이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2014.7.31. 서울특별시 광진구 OOO(전용면적 84.93㎡, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 매매(OOO원)로 취득하여 거주하다가 2021.4.8. 양도(OOO원)하였고, 2021.5.5. 「소득세법」 제89조 등에 따라 처분청에 1세대 1주택 양도에 따른 비과세 양도소득세 신고서를 제출하였다.

나. 성동세무서장은 청구인의 위 비과세 양도소득세 신고서를 검토하는 과정에서 청구인이 쟁점아파트를 양도하기 전인 2021.3.9. 서울특별시 강동구 OOO를 취득(OOO원, 이하 “신규주택”이라 한다)한 후, 쟁점아파트를 양도하였다는 사유로 일시적 2주택자의 양도소득세 비과세 적용에 관한 ‘사후관리대상자’로 선정하였다.

다. 성동세무서장은 2024년 11월경 일시적 2주택자의 양도소득세 비과세 ‘사후관리대상자’의 비과세 요건 충족 여부를 검토하던 중에 청구인이 1년 이내 신규주택으로의 이사·전입요건을 충족하지 못한 사실을 확인하여 청구인에게 쟁점아파트 양도에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세가 부인된다는 사실을 안내하자, 청구인은 2024.12.19. 쟁점아파트 양도일(2021.4.8.)을 중도금 일자(2021.1.29.)로 수정하여 쟁점아파트 양도일 현재 일시적 2주택자가 아니라는 취지의 양도소득세 수정신고를 하였다.

라. 성동세무서장은 청구인의 위 양도소득세 수정신고 내용을 검토한 결과, 중도금 일자를 쟁점아파트의 양도일로 볼 수 없고, 청구인은 일시적 2주택자로서 양도소득세 비과세 요건을 충족하지 못한 것으로 보아, 비과세 신고를 부인하는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2025.3.11. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2025.4.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점아파트 매매대금 OOO원 중 OOO원을 전세금으로 대체하기로 약정하였으므로 쟁점아파트 매매의 사실상 잔금일은 중도금 수취일인 2021.1.29.이다.

(가) 청구인은 쟁점아파트의 취득일인 2014.7.31. 이후 2014.9.3.부터 양도시점을 포함하여 2025.1.6.까지 계속 거주하였고, 전세계약 시 전세금을 수수한 사실이 없으며, 당초 쟁점아파트 매매계약 시 청구인이 양도 후에도 전세로 계속 거주하는 것을 조건으로 매매한 것으로서 전세보증금 OOO원은 계약 당시에 이미 약정된 것이다. 전세보증금을 제외한 OOO원은 계약금 OOO원, 중도금 OOO원을 금융거래로 수취하였다.

(나) 청구인은 최종 중도금 수취일인 2021.1.29. 전세계약서를 작성하고자 하였으나, 매수인의 등기지연으로 인하여 전세계약서 확정일자를 받을 수 없어 매수인이 요청한 등기 날짜인 2021.4.8.로 전세계약서가 작성되었다.

(다) 쟁점아파트의 매도자금으로 2021.3.9. 신규주택을 OOO원에 취득하였는데, 해당 주택에 1년 이내 전입해야만 쟁점아파트 양도가 1세대 1주택 비과세 혜택을 적용받는 것이라면, 청구인은 쟁점아파트의 잔금을 전세금으로 대체하는 전세계약서의 작성일을 당연히 신규주택의 잔금일보다 앞당겨 작성하여 쟁점아파트 양도 당시에는 완전한 1세대 1주택 소유자로 하였을 것임은 너무나도 당연하다.

(라) 청구인은 당초 양도소득세 예정신고 시 잔금일을 잘못 신고한 것으로 판단하여 잔금일을 2021.1.29.로 정정한 양도소득세 수정신고서를 2024.12.19. 성동세무서장에게 제출한 사실이 있다.

(2) 청구인은 쟁점아파트 양도 당시에 다른 곳에서 거주하다가 쟁점아파트에 전세 거주 조건으로 이사 온 것이 아니며, 또한 잔금으로 대체된 전세금을 수수한 사실 없이 전세계약서가 작성된 것으로서 쟁점아파트의 사실상 잔금일은 매수자로부터의 최종 중도금 수취일인 2021.1.29.로 볼 것이므로 쟁점아파트 양도 당시에는 신규주택 취득전으로 양도소득세 예정신고 시 제출된 매매계약서에 근거하여 신규주택으로 1년 이내 전입을 하지 않은 사유로 처분된 이 건 부과처분은 「국세기본법」 제14조의 실질과세 원칙에 따라 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「소득세법」 제98조를 보면, 자산의 양도차익을 계산할 때, 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고 있다. 청구인의 경우 실제로 중도금은 계약된 날짜에 정확히 수령하였고, 잔금일에 임대차계약서를 작성하면서 실제로 전세금(임대보증금)을 주고받는 행위는 없었지만 주고받은 것으로 간주되므로 2021.4.8.에 실제 잔금을 지급한 것과 그 실질이 다르지 않다.

또한 원래 임차인이 있거나 근저당이 설정된 부동산은 권리관계가 이미 성립되어 있는 부동산으로 그 권리가 계약일에도 이전(승계)될 수 있지만, 청구인의 경우는 임차인으로 거주한 것이 아니라 소유자로서 거주하고 있었기 때문에 전세보증금이 중도금 수취 당시에는 발생되지 않았으므로 계약일이나 중도금 수취일자에 전세보증금을 주고받을 수 없다는 것은 당연한 일이다. 그러므로 잔금일(2021.4.8.)에 매매계약이 완료되고, 전세계약을 함으로써 전세보증금이 발생하여 비로소 잔금이 지급되었으며, 잔금이 지급된 날이 「소득세법」 제98조에 따른 대금을 청산한 날이다.

(2) 쟁점아파트의 양수인들은 쟁점아파트를 2025.1.7. 매도하였는데, 쟁점아파트의 취득일을 2021.4.9.로 하여 양도소득세 신고를 완료하였다. 쟁점아파트의 양수인들 뿐만 아니라 이러한 계약으로 양도·양수가 이루어진 경우 계약 내용에 따라 취득일과 양도일을 판단하여 각종 신고를 하였을 것이고, 만약 청구인의 주장대로라면 계약서에 따라 양도소득세 신고를 한 사람들은 모두 중도금 수취일이 양도일자가 되어 양도소득세 신고기한 내에 신고를 하지 않은 문제가 발생하게 된다. 또한, 보유기간 산정 시 양도일이 앞당겨 지면서 보유기간 2년을 못 채워서 비과세가 부인될 수도 있다. 그러므로 동일한 내용에 대하여 청구인만 다르게 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점아파트의 실제 양도일은 중도금 수령일이라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(2) 소득세법 시행령(2022.5.31. 대통령령 제32654호로 일부개정되기 전의 것)

제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다]하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우. 다만, 신규 주택의 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있는 것이 임대차계약서 등 명백한 증명서류에 의해 확인되고 그 임대차기간이 끝나는 날이 신규 주택의 취득일부터 1년 후인 경우에는 다음 각 목의 기간을 전 소유자와 임차인간의 임대차계약 종료일까지로 하되, 신규 주택의 취득일부터 최대 2년을 한도로 하고, 신규 주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다.

가. 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하고 「주민등록법」 제16조에 따라 전입신고를 마친 경우

나. 신규 주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제출한 쟁점아파트 매매계약서 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구인은 2014.7.31. 쟁점아파트를 취득하였고, 2021.3.9. 신규주택을 취득한 후, 2021.4.9.(등기사항 전부증명서) 쟁점아파트를 양도하였다.

(나) 청구인의 쟁점아파트 양도 경과는 아래 ＜표1＞과 같고, 쟁점아파트 매매계약서 세부내용은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표1＞ 쟁점아파트 양도 경과

2021.1.7.

2021.1.29.

2021.3.9.

2021.4.8.

2021.4.9.

* 계약금

수취일

* 중도금

수취일

* 신규주택

취득일

* 잔금일

* 소유권이전

등기접수일

* 전세계약일

* 확정일자

＜표2＞ 쟁점아파트 매매계약서 등

ㅇㅇㅇ

(다) 청구인은 2021.3.9. 신규주택을 취득하였는데, 2021년 3월 현재 주택보유 현황은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 청구인의 주택보유 현황(2021년 3월 현재)

ㅇㅇㅇ

(라) 청구인의 주민등록사항 및 확정일자 신청 내용을 보면, 청구인은 2014.9.3. 쟁점아파트에 전입을 신고하였고, 2021.4.9. 쟁점아파트 양도 후, 주소 변동없이 2025.1.6.까지 거주하였으며, 2025.1.7. 서울특별시 강동구 OOO로 전입한 사실이 나타나는데, 세부내용은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 청구인의 주민등록사항 등

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(마) 한편, 청구인으로부터 쟁점아파트를 취득한 정문기(지분 2분의 1)는 2025.1.7. 동 아파트를 양도하였고, 2025.3.7. 양도소득세 신고 시 쟁점아파트 취득일을 2021.4.9.로 신고하였는바, 세부내용은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 쟁점아파트 양수인의 양도소득세 신고내용 등

ㅇㅇㅇ

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점아파트 매매대금을 사실상 중도금 수령일(2021.1.29.)에 모두 수령하여 그 날을 양도시기로 보아야 하므로 쟁점아파트 양도일 현재 1세대 1주택 보유자에 해당한다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하고(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결, 같은 뜻임), 「소득세법」 제98조는 취득시기를 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고 있으며, 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제2호는 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일을 취득시기로 규정하고 있다.

이 건에서 쟁점아파트의 매매계약서를 보면, 잔금일은 2021.4.8.로 기재되어 있고, 특약사항에는 ‘매도인(청구인)이 잔금일로부터 2년간 전세금 OOO원에 살기로 하며 잔금을 전세금으로 대체하고, 전세계약서는 잔금일에 작성하기로 한다’라고 기재되어 있으며, 실제 전세계약 체결일도 2021.4.8.로 확인되므로 중도금 수령일을 잔금일로 보기는 어려운 점, 청구인의 확정일자 신청내역을 보면, 쟁점아파트의 전세계약일은 2021.4.8.로 확인되는데, 임대차 관계에 있어서 청구인은 이 날에 비로소 쟁점아파트의 소유자가 아닌 임차인의 지위에 있었다고 할 수 있는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인의 쟁점아파트 양도에 대해 신규주택으로의 전입신고 요건 등을 미충족한 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 특례 적용을 부인한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.