이유
1. 본안심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법한 청구인지에 대하여 살펴본다.

가. 청구법인은 전자지급결제대행업을 영위하는 법인으로, 2015.9.27. 대구광역시 OOO를 사업장 소재지로 하여 설립된 법인이다.

나. 청구법인은 2021.7.9. (주)A(이하 “A”라 한다)와 전자상거래서비스에 따른 전자결제와 관련하여 전자지불대행서비스를 제공하고 지불대행금액의 0.5%를 수수료(이하 “쟁점서비스수수료”라 한다)로 수취하는 “OOO 전자지불대행 표준 계약”(이하 “쟁점서비스계약”이라 한다)을 체결하고, 2021년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 쟁점서비스수수료 OOO원에 대한 매출세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)를 발급하였다.

다. 청구법인은 2021년 7월 (주)B(이하 “B”이라 한다)과 B이 모집한 상점에 대하여 전자지불대행서비스를 제공하고 지불대행금액의 0.4%를 중개수수료(이하 “쟁점중개수수료”라 한다)로 지급하는 “ONENET 전자 결제서비스 파트너 계약”(이하 “쟁점파트너계약”이라 한다)을 체결하고, 2021년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 쟁점중개수수료 OOO원에 대한 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 하며, 쟁점매출세금계산서와 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였다.

라. 처분청은 2024.4.29.부터 2024.9.2.까지 청구법인에 대한 부가가치세 조사를 실시한 결과, 청구법인이 수취한 쟁점매입세금계산서는 실제 용역거래 없이 수취한 것이어서 사실과 다른 세금계산서라고 보아 매입세액 불공제하여 2024.10.7. 청구법인에게 2021년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정.고지하였다.

마.청구법인은 이에 불복하여 2024.12.5. 이의신청을 제기하였으며, 대구지방국세청장은 2025.2.6. “이 건 거래구조는 A가 B에 자금을 지원하기 위해 설계된 것으로 봄이 상당하므로, 쟁점중개수수료는 용역의 제공에 따른 매입이 아닐 뿐만 아니라 A에 대한 청구법인의 매출에도 해당하지 않으므로 청구법인의 매출에서도 감액하는 것이 타당하나, 청구법인의 매출에 대한 조사는 이루어지지 않았으므로 A에 대한 매출을 재조사하여 쟁점매입세금계산서상 공급가액을 부가가치세 과세표준에서 차감한다”는 취지의 재조사 결정을 하였다.

바. 처분청은 2025.2.27.부터 2025.3.28.까지 재조사를 실시하여 쟁점매입세금계산서에 상당하는 청구법인의 A에 대한 매출 OOO원을 과세표준에서 제외하여 2025.4.2. 청구법인에게 2021년 제2기 부가가치세를 OOO원으로 감액하여 경정ㆍ고지하였다.

사. 청구법인은 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서가 아니라는 내용으로 2025.2.25. 국세청장에게 심사청구를 제기하였으나, 국세청장은 2025.5.14. 처분청이 B에서 수취한 2021년 제2기 쟁점매입세금계산서 OOO원을 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 A에 대한 같은 금액의 매출을 감액한 처분은 잘못이 없다는 취지로 기각 결정하였다.

아. 청구법인은 라.항 기재 2021년 제2기 부가가치세 부과처분(바.항 기재 감액분 제외) 불복하여 2025.5.12. 심판청구를 제기하였다.

자. 「국세기본법」 제55조 제1항은 “이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다”라고 규정하면서 제9항에서 “동일한 처분에 대해서는 심사청구와 심판청구를 중복하여 제기할 수 없다”고 규정하고 있다.

차. 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 동일한 처분에 대하여 심사청구를 제기한 후 심판청구를 중복하여 제기하였으므로, 이 건 심판청구는 부적법한 청구로 판단된다.

2. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 부적합한 청구에 해당하므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.