이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.10.22. 서울특별시 성동구 OOO 토지 및 건축물(이하 “쟁점①부동산”이라 한다)과 같은 동 OOO 토지(이하 “쟁점②부동산”이라 한다)를, 2021.10.26. 같은 동 OOO 토지(이하 “쟁점③부동산”라 하고, 쟁점①·②부동산과 함께 “쟁점③부동산”이라 한다)을 취득하고, 취득세 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

＜표1＞ 쟁점부동산 취득내역

(단위 : 원)

○○○

나. 청구법인은 2024.5.30. 쟁점부동산의 임대주택 신축예정부지(81.75%) 중 민간임대주택 건설 예정부지(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대해 「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따른 임대사업자 등에 대한 감면을 적용하여 기 납부한 취득세를 환급하여야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.7.29. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.9.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 민간임대주택 건설 예정부지인 쟁점토지는 「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따른 임대주택 등에 대한 취득세 감면대상에 해당한다.

「지방세특례제한법」제31조 제1항에서는 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택을 건축하는 경우에 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택에 대하여는 취득세를 면제하되, 임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다고 규정하고 있다.

청구법인의 경우 2021.10.22. 및 2021.10.26. 쟁점부동산을 취득한 후 2022.12.8.에 이르러서야 임대사업자 등록을 마친 사실이 있으나, 청구법인은 쟁점부동산에 민간임대주택인 청년임대주택을 건설하기 위하여 2020.12.29. 서울특별시장에게 ‘OOO 청년주택 사업계획 사전검토 요청’과 관련한 공문을 제출하여 서울특별시장이 2021.1.28. 사전검토 요청에 대한 OOO 청년주택 사업 사전검토단 회의를 개최하는 등 실질적인 사업계획과 관련한 논의가 진행되었으며, 2021.11.11. 청구법인을 사업시행자로 하여 공공지원임대주택, 공급촉진지구 지정 및 지구단위계획을 고시하고, 2022.10.6. 서울특별시와의 협약을 통해 공공임대주택 및 민간임대주택 부분의 규모별 세대수를 구분하여 특정됨에 따라, 2022.12.5. 민간임대주택 196개호를 임대목적물로 하여 임대사업자 등록을 신청하고 2022.12.8.에 이르러 임대사업자 등록이 완료되었는바, 쟁점부동산의 토지 중 민간임대주택 비율인 81.75%에 대해서는 임대주택 등에 대한 감면을 적용대상에 해당함에도 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(2) 처분청 의견대로 임대주택 감면규정은 「지방세특례제한법」제177조의2에 따른 최소납부세제 규정(85% 감면) 적용대상에 해당한다.

해당 규정을 적용하여 경정세액을 재계산하면, 당초 신고·납부한 세액 OOO원 중 OOO 건물분에 대한 세액 OOO원을 차감하고 주거비율(공공임대주택+매입임대주택 면적) 81.75%를 곱하여 산출한 세액 OOO원에서 1차 경정청구를 통해 환급받은 기부채납분에 대한 취득세 OOO원을 차감한 OOO원에 대하여 「지방세특례제한법」제177조의2에 따른 최소납부세제 규정(85% 감면)을 적용하여 감면환급세액을 OOO원으로 산정된다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점부동산의 취득일부터 60일이 경과하여 임대사업자등록을 마친 이상 「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따른 감면대상에 해당하지 아니한다.

「지방세특례제한법」제31조 제1항의 임대주택 감면규정의 감면취지는 임대주택의 건설 및 분양을 촉진하여 서민의 장기적인 주거생활의 안정을 도모하기 위하여 임대사업자가 취득한 임대주택에 대하여 취득세 등 감면의 혜택을 주되, 그 감면대상 범위를 일정한 기준에 따라 제한하기 위한 것이고, 감면대상은 민간임대주택으로 등록할 주택을 건설하기 위하여 「주택법」제15조에 따른 사업계획승인을 받은 자 또는 「주택법」제4조에 따라 등록한 주택건설사업자 등이다.

또한 위 주택건설사업자 등은 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 임대사업자로 등록을 신청할 수 있는데, 해당 임대사업자 중 임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 자만이 위 감면규정에 적용대상으로서 「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따른 임대주택 등에 대한 감면대상에 해당하는 것이다.

따라서, 쟁점토지의 취득일부터 14개월이 경과한 2022.12.8. 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록을 마친 사실이 확인되므로 청구법인은 임대주택 등에 대한 감면요건을 갖추지 못하였는바, 쟁점토지의 취득이 임대주택 등에 대한 감면대상에 해당하지 아니한다고 보아 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

(2) 설사, 쟁점토지가 임대주택 감면대상에 해당한다 하더라도 「지방세특례제한법」제177조의2에 따른 최소납부세제 규정적용대상에 해당한다.

청구법인은 당초 경정청구시 경정청구세액을 OOO원으로 산정하였으나, 당초 신고·납부한 세액 OOO원 중 OOO 건물분에 대한 세액 OOO원을 차감하고 주거비율(공공임대주택 + 매입임대주택 면적) 81.75%를 곱하여 산출한 세액 OOO원에서 「지방세특례제한법」제177조의2에 따른 최소납부세제 규정(85% 감면)을 적용하여 산출한 OOO원에서 1차 경정청구를 통해 환급받은 기부채납분에 대한 취득세 OOO원을 차감한 OOO원을 환급하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따른 취득세 감면대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 2020.3.31. 임대업, 분양업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인이다.

(나) 청구법인은 서울특별시 성동구 OOO 일대에서 OOO 청년주택사업을 시행하기 위하여 아래와 같이 사업을 추진한 것으로 확인된다.

1) 청구법인은 2019.12.30. 처분청에 쟁점부동산 소재 지역이 OOO 청년주택 사업 대상지인 ‘OOO’에 해당하는지 여부에 대한 질의를 하였고, 처분청은 2020.1.6. 쟁점부동산 소재 지역이 해당 사업지에 걸치는 지역이라고 회신하였다.

2) 청구법인은 서울특별시장에게 쟁점부동산을 사업지로 하는 「성동구 OOO 청년주택 사업계획」의 사전검토를 요청하였고, 서울특별시장은 2021.1.28. 위 사전검토 요청에 대하여 OOO 청년주택 사업 사전검토단 회의를 개최하였고, ‘재정비 예정인 OOO지구 지구단위계획 및 신규 수립 예정인 지구단위계획 내용과의 정합성을 위해 입안권자인 자치구와 사전협의 필요 등’의 의견을 제시한 것으로 확인된다.

3) 청구법인은 2021.4.30. 서울특별시장에게 OOO 청년주택 사업계획서를 접수하였고, 2021.5.12.~2021.6.2.의 기간 동안 관련부서(기관) 협의를 거친 것으로 확인된다.

청구법인이 제출한 사업계획(안)의 건축계획에 의한 용도별 면적표는 아래 ＜표2＞와 같고, 전체 건축물 중 주거시설 비율은 81.75%인 것으로 확인된다.

＜표2＞ 건축계획상 용도별 면적표

구분

주거시설

비주거시설

합계

비고

지상

전용면적(㎡)

5,611.03

813.30

6,424.33

공용면적(㎡)

3,711.77

244.26

3,936.03

소계

9,322.80

1,037.56

10,360.36

지상층 비율(%)

89.99

10.01

100.00

용적율 기준

지하

전용면적(㎡)

-

634.53

634.53

공용면적(㎡)

795.77

468.59

1,264.36

주차면적(㎡)

3,406.45

878.98

4,285.43

소계

4,202.22

1,982.10

6,184.32

합계

13,525.02

3,019.66

16,544.68

전체 연면적 비율(%)

81.75

18.25

100

연면적 기준

4) 서울특별시 주택공급과는 2021.7.7. 청구법인이 제출한 건축허가 신청에 대하여, 「OOO 청년주택 건립 및 운영에 대한 협약서」를 체결하는 조건으로 건축허가를 승인하였다.

＜ 서울특별시장의 이 건 사업 건축허가 조건 ＞

관련기관(부서)

협 의 의 견

주택공급과

○ 「서울특별시 OOO 청년주택 건립 및 운영기준」에 따라 착공 전에 ＜OOO 청년주택 건립 및 운영에 대한 협약＞을 체결하도록 규정하고 있으나, 본 건은 협약이 체결되어 있지 않은 상태이므로 최초 임대료 산정 및 임대료 인상비율 등에 대한 “OOO 청년주택 운영자문위원회” 자문을 거쳐 협약을 체결하여야 하며, 다음 건축허가 조건을 부여함

- OOO 청년주택 운영자문위원회의 자문에 따른 자문결과를 이행하여야 함

- 서울특별시장과 사업시행자간 체결한 “OOO 청년주택 건립 및 운영에 대한 협약서”의 내용을 이행하여야 함

- 추후 허가사항변경(설계변경)시 주거면적이나 공공기여율 변경이 있는 경우 우리시(주택공급과)와 협의하여야 하며, 최초 임대료 변경이 있는 경우도 임차인 모집 이전에 변경 협약을 체결하여야 함

○ 에너지절약 계획서 승인내역 및 녹색건축물 인증을 이행하여야 함

○ 진행중인 지하안전영향평가를 착공 전까지 완료할 것

○ 서울특별시 주택공급과에서 마련한 통합실외기실 운영기준을 준수하여 설치할 것

5) 청구법인은 2021.10.22. 및 2021.10.26. 쟁점부동산을 취득하고, 취득세 등을 신고·납부하였다.

6) 서울특별시는 2021.11.11. 「성동구 OOO 청년주택(공공지원민간임대주택) 공급촉진지구 지정, 지구계획 승인 및 도시관리계획 결정(변경)·지형도면고시」(서울특별시 고시 제OOO호, 2021.11.11.)를 하였고, 청구법인을 시행자로 지정하였다.

＜ 이 건 사업 관련 서울특별시장의 고시문 ＞

Ⅱ.공급촉진지구 지구계획에 관한 사항

5. 인구·주택 수용계획

1) 수용인구 : 335인

2) 주택건설계획 : 266세대(공공임대 70세대, 민간임대 196세대)

구분

세대수(세대)

비율(%)

수용인구(인)

비율(%)

비고

공공임대주택

23 Type

59

22.18

1

17.61

OOO 청년주택

건설·공급

46 Type

11

4.13

2.65

8.66

소계

70

26.31

88

26.27

민간임대주택

23 Type

165

62.03

1

49.25

44 Type

14

5.26

2.65

11.04

46 Type

17

6.39

2.65

13.43

소계

196

73.68

247

73.73

합계

266

100.00

335

100.0

※ OOO 청년주택 공급대상을 고려하여 가구당 인구수는 「공공주택 업무처리지침」의 행복주택 공급계층별 가구당 인구수 기준을 적용

7) 청구법인은 2022.10.6. 서울특별시와 이 건 사업 관련 사업협약을 체결하였다.

＜ 이 사건 협약에 따른 주택건설규모 ＞

제7조(사업시행자 등의 의무 등)

④ 주택건설규모

구분

전용면적(㎡)

세대수(호)

연면적 비율(%)

합계

266

100%

공공임대주택

소계

70

26.32

36형

36.4200

11

18형

18.2205

59

민간임대주택

소계

196

73.68%

36,34형

36.4200

17

34.9494

14

18형

18.2205

165

⑤ 4항에 정한 공공임대주택은 사업시행자가 우리시에 매매계약을 신청하여 OOO 청년주택 건립 및 운영에 대한 협약서 체결시까지 체결되어야 한다.

8) 청구법인은 2022.12.5. 쟁점토지(민간임대주택 196개호)를 임대목적물로 하여 「민간임대주택에 관한 특별법」제5에 따른 임대사업자 등록을 위하여 처분청에 임대사업자 등록을 신청하였고, 2022.12.8. 처분청이 이를 수리하고 임대사업자 등록증을 교부하였다.

＜ 청구법인의 임대사업자 등록내역 ＞

○○○

9) 청구법인은 2023.10.6. 이 건 사업의 신축을 위한 착공을 하였고, 이 건 심리일 현재 건축공사가 진행 중인 것으로 확인된다.

10) 청구법인이 추진한 이 건 사업경과는 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 이 건 사업 추진경과

○○○

(다) 청구법인은 2024.1.10. 신축예정부지 중 기부채납이 예정된 공공임대주택 부속토지 부분에 대해 「지방세법」제9조에 따른 비과세 대상에 해당한다는 취지로 경정청구를 하였고, 처분청은 2024.3.4. 이를 인용하여 취득세 등 합계 OOO원을 환급(환부이자 별도)한 것으로 확인된다.

(라) 이후 청구법인은 2024.5.30. 쟁점토지에 대해 「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따른 임대주택 등에 대한 감면대상에 해당한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.7.29. 청구법인이 쟁점토지의 취득일부터 60일 이내에 쟁점토지를 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 사실이 없으므로 임대주택 등에 대한 감면요건을 충족하지 못하였다고 보아 경정청구를 거부하였다.

(마) 처분청은 청구법인이 이 건 경정청구시 경정세액을 산정함에 있어 「지방세특례제한법」제177조의2의 최소납부세제 규정을 적용하지 아니하였다는 의견이고, 청구법인도 이를 인정하고 경정세액을 재계산하여 제출하였다.

＜표4＞ 청구법인 및 처분청 제출 경정세액 산출방식

(단위 : 원)

○○○

(바) 행정안전부는 2021.12.28.「지방세특례제한법」제31조 제1항을 개정하면서, 건설임대주택용 토지에 대한 취득세 감면요건을 ‘취득일로부터 60일 이내’에서 ‘건축허가일부터 60일 이내’로 임대등록하는 경우로 완화하였고, 다만, 과도한 착공지연 등을 방지하기 위해 임대등록시한은 토지를 취득한 날부터 1년 6개월을 초과하지 않도록 단서를 마련하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

청구법인은 쟁점토지가 「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따른 취득세 감면대상에 해당한다고 주장하나,

「지방세특례제한법」제31조 제1항은 임대사업자가 임대할 목적으로 건축하는 공동주택을 감면대상으로 규정하고, 그 요건으로 ‘임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 임대사업자로 등록할 것’을 정하고 있는데, 청구법인은 쟁점부동산의 취득일인 2021.10.22. 및 2021.10.26.로부터 60일이 경과한 2022.12.5.에 이르러서야 임대사업자 등록을 신청하고 2022.12.8. 임대사업자 등록증을 교부받은 사실이 확인되는 점, 설령, 2021.12.28. 개정된 「지방세특례제한법」제31조 제1항이 건설임대주택용 토지에 대하여 취득세 감면요건을 ‘취득일로부터 60일 이내’에서 ‘「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내’로 완화한 사정을 고려하더라도, 청구법인은 2021.11.11. 건축허가를 받은 사실이 확인되므로 그로부터 기산하더라도 이미 60일이 도과한 것으로 보이는 점, 청구법인은 건축허가 조건인 ‘OOO 청년주택 건립 및 운영협약’ 체결일인 2022.10.6.을 기준으로 60일 이내에 임대사업자 등록을 신청하였으므로 감면대상이라고 주장하나, 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」제4조 제1항에서 정하는 임대사업자 등록요건으로 ‘민간임대주택으로 등록할 주택을 건설하기 위하여 「건축법」제11조에 따른 건축허가를 받은 자’를 규정하고 있을 뿐 위 협약을 요건으로 정하고 있지 아니하므로, 위 협약 체결시점에 비로소 임대사업자 등록이 가능했다는 청구주장을 받아들이기 어려운 점 등에 비추어, 쟁점토지의 취득은 「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따른 취득세 감면대상에 해당하지 아니한다고 보아 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제31조(임대주택 등에 대한 감면) ① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자(임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다. 이하 이 조에서 "임대사업자"라 한다)가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2021년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따라 10년 이상의 장기임대 목적으로 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하인 임대주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)을 20호(戶) 이상 취득하거나, 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령

제13조(추징이 제외되는 임대의무기간 내 분양 등) ② 법 제31조 제4항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 임대사업자 등”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

1. 주택건설사업자(해당 건축물의 사용승인서를 내주는 날 또는 매입일 이전에 「부가가치세법」 제8조에 따라 건설업 또는 부동산매매업의 사업자등록증을 교부받거나 같은 법 시행령 제8조에 따라 고유번호를 부여받은 자를 말한다)

2. 「주택법」 제4조 제1항 제6호에 따른 고용자

3. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호의 임대사업자 또는 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자

(3) 민간임대주택에 관한 특별법(2021.9.14. 법률 제18452호로 개정된 것)

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

⑥ 제1항부터 제5항까지에 따른 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ＜개정 2020. 6. 9.＞

(4) 민간임대주택에 관한 특별법 시행령

제4조(임대사업자 등록 및 변경신고 등) ① 법 제5조제1항에 따라 임대사업자로 등록할 수 있는 자는 다음 각 호와 같다. 이 경우 2인 이상이 공동으로 건설하거나 소유하는 주택의 경우에는 공동 명의로 등록해야 한다.

1. 민간임대주택으로 등록할 주택을 소유한 자

2. 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되어 있는 자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

가. 민간임대주택으로 등록할 주택을 건설하기 위하여 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인(이하 “사업계획승인”이라 한다)을 받은 자

나. 민간임대주택으로 등록할 주택을 건설하기 위하여 「건축법」 제11조에 따른 건축허가(이하 “건축허가”라 한다)를 받은 자

다. 민간임대주택으로 등록할 주택을 매입하기 위하여 매매계약을 체결한 자

라. 민간임대주택으로 등록할 주택을 매입하기 위해 분양계약을 체결한 자로서 다음의 어느 하나에 해당하는 자

1) 등록 신청일을 기준으로 분양계약서에 따른 잔금지급일이 3개월 이내인 자

2) 등록 신청일이 분양계약서에 따른 잔금지급일 이후인 자

3. 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 제2호 외의 자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

가. 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자

나. 「부동산투자회사법」 제2조제1호에 따른 부동산투자회사(이하 “부동산투자회사”라 한다)

다. 「조세특례제한법」 제104조의31제1항에 해당하는 투자회사(이하 “투자회사”라 한다)

라. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제18항에 따른 집합투자기구(이하 “집합투자기구”라 한다)

마. 소속 근로자에게 임대하기 위하여 민간임대주택을 건설하려는 고용자(법인으로 한정한다)