이유
1. 처분개요

가. 처분청은 주식회사 AAA(이하 “이 건 법인”이라 한다)에 대한 세무조사 결과, 청구인이 2021.10.1. BBB으로부터 이 건 법인의 주식 OOO주(전체 발행 주식의 5.5%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하여 이 건 법인의 주식 55%를 소유한 과점주주가 되었음에도 과점주주 간주취득세를 신고.납부하지 아니한 것으로 보아, 2023.12.22. 청구인에게 이 건 법인의 취득세 과세대상 물건의 장부가액 OOO원에 청구인의 주식 소유 비율(55%)을 곱하여 계산한 금액인 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과.고지하였다.

나. 청구인은 이에 불복하여 2024.3.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2013.12.30.부터 이 건 법인의 주식 71%를 사실상 보유하고 있었으나, 청구인이 보유한 주식 일부를 이 건 법인의 다른 직원들에게 명의신탁하여 외관상 49.5%를 보유한 것으로 기재되어 있던 것이다. 따라서 청구인이 2021.10.1. 쟁점주식을 취득하여 이 건 법인의 과점주주가 된 것으로 보아 한 이 건 취득세 부과처분은 위법하다.

2013.12.30. 이전의 주식 보유 현황은 아래 ＜표1＞과 같고, 이 건 법인의 당시 대표이사였던 CCC이 이 건 법인의 주식 OOO주(52%)를 보유하고 있었다.

＜표1＞ 2013.12.29. 현재 이 건 법인의 주식 보유 현황

(단위 : 주, %)

○○○

이 건 법인은 2012사업연도부터 사업의 부진으로 어려움을 겪고 있었는데, 당시 대표이사였던 CCC이 법인카드를 사적으로 사용하는 등 비리가 알려지자 이 건 법인의 임원들이 CCC의 퇴사를 권고하게 되었다.

CCC의 퇴사에 대하여 협의를 진행한 결과, CCC이 소유하고 있던 이 건 법인 주식 OOO주를 OOO원에 인수하기로 하였고, 추가로 CCC에게 퇴직위로금 OOO원을 지급하기로 하였다. 다만, 회사 사정이 좋지 않아 다른 주주들은 CCC 소유의 주식을 취득하고자 하는 의사가 없어 청구인이 위 주식을 모두 취득하기로 하였다.

청구인은 위 금액을 지급하기 위하여 청구인 명의로 대출을 받은 후, CCC에게 주식 인수 대금으로 2013.12.24. OOO원, 2013.12.26. OOO원, 2013.12.27. OOO원을 각 지급하였다. 이체 내역에는 2013.12.27.에 CCC에게 OOO원을 이체한 것으로 기재되어 있으나, 이 중 OOO원은 퇴직 위로금에 해당한다. 퇴직위로금 중 남은 OOO원은 2014.1.3. OOO원을, 2014.1.6. OOO원을 각 이체하였다.

청구인은 위와 같이 CCC이 소유하고 있던 이 건 법인 주식 OOO주를 모두 인수하였으나, 청구인의 지분율이 50%를 초과하지 않도록 하기 위하여 청구인은 명목상 OOO주만 취득하고, 나머지 OOO주는 이 건 법인의 주주였던 BBB에게 OOO주, DDD에게 OOO주, EEE에게 OOO주를 명의신탁하였다.

이를 위하여 청구인은 이 건 법인 주식 OOO주를 형식상 각 주주들이 인수한 것으로 하기 위해 매매계약서를 각각 작성하려고 하였으나, CCC은 청구인과의 매매계약서에만 날인을 하고, 다른 주주들과의 주식 매매계약서는 사실과 다르다는 이유로 날인을 하지 않았다.

다른 주주들이 회사 사정이 어려워 주식을 인수하는 것을 거부하였고, CCC에게 주식 매매대금을 지급한 바도 없다는 점에 대하여는 당사자들이 확인서를 작성하여 제출하였다.

이와 같은 사실관계를 고려하면, 청구인은 2013.12.30. CCC으로부터 이 건 법인의 주식 OOO주를 인수하여 2013.12.30. 과점주주가 되었으므로, 청구인이 2021.10.1. 이 건 법인의 과점주주가 된 것으로 보아 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다고 할 것(대법원 2004.7.9. 선고 2003두1615 판결 참조)이다.

그리고, 구 「지방세법」 제105조 제6항 본문에 의하여 취득세의 납세의무를 부담하는 과점주주는 같은 법 제22조 제2호에 정한 형식적 요건을 갖추어야 할 뿐만 아니라 당해 과점주주가 법인의 운영을 실질적으로 지배할 수 있는 지위에 있음을 요하는바, 이때 법인의 운영을 실질적으로 지배할 수 있는 지위라 함은 실제 법인의 경영지배를 통하여 법인의 부동산 등의 재산을 사용ㆍ수익하거나 처분하는 등의 권한을 행사하였을 것을 요구하는 것은 아니고, 소유하고 있는 주식에 관하여 의결권 행사 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다할 것(대법원 2008.10.23. 선고 2006두19501 판결 참조)이다.

청구인의 경우, 이 건 법인의 주식 49.5%를 보유하고 있는 상태에서 2021.10.1. BBB으로부터 쟁점주식(5.5%)을 취득하여 최초로 이 건 법인의 과점주주가 된 사실이 확인되므로 청구인은 2021.10.1. 과점주주 취득세 납세의무가 성립되었다 할 것인 점, 청구인이 명의수탁자들과 작성한 명의신탁 계약서나 명의신탁해제 합의서 등 입증자료를 제시하지 못하고 있고, 청구인이 제출한 확인서는 사인 간에 임의로 작성할 수 있어 객관적인 증빙으로 보기 어려운 점,

청구인은 CCC으로부터 취득한 이 건 법인 주식 OOO주에 대한 대가로 CCC에게 OOO원을 지급하였다고 이체결과내역을 제출하였으나, CCC과 작성한 주식 양도·양수 계약서에서 거래 총액이 OOO원 것으로 확인되어 사실관계가 다른 점,

청구인은 2024.7.1. 명의수탁자 DDD, EEE를 상대로 제기한 주주권확인 소송의 판결문을 제출하였으나, 청구인이 제출한 주주권확인소송에 대한 판결문은 ‘무변론종결’된 것으로서 법원이 별도의 입증절차 없이 주장사실 또는 청구원인이 된 사실을 그대로 인정할 것인바, 판결문상의 내용 자체가 진정한 사실관계에 부합된다고 인정하기는 어렵다 할 것(조심 2016지1282, 2017.8.9., 같은 뜻임)인 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청에서 청구인이 2021.10.1. 최초로 이 건 법인의 과점주주가 된 것으로 보아 한 이 건 부과 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 과점주주가 된 시기를 실질에 따라 판단하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 주식등변동상황명세서에 따르면, 이 건 법인의 주식변동내역은 아래와 같다.

＜표2＞ 이 건 법인의 주식변동내역

○○○

(나) 청구인은 CCC이 양도자로, 청구인, DDD, EEE, BBB이 양수자로 각 기재된 주식 양도, 양수 계약서들을 제출하였고(양수대금 합계 OOO원), 양수자가 청구인으로 기재된 계약서에는 날인이 되어있으나, 양수자가 DDD, EEE, BBB으로 기재된 계약서에는 날인이 되어있지 않음이 확인된다.

(다) 예금거래 실적 증명서에 따르면, 청구인은 CCC에게 2013.12.24.～2013.12.27. 기간 동안 OOO원을 이체한 사실이 확인되고, 청구인은 2013.12.27. 입금한 OOO원 중 OOO원은 퇴직위로금 명목으로 지급된 것으로, CCC에게 주식 양수의 대가로 지급한 금액은 위의 OOO원을 제외한 OOO원이라고 소명하였다.

(라) 청구인은 2013.12.24. OOO원을, 2024.1.3. OOO원을 각 은행에서 차입하였음이 확인된다.

(마) BBB과 청구인, DDD, EEE 간에 2021.10.1. 작성된 주식매매계약서에 따르면, 청구인은 BBB으로부터 이 건 법인의 주식 OOO주를 OOO원에, DDD는 OOO주를 OOO원에, EEE는 OOO주를 OOO원에 양수하기로 약정하였다.

(바) 청구인은 DDD, EEE에게 주주권확인 소송을 제기하여 DDD, EEE가 소유하고 있던 이 건 법인의 주식이 실제로는 청구인 소유임을 확인하는 판결을 받았다고 주장하며, 아래의 판결문(무변론 판결)을 제출하였다.

＜청구인이 제출한 주주권 확인 소송 판결문＞

수 원 지 방 법 원 판 결 사 건 : OOO 주주권확인 원 고 : OOO(청구인) 피 고 : DDD, EEE 변론종결: 무변론 판결선고: OOO 주 문 1. 피고는 별지 목록 기재 주주가 원고임을 확인하다. 2. 소송비용은 피고들이 부담한다.

(사) 청구인은 BBB, DDD, EEE 명의의 확인서를 제출하였고, 위 확인서들에는 BBB 등이 주식을 실제 인수한 것이 아니고, 주식 매매대금을 지급한 사실도 없으며, 다만 OOO이 인수한 주식 중 일부를 형식상 인수한 것으로 승낙하였다는 내용이 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」 제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제11조 제1항에서 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.

(나) 과점주주 간주취득세는 과점주주라는 형식적 요건을 갖춘 자에게 부과되는 것이므로 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서, 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 주주명의의 도용이나 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 주주가 아님을 주장하는 명의자가 그 사정을 입증하여야 할 것이다(대법원 2004.7.9. 선고 2003두1615 판결, 같은 뜻임).

(다) 청구인은 2013.12.30. CCC으로부터 이 건 법인의 주식 OOO주를 인수하여 2013.12.30. 과점주주가 되었으므로, 청구인이 2021.10.1. 이 건 법인의 과점주주가 된 것으로 보아 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 위법하다고 주장한다.

그러나, 청구인은 이 건 법인 주식의 일부를 명의신탁하였다는 청구주장과 관련하여 수원지방법원의 판결문(무변론 판결) 등을 제출하였으나, 무변론 판결은 법원이 별도의 입증절차 없이 그 주장사실 또는 청구의 원인이 된 사실을 그대로 인정하여 판단한 것으로 법원판결문상의 내용 자체가 진정한 사실관계에 부합한다고 보기 어려운 점(조심 2023지5619, 2024.5.28., 같은 뜻임), 청구인이 CCC에게 지급하였다고 소명한 주식 대금 OOO원과 CCC과 청구인, BBB 등 간에 작성된 주식 매매계약서 상 주식 대금 합계 OOO원에 차이가 있고, 이후 청구인이 BBB에게 양수한 주식 수도 주식변동상황명세서상 주식 수와 차이가 있는 등 청구인이 제출한 증빙을 그대로 신뢰하기 어려운 점, 청구인이 제출한 양도계약서 중 양수자가 DDD, EEE, BBB으로 기재된 계약서에는 날인이 되어있지 않아 그 효력을 인정하기 어려운 점 등에 비추어 청구인이 2013.12.30. 과점주주 요건을 충족하였다는 청구주장이 충분히 입증되었다고 보기 어려우므로, 청구인이 2021.10.1. 과점주주가 된 것으로 보아 처분청이 청구인에게 과점주주 간주취득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.

(2) 지방세법 시행령

제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 “주식등”이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.

② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 “주식등의 비율”이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.

(3) 지방세기본법

제17조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래가 서류상 귀속되는 자는 명의(名義)만 있을 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 이 법 또는 지방세관계법을 적용한다.

② 이 법 또는 지방세관계법 중 과세표준 또는 세액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다.