이유
1. 처분개요

가. 청구인들은 2015.4.11. 충청남도 아산시 OOO 전 2,560㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 각 2분의 1 지분으로 취득하였다가 ‘OOO’(이하 “쟁점사업”이라 한다)과 관련하여 2021.3.29.자 충청남도 토지수용위원회의 재결(수용개시일 : 2021.5.13.) 및 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제45조 제1항에 따라 2021.5.13. 토지수용을 원인으로 주식회사 A(이하 “쟁점시행사”라 한다) 앞으로 쟁점토지의 소유권이전등기가 경료됨에 따라 2021.7.27. 쟁점토지의 양도시기를 소유권이전등기접수일로 하고 양도가액을 각 OOO원으로 하여 2021년 귀속 양도소득세를 각 신고·납부하였다.

나. 한편, 청구인들을 포함한 쟁점사업 관련 67명의 토지소유자들은 충청남도 토지수용위원회의 2021.3.29.자 수용재결에 불복하여 중앙토지수용위원회에 이의신청을 제기하였고, 이에 따라 중앙토지수용위원회는 2022.8.25. ‘청구인들 등 67명의 토지 등에 대한 수용재결을 취소한다’는 재결을 하였다.

다. 이후, 청구인들은 2022.9.30. 쟁점시행사와 약정서를 작성하고 2022.10.7. 쟁점토지의 매매대금을 정산한 후 2022.12.14. 양도가액을 각 OOO원으로 하여 2021년 귀속 양도소득세 수정신고를 하였다가 2025.2.11. 쟁점토지의 양도시기를 2022.10.7.(매매대금 청산일)로 보아 과다납부한 2021년 귀속 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

라. 처분청은 청구인들의 위 경정청구를 검토한 결과, 쟁점토지의 양도시기를 등기부등본상 소유권이전등기접수일로 보아 2025.4.16. 청구인들의 경정청구를 거부하였다.

마. 청구인들은 이에 불복하여 2025.6.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 처분청은 쟁점토지의 소유권이전등기접수일을 양도시기로 보아야 한다는 의견이나, 쟁점토지의 양도시기는 충청남도 지방토지수용위원회의 2022.9.30.자 수용재결서상 수용개시일인 2023.1.27.로 봄이 타당하다.

(가) 부동산 등기는 그것이 형식적으로 존재하는 것 자체로부터 적법한 등기원인에 의하여 마쳐진 것으로 추정되고 등기명의자가 등기부에 기재된 것과 다른 원인으로 등기명의를 취득한 경우 그 등기가 원인 없이 마쳐진 것이라고 주장하는 쪽에서 그 무효사유를 주장·입증하면 등기부등본의 권리상 등기의 효력은 부인되는바(대법원 1997.9.30. 선고, 95다39526 판결, 같은 뜻임), 당초 소유권이전등기의 원인이 된 2021.3.29.자 충청남도 토지수용위원회 재결(수용개시일 2021.5.13.)은 2022.8.26.자 중앙토지수용위원회의 이의재결로 취소되었으므로 위 소유권이전등기는 환원되어야 함에도 충청남도와 쟁점시행사의 의무 해태로 소유권이 환원되지 아니하였다. 따라서 당초 2021.3.29.자 수용재결은 이후 2022.8.25.자 수용재결에 의하여 취소되었으므로 당초 수용재결은 소급적으로 무효가 되었다.

(나) 「소득세법」 제98조에서 ‘자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다’고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제7호는 ‘법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우”란 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송판결 확정일로 한다’고 규정하고 있다.

위와 같이 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제7호 단서에서 ‘소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 그 양도시기 등을 소송 판결 확정일로 한다’고 규정하고 있는데, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에서의 ‘소송판결 확정일’은 ‘수용재결 취소 소송’이라는 법적 분쟁으로 인하여 양도행위의 효력이 장기간 불확실하다는 점을 고려할 때 이를 소유권 분쟁에 준하는 것으로 해석할 수 있다.

(다) 한편, 처음에는 유효한 등기이었던 것이 후에 실체관계를 잃게 되어 무효가 되었으나 그 후에 다시 권리관계의 내용에 있어서 처음의 것과 동일한 실체관계를 구비하게 된 경우와 같이 유효였다가 무효가 된 등기를 후에 생긴 실체관계의 공시방법으로 이용할 수 있는지 문제가 되는데, 실질관계의 소멸로 무효가 된 등기의 유용은 그 등기를 유용하기로 하는 합의가 이루어지기 전에 등기상 이해관계가 있는 제3자가 생기지 않은 경우에 한하여 허용된다. 즉, 원인무효등기의 유용은 이해관계 있는 제3자가 없는 경우에는 허용되나, 이해관계 있는 제3자가 있는 경우에는 유용이 허용되지 아니한다(대법원 1998.3.24. 선고 97다56242 판결 등 참조).

즉, 무효등기의 유용은 이해관계 있는 제3자 없이 계약당사자 간에 한하여 적용할 수 있는 것이므로, 당초 쟁점토지 소유권이전등기의 법적 근거가 된 2021.3.29.자 충청남도 지방토지수용위원회의 수용재결이 취소됨으로써 그 소유권이전등기가 무효가 되었다가 2022.9.30. 청구인들과 쟁점시행사가 약정서를 작성하고 2022.10.7. 그 매매대금을 일시금으로 정산한 경우는 양도시기가 달라져 청구인들에게 과세상 불이익(장기보유, 농지대토 적용 등)이 발생하므로 이러한 경우까지 원인무효등기의 유용을 적용하기는 어렵다.

따라서 처분청 과세논리(양도시기는 등기부등본상 소유권이전등기접수일과 양도대금 지급일 중 빠른 날)를 이 건에 적용할 경우 이는 원인무효등기의 유용에 해당하는바, 원인무효등기의 유용은 이해관계 있는 제3자 없이 계약당사자 간에 한하여 극히 제한적으로만 적용할 수 있으므로 처분청과 같이 이를 이 건에 적용한다면 쟁점토지의 양도시기가 사실과 달라져 청구인들에게 과세상 불이익이 발생하게 된다.

(라) 대법원은 양도소득의 귀속시기를 단순히 대금 청산일이 아닌, 소득의 실현가능성이 성숙·확정된 시점을 기준으로 판단해야 한다고 판시하였는바(대법원 2012.5.9. 선고 2010두22597 판결 참조), 청구인들과 쟁점시행사가 2022.9.30. 체결한 약정서에 의한 2022.10.7. 대금지급은 유효한 행정처분이 없는 불완전한 이행에 불과하므로, 법적 완결성에 있어서 이 건 하자의 치유는 2022.12.14.자 충청남도 지방토지수용위원회의 수용재결에 의한 재수용 재결 개시일인 2023.1.27.에 비로소 확보되었다. 즉, 이 건은 최초 재결의 취소와 법원의 쟁의 등으로 양도 행위 자체가 불확실한 상태에 있었으므로, 그 불확실성은 재수용 재결을 통해 오직 2023.1.27.에야 비로소 해소된 것이다.

따라서 청구인들과 쟁점시행사가 2022.9.30. 체결한 약정서에 의한 2022.10.7. 대금지급은 유효한 행정처분 없는 상태의 불완전한 이행에 불과하여 양도시기로 볼 수 없으므로, 쟁점토지의 양도소득이 성숙·확정된 2023.1.27.을 그 양도시기로 보아야 한다.

(2) 쟁점토지의 등기부등본상 소유권이전등기의 원인인 2021.3.29.자 충청남도 토지수용위원회의 당초 재결은 2022.8.25.자 중앙토지수용위원회의 재결에 의하여 취소되었으므로 쟁점토지의 양도시기는 매매대금 청산일인 2022.10.7.로 봄이 타당하다.

(가) 중앙토지수용위원회의 2022.8.25.자 재결서를 보면, “쟁점시행사는 협의 및 수용재결 신청 과정에서 각각의 공구별로 100분의 50 이상의 토지소유권을 확보하여야 한다는 산업입지법을 관장하고 있는 주무부처의 유권해석을 받았고, 충청북도지사는 쟁점시행사로부터 이와 동일한 취지로 민원을 최소화하겠다는 답변을 듣고 이의신청인들에게 회신하였으나, 쟁점시행사는 이의신청인들과 협의보상하는 것이 어려움에 처하자 일방적으로 충청남도 지방토지수용위원회에 수용재결 신청을 하였다. 살피건대, 이러한 수용재결 절차는 토지소유자의 정당한 권리를 침해할 수 있는 결과를 초래할 수 있어 정당하다고 보기 어려운 점, 공익사업의 효율적인 수행을 통하여 공공복리의 증진과 재산권의 적정한 보호를 도모하여야 한다는 토지보상법의 입법목적, 이의신청인들의 주장에 대하여 쟁점시행사가 동의한다는 의견을 제출하여 당사자 간의 의견이 일치하여 다툼의 실익이 존재하지 않는 점 등을 고려할 때 이 건 수용재결을 취소하기로 한다.”라고 기재되어 있다.

(나) 이후, 쟁점시행사는 충청남도 지방토지수용위원회에 수용재결을 새로이 신청한 결과, 충청남도 지방토지수용위원회는 2022.12.14. 수용개시일을 2023.1.27.로 최종 확정하였다[주문 : 1. 쟁점시행사는 쟁점사업을 위하여 별지 제1목록 토지를 수용하고, 별지 제2목록 기재 물건을 이전하게 하며, 손실보상금은 금 OOOㅍ원(개별 보상내역은 별지 제1목록 및 제2목록 기재와 같이 함)으로 한다. 2. 수용개시일은 2023년 1월 27일로 한다].

(다) 「소득세법」 제98조에서 ‘자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다’고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제7호에서 ‘법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우”란 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다’고 규정하고 있는바, 청구인들은 쟁점시행사와 2022.9.30. 쟁점토지 약정서를 작성하고 2022.10.7. 그 매매대금을 정산하였으므로, 쟁점토지의 양도시기는 매매대금 수령일인 2022.10.7.로 보아야 한다.

(라) 한편, 처분청은 쟁점토지의 등기부등본상 소유권이전등기접수일이 2021.5.13.이므로 그 양도시기를 2021.5.13.로 보아야 한다는 의견이나, 이 건의 경우 쟁점토지의 등기부등본상 소유권이전원인인 2021.3.29.자 충청남도 토지수용위원회의 수용재결이 토지소유자들의 이의신청에 따른 2022.8.25.자 중앙토지수용위원회의 재결에 의하여 취소되어 당초 2021.3.29.자 수용재결은 원인무효가 되었으므로, 2021.5.13.자 등기부등본상 소유권이전등기의 추정력은 상실되었다고 보아야 한다.

(마) 따라서 쟁점토지의 소유권이전에 대한 실체는 청구인들과 쟁점시행사가 2022.9.30. 작성한 쟁점토지 약정서에 따른 매매대금 청산일인 2022.10.7.임이 2021.3.29.자 충청남도 토지수용위원회 재결서, 2022.8.25.자 중앙토지수용위원회의 재결서, 2022.9.30.자 청구인들과 쟁점시행사가 작성한 쟁점토지 약정서 및 금융증빙 등에 의하여 객관적으로 확인되므로 실질과세원칙에 따라 쟁점토지의 양도시기를 대금청산일인 2022.10.7.로 봄이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인들은 수용재결에 대한 최종 보상금 지급일인 2022.10.7.을 양도시기로 보아야 한다고 주장하나, 「소득세법」 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제7호에 따르면 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기 접수일 중 빠른 날을 양도시기로 하도록 정하고 있고, 재결에 불복하여 이의신청 또는 행정소송을 제기한 경우 당해 토지의 양도시기는 보상금 확정일과 소유권이전등기 접수일 중 빠른 날이 되는 것이므로, 쟁점토지의 양도시기는 등기부등본상 소유권이전등기접수일인 2021.5.13.로 보아야 한다.

(2) 또한, 청구인 C는 쟁점토지의 양도시기를 보상금 지급일인 2022.10.7.로 볼 경우 대토농지에 대한 양도소득세 감면 요건을 충족한다고 주장하나, 「조세특례제한법 시행령」 제67조는 양도시기 현재 4년 이상 종전 농지소재지에 거주하면서 경작할 것을 요건으로 정하면서 경작기간의 산정방법에 대하여 같은 법 시행령 제66조 제14항을 준용하도록 규정하고 있는데, 동 시행령 제66조 제14항은 총급여 등 합계액이 OOO원을 초과하는 과세기간을 경작기간에서 제외한다고 규정하고 있는바, 청구인 C의 경작기간은 쟁점토지의 양도시기를 2021.5.13.(소유권이전등기접수일)로 볼 경우 ‘2년 4개월 13일’(2016년, 2020년, 2021.1.1.~2021.5.13.)이고, 2022.10.7.(매매대금 정산일)로 볼 경우 ‘3년 9개월 7일’(2016년, 2020년, 2021년, 2022.1.1.~2022.10.7.)로 모두 4년 미만이다. 따라서 청구인 C는 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 못하므로 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 적용받을 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지의 양도시기를 언제로 볼 것인지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제4조[기간의 계산] 이 법 또는 세법에서 규정하는 기간의 계산은 이 법 또는 그 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 「민법」에 따른다.

제14조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법

제98조[양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

(3) 조세특례제한법

제70조[농지대토에 대한 양도소득세 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(4) 소득세법 시행령

제162조[양도 또는 취득의 시기] ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

7. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날

(5) 조세특례제한법 시행령

제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

1. 「소득세법」 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 “사업소득금액”이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우

제67조[농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등] ③ 법 제70조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도시기부터 1년(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 새로운 농지를 취득(상속·증여받은 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하여, 그 취득한 날부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.

⑥ 제3항 제1호 및 제2호를 적용할 때 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간의 계산에 관하여는 제66조 제14항을 준용한다.

(6) 민법

제157조[기간의 기산점] 기간을 일, 주, 월 또는 연으로 정한 때에는 기간의 초일은 산입하지 아니한다. 그러나 그 기간이 오전 영시로부터 시작하는 때에는 그러하지 아니하다.

제159조[기간의 만료점] 기간을 일, 주, 월 또는 연으로 정한 때에는 기간 말일의 종료로 기간이 만료한다.

제160조[역에 의한 계산] ① 기간을 주, 월 또는 연으로 정한 때에는 역에 의하여 계산한다.

② 주, 월 또는 연의 처음으로부터 기간을 기산하지 아니하는 때에는 최후의 주, 월 또는 연에서 그 기산일에 해당한 날의 전일로 기간이 만료한다.

③ 월 또는 연으로 정한 경우에 최종의 월에 해당일이 없는 때에는 그 월의 말일로 기간이 만료한다.

(7) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률

제40조[보상금의 지급 또는 공탁] ① 사업시행자는 제38조 또는 제39조에 따른 사용의 경우를 제외하고는 수용 또는 사용의 개시일(토지수용위원회가 재결로써 결정한 수용 또는 사용을 시작하는 날을 말한다. 이하 같다)까지 관할 토지수용위원회가 재결한 보상금을 지급하여야 한다.

② 사업시행자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 수용 또는 사용의 개시일까지 수용하거나 사용하려는 토지등의 소재지의 공탁소에 보상금을 공탁(供託)할 수 있다.

1. 보상금을 받을 자가 그 수령을 거부하거나 보상금을 수령할 수 없을 때

2. 사업시행자의 과실 없이 보상금을 받을 자를 알 수 없을 때

3. 관할 토지수용위원회가 재결한 보상금에 대하여 사업시행자가 불복할 때

4. 압류나 가압류에 의하여 보상금의 지급이 금지되었을 때

③ 사업인정고시가 된 후 권리의 변동이 있을 때에는 그 권리를 승계한 자가 제1항에 따른 보상금 또는 제2항에 따른 공탁금을 받는다.

④ 사업시행자는 제2항 제3호의 경우 보상금을 받을 자에게 자기가 산정한 보상금을 지급하고 그 금액과 토지수용위원회가 재결한 보상금과의 차액(差額)을 공탁하여야 한다. 이 경우 보상금을 받을 자는 그 불복의 절차가 종결될 때까지 공탁된 보상금을 수령할 수 없다.

제42조[재결의 실효] ① 사업시행자가 수용 또는 사용의 개시일까지 관할 토지수용위원회가 재결한 보상금을 지급하거나 공탁하지 아니하였을 때에는 해당 토지수용위원회의 재결은 효력을 상실한다.

② 사업시행자는 제1항에 따라 재결의 효력이 상실됨으로 인하여 토지소유자 또는 관계인이 입은 손실을 보상하여야 한다.

③ 제2항에 따른 손실보상에 관하여는 제9조 제5항부터 제7항까지의 규정을 준용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들은 2021.3.29.자 충청남도 토지수용위원회의 수용재결에 따라 2021.3.29.(소유권이전등기접수일)을 쟁점토지의 양도시기로 하여 2021년 귀속 양도소득세를 신고하였으나, 청구인들을 포함한 쟁점사업 관련 토지소유자들이 위 2021.3.29.자 수용재결에 불복하여 중앙토지수용위원회에 이의신청을 제기하였고, 이에 따라 중앙토지수용위원회는 2022.8.25. ‘청구인들 등의 토지 등에 대한 수용재결을 취소한다’고 재결함에 따라 청구인들은 2022.9.30. 쟁점시행사와 약정서를 작성하고 2022.10.7. 쟁점토지의 매매대금을 정산받아 아래 ＜표1＞과 같이 2021년 귀속 양도소득세 수정신고를 하였다.

＜표1＞ 청구인들의 수정신고 내역(2021년 귀속)

○○○

(2) 이후, 청구인들은 2025.2.11. 쟁점토지의 양도시기를 소유권이전등기접수일이 아닌 매매대금 정산일(2022.10.7.)로 보아 아래 ＜표2＞와 같이 2022년 귀속 양도소득세를 신고하는 한편, 기신고한 2021년 귀속 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

＜표2＞ 청구인들의 양도소득세 신고 내역(2022년 귀속)

○○○

(3) 처분청은 청구인들의 경정청구를 검토한 결과, 쟁점토지의 양도시기는 등기부등본상 소유권이전등기접수일로 봄이 타당하다고 보아 청구인들의 경정청구를 거부하였는바, 처분청이 작성한 ‘경정청구 검토보고서’의 주요 내용은 다음과 같다.

○○○

(4) 청구인들 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 충청남도 지방토지수용위원회의 2021.3.29.자 재결서(OOO)에 따르면, 쟁점시행사는 쟁점사업과 관련하여 충청남도 지방토지수용위원회에 수용재결신청을 하였고, 동 위원회는 2021.3.29. 다음과 같이 재결하였다.

○○○

(나) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 의하면, 위 2021.3.29.자 수용재결에 따라 ‘2021년 5월 13일 토지수용’을 원인으로 청구인들의 지분 전부가 쟁점시행자 앞으로 소유권이전등기된 것으로 등재되어 있고, 이후 소유권변경 사항은 없는 것으로 나타난다.

(다) 청구인 C 외 67명은 위 충청남도 지방토지수용위원회의 2021.9.29.자 수용재결에 불복하여 이의신청(사건번호 : OOO)을 제기하였고, 이에 따라 중앙토지수용위원회는 2022.8.25. 이 건 이의신청에 대하여 다음과 같이 재결하였다.

○○○

(라) 이후, 쟁점시행사는 쟁점사업과 관련하여 충청남도 지방토지수용위원회에 재차 수용재결신청을 하였고, 동 위원회는 2022.12.14. 다음과 같이 재결하였다(OOO).

○○○

(마) 한편, 청구인 외 72명은 2021.4.21. 위 충청남도 지방토지수용위원회의 2021.3.29.자 수용재결에 대한 취소소송을 제기하였고, 이에 대하여 1심 법원은 2021.10.21. 원고 승소로 판결하였으나(대전지방법원 OOO), 2021.3.29.자 수용재결이 2022.8.25. 취소됨에 따라 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 아니한다는 이유로 동 소송은 2023.11.9. 대법원에서 각하로 판결되었다(대법원 OOO).

(바) 쟁점시행사는 당초 충청남도 지방토지수용위원회의 2021.3.29.자 수용재결의 결과, 2021.5.11. 쟁점토지에 대한 당초 보상금(각 OOO원)을 공탁하였으나, 청구인들은 이를 수령하지 아니하다가 2022.9.30. 쟁점시행사와 약정서를 작성하고 2022.10.7. 쟁점시행사로부터 금융계좌를 통하여 쟁점토지의 최종 보상액(각 OOO원)을 지급받은 것으로 나타나는바, 위 약정서의 주요 내용은 다음과 같다.

○○○

(사) 청구인들은 쟁점토지를 양도한 후 2023.3.17. 대토농지로서 ‘충청남도 아산시 OOO 답 2,760㎡를 각 2분의 1 지분으로 취득하여 현재까지 자경하고 있고 이에 대하여는 다툼이 없다. 다만, 처분청은 청구인 B의 이 건 양도소득세에 대하여는 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건을 충족한다고 보아 동 감면을 인정하였으나, 청구인 C의 경우 양도일을 매매대금 청산일(2020.10.7.)로 본다 하더라도 아래 ＜표3＞과 같이 소득요건(총급여액의 합계액이 OOO원 미만) 불충족으로 인하여 경작기간이 4년 미만(약 3년 9개월)에 해당하여 위 감면을 적용할 수 없다는 의견이다.

＜표3＞ 청구인 C의 소득발생 내역

○○○

(5) 그 밖에 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우의 부동산 양도시기를 규정한 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제7호는 2010.2.18. 대통령령 제22034호로 처음 도입되었고, 2015.2.3. 대통령령 제26067호로 개정되면서 단서규정이 신설된 것으로 나타나는바, 그 개정 이유 등은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제7호

구분

2010.2.18. 대통령령 제22034호

2015.2.3. 대통령령 제26067호

조문

「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날

「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.

개정

이유

동일한 공익사업 지역에서 토지를 수용할 때 보상금에 대한 불복 등에 따라 양도시기가 달라지는 문제점을 해소하기 위하여 공익사업을 위한 토지 수용 시 양도시기를 판정할 때 수용개시일을 추가함으로써 잔금청산일, 등기접수일, 수용개시일 중 빠른 날을 양도시기로 정함.

공익사업 수용과 관련하여 소유권 귀속에 관한 소송으로 인하여 수용 보상금이 공탁된 경우 소유권 소송 결과에 따라 납세의무자가 확정되므로, 과세 판정의 기준이 되는 양도시기를 소유권 소송 판결 확정일로 함.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지의 양도시기를 소유권이전등기접수일(2021.5.13.)로 보아야 한다는 의견이나,

「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제7호 등에서 공익사업에 수용된 토지의 양도시기를 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날로 한다고 규정하고 있다고 하더라도 이 건의 경우 중앙토지수용위원회가 2022.8.25. 당초 수용재결을 취소함으로써 2021.3.29.자 수용재결을 원인으로 경료된 소유권이전등기도 소급적으로 무효가 되었으므로 당초 등기접수일(2021.5.13.)에 쟁점토지가 양도되었다고 보기는 어려운 점, 청구인들은 2022.9.30. 쟁점시행사와 약정서를 작성하고 2022.10.7. 쟁점시행사로부터 금융계좌를 통하여 쟁점토지의 최종 보상액(각 OOO원) 전액을 각각 지급받은 것으로 나타나는바, 청구인들의 위와 같은 행위에는 당초 수용재결이 취소되어 무효가 된 종전 협의매매계약을 추인하면서 다만 쟁점토지에 관한 매매대금을 증액하기로 하는 새로운 매매계약을 체결하기로 하는 묵시적인 의사의 합치가 포함되어 있었다고 볼 수 있고, 동 약정서에도 청구인들이 수령한 금원을 쟁점토지의 보상금액이라고 명시하고 있으며, 청구인들도 중앙토지수용위원회가 2022.8.25. 당초 수용재결을 취소하여 종전 협의매매계약이 무효가 된 후에도 쟁점토지의 양도 자체는 유효하다는 전제에서 매매대금을 정산받은 후 양도가액만 최종 보상금액으로 하여 양도소득세 수정신고를 한 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 쟁점토지의 양도시기는 청구인들이 쟁점시행사로부터 매매대금을 정산받은 2022.10.7.로 봄이 타당하므로, 처분청이 쟁점토지의 양도시기를 2021.5.13.로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.