이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.10.23. 서울특별시 광진구에서 설립되어 대도시 내 본점을 둔 상태에서 2020.12.30. 서울특별시 광진구 OOO㎡(이하 “쟁점①부동산”이라 한다)를 취득하고, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 「지방세법」제13조 제2항의 취득세 중과세율(8%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 ①취득세”라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 이후 청구법인은 2021.1.26. 대도시 외인 경기도 오산시로 본점을 이전한 후, 2021.11.4. 서울특별시 광진구 OOO㎡(이하 “쟁점②부동산”이라 한다)을 사업포괄양수도계약을 통해 취득하고, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 표준세율(4%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 ②취득세”라 한다)을, 2021.11.8. 서울특별시 광진구 OOO㎡ 및 위 지상의 건축물 OOO㎡(이하 “쟁점③부동산”이라 한다)을 사업포괄양수도계약을 통해 취득하고, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 표준세율(4%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 ③취득세”라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.

＜표1＞ 쟁점①~③부동산 취득세 신고내역

○○○

다. 이후, 청구법인은 2021.12.21. 「민간임대주택에 대한 특별법」제5조에 의한 임대사업자 등록을 마치고, 2022.2.16. 쟁점②·③부동산의 취득이 「지방세특례제한법」제31조 제1항의 규정에 따른 임대주택 등에 대한 감면에 해당한다는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 청구법인의 주장을 인용하여 2022.3.17. 취득세 등 OOO원(환부이자 등 별도)을 감액결정하고 환급하였다.

라. 또한, 청구법인은 2023.7.27. 대도시에서 취득한 쟁점①부동산은 중과제외업종에 직접 사용할 목적으로 취득한 부동산으로서 대도시 중과제외대상임과 동시에 쟁점①부동산 중 임대주택의 건설 예정토지는 임대주택 등에 대한 감면대상에 해당하고, 쟁점②·③부동산 중 공공임대주택과 청년지원센터의 건설 예정토지는 기부채납이 예정된 토지로서 비과세 대상이라는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2023.9.25. 이를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점①부동산 중 대도시 중과제외업종에 직접 사용할 목적으로 취득한 부분은 「지방세법」제13조 제2항에 따른 취득세 중과세율 적용대상에 해당하지 아니한다.

「지방세법」제13조 제2항 및 제3항 제1호 가목에서는 「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서, 대통령령으로 정하는 대도시 중과제외업종에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우에는 같은 법 제11조에 따른 세율(표준세율)을 적용하되, 정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과제외업종에 직접 사용하지 아니하는 경우 취득세를 다시 중과하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제26조 제1항 각호에서는 ‘중과제외업종’을 규정하면서 그 제31호에서 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 등록한 임대사업자 또는 「공공주택특별법」제4조에 따라 지정된 공공주택사업자가 경영하는 주택임대사업을 중과제외업종으로 규정하고 있다.

청구법인은 임대주택을 건설하기 위하여 2020.12.29. 서울특별시장에게 쟁점①~③부동산이 소재한 지역을 ‘공공지원민간임대주택 공급촉진지구’로 지정해 줄 것을 제안하였고, 그 이후 서울특별시장이 OOO 청년주택사업 사전검토단회의, 사전 자문회의 등을 거쳐 2021.10.21. 공공지원민간임대주택 심의결과를 통보하였으며, 2021.11.25. 쟁점①~③부동산 일대를 공공지원민간임대주택(OOO 청년주택) 공급촉진지구로 지정하고, 공공지원민간임대주택·공공임대주택·청년지원센터 등을 내용으로 하는 주택건설사업계획을 승인하여, 위 주택건설사업계획 승인에 따라 청구법인은 2021.12.21. 쟁점①~③부동산의 토지와 그 지상에 신축될 공공지원민간임대주택을 임대목적물(313세대)로 하여 임대사업자등록을 마쳤으며, 이 건 사업의 추진시 공공기여계획으로서 공공임대주택 167세대를 건설하고 그 부속토지는 기부채납하기로 하였고, 「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따른 사회기반시설인 청년지원센터를 기부채납하기로 한 바, 위 사업들은 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 등록을 한 임대사업자가 경영하는 주택임대사업, 공공주택사업자가 경영하는 주택임대사업과 「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따른 사회기반시설사업으로서 중과제외업종에 해당한다.

따라서, 「지방세법」제13조 제2항 단서(이하 “이 건 중과세 배제규정”이라 한다) 및 제3항의 대도시 중과제외업종 및 그 유예기간과 관련하여 부동산 취득 당시 중과제외업종의 요건을 갖추지 못하였으나, 그 후에 그 요건을 갖춘 경우나 인허가 절차 등으로 인하여 부동산 취득 후에 그 요건을 갖춘 경우에도 그것이 같은 법 제13조 제3항 소정의 유예기간 내에 이루어지는 한 중과제외 대상으로 보아야 하며, 청구법인은 중과제외업종인 사회기반시설사업 및 주택임대사업에 직접 사용할 목적으로 쟁점①~③부동산을 취득하여 유예기간 1년 이내에 임대사업자 등록을 하고 임대물건으로 등록하여 임대주택을 건축하고 있으므로 쟁점①부동산 중 민간임대주택(56.144%), 공공임대주택(30.696%), 사회기반시설사업(1.433%)에 사용되는 비율의 토지 및 건축물은 중과제외 대상에 해당한다 할 것인바, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점①부동산의 토지 중 민간임대주택 건설 예정부지(56.144%)는 「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따른 임대주택 등에 대한 취득세 감면대상에 해당한다.

「지방세특례제한법」제31조 제1항에서는 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택을 건축하는 경우에 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택에 대하여는 취득세를 면제하되, 임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다고 규정하고 있다.

청구법인의 경우 2020.12.30. 쟁점①부동산을 취득한 후 2021.12.21.에 이르러서야 임대사업자 등록을 마친 사실이 있으나, 청구법인은 쟁점토지 지상에 민간임대주택인 청년임대주택을 건설하기 위하여 2020.12.29. 서울특별시장에게 ‘OOO 청년주택 사업계획 사전검토 요청’과 관련한 공문을 제출하였고, 쟁점①부동산 취득 후 11개월, 쟁점②·③부동산의 취득 후 1개월, 2021.11.25. 주택건설사업계획 승인이후 26일만인 2021.12.21. 임대사업자등록을 마치고 현재까지 임대주택의 건설을 위해 계속하여 노력하고 있는바, 쟁점①부동산의 토지 중 민간임대주택 비율인 56.144%에 대해서는 임대주택 등에 대한 감면을 적용대상에 해당함에도 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(3) 쟁점②·③부동산의 토지 중 공공임대주택 및 청년지원센터 기부채납 관련 부동산의 취득은 「지방세법」제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상에 해당한다.

「지방세법」제9조 제2항에서는 국가나 지방자치단체에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 비과세하고 있는바, 여기서 “기부채납을 조건으로 취득하는 부동산”의 의미에 관하여는 사업시행인가를 받고 그 인가조건에서 나타난 기부채납 등의 조건에 맞추어 취득한 토지가 이에 해당함은 당연하고, 더 나아가 사업시행인가 전이라도 이미 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 행정관청과 사이에 기부채납에 대한 협의가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있는 경우에는 그 이후에 취득하여 국가나 지방자치단체에 기부채납한 토지도 “기부채납을 조건으로 취득한 토지”로서 비과세 대상에 해당한다(대법원 2011.11.10. 선고 2011두17363 판결 및 조심 2021지1707, 2022.4.14.) 할 것인바,

청구법인은 서울특별시장에게 청년임대주택을 건설하기 위하여 2020.12.29. ‘OOO청년주택사업계획 사전검토 요청’ 관련 공문을 제출하고, 서울특별시장이 내부검토를 거쳐서 2021.10.21. 청구법인에게 공공임대주택 및 청년지원센터를 기부채납하도록 한 ‘공공지원민간임대주택 통합심의위원회 결과’를 통보하였으며, 그 이후 2021.11.4. 취득한 쟁점②부동산 및 2021.11.10. 취득한 쟁점③부동산의 토지 중에서 서울특별시에 기부채납하는 것으로 계약을 한 공공임대주택(30.696%)과 청년지원센터(1.433%) 관련 토지 취득분은 위 규정에 의한 취득세 비과세대상에 해당함에도 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 취득세는 과세물건을 취득하는 때 납세의무가 성립하고, 취득세 중과세 제외대상인지 여부는 납세의무성립일 현재의 현황을 기준으로 판단하여야 하는바, 쟁점①부동산 취득 당시 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 등록을 한 임대사업자 또는 「공공주택 특별법」 제4조에 따라 지정된 공공주택사업자에 해당하지 아니하는 청구법인은 위 주체로서의 요건을 갖추지 못하였으므로 「지방세법 시행령」제26조 제1항 제31호 가목의 중과제외업종을 영위하는 법인으로 보기는 어렵다.

또한, 청구법인은 「지방세법」제13조 제3항 제1호 가목의 “취득일로부터 1년”이 임대사업자 등록 유예기간을 의미한다고도 주장하나, 위 규정은 중과배제 규정을 적용받은 자에 대한 사후 추징규정일 뿐 취득일로부터 1년 이내에 임대사업자등록을 하면 중과세를 배제하겠다는 취지의 유예기간을 의미하는 것은 아니다.

(2) 「지방세특례제한법」제31조 제1항의 임대주택 감면규정의 감면취지는 임대주택의 건설 및 분양을 촉진하여 서민의 장기적인 주거생활의 안정을 도모하기 위하여 임대사업자가 취득한 임대주택에 대하여 취득세 등 감면의 혜택을 주되, 그 감면대상 범위를 일정한 기준에 따라 제한하기 위한 것이고, 감면대상은 민간임대주택으로 등록할 주택을 건설하기 위하여 「주택법」제15조에 따른 사업계획승인을 받은 자 또는 「주택법」제4조에 따라 등록한 주택건설사업자 등이다.

또한 위 주택건설사업자 등은 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 임대사업자로 등록을 신청할 수 있는데, 해당 임대사업자 중 임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 자만이 위 감면규정에 적용대상으로서 「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따른 임대주택 등에 대한 감면대상에 해당하는 것이다.

따라서, 쟁점부동산의 취득일부터 11개월이 경과한 2021.12.21. 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록을 마친 사실이 확인되므로 청구법인은 임대주택 등에 대한 감면요건을 갖추지 못하였는바, 쟁점①부동산의 취득이 임대주택 등에 대한 감면대상에 해당하지 아니한다고 보아 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

(3) 청구법인은 쟁점②ㆍ③부동산 중 토지 부분이 공공임대주택, 청년지원센터의 부속토지로 사용될 예정이므로 이 건 사업부지에서 기부채납된 비율에 해당하는 부분에 대하여 「지방세법」 제9조 제2항에 따라 비과세 내지 「지방세특례제한법」제73조의2 제1항에 따라 감면하여야 한다고 주장하나, 「지방세법」제9조 제2항에 의하면, 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 “국가 등”이라 한다)에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산은 취득세 비과세 대상으로 규정하고 있고, 위 규정에서 정하는 “기부채납”이란 기부자가 그의 소유재산을 국가 등에 증여하는 의사표시를 하고 국가 등이 이를 승낙하는 채납의 의사표시를 함으로써 성립하는 증여계약을 말하는 것(대법원 1996.11.8. 선고, 96다20581 판결)인 바, 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산은 ‘귀속 또는 기부채납을 조건으로’ 취득하는 ‘당해 부동산’으로 해석되어야 한다(대법원 2021.2.4. 선고, 2020두50904 판결, 조심 2021지2096, 2022.10.14. 참조).

또한, 대법원에서는 ‘귀속 또는 기부채납을 조건’으로 취득하는 ‘당해 부동산’을 개별적으로 특정하여 그 중 ‘귀속 또는 기부채납’되는 면적과 가액이 증명되어야 하는데, 전체 사업면적 중 위치와 면적 등이 특정되지 않은 목적물을 기부채납되는 면적의 비율에 해당하는 부분만큼을 비과세하기는 어렵다고 판시(대법원 2021.2.4. 선고 2020두50904 판결)한바, 쟁점②ㆍ③부동산 중 토지 부분이 기부채납의 대상이 되기 위해서는 취득 당시에 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정되어야 하나, 청구법인의 경우 쟁점②ㆍ③부동산을 사업계획승인 이전에 취득하였고, 취득 당시의 서울특별시의 공공지원민간임대주택 통합심의위원회 결과통보는 사업계획의 확정단계가 아니며, 기부채납을 처분청과 공식적으로 약정하거나 대외적으로 명시한 사실이 없는바, 쟁점②ㆍ③부동산의 취득이 기부채납을 목적으로 취득한 부동산에 해당하지 아니한다고 보아 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점①부동산의 취득은 대도시 중과제외업종에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득한 경우에 해당하므로 「지방세법」제13조 제2항의 중과세율 적용대상에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

② 쟁점①부동산 중 민간임대주택 건설 예정토지는 「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따른 임대주택 등에 대한 감면대상에 해당한다는 청구주장의 당부

③ 쟁점②·③부동산 중 공공임대주택과 청년지원센터의 건설 예정토지가 「지방세법」제9조에 의한 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로서 비과세대상에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2020.10.23. 사업시설관리 및 조경 서비스업, 부동산 개발 및 공급업, 부동산 임대업 등을 영위할 목적으로 대도시 내인 서울특별시 광진구 OOO를 본점으로 하여 설립되었고, 2021.1.26. 대도시 외인 경기도 오산시 OOO으로 본점을 이전하였다.

(나) 청구법인은 2020.12.30. 쟁점①부동산을, 2021.11.4. 쟁점②부동산을, 2021.11.8. 쟁점③부동산을 취득하였으며, 쟁점①~③부동산은 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(대도시) 내 부동산에 해당한다.

＜표2＞ 쟁점①~③부동산 취득 현황

○○○

(다) 청구법인은 대도시 중과제외업종을 영위하기 위해 쟁점①부동산을 취득하였다고 주장하면서, 아래와 같은 사업경과에 대한 자료를 제출하였다.

1) 청구법인은 2020.12.29. 서울특별시장에게 쟁점①부동산 소재지를 포함한 「광진구 OOO 일원 ‘서울특별시 OOO 청년주택’ 사업계획」의 사전검토를 요청하였고, 서울특별시장은 2021.1.19. 위 사전검토 요청에 대하여 OOO 청년주택 사업 사전검토단 회의를 개최하였고, ‘재정비 예정인 OOO지구 지구단위계획 및 신규 수립 예정인 지구단위계획 내용과의 정합성을 위해 입안권자인 자치구와 사전협의 필요 등’의 의견을 제시한 것으로 확인된다.

2) 서울특별시장은 2021.10.13. 위 청년주택 사업과 관련하여 공공지원민간임대주택 통합심의위원회를 개최하였고, 쟁점①부동산 일원을 OOO 청년주택(공공지원민간임대주택) 공급촉진지구 지정, 지구계획 승인 및 사업계획승인(안)을 심의하여 원안가결한 것으로 확인하였으며, 2021.11.25. 쟁점부동산 일대를 공공지원민간임대주택(OOO 청년주택) 공급촉진지구로 지정하고 지구계획을 승인(서울특별시 고시 제OOO호, 2021.11.25.)하고 청구법인을 사업시행자로 지정하였으며, 위 고시문상 공급촉진지구 지구계획에 관해 기재된 사항은 아래와 같다.

＜ 공급촉진지구 지정·지구계획 승인 등 ＞

○○○

3) 서울특별시장은 2021.11.25. 청구법인을 사업주체로 하여 ‘광진구 OOO 일원 공공지원민간임대주택(OOO 청년주택) 신축공사’의 주택건설사업계획을 승인(서울특별시 고시 제OOO호, 2021.11.25.)하였고, 그 내용은 아래와 같다.

＜ 주택건설사업계획 승인 고시(일부발췌) ＞

○○○

4) 청구법인은 쟁점부동산 소재지를 임대주택 소재지로 하여 경기도 오산시장에게 2021.12.8. 임대사업자 등록을 신청하여 2021.12.21. 수리되었으며, 그 내용은 다음과 같다.

＜ 청구법인의 임대사업자 등록현황 ＞

○○○

5) 청구법인은 2022.1.27. 서울특별시와 “OOO 청년주택(공공주택) 매매(매입) 계약서”를 체결하였고, 그 주요 내용은 아래와 같다.

＜ OOO 청년주택(공공주택) 매매(매입) 계약서＞

○○○

6) 청구법인은 2022.7.15. 이 건 주택의 신축을 위하여 착공신고서를 제출하고 처분청으로부터 착공신고필증을 교부받았다.

7) 청구법인이 제출한 신축예정 건축물의 용도별 면적비율은 아래 ＜표3＞과 같고, 이에 대해 양측 이견이 없다.

＜표3＞ 신축예정 건축물의 용도별 면적비율

구분

민간임대주택

공공임대주택

사회기반시설사업

비율(%)

56.144

30.696

1.433

8) 청구법인은 공공지원민간임대주택 건설과 관련한 추진 경과에 대하여 아래 ＜표4＞를 제출하였다.

＜표4＞ 공공지원민간임대주택 건설사업 추진경과

○○○

(라) 행정안전부는 2021.12.28.「지방세특례제한법」제31조 제1항을 개정하면서, 건설임대주택용 토지에 대한 취득세 감면요건을 ‘취득일로부터 60일 이내’에서 ‘사업계획승인일부터 60일 이내’로 임대등록하는 경우로 완화하였고, 다만, 과도한 착공지연 등을 방지하기 위해 임대등록시한은 토지를 취득한 날부터 1년 6개월을 초과하지 않도록 단서를 마련하였다.

＜ 「지방세특례제한법」제31조 제1항 개정사항 ＞

개정 전

개정 후

제31조(임대주택 등에 대한 감면) ① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자(임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다. 이하 이 조에서 “임대사업자”라 한다)가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2021년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.

제31조(임대주택 등에 대한 감면) ① ---------------------------------------------------------------------임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택”이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서 “단기민간임대주택”이라 한다)인 경우, (중략)를 말하되, 토지에 대해서는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 “임대사업자”라 한다]-------------------------------- 2024년 12월 31일----------------------.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

1) 「지방세법」제13조 제2항 본문 및 그 제1호에서 대도시에 법인을 설립하고 대도시 내 부동산을 취득한 경우 취득세 중과세율을 적용한다고 규정하면서, 각 호 외의 단서의 규정을 두어 대도시 중과 제외업종에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산의 경우 취득세 중과세율의 적용을 배제하도록 규정하는 한편, 제3항 본문 및 각 호의 규정을 두어 대도시 내 부동산을 취득하고 유예기간 내 중과제외업종에 직접 사용하지 아니한 경우 등에 해당하는 경우 위 단서규정에도 불구하고 해당 부분에 대해서는 다시금 취득세 중과세율을 적용하여 추징하도록 규정하고 있다.

이는 법인이 대도시 내에서 불가피하게 설치할 수밖에 없는 업종에 대해서는 취득세 중과세를 방지하도록 하면서도, 정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과 제외업종에 직접 사용하지 아니하는 등 중과세율 적용의 배제 취지에 반하는 경우에는 취득세 중과세율 적용대상으로 포섭하고자 하는 것으로, 위와 같은 규정의 체계 및 취지에 비추어 볼 때, 그 업종의 특성상 취득 당시 중과제외업종의 요건을 갖추지 못하였으나 이후 그 요건을 갖추고, 유예기간 내 해당 사업에 직접 사용하거나 직접 사용하지 아니하였다 하더라도 정당한 사유가 존재한다면 여전히 취득세 중과세율 적용 배제대상에 해당하는 것으로 보아야 할 것이다.

2) 쟁점①부동산 중 민간임대주택 예정부분과 관련하여 보건대, 「지방세법 시행령」제26조 제1항에서 중과제외업종의 하나로 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 등록을 한 임대사업자가 경영하는 주택임대사업을 규정하고 있고, 청구법인의 경우 2020.12.30. 쟁점①부동산을 취득한 후 2021.11.4. 및 2021.11.8. 쟁점②·③부동산을 추가로 취득하여 이 건 사업 관련부지의 확보를 완료한 후 2021.11.25. 사업계획승인을 받고 2021.12.21. 임대사업자 등록을 마쳤는데, 「민간임대주택에 관한 특별법」에서 임대사업자 등록을 하기 위한 자격으로서 민간임대주택으로 등록할 주택을 소유한 자와 함께 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되어 있는 자를 규정하고 있고, 민간건설임대주택의 경우 민간임대주택으로 등록할 주택을 건설하기 위하여 「주택법」제15조에 따른 사업계획승인을 받은 자를 규정하고 있어, 청구법인과 같이 임대주택 건설용 토지의 확보와 주택건설사업계획 승인을 동시에 추진하는 경우 현실적으로 토지확보 단계에서 임대사업자등록이 어려워 보이는 점을 고려하면, 비록 청구법인이 쟁점①부동산 취득일 현재에는 중과제외업종의 요건을 갖추지 못하였으나, 그 취득일로부터 1년 이내에 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자의 지위를 갖추었으므로 청구법인이 영위하는 사업은 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 등록을 한 임대사업자가 경영하는 주택임대사업으로 평가할 수 있다 하겠고, 청구법인이 이 건 사업의 추진을 위하여 쟁점①부동산을 취득할 무렵인 2020.12.29. 서울특별시장에게 이 건 사업계획의 사전검토를 요청하였고, 서울특별시장은 내부검토를 거쳐 2021.1.19. 청구법인에게 ‘2021년 OOO 청년주택사업 사전검토단 회의개최결과’를 통보하였고, 2021.4.14. 및 2021.5.15. 서울특별시 OOO 청년주택 통합심의 사전자문회의를 거쳐 2021.10.21. 청구법인에게 그 개최결과를 통보하였고, 2021.11.25. 최종적으로 공공임대주택 167세대, 민간임대주택 313세대, 청년지원센터 433.81㎡ 및 공공임대주택과 청년지원센터 부속토지의 기부채납을 조건으로 하는 주택건설사업계획을 승인함에 따라 청구법인은 2021.12.21. 임대사업자등록을 마치고, 2022.7.15. 건축공사에 착공하여 중단 없이 OOO 청년주택의 신축공사를 진행하고 있는 경과를 고려하면, 청구법인이 쟁점①부동산을 취득한 후 1년 이내에 중과제외업종에 직접 사용하지 못한 데에는 정상적인 노력은 다하였으나 시간이 부족하여 유예기간을 넘긴 것으로 보여 그 정당한 사유가 인정된다 할 것이므로 쟁점①부동산 중 민간임대주택사업자로서 경영하는 주택임대사업에 직접 사용할 목적으로 취득한 부분은 이 건 중과세 배제규정의 적용대상으로서 「지방세법」제13조 제2항에 따른 취득세 중과세율 적용대상에 해당하지 아니한다 할 것인바, 쟁점①부동산 중 민간임대주택 예정부분의 취득이 이 건 중과세 배제규정의 적용대상에 해당하지 아니한다고 보아 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

그 외 쟁점①부동산 중 공공임대주택 예정부분과 청년지원센터 예정부분과 관련하여 보건대, 공공임대주택 예정부분은 공공주택사업자가 아닌 청구법인이 경영하는 주택임대사업으로서 「공공주택 특별법」 제4조에 따라 지정된 공공주택사업자로서 경영하는 주택임대사업으로 볼 수 없고, 청년지원센터 예정부분은 이 건 사업의 용적률을 완화하기 위한 공공기여계획에 의한 것으로서 청구법인이 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제3호에 따른 사회기반시설사업을 영위하는 것으로 볼 수 없는 점 등에 비추어, 이 건 중과세 배제규정 적용대상에 해당하지 아니한다 할 것인바, 쟁점①부동산 중 공공임대주택 예정부분과 청년지원센터 예정부분의 취득이 이 건 중과세 배제규정의 적용대상에 해당하지 아니한다고 보아 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

처분청은 청구법인이 쟁점①부동산의 취득일부터 60일이 경과하여 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록을 마친바, 쟁점①부동산 중 민간임대주택 건설 예정토지는「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따른 임대주택 등에 대한 감면대상에 해당하지 아니한다는 의견이나,

「지방세특례제한법」제31조 제1항의 주택임대사업자에 대한 감면 조항은 임대주택건설 활성화를 통한 서민의 주거안정 지원에 그 취지가 있다 할 것으로, 비록 건설임대사업자가 임대주택용 부지를 취득하면서 바로 임대목적물을 등록하지 않았다 하더라도 장래에 임대주택을 건설하기 위하여 그 부지를 취득하는 것이 명확한 경우라면 그 취득에 대하여 취득세를 감면하는 것이 입법취지에 부합하는 것으로 보이는 점, 청구법인은 OOO 청년주택을 건축하여 임대하는 것을 유일한 목적사업으로 하여 설립된 법인으로 쟁점①부동산 취득 이전부터 서울특별시와 OOO 청년주택 사업계획과 관련한 사전검토등을 요청하여 임대주택건설사업 준비를 한 것으로 보이는 점, 이러한 문제점을 해결하고자 2021.12.28. 지특법 제31조 제1항을 개정하면서, 건설임대주택용 토지에 대한 취득세 감면요건을 ‘취득일로부터 60일 이내’에서 ‘사업계획승인일부터 60일 이내’에 임대사업자로 등록하는 경우로 완화하였고, 다만, 과도한 착공지연 등을 방지하기 위해 임대등록시한은 토지를 취득한 날부터 1년 6개월을 초과하지 않도록 단서를 마련하였던 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점①부동산 중 민간임대주택 건설 예정토지에 대한 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(다) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

처분청은 주택건설사업계획의 승인 이전에 취득한 쟁점②ㆍ③부동산은 취득당시 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정되지 아니하여 「지방세법」제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상에 해당하지 아니한다는 의견이나,

청구법인이 2021.11.4. 및 2021.11.8. 쟁점②·③부동산을 취득한 이후 2021.11.25. 공급촉진지구 지정·지구계획 승인을 받아 기부채납토지의 면적이 확정되었고, 같은 날 공공지원민간임대주택(OOO 청년주택) 신축공사의 주택건설사업계획의 승인을 받아 사업주체로 지정된 것으로 확인되는데, 청구법인이 쟁점①~③토지상에 민간임대주택 건설을 위한 협의를 진행하는 과정에서 그 일부에 공공임대주택(167세대) 및 사회기반시설인 청년지원센터를 조성하는 것을 내용으로 하는 사업계획승인을 추진한 것으로 확인되는 점, 새로 신설하여 기부채납하는 시설이 집합건축물 내 공동주택과 근린생활시설인 관계로 그 세부 위치가 특정된다고 보기는 어려우나, 집합건축물의 특정 위치를 기부채납 대상으로 한 쌍방의 의사표시로서 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 특정된 것으로 볼 수 있는 점, 비록 청구법인이 쟁점②·③토지를 취득할 시점에 공급촉진지구 지정·지구계획 승인이 완료되지 아니하였으나, 2021.10.13. 서울특별시 공공지원민간임대주택 통합심의위원회에서 쟁점①~③부동산 일원을 OOO 청년주택(공공지원민간임대주택) 공급촉진지구 지정, 지구계획 승인 및 사업계획승인(안)을 심의하여 원안가결하였고, 사업계획승인(안)에 공공민간임대주택 및 청년지원센터의 기부채납에 관한 내용이 기재되어 있는 것으로 확인되며, 서울특별시장이 2021.11.25. 이를 고시한 것으로 확인되는 점 등에 비추어, 실제 기부채납될 쟁점②·③부동산 중 토지부분은 「지방세법」제9조 제2항에 따른 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로서 취득세 비과세 대상에 해당하는 것으로 보이는바, 처분청이 쟁점②·③부동산 중 공공임대주택과 청년지원센터의 건설 예정토지에 대한 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.