이유
1. 이 건 심판청구의 적법 여부

가. 청구인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(1) 법인설립허가증 및 청구인의 정관 등에 의하면, 청구인은 “OOO”로서, “강원도 원주시 OOO”을 주사무소로 하고, OOO에 명시된 정치, 권징조례, 예배모임에 의하여 치리한다고 기재 되어 있다.

(2) 청구인은 2019.10.14. 강원특별자치도 원주시 OOO㎡(이하 “이 건 제1부동산”이라 한다), 2020.10.22. 같은 동 OOO㎡(이하 “이 건 제2부동산”이라 한다), 2022.12.13. 같은 동 OOO㎡(이하 “이 건 제3부동산”이라 하고, 이 건 제1.2.3부동산을 합하여 “이 건 부동산”이라 한다)를 아래 ＜표1＞과 같이 증여 및 매매를 원인으로 취득한 후, 「지방세특례제한법」제50조 제1항에 따라 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위한 부동산 취득으로 보아 처분청에 감면신청서 등을 제출하여 취득세 등을 감면받았다.

＜표1＞ 청구인의 이 건 부동산 취득 내역 등

(단위 : ㎡, 원)

○○○

(3) 그 후, 처분청은 2023.9.5.(화)과 2023.9.13.(수) 이 건 부동산에 대한 현지확인조사 등을 통해 청구인이 이 건 제1부동산(건물) 중 OOO㎡[171.39㎡(카페) 및 OOO]와 이 건 제2부동산(토지) OOO㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 유예기간(3년) 내에 직접 사용하지 아니하거나 수익사업에 사용하고 있는 사실을 확인한 후, 아래 ＜표2＞와 같이 청구인에게 취득세 등에 대한 과세예고를 하였다.

＜표2＞ 처분청의 과세예고 등 내역

○○○

(4) 청구인은 위 (3)의 과세예고 등에 대하여 제목을 “이의신청서”로 하여 2023.8.31.과 2023.9.5. 처분청에 민원서류(이하 “쟁점민원서류”라 한다)를 제출하였다.

(5) 청구인은 처분청의 지방세 과세예고 등에 대하여 2023.9.27.과 2023.11.27. 「지방세기본법」제88조 제7항에 따른 조기결정을 신청한 후, 같은 날 아래 ＜표3＞과 같이 산출한 취득세 등을 기한 후 신고하고 이를 납부하였고, 청구인은 ＜표3＞의 세액 중 이 건 제1부동산에 대한 취득세 등은 2023.9.27. 이를 납부하였으나, 이 건 제2부동산에 대한 취득세 등은 납부하지 아니한 사실이 조기결정(경정결정) 신청서 및 기한 후 신고서 등에 의하여 확인된다.

＜표3＞ 이 건 제1.2부동산에 대한 취득세 등 기한 후 신고 등 내역

(단위 : ㎡, 원)

○○○

(6) 처분청은 청구인의 기한 후 신고일부터 3개월이 경과한 이 건 심리일 현재까지도 청구인에게 「지방세기본법」제51조 제3항에 따른 결정 통지 등은 하지 아니한 상태인 것으로 나타난다.

(7) 처분청은 이 건 제2부동산에 대하여 2023.9.21. 아래 ＜표4＞와 같이 산출한 재산세 등을 부과.고지하였고, 청구인은 2023.9.27. 이를 납부한 것으로 나타난다.

＜표4＞ 이 건 제2부동산에 대한 재산세 등 부과 내역

(단위 : ㎡, 원)

○○○

(8) 청구인은 이에 불복하여 2024.6.13. 심판청구를 제기하였으며, 청구인은 이 건 심판청구 과정에서 쟁점부동산을 종교용에 직접 사용 등을 하고 있다고 주장하며, 그 증빙으로 OOO 등의 사진, 교회연합신문 등의 기사, 예배광경 사진, 사실확인서, 신축공사 계획안, 운영위원회 회의록 등의 자료를 제출하였다.

(9) 행정안전부는 2019.12.31. 법률 제16854호로 「지방세기본법」제51조 제1항 등을 일부 개정하여 2020.1.1. 이후부터는 기한 후 신고자에 대한 수정신고 및 경정청구 등이 가능하도록 관련 규정을 개정하였다.

나. 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(1) 먼저, 이 건 제1부동산에 대한 취득세 등 기한 후 신고(위 ＜표3＞)에 대한 청구에 대하여 살피건대, 2019.12.31. 법률 제16854호 일부 개정된 「지방세기본법」제50조 제1항에서는 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있는바,

청구인은 2023.9.27. 이 건 제1부동산에 대한 취득세 등을 기한 후 신고하고 같은 날 이를 납부하였고, 2023.11.27. 이 건 제2부동산에 대한 취득세 등을 기한 후 신고한 상태에서 「지방세기본법」제50조 제1항에 따른 별도의 경정청구 절차 없이 2024.6.13. 이 건 심판청구를 제기한 것으로 나타나므로, 납세의무자가 취득세를 기한 후 신고.납부하는 과정에서 과세관청이 이를 수납 또는 무납부고지하는 행위는 단순한 사무적 행위에 불과할 뿐 불복청구의 대상이 되는 행정처분이라고 볼 수는 없다 할 것이고, 처분청이 청구인에게 불이익한 처분을 한 사실이 나타나지 아니하므로 이 건 심판청구는 처분이 없는 상태에서 제기된 부적법한 청구로 판단된다.

(2) 다음으로, 이 건 제2부동산에 대한 재산세 등의 부과처분(위 ＜표4＞)에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 2023.9.21. 부과.고지한 위 ＜표4＞의 재산세 등의 납세고지서를 수령하여 2023.9.27. 이를 납부하였고, 청구인은 그 날로부터 90일이 경과한 2024.6.13. 이 건 심판청구를 제기한 것으로 나타나므로, 청구인의 이 건 제2부동산에 대한 재산세 등의 심판청구는 「지방세기본법」 제91조 제3항에서 정한 심판청구 기간을 경과하여 제기된 부적법한 청구로 판단된다.

2. 결 론

이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “수익사업”이란 「법인세법」 제4조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ② 제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」 제146조 제3항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.

(2) 법인세법

제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

(3) 법인세법 시행령

제3조(수익사업의 범위) ① 법 제4조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업

가. 「유아교육법」에 따른 유치원

나. 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교

다. 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」에 따라 설립된 외국교육기관(정관 등에 따라 잉여금을 국외 본교로 송금할 수 있거나 실제로 송금하는 경우는 제외한다)

라. 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」에 따라 설립된 비영리법인이 운영하는 국제학교

마. 「평생교육법」 제31조 제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조 제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설

(4) 지방세기본법

제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다. ＜2019.12.31. 법률 제16854호 일부 개정＞

1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때

제51조(기한 후 신고) ① 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 자는 지방자치단체의 장이 「지방세법」에 따라 그 지방세의 과세표준과 세액(이 법 및 「지방세법」에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전에는 납기 후의 과세표준 신고서(이하 “기한후신고서”라 한다)를 제출할 수 있다.

② 제1항에 따라 기한후신고서를 제출한 자로서 지방세관계법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 그 세액을 납부하여야 한다.

③ 제1항에 따라 기한후신고서를 제출하거나 제49조 제1항에 따라 기한후신고서를 제출한 자가 과세표준 수정신고서를 제출한 경우 지방자치단체의 장은 「지방세법」에 따라 신고일부터 3개월 이내에 그 지방세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 신고인에게 통지하여야 한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정 또는 경정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다.

④ 기한후신고서의 기재사항 및 신고절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제88조(과세전적부심사) ① 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.

1. 지방세 업무에 대한 감사나 지도ㆍ점검 결과 등에 따라 과세하는 경우. 다만, 제150조, 「감사원법」 제33조, 「지방자치법」 제188조 및 제190조에 따른 시정요구에 따라 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.

2. 세무조사에서 확인된 해당 납세자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 과세하는 경우

3. 비과세 또는 감면 신청을 반려하여 과세하는 경우(「지방세법」에서 정한 납기에 따라 납세고지하는 경우는 제외한다)

4. 비과세 또는 감면한 세액을 추징하는 경우

5. 납세고지하려는 세액이 30만원 이상인 경우(「지방세법」에서 정한 납기에 따라 납세고지하는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 따라 과세하는 경우는 제외한다)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지받은 날부터 30일 이내에 지방자치단체의 장에게 통지내용의 적법성에 관한 심사(이하 “과세전적부심사”라 한다)를 청구할 수 있다.

1. 세무조사결과에 대한 서면 통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

3. 삭제 ＜2020. 12. 29.＞

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

1. 삭제

2. 범칙사건조사를 하는 경우

3. 세무조사결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 지방세 부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 법령과 관련하여 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우

④ 과세전적부심사청구를 받은 지방자치단체의 장은 제147조 제1항에 따른 지방세심의위원회의 심사를 거쳐 제5항에 따른 결정을 하고 그 결과를 청구받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 알려야 한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 사유가 있으면 30일의 범위에서 1회에 한정하여 심사기간을 연장할 수 있다.

⑤ 과세전적부심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 청구가 이유 없다고 인정되는 경우: 채택하지 아니한다는 결정

2. 청구가 이유 있다고 인정되는 경우: 채택하거나 일부 채택한다는 결정. 다만, 구체적인 채택의 범위를 정하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 제2항 각 호의 통지를 한 지방자치단체의 장으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 당초 통지 내용을 수정하여 통지하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.

3. 청구기간이 지났거나 보정기간에 보정하지 아니하는 경우: 심사하지 아니한다는 결정

⑥ 과세전적부심사에 관하여는 「행정심판법」 제15조, 제16조, 제20조부터 제22조까지, 제29조, 제36조 제1항 및 제39조부터 제42조까지의 규정을 준용한다. 이 경우 “위원회”는 “지방세심의위원회”로 본다.

⑦ 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 과세전적부심사를 청구하지 아니하고 그 통지를 한 지방자치단체의 장에게 통지받은 내용의 전부 또는 일부에 대하여 과세표준 및 세액을 조기에 결정 또는 경정결정을 해 줄 것을 신청할 수 있다. 이 경우 해당 지방자치단체의 장은 신청받은 내용대로 즉시 결정 또는 경정결정을 하여야 한다.

⑧ 과세전적부심사에 관하여는 제92조, 제93조, 제94조제2항, 제95조, 제96조제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 조 제4항ㆍ제5항을 준용한다.

⑨ 과세전적부심사의 청구절차 및 심사방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제89조 (청구대상) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법·부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구를 할 수 있다.

② 다음 각 호의 처분은 제1항의 처분에 포함되지 아니한다.

1. 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구에 대한 처분. 다만, 이의신청에 대한 처분에 대하여 심판청구를 하는 경우는 제외한다.

2. 제121조 제1항에 따른 통고처분

3. 「감사원법」에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분

4. 과세전적부심사의 청구에 대한 처분

5. 이 법에 따른 과태료의 부과

③ 제1항에 따른 자가 위법·부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리 또는 이익을 침해당하게 될 이해관계인으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구를 할 수 있다.

1. 제2차 납세의무자로서 납부통지서를 받은 자

2. 이 법 또는 지방세관계법에 따라 물적납세의무를 지는 자로서 납부통지서를 받은 자

3. 보증인

제90조(이의신청) 이의신청을 하려면 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받았을 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 불복의 사유를 적어 특별시세·광역시세·도세[도세 중 소방분 지역자원시설세 및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세 중 특별시분 재산세, 소방분 지역자원시설세 및 구세(군세 및 특별시분 재산세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세는 제외한다]의 경우에는 시·도지사에게, 특별자치시세·특별자치도세의 경우에는 특별자치시장·특별자치도지사에게, 시·군·구세[도세 중 소방분 지역자원시설세 및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세 중 특별시분 재산세, 소방분 지역자원시설세 및 구세(군세 및 특별시분 재산세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 포함한다]의 경우에는 시장·군수·구청장에게 이의신청을 하여야 한다.

제96조(결정 등) ① 이의신청을 받은 지방자치단체의 장은 신청을 받은 날부터 90일 이내에 제147조 제1항에 따른 지방세심의위원회의 의결에 따라 다음 각 호의 구분에 따른 결정을 하고 신청인에게 이유를 함께 기재한 결정서를 송달하여야 한다. 다만, 이의신청 기간이 지난 후에 제기된 이의신청 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 제147조 제1항에 따른 지방세심의위원회의 의결을 거치지 아니하고 결정할 수 있다.

1. 이의신청이 적법하지 아니한 때(행정소송, 심판청구 또는 「감사원법」에 따른 심사청구를 제기하고 이의신청을 제기한 경우를 포함한다) 또는 이의신청 기간이 지났거나 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니할 때: 신청을 각하하는 결정

2. 이의신청이 이유 없다고 인정될 때: 신청을 기각하는 결정

3. 이의신청이 이유 있다고 인정될 때: 신청의 대상이 된 처분의 취소, 경정 또는 필요한 처분의 결정. 다만, 처분의 취소·경정 또는 필요한 처분의 결정을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.

② 제1항에 따른 결정은 해당 처분청을 기속(羈束)한다.

③ 제1항에 따른 결정을 하였을 때에는 해당 처분청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.

④ 제1항 제3호 단서에 따른 재조사 결정이 있는 경우 처분청은 재조사 결정일부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다. 이 경우 처분청은 제83조 또는 제84조에 따라 조사를 연기하거나 조사기간을 연장하거나 조사를 중지할 수 있다.

⑤ 제1항 제3호 단서 및 제4항에서 규정한 사항 외에 재조사 결정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑥ 심판청구에 관하여는 이 법 또는 지방세관계법에서 규정한 것을 제외하고는 「국세기본법」 제7장 제3절을 준용한다.

⑦ 지방자치단체의 장은 이의신청의 대상이 되는 처분이 「지방세법」 제91조, 제103조, 103조의19, 103조의34, 103조의41 및 제103조의47에 따른 지방소득세의 과세표준 산정에 관한 사항인 경우에는 「소득세법」 제6조 또는 「법인세법」 제9조에 따른 납세지를 관할하는 국세청장 또는 세무서장에게 의견을 조회할 수 있다.