이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.4.8. 대구광역시 동구 OOO㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 취득한 후, 2022.4.27. 쟁점부동산의 3층 469.795㎡를「지방세특례제한법」제50조 제1항에 따라 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 공사대금 OOO원에서 3층의 공사가액인 OOO원을 제외한 금액을 과세표준으로 하고,「지방세법」제11조 제1항 제3호의 세율(2.8%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2024.6.5. 쟁점부동산을 현지출장하여 확인한 결과, 쟁점부동산의 3층이 종교용이 아닌 다른 용도(대안학교)로 사용되고 있어「지방세특례제한법」제50조 제1항 제1호 및 제3호에 따른 5년 이내에 수익사업에 사용하거나 또는 종교 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용한 것으로 보아, 2024.11.14. 청구법인에게 기 면제받은 취득세 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점부동산의 3층을 OOO 초등학교(이하 “OOO”라 한다)에 무상으로 임대한 것으로써 차임을 지급받아서 이를 수익으로 한 것이 아니므로 그 자체로 수익사업이 될 수 없고, OOO가 대안학교를 운영하는 과정에서 수업료를 받는 등 수익사업을 하고 있다고 하더라도 이를 별도의 법인인 청구법인의 수익사업으로 볼 수 없다.

(2) 또한 OOO와 청구법인의 대표자는 동일인으로 서로 밀접한 관련이 있어 OOO의 대안학교 운영이 종교행위에 직접 사용하는 행위는 아닐지라도 종교단체인 청구법인의 뜻을 구현하기 위한 일환의 행위임은 분명하고, 이러한 이유로 OOO에 쟁점부동산의 3층을 무상으로 임대한 것을 OOO에 쟁점부동산의 3층에 대한 배타적 사용권 및 점유권을 주었다고 볼 수는 없으며, 대안학교의 방학 기간에는 쟁점부동산의 3층을 청구법인이 종교적 행사의 일환인 종합수련원으로 사용하고 있으므로 다른 용도로 사용하였다고 볼 수 없다.

(3) 아울러 2025.1.14.「건축법 시행규칙」제12조의3 제2항이 개정되면서 이제는 지방건축위원회의 심의 없이 교회시설인 종교시설에서 아동 돌봄 등의 사업을 할 수 있도록 허용되고 있고, 이러한 법 개정의 취지는 종교시설을 이용하여 아동이나 노유자의 돌봄을 원활하게 하여 사회에 기여할 수 있도록 하는 취지라고 할 것이며, 나아가 같은 종교시설을 이용하여 때로는 종교목적 자체에 직접 하기도 하고 아이들이나 노유자들을 위한 목적으로 사용하는 것도 허용한다는 것인데, 일괄적으로 종교목적에 직접 사용하지 않는다고 보아 취득세 면제 대상에서 제외하여 취득세를 부과하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 홈페이지에 청구법인의 전문 사역 중 하나로 대안학교에 대한 설명이 기재되어 있고, OOO의 대표자와 청구법인의 대표자가 동일하며, 청구법인 역시 OOO는 청구법인과 밀접한 관련을 가지고 있는 법인임을 주장하고 있는바, OOO를 별도의 법인으로 볼 수 없다.

(2) 또한 쟁점부동산의 3층의 주된 사용 목적은 대안학교의 운영이고, 방학기간 청구법인이 종합수련원으로 사용하는 것이 부수적이라 볼 수 있을 것인바, 쟁점부동산의 3층을 청구법인이 종교 행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하지 않는 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 이 사건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종교단체인 청구법인이 쟁점부동산의 3층을 종교용이 아닌 대안학교로 사용한 것으로 보아 기 면제한 취득세 등을 부과한 처분의 당부

나. 관련 법률

지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "직접 사용"이란 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등의 소유자(「신탁법」제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따라 나타나는 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 2021.10.20. ㈜A과 건축공사표준계약을 체결한 후, 쟁점부동산을 신축하고, 처분청으로부터 2022.4.8. 사용승인을 받아 취득하였다.

(나) 청구법인은 2022.4.27. 쟁점부동산의 3층 469.795㎡를「지방세특례제한법」제50조 제1항에 따라 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 공사대금인 OOO원에서 3층의 공사가액인 OOO원을 제외한 금액을 과세표준으로 하고,「지방세법」제11조 제1항 제3호의 세율(2.8%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(다) 지방세 감면 신청서에 의하면, 청구법인은 감면신청 사유를 아래 ＜표1＞과 같이 기재한 것으로 나타난다.

건물 중 3층 469.795㎡는 청구법인의 예배당으로 사용하므로 감면 신청합니다.

「지방세특례제한법」제50조

＜표1＞ 감면신청 사유

(라) 처분청은 2024.6.5. 쟁점부동산을 현지출장하여 확인한 결과, 쟁점부동산의 1층은 OOO센터, 2층은 OOO학원 등, 3층은 종교용(예배당)이 아닌 대안학교(OOO)로 사용되고 있는 것으로 출장보고서에 나타난다.

(마) 처분청은 2024.11.14.「지방세특례제한법」제50조 제1항 제1호 및 제3호에 따른 5년 이내에 수익사업에 사용하거나 또는 종교 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용한 것으로 보아, 청구법인에게 기 면제받은 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

(바) 청구법인의 대표자가 운영 중인 OOO의 홈페이지에 의하면, 학교 수업료에 아래 ＜표2＞와 같이 기재하고 있는 것으로 나타난다.

＜표2＞ OOO 홈페이지 내용 일부

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.

(가)「지방세특례제한법」제50조 제1항에서 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하면서, 단서 제1호에서 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우라고, 그 제2호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우라고, 그 제3호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우라고 규정하고 있다.

(나) 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라 함은 종교의식, 예배축전, 종교교육, 선교 등을 할 수 있는 최소한의 종교시설물 등의 여건이 갖추고 정기적이고 지속적으로 종교행위가 이루어지는 곳이어야 하고, 종교시설물이라고 보기 어려운 장소에서 일시적으로 종교행위에 사용되었다 하여 그 부동산을 종교목적 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 보기는 어렵다 할 것이다.

(다) 청구법인은 쟁점부동산의 3층을 별도 법인인 OOO에 무상으로 임대하여 수익사업에 사용하지 않았고, OOO가 대안학교로 운용하여 청구법인의 뜻을 구현하고 있으며, 대안학교의 방학기간에 종합수련원으로 종교행위에 사용하고 있으므로 이 건 취득세 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하나,

청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 3층을 종교용이 아닌 초등학생들의 교육을 위한 대안학교 용도로 사용한 사실이 처분청이 작성한 출장보고서에 나타나므로「지방세특례제한법」제50조 제1항 제3호의 추징요건에 해당하는 점, 청구법인이 일시적으로 쟁점부동산의 3층을 종교행위에 사용하였다고 하더라도 달리 볼 것은 아닌 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 OOO(대안학교)에 임대한 것은「지방세특례제한법」제50조 제1항 단서의 추징사유에 해당한다고 볼 수 있으므로 처분청이 청구법인에게 기 면제한 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.