이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2021.8.6. 경기도 고양시 OOO 토지 4,915m²(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매로 취득한 후, 같은 날 처분청으로부터「지방세특례제한법」제14조 제3항에 다른 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 것으로 하여 취득세의 100분의 85를 경감받고, 나머지 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다. 나. 청구법인은 2022.9.23. 쟁점토지의 취득이 「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에 따른 정당한 사유없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 하여 기 경감 받은 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다. 다. 이후, 청구법인은 2022.11.9. 처분청에 쟁점토지를 취득한 후 1년 이내인 2022.4.19. 쟁점토지 지상에 해당 용도에 직접 사용하기 위한 농기계수리센터 및 농기계 임대·보관창고 건축물 960㎡(이하 “농기계수리센터 등”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축한 후 직접 사용하였으므로 이 건 취득세 등이 환급되어야 한다는 사유로 하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.1.12. 이를 거부하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.4.6. 이의신청을 거쳐 2023.9.14. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점토지를 취득하기 8개월 전(2020.12.30.)에 이미 농기계수리센터 등 신축하기 위하여 경기도지사의 허가를 사전에 받았고, 4개월 전(2021.4.26.)에 쟁점토지의 매도인과 협의하여 처분청으로부터 사전 건축허가를 받았으며, 쟁점토지를 취득한 날로부터 8개월 후(2022.4.19.)에 농기계수리센터 등을 신축하고 사업자등록을 하였으므로 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 고유업무에 직접 사용한 것으로 볼 수 있다. 쟁점토지의 취득 목적은 오로지 농기계수리센터 등을 건축ㆍ운영하기 위함이고, 대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결에서도 토지의 직접 사용이 시작된 때는 ‘건축물의 사용승인 시점’이라 밝히고 있으므로 사후 관리 규정에 위반되는 내용이 없으며, 「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호와 제2호의 규정은 상호 보완적인 취지로서 특정 시점 건축물의 이용 행태를 판단하여 추징 여부를 판단할 것이 아니고, 현장 확인은 과세 논리를 뒷받침해주는 근거로서 활용되어야만 하는데, 처분청에서는 감면 추징의 논리를 ‘현장 확인 당시 실질적인 농기계 수리활동 행태가 보이지 않았으므로 결과적으로 쟁점토지도 고유목적에 직접 사용되고 있지 않다’고 하며 오로지 현장 확인 내용만으로 과세 근거를 삼았으므로 이는 과세 원칙에 위배되고, 처분청의 논리대로라면 쟁점건축물의 감면도 부인하여야 하는데 그러지 아니하였으므로 이는 과세논리상 모순이며, 처분청이 경정청구 거부처분의 근거로 삼은 판례 및 경기도에서 이의신청 기각처분의 근거로 삼은 판례는 청구법인의 경우와 전혀 다르므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. 설령, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 해당 용도에 직접 사용하지 않았다고 하더라도 청구법인은 경기도 고양시 OOO에 소재하였던 청구법인의 농기계수리센터 등(이하 “종전 농기계수리센터 등” 이라 한다)을 쟁점토지 지상에 신축한 농기계수리센터 등으로 이전하기 위하여 농기계수리센터 등을 신축하고, 신규 기계장치나 설비 등(이하 “기계장치 등”이라 한다)을 설치하였음에도 약 2개월간 농기계수리센터 등의 공백에 따른 조합원 등의 불편함을 해소하기 위하여「농업협동조합법」설립 목적 등에 따른 조합원의 이익을 위하여 농번기인 2022년 11월에서야 신축한 농기계수리센터 등으로 이전하였으므로 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 해당 용도에 직접 사용하지 않은 것에는 정당한 사유가 있다고 볼 수 있다. 나. 처분청 의견 「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 그 사업에 직접 사용하는 부동산이라 함은 현실적으로 그 사업에 직접 사용되고 있는 것만을 지칭하는 것이고, 단지 사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 것까지 포함한다고 볼 수 없다 할 것이며, 토지의 사용용도는 토지에 건축된 건축물의 사용용도에 따라 판단할 것이고, 당해 업종의 용도에 ‘직접’ 사용한다는 것은 토지에 건물을 건축하였다는 것만으로 부족하고, 토지와 건물에서 당해 업종의 영업을 개시하는 것이라고 봄이 타당하다 할 것인바, 청구법인의 경우, 쟁점토지의 취득일(2021.8.6.)부터 1년 이내에 그 지상에 농기계수리센터 등을 신축하여 사용승인(2022.4.19.)을 받았으나, 사용승인 후 농기계수리센터 등을 그 고유업무에 사용하는 데에 특별한 장애 사유가 없었던 것으로 보임에도 1년이 경과한 시점에 처분청에서 현지출장(2022. 9.2.)하여 확인한 결과 공실 상태로 확인되었고, 청구법인이 쟁점부동산에 사업자등록(2022.10.7.)을 한 것도 처분청이 쟁점부동산에 현지출장 한 후에서야 한 것으로 확인되므로 쟁점토지를 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 그 고유업무에 직접 사용한 것으로 볼 수 없는 점, 청구법인이 인용한 대법원 판례는 부속토지가 소정의 용도에 직접 사용되는 것으로 볼 수 있는 일반적인 사용개시시점의 판단과 관련한 판례로서 사용승인 후 상당한 기간 동안 정당한 사유 없이 당해 목적에 사용하지 아니한 이 건 심판청구에는 적용할 수가 없는 것인 점, 쟁점토지(2021.8.6.~2022.8.6.)와 쟁점건축물(2022.4.19.~2023.4.19.)의 감면유예기간은 그 기산일이 각각의 취득일로 서로 달라 이 건 토지에 대한 추징 사유가 발생하였다고 하여 농기계수리센터 등도 추징 대상에 해당하는 것은 아닌 점 등에 비추어 보았을 때, 처분청에서 청구법인이 정당한 사유 없이 쟁점토지를 취득한 날부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 처분청이 청구법인이 쟁점토지를 취득한 날부터 감면유예기간(1년) 이내에 고유업무에 직접 사용하지 않은 것으로 보고 부과한 처분의 당부 나. 관련 법률 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2020.10.14. 2020년도 제10차 정기이사회를 개최하여 쟁점토지를 취득하여 그 토지 지상에 농기계수리센터 등을 신축하는 안건을 의결한 것으로 확인된다. (나) 청구법인은 2021.8.6. 쟁점토지를 매매로 취득한 후, 같은 날 처분청에 쟁점토지의 취득이 「지방세특례제한법」제14조 제3항에 다른 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 것으로 하여 감면신청을 하였고, 그 감면 신청 당시 청구법인이 제출한 사업계획서를 보면 쟁점토지 지상에 농기계수리센터 등을 신축예정이라고 기재되어 있었으며, 처분청으로부터 「지방세특례제한법」제14조 제3항에 다른 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 것으로 하여 취득세의 100분의 85를 경감받고, 나머지 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다. (다) 경기도지사(농업정책과)는 2020.12.30. 처분청(건축과)의 쟁점토지 지상에 농기계수리센터 등을 신축하기 위하여 건축허가신청과 관련한 농지전용협의에 대하여 아래와 같이 협의하여 주었다.|
제목 : 고양 건축허가(농기계수리점, 농기계보관시설)에 따른 농지전용 협의
1. 1. 관련 : 고양시 일산서구 건축과-26251(2020.12.14.)호, 농업정책과-29078(2020.12.11.)호, 경기도 농업정책과-24057(2020.12.22.)호 2. 3. 2. 「건축법」제11조의 규정에 의한 고양시 일산서구 구산동 1140-1번지에 추진하는 고양건축허가(농기계수리점, 농기계보관시설) 요청건에 대하여 「농지법」제34조 규정에 의거 다음과 같이 조건을 붙여 협의하오니, 조건 이행에 차질이 없도록 조치하여 주시기 바랍니다. 4. 가. 위치 : 경기도 고양시 OOO 5. 나. 면적 : 농업진흥구역 답 4,915㎡ 6. ※ 총 부지면적 4,915㎡ 중 농지편입 비율은 100% 7. 다. 목적 : 건축허가(농기계수리점, 농기계보관시설) 8. 라. 협의요청 : 고양시장 9. 마. 사업시행자 : OOO농업협동조합 10. 바. 용도지역 : 농림지역 11. 사. 협의조건 : 동 사업부지에 편입되는 농지에 대하여는 건축허가 신청일을 기준으로 「농지법」제38조 제1항의 규정에 의한 농지보전부담금을 농지관리기금관리자(한국농어촌공사사장)가 통보한 통지서에 의거 실시계획 승인(인가, 허가일) 전에 납부하여야 하고, 기한 내 납부하지 않을 경우 가산금이 부과되며, 국세, 체납처분 또는 지방세 체납처분의 예에 의하여 징수하거나 「농지법」제39종의 규정에 의거 농지전용협의를 취소할 수 있습니다. 또한, 농지전용협의의 효력은 농지보전부담금 납부일로부터 발생하고 이를 납부하기 전에는 농지의 형질을 변경할 수 없습니다. 12. |
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2022년도 제3차 정기이사회 회의록
□ 개최일시 : 2022.3.22. □ 개최장소 : OOO농협 2차 회의실 □ 기타안건 : 농기계수리센터 및 농기계보관창고 진행사항 논의 □ 회의주요내용 ○ 이재석 이사 : 농기계시설이 준공이 되는 시기와 영농철이 겹치게 되었는데 언제쯤 이전을 계획인지 묻다. ○ 의장 : 현재 영농철이 겹쳐서 고민이며 준공이 되면 바로 이전할 수 있지만, 농기계수리 및 임대의 업무를 중단하고 이전을 하게 된다면 장비를 해체하고 옮겨야 하기 때문에 한 달에서 두 달은 멈추게 된다. 농기계수리와 임대업무를 같은 직원들이 하기 때문에 일부만 이전하는 것도 불가능하다. 업무를 중단하고 이전 시에는 농업인 및 조합원들의 많은 불편이 따를 것으로 예상되며, 최우선으로 불편사항이나 민원이 없도록 해야하기 때문에 영농철에는 불가능하고 농한기인 11월경에 이전하는 것이 좋을 것 같다고 답하다. ○ A 이사 : 좋은 생각이라고 말하다. 그러면, 우선 활용방안으로 영농자재나 비료 농약 등을 노관하는게 어떤지 묻다. ○ 전략기획차장 : 현재 신축건물 인허가 사항이 농기계시설로 농기계수리센터와 농기계보관창고이다. 영농자재나 비료, 농약 등이 농업과 관련된 자재이나 농기계 외에는 적합하지 않아 농기계 용도로만 사용을 해야 될 것으로 보인다. 농기계시설 이전하기 전에 설치해야하는 호이스트나 리프트는 먼저 설치하여 이전 준비를 하겠다고 답하다. ○ 의장 : 본 사항에 대해 논의한 대로 영농철이 지나고 농한기인 11월경에 이전하여 내년 농번기 전에 마무리하는 것이 어떤지 임원님들께 묻다. ○ 이사 전원 : 모두 동의한다고 말하다. ○ 의장 : 기타의 안은 농기계수리센터 및 농기계보관창고에 대한 진행은 논의한대로 농한기인 11월경에 이전을 시작하겠다고 말하다.
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사업자등록증 (법인사업자 : 지점)
법인명(단체명) : OOO농협 농기계수리센터 개업연월일 : 2022.4.19. 사업장소재지 : 경기도 고양시 OOO 본점소재지 : 경기도 고양시 OOO 사업의 종류 : (업태)서비스업 (종목)농업용기계수리, 농업용기계임대 발급사유 : 신규
2022.10.7.
고양세무서장
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