예규·판례
청구법인이 취득한 쟁점부동산이 「지방...
심판청구
조심-2023-지-4256생산일자 2024.11.08.
AI 요약
요지
실질적인 지식산업센터를 설립한 자는 청구법인에 해당한다고 보는 것이 타당하다 할 것인 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지에 대한 취득세 등의 감면을 배제하고 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨. 다만, 청구법인이 지식산업센터용 건축물을 신축하기 위해 멸실한 쟁점건물은 쟁점규정에 따른 취득세 감면대상에 해당되지 않는다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 쟁점건물을 감면 대상에서 제외하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.
상세내용
청구법인이 쟁점부동산의 취득 당시 지식산업센터를 설립할 목적이었는지 여부는 외부에 객관적으로 드러난 자료에 근거해 판단할 수밖에 없고, 청구법인이 취득세 신고시 제출한 취득부동산 사용 계획서에 ‘청구법인은「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따라 지식산업센터 및 부대 근린생활시설 등을 신축할 예정에 있음’을 명시하였으므로 청구법인은 납세의무 성립 당시 지식산업센터 설립 목적이 있었음이 분명하다.
또한 청구법인은 처분청으로부터 2019.3.6. 청구법인의 명의로 지식산업센터 설립승인을 받았으므로, 청구법인은 이미 처분청으로부터 지식산업센터를 설립하는 자의 지위에 있음을 인정받은 것이다.
(다) 한편, 처분청은 쟁점규정에서 지식산업센터를 설립하는 자는 취득세 납세의무 성립일 이후의 지식산업센터 설립과정을 자신의 명의로 모두 거친 자를 의미한다고 주장하나, 쟁점규정은 개정 전 ‘설립승인을 받은 자’로 규정되어 있었고, 감면요건으로 설립승인 외에 설립승인 이후의 절차를 모두 부동산의 취득자가 그 명의로 직접 이행할 것을 요구하지 아니하였는바,
처분청의 주장은 사후추징요건인 납세의무 성립일 이후의 사정을 감면요건 단계에서 판단해야 한다는 것으로 감면요건과 추징요건을 혼동한 법문에 반하는 해석으로, 조세법률주의에도 반하는 것이며, 최근 조세심판원의 선결정례(조심 2021지5761, 2023.4.24., 조심 2022지0718, 2023.1.3.)를 살피더라도 지식산업센터를 설립하는 자에 대한 판단시 설립승인 이후의 건축허가, 사용승인 및 설립완료 신고의 수행주체를 고려하지 않고 있다.
(2) 「지방세법」상 ‘신탁’은 「신탁법」에서의 ‘신탁’과 달리 경제적·실질적인 관점에서 취급되어야 할 것이므로 쟁점부동산의 신탁 이후에도 실질적인 지식산업센터 설립의 주체는 청구법인에 해당한다.
(가) 「지방세법」은 「신탁법」에 의해 등기가 이루어진 경우라도 위탁자와 수탁자 사이에 신탁재산의 이전과 관련된 취득에 대해서는 비과세로 규정하고 있고(「지방세법」 제9조 제3항), 그 취지는 형식적으로 수탁자 명의로 소유권이 이전되더라도, 경제적·실질적 관점에서 신탁은 소유권을 구성하는 모든 권능의 이전을 동반하는 완전한 소유권 이전으로 볼 수 없어 과세대상에서 배제하는 것이다.
(나) 이처럼 신탁계약의 종료에 따라 목적물이 다시 위탁자 또는 수익자에게 환원되는 특수성과 청구법인과 신탁회사 간 체결한 신탁계약서 내용에 비추어 보면 청구법인은 ‘실질적으로 지식산업센터를 설립한 자’에 해당한다.
청구법인이 2019.5.7. 신탁회사와 체결한 쟁점부동산에 관한 관리형 토지신탁계약서(이하 “신탁계약서”라고 한다)에 따르면, 청구법인이 사업수행에 필수적인 사업부지의 제공, 사업비의 조달, 건축 인·허가 업무를 수행하고, 신탁회사는 시행자로서 명의를 제공할 뿐, 사업수행에 있어 필수적인 자금의 조달 및 시공상의 하자, 분쟁 및 민원의 처리와 해결 등에 대해서 일체의 책임을 지지 아니하고(신탁계약서 특약사항 제1조 제1항 및 제2항), 위탁자인 청구법인은 사업시행의 주체이므로 그 역할 등을 함부로 위임할 수 없고(신탁계약서 특약사항 제4조 제1항),
청구법인이 공사도급계약을 체결하고, 공사대금 지급의무도 청구법인만 최종적인 책임을 부담하며, 건설회사와의 사이에서 청구법인은 건축물 완성을 위한 업무처리자에 해당하고(신탁계약서 특약사항 제14조 제1항 및 제2항), 본 사업의 결과는 청구법인에게 귀속되므로(신탁계약서 특약사항 제36조 제1항), 청구법인이 실질적으로 지식산업센터를 설립하는 자에 해당함이 분명하다.
(3) 처분청 논리에 따르면, 위탁자가 먼저 토지를 취득하고 이후 신탁할 경우, 그 토지 지상의 신축 건물에 대한 취득세를 수탁자가 쟁점규정에 따라 감면받는 것 외에, 부속토지에 대해서는 어떤 경우에도 위탁자가 취득세를 감면받을 수 없는 불합리한 결과가 초래되는 바, 이는 취득세 감면규정의 입법 취지에 정면으로 반한다.
(4) 처분청은 청구법인이 취득한 쟁점부동산 중 쟁점건물은 취득세 감면대상에 해당하지 않는다는 의견이나, 쟁점부동산 취득 당시 지식산업센터 설립을 위해서는 필수적으로 그 지상 건축물도 취득하여 멸실하여야 하는 바, 쟁점규정의 입법취지가 지식산업센터의 원활한 설립을 지원하는 것이므로 지식산업센터 설립을 위해 취득한 건물 역시 취득세 감면대상에 해당한다.
나. 처분청 의견
(1) 지식산업센터를 설립하는 자라 함은 지식산업센터용 토지의 취득 당시는 아니라 하더라도, 산업집적법에 따라 해당 토지의 취득자가 지식산업센터를 설립하여 설립승인을 받은 자로 보아야 한다.
(가) 산업집적법 및 「지방세특례제한법」에 비추어 지식산업센터 설립승인을 받은 자와 지식산업센터를 설립한 자는 밀접한 연관이 있다.
지식산업센터를 설립하기 위해서는 ① 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가(산업집적법 제13조) ② 공장의 건축허가를 받아(산업집적법 제14조), ③ 분양공고 승인을 받고(산업집적법 제28조의4) ④ 건축물 완공 후 사용승인을 받아야 하고(산업집적법 제14조의2), 이러한 과정을 거친 자는 ⑤ 지식산업센터를 설립한 자로서 지식산업센터 설립완료 신고를 해야하는 것(산업집적법 제28조의2 제2항)이다.
‘지식산업센터를 설립하는 자’는 지식산업센터의 설립 주체로서 그 승인 절차, 건축행위, 신탁계약 관계 및 개발에 관한 권리 등을 종합적으로 고려하여 판단하는 것(조심 2020지3541, 2021.11.22., 조심 2020지3329, 2021.1.29.외 다수, 같은 뜻임)으로, 청구법인은 2019.3.6. 지식산업센터용 건축물에 대한 신설 승인을 받았으나 2019.3.22. 지식산업센터 설립주체를 신탁회사로 변경하였고, 이후 신탁회사는 건축주 지위로 2019.4.16. 지식산업센터용 건축물에 대한 건축허가를 받아 사용승인을 득한 후 최종적으로 지식산업센터 설립승인을 받은 것으로 확인되는바, ‘지식산업센터를 설립하는 자’는 청구법인이 아닌 신탁회사에 해당한다.
(2) 쟁점규정의 개정은 설립승인을 받지 않은 자에 대해서까지 감면대상을 확대하여 감면혜택을 적용하려는 취지로 보기 어렵다.
「지방세특례제한법」에서 쟁점규정을 개정한 것은 감면축소를 연장하고, 지식산업센터 설립승인을 받기 위해 토지의 취득이 선행되어야 하는 상황을 반영하여 감면규정을 명확히 하기 위한 목적으로 개정된 것일 뿐, 지식산업센터 설립승인을 감면요건으로 요구하지 않는 것은 아니며, 실질적으로 감면대상을 확대하기 위한 취지가 있었던 것도 아니므로, 청구법인의 주장은 자의적인 것에 불과하다.
(3) 지식산업센터의 설립 주체는 청구법인이 아닌 신탁회사이므로 청구법인은 쟁점규정의 감면요건을 충족하지 못하였다.
(가) 청구법인은 ‘실질적’ 측면에서 지식산업센터를 설립하는 자를 판단하여야 한다고 주장하나, 지식산업센터 설립과 관련하여 신탁계약이 체결되고 쟁점부동산 중 토지가 수탁자 명의로 등기된 이상 수탁자를 기준으로 모든 법률관계가 형성되었다고 보는 것이 신탁법의 취지에 어긋나지 않을 뿐 아니라 실질에도 부합한 해석이다.
부동산의 신탁에 있어서 수탁자 앞으로 소유권이전등기를 마치게 되면 대내외적으로 소유권이 수탁자에게 완전히 이전되고, 위탁자와의 내부관계에 있어서 소유권이 위탁자에게 유보되어 있는 것은 아니다(대법원 2011.2.10. 선고 2010다84246 판결).
행정안전부는 지식산업센터를 신축·분양할 목적으로 토지를 취득하고, 취득세를 경감받은 자가 같은 날 신탁을 원인으로 신탁회사로 소유권이전등기를 경료하여 수탁자 명의로 지식산업센터를 건축 중인 경우에는 기 감면한 취득세를 추징하는 것이 타당하다고 해석하고 있다(지방세특례제도과-3492, 2015.12.23.).
(나) 설령 실질적으로 판단하더라도, 청구법인이 자금조달의무를 진 것은 사실이나(신탁계약서 제10조), 신탁회사가 사업주체(건축주)로서 신탁재산 범위 내에서 분양계약, 공사도급계약, 감리계약 등 계약을 체결하고, 분양수입금을 포함한 모든 자금의 수납 및 그 자금을 집행하였으며(신탁계약서 제1조, 제4조, 제13조, 제17조, 제23조), 공사대금 지급의무를 진다는 점(신탁계약서 제14조)을 종합해보면, 청구법인의 주장만으로는 청구법인이 지식산업센터 설립 과정에 있어 주요 업무를 수행한 주체라고 보기 어렵다.
(다) 지식산업센터의 건축주 및 설립 신청인 명의를 신탁회사로 변경하고 분양공고 승인, 사용승인, 설립완료 신고 등 모든 절차를 스스로 진행한 사안에서, 신탁의 효력으로서 신탁재산의 소유권이 수탁자에게 이전되는 결과 수탁자는 대내외적으로 신탁재산에 대한 관리·처분권을 갖게 되고, 수탁자를 기준으로 모든 법률관계가 형성되었다고 보는 것이 합리적이며 실질에도 부합하는 해석(대법원 2011.2.10. 선고 2010다84246 판결, 같은 뜻임)이라 할 것인바, 청구법인이 지식산업센터 신축사업에 있어 핵심적인 권한을 가지고 있다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 지식산업센터 설립승인 및 건축허가부터 신축공사 진행, 분양공고 승인, 사용승인, 설립완료 신고 등까지의 절차 중 어느 것도 자신 명의로 진행하지 않은 경우, 청구법인을 실질적으로 지식산업센터를 설립하는 자에 해당한다고 보기는 어렵다(수원고등법원 2022.12.16. 선고 2022누10715 판결, 같은 뜻임)할 것이다.
(4) 설령 청구법인이 ‘지식산업센터를 설립하는 자’에 해당한다고 하더라도, 쟁점규정에 따라 감면대상이 되는 부동산은 사업시설용으로 분양 또는 임대하기 위하여 사용되는 신축 또는 증축하는 부동산과 그 부속토지에 한정되는 것으로, 부동산(토지 및 건축물)을 승계취득하고 그 건축물을 멸실한 후 신축하여 지식산업센터를 설립하는 경우, 멸실된 공장 건축물에 대한 가액은 감면대상에서 제외되어야 한다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
청구법인이 취득한 쟁점부동산이 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항에 따라 취득세 등의 감면대상에 해당하는지 여부 감면대상에 해당하는지 여부
나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가) 청구법인은 2018.2.14. B 주식회사와 쟁점토지①을 매매하는 계약을 체결하였고, 처분청과 2018.4.2.부터 지식산업센터 설립을 목적으로 지구단위계획 협의를 시작하였다는 증빙으로, 지구단위계획 수립 진행에 관한 일정표를 제출하였다.
(나) 청구법인은 2018.5.11. 쟁점토지①에 대한 잔금을 지급한 후 같은 날 매매를 원인으로 청구법인 명의로 소유권이전등기가 경료되었고, 신탁을 원인으로 신탁회사 명의로 소유권이전등기된 것으로 나타난다.
(다) 청구법인이 처분청에 제출한 취득부동산 사용계획서를 살펴보면, 청구법인은 쟁점토지①에 지식산업센터용 건축물을 신축할 예정인 것으로 기재되어 있다.
＜취득부동산 사용계획서 일부 발췌＞
(라) 지식산업센터 신설(변경)승인서에서 청구법인은 2019.3.6. 처분청으로부터 청구법인의 명의로 지식산업센터 설립을 승인받은 후, 2019.3.22. 지식산업센터 설립주체를 신탁회사의 명의로 변경하는 변경승인을 받은 것으로 나타난다.
(마) 청구법인은 2019.4.8. 기획재정부장관으로부터 쟁점②부동산을 매수하는 국유재산 매매계약을 체결하였고, 2019.4.22. 쟁점②부동산에 대한 잔금을 지급한 후 같은 날 매매를 원인으로 청구법인 명의로 소유권이전등기가 경료되었으며, 신탁을 원인으로 신탁회사 명의로 소유권이전등기된 것으로 나타난다.
(바) 신탁회사는 쟁점부동산에 대하여 건축주를 신탁회사로 하여 공장(지식산업센터)용 건축물 280,616.6493m2를 신축하는 내용으로 2019.4.16. 건축허가(2019-건축과-신축허가-34)를 받아 2019.5.23. 착공신고를 하였다.
(사) 청구법인은 2019.5.7. 신탁회사와 관리형 토지신탁계약을 체결하였고 그 주요내용은 다음과 같다.
1) 관리형 토지신탁계약에서 위탁자인 청구법인은 사업비 조달의무를 지고 수탁자(신탁회사)는 청구법인이 시공사와 체결한 공사도급계약을 승계하고, 건축주로서의 권리·의무를 부담하며, 분양계약을 체결하는 당사자로 기재되어 있다.
2) 관리형 토지신탁계약서의 특약사항에서 위탁자인 청구법인은 사업부지의 제공, 사업비 조달, 건축 인·허가 등 사업관련 전반 업무를 수행하고, 수탁자인 신탁회사는 시행자로서 명의를 제공하되 자금 조달이나 시공상 하자, 분쟁 및 민원 처리는 책임지지 아니한다고 기재되어 있다.
(아) 신탁회사의 상호는 A 주식회사에서 C 주식회사로 변경되었고, 2020.1.15. C 주식회사 명의로 지식산업센터 설립 변경승인을 받은 후, 2021.12.15. 건축물 사용승인을 받아 2021.12.28. 지식산업센터 설립 완료 신고를 하였다.
(자) 쟁점규정은 2016.12.27. 법률 제14477호로 개정되었고, ‘2017년도 시행 지방세특례제한법 적용요령’상 개정이유는 “지식산업센터 설립승인시 해당 건축물을 신축하기 위한 부동산을 소유하고 있거나, 토지 소유자의 사용승낙을 받아야 함에 따라, 지식산업센터 설립승인 절차를 고려, 설립승인을 받기 전 토지를 취득한 경우에도 감면이 가능하도록 개선”하는 것으로 기재되어 있다.
＜2017년도 시행 「지방세특례제한법」 적용요령 중 일부＞
(차) 처분청은 청구법인이 쟁점건물에 대한 가액을 포함하여 취득세 감면을 신청하였다는 의견으로, 취득세 신고시 청구법인이 작성한 거래가격 안분 계산 내역을 제출(아래 ＜표4＞ 기재)하였다.
＜표4＞ 취득세 신고시 거래가격 안분 계산 내역
ㅇㅇㅇ
(2) 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항에서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2019년 12월 31일까지 지방세를 경감한다고 규정하면서 그 제1호에서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산과 사업시설용으로 분양 또는 임대하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다고 규정하고 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
처분청은 청구법인이 지식산업센터를 설립하는 자에 해당하지 아니하여 쟁점부동산이 쟁점규정에 따른 취득세 등의 감면대상에 해당하지 아니한다는 의견이다.
그러나 쟁점규정은 2016.12.27. 법률 제14477호로 개정되어 지식산업센터 설립 승인시 해당 건축물을 신축하기 위한 부동산을 소유하거나, 토지 소유자의 사용승낙을 받아야 하는 지식산업센터 설립승인 절차를 고려하여 지식산업센터를 설립하는 자가 지식산업센터 설립승인을 받기 전 토지를 취득한 경우에도 취득세 등의 감면이 가능하도록 규정하고 있는 점, 청구법인은 2018.5.11. 등에 쟁점토지를 취득한 후 2019.3.6. 청구법인 명의로 지식산업센터 설립승인을 받았으므로 쟁점토지의 취득 당시 쟁점규정에 따른 감면요건을 충족한 것으로 보이는 점, 청구법인은 청구법인의 명의로 지식산업센터 설립승인을 받은 후 2019.3.22. 지식산업센터 설립주체를 신탁회사의 명의로 변경하였으나, 해당 신탁의 목적은 청구법인의 책임으로 지식산업센터를 건축하고 동 신탁재산을 임대ㆍ처분하는 등의 방법으로 관리ㆍ운용하여 수익자에게 신탁이익을 지급하는 것으로, 실질적인 지식산업센터를 설립한 자는 청구법인에 해당한다고 보는 것이 타당하다 할 것인 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지에 대한 취득세 등의 감면을 배제하고 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
다만, 청구법인은 2018.5.11. 쟁점건물을 취득하여 멸실한 후 2019.4.16. 지식산업센터용 건축물의 신축에 대한 건축허가를 받은 것으로 나타나고, 쟁점규정에 따른 취득세의 감면 대상이 되는 신축하여 취득하는 부동산이란 새로이 건축된 지식산업센터용 건축물과 그 부속토지에 한정되는 것인 바, 청구법인이 지식산업센터용 건축물을 신축하기 위해 멸실한 쟁점건물은 쟁점규정에 따른 취득세 감면대상에 해당되지 않는다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 쟁점건물을 감면 대상에서 제외하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부개정 되기 전의 것)
제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2019년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업시설용으로 분양 또는 임대(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공 하지 아니한 경우
나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분 양·임대하는 경우
2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 그 사업시설용으로 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다.
(2) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 일부개정되기 전의 것)
제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우
나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분양·임대하는 경우
2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다.
(3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률
제28조의2(지식산업센터의 설립 등) ① 지식산업센터의 설립승인, 인ㆍ허가등의 의제, 설립등의 승인에 대한 특례, 처리기준의 고시등, 설립등의 승인취소, 건축허가, 사용승인, 제조시설설치승인, 제조시설설치승인의 취소 및 협의에 관하여는 제13조, 제13조의2부터 제13조의5까지, 제14조, 제14조의2부터 제14조의4까지 및 제18조를 준용한다.
② 지식산업센터를 설립한 자가 「건축법」 제22조 제1항에 따른 사용승인을 받은 경우에는 대통령령으로 정하는 기간 내에 시장ㆍ군수ㆍ구청장 또는 관리기관에 지식산업센터 설립완료신고를 하여야 한다. 신고한 사항 중 산업통상자원부령으로 정하는 중요사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.
이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2018.5.11. 인천광역시 부평구 OOO 등 4필지 토지 35,890㎡(이하 “쟁점토지①”이라 하고, 아래 쟁점토지②와 합하여 “쟁점토지”라 한다) 및 그 지상 건축물 12,448.585㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 매매로 취득한 후, 같은 날 공장용으로 신축하는 부분에 대해 「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부개정되기 전의 것) 제58조의2 제1항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 지식산업센터 등에 대한 감면(35%)을 신청하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다. 나. 청구법인은 2019.4.22. 인천광역시 부평구 OOO 토지 342㎡ 중 국(기획재정부)지분 342분의 62(이하 “쟁점토지②”라 한다)을 매매로 취득한 후, 2019.4.22. 공장용으로 신축하는 부분에 대해 쟁점규정에 따른 지식산업센터 등에 대한 감면(35%)을 신청하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다. 다. 처분청은 2023.3.27.부터 2023.4.14.까지 실시한 세무조사에서 쟁점부동산에 대한 건설자금이자 OOO원이 취득세 과세표준에서 누락되었고, 청구법인이 아닌 A 주식회사(이하 “신탁회사”라 한다)가 지식산업센터를 설립하는 자에 해당한다고 보아 2023.5.8. 쟁점토지①과 쟁점건물에 대해 기 감면한 취득세 등 합계 OOO원, 2023.6.15. 쟁점토지②에 대해 기 감면한 취득세 등 합계 OOO원을 각각 부과·고지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.7.25. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점규정에서 ‘지식산업센터를 설립하는 자’란 취득세 납세의무 성립 당시 지식산업센터 설립 과정 중에 있는 자를 의미하고, 청구법인은 쟁점부동산 취득 당시 지식산업센터 설립 목적으로 쟁점부동산을 취득하였음이 취득계획서를 통해 확인되고 자신의 명의로 지식산업센터 설립승인을 신청하여 받았으므로 지식산업센터를 설립하는 자에 해당한다. (가) 취득세 감면규정은 원칙적으로 「지방세법」상 취득세 납세의무 성립시 적용하는 것으로, 그 감면요건의 충족 여부 역시 취득세 납세의무 성립 당시인 쟁점부동산 취득 당시를 기준으로 판단해야 한다. 쟁점규정 중 감면요건은 「지방세특례제한법」 제58조의2의 제1항 본문 및 같은 항 제1호에서 규정하는 반면 사후추징요건은 쟁점규정의 단서에서 명확히 구분하여 규정하고 있는바, 취득세 감면 대상에 해당하기 위해서는 취득세 납세의무 성립 당시 납세의무자가 지식산업센터를 설립하는 자이어야 한다고 보아 감면요건 해당 여부를 판단하여야 할 것이고, 납세의무 성립일 이후의 사정에 따라 추징요건에 해당하는지 여부를 판단하여 감면을 배제하는 것은 감면요건과는 별도로 판단하여야 할 것(조심 2021지5761, 2023.4.24., 같은 뜻임)이므로 쟁점부동산의 취득 이후 신탁의 존재는 감면요건 충족 여부에 소급하여 영향을 줄 수 없고, 사후추징요건 판단대상이 될 뿐이다. ＜쟁점규정의 감면요건과 추징요건＞ 구분 구「지방세특례제한법」제58조의2 감면요건 주체요건 (제1항 본문) 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」(이하 “산업집적법”이라 한다) 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자일 것 객체요건 및 효과 (제1호 본문) 사업시설용으로 분양 또는 임대하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(객체)에 대하여 취득세 100분의 35 경감(효과) 사후추징 요건 추징요건 (제1호 단서) 가. 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우 나. 그 취득일로부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분양·임대하는 경우 (나) 쟁점규정이 부동산 취득 이후에 지식산업센터 설립승인을 받는 자까지 감면대상으로 확대하고자 개정된 취지를 고려하면, 쟁점규정에서 말하는 ‘지식산업센터를 설립하는 자’라 함은 지식산업센터를 설립하는 과정 중에 있는 자를 뜻한다. 행정안전부가 발행한 ‘2017년 시행 「지방세특례제한법」 적용요령’에서는 쟁점규정의 개정이유를 지식산업센터 설립승인 절차를 고려하여 설립승인을 받기 전 토지를 취득한 때도 감면할 수 있도록 개선한 것이라고 밝히고 있고, 쟁점규정이 개정 전 ‘설립자 또는 설립승인을 받은 자(완료형)’로 규정되었던 것과 달리, 개정 후 ‘지식산업센터를 설립하는 자(진행형)’로 개정되었으며, 이는 취득세 납세의무 성립 당시 지식산업센터 설립 과정 중에 있는 자를 뜻한다. ＜쟁점규정의 개정내용＞| 1. 지방세특례제한법 (2016.12.27. 법률 제14477호로 일부 개정되기 전의 것) | 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적법 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자 …(생략)… |
| 2. 지방세특례제한법 (2020.1.15. 법률 제16865호로 일부개정되기 전의 것) | 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적법 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자 …(생략)… |
| 2. 취득부동산 목록(2018년도 취득 부동산)
3. 취득건물 사용 내역 취득자는 취득부동산에 대하여 인천광역시 및 부평구청으로부터 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제25조의2 규정에 따라 지식산업센터 및 부대 근린생활시설등을 신축할 예정에 있음. |
| 21. 지식산업센터 감면축소 연장(제58조의2) □ 개정이유 ? 지식산업센터 보급 확대를 위해 지방세 감면을 연장하되, 산업단지 입주기업 등과의 형평에 맞도록 감면율 조정 ? 당초 감면취지와 달리, 대기업에 임대하거나 사업시설용(「지방세특례제한법」 제58조의2 ①)으로 분양 또는 임대하지 않는 경우에 대한 개선·보완 ? 지식산업센터 설립승인시 해당 건축물을 신축하기 위한 부동산을 소유하고 있거나, 토지 소유자의 사용승낙을 받아야 함에 따라, - 지식산업센터 설립승인 절차를 고려, 설립승인을 받기 전 토지를 취득한 경우에도 감면이 가능하도록 개선 □ 개정내용 ? (제1항, 사업시행자) ‘19.12.31.까지 감면기한을 연장하되, 취득세 감면율 축소(37.5%→35%)에 대한 적용 시기를 1년 유예 - 종전에는 ‘설립승인을 받은 자’가 부동산을 취득한 경우 감면이 가능하였으나, 지식산업센터를 ‘설립하는 자’가 지식산업센터 설립승인 전에 부동산을 취득한 경우에도 취득세·재산세 감면을 받을 수 있도록 개정 |