이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2012.10.26. 설립되어OOO에서 세라믹파우더·전기전자부품·용접기부품 등 제조업을 영위하는 법인사업자로, 2018.12.3. 대표이사OOO으로부터 그의 명의로 출원ㆍ등록된 특허(OOO, 이하 “쟁점특허”라 한다)를OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 취득하였다. 나. 국세청 감사관실은 2019년에 청구법인의 쟁점특허 취득에 대한 기획감사를 실시하여 청구법인의 연구개발성과인 쟁점특허를 대표이사 명의로 특허출원ㆍ등록한 후 법인이 다시 취득하는 방법으로 법인자금을 부당하게 유출한 것으로 보아 처분청에 시정권고하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점금액을 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 2020.7.6. 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.26. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 처분청은 쟁점특허의 실질적 소유자가 청구법인이라고 보았으나, 청구법인의 대표이사인 OOO은 제품 제조공정에서 비드가루 막힘 현상이 자주 발생하여 공정이 중단되고 기한내 제품을 생산하지 못하여 매출에 심각한 타격을 받게 됨에 따라 2015년부터 비드탱크의 성능을 개선하는 발명에 착수하였고, 원인분석과 계속·반복적인 다양한 연구활동 및 실험을 진행한 후 비드탱크 안에 공기를 주입하면 막힘현상이 완화된다는 사실을 발견하여 쟁점특허의 발명에 성공하였다. 이에 2018년 4월경 특허 출원하여 2018년 8월경 쟁점특허를 받았다. 이후 2018.12.3. 해당 특허권을 청구법인에게 OOO원에 양도하여 이에 기타소득세가 원천징수되었다. (2) OOO은 1994년부터 2010년까지 15년간 용접기 및 부품을 제조·판매하는 OOO라는 개인사업자를 운영하면서 쟁점특허의 발명이 가능한 능력을 보유하게 되었고, 쟁점특허는 노하우와 기술력으로 개발할 수 있는 발명장치에 해당하며, 개발과정에서 소요되는 비용은 많이 투입되지 않은 기술적 창작 장치에 불과하여 OOO이 고유의 아이디어와 기술력으로 실험을 통하여 쟁점특허를 취득할 수 있었던 것이다. (3) 또한 처분청은 연구소에 대한 인건비가 지출되었다고 하여 쟁점특허가 연구소의 기여로 인하여 발명되었다고 보았으나, 2016년부터 청구법인에서 발생한 연구·인력개발비는 반도체, 디스플레이에 적용되는 부품코팅 및 ESC 등을 개발하고 실험 및 연구를 수행한 비용이지 쟁점특허에 대한 연구·인력개발비가 아니다. 청구법인은 2019년 10월 기업부설연구소를 설립하였고, 해당 기업부설연구소는 분말 입도 분석 및 생산 피드백, 효율평가, 테스트 평가 등을 수행하는 역할을 수행하였으며, 소속 연구원은 해당 분야의 자격증 및 경력자인데 반해, OOO은 기업부설연구소가 설립되기도 전인 2018.4.26. 특허 출원을 하여 2018.8.15. 쟁점특허를 취득하였으므로 기업부설연구소와 쟁점특허는 아무런 관련이 없다. (4) 처분청은 청구법인이 쟁점특허를 대표자로부터 양수하였다는 사실만으로 쟁점특허의 실질적 소유자가 청구법인이었다고 추단한 것으로서 OOO이 쟁점특허를 발명하여 취득하지 않았다고 본 근거를 제시하지 못하고 있는바, 이 건 처분은 근거과세 및 실질과세 원칙을 위반한 처분으로 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점특허는 탱크에 비드가루, 공기를 넣고 압축·분사하는 과정에서 분사되는 비드가루가 분사시 막히는 문제를 해결하여 분사장치를 통해 비드를 분사시키면서 비드탱크 내부로 공급하여 지속적인 작업을 가능하도록 하는 기계장치로, 해당 특허 개발을 위하여 레이저 센서를 사용하여 균일도를 측정하고, 고분자 재료를 물리적으로 증가시키는 연신과정을 거쳐야 하는 등 해당 특허 개발을 위하여 관련 기술에 대한 다양한 실험 및 시제품 제작이 필요하고 당연히 이에 수반되는 비용이 발생하게 된다. 청구법인은 대표자 본인, 배우자 및 자녀가 OOO 지분을 소유한 가족회사로, 청구법인의 대표자 OOO은 법인 설립일부터 현재까지 청구법인의 대표이사로 재직하고 있는데, 대표자 개인이 특허출원과 관련하여 별도로 고분자 재료 또는 연구설비 등을 구입한 내역이 없고, 연구에 수반되는 비용 지출내역 또한 확인되지 아니하는바, 법인을 사실상 지배하고 있는 대표자가 법인의 물적·인적 시설을 이용하여 쟁점특허를 받은 것으로 볼 수 있다. (2) 청구법인은 쟁점특허가 개발과정에서 소요되는 비용이 많이 투입되지 않는 기술적 장치에 불과하여 대표자의 노하우와 기술력을 통해 독자적으로 이를 개발할 수 있었고, 쟁점특허가 2019년 5월 설립된 청구법인 소속 기술연구소와 무관하다고 주장하나, 청구법인은 연구전담부서를 통해 2016사업연도부터 2018사업연도까지 총 OOO원의 경상연구개발비를 지출한 바 있는 점, 청구법인이 쟁점특허를 취득한 2018사업연도부터 연구전담요원 2명에 대한 인건비로 OOO원의 연구·인력개발비를 지출한 것으로 확인되는 점, 청구법인이 설립 이후 현재까지 받은 총 3개의 특허권 중 2017년에 최초로 출원한 특허권(1개, 청구법인 명의) 외에 이후 출원한 특허권(2개, 대표자 명의)에 대하여는 대표자 개인 명의로 특허출원한 것으로 확인되는데, 개인 명의로 출원한 특허가 이전에 법인이 출원한 특허와 특별히 다른 환경에서 이루어졌다는 사실이 확인되지 아니하는 점, 쟁점특허의 특허기술을 개발하기 위해 다양한 실험과 시제품 제작 등 상당한 비용이 소요됨에도 회사의 인적·물적 지원 없이 대표자 개인이 순수하게 이를 발명·개발하였다는 구체적 근거와 입증자료를 제출하지 못하고 있는 점, 청구법인이 법인을 사실상 지배하고 있는 지배주주이자 대표이사로부터 쟁점특허를 취득한 점 등에 비추어 볼 때 쟁점특허는 청구법인의 제품 생산공정 과정에서 발생된 문제를 청구법인이 개발·보완·테스트 등 과정을 통해 개선한 성과물인 것으로 보는 것이 타당하다. (3) 국세청에서 특허권에 대한 기획감사를 하게 된 배경은 일부 세무컨설팅업체들이 특허권을 이용하여 가지급금을 상계하는 방식으로 법인자금을 유출하거나 가업상속에 편법적으로 이용되고 있는 실태를 파악하여 실시한 것으로, 청구법인이 청구한 과세전적부심사에 대한 심리 당시 대표자는 청구법인에게 쟁점특허를 이전하기 이전부터 청구법인 제품 생산에 쟁점특허 관련 기술을 적용한 장치를 사용하였고, 이후 세무컨설팅을 받아 특허 등록을 하였다고 진술한 것으로 나타나는바, 대표자가 쟁점특허를 독자 개발하였다고 보기는 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인을 쟁점특허의 실질적 소유자로 보아 이 건 소득금액변동통지를 한 처분의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인 현황은 다음과 같다. 1) 청구법인은 2012.10.26. 설립되어 OOO에서 세라믹파우더·전기전자부품·용접기부품 등 제조업을 영위하는 법인사업자이다. 2) 2018년말 현재 청구법인의 발행주식OOO 전부를 다음 ＜표1＞과 같이 대표자 OOO과 배우자 및 자녀들이 보유하고 있다. ＜표1＞ 청구법인 발행주식 보유내역 (단위 : 주, %) 3) 청구법인은 OOO 기업부설연구소 인증을 받았고, 기술연구소에는 기술연구소장(OOO)을 포함한 OOO 연구전담요원이 있으며, 그 중 2명의 연구원OOO이 쟁점특허를 출원할 당시(2018.4.26.)에 청구법인에서 근무하고 있었다. 4) 청구법인이 제출한 자료에 따르면 청구법인은 ① 가공 및 입고, ② 비드처리(쟁점특허 관련 비드탱크), ③ 용사코팅, ④ 출하검사, ⑤ 세정 및 완제품 생산의 제품 공정과정을 거치는 것으로 확인된다. (나) 쟁점특허에 대한 출원 및 등록 경과는 다음과 같다. 1) OOO은 2018.4.26. 발명자를 OOO으로 하여 쟁점특허에 대한 특허를 출원하였고, 특허청은 2018.8.15. 해당 특허를 등록하였다. 2) 쟁점특허의 발명은 비드 입자들을 원활하게 공급할 수 있는 비드 탱크에 관한 것으로, 기술분야는 화학이고, 등록특허공보에 나타나는 발명의 주요내용은 OOO와 같다. ＜표2＞ 쟁점특허의 주요내용 3) 청구법인이 제출한 자료에 나타나는 비드탱크의 쟁점특허 적용 전과 후의 비교 사진은 아래와 같다. ＜사진＞ 쟁점특허 적용 전과 후의 비드탱크 사진 비교 4) 청구법인이 제출한 증빙자료OOO의 쟁점특허 시가평가 보고서)에 따르면 청구법인의 매출액 중 쟁점특허 관련 매출액의 비중이OOO 달하는 것으로 확인된다. ＜표3＞ 청구법인의 매출액 대비 쟁점특허 관련 매출액 (단위 : 원) (다) 청구법인의 연구·인력개발비 발생 명세는 OOO 같고, 청구법인과 OOO의 특허 출원 및 등록 이력은 다음 ＜표5＞와 같다. ＜표4＞ 청구법인의 연구·인력개발비 발생 명세 (단위 : 원) ＜표5＞ 청구법인과 대표자의 특허 출원 및 등록 이력 (라) 청구법인의 대표이사 OOO은 2021.1.14. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 쟁점특허의 발명과 관련한 학위가 있거나 전문 자격증을 취득한 사실은 없고, 비드탱크 안에 공기유입관을 용접하는 간단한 방법으로 쟁점특허를 발명하였기 때문에 그 발명을 위해 원재료비 또는 노무비 등의 지출이 발생하지 아니하였다고 진술하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, OOO이 쟁점특허를 발명한 실질적 소유자라는 청구주장은 다음과 같은 사유로 받아들이기 어렵다고 판단된다. (가) 회사 임직원이 한 연구개발 활동의 결과를 해당 발명자의 실질적 소유로 인정하기 위해서는 해당 임직원이 전문기술자격증을 취득하는 등 해당 발명을 위한 전문역량을 보유하고, 발명을 위한 원재료를 구입하고 출원비용을 지출하는 등 관련 비용을 부담하였으며, 개인적 연구개발 활동을 통해 해당 발명을 한 사실이 실험일지 등에 의해 확인되는 등의 특별한 사정이 입증되어야 할 것이다. (나) 쟁점특허는 청구법인의 제품 제조공정에 사용되는 비드탱크의 비드 막힘 현상 등을 개선하기 위하여 공기유입관의 적용을 통해 비드탱크의 성능을 개량한 발명으로, 청구법인의 대표이사인 OOO이 쟁점특허를 발명했다고 보기 위해서는 위와 같은 사정이 인정되어야 할 것인데, OOO은 쟁점특허 관련 전문자격증을 보유한 사실이 없고, 발명을 위한 원재료 또는 연구설비 등을 구입한 내역이 확인되지 아니하며, 기타 연구에 수반되는 비용 지출내역이 객관적 증빙자료에 의해 확인되지 아니한다. 또한 등록특허공보에 의하면 쟁점특허 발명을 위해 다양한 실험예ㆍ실시예ㆍ제조예를 통해 비드탱크의 유효성을 입증한 것으로 나타나 쟁점특허의 특허기술을 개발하기 위해 다양한 실험과 시제품 제작, 유효성 입증을 위하여 상당한 비용이 소요되었을 것으로 보이나, OOO이 비드탱크의 유효성을 입증하기 위한 고분자재료 또는 연구설비 등을 보유했다거나 발명의 유효성 입증을 위한 연구용역비를 지출한 사실이 나타나지 아니한다. 더욱이 청구법인은 2016년부터 2018년까지 경상연구개발비로 합계 OOO원을 지출하고 쟁점특허를 취득한 2018사업연도에도 연구전담요원 2명에 대한 인건비로 OOO원의 연구·인력개발비를 지출하는 등 기술개발을 위한 상당한 비용을 지출한 사실을 확인할 수 있으나, 2017.1.10. OOO를 받은 이외에 특허를 출원ㆍ등록한 사실이 없고, 이후 OOO 명의로 쟁점특허(비드탱크) 및 플라즈마건장치 관련 특허를 받은 것으로 나타난다. 청구법인의 대표이사인 OOO이 쟁점특허를 발명하였다 보더라도 쟁점특허는 청구법인의 제품 제조공정에 사용되는 비드탱크의 성능개선과 관련되는 것으로서 청구법인의 매출액 중 쟁점특허 관련 매출액의 비중이 OOO에 달하므로(쟁점특허 시가평가보고서에 따름) 이는 직무발명에 해당하는 것으로 판단되고, 그렇다면 청구법인은 「발명진흥법」에 따라 그 통상실시권을 가지며(법 제10조 제1항), 청구법인이OOO으로부터 쟁점특허 자체를 승계하는 경우 OOO에게 근무규정 등에서 정하는 바에 따라 ‘그 발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익의 액과 그 발명의 완성에 사용자 등 및 종업원 등이 공헌한 정도를 고려하여 산정’한 합리적인 범위 내의 직무발명보상금만을 지급할 의무를 부담한다 할 것(법 제15조 제1항 등)인데, 청구법인은OOO에게 쟁점특허의 가액 전부를 지급하였으므로 이는 부당하게 과다한 금액을 지급한 것으로도 볼 수 있다. (다) 위와 같은 사정을 종합하여 볼 때, 대표자 개인OOO이 청구법인의 인적ㆍ물적 지원 없이 개인적으로 쟁점특허를 발명하였다는 사실을 인정하기 어렵고, 청구법인이 제품 생산공정 과정에서 발생된 문제를 개발·보완·테스트 등의 과정을 통해 쟁점특허를 발명하였음에도 청구법인을 사실상 지배하고 있는 대표자OOO이 본인을 발명자로 하여 특허를 출원ㆍ등록한 것으로 판단된다. (라) 따라서 처분청에서 쟁점특허를 청구법인의 소유로 보아 쟁점금액을 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. ② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. (2) 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제67조(소득 처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (3) 법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. 1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다. 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 (4) 특허법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "발명"이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도한 것을 말한다. 2. "특허발명"이란 특허를 받은 발명을 말한다. 3. "실시"란 다음 각 목의 구분에 따른 행위를 말한다. 가. 물건의 발명인 경우 : 그 물건을 생산ㆍ사용ㆍ양도ㆍ대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약을 하는 행위 나. 방법의 발명인 경우 : 그 방법을 사용하는 행위 다. 물건을 생산하는 방법의 발명인 경우 : 나목의 행위 외에 그 방법에 의하여 생산한 물건을 사용ㆍ양도ㆍ대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약을 하는 행위 제33조(특허를 받을 수 있는 자) ① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청 직원 및 특허심판원 직원은 상속이나 유증의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다. (5) 발명진흥법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. “발명”이란 「특허법」ㆍ「실용신안법」 또는 「디자인보호법」에 따라 보호 대상이 되는 발명, 고안 및 창작을 말한다. 2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다. 3. “개인발명가”란 직무발명 외의 발명을 한 자를 말한다. 4. “산업재산권”이란 「특허법」ㆍ「실용신안법」ㆍ「디자인보호법」 또는 「상표법」에 따라 등록된 특허권, 실용신안권, 디자인권 및 상표권을 말한다. 제10조(직무발명) ① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권(通常實施權)을 가진다. 다만, 사용자등이 「중소기업기본법」 제2조 에 따른 중소기업이 아닌 기업인 경우 종업원등과의 협의를 거쳐 미리 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약 또는 근무규정을 체결 또는 작성하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키는 계약 또는 근무규정 2. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등을 위하여 전용실시권을 설정하도록 하는 계약 또는 근무규정 ② 제1항에도 불구하고 공무원의 직무발명에 대한 권리는 국가나 지방자치단체가 승계하며, 국가나 지방자치단체가 승계한 공무원의 직무발명에 대한 특허권등은 국유나 공유로 한다. 다만, 「고등교육법」 제3조 에 따른 국ㆍ공립학교(이하 “국ㆍ공립학교”라 한다) 교직원의 직무발명에 대한 권리는 「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」 제11조 제1항 후단에 따른 전담조직(이하 “전담조직”이라 한다)이 승계하며, 전담조직이 승계한 국ㆍ공립학교 교직원의 직무발명에 대한 특허권등은 그 전담조직의 소유로 한다. ③ 직무발명 외의 종업원등의 발명에 대하여 미리 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키거나 사용자등을 위하여 전용실시권(專用實施權)을 설정하도록 하는 계약이나 근무규정의 조항은 무효로 한다. 제15조(직무발명에 대한 보상) ① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다. ② 사용자등은 제1항에 따른 보상에 대하여 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준, 지급방법 등이 명시된 보상규정을 작성하고 종업원등에게 문서로 알려야 한다.