청구법인이 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 이 건 토지를 「과학관법」에 따른 과학관으로 직접 사용한 점 등에 비추어 볼 때 청구법인이 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는 이 건 토지를 「지방세특례제한법」제44조의2 제2항에 따른 재산세 감면대상으로 봄이 타당하므로 처분청이 청구법인에게 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨.

이유

1. 처분개요 가. 처분청은 청구법인이 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는 충청남도 태안군 OOO 외 157필지 582,299.26㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대하여 「지방세법」제106조 제1항에 따른 각 종합·별도·분리합산과세대상으로 구분한 후, 이 건 토지의 공시지가의 합에 공정시장가격비율(70%)을 곱하여 산정한 금액(OOO원)을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제111조 제1항 제1호 각목의 세율을 각 적용하여 산출한 2023년도 토지분 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 재산세 등”이라 한다)을 2023.9.11. 청구법인에게 부과·고지하였다. 나. 청구법인은 이에 불복하여 2023.12.5. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 「지방세특례제한법」제44조의2 제2항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에서 대통령령으로 정하는 도서관 또는 과학관에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 해당 도서관 또는 과학관에 직접 사용하는 부동산[(해당 시설을 다른 용도로 함께 사용하는 경우에는 그 부분은 제외한다), 이하 “쟁점괄호규정”이라 한다]에 대해서는 재산세를 각각 2024년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 쟁점규정에서 대통령령으로 정하는 과학관이라 같은 법 시행령 제21조의2 제2항 제2호에서 「과학관의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률」(이하 “「과학관법」”이라 한다) 제6조에 따라 등록된 과학관이라고 규정하고 있다. 또한, 「과학관법」제2조 및 제6조에서 과학관이란 기초ㆍ응용과학뿐만 아니라 자연사에 관한 역사적ㆍ교육적 가치가 있는 과학기술자료를 수집ㆍ조사ㆍ연구하고, 이를 보존ㆍ전시하는 시설이라고 정의하고 있고, 같은 법 제5조 및 같은 법 시행령 제3조 및 제4조에서 과학관은 과학기술자료[자연사자료(식물자료)]의 발굴ㆍ수집ㆍ보존ㆍ관리 및 전시 등의 사업을 수행하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제3조에서 과학기술자료 중 자연사자료에는 동물, 식물, 지질, 자연, 환경, 천문 등 자연계를 구성하고 있는 자료 및 현상과 자연의 역사에 관한 자료를 다루는 분야라고 명시하고 있다. 가. 청구법인 주장 청구법인은 자연사(식물) 과학관으로 등록ㆍ운영하면서 기존에 등록ㆍ운영하던 수목원도 유지되는 형식이나, 명칭만 수목원으로 사용하고 있을 뿐, 실질적으로는 자연사(식물) 과학관으로 운영하고 있고, “「과학관법」에 따른 과학기술자료 중 자연사자료인 식물”과 「수목원ㆍ정원의 조성 및 진흥에 관한 법률」(이하 “「수목원법」”이라 한다)에 따른 수목유전자원은 용어의 차이만 있을 뿐 동일하게 식물을 지칭하며, 사업 수행의 범위를 비교해 보면 대부분의 항목이 일치하는 것을 확인할 수 있다. 청구법인은 2015.10.12. 현재 이 건 토지 및 그 지상건축물 등(이하 “이 건 시설 등”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)에 대하여 「과학관법」에 따른 과학관으로 충청남도지사로부터 등록을 받았고, 매년 충청남도에 과학관 운영현황을 보고하고 있다. 처분청은 과학관의 사업범위에 해당함에도 수목원의 사업과 중첩된다면 쟁점규정에 따른 감면대상이 아니라는 주장을 하고 있으나, “다른 용도로 함께 사용하는 경우”는 감면 용도로 사용되지 않은 상태에서 간헐적 또는 일시적으로만 감면 용도로 사용되는 것을 의미한다. 즉, 청구법인과 같이 관련법상 자연사(식물) 과학관에 해당할 뿐만 아니라, 수목원에도 해당하여 과학관의 업무와 수목원의 업무가 중복되는 경우까지 재산세 감면이 배제된다고 주장하는 것은 부당하다. 또한, 행정안전부 유권해석(지방세특례제도과-152, 2023.9.15.)에서도, “쟁점 감면 대상에서 제외되는 다른 용도로 사용하는 경우라 함은 과학관에 해당하는 사업과 과학관에 해당하지 아니하는 사업을 겸용하는 경우를 말하는 것으로서, 과학관의 사업범위에 해당함에도 수목원의 사업과 중첩된다하여 이를 감면대상에서 배제하고자 한 규정이 아니다”라고 회신한바 있다. 실제로 청구법인은 ①식물자료의 발굴·수집·보존·관리 및 전시, ②식물자료에 대한 전문적·학술적인 조사와 연구, ③식물 관련 교육프로그램의 개설 및 운영, ④식물 자료에 관한 책자 제작, ⑤특별 전시회 개최, ⑥전시기법 자문 등 과학관으로서의 연구 등을 지속적으로 수행하여 왔으며, OOO이나 OOO대학교 생명산업과학대학 등과 협업을 통하여 생명산업과학분야의 역량강화를 위한 노력을 지속적으로 수행하고 있다. 위에서 볼 수 있듯이 청구법인은 이 건 부동산에서 과학관에 해당되는 사업을 직접적으로 수행하여 온 것이 명백하게 증명되고, 행정안전부 지방세특례제도과도 “쟁점 감면 대상에서 제외되는 다른 용도로 사용하는 경우를 과학관에 해당하는 사업과 과학관에 해당하지 아니하는 사업을 겸용하는 경우를 말하는 것으로서, 과학관의 사업범위에 해당함에도 수목원의 사업과 중첩된다하여 이를 감면대상에서 배제하고자 한 규정이 아니다”라고 질의에 대해 회신해 준 바가 있듯이 이 건 토지는 청구법인이 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 과학관에 직접 사용하고 있는 것으로 볼 수 있으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 청구법인의 명칭은 OOO이고 2002.4.30. 「수목원법」 제9조에 따라 수목원(이하 “이 건 수목원”이라 한다)으로, 2015.10.12. 「과학관법」제6조에 따라 과학관으로 등록되었다. 「지방세특례제한법」제44조의2 제2항에서 박물관 등에 대한 감면에 있어 과학관에 직접 사용하는 부동산이라고 하더라도 ‘다른 용도로 함께 사용하는 경우에는 그 부분은 제외한다’고 규정되어 있고, 청구법인의 경우 과학관으로 등록은 되어 있으나, 동시에 수목원 등록이 되어 있고, 과학관 사용 부분과 수목원 사용 부분을 구분할 수 없는 상태라고 한다면 과학관으로 직접 사용한다고 하더라도 그 직접 사용 부분이 명확하지 아니하고, 오히려 다른 용도(수목원)로 사용하고 있는 것으로도 볼 수 있으므로 재산세 면제 대상으로 볼 수 없다. 처분청은 청구법인에게 사립수목원 강화를 위하여 매년 수목원 코디네이터를, 사립수목원 활성화 사업(인건비, 재료비 등 지원) 보조금을, 기관회원 가입비를 지급받고 있고, 청구법인의 2020년도부터 2022년도까지 손익계산서 및 지출예산 현황에서도 과학관으로 직접 사용하는 근거는 전혀 찾아볼 수 없으며, 2015년 청구법인이 충청남도지사에게 과학관 등록을 신청하면서 제출한 전문직원 현황도 과학관 등록 전부터 이미 수목원에서 채용하고 있던 직원들이었던 것으로 확인되듯이 청구법인이 이 건 시설 등을 수목원으로 사용하고 있는 근거는 명확한 반면 과학관으로 사용 및 운영 근거는 없다. 조세감면의 범위를 정하는 규정은 이를 확대·유추해석 할 경우 조세형평의 원칙에 반하는 결과를 초래하기에 과세 요건을 정하는 규정과 같이 엄격히 해석하여야 할 것인바, 재산세 감면범위를 정한「지방세특례제한법」제44조의2 제2항의 법문에 대한 엄격해석을 할 때 이 건 토지는 청구법인이 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 과학관에 직접 사용하고 있는 것으로 볼 수 없으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 청구법인이 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는 이 건 토지가 「지방세특례제한법」 제44조의2 제2항에 따른 재산세 감면대상에 해당되는지 여부 나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 산림청장은 2002.4.30. 아래와 같이 청구법인에게 수목원등록증을 교부하였다. ㅇㅇㅇ (나) 충청남도지사는 2023.3.3. 청구법인의 과학관 시설명세서 변경신청과 관련하여 「과학관법」제6조 제4항 및 같은 법 시행규칙 제3조에 따라 변경한 후 아래와 같이 등록증을 교부하였고, 그 시설명세서상 부지면적은 이 건 토지를 포함한 587.663㎡로, 건축물 3,927㎡, 야외전시장 및 편의시설 499,750㎡ 등으로 기재되어 있다. ㅇㅇㅇ (다) 청구법인은 2023.7.12. 충청남도지사에게 청구법인의 이 건 부동산이「과학관법」에 따른 과학관에 해당되는지 여부를 질의하였고, 충청남도지사는 2023.7.14. 청구법인에게 이 건 부동산이 「과학관법」에 따른 과학관에 해당한다고 아래와 같이 회신하였다.

제목 OOO수목원 과학관(자연사) 해당여부 질의 회신 위와 관련 질의하신 ‘OOO수목원 과학관(자연사) 해당여부’에 대하여 다음과 같이 회신드립니다. 가. 질의 내용은 OOO 수목원이 과학관으로서의 요건 및 역할 등 정체성을 검토하였을 때, 자연사 과학관에 해당하는지 여부에 대한 사항입니다. 나. 「과학관의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」제6조에 따라 공립 및 사립과학관을 설립·운영하는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 과학관의 시설, 과학기술자료 및 전문직원에 관한 등록요건을 갖추어 그 과학관의 소재지를 관할하는 특별시장·광역시장·특별자치시장·도지사 또는 특별자치도지사에게 등록할 수 있습니다. 다. 위 관계법령에 근거하여 OOO수목원은 자연사(식물)분양 전문과학관으로서 등록요건을 갖추어 최초 등록(2015.10.12.) 후 회신일 현재(2023.7.14.)까지 우리도에 등록되어 있는 과학관임을 안내해드립니다. ○ 구분 : 사립/전문과학관[분야 : 자연사(식물)] ○ 소재지 : 충청남도 태안군 OOO ○ 대표자 : A ○ 등록일 : 2015.10.12. ○ 등록번호 : 충남 제2015-1호 ○ 전문과학관 등록현황 구분 등록요건 천리포수목원 등록현황 충족여부 시설 전시실 100㎡ 이상(식물원의 경우, 200㎡ 이상의 전시실 도는 1,000㎡ 이상의 야외전시장) 야외전시장 336,115㎡ 충족 사무동 사무실·연구실·자료실·강당 중 1개 사무실·연구실·자료실·강당 구비 충족 과학기술자료 30점(종) 이상 식물 150종 등록 충족 전문직원 1명 이상 전문직원 3명 등록 충족

(라) 청구법인은 이 건 토지가 「과학관법」에 따른 과학관과 「수목원법」에 따른 수목원이 중첩되어 등록되어 있고, 이 건 과학관이 「과학관법」제2조 제2호 및 같은 법 시행령 제3조 등에 따른 자연사(식물) 박물관으로 아래와 같이 「과학관법」 제5조에 따른 과학관 사업과 「수목원법」 제3조 제1항에 따른 수목원 사업이 대부분 일치하고 있어 이 건 토지를 위 두가지 사업중 어느 용도에만 사용하고 있다고 보기는 어렵다고 주장하고 있다. 과학관 수목원 「과학관법」 제5조(사업) 과학관은 다음 각 호의 사업을 한다. 1. 과학기술자료의 발굴ㆍ수집ㆍ보존ㆍ관리 및 전시 2. 과학기술자료에 관한 전문적ㆍ학술적인 조사ㆍ연구 3. 과학기술교육프로그램의 개설ㆍ운영 4. 과학기술자료에 관한 각종 간행물의 제작ㆍ배포 5. 국내외 다른 과학관과의 과학기술자료ㆍ간행물 또는 정보의 교환 및 공동연구 등의 협력 6. 그 밖에 과학관의 설립목적을 달성하기 위하여 필요한 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업 같은 법 시행령 제4조(과학관의 사업) 법 제5조제6호에서 “대통령령으로 정하는 사업”이란 다음 각 호의 사업을 말한다. 1. 야외관찰학습지도 2. 전시기법의 연구ㆍ개발 3. 특별전시회의 개최 4. 표본 제작의 실습지도 5. 산업현장 실습지도 6. 과학 공작 및 모형의 조립지도 7. 과학경연대회의 개최 8. 체험ㆍ탐구ㆍ연구 프로그램 등의 개설ㆍ운영 제3조(사업) ① 수목원은 다음 각 호의 사업을 수행한다. 다만, 제10호부터 제13호까지의 사업은 제5조제1항에 따른 국립수목원에서 수행한다. 1. 수목유전자원의 수집ㆍ증식ㆍ보존ㆍ복원ㆍ관리 및 전시 2. 수목유전자원의 이용, 품종개발 및 보급 3. 수목유전자원에 관한 학술적ㆍ산업적 조사 및 연구 4. 수목유전자원에 관한 데이터베이스의 구축 및 운영 5. 수목유전자원에 관한 각종 간행물의 제작 및 배포 6. 수목유전자원에 관한 자연학습 및 관련 행사의 개최 7. 국내외 수목원 간의 수목유전자원 및 이에 관한 정보의 교류 등 유기적인 협력 8. 희귀식물ㆍ특산식물의 현지 외 보전 및 점검 9. 각종 산림표본의 수집ㆍ제작 및 수장(收藏) 관리 9의2. 수목원의 설립 목적을 달성하기 위하여 필요한 범위에서 전시품 및 기념품의 제작ㆍ판매 등 경영활성화를 위한 수익사업으로서 대통령령으로 정하는 사업 (마) 청구법인의 정관 및 아래 법인등기상 주요사업을 보면 청구법인이「과학관법」에 따른 자연사(식물) 과학관 사업과 「수목원법」에 따른 수목원 사업중 하나의 사업을 수행하는 것으로 구분되지 않는 것으로 확인되고, 청구법인은 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인 소유하고 있는 이 건 토지(582,299.26㎡)와 인근의 토지를 목적물로 하여 과학관(587.663㎡) 및 수목원으로 등록 한 것에서 볼 때 이 건 토지 전체가 박물관 및 수목원의 목적에 사용중인 것으로 볼 수 있다고 주장하고 있다.

본 수목원은 세계식물과 한국 식물의 비교 연구를 통하여 한국식물의 세계적 위치를 구명하여 식물자원의 보호와 실용화를 위한 사업 및 식물국민교육화를 목적으로 한다. 위 목적을 달성하기 위하여 다음 사업을 행한다. 1. 식물원의 조성 사업 2. 자연교육원의 설치 3. 세계식물의 연구사업 4. 외국의 식물 및 그 연구를 위한 자료 정보 교환 5. 식물자원의 보호와 실용화를 위한 연구사업 6. 식물 관계 전문 연구자의 훈련 7. 기타 본 수목원의 목적을 달성함에 있어서 필요하다고 인정된 사업 8. 목적달성을 위한 수익사업 9. 환경 및 산림교육, 직업능력개발훈련, 국민의 평생교육사업

(바) 청구법인은 행정안전부장관에게 청구법인의 이 건 토지가「지방세특례제한법」제44조의2 제2항에 따른 재산세 등 면제 대상하는지를 질의하였고, 행정안전부장관은 2023.9.15. 쟁점괄호규정의 적용대상은 과학관에 해당하는 사업과 과학관에 해당하지 아니하는 사업을 겸용하는 경우를 말하는 것으로, 과학관의 사업범위에 해당함에도 수목원의 사업과 중첩된다고하여 이를 감면대상에서 배제하고자 한 규정이 아니라고 보고 아래와 같이 회신하였다.

2. 질의요지 ○ 과학관으로 등록된 OOO수목원에 대해 「지방세특례제한법」제44조의2 제2항에 따른 과학관으로 보아 재산세를 면제할 수 있는지 여부 3. 회신내용 ○ 「지방세특례제한법」제44조의2 제2항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에서 대통령령으로 정하는 도서관 또는 과학관에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 해당 도서관 또는 과학관에 직접 사용하는 부동산(해당 시설을 다른 용도로 함께 사용하는 경우에는 그 부분은 제외한다)에 대해서는 재산세를 각각 2024년12월31일까지 면제한다고 규정하고 있으며, - 같은 법 시행령 제21조의2 제2항 본문 및 그 제2호에서는 “대통령령으로 정하는 과학관”이란 「과학관의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」제6조에 따라 등록된 과학관을 말한다고 규정하고 있습니다. ○ 한면, 감면대상 과학관의 범위를 규정한 「과학관의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」(이하「과학관법」)에 대하여 살펴보면 - 과학관(제2조)이라 함은 ”과학기술자료를 수집·조사·연구하여 이를 보존·전시하며, 각종 과학기술교육프로그램을 개설하여 과학기술지식을 보금하는 시설로서 제6조 제1항에 따른 과학기술자료, 전문직원 등 등록요건을 갖춘 시설을 말하고, 과학시술자료란 기초과학·응용과학·산업기술·과학기술사 및 자연사에 관한 자료 등 과학·기술에 관한 역사적·교육적 가치가 있는 것을 말하며, - 과학관의 사업(제5조)은 과학기술 자료의 발굴·수집·보존·관리 및 전시, 과학기술자료에 관한 전문적·학술적인 조사·연구, 과학기술교육프로그램의 개설·운영, 과학기술자료에 관한 각종 간행물의 제작·배포, 야외관찰학습지도, 전시기법의 연구·개발, 특별전시회의 개최 등의 사업을 말하고, - 사립과학관은 그 과학관의 소재지를 관할하는 시·도지사에게 등록(제6조)할 수 있으며, 시·도지사는 등록된 과학관이 등록 요건을 유지하지 못하여 사업을 할 수 없다고 인정되는 경우에 해당하는 등의 경우에는 그 등록을 취소할 수 있다고 규정하고 있습니다. ○ OOO수목원에 대하여 쟁점규정에 따른 재산세 감면을 적용할 수 있는지 여부를 살펴보면, - OOO수목원 소재지의 과학관을 관리하는 충남도지사가 해당 수목원이 과학관법에 따른 과학관에 해당한다고 회신(미래산업과-4063, 2023.7.14.)한 점에서 볼 때, 해당 수목원은 「과학관법」에 따라 등록된 과학관으로 보아야 할 것인 점, - 감면대상에서 제외되는 “다른 용도로 함께 사용하는 경우”라 함은 과학관에 해당하는 사업과 과학관에 해당하지 아니하는 사업을 겸용하는 경우를 말하는 것으로, 과학관의 사업범위에 해당함에도 수목원의 사업과 중첩된다고하여 이를 감면대상에서 배제하고자 한 규정이 아닌 점(행정안전부 지방세정팀-1304, 2006.3.30.) 등을 종합해 볼 때, - 과세기준일 현재 「과학관법」에 다라 등록된 과학관으로서 「과학관법」에서 규정한 사업을 영위하는 경우라면 감면대상에 해당하는 것으로 보아야 할 것으로 판단됩니다.

(사) 청구법인이 2015년 충청남도지사에게 이 건 과학관 등록을 신청하면서 「과학관법」제6조 제2항 제7호 등에 따라 제출한 전문직원(부원장 B, 팀장 C, D, 대리 E)의 현황을 보면 청구법인이 과학관으로 등록을 하기 전부터 청구법인에서 근무하였던 직원들인 것으로 확인된다. (아) 처분청은 2023년도 처분청 등이 사립수목원 강화를 위하여 매년 수목원 코디네이터 채용 지원(OOO원), 사립수목원 활성화 사업 보조금(OOO원), 기관회원 가입비(OOO원) 등 국·도·군비 보조금 사업방식으로 지원한 것 등에서 볼 때 이 건 토지는 이 건 수목원으로 사용중인 것으로 볼 수 있다는 의견이고, 청구법인은 위 보조금 등의 지원 및 그 사용은 이 건 토지 지상에 중첩되어 있는 이 건 과학관과 이 건 수목원 모두를 위하여 지원 및 사용되었다고 주장하고 있다. (자) 처분청은 우리 원에 2020년도 및 2021년도 손익계산서와 2022년도 예산지출총괄표를 제출하며, 이 자료의 수입, 지출항목 등에서 이 건 과학관으로 직접 사용되었다는 근거를 찾을 수 없다는 의견이나, 그 자료상 수입, 지출 항목 등에 별도로 이 건 수목원만을 위한 수입, 지출 등이라고 기재된바도 없는 것으로 확인된다. (차) 청구법인은 전국에 이 건 토지와 유사하게 그 토지에 「과학관법」에 따른 자연사(식물) 과학관 등록과 「수목원법」에 따른 수목원이 중첩되어 있는 과학관은 OOO수목원이 유일하고, 그 수목원은 전라남도지사가 직접 운영하는 공립수목원이라는 주장하며 그 증빙자료를 우리 원에 제출하였다. (카) 지방세관계법에서 쟁점괄호규정의 형태를 가지고 있는 조문은 「지방세특례제한법」 제44조 평생교육시설 및 제44조의2 박물관, 미술관, 도서관, 과학관이고, 그 규정의 연혁을 보면 2015.12.29. 「지방세특례제한법」개정전까지는 제44조에 함께 규정되어 있다가 평생교육시설과 그 성격이 다른 박물관, 미술관, 도서관, 과학관을 제44조의2에 분리하여 신설한 것으로 확인되며, 행정안전부는 2016년 1월 그 개정규정 당시 적용요령을 아래와 같이 지방자치단체에 송부한 것으로 확인된다.

□ 개정이유 평생교육시설(법 제44조) 중 그 성격과 운영방식이 상이한 박물관, 미술관, 도서관, 과학관을 분리하여 별개의 조문을 신설

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 「지방세특례제한법」제44조의2 제2항에서 대통령령으로 정하는 도서관 또는 과학관에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 해당 도서관 또는 과학관에 직접 사용하는 부동산(해당 시설을 다른 용도로 함께 사용하는 경우에는 그 부분은 제외한다)에 대해서는 재산세를 각각 2024년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제21조의2 제2항 법 제44조의2 제2항에서 “대통령령으로 정하는 도서관 또는 과학관”이란 다음 각 호에 따른 도서관 또는 과학관을 말한다고 하면서 그 제2호에서 「과학관법」 제6조에 따라 등록된 과학관이라고 규정하고 있으며, 「과학관법」 제6조 제1항에서 과학관을 설립ㆍ운영하는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 과학관의 시설, 과학기술자료 및 전문직원에 관한 등록 요건을 갖추어 국립과학관은 과학기술정보통신부장관에게, 공립 및 사립과학관은 그 과학관의 소재지를 관할하는 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ도지사 또는 특별자치도지사(이하 “시ㆍ도지사”라 한다)에게 등록할 수 있다고 규정하고 있다. (나) 쟁점괄호규정의 적용대상을 판단함에 있어 감면사업과 비감면사업의 성격이 상이하여 비감면사업에 사용하는 특정부동산의 면적을 특정할 수 있거나, 감면사업과 비감면사업을 순차적으로 사용하여 비감면사업으로 사용하는 것이 명확하게 구분되는 경우에는 그 비감면사업으로 사용한 부분에 대하여 감면을 배제하는 것은 합리적이라고 볼 수 있으나, 이 건 심판청구와 같이 특정부동산 전체에서 사업의 성격이 유사한 비감면사업과 중첩하여 지속적·연속적으로 그 부동산을 감면사업에 사용하고 있음에도 불구하고, 그 부동산을 쟁점괄호규정의 적용대상으로 보아 감면적용을 배제하는 것은 쟁점규정의 신설 취지 등에 부합한 것으로 보기가 어려워 보이며, 행정안전부장관도 2023.9.15. 유권해석(지방세특례제도과-152, 2023.9.15.)에서 쟁점괄호규정은 과학관에 해당하는 사업과 과학관에 해당하지 아니하는 사업을 겸용하는 경우를 말하는 것으로, 과학관의 사업범위에 해당함에도 수목원의 사업과 중첩된다고 하여 이를 감면대상에서 배제하고자 한 규정이 아닌 것으로 해석하였다. (다) 처분청은 청구법인이 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는 이 건 토지가 「지방세특례제한법」제44조의2 제2항에 따른 재산세 감면대상에 해당되지 않는다는 의견이나, 「과학관법」에 따른 자연사(식물) 과학관의 사업과 「수목원법」에 따른 수목원의 사업이 대부분 일치하고, 청구법인은 충청남도지사 등에게 이 건 토지 전체를 각 과학관과 수목원으로 등록한 점, 청구법인의 정관, 법인등기상 주요사업, 손익계산서, 예산지출총괄표 등에서 이 건 토지를 과학관 용지 또는 수목원 용지로 구분하여 사용한다거나 이 건 토지를 각 사업에 순차적으로 사용하였다고 볼 수가 없는 점, 청구법인이 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 이 건 토지를 「과학관법」에 따른 과학관으로 직접 사용한 점 등에 비추어 볼 때 청구법인이 2023년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는 이 건 토지를 「지방세특례제한법」제44조의2 제2항에 따른 재산세 감면대상으로 봄이 타당하므로 처분청이 청구법인에게 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률 (1) 지방세특례제한법 제44조의2(박물관 등에 대한 감면) ① 대통령령으로 정하는 박물관 또는 미술관에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 해당 박물관 또는 미술관에 직접 사용하는 부동산(해당 시설을 다른 용도로 함께 사용하는 경우에는 그 부분은 제외한다)에 대해서는 해당 부동산 취득일 이후 해당 부동산에 대한 재산세를 2024년 12월 31일까지 각각 면제한다. ② 대통령령으로 정하는 도서관 또는 과학관에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 해당 도서관 또는 과학관에 직접 사용하는 부동산(해당 시설을 다른 용도로 함께 사용하는 경우에는 그 부분은 제외한다)에 대해서는 재산세를 각각 2024년 12월 31일까지 면제한다. (2) 지방세특례제한법 시행령 제21조의2(박물관 등의 범위) ① 법 제44조의2 제1항에서 “대통령령으로 정하는 박물관 또는 미술관”이란 「박물관 및 미술관 진흥법」 제16조에 따라 등록된 박물관 또는 미술관을 말한다. ② 법 제44조의2 제2항에서 “대통령령으로 정하는 도서관 또는 과학관”이란 다음 각 호에 따른 도서관 또는 과학관을 말한다. 1. 「도서관법」 제36조에 따라 등록된 공공도서관[2024년 12월 31일까지는 종전의 「도서관법」(법률 제18547호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제40조에 따라 등록된 전문도서관을 포함한다] 2. 「과학관의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률」 제6조에 따라 등록된 과학관 (3) 과학관의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. “과학관”이란 과학기술자료를 수집ㆍ조사ㆍ연구하여 이를 보존ㆍ전시하며, 각종 과학기술교육프로그램을 개설하여 과학기술지식을 보급하는 시설로서 제6조 제1항에 따른 과학기술자료, 전문직원 등 등록 요건을 갖춘 시설을 말한다. 2. “과학기술자료”란 기초과학ㆍ응용과학ㆍ산업기술ㆍ과학기술사 및 자연사에 관한 자료와 그 밖에 대통령령으로 정하는 자료로서 과학ㆍ기술에 관한 역사적ㆍ교육적 가치가 있는 것을 말한다. 제5조(사업) 과학관은 다음 각 호의 사업을 한다. 1. 과학기술자료의 발굴ㆍ수집ㆍ보존ㆍ관리 및 전시 2. 과학기술자료에 관한 전문적ㆍ학술적인 조사ㆍ연구 3. 과학기술교육프로그램의 개설ㆍ운영 4. 과학기술자료에 관한 각종 간행물의 제작ㆍ배포 5. 국내외 다른 과학관과의 과학기술자료ㆍ간행물 또는 정보의 교환 및 공동연구 등의 협력 6. 그 밖에 과학관의 설립목적을 달성하기 위하여 필요한 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업 제6조(등록) ① 과학관을 설립ㆍ운영하는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 과학관의 시설, 과학기술자료 및 전문직원에 관한 등록 요건을 갖추어 국립과학관은 과학기술정보통신부장관에게, 공립 및 사립과학관은 그 과학관의 소재지를 관할하는 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ도지사 또는 특별자치도지사(이하 “시ㆍ도지사”라 한다)에게 등록할 수 있다. 다만, 제7조 제1항에 따라 시ㆍ도지사에게 설립계획의 승인을 받아 설립한 사립과학관의 경우에는 준공 후 지체 없이 등록하여야 한다. (4) 과학관의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률 시행령 제2조(그 밖의 과학기술자료)「과학관의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제2호에서 “대통령령으로 정하는 자료”란 시설물 또는 영상매체 등을 이용하여 과학기술에 대한 이해와 흥미를 유발시키기 위한 자료를 말한다. 제3조(과학기술자료의 분류) 법 제2조 제2호에 따른 과학기술자료는 별표 1과 같이 분류한다. ＜별표 1＞ 과학기술자료의 분류(제3조 관련)

분류	세분류	내용
5. 자연사자료	동물ㆍ식물ㆍ인류ㆍ고생물ㆍ광물ㆍ지질ㆍ천문ㆍ기상ㆍ해양ㆍ자연ㆍ생태ㆍ환경 등	자연계를 구성하고 있는 자료 및 현상과 자연의 역사에 관한 자료를 다루는 분야

제4조(과학관의 사업) 법 제5조 제6호에서 “대통령령으로 정하는 사업”이란 다음 각 호의 사업을 말한다. 1. 야외관찰학습지도 2. 전시기법의 연구ㆍ개발 3. 특별전시회의 개최 4. 표본 제작의 실습지도 5. 산업현장 실습지도 6. 과학 공작 및 모형의 조립지도 7. 과학경연대회의 개최 8. 체험ㆍ탐구ㆍ연구 프로그램 등의 개설ㆍ운영 (5) 수목원ㆍ정원의 조성 및 진흥에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. “수목원”이란 수목을 중심으로 수목유전자원을 수집ㆍ증식ㆍ보존ㆍ관리 및 전시하고 그 자원화를 위한 학술적ㆍ산업적 연구 등을 하는 시설로서 농림축산식품부령으로 정하는 기준에 따라 다음 각 목의 시설을 갖춘 것을 말한다. 가. 수목유전자원의 증식 및 재배 시설 나. 수목유전자원의 관리시설 다. 화목원ㆍ자생식물원 등 농림축산식품부령으로 정하는 수목유전자원 전시시설 라. 그 밖에 수목원의 관리ㆍ운영에 필요한 시설 제3조(사업) ① 수목원은 다음 각 호의 사업을 수행한다. 다만, 제10호부터 제13호까지의 사업은 제5조 제1항에 따른 국립수목원에서 수행한다. 1. 수목유전자원의 수집ㆍ증식ㆍ보존ㆍ복원ㆍ관리 및 전시 2. 수목유전자원의 이용, 품종개발 및 보급 3. 수목유전자원에 관한 학술적ㆍ산업적 조사 및 연구 4. 수목유전자원에 관한 데이터베이스의 구축 및 운영 5. 수목유전자원에 관한 각종 간행물의 제작 및 배포 6. 수목유전자원에 관한 자연학습 및 관련 행사의 개최 7. 국내외 수목원 간의 수목유전자원 및 이에 관한 정보의 교류 등 유기적인 협력 8. 희귀식물ㆍ특산식물의 현지 외 보전 및 점검 9. 각종 산림표본의 수집ㆍ제작 및 수장(收藏) 관리 9의2. 수목원의 설립 목적을 달성하기 위하여 필요한 범위에서 전시품 및 기념품의 제작ㆍ판매 등 경영활성화를 위한 수익사업으로서 대통령령으로 정하는 사업 10. 수목유전자원의 분류ㆍ명명 및 등록 11. 수목유전자원 목록의 작성 12. 국내 다른 수목원에 대한 기술 지도ㆍ지원 및 업무협조 13. 그 밖에 국가를 대표하는 수목원으로서의 기능 수행에 필요한 사업