이유
1. 처분개요

가. 청구인 a·b·c(이하 각각 “청구인1”, “청구인2”, “청구인3”이라 하고, 셋을 합하여 “청구인들”이라 한다)은 2021.4.15. 등에 보유하고 있던 주식회사 A(이하 “청구법인”이라 한다)의 주식(이하 “쟁점주식”이라 한다)을 1주당 OOO원으로 하여 청구법인에 양도(총 합계 9,000주, OOO원, 이하 “쟁점①거래”라 한다)하고, 청구인들은 2021.7.14. 등에 증권거래세 합계 OOO원 및 2021.8.10. 등에 2021년 귀속 양도소득세 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2006년 9월 B 주식회사에서 모터 제조 사업부가 분사되어 설립된 법인으로, 2021.7.14. 쟁점거래①로 보유하고 있던 쟁점주식을 1주당 OOO원으로 하여 d(청구법인의 부사장)에게 5,000주, e(청구법인 대표이사의 배우자, 이하 d과 합하여 “매수인들”이라 한다)에게 4,000주, 총 합계 9,000주를 OOO원에 양도(이하 “쟁점②거래”라 하고, 쟁점거래①과 합하여 “쟁점거래”라 한다)하였다.

다. 부산지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.8.31.부터 2023.11.28.까지 청구법인에 대한 법인세 부분조사 및 청구인들에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구법인과 청구인들이 특수관계인에게 쟁점주식을 시가보다 저가로 양도한 것으로 보아「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)상 보충적 평가방법에 의한 평가가액(1주당 OOO원)과 쟁점거래 가액(1주당 OOO원)과의 차액에 대해 「법인세법」제52조 및 「소득세법」제101조에 따른 부당행위계산부인 규정을 적용하라는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2024.1.11. 등으로 하여 청구법인에게 2021사업연도 법인세 산출세액 OOO원(고지세액 OOO원)을 경정·고지하고, 익금산입액을 상여 및 기타소득으로 소득처분하여 합계 OOO원의 소득금액변동통지를 하였으며, 청구인들에게 2021년 귀속 양도소득세 합계 OOO원 및 증권거래세 합계 OOO원을 각각 경정·고지하였다.

라. 청구법인과 청구인들은 이에 불복하여 2024.4.5. 및 2024.4.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 쟁점거래의 가액(1주당 OOO원)은 상증세법·「법인세법」상 ‘시가’에 해당한다.

(가) 양도소득세의 부당행위 계산 및 상증세법상 시가의 개념을 살펴보면, 「소득세법」상 부당행위 계산 부인규정을 적용하기 위한 ‘시가’의 산정방법은 오로지 상증세법 상의 ‘시가’에 관한 규정을 적용하도록 규정되어 있음을 알 수 있다.

(나) 「법인세법」 제52조 제2항에서는 부당행위계산 부인을 적용하기 위한 요건으로 특수관계인과의 거래 시 ‘시가’를 기준으로 한다고 규정하고 있고, 「법인세법 시행령」(이하 “법인세령”이라 한다) 제89조 제1항에서는 ‘시가’란 “법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다.”고 규정하고 있다. 다만, 시가가 불분명한 경우에는 감정평가가액, 상증세법상의 보충적 평가방법으로 평가한 가액을 순차적으로 적용하도록 하고 있다.

그러므로 청구법인과 매수인들 사이의 쟁점②거래는 특수관계인간의 거래라고 하더라도 거래가격인 1주당 OOO원이 ‘시가’에 해당하는 경우에는 부당행위계산 부인 대상에 해당하지 않는다.

(2) 청구법인 주주들의 주식거래현황은 아래 ＜표1＞과 같고, 연도별 당기순이익 현황은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표1＞ 청구법인 주식 거래 현황

(단위 : 주, 원)

○○○

＜표2＞ 청구법인의 연도별 당기순이익 현황

(단위 : 백만원)

○○○

어떠한 거래가액이 시가가 되려면 그 거래가 일반적·정상적 방법으로 이루어져 당해 거래가액이 재산의 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 있어야 하므로(대법원 2012.4.26. 선고 2010두26988 판결 등), ① 거래당사자들이 경제적 이익의 극대화를 추구하는 대등한 관계에 있는지, ② 거래당사자들이 거래 관련 사실에 관하여 합리적인 지식이 있으며, ③ 강요가 없는 자유로운 상태에서 거래하였는지 등 그 제반 사정을 종합적으로 검토하여 결정(대법원 2007.1.11. 선고 2006두17055 판결 등)하여야 하는데,

청구법인 설립(2006년) 이후 현재까지의 주식거래를 살펴보면, 각각의 거래는 특수관계인이 아닌 제3자들인 청구법인의 직원 간의 거래이다(청구법인 거래분 제외).

또한, 거래된 1주당 가액은 2009년 OOO원, 2012년 OOO원, 2016년 OOO원, 2019년 OOO원, 2020년 OOO원, 2021년 OOO원, 2022년 OOO원으로 상승하는 추세에 있는데, 이러한 추세는 당기순이익이 증가하는 추세와 유사한 흐름이며, 특히, 2020년 OOO원에서 2021년 OOO원으로 상승한 것은 OOO원(2019년)이던 당기순이익이 OOO원(2020년)으로 대폭 상승(41.22%)한 것이 반영된 결과라고 볼 수 있다.

(3) 청구법인의 주식업무 취급규칙 제7조에서 거래가격은 양도·양수자간 상호협의에 의하여 결정하도록 적시되어 있기 때문에 회사 또는 제3자의 개입이 있을 수 없고, 청구법인은 상호간 적정가격으로 거래를 할 수 있도록 지원(청구법인의 주식업무 취급규칙에 따라 적정가격을 위한 Guide를 제공할 수 있다)만 하였을 뿐이며, 오로지 양도·양수자간 상호협의에 의해 거래가액이 결정되어 왔다.

(가) 청구법인의 임직원들 간의 주식거래는 거래당사자들이 각자의 경제적 이익 극대화를 추구하는 대등한 관계에서 성립된 거래이고, 각 거래당사자들은 청구법인의 임직원들인 관계로 쟁점주식에 대한 적정한 가치를 알 수 있는 위치에 있어 합리적 지식이 있다고 보아야 하며, 강요 등이 없는 자유로운 거래를 하는 관계에 있다고 할 수 있으므로 객관적 교환가치를 적정하게 반영하여 거래가격을 결정하였다고 볼 수 있다.

(나) 즉, 쟁점거래의 1주당 가격(OOO원)은 2021.7.14.(거래일) 이후 3개월만인 2021.10.21. 비특수관계자 사이에 거래된 1주당 OOO원이 존재하므로 상증세법 제60조에 따른 “불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어진 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액”이라고 보아야 한다.

(4) 쟁점거래는 경제적 합리성이 인정되는 거래이므로 부당행위계산 부인대상으로 볼 수 없다.

쟁점거래가 비록 특수관계가 있는 자 사이의 거래이나 부당행위계산부인은 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것(대법원 2007.12.13. 선고 2005두14257 판결 등)으로 ‘거주자의 행위·계산이 부당할 것’이라는 요건을 갖추지 못했다면 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없으며, 경제적 합리성은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성를 결여한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2007.12.13. 선고 2005두14257 판결 등).

(가) 청구법인의 쟁점주식 취득과정은 당사자간 의사의 합치에 따라 쟁점주식의 거래가액을 정하였으므로 경제적 합리성이 인정된다.

1) 청구법인은 B 주식회사에서 분사된 회사로서 2021년 말 기준 주식의 분포를 보면, 주주 전체 49인 중 B 주식회사가 15.1%로 최대주주의 지위에 있고, 대표이사인 f의 지분이 12.1%일 뿐이며, 나머지 주주는 모두 개인으로서 0.2%～7.5%를 보유하여 단독으로 경영권을 행사할 수 없는 종업원지주회사 성격의 회사이다.

이런 이유로 청구법인의 주주가 보유주식을 매각하고자 하여도 경영권이 수반되는 거래를 하기 어렵기 때문에 회사 내부사정을 잘 모르는 상태에서 주식거래를 하기가 지극히 어렵고 거래가 빈번하지 않기 때문에 실제 기업가치보다 낮은 가액으로 거래될 여건에 놓여있다.

2) 먼저 쟁점①거래가 발생하게 된 배경은 쟁점주식의 거래가 많지 않은 상황에서 청구법인의 주식상장은 어렵고, 그간 기업가치보다 현저히 낮은 가액으로 거래되어(OOO원) 주주 간의 정상적인 거래가액이 형성되지 않았으며, 자금이 필요한 주주들에게는 주식매각을 통해 자금융통의 기회를 주고자 자사주 취득의 방법으로 진행되었다.

청구법인의 자사주 매입가격 결정기준은 2019년 기준 상장기업 6개 업체의 주가순자산비율(PBR)을 감안하여 1주당 평가금액 OOO원의 0.51인 OOO원으로 결정한 것인데, 이는 청구법인 발행주식이 비상장주식이어서 거래가 자유롭지 않은 점, 소액의 주식거래인 관계로 주권에 대한 권리행사가 어려운 점, 통일주권이 발행되지 않은 점, 배당률이 매우 낮은 점 등이 반영된 결과이다.

그리고 모든 주주들에게 공지절차를 통해 주식매도 희망자로부터 쟁점주식 매도에 대한 신청절차를 거쳤고, 청구인들은 적정한 가격(1주당 OOO원)이라고 판단하여 각자 자신의 선택에 따라 청구법인과 주식거래를 하였다.

3) 한편, 청구인들은 청구법인에 대한 세무조사 시 쟁점주식을 매도하게 된 경위에 대해 사실확인서를 제출하였는데, 청구인1은 2021년 12월 병환으로 사망한 배우자의 병원 치료비 마련, 청구인2는 본인의 결혼(2021년 5월 결혼)을 위한 자금마련, 청구인3은 생활비 및 아파트 마련을 위해 쟁점주식을 매각하게 되었다고 진술하였는바, 돈이 필요한 청구인들이 청구법인에게 주식을 저가로 매각할 하등의 이유가 없다.

4) 거래당사자인 청구인들과 청구법인은 합리적으로 쟁점주식의 거래가격을 결정한 것이고, 모든 주주에게 쟁점주식 매매에 대한 공지절차를 거쳤으며 매도희망자들로부터 신청을 받아 주식을 거래하였다. 부당하게 이익을 분여하기 위하여 쟁점거래를 한 것이 아니라 정상적인 경제인의 합리적인 거래형식에 의한 것이기 때문에 부당행위계산 부인 대상에 해당하지 않는다.

5) 또한, 청구법인은 실제 매수한 주식의 수량(9,000주, 쟁점①거래)이 계획(53,000주)보다 매우 저조하여, 청구인들로부터 취득한 3개월 후에 매수인들에게 동일한 가액(1주당 OOO원)으로 매도(9,000주, 쟁점②거래)한 것이므로 매도한 가액 또한 시가에 해당한다.

(나) 쟁점주식의 거래가액 1주당 OOO원은 쟁점거래 이전(2020년 이전)에 비해 보충적평가액(간이평가) 대비 실제 거래가액비율이 높아졌다.

＜표3＞에서 보듯이 실제 1주당 거래가액과 보충적 평가액은 서로 상관관계가 없고 오히려 쟁점거래(2020년 평가액 적용) 당시는 보충적 평가액 대비 실제 거래가액비율이 가장 높았음을 알 수 있다. 그러므로 청구법인과 청구인들 사이에 거래된 가격이 결코 낮다고 할 수 없다.

＜표3＞ 보충적 평가액과 실거래가액 비교

(단위 : 원, %)

○○○

(다) 한편, 처분청은 쟁점주식을 보충적 평가방법에 따라 평가한 가액(OOO원)에 비해 실제 거래한 가액이 낮다는 이유로 부당행위계산 부인대상이라고 하나, 비상장법인의 주식은 자유로이 거래가 이루어질 수 없어 그 시가를 알 수 없는 것이 대부분이고 매년 경제상황에 따라 특정년도의 이익이 달라지는데 반해 상증세법상 보충적 평가방법은 획일적인 평가요소를 기준으로 평가함에 따라 일반적으로 주가가 과대평가됨에 따라 시가와 적정한 교환가치 사이에 큰 괴리가 있을 가능성이 있어 상증세법에서도 재산평가 시 시가주의를 원칙으로 하면서도 시가가 적정한 교환가치를 제대로 반영하지 못할 수도 있다는 점을 법이 어느 정도 예정하고 있는 점(조심 2009서3778, 2010.08.26. 등)을 감안하여야 한다.

(5) 이 건과 유사한 거래에 대해 시가로 인정한 심판례(조심 2009서3778·3779(병합), 2010.8.26. 참조)는 보충적평가액이 상승하고 있었음에도 불구하고 실제 거래가액은 별다른 변동없이 일정하게 유지되었는바, 청구법인의 경우 이와 다르게 오히려 1주당 거래가액이나 보충적평가액이 동시에 증가되는 추세로 거래가 되었고, 이 역시 당사자 간의 정상적인 의사합치에 의해 거래된 것으로 각각의 거래가액을 그 거래당시의 시가로 봄이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인들과 청구법인은 「법인세법」 및 「소득세법」상 특수관계인에 해당하므로 쟁점주식을 저가양도한 행위는 부당행위계산의 부인에 해당한다.

(가) 「법인세법」 제52조 제1항 및 「소득세법」 제101조 제1항에 의하면 “대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 법인이나 거주자의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 법인이나 거주자의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.”고 규정하고,

(나) 법인과 임원·그밖의 사용인은 「법인세법」 제52조 제1항 및 「소득세법」 제101조 제1항에서 말하는 특수관계인에 해당된다.

(다) 따라서 쟁점주식 매매당시 청구법인의 직원인 청구인들과 청구법인은 「소득세법」상 특수관계에 해당되므로 쟁점주식 저가양도에 대한 부당행위계산부인 대상에 해당한다.

(2) 쟁점거래 가액은 시가보다 저가이므로 부당행위계산의 부인에 해당한다.

(가) 「법인세법」 제52조 제1항, 「소득세법」 제101조 제1항에 규정된 부당행위계산부인의 판단 기준은 ‘자산을 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 행위’ 등을 통하여 ‘조세 부담을 부당하게 감소시킨 경우’이며, 이 때 적용되는 시가는 ‘건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격으로 하되, 그 시가가 불분명한 경우 상증세법 제61조부터 제64조까지 등을 준용하여 평가한 가액에 의한다’고 규정하고 있다.

(나) 청구법인과 청구인들은 쟁점주식 거래 이전 및 이후 특수관계에 해당하지 아니한 제3자 간의 매매사례가액이 존재하므로 쟁점거래가액을 시가로 보아야 한다고 주장하나, 쟁점주식은 ‘주식업무 취급규칙’에 의하여 주주, 종업원간의 거래를 원칙으로 하고 이사회 승인을 얻은 후에 거래가 가능한데, 이런 제한된 주식거래를 불특정 다수인 사이의 일반적인 주식 거래라고 할 수는 없다.

(다) 시가란 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하므로 매매사례가액이 시가로 인정되기 위해서는 당해 거래가 일반적이고 정상적인 방법으로 이루어져 양도일 당시의 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 있는 사정이 인정되어야 한다.

(라) 쟁점법인은 쟁점주식 매입을 위한 주식평가 시 청구법인이 출자하여 설립한 두개의 해외현지법인(C, D)에 대한 자산평가를 생략한 채 보충적 평가방법을 사용하여 주식을 평가한 1주당 순자산가액 OOO원에 국내 동종업 영위 상장법인의 PBR값인 0.51 값을 적용하여 1주당 OOO원을 매매가액으로 결정하였으나,

이는 상증세법 시행령 제54조 제4항에 해당하는 순자산가액으로 평가하는 법인에 해당하지 않음에도 불구하고 쟁점주식을 순자산가치로 주식을 평가한 후 임의로 PBR값(0.51)을 적용한 평가액은 계속 사업을 영위하고 있는 청구법인의 수익가치를 반영하지 않은 것으로 객관적 교환가치를 반영한 일반적인 시가라고 볼 수 없다.

(마) 따라서 청구인들은 청구법인에게 쟁점주식을 1주당 상증세법상 보충적평가액인 OOO원보다 저가인 OOO원으로 양도하였으며, 청구법인 역시 특수관계자인 매수인들에게 쟁점주식을 저가로 양도하였으므로 처분청이 청구인들에게 부당행위계산의 부인 규정에 따라 양도소득세 및 증권거래세를 부과한 처분 및 청구법인의 법인세를 경정하고 쟁점주식을 저가양수한 매수인들에게 소득금액변동통지를 한 이 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식의 실지거래가액을 부인하고 보충적 평가방법에 의한 가액을 기준으로 저가양도한 것으로 보아 양도소득세 등을 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구법인은 2021.4.15. 및 2021.4.26. 청구인들로부터 쟁점주식 9,000주를 1주당 OOO원, 합계 OOO원에 매수하고, 2021.7.14. 이 주식을 d에게 5,000주, e에게 4,000주를 양도하였다. 처분청은 쟁점거래가 부당행위계산 부인 규정에 해당한다고 보아, 쟁점주식을 1주당 OOO원으로 재계산하여 OOO원을 익금산입하여 아래 ＜표4＞와 같이 2021사업연도 법인세 산출세액 OOO원(고지세액 OOO원)을 경정·고지하고, 익금산입액을 상여 및 기타소득으로 소득처분하여 소득금액변동통지(2024.1.15.)를 하였으며 청구인들에게 아래 ＜표5＞와 같이 2021년 귀속 양도소득세 및 증권거래세를 각각 경정·고지하였다.

＜표4＞ 청구법인에 대한 부과내역 등

(단위 : 원)

○○○

＜표5＞ 청구인들에 대한 부과내역 등

(단위 : 주, 원)

○○○

(나) 청구법인은 2006년 9월 B 주식회사에서 모터 제조 사업부가 분사되어 설립된 법인으로 대표이사는 f이다.

1) 법인 설립 당시 B 주식회사가 16.52%를 출자하였고 B 주식회사에서 퇴사한 f 외 48명이 83.48%를 출자하여 총 발행 주식 수는 484,000주(액면가액 1주당 OOO원), 자본금은 OOO원으로 설립된 종업원 지주회사로 나타난다.

2) 청구법인은 설립 이후 2007년 3월 46,000주(발행가액 1주당 OOO원)의 유상증자를 실시하여 청구법인의 총발행주식수는 530,000주, 자본금은 OOO원, 주주는 B 주식회사 외 47명이다.

3) 청구법인의 2021년 주식등변동상황명세서는 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ 2021년 청구법인의 주식등변동상황명세서

(단위 : 주, %)

○○○

(다) 청구법인은 2021.3.26. 주주총회를 통해 총발행주식의 10%인 53,000주 범위 내에서 자사주를 취득하는 것으로 결정하였으며, 아래 ＜그림1＞과 같이 주식매입가격은 1주당 OOO원으로 해외법인을 제외한 한국법인 기준평가액 OOO원에 PBR 0.51을 반영한 가격으로 결정하고 주주들에게 공지하였다.

＜그림1＞ 청구법인의 자사주 취득안

○○○

(라) 청구법인은 아래 ＜그림2＞와 같이 2021년 자사주 취득을 위한 비상장주식 평가를 하였고, 1주당 순자산가액은 OOO원, 1주당 순손익액은 OOO원, 1주당 평가액은 OOO원으로 나타난다.

＜그림2＞ 청구법인의 2021년 자사주 취득을 위한 주식평가

○○○

(마) 청구법인은 이사회 승인을 통하여 청구인들로부터 쟁점주식을 1주당 OOO원, 총 합계 9,000주를 OOO원에 취득하였으나, 당초 취득목표(총발행주식의 10% 이내)보다 저조하여 2021.6.30. 이사회 의결로 자사주 처분을 결정하였고, 2021.7.14. d에게 5,000주, e에게 4,000주를 취득가액과 동일한 가격(1주당 OOO원)으로 양도하였다.

(바) 청구법인의 주식업무 취급규칙에는 주식거래는 주주, 종업원간의 거래를 원칙으로 하고, 이사회 승인을 득한 후 거래하여야 하며, 거래가격은 양도·양수자간 상호 협의에 의한 거래를 하고 회사는 적정 가격 Guide를 제공할 수 있다고 규정되어 있다.

(사) 처분청이 제시한 쟁점주식의 평가액은 상증세법 제63조 및 같은 법 시행령 제54조에 의한 보충적 평가방법으로 평가한 가액으로 아래 ＜그림3＞과 같이 2021.4.15. 쟁점주식의 1주당 평가액은 OOO원이다.

＜그림3＞ 청구법인의 2021.4.15. 주식평가 내역

○○○

(아) 처분청은 청구법인이 쟁점주식 매입을 위한 주식평가 시 청구법인이 출자하여 설립한 두 개의 해외현지법인에 대한 자산평가를 생략하였다며, C의 주식평가조서를 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 쟁점거래가 비록 특수관계가 있는 자 사이의 거래이나 부당행위계산부인은 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것(대법원 2007.12.13. 선고 2005두14257 판결, 같은 뜻)으로 ‘거주자의 행위·계산이 부당할 것’이라는 요건을 갖추지 못했다면 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없으며, 경제적 합리성은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성를 결여한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려(대법원 2007.12.13. 선고 2005두14257 판결, 같은 뜻)하여야 하는바,

청구법인의 주식거래를 살펴보면, 쟁점거래 이외의 거래는 특수관계인이 아닌 제3자들인 청구법인의 직원 간의 거래로, 객관적 교환가치를 적정하게 반영하여 거래가 이루어진 것으로 볼 수 있는 점, 청구주장과 같이 청구법인의 주식업무 취급규칙에 따라 청구법인은 상호간 적정가격으로 거래를 할 수 있도록 지원(청구법인의 주식업무 취급규칙에 따라 적정가격을 위한 Guide를 제공할 수 있다)만 한 것으로 볼 수 있는 점, 청구인들은 쟁점주식을 양도하고 받은 돈으로 병원비나 결혼자금 등 개인적인 용도로 사용할 목적이 있어 청구법인과 이해관계를 달리하는 것으로 보이고, 청구법인에게 쟁점주식을 저가에 양도하여 이익을 분여할 이유가 없어 보이는 점, 쟁점거래 이후 2021.10.21. 및 2022.8.30. 비특수관계인(같은 직원) 간에 1주당 OOO원으로 거래한 사실이 나타나는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점거래에 대해 부당행위계산부인 규정을 적용하여 양도소득세 등을 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 청구인들 및 처분청 명단

○○○

＜별지2＞ 관련 법령

(1) 법인세법

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고

(2) 법인세법 시행령

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다.(이하 생략)

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.(2016.02.12 개정)

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

⑥ 제88조 제1항 제8호 및 제8호의2의 규정에 의하여 특수관계인에게 이익을 분여한 경우 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 그 유형에 따라 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3ㆍ제40조ㆍ제42조의2와 같은 법 시행령 제28조 제3항부터 제7항까지, 제29조 제2항, 제29조의2 제1항ㆍ제2항, 제29조의3 제1항, 제30조 제5항 및 제32조의2의 규정을 준용한다. 이 경우 “대주주” 및 “특수관계인”은 이 영에 의한 “특수관계인”으로 보고, “이익” 및 “대통령령으로 정하는 이익”은 “특수관계인에게 분여한 이익”으로 본다.

제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

(3) 소득세법

제101조(양도소득의 부당행위계산) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

⑤ 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 소득세법 시행령

제98조(부당행위계산의 부인) ① 법 제41조 및 제101조에서 “특수관계인”이란 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항, 제2항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인을 말한다.

② 법 제41조에서 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 제1호부터 제3호까지 및 제5호(제1호부터 제3호까지에 준하는 행위만 해당한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우만 해당한다.

1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 경우

2. 특수관계인에게 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 직계존비속에게 주택을 무상으로 사용하게 하고 직계존비속이 그 주택에 실제 거주하는 경우는 제외한다.

3. 특수관계인으로부터 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 높은 이율 등으로 차용하거나 제공받는 경우

4. 특수관계인으로부터 무수익자산을 매입하여 그 자산에 대한 비용을 부담하는 경우

5. 그 밖에 특수관계인과의 거래에 따라 해당 과세기간의 총수입금액 또는 필요경비를 계산할 때 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우

③ 제2항 제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는 「법인세법 시행령」 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다.

④ 제2항 제2호 내지 제5호의 규정에 의한 소득금액의 계산에 관하여는 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다.

제167조(양도소득의 부당행위 계산) ③ 법 제101조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우로 한정한다.

1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때

2. 그 밖에 특수관계인과의 거래로 해당 연도의 양도가액 또는 필요경비의 계산시 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때

④ 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 있어서 토지 등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다.

⑤ 제3항 및 제4항을 적용할 때 시가는 「상속세 및 증여세법」 제60조부터 제66조까지와 같은 법 시행령 제49조, 제50조부터 제52조까지, 제52조의2, 제53조부터 제58조까지, 제58조의2부터 제58조의4까지, 제59조부터 제63조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액에 따른다. 이 경우 「상속세 및 증여세법 시행령」 제49조제1항 각 호 외의 부분 본문 중 “평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다) 이내의 기간”은 “양도일 또는 취득일 전후 각 3개월의 기간”으로 본다.

⑥ 개인과 법인 간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 「법인세법 시행령」 제89조의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여 「법인세법」 제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는 법 제101조 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 양도소득세를 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

(5) 상속세 및 증여세법

제60조(평가의 원칙 등) ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다. 이 경우 다음 각 호의 경우에 대해서는 각각 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 시가로 본다.

1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식 등 중 대통령령으로 정하는 주식 등(제63조 제2항에 해당하는 주식 등은 제외한다)의 경우 : 제63조 제1항 제1호 가목에 규정된 평가방법으로 평가한 가액

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.

제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식 등의 평가

나. 가목 외의 주식 등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

③ 제1항 제1호, 제2항 및 제60조 제2항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그의 특수관계인에 해당하는 주주 등(이하 이 항에서 "최대주주 등"이라 한다)의 주식 등(대통령령으로 정하는 중소기업, 대통령령으로 정하는 중견기업 및 평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」 제14조 제2항에 따른 결손금이 있는 법인의 주식등 등 대통령령으로 정하는 주식 등은 제외한다)에 대해서는 제1항 제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조 제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20을 가산한다. 이 경우 최대주주 등이 보유하는 주식 등의 계산방법은 대통령령으로 정한다.

(6) 상속세 및 증여세법 시행령

제49조(평가의 원칙 등) ① 법 제60조 제2항에서 “수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것”이란 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다. 이하 이 항에서 “평가기간”이라 한다) 이내의 기간 중 매매·감정·수용·경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조 및 제49조의2에서 "매매등"이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 않는 기간으로서 평가기준일 전 2년 이내의 기간 중에 매매 등이 있거나 평가기간이 경과한 후부터 제78조 제1항에 따른 기한까지의 기간 중에 매매 등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 고려하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 상속세 또는 증여세 납부의무가 있는 자(이하 이 조 및 제54조에서 "납세자"라 한다), 지방국세청장 또는 관할세무서장이 신청하는 때에는 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 해당 매매등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다.

1. 해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 특수관계인과의 거래 등으로 그 거래가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우

나. 거래된 비상장주식의 가액(액면가액의 합계액을 말한다)이 다음의 금액 중 적은 금액 미만인 경우(제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 그 거래가액이 거래의 관행상 정당한 사유가 있다고 인정되는 경우는 제외한다)

1) 액면가액의 합계액으로 계산한 해당 법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 1에 해당하는 금액

2) 3억원

제54조(비상장주식 등의 평가) ① 법 제63조 제1항 제1호 나목에 따른 주식 등(이하 이 조에서 “비상장주식등”이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(「소득세법」 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.

1주당 가액 = 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 3년 만기 회사채의 유통수익률을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율

(7) 국세기본법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

20. “특수관계인”이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 세법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

가. 혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계

나. 임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계

다. 주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계

(8) 국세기본법 시행령

제1조의2(특수관계인의 범위) ① 법 제2조 제20호 가목에서 “혈족·인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 “친족관계”라 한다)를 말한다.

3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자를 포함한다)

② 법 제2조 제20호 나목에서 “임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 “경제적 연관관계”라 한다)를 말한다.

1. 임원과 그 밖의 사용인

③ 법 제2조 제20호 다목에서 “주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계”란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하 “경영지배관계”라 한다)를 말한다.

1. 본인이 개인인 경우

가. 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

나. 본인이 직접 또는 그와 친족관계, 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

④ 제3항 제1호 각 목, 같은 항 제2호 가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

1. 영리법인인 경우

가. 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우