이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 경기도 광명시 OOO 일원의 OOO구역 주택재개발정비사업(이하 “이 건 개발사업”이라 한다)의 사업시행자로서, 2020.11.26. 이 건 정비사업의 부분준공인가에 따라 ① 공동주택(948세대) 및 부대복리시설 9개동 건축물(이하 “쟁점건축물”이라 한다)을 취득하고, OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “쟁점건축물 취득세”라 한다)을, ② 경기도 광명시 광OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 지목이 변경(이하 “이 건 지목변경”이라 한다)됨에 따라 증가한 가액인 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 이후, 청구법인은 2024.4.3. 쟁점건축물의 취득에 대한 취득세 신고시 이 건 지목변경에 소요된 공사비를 포함하여 신고하였으므로 이 건 취득세의 신고는 이중과세에 해당한다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.5.20. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 이 건 정비사업의 부분준공에 따른 쟁점건축물의 신축 및 지목변경에 대한 취득세를 신고하면서 쟁점건축물의 취득세 과세표준에 이 건 지목변경에 소요된 공사비를 포함하여 신고하였는바, 이 건 지목변경에 대한 취득세 신고는 이중과세에 해당한다.

행정안전부는 2019.12.31. 지방세법을 「지방세법」 제7조 제14항을 개정하여 택지공사가 준공된 토지에 정원 또는 부속시설물 등을 조성·설치하는 경우에는 그 정원 또는 부속시설물 등은 토지에 포함되는 것으로서 토지의 지목을 사실상 변경하는 것으로 보아 취득세 과세대상에 포함하도록 하였는데, 이는 공사목적에 따라 건축물 건축에 수반되는 지목변경 공사비용을 신축 건축물의 원시취득 비용에 포함하도록 함으로써 건축물 신축공사와 함께 지목변경 공사가 진행되어 법인장부에서 그 비용을 구분하기 어려운 경우 건축물의 신축비용에 포함하여 과세하라는 취지로 해석될 수 있으므로, 청구법인과 같이 쟁점건축물의 신축에 대한 취득세 과세표준에 지목변경 공사비용을 포함하여 신고·납부한 경우, 실질적으로 지목변경 취득세 납세의무를 다하였음에도 불구하고 재차 지목변경 취득세를 부담하는 것은 이중과세에 해당한다.

따라서, 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 주택재건축정비사업을 시행하면서 사실상 지목변경이 있었다고 하더라도 주택재건축정비사업시행자가 건설회사와 건축공사 도급계약을 체결하면서 도급공사계약 금액에 건축물 건축뿐만 아니라 토목공사, 조경공사 등 주택재건축을 위하여 필요한 일체의 공사비 및 제반비용을 포함한 경우에는 해당 공사도급금액에 지목변경과 관련한 비용도 포함된 것으로서 이미 도급공사금액을 건축물 취득원가에 포함하여 신고했다면, 별도로 지목변경 취득세를 부과하는 것은 도급공사계약 금액에 포함된 지목변경 공사비와 함께 이중으로 과세되는 것(조세심판원 2022지1091, 2023.10.23. 참조)이므로, 처분청이 이 건 지목변경에 대한 취득세가 이중과세에 해당한다고 보아 제기한 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「지방세법」제7조 제4항에서 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우 새로운 ‘취득’으로 규정하고 있으므로, 이 건 지목변경은 토지의 지목을 사실상 변경하여 그 가액이 증가한 경우로서 쟁점건축물의 신축과는 별개의 새로운 취득에 해당하는바, 청구법인의 주장대로 쟁점건축물의 취득세 과세표준에 이 건 지목변경에 소요된 공사비용이 포함되어 쟁점건축물의 취득세 과세표준이 과대계상 되었다면, 이에 대해서는 쟁점건축물의 취득세에 대한 경정청구를 통하여 다투어야 할 것이다.

개정된 「지방세법」제7조 제14항은 「도시개발법」등 관련 법령에 따라 토지조성공사가 완료된 택지(지목:대)를 제3자가 분양받아, 그 토지에 정원 또는 부속시설물 등을 조성·설치하여 토지의 가치를 상승시켰다면 새로이 지목변경이 있었다고 보아 취득세를 부과하겠다는 취지로서, 이 건과 같이 당초 조합 등이 보유하던 토지의 실제 지목을 변경한 사안과는 무관하다.

공사도급계약서상 사업의 내용에 ‘건축시설의 신축공사’임이 명시되어 있고, 공사계약조건 제2조 제1항 공사의 범위에도 아파트 및 부대·복리시설 등의 건축을 공사범위로 한다고 규정되어 있으며, 제7조 제1항에서 “갑이 을에게 지급해야 하는 공사비 총액은 실 공사 건축연면적에 공사계약금액 ㎡당 일금 OOO원/㎡(OOO/3.3㎡, 부가세 별도)을 곱한 금액으로 한다고 규정되어 있는 등 이 건 도급계약서상 공사의 범위는 건축물 공사이고, 그 공사비용도 건축물 연면적당 계산되어 이 건 도급공사계약은 건축물의 건축공사와 관련한 계약에 해당한다.

또한, 청구법인은 이 건 지목변경에 대한 취득세 신고시 그 과세표준을 해당 필지의 준공시 시가표준액에서 착공시 시가표준액을 차감하는 방식으로 산출하였는데 반해, 경정청구시에는 쟁점건축물의 취득세 과세표준에 포함된 지목변경 공사비를 법인장부를 통해 입증하면서도 전체가 아닌 일부만을 제시함에 따라 청구법인이 제출한 자료만으로는 이 건 지목변경에 소요된 공사비용이 법인장부로 입증되는 경우로 볼 수도 없는바, 처분청이 이 건 취득세가 이중과세에 해당한다는 취지로 그 전부를 환급하여야 한다는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 지목변경에 대한 취득세 신고가 이중과세에 해당하므로 환급하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 「도시 및 주거환경정비법」과 조합의 정관이 정하는 바에 따라 경기도 광명시 OOO㎡(이하 “이 건 사업부지”라 한다)에서 건축물을 철거하고 그 대지 위에 새로운 건축물을 건설하여 도시 및 주거환경을 개선하고 조합원의 주거안정 및 주거생활의 질적 향상에 이바지하기 위한 주택재개발정비사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)을 시행하기 위해 2011.7.4. 설립된 법인이다.

(나) 이 건 정비사업은 2012.9.11. 정비구역 지정고시(경기도 고시 제OOO호), 2015.8.18. 사업시행계획인가(광명시 고시 제OOO호) 이후 2020.11.26. 공동주택(948세대) 및 부대복리시설 9개 동에 대하여 부분준공인가, 2021.4.16. 위 부분준공된 공동주택 등을 포함하여 공동주택(2,104세대) 및 부대복리시설 19개 동(이하 부분준공된 공동주택 등과 함께 “이 건 건축물”이라 한다)에 대한 준공인가를 거쳐, 2022.3.31. 「도시 및 주거환경정비법」제83조에 따라 이 건 정비사업에 대한 이전고시(OOO 주택재개발정비사업조합 고시 제OOO호)되었다.

(다) 청구법인은 2020.11.26. 쟁점건축물을 취득하고, 아래 ＜표1＞과 같이 취득세 신고를 마쳤다.

＜표1＞ 쟁점건축물에 대한 취득세 신고납부 내역

(단위 : 원)

○○○

(라) 청구법인은 2020.11.26. 부분준공인가로 경기도 광명시 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 지목이 변경(이하 “이 건 지목변경”이라 한다)됨에 따라 지목변경 취득세 과세대상에 해당한다고 보아, 아래 ＜표2＞와 같이 취득세 신고를 마쳤다.

＜표2＞ 지목변경에 따른 이 건 취득세 신고납부 내역

(단위 : 원)

○○○

(마) 청구법인은 2024.4.3. 쟁점건축물의 취득에 대한 취득세 신고시 이 건 지목변경에 소요된 공사비를 포함하여 신고하였으므로 이 건 취득세의 신고는 이중과세에 해당한다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.5.20. 이를 거부하였다.

(바) 청구법인은 이 건 지목변경 공사와 관련하여 아래와 같이 항변한다.

1) 청구법인은 이 건 정비사업을 위해 2017년 12월 경 A 주식회사 및 B 주식회사(이하 “시공사”라 한다)와 도급공사계약을 체결하였고, 그 내용은 아래와 같다.

＜ 이 건 사업 관련 도급계약(일부발췌) ＞

○○○

2) 위 계약서에 따르면, 제5조 제1항에서 공사의 내용 및 비용의 부담에 대하여 약정하면서 도급공사계약의 내용에 이 건 건축물의 건축공사 이외에도 토목공사, 대지조성공사 등 지목변경 관련공사가 포함되어 있음을 알 수 있다.

3) 청구법인은 2020.11.26. 및 2021.4.16. 쟁점건축물을 포함한 이 건 건축물의 신축에 대한 취득세 신고시, 지목변경 관련 공사비용을 포함하여 신고하였다고 주장하면서 아래 ＜표3＞을 제출하였다.

＜표3＞ 쟁점건축물의 취득세 신고시 포함된 지목변경 관련 공사비용

(단위 : 원)

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

청구법인은 쟁점건축물의 취득세 신고시 지목변경 공사에 소요된 비용을 쟁점건축물의 취득세 과세표준에 포함하여 신고하였으므로 이 건 지목변경에 대한 취득세 신고가 이중과세에 해당한다고 주장하나,

쟁점건축물의 신축과 이 건 지목변경은 별도의 취득원인에 의한 것이고, 세율도 달리하는 등 그 납세의무에 관한 사항 또한 개별적으로 판단하여야 할 것인 점, 청구법인의 주장대로 쟁점토지의 지목변경 공사비용이 이 건 정비사업으로 취득한 쟁점건축물의 취득세 과세표준에 포함되었다고 하더라도 이는 건축물의 취득세 과세표준에서 차감할 것이지 이 건 지목변경에 대한 취득세의 환급을 구할 사항은 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2020.12.22. 법률 제17651호로 개정되기 전의 것)

제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.

④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다.

⑭ 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」 제67조에 따른 대(垈) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 등 관계 법령에 따른 택지공사가 준공된 토지에 정원 또는 부속시설물 등을 조성ㆍ설치하는 경우에는 그 정원 또는 부속시설물 등은 토지에 포함되는 것으로서 토지의 지목을 사실상 변경하는 것으로 보아 토지의 소유자가 취득한 것으로 본다. 다만, 건축물을 건축하면서 그 건축물에 부수되는 정원 또는 부속시설물 등을 조성ㆍ설치하는 경우에는 그 정원 또는 부속시설물 등은 건축물에 포함되는 것으로 보아 건축물을 취득하는 자가 취득한 것으로 본다.

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조제1항 또는 「법인세법」 제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득

(2) 지방세법 시행령(2020.12.1. 대통령령 제31212호로 개정되기 전의 것)

제17조(토지의 지목변경에 대한 과세표준) 법 제10조제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 가액으로 한다. 다만, 제18조제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다.

1. 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액(해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 산정한 가액을 말한다)

2. 지목변경 전의 시가표준액(지목변경 공사착공일 현재 공시된 법 제4조제1항에 따른 시가표준액을 말한다)

제18조(취득가격의 범위 등) ③ 법 제10조제5항제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서. 다만, 법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변, 화재, 교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.