이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2019.7.11. 경기도 고양시 덕양구 OOO(조정대상지역, 이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 2021.8.31. 서울특별시 영등포구 OOO(조정대상지역, 이하 “신규주택”이라 한다)를 취득하였고, 이후 2021.9.30. 종전주택을 OOO원에 양도한 후 2021.10.6. 종전주택의 양도에 대하여 일시적 2주택 비과세 특례를 적용하여 2021년 귀속 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 양도소득세 비과세·감면 사후관리 과정에서 청구인이 신규주택에 임대차계약 종료일(2023.8.31.)까지 「주민등록법」제16조에 따른 전입신고를 하지 않은 것을 확인하고, 「소득세법 시행령」제155조 제1항 제2호 가목(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 신규주택의 전입요건을 충족하지 못한 것으로 보아 종전주택의 양도에 대하여 일시적 2주택 비과세 특례 적용을 배제하여 2025.2.10. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 종전주택 양도 후 임차하여 거주하던 주택의 임차보증금에 대한 대항력 및 우선변제권을 상실할 수 없어 부득이하게 임차보증금이 반환된 2023.9.21. 신규주택으로 전입신고를 할 수밖에 없었는바, 쟁점규정에 따른 신규주택의 전입요건을 충족할 수 없었던 불가피한 사정이 인정되어야 한다.

(가) 청구인은 2021.7.22. 종전주택 매도계약을 체결하고, 신규주택 취득일로부터 30일을 경과한 2021.9.30. 종전주택을 매도하였는데, 신규주택에는 매도인이 체결한 임대차계약(2021.6.28. 계약, 임대차기간 : 2021.8.31.~2023.8.31.)에 따라 임차인이 거주하고 있었으므로 즉시 입주가 불가능하였으며, 이에 청구인은 서울특별시 영등포구 OOO(이하 “대체주택”이라 한다)를 임차하여 거주하였다.

대체주택의 임대차기간은 2021.9.30.(종전주택 매도일)~2023.9.29. 인바, 신규주택의 임대차기간 종료일(즉, 일시적 2주택 비과세 특례 적용기간 만료일)인 2023.8.31.과는 약 한 달의 격차가 존재하였다.

(나) 청구인은 2023.8.31. 당시 대체주택에 전입신고가 되어 있었고, 대체주택의 임차기간 만료 전에 신규주택으로 전입을 하게 되면 대체주택 보증금 관련 대항력 및 우선변제권을 상실하기 때문에 즉시 신규주택으로 전입신고를 할 수 없는 상황이었다.

신규주택의 임대차계약이 종료되는 시점에 대체주택의 임차인을 구하려고 노력하였으나, 대체주택의 보증금을 반환받은 시점은 2023.9.21.이었고, 청구인은 당일 오후 6시 8분에 신규주택으로 전입신고를 하였다.

(다) 이처럼 청구인은 임대차계약이 탄력적으로 이루어지기 어려운 주택거래 현실에서 임차보증금에 대한 대항력 및 우선변제권을 확보하기 위해서 현실적으로 불가피하게 전입신고가 늦어졌고, 그 기간이 21일로 비교적 짧은 기간이며 보증금을 반환받은 즉시 신규주택의 전입신고가 이루어졌으므로, 이를 이유로 일시적 2주택 비과세 요건을 충족하지 못했다고 보는 것은 부당하다.

(2) 청구인은 전입신고와 관계없이 신규주택의 기존 임차인이 퇴거한 이후 보수공사를 거쳐 신규주택에 즉시 입주하였다(입주자카드에 기재된 입주일 : 2023.8.31.).

신규주택에는 임차인이 거주할 당시부터 곰팡이가 있었고, 노후 배관, 천장 꺼짐 등의 사유로 2023년 2월경 태어난 아이를 둔 청구인이 즉시 입주할 수 없었기에 청구인은 2023.8.31.부터 2023.9.15.까지 주택의 보수공사를 실시하였고, 보수공사가 완료된 2023.9.16. 신규주택에 입주하였다.

신규주택의 보수공사는 청구인 세대의 장기 거주를 위한 목적으로 이루어졌으므로, 실질적인 거주는 2023.8.31.부터 시작되었다고 보아야 한다.

(3) 쟁점규정에 따른 신규주택의 전입요건을 둔 취지는 실거주하지 아니하고 투기목적으로 주택을 구입할 경우에 1세대1주택 특례 적용을 배제하기 위한 것이고, 이러한 전입요건은 실거주목적으로 주택을 구입하였으나 다양한 사유로 전입신고가 기한 내에 이루어지기 어려운 사정 등이 있음에도 이를 일률적으로 규제함에 따라 선의의 피해자가 발생하여 2022.5.31. 폐지되었는바, 실거주 목적으로 신규주택을 취득하였음에도 불가피한 사유로 전입신고가 지체되었다는 이유로 비과세 적용을 배제하는 것은 부당하다.

(3) 조세심판원은 실거주목적으로 신규주택을 취득하는 것을 전제로 청구인과 동일한 불가피한 사유로 전입신고가 지체된 경우 일시적 2주택 비과세 규정을 적용하는 것이 타당하다고 판단하였다.

즉, 쟁점규정의 취지는 주택시장의 안정화를 위해 실거주목적이 아닌 투기거래에 대한 비과세 적용을 배제하기 위한 것에 있고, 주택거래 시장이 2년의 임대차기간을 기본으로 하고 있으므로 신규주택을 취득하더라도 기존 임차인이 있는 경우 대체주택을 임차하여 거주하여야 하는데, 대체주택의 임차계약이 신규주택의 기존 임차계약보다 더 길어져서 대체주택의 임차인을 확보하지 못하는 경우 계약기간 전에 보증금을 확보하기 어려운 현실을 감안하여 대체주택의 보증금을 반환받는 즉시 전입신고를 하는 등 실거주 목적임이 확인되는 경우에는 그 취지에 맞게 비과세 적용을 용인하는 것으로 보인다.

특히 조세심판원은 신규주택의 임차인이 퇴거한 시점에 즉시 전입신고가 가능하였음에도 불구하고 실거주목적의 인테리어 공사가 종료된 시점(임차인 퇴거 후 15일 이후)에 전입신고를 하였으나, 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 해당한다고 판단하였다(조심 2023서6773, 2023.9.13.).

나. 처분청 의견

(1) 쟁점규정은 신규주택 취득일 이후 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사를 하고, 「주민등록법」제16조에 따라 전입신고를 마쳐야 한다는 요건을 명시하고 있을 뿐 아니라, 대법원은 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다고 판시하고 있다.

(2) 「소득세법 시행령」제155조 제1항은 조정대상지역 내 부동산 시장의 과열을 막고, 시장 안정화를 위해 일시적 2주택자에 대한 비과세 요건을 강화하여 중복 보유 허용기간을 단축하였으나, 2022.5.31. 개정을 통해 전입요건을 삭제하여 납세자의 편의를 도모하였다.

(3) 쟁점규정에서 신규주택 전입요건을 두면서 예외사항을 규정하고 있지 않고, 「소득세법 시행규칙」제72조 제7항에 따르면, 세대원 중 일부가 제71조 제3항 각 호의 사유(취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 등)로 다른 시·군으로 주거를 이전한 경우를 부득이한 사유로 규정하고 있는데, 청구인은 이러한 경우에도 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 신규주택 취득 후 전입요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 종전주택에 대한 1세대 1주택 비과세 특례를 부인하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정된 것)

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

(2) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정된 것)

제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다]하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우. 다만, 신규 주택의 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있는 것이 임대차계약서 등 명백한 증명서류에 의해 확인되고 그 임대차기간이 끝나는 날이 신규 주택의 취득일부터 1년 후인 경우에는 다음 각 목의 기간을 전 소유자와 임차인간의 임대차계약 종료일까지로 하되, 신규 주택의 취득일부터 최대 2년을 한도로 하고, 신규 주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다.

가. 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하고 「주민등록법」제16조에 따라 전입신고를 마친 경우

나. 신규 주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

(3) 소득세법 시행규칙

제71조(1세대1주택의 범위) ③ 영 제154조 제1항 제1호 및 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유”란 세대의 구성원 중 일부(영 제154조 제1항 제1호의 경우를 말한다) 또는 세대전원(영 제154조 제1항 제3호의 경우를 말한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시(특별시, 광역시, 특별자치시 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조, 제72조 및 제75조의2에서 같다)ㆍ군으로 주거를 이전하는 경우(광역시지역 안에서 구지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 경우와 특별자치시, 「지방자치법」제7조 제2항에 따라 설치된 도농복합형태의 시지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조 제2항에 따라 설치된 행정시 안에서 동지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 경우를 포함한다. 이하 이 조, 제72조 및 제75조의2에서 같다)를 말한다.

1. 「초ㆍ중등교육법」에 따른 학교(초등학교 및 중학교를 제외한다) 및 「고등교육법」에 따른 학교에의 취학

2. 직장의 변경이나 전근등 근무상의 형편

3. 1년 이상의 치료나 요양을 필요로 하는 질병의 치료 또는 요양

4. 「학교폭력예방 및 대책에 관한 법률」에 따른 학교폭력으로 인한 전학(같은 법에 따른 학교폭력대책자치위원회가 피해학생에게 전학이 필요하다고 인정하는 경우에 한한다)

제72조(1세대1주택의 특례) ⑦ 영 제155조 제1항 제2호 가목, 제8항 및 제10항 제5호에서 “기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그밖에 부득이한 사유”란 세대의 구성원 중 일부(영 제155조 제1항 제2호 가목 및 제10항 제5호의 경우를 말한다) 또는 세대전원(영 제155조 제8항의 경우를 말한다)이 제71조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시ㆍ군으로 주거를 이전하는 경우를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제출한 매매계약서 등에 따르면, 청구인의 주택 취득·양도 현황은 아래 ＜표1＞와 같고, 청구인의 주민등록주소 변동 현황은 아래 ＜표2＞와 같이 확인된다.

＜표1＞ 청구인 주택 취득ㆍ양도ㆍ전입신고 현황

2019.7.11. 2021.8.31. 2021.9.30. 2023.8.31. 2023.9.22.

종전주택 신규주택 종전주택 신규주택 신규주택

(취득) (취득) (양도) (임대차종료일) (전입)

＜표2＞ 청구인 주민등록주소 변동현황

○○○

(2) 청구인이 제출한 부동산임대차계약서에 따르면, 청구인의 신규주택 취득 당시 임대차기간을 2021.8.31.~2023.8.31.(24개월)로 한 전세계약(보증금 OOO원)이 체결되어 있어 임차인이 존재하였던 것으로 나타나고, 청구인은 2021.8.5. 임대차기간을 2021.9.30.~2023.9.29.(24개월)로 한 대체주택 임대차계약(보증금 OOO원, 월차임 OOO원)을 체결한 것으로 확인된다.

(1) 청구인이 제출한 반환금영수증 등에 따르면, 청구인은 2023.9.21. 대체주택의 전세보증금 OOO원을 반환받은 것으로 나타나고, 같은 날을 전출일로 하여 대체주택의 관리비 등을 정산한 사실이 확인된다.

(3) 청구인은 2023.8.31.부터 2023.9.15.까지 신규주택의 인테리어 공사가 진행되었다고 주장하며 신규주택의 입주자카드(입주일자 : 2023.8.31.) 및 아래 ＜표3＞의 사진을 제출하였다.

＜표3＞ 신규주택 인테리어 공사 관련 증빙

○○○

(5) 신규(대체)주택으로의 전입요건을 규정한 「소득세법 시행령」 제155조 제1항과 관련한 정부 발표자료(관계부처 합동 주택시장 안정화 방안 2019.12.16., 2019년 세법 후속 시행령 개정 2020.1.6.)에 따르면, 주택시장 안정화를 위해 일시적 2주택자의 양도소득세 비과세를 적용함에 있어 신규(대체)주택 취득에 대한 전입요건 신설 및 종전주택 양도기간 단축을 규정한 것으로 보이는바, 발표자료 세부 내용은 아래 ＜표4＞ 및 ＜표5＞와 같다.

＜표4＞ 주택시장 안정화 방안(관계부처 합동, 2019.12.16.) 발표자료

(2) 실수요자 중심의 양도소득세 제도 보완

③ 조정대상지역 일시적 2주택자 전입요건 추가 및 중복보유 허용기한 단축

□ (현행) 조정대상지역 內 일시적 2주택자는 신규 주택 취득일부터 2년 이내 기존 주택 양도 시 1주택으로 보아 비과세 혜택

* 일반지역인 경우 일시적 2주택자 요건은 3년 이내 양도

□(개선) 신규 주택 취득일부터 1년 이내에 해당 주택으로 전입하고, 1년 이내에 기존 주택을 양도하는 경우에 한해 비과세 혜택

* 단, 신규 주택에 기존 임차인이 있는 경우 전입의무기간을 임대차계약 종료 시(최대 2년)까지 연장

□ (적용시기) 2019.12.17.(대책 발표일 다음날)부터 새로 취득하는 주택에 적용

ㅇ 대책발표 전 매매계약 체결 + 계약금 지불한 경우 종전규정 적용

＜표5＞ 2019년 세법 후속 시행령 개정 내용 보도자료

□조정대상지역 내 일시적 2주택 양도소득세 비과세 요건 강화(소득령 §155①)

현 행

개 정 안

종전 주택 양도시 1세대 1주택 양도소득세 비과세 요건

*1주택 소유 1세대가 종전주택을 양도하기 전에 신규 주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우

ㅇ (일반) 신규주택 취득 후 3년 이내에 종전주택 양도

□ 조정대상지역 내 일시적 2주택 전입요건 추가 및 중복보유 허용기한 단축

ㅇ (좌 동)

ㅇ (조정대상지역 내*) 2년 이내 종전 주택 양도

* 조정대상지역 내에 종전주택이 있는 상태에서 조정대상지역에 신규주택 취득 시

ㅇ 신규 주택 취득 후 1년 이내 전입 + 1년 이내 종전주택 양도

(신규 주택 취득일로부터 최대 2년을 한도로 하고, 신규 주택 취득일 이후 갱신된 계약은 인정되지 않음)

※ 「주택시장 안정화 방안」기 발표내용(2019.12.16.)

＜개정이유＞ 실수요 중심 주택 구입 유도 및 투기 수요 억제

＜적용시기＞ 2019.12.17. 이후 조정대상지역내 종전주택이 있는 상태에서 조정대상지역내 주택을 취득하는 분부터 적용

＜경과조치＞ 다음의 경우에는 종전규정 적용

(i) 2019.12.16. 이전 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리(분양권, 조합원입주권)를 취득한 경우

(ii) 2019.12.16. 이전 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리를 취득하기 위한 매매계약 체결+계약금 지급한 경우

(6) 한편, 위 「소득세법 시행령」제155조 제1항은 2022.5.31. 대통령령 제32654호 개정 시 신규(대체)주택으로의 전입요건을 삭제하였는바, 개정이유는 “비과세 요건을 완화하여 납세자 편의를 도모함”으로 확인된다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 1세대1주택 비과세 특례 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 이 건 양도소득세를 부과하였으나,

쟁점규정에서 주민등록 전입요건을 둔 것은 실거주하지 아니하고 투기목적으로 주택을 구입할 경우 1세대1주택 특례규정을 배제하기 위한 주택정책에 따른 것인바, 청구인의 경우 대체주택의 임차보증금을 반환받은 즉시 신규주택으로 주민등록 전입신고를 한 사실로 보아 실거주할 목적이 아닌 투기적 목적으로 신규주택을 취득하였다고 보기 어려운 점,

청구인이 신규주택을 취득하였을 당시에는 신규주택에 종전 소유자와 임대차계약(계약기간 : 2021.8.31.～2023.8.31.)을 체결한 임차인이 거주하고 있었으므로, 청구인은 2021.9.30. 종전주택을 양도한 후에도 신규주택으로 이사를 할 수 없어 OOO원의 보증금을 지급하고 임대차 계약기간을 2021.9.30.～2023.9.29.로 하여 대체주택에서 거주하고 있었는데, 만약 청구인이 종전주택의 임대차 계약기간이 남아 있던 2023.8.31. 신규주택에 주민등록 전입신고를 하게 되면 대체주택의 보증금 OOO원에 대하여 「주택임대차보호법」상 대항력을 유지할 수 없는 불합리한 상황에 놓이게 되는 점,

청구인은 종전 임차인의 임대차기간 종료일(2023.8.31.)에 신규주택 관리사무소에 입주신고를 하였고, 같은 날부터 인테리어 공사를 진행하였는바, 사실상 2023.8.31.부터 신규주택에 전입하였다고 볼 수 있어 보이는 점(조심 2023서7545, 2023.12.13., 같은 뜻임) 등에 비추어,

청구인은 어떠한 투기적 목적 없이 자신의 거주목적으로 신규주택을 취득하였고, 실제로 자신이 신규주택으로 전입할 수 있는 가장 빠른 날짜에 전입한 것으로 보이며, 청구인이 신규주택 임차인의 퇴거와 동시에 신규주택에 전입신고를 하지 못한 것은 전세보증금의 우선변제권 확보 등을 위한 불가피한 사정으로 인한 것으로 보인다.

따라서 처분청이 종전주택 양도에 대해 「소득세법 시행령」제155조 제1항 제2호의 요건을 충족하지 못하였다고 보아 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.