이유
1. 처분개요
가. 청구인은 2021.4.29. 전라남도 OOO 소재 건물 897.84㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)와 부수토지 572㎡(이하 “쟁점토지”라 하고, 쟁점건물과 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO원(쟁점건물 OOO원, 쟁점토지 OOO원)에 취득하여 민간 어린이집(이하 “A”이라 한다)을 운영해 온 사업자이다.
나. 청구인은 전라남도 OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 국공립 어린이집 확충사업(민간매입) 정책에 따라 A의 소유권을 이전하고, 그 대가로 지장물 보상금 OOO원과 국공립 어린이집으로 전환된 ‘A’의 20년간 운영권을 부여받기로 협의하였으며, 이에 따라 2023.7.7. 기부채납을 원인으로 쟁점토지의 소유권을 OOO으로 이전하고, 공공용지의 협의 취득을 원인으로 쟁점건물의 소유권을 OOO으로 이전한 후, 2023.9.20. 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.
다. 처분청은 2025.3.10.∼2025.3.29. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 기부채납으로 소유권이 이전된 쟁점토지의 취득가액을 필요경비로 인정할 수 없다고 보아 이를 필요경비에서 제외하는 등 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원 산정한 후, 2025.4.21. 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 경정·고지하였다.
라. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.28. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
기부채납은 형식에 불과하고, 청구인은 쟁점부동산을 일괄 양도하고 수탁운영권을 부여받았으므로, 실질적인 청구인의 경제적 이익 및 쟁점토지의 취득가액이 쟁점건물 양도에 필수적인 필요경비인 것 등을 감안하면 쟁점토지의 취득가액을 필요경비로 인정하여야 한다.
(1) 청구인은 정부의 국공립어린이집 전환 정책에 따라 A 운영에 필요한 권리 일체를 OOO에 양도하고 그 대가로 보상금과 수탁운영권을 받았으므로, 쟁점토지의 기부채납이라는 형식에도 불구하고 이는 일괄 양도로 보는 것이 실질에 부합한다.
(가) 청구인은 OOO이 시행하는 국공립어린이집 확충 사업에 의하여 운영하던 A 일체(토지, 건물, 비품 및 장비, 지장물, 영업권)를 OOO에게 양도하였고, 그 대가로 보상금 OOO원과 A 운영권을 받았다.
(나) OOO은 「영유아보육법」 제12조에 따라 공립어린이집을 설치 운영하여야 할 의무를 부담하고 있어 공립어린이집을 설치하고자 청구인으로부터 A의 시설 및 영업권 일체를 양수하면서 보건복지부의 지침에 따라 토지는 기부채납 형식으로, 다른 모든 시설 및 재산은 공익사업협의취득에 의하여 양수하였다.
(다) 쟁점토지가 기부채납의 형식으로 이전된 것은 청구인의 자발적 선택이 아니라 위 법령과 정책에 따른 불가피한 결과였다. 청구인에게는 양도 형식을 선택할 권한이 전혀 없었고, 만약 선택할 수 있었다면 일부 토지만 기부채납하고 나머지 토지와 건물, 비품, 시설, 영업권 등은 별도의 양도 절차를 거쳤을 것이다. 그러나 국가 정책에 따라 쟁점토지 전체가 기부채납 형식으로 이전될 수밖에 없었다. 그럼에도 불구하고 쟁점토지가 기부채납되었다는 형식만을 근거로 일괄 양도를 부정하는 것은 부당하다.
(라) 「소득세법」 제88조 제1호는 “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말하는바, 비록 청구인이 쟁점토지에 관하여 기부채납의 형식을 취하고 있긴 하나 이는 명칭이나 등기에도 관계없이 A의 모든 재산을 유상 양도한 것이므로, 쟁점토지 역시 기부채납이란 명칭에도 불구하고 양도로 보고 과세하는 것이 실질과세의 원칙에 부합한다.
(2) 청구인이 A을 양도하면서 얻은 경제적 이익이 OOO원(OOO)에 불과하므로, 처분청이 건물 양도가액 OOO원에서 건물 취득가액만을 공제하여 과세하는 것은 조세형평의 원칙에 반한다.
(가) 운영권의 경우 수탁계약이 종료하는 때에는 청구인이 제3자에게 운영권을 매각하거나 양도할 수 없다. 더 나아가 운영권이 종료하는 경우 청구인은 운영권에 따른 시설이나 잔액을 모두 OOO에 반납하여야 한다. 따라서 청구인이 취득한 운영권은 운영 당시는 물론, 운영권의 종료 후에도 청구인이 얻을 수 있는 경제적 가치는 전혀 없다.
(나) 청구인은 OOO에서 운영하는 공립어린이집의 수탁자 겸 원장으로 소속하여 근무하면서 원장의 직무를 수행하여 이에 해당하는 근로를 제공하고, 이에 따른 근로소득을 얻는다. 그러나 위와 같은 근로소득은 청구인의 근로에 대한 대가이지, 위·수탁계약의 체결에 따른 대가라고 할 수 없다.
(다) 청구인은 A의 모든 시설 및 권리를 OOO에 양도하면서 건물가격에 상응하는 OOO원 이외에 취득한 경제적 대가는 전혀 없는 것이므로, 청구인이 운영하던 A의 모든 권리를 OOO에 넘기면서 받은 경제적인 대가로 수령한 금액은 OOO원이 전부라고 할 것이다. 따라서 이를 기초로 하여 쟁점부동산의 취득가액 OOO원과 청구인이 A을 OOO에 양도함으로써 얻은 경제적 이익의 합계액인 OOO원의 차액을 기초로 양도소득금액의 존부를 판단하여야 할 것이다.
(3) 쟁점토지의 기부채납은 단순 증여가 아닌 부담부 증여, 즉 양도에 해당한다.
(가) 처분청은 운영권에는 경제적 가치가 없어 대가라고 볼 수 없다고 주장하나, 「영유아보육법」과 당시 정부의 보육정책에 따라 토지를 기부채납한 자에게 운영권을 부여하도록 되어 있었던 이상, 청구인이 기부채납의 대가로 운영권을 받은 것은 명백하다.
앞서 언급한 바와 같이 운영권 자체만으로는 직접적인 경제적 이익이 발생하지 않을 수 있으나, 청구인은 민간어린이집을 운영해온 교사이자 원장으로서 20년간 국공립어린이집 운영권을 취득함으로써 원장으로 재직할 권리를 보장받았고, 이에 따라 20년 동안 급여를 받을 수 있는 실질적인 경제적 이득을 확보하였다. 따라서 운영권이 전혀 경제적 이익이 없는 권리라고 할 수는 없다. 물론 청구인이 수탁운영기간 동안 받는 급여는 청구인의 노동에 대한 보수이지 토지 자체의 대가로 직접 환산할 수는 없다. 그러나 운영권을 기부채납과 대가관계에 있는 권리로 보아야 함은 분명하다.
결국 청구인은 토지를 기부채납하고, OOO으로부터 20년간 국공립어린이집 운영권을 부여받음으로써 보상금 외에도 안정적인 운영권을 대가로 취득한 것이다.
(나) 기부채납은 일반적으로 지방자치단체가 무상으로 재산을 귀속받는 「민법」상 증여에 해당한다(「공유재산법」 제2조 제3호, 「민법」 제554조). 그러나 「소득세법」 제88조 제1호 후단은 부담부 증여 시 수증자가 부담하는 채무 상당액은 양도로 본다고 규정하고 있다. 이 건에 있어 OOO은 쟁점토지를 기부채납 받는 대신 청구인에게 20년간의 수탁운영권을 부여할 의무를 부담하였으므로, 이는 부담부증여에 해당한다. 따라서 청구인이 쟁점토지를 기부채납하고 운영권을 취득한 행위는 「소득세법」상 단순 증여가 아니라 부담부증여, 즉 양도로 보아야 한다.
(4) 쟁점토지의 기부채납에 따른 양도차손은 공제되어야 한다.
(가) 과세기간 내에 부동산 양도에 따라 양도차손이 발생한 경우 「소득세법」 제102조 제1항 제1호의 재산에 따른 소득에서 이를 공제하여야 한다.
(나) 청구인은 A을 운영할 권리를 대가로 쟁점토지를 기부채납하였으므로 이는 양도로 보아야 할 것인바, 운영권의 가액을 살펴 과세하여야 한다. 그러나 운영권은 앞서 언급한 바와 같이 경제적 이득은 존재하지 아니하므로, 쟁점토지의 기부채납에 따른 양도차손은 양도소득에서 공제되어야 한다.
(5) 청구인은 쟁점부동산을 오로지 어린이집의 경영을 위하여 매입하였으므로 어린이집의 운영에 필요한 취득가액은 필요경비로써 공제되어야 한다.
(가) 민간어린이집을 운영하여야 하는 경우 어린이집의 정원 영유아 1인당 3.5㎡의 놀이터 부지가 필요하고, A은 정원이 OOO명으로 336㎡(96명×3.5㎡)는 어린이집운영을 위하여 반드시 필요한 면적이다. 또한 쟁점건물의 건축면적에 해당하는 309.14㎡는 A 건물이 위치하기 위하여 반드시 필요한 부분이며, 옥외주차장 면적으로 46㎡를 확보하여야 한다. 따라서 필수적으로 필요한 부지의 면적은 놀이터시설부지 336㎡, 건물 바닥면적 309.14㎡, 옥외주차장 면적 46㎡, 합계 691.14㎡에 이르는 것이어서, 쟁점토지 면적 572㎡를 초과한다.
위와 같이 「영유아보육법」상 정원 OOO명의 보육 정원을 충족하기 위해서는 놀이터, 주차장, 건축부지 등 일정한 면적의 토지를 반드시 확보해야 했으며, 실제로 청구인은 이 요건을 충족하기 위해 쟁점토지를 취득하였다. 따라서 쟁점토지는 쟁점건물과 불가분의 관계에 있는 운영 필수 자산으로서, 그 취득가액은 쟁점건물 양도의 필요경비로 당연히 공제되어야 한다.
(나) 「소득세법 시행규칙」 제79조 제1항이 규정하는 취지는, 개인의 편익을 위한 지출이라 하더라도 법령에 따라 강제되거나 공익적 목적을 지니는 경우에는 필요경비로 인정하겠다는 데 있다. 예컨대 같은 항 제1호의 하천법·댐건설법 등에 따른 수익자부담금, 제3호와 제4호의 도로 신설비용 및 도로 무상공여에 따른 가액, 제5호의 사방사업 비용은 모두 공익적 목적을 위해 개인이 부담한 비용으로서 필요경비로 공제된다. 이와 같은 규정의 연장선상에서 제6호는 제1호 내지 제5호와 유사한 비용, 즉 공익적 사업을 위해 지출한 비용 역시 필요경비로 인정하도록 한 것이다.
한편, 교육 및 보육시설은 국가나 지방자치단체가 운영하여야 하는 공익적 사업에 해당한다. 따라서 청구인이 어린이집 설치·운영을 위하여 지출한 쟁점토지 취득비용은 공익적 목적의 비용으로서 「소득세법 시행규칙」 제79조 제1항 제6호의 “유사한 비용”에 해당하므로, 쟁점건물 양도 시 필요경비로 공제되어야 한다.
나. 처분청 의견
기부채납된 쟁점토지는 거래의 실질이 유상 양도가 아닌 청구인의 승낙에 의해 OOO에 무상으로 증여된 것이고, 쟁점토지의 취득가액은 법령에 열거된 필요경비 항목에 해당하지 아니하여 필요경비로 인정할 수 없다.
(1) 「소득세법」 제88조 양도의 정의에는 ‘자산을 유상으로 사실상 이전한 경우’에만 양도로 명확하게 규정하고 있다. 청구인은 2023.7.7.에 쟁점토지에 대한 기부채납서를 OOO에 제출하였고, 이에 근거하여 OOO은 등기원인을 ‘기부채납’으로 하여 소유권이전등기를 하였다.
(2) 청구인은 쟁점토지의 기부채납이 무상 양도가 아닌 어린이집 운영권(20년)을 대가로 받았으므로 유상양도에 해당하고, OOO과의 거래의 실질은 ‘토지와 건물’의 일괄 양도에 해당한다고 주장하나, 2023.6.29. OOO이 청구인에게 발송한 공문에 첨부된 ‘보상금 사정조서’에는 토지와 지장물에 대한 보상액이 명확히 구분되어 있고, 쟁점토지는 별도 보상없이 기부채납되었으며, 건물에 대한 보상만 이뤄진 것으로 확인되므로 쟁점토지는 양도가 아닌 증여를 한 것이다.
(3)「소득세법 시행규칙」 제79조 제1항 제4호의 규정에 따르면 토지의 이용편의를 위하여 당해 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여하여 양도하는 경우의 그 도로로 된 토지의 취득가액은 자본적지출액 등으로서 양도자산의 필요경비에 해당하는 것이나, 청구인 사례의 경우 “토지의 이용편의를 위하여 당해 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여하여 양도하는 경우”가 아닌 것으로 파악되고, 해당 경우 기부채납된 토지의 취득가액은 양도자산의 필요경비에 포함되지 않는 것으로 판단된다.
(4) 청구인이 쟁점토지 기부채납의 대가로 운영권을 받았다고 주장하나 이는 ‘위수탁 계약서’의 내용 검토결과 대가로 볼 수 없다. 청구인이 제출한 ‘OOO 국공립 어린이집 사무 위·수탁 계약서’에는 수탁자(청구인)는 어린이집의 국공립 전환에 따라 수익을 개인적으로 취할 수 없고, 운영권은 양도·매매·처분이 불가하며, 계약종료시 시설과 잔여재산은 반환 의무가 있는 점등으로 판단할 때 경제적 가치가 인정될 수 없어 대가 관계가 없다고 판단된다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
국공립어린이집 전환을 위하여 지방자치단체에 기부채납한 쟁점토지의 취득가액을 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 등
(1) 소득세법
제88조 【정의】이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.
제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.
가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
(2) 소득세법 시행령
제163조【양도자산의 필요경비】③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액
2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액
2의2.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.
3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)
3의2.「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)
3의3.「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)
4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것
(3) 소득세법 시행규칙
제79조【양도자산의 필요경비 계산 등】① 영 제163조 제3항 제4호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.
1.「하천법」·「댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률」그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용
2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용
3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비
4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액
5. 사방사업에 소요된 비용
6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용
다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점부동산의 양도와 관련된 자료는 다음과 같다.
(가) 청구인과 OOO이 작성한 ‘공익사업보상협의·매매계약체결·보상금 청구’에 기재된 재산 보상 내역 및 협의내용은 아래와 같다.
＜공익사업보상 협의·매매계약체결·보상금 청구＞
○○○
(나) 청구인은 OOO과 ‘OOO 국공립어린이집 사무 위·수탁 계약’을 체결하고, A의 20년간의 수탁운영권을 부여받기로 하였다.
＜국공립 어린이집 위·수탁 계약서＞
○○○
(다) 보상금 사정조서의 내용은 아래와 같고, 해당 금액은 공익사업을 위한 토지 등이 취득 및 보상에 관한 법규의 규정에 의한 감정평가한 금액을 기준으로 산술평균 산정한 금액인 것으로 나타나나, 감정평가의 세부내역은 제출되지 아니하였다.
＜보상금 사정조서＞
○○○
비품의 감정가액은 별도 감정을 진행하였다고 기재되어 있고, 제출된 감정평가표(작성일 : 2023.7.30. 기준일 : 2023.6.20.)에 따르면 컴퓨터, 책상 등 155종의 동산은 별도로 OOO원으로 평가된 것으로 나타난다.
(라) 청구인은 2023.7.7. 기부채납을 원인으로 쟁점토지의 소유권을 OOO으로 이전하였고, 공공용지의 협의 취득을 원인으로 쟁점건물의 소유권을 OOO군청으로 이전하였다.
(2) 처분청은 ① 기부채납으로 소유권이 이전된 쟁점토지의 취득가액을 필요경비로 인정할 수 없다고 보아 이를 필요경비에서 제외하고, 그 외 ② 양도가액에서 비품의 가액 OOO원 상당을 차감하였으며, ③ 취득시 건물과 토지의 가액을 임의로 산정한 것으로 보아 기준시가(감정가액)에 비례하여 안분한 가액으로 건물의 취득가액을 OOO원으로 증액하여, 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원 산정한 후, 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 경정·고지하였다.
＜표1＞ 청구인의 양도소득세 신고 및 처분청의 경정내역
○○○
(3) 제시된 자료에 따르면 청구인이 쟁점부동산을 취득한 시점을 전후로 감정평가된 가액은 아래 ＜표2＞ 와 같다.
＜표2＞ 쟁점부동산의 감정평가금액
○○○
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지의 기부채납은 형식에 불과하고, 실제로는 쟁점부동산을 일괄 양도하고 수탁운영권을 부여받았으므로, 쟁점토지의 취득가액을 쟁점건물 양도에 필수적인 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 보상협의요청 공문에 첨부된 사정조서 및 쟁점부동산의 감정가액 등에 의하면, 공익사업 편입재산 보상대상인 쟁점건물의 양도가액(지장물 보상가액)에 쟁점토지의 가액이 포함되어 있지 않은 것으로 보이는 점, 쟁점토지는 기부채납된 것으로, 수탁운영권으로부터 발생하는 경제적 대가관계가 입증되지 아니하여 유상양도라고 단정하기 어려우며, 이 경우 쟁점토지의 취득가액을 차감하지 않는 것이 실제 양도손익에 부합해 보이는 점, 쟁점토지 취득비용이 「소득세법 시행규칙」 제79조 제1항에 열거된 필요경비이거나 그와 유사한 비용으로 보기도 어려운 점(조심 2024광4275, 2024.12.5., 같은 뜻임) 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.