제20조(취득의 시기 등) ⑤ 연부로 취득하는 것(취득가액의 총액이 법 제17조의 적용을 받는 것은 제외한다)은 그 사실상의 연부금 지급일을 취득일로 본다.

(3) 지방세기본법(2020.12.29. 법률 제17768호로 개정된 것)

제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)