이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.7.28. 대전광역시 서구 OOO 일원에 일반분양분 공동주택 1,539세대, 보류지 공동주택 3세대를 포함한 공동주택 1881세대 및 근린생활시설 45호를 신축(이 중 일반분양분 공동주택 1,539세대와 보류지 공동주택 3세대, 근린생활시설 45호를 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)하여 취득한 후, 2022.9.5. 일반분양분 공동주택에 대하여 100분의 75의 경감률을, 보류지 공동주택에 대하여는 취득세 면제 대상이나, 「지방세특례제한법」 제177조의2 제1항에 따라 최소납부세제의 적용 대상에 해당하는 것으로 보아 100분의 85의 경감률을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고.납부하였다.

나. 청구법인은 2022.11.19. 처분청에 건설비 등 일부 항목을 취득세 과세표준에서 제외할 것을 요구하는 경정청구를 하여 2023.1.9. 취득세 등 합계 OOO원을 환급받았다(잔여세액 취득세 등 합계 OOO원).

다. 청구법인은 2023.7.17. 처분청에 쟁점부동산은 최소납부세제의 적용 대상에 해당하지 않아 취득세가 전액 감면되어야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 일반분양분 공동주택 및 근린생활시설의 취득이 취득세 면제 대상이나, 「지방세특례제한법」 제177조의2 제1항에 따라 최소납부세제의 적용 대상에 해당하여 100분의 85의 경감대상인 것으로 보아 2023.9.14. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 환급하였다(잔여세액 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원).

라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.12.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「지방세특례제한법」 제177조의2 제1항에서 ‘이 법에 따라 취득세가 면제되는 경우에는, 100분의 85에 감면율을 적용’하도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 ‘제4조에 따라 지방자치단체 감면조례로 취득세 또는 재산세를 면제하는 경우에도 제1항을 따른다. 다만 「조세특례제한법」의 위임에 따른 감면은 그러하지 아니하다’라고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서는 ‘제2항에도 불구하고 제1항의 적용 여부와 그 적용 시기는 해당 지방자치단체의 감면조례로 정할 수 있다’고 규정하고 있다.

한편, 「대전광역시 시세 감면 조례」 제16조에서 ‘법 제177조의2 제3항에 따라 법 제177조의2 제1항 본문을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있다. 위와 같이 최소납부세제를 적용하지 않는 것으로 규정한 지방자치단체는 서울특별시와 대전광역시인데, 서울특별시는 최소납부세제를 적용하지 않는 것으로 조례를 개정하면서, 개정 당시 조례안의 검토보고서에 ‘조례에 의한 취득세 면제시 「지방세특례제한법」상 감면 특례의 제한을 받지 않도록 정함’으로 명시하여 설명한 바 있다.

위 규정에서 보는 바와 같이 「지방세특례제한법」 제177조의2 제3항에서 제1항(최소납부세제)의 적용 여부와 그 적용 시기는 해당 지방자치단체의 감면조례로 정할 수 있다고 규정하고 있고, 「대전광역시 시세 감면 조례」 제16조에서 법 제177조의2 제1항 본문을 적용하지 아니한다고 규정하고 있는바, 대전광역시에 소재한 쟁점부동산의 취득에 대하여 최소납부세제가 적용되지 않으므로 처분청이 최소납부세제를 적용하여 한 이 건 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 「지방세특례제한법」 제177조의2 제2항 및 같은 법 제177조의2 제3항 및 「대전광역시 시세 감면 조례」 제16조에 따라 쟁점부동산에 최소납부세제를 적용하는 것은 부당하다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다고 할 것(대법원 2003.1.24. 선고, 2002두9537판결, 같은 뜻임)이고, 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법의 동기, 취지 및 그에 따른 헌법합치적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것(대법원 2008.1.31. 선고, 2007두13852판결, 같은 뜻임)이다.

「지방세특례제한법」 제177조의2 제2항은 같은 법 제4조에 따라 지방자치단체 감면조례로 취득세를 면제하는 경우 최소납부세제를 적용하도록 하고, 같은 법 제3항은 제2항에도 불구하고 최소납부세제의 적용 여부와 그 적용 시기는 해당 지방자치단체의 감면조례로 정할 수 있도록 2016.12.27. 동시에 신설되었고, 행정안전부 2017년 개정 지방세특례제한법 적용요령에서도 해당 조문의 개정 내용으로 감면조례로 취득세 또는 재산세를 면제하는 경우도 최소납부세제를 적용할 수 있도록 근거를 마련하면서 그 적용여부 및 적용시기를 해당 지방자치단체의 감면 조례로 정하도록 규정하였다는 것을 확인할 수 있고, 제3항 조문에서 “제2항에도 불구하고”라고 명시한 것은 지방자치단체 감면조례에 따른 최소납부세제에 한정하여 본문을 적용하는 것으로 해석하는 것이 명백하므로 「대전광역시 시세 감면 조례」에서 정한 최소납부세제 적용 배제 규정을 「지방세특례제한법」에서 정한 취득세 면제 규정에도 적용하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

지방자치단체의 조례에서 최소납부세제를 적용하지 않도록 규정한 경우, 「지방세특례제한법」에 따른 취득세 감면에 대하여 최소납부세제 적용이 배제되는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2022.7.28. 쟁점부동산 등을 신축하였고, 2022.9.5. 취득세 등 합계 OOO원을 신고.납부하였다.

(나) 청구법인은 2023.7.17. 처분청에 쟁점부동산은 최소납부세제의 적용 대상에 해당하지 않아 취득세가 전액 감면되어야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 일반분양분 공동주택 및 근린생활시설이 취득세 면제 대상이나, 「지방세특례제한법」 제177조의2 제1항에 따라 최소납부세제의 적용 대상에 해당하여 100분의 85의 경감대상인 것으로 보아 2023.9.14. 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO원을 환급하였다(잔여세액 취득세 등 합계 OOO원).

(다) 청구법인이 제출한 서울특별시 시세감면조례 일부개정조례안 검토보고서(2017.4.24.)에 따르면, 개정안의 주요 내용으로 ‘조례에 의한 취득세 면제시 「지방세특례제한법」상 감면 특례의 제한을 받지 않도록 정함(안 제22조의2)’이라는 내용이 명시되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」 제177조의2 제1항에서 이 법에 따라 취득세가 면제되는 경우에는 이 법에 따른 취득세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율을 적용한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 제4조에 따라 지방자치단체 감면조례로 취득세를 면제하는 경우에도 제1항을 따른다고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서 제2항에도 불구하고 제1항의 적용 여부와 그 적용 시기는 해당 지방자치단체의 감면조례로 정할 수 있다고 규정하고 있다.

한편, 「대전광역시 시세 감면 조례」 제16조에서 법 제177조의2 제3항에 따라 법 제177조의2 제1항 본문을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 「대전광역시 시세 감면 조례」 제16조에서 법 제177조의2 제1항 본문을 적용하지 아니한다고 규정하고 있는바, 대전광역시에 소재한 쟁점부동산의 취득에 대하여 최소납부세제가 적용되지 않으므로 처분청이 최소납부세제를 적용하여 한 이 건 처분은 위법하다고 주장한다.

그러나, 「지방세특례제한법」 제177조의2 제2항과 제3항의 규정을 종합하여 고려하면, 「지방세특례제한법」제177조의2 제3항의 해당 지방자치단체의 감면조례로 최소납부세제의 적용 여부와 그 적용 시기를 정할 수 있는 경우는 같은 조 제2항의 지방자치단체 감면조례로 취득세 등이 면제되는 경우에 한한다고 보아야 할 것이고 「지방세특례제한법」에 따라 최소납부세제가 적용되는 경우에는 해당 지방자치단체의 감면조례로 최소납부세제의 적용 여부 등을 정할 수 없는 것으로 보아야 할 것인바,

쟁점부동산은 「지방세특례제한법」 제74조 제1항에 따라 취득세가 면제되어 최소납부세제가 적용되는 것이어서 「대전광역시 시세 감면 조례」제16조에서 규정하고 있는 최소납부세제 적용 제외대상에 해당하지 아니하는 것으로 보이므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부개정되기 전의 것)

제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ① 「도시개발법」에 따른 도시개발사업과 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업(재개발사업으로 한정한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 환지계획 및 토지상환채권에 따라 취득하는 토지, 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 “환지계획 등에 따른 취득부동산”이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액의 합계액을 초과하여 「도시 및 주거환경정비법」등 관계 법령에 따라 청산금을 부담하는 경우에는 그 청산금에 상당하는 부동산

2. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산. 이 경우 사업시행인가(승계취득일 현재 취득부동산 소재지가 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역으로 지정된 경우에는 도시개발구역 지정 또는 정비구역 지정) 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자로 한정한다.

(2) 지방세특례제한법(2022.1.1. 법률 제18656호로 일부개정된 것)

제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다(각 호 생략).

② 제4조에 따라 지방자치단체 감면조례로 취득세 또는 재산세를 면제하는 경우에도 제1항을 따른다. 다만, 「조세특례제한법」의 위임에 따른 감면은 그러하지 아니하다.

③ 제2항에도 불구하고 제1항의 적용 여부와 그 적용 시기는 해당 지방자치단체의 감면조례로 정할 수 있다.

(3) 대전광역시 시세 감면 조례

제16조(지방세 감면 특례의 제한 적용 제외) 법 제177조의2 제3항에 따라 법 제177조의2 제1항 본문을 적용하지 아니한다.

(4) 대한민국 헌법

제117조 ① 지방자치단체는 주민의 복리에 관한 사무를 처리하고 재산을 관리하며, 법령의 범위 안에서 자치에 관한 규정을 제정할 수 있다.