취득세 등의 감면여부는 특별한 사정이 없는 한 납세의무 성립 당시의 법령의 적용하여 판단하여야 하고, 청구법인이 2016.12.2. 쟁점토지를 취득할 당시 시행 중인 「지방세특례제한법」제78조 제1항에서는 산업단지 조성용 토지에 대하여 취득세의 35%를 감면하도록 규정하고 있었던 점 등에 비추어, 쟁점토지는 취득세 면제대상이라고 보기는 어려우므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 2008.5.30. 승인ㆍ고시된 OOO일원 토지 OOO㎡에 소재하는 OOO산업단지(이하 “쟁점산업단지”라 한다)의 사업시행자로서, 쟁점산업단지의 준공에 따라 2016.12.2. 용도 폐지된 기존의 공공시설용 토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득(무상귀속)하였으나, 이에 대한 취득세 등을 신고ㆍ납부하지 아니하였다. 나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득하였으나 취득세 등을 신고ㆍ납부하지 아니한 것으로 보아, 2021.6.21. 청구법인에게 쟁점토지의 시가표준액을 과세표준으로 하고 해당 세율 및 「지방세특례제한법」제85조의2 에 따른 감면율(50%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과ㆍ고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.9.14. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점토지는 산업단지개발사업의 시행자가 기존의 공공시설에 대체되는 새로운 공공시설을 설치해주면서 취득하는 것으로서, 이는 산업단지 조성을 목적으로 하는 산업단지개발사업의 일환이므로 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것으로, 이하 같다) 제78조 제1항(이하 “종전 규정”이라 한다)에 따른 감면대상이라 할 것이다. (가) 쟁점산업단지 개발실시계획은 기존 공공시설에 대체하여 도로, 철도, 녹지, 공원, 저류시설, 폐수종말처리시설, 송유설비 등을 설치할 것을 정하고 있고, 사업시행자인 청구법인은 쟁점산업단지 조성을 위하여 위와 같은 공공시설 등을 설치하였으며, 청구법인은 이러한 새로운 공공시설 설치를 통해 쟁점산업단지 내에 위치한 쟁점토지를 취득한 점 등을 종합할 때, 쟁점토지는 「지방세특례제한법」제78조 제1항에서 말하는 ‘산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당한다고 보는 것이 타당하다. (나) 또한, 쟁점토지는 청구법인이 자신의 비용을 지출하여 산업단지로 조성한 토지이고, 청구법인은 산업단지로 조성한 쟁점토지를 쟁점산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자에게 분양하였으며, 쟁점산업단지에 입주한 기업 등이 쟁점토지 및 그 지상의 산업용 건축물 등을 산업단지 조성 목적에 맞게 사업활동에 사용하고 있는 점 등을 종합할 때, 쟁점토지는 ‘산업단지 조성 촉진을 통한 산업단지 경쟁력 제고’라는 「지방세특례제한법」제78조 제1항의 입법취지에 부합하는 부동산에 해당한다. (다) 쟁점토지를 쟁점산업단지내의 다른 토지와 비교해 볼 때도, 양 토지 모두 쟁점산업단지 내에 위치하고 있고, 청구법인은 쟁점토지를 포함한 쟁점산업단지 내의 토지 전부를 자신의 비용으로 형질변경하여 산업단지로 조성하였으며, 청구법인은 쟁점토지를 포함한 쟁점산업단지 내 토지를 모두 분양하였고, 상기 토지들은 현재 모두 산업단지용 토지로서 기능을 다하고 있는 점 등을 종합할 때, 쟁점토지는 쟁점산업단지 내 토지로서 다른 토지들과 마찬가지로 산업단지용 토지로 조성ㆍ분양ㆍ사용되고 있으므로 「지방세특례제한법」제78조 제1항을 적용함에 있어 이를 달리 취급할 이유가 없다할 것이다. (2) 청구법인은 2015년 「지방세특례제한법」제78조 에 따른 감면이 축소되기 전인 2013년에 쟁점산업단지를 착공하였으므로 그 개정에도 불구하고 일반적 경과조치 규정에 따라 종전 규정을 적용하는 것이 신뢰보호의 원칙상 타당하다 할 것이다. (가) 「지방세특례제한법」제78조 에 따른 산업단지 감면은 1995년 신설되어 2015년 감면율이 축소될 때까지 약 20년간 감면내용이 동일하게 유지되었고, 청구법인은 그 규정이 개정되기 전인 2013년에 쟁점산업단지를 착공하였던바, 산업단지 조성이 완료될 경우에 쟁점산업단지와 관련된 취득에 대하여 종전 규정에 따라 취득세 등을 면제받을 것으로 예상했던 청구법인의 신뢰를 보호해줄 필요가 있다 할 것이다. (나) 이 건과 동일 사실관계의 청구법인의 지목변경 간주취득세(2015.2.4.～2016.12.2. 취득분)에 대하여 조세심판원은 종전 규정에 따라 취득세 등을 전액 면제하는 것이 타당하다고 판단한 바 있다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 신설 공공시설용 토지를 무상으로 국가 등에 귀속시키고, 국가 또는 지방자치단체 소유의 기존 공공시설용 토지인 쟁점토지를 무상으로 귀속받아 취득하였는바, 이는 쟁점산업단지 개발사업의 실시계획 및 승인시 이미 국가 등으로부터 무상양여받기로 계획되어 있던 것이므로, 쟁점토지가 「지방세특례제한법」제78조 제1항에서 말하는 산업단지 등을 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다고 할 수 없다. (2) 또한, 쟁점토지의 취득세 납세의무 성립일인 취득시기는「산업입지 및 개발에 관한 법률」제26조 제4항에 따라 쟁점산업단지의 준공인가 통지일인 2016.12.2.이고, 쟁점산업단지의 계획승인 고시일을 취득일로 볼 수는 없다 할 것인바, 청구법인이 쟁점토지에 대한 취득세 등이 면제될 것으로 믿고 쟁점산업단지 개발사업을 진행하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과한 것이라서 신뢰보호의 대상으로 보기 어렵고, 쟁점토지의 취득일을 기준으로 법령을 적용할 경우 취득세 등이 전액 면제되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점산업단지의 준공에 따라 2016.12.2. 청구법인이 취득한 용도폐지된 공공시설용 토지에 대하여 쟁점산업단지 착공 당시에 적용되던 종전 규정에 따라 취득세 등이 면제되어야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) OOO도지사는 2008.5.30. 청구법인 및 OOO시장 등을 사업시행자로 하여 쟁점산업단지 지구지정 및 지형도면 등을 고시하였다. (나) OOO도지사는 2010.11.16.부터 2016.2.3.까지 6차례에 걸쳐 쟁점산업단지의 개발 및 실시계획의 변경사항에 대하여 승인ㆍ고시하였다. (다) 청구법인이 제시한 OOO시청 내부공문(2010.7.8.) 및 OOO도 고시(제2010-362호, 2010.11.16.), 쟁점산업단지 실시계획승인서(2010년 11월) 등을 보면, 쟁점토지는 원래 OOO, OOO, OOO, OOO, OOO도, OOO시의 소유로 되어 있던 공공시설용 토지로서, 쟁점산업단지 실시계획상 사업시행자에게 무상귀속되는 면적이 확정되어 승인된 것으로 나타난다. (라) 2013년 5월 OOO시정신문, OOO도 보도자료 등에 의하면 OOO시는 2013.5.14. 쟁점산업단지에 대한 기공식을 개최한 것으로 나타난다. (마) 쟁점산업단지의 준공인가는 2016.12.2. 다음과 같은 내용으로 공고되었다. [쟁점산업단지 준공인가 공고] OOO (바) 청구법인이 제출한 무상귀속 토지조서 등에 따르면, 용도폐지된 공공시설 용지인 쟁점토지의 세부내역은 다음과 같이 나타난다. [쟁점토지 세부내역]

구분	필지 수	면적(㎡)
계	280	131,461
과수원	1	83
구거	53	38,672
답	16	3,105
도로	165	69,638
목장	1	47
유지	4	10,675
임야	13	2,778
공장	1	151
전	24	5,217
제방	1	99
하천	1	996

(사) 산업단지 조성과 관련하여 감면규정인 「지방세특례제한법」제78조 규정의 연혁을 요약하면 다음과 같다.

구분	규정	감면율
1994.12.22. 신설	지방세법 제276조 (지방공업단지등 입주공장에 대한 감면)	면제
1997.8.30. 일부 개정	지방세법 제276조 (산업단지에 대한 감면)	면제
2010.3.31. 제정	지방세특례제한법 제78조 (산업단지 등에 대한 감면)	면제
2014.12.31. 일부 개정	지방세특례제한법 제78조 (산업단지 등에 대한 감면)	35%

[산업단지 감면 규정 연혁] (아) 2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 「지방세특례제한법」제78조 에 대한 개정이유 및 주요내용은 다음과 같이 나타난다. [개정이유 및 주요내용]

◇ 개정이유 2014년 12월 31일로 일몰이 도래하는 지방세 감면사항들에 대하여 취약계층 등 저소득층 및 민생경제와 관련된 분야는 기존 수준으로 감면을 유지하고, 관광호텔에 대한 재산세 감면 등 감면의 목적을 달성한 경우에는 감면을 종료하는 등 지방세 감면제도를 재설계하며, 지방세 특례에 대한 기본계획을 지방재정부담심의위원회와 국무회의 심의를 거치도록 하는 등 지방세 특례의 사전ㆍ사후 관리를 강화하는 한편, 「조세특례제한법」에 규정되어 있는 기업구조조정, 창업중소기업 등에 대한 감면규정을 「지방세특례제한법」으로 이관하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임. ◇ 주요내용 사. 국토 및 지역개발에 대한 지원(제71조 및 제76조부터 제78조까지) 3) 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 및 재산세는 2016년 12월 31일까지 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 재산세에 대해서는 100분의 60)를 경감하되, 취득세의 경우에는 지방자치단체의 조례로 정하는 바에 따라 100분의 25의 범위에서 추가로 경감할 수 있도록 하는 등 산업단지 관련 취득세 및 재산세의 경감율 및 경감기한을 조정함.

(자) 상기 개정사항에 대한 개정내용 및 적용요령(출처 : 행정안전부)은 다음과 같이 나타난다. [개정내용 및 적용요령] OOO (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제26조 제4항에 따라 쟁점산업단지의 준공인가 통지일인 2016.12.2.에서야 청구법인이 쟁점토지를 취득(무상귀속)했다고 하더라도, 이미 쟁점산업단지의 실시계획 승인단계에서 그 무상귀속이 확정되어 있었고, 그 계획에 따라 2013년 5월 착공이 이루어지는 등 2014.12.31. 「지방세특례제한법」제78조 의 개정 전에 사실상 그 취득이 확정된 상태였으므로 일반적 경과조치 부칙 규정의 적용대상으로 보아 종전 규정에 따라 쟁점토지에 대한 취득세를 면제하여야 한다고 주장한다. 그러나, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제26조 제1항 등을 보면, 산업단지개발사업의 시행자는 새로운 공공시설의 설치를 조건으로 국가 등의 소유인 용도폐지되는 공공시설용 토지를 취득하는 것이므로, 그 시기상 산업단지의 개발이 완료된 후에야 비로소 그 토지의 취득이 이루어지는 것이고, 산업단지의 개발이 진행 중인 상태에서는 개발사업의 변경이나 취소 등이 있을 수 있는 것이므로 그 취득이 사실상 확정된 상태라고 보기는 어려운 점, 한편, 「지방세특례제한법」제78조 제1항에서 ‘「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산’에 대하여 취득세를 면제한다고 규정하고 있는데, 쟁점토지는 시간순서상 이미 조성이 완료된 산업단지 내 토지를 청구법인이 관련 법령에 따라 취득하는 것이라서 청구법인이 쟁점산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산의 범위에 포함된다고 보기는 어려운 점, ‘착공’은 관할 지방자치단체장의 허가를 득하여 이루어지는 것으로서, 그로 인하여 얻게 되는 건축물 및 토지의 지목변경에 대한 직접적인 원인행위로는 볼 수 있을지언정, 쟁점토지와 같이 산업단지 개발 과정에서 관련 법령에 따라 부수적으로 청구법인에게 무상귀속되는 토지의 직접적인 원인행위라고 보기는 어려운 점, 취득세 등의 감면여부는 특별한 사정이 없는 한 납세의무 성립 당시의 법령의 적용하여 판단하여야 하고, 청구법인이 2016.12.2. 쟁점토지를 취득할 당시 시행 중인 「지방세특례제한법」제78조 제1항에서는 산업단지 조성용 토지에 대하여 취득세의 35%를 감면하도록 규정하고 있었던 점 등에 비추어, 쟁점토지는 취득세 면제대상이라고 보기는 어려우므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항, 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등 (1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조 에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다. (2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ①「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」제4조 에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다. 제85조의2(지방공기업 등에 대한 감면) ① 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사(농수산물공사 및 도시철도공사를 제외한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다. 1. 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50(100분의 50 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 지방공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식( 「지방공기업법」 제53조 제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다) 수의 비율을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 곱한 금액을 경감한다. 부 칙 ＜2014.12.31. 법률 제12955호＞ 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다. (3) 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 7의2. “산업시설용지”란 공장, 지식산업 관련 시설, 문화산업 관련 시설, 정보통신산업 관련 시설, 재활용산업 관련 시설, 자원비축시설, 물류시설, 교육ㆍ연구시설 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 시설의 용지를 말한다. 8. “산업단지”란 제7호의2에 따른 시설과 이와 관련된 교육ㆍ연구ㆍ업무ㆍ지원ㆍ정보처리ㆍ유통 시설 및 이들 시설의 기능 향상을 위하여 주거ㆍ문화ㆍ환경ㆍ공원녹지ㆍ의료ㆍ관광ㆍ체육ㆍ복지 시설 등을 집단적으로 설치하기 위하여 포괄적 계획에 따라 지정ㆍ개발되는 일단(一團)의 토지로서 다음 각 목의 것을 말한다. 가. 국가산업단지: 국가기간산업, 첨단과학기술산업 등을 육성하거나 개발 촉진이 필요한 낙후지역이나 둘 이상의 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시 또는 도에 걸쳐 있는 지역을 산업단지로 개발하기 위하여 제6조에 따라 지정된 산업단지 나. 일반산업단지: 산업의 적정한 지방 분산을 촉진하고 지역경제의 활성화를 위하여 제7조에 따라 지정된 산업단지 다. 도시첨단산업단지: 지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업, 그 밖의 첨단산업의 육성과 개발 촉진을 위하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역에 제7조의2에 따라 지정된 산업단지 라. 농공단지(農工團地): 대통령령으로 정하는 농어촌지역에 농어민의 소득 증대를 위한 산업을 유치ㆍ육성하기 위하여 제8조에 따라 지정된 산업단지 9. “산업단지개발사업”이란 산업단지를 조성하기 위하여 시행하는 다음 각 목의 사업을 말한다. 가. 제7호의2에 따른 시설의 용지조성사업 및 건축사업 나. 첨단과학기술산업의 발전을 위한 교육ㆍ연구시설용지 조성사업 및 건축사업 다. 산업단지의 효율 증진을 위한 업무시설ㆍ정보처리시설ㆍ지원시설ㆍ전시시설ㆍ유통시설 등의 용지조성사업 및 건축사업 라. 산업단지의 기능 향상을 위한 주거시설ㆍ문화시설ㆍ의료복지시설ㆍ체육시설ㆍ교육시설ㆍ관광휴양시설 등의 용지조성사업 및 건축사업과 공원조성사업 마. 공업용수와 생활용수의 공급시설사업 바. 도로ㆍ철도ㆍ항만ㆍ궤도ㆍ운하ㆍ유수지(溜水池) 및 저수지 건설사업 사. 전기ㆍ통신ㆍ가스ㆍ유류ㆍ증기 및 원료 등의 수급시설사업 아. 하수도ㆍ폐기물처리시설, 그 밖의 환경오염방지시설 사업 자. 그 밖에 가목부터 아목까지의 사업에 부대되는 사업 제16조(산업단지개발사업의 시행자) ① 산업단지개발사업은 다음 각 호의 자 중에서 산업단지지정권자의 지정에 의하여 산업단지개발계획에서 정하는 자가 이를 시행한다. 1. 산업단지를 개발하여 분양 또는 임대하고자 하는 경우로서 다음 각 목에 해당하는 자 가. 국가 및 지방자치단체 나. 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조제1항제1호부터 제4호까지에 따른 공공기관 다. 「지방공기업법」에 따른 지방공사 라. 산업단지 개발을 목적으로 설립한 법인으로서 가목부터 다목까지에 해당하는 자가 100분의 50 이상의 지분을 가지고 있거나 100분의 30 이상의 지분을 가지고 임원 임명권한을 행사하는 등 대통령령으로 정하는 기준에 따라 사실상 지배력을 확보하고 있는 법인 제26조(공공시설 및 토지등의 귀속) ① 제16조 제1항 제1호에 따른 사업시행자가 산업단지개발사업의 시행으로 새로 공공시설을 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 공공시설을 설치한 경우에는 「국유재산법」 및 「공유재산 및 물품 관리법」에도 불구하고 기존의 공공시설은 사업시행자에게 무상으로 귀속되고, 새로 설치된 공공시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속된다. ② 제16조제1항제2호부터 제8호까지의 규정에 따른 사업시행자가 산업단지개발사업의 시행으로 새로 설치한 공공시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 산업단지개발사업의 시행으로 인하여 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 재산은 「국유재산법」 및 「공유재산 및 물품 관리법」에도 불구하고 그가 새로 설치한 공공시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 그 사업시행자에게 무상으로 양도할 수 있다. ④ 제1항 및 제2항에 따라 관리청에 귀속될 공공시설과 사업시행자에게 귀속 또는 양도될 재산에 관하여 사업시행자는 그 산업단지개발사업의 준공 전에 그 종류와 세부 목록을 관리청에 통지하여야 하며, 해당 공공시설과 재산은 그 사업이 준공되어 관리청에 준공인가 통지를 한 때에 국가 또는 지방자치단체에 귀속되거나 사업시행자에게 귀속 또는 양도된 것으로 본다.