이유
1. 처분 개요

가. 청구법인은 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다)에 따라 부산광역시 부산진구 OOO일대를 재개발하기 위해 설립된 주택재개발정비사업조합으로서 아래 ＜표1＞과 같이 정비사업을 추진하였으며, 2019사업연도에 지출한 조합원 이주비에 대한 이자비용 대납액(이하 “쟁점이자대납액”이라 한다)을 법인세 신고 시 손금불산입하고 기타처분하여 2019사업연도 법인세를 신고하였다.

＜표1＞ 청구법인의 정비사업 추진 현황

나. 처분청은 2023.7.5.∼8.29.까지 청구법인의 2019∼2022사업년도 법인세 통합조사를 실시하면서 당초 “기타”로 소득처분하였던 쟁점이자대납액 OOO원을 “배당”으로 소득처분하여 2019사업연도 법인세를 경정하였고, 청구법인은 쟁점이자대납액은 정비사업 진행에 필수적으로 발생하는 비용으로 공통손금에 해당하므로, 쟁점이자대납액을 수익사업과 비수익사업으로 안분하여 수익사업분에 대해 손금에 산입하여 달라는 취지로 2025.3.17. 경정청구 하였으나, 처분청은 ‘쟁점이자대납액은 조합원들이 직접 부담하여야 할 비용으로서 수익사업의 손금에 해당하지 않는다’는 이유로 2025.6.23. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 정비사업은 종전의 건축물을 철거하고 그 대지 위에 새로운 건축물을 신축하여 분양하는 사업으로서, 정비사업의 원활한 추진을 위해서는 무엇보다도 해당 조합이 설정한 이주 기간 이내에 조합원들이 이주를 빠르게 진행하는 것이 매우 중요하다.

상기 이유로 정비사업조합은 조합원들의 조기 이주를 장려하기 위해 금융기관으로부터 이주에 필요한 자금 중 이주비를 대출받도록 알선하고, 쟁점이자대납액은 정비사업비로 편성하여 금융기관에 납부하고 있다.

(2) 쟁점이자대납액은 정비사업 진행에 필수적인 비용으로서 조세심판원에서도 이러한 점을 인정하여 “정비조합이 이자비용을 납부하고 조합원에 대한 대여금으로 회계처리하는 경우라도 정비사업에 따른 건축물을 취득하기 위하여 지출된 비용으로 보아야 한다”고 결정한 바, 정비사업조합이 정비사업비로 부담한 그 금융비용은 전체 재건축사업의 공통손금에 해당한다(서울행정법원 2023.9.15. 선고 2023구합51205 판결 참조).

나. 처분청 의견

청구법인이 조합원을 대신하여 사업비에서 지출한 쟁점이자대납액은 조합원 또는 세입자들의 대체 주거에 필요한 자금을 금융회사로부터 대출받은 후에 발생한 이자를 조합원들이 아닌 청구법인이 대납한 것으로, 만약 청구법인이 대납하지 않더라도 주거가 반드시 필요한 조합원들로서는 스스로 부담할 수밖에 없으며 이주비 대출은 조합원들이 필요에 의해 선택적으로 진행하는 것으로써, 쟁점이자대납액이 청구법인의 일반분양(수익사업)을 진행하는데 반드시 필요한 지출이라고 인정하기는 어렵다.

재건축·재개발사업에서 조합의 개별 여건 등에 따라 이주비 대출이자를 조합원들이 직접 부담하기도 하고, 시공사 등이 부담하기도 하는 등 이자를 부담한 주체가 다양한데 이 건과 같이 조합이 대신 부담해 준 경우만 공통손금으로 인정하기는 어렵다.

다수의 심판례(조심 2022부5068, 2023.3.21. 외) 및 국세청 유권해석(기준-2019-법령해석법인-485, 2019.10.17.)에서도 쟁점이자대납액을 조합원이 직접 부담해야 하는 비용이므로 수익사업의 손금에 해당하지 않고, 그 중 수익사업 부분 상당액은 조합원의 배당소득에 해당한다고 일관되게 해석하고 있다.

청구법인이 제시한 서울행정법원 판결(2023.9.15. 선고 2023구합51205 판결)에서 쟁점이자대납액을 공통손금으로 인정하였으나, 상급심인 서울고등법원 판결(2025.7.23. 선고 2023누63170 판결)에서는 이주비 대출이자는 비수익사업의 개별손금에 해당한다고 봄이 타당하고, 이를 비수익사업과 수익사업의 공통손금에 해당한다고 볼 수 없다고 판시한바 있어 청구주장의 근거가 될 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 조합원의 이주비 지원을 위한 쟁점이자대납액이 주택재개발사업의 공통손금에 해당한다고 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구법인은 「법인세법」상 비영리법인으로서 「조세특례제한법」 제104조의 4에 따라 조합원 분양과 관련된 수익은 비수익사업으로, 일반 분양분의 소득은 수익사업으로 하여 아래 ＜표2＞와 같이 그 수익사업에 대한 2019사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

＜표2＞ 2019사업연도 당초 법인세 신고(쟁점이자대납액 관련)

(단위: 원)

(나) 처분청은 2023.7.5.∼8.29.까지 청구법인에 대한 2019∼2022사업년도 법인세 통합조사를 실시하면서, 당초 “기타”로 소득처분하였던 쟁점이자대납액 OOO원을 “배당”으로 소득처분한 것을 포함하여 2019사업연도 법인세를 아래 ＜표3＞과 같이 경정하였다.

＜표3＞ 처분청의 2019사업연도 법인세 경정사항

(단위 : 원)

(다) 처분청의 법인세 통합조사종결보고서 및 보충조서에 의하면, 청구법인은 조합원 이주비 대출관려 이자비용 대납액에 대하여 손금불산입 후 기타로 소득처분하였으나, 각 조합원들에게 배당소득 처분하여야 하므로 배당 처분한다고 되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 정비사업의 원활한 추진을 위하여 조합원들의 조기 이주를 장려하기 위한 것이므로 쟁점이자대납액은 전체 주택재개발정비사업의 공통손금에 해당한다고 주장하나,

「법인세법」제19조 제2항에서 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고 있는바, 쟁점이자대납액은 사업시행구역 안에 거주하고 있는 다수의 조합원들이 타 지역으로 이주하는 것을 지원하기 위해 금융기관과 연계하여 이주비를 무이자로 대여하면서 그에 따라 발생하는 대출이자를 청구법인이 대납한 것으로서, 이는 고유목적사업인 조합원에 대한 분양사업을 위한 지출에 해당하고, 그 행위 자체가 수익성을 가진 것이라거나 수익을 목적으로 한 것이라고 보기 어려운 점(서울고등법원 2024.4.24. 선고 2023누35359 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 쟁점이자대납액을 납부하지 아니하더라도 정비사업을 수행함에 있어 장애가 되지 않는다 할 것이므로 명도를 위한 이주보상금과는 달리 청구법인의 수익사업(일반분양)과 관련하여 반드시 필요한 지출이라고 보기 어려운 점(조심 2022서2377, 2022.10.18. 외 다수, 같은 뜻임) 등에 비추어, 처분청이 쟁점이자대납액을 주택재개발정비사업의 공통손금에 해당하지 않은 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 법인세법

제3조(과세소득의 범위) ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2 제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(2) 법인세법 시행령

제156조(구분경리) ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제76조(비영리법인의 구분경리) ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.

(4) 조세특례제한법

제104조의7(정비사업조합에 대한 과세특례) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 이 조에서 "정비사업조합"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」제2조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다.

사업조합을 포함한다)

(5) 조세특례제한법 시행령

제104조의4(정비사업조합의 수익사업의 범위) 법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」제4조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다.

(6) 도시 및 주거환경정비법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

위하여 정비구역에서 정비기반시설을 정비하거나 주택 등 건축물을 개량 또는 건설하는 다음 각 목의 사업을 말한다.

나. 재개발사업

8. “사업시행자”란 정비사업을 시행하는 자를 말한다

제27조(재개발사업ㆍ재건축사업의 지정개발자) ④ 제1항 제3호에 따른 토지등소유자의 동의는 국토교통부령으로 정하는 동의서에 동의를 받는 방법으로 한다. 이 경우 동의서에는 다음 각 호의 사항이 모두 포함되어야 한다.

2. 건축물의 철거 및 새 건축물의 건설에 드는 공사비 등 정비사업에 드는 비용(이하 “정비사업비”라 한다)

제61조(임시거주시설ㆍ임시상가의 설치 등) ① 사업시행자는 주거환경개선사업 및 재개발사업의 시행으로 철거되는 주택의 소유자 또는 세입자에게 해당 정비구역 안과 밖에 위치한 임대주택 등의 시설에 임시로 거주하게 하거나 주택자금의 융자를 알선하는 등 임시거주에 상응하는 조치를 하여야 한다.

제92조(비용부담의 원칙) ① 정비사업비는 이 법 또는 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사업시행자가 부담한다.