이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.1.27. 경기도 평택시 OOO 외 6필지 토지 1,979.98㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득(증여)한 후, 「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제50조 제1항에 따라 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당한다는 사유로 2020.2.3. 취득세를 전액 감면하여 납부할 취득세가 없는 것으로 신고하였다.

나. 처분청은 2024.11.5. 청구법인이 이 건 토지를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 감면한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과ㆍ고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.1.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 토지 중 경기도 평택시 OOO 소재 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)는 청구법인이 2022년 12월부터 임시 예배건물로 진입하기 위한 도로 내지 통로로 사용하였으므로 쟁점토지에 대한 취득세 부과처분은 취소되어야 한다.

(가) 청구법인은 당초 경기도 평택시 OOO 소재 토지 지상에 교회 건물을 두고 있다가 OOO 승인이 이루어지면서 토지와 건물이 수용되었다.

청구법인은 2020.1.27. 교회를 이전ㆍ신축해야 하는 상황에서 우선, 2022.5.4. 경기도 평택시 OOO 지상에 임시 예배건물을 건축하기로 하는 건축공사계약을 체결하고, 2022.11.23. 임시 예배건물에 대한 사용승인을 받았다.

(나) 아래와 같이 쟁점토지는 임시 예배건물로의 출입을 위한 도로 부지로 사용되고 있는데, 특히 OOO는 임시 예배건물로 출입하기 위한 주요 통로로 사용되고 있는바, 쟁점토지는 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위해 취득한 부동산임이 명백하다.

＜쟁점토지 현황＞

○○○

＜쟁점토지 주변 지적도＞

○○○

＜임시예배건물 주변 사진＞

○○○

(2) 이 건 토지를 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 존재한다.

(가) 청구법인은 이 건 토지 지상에 새로운 교회를 신축하고자 하였으나, 토지보상금 지급이 당초 예정보다 10개월 가량 지연되어 교회건물 공사가 지연되었다.

1) 청구법인은 종교단체로서 교회 건물로 이전해야 했고, 교회 건물의 특수성으로 인해서 기존 교회 건물을 취득하기가 어려워 토지보상금으로 교회를 신축할 수밖에 없었다.

2) 한국농어촌공사는 청구법인에게 공지문을 통해 협의취득에 따른 계약 체결이 2020.9.15.∼2020.10.30. 기간 동안 이루어지고, 협의취득에 따른 계약이 체결되는 경우 그로부터 30일 내에 보상금이 지급될 것이라고 통보하였다.

3) 따라서 청구법인은 늦어도 2020.11.30.에는 토지수용보상금이 지급될 것으로 예상할 수밖에 없었고, 그에 맞춰 교회건물을 신축하려고 계획하였으나, 보상금의 액수에 대한 이견으로 토지수용위원회의 재결 절차를 거치는 등의 이유로 당초보다 약 10개월이 늦은 2021.9.28.에서야 보상금을 지급받았다.

4) 이와 같이 청구법인이 예측할 수 없었던 사유로 보상금 지급이 지연되었으므로 적어도 10개월간은 청구법인이 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 한다.

(나) 청구법인은 교회 신축 공사 과정에서의 시공사의 사기 행위로 인해서 공사가 지연되었다.

1) 청구법인은 쟁점토지 중 OOO에 교회 건물을 신축하기 위한 진지한 노력을 다하였으나, 시공사의 사기 행위로 인해 준공이 지연되었으므로 청구법인이 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 한다.

2) 청구법인은 당초 2022.5.4.부터 2023.5.31.까지 교회 건물의 공사를 완료하기로 시공사와 합의를 하였는데, 시공사는 2022년 11월경 건축업을 폐업하고 다른 업체로부터 공사대금을 가압류 당하는 등 공사를 지연시키다가 2023년 5월에는 공사를 중단하였다.

3) 만약 시공사의 사기 행위(신청인이 지급한 공사대금을 다른 용도로 전용하는 행위)가 없었더라면 교회 건물은 예정대로 2023.5.31.까지 완공될 수 있었을 것이고, 늦어도 2023.11.30.에는 사용승인을 받을 수 있었을 것이다.

(3) 「지방세특례제한법」 제73조 제1항은 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 대체할 부동산을 취득하였을 때 적용되는 규정이므로, 그 문언만으로 보면 이 건과 같이 보상금을 받기 전에 미리 대체할 토지를 증여받은 경우에는 적용되지 않으나,

위 규정의 취지는 국가의 개발 정책에 의해 강제로 이주를 해야 하는 부동산 소유자에 대하여, 그러한 강제 이주로 인해 불가피하게 새로이 취득하는 부동산에 대한 취득세는 감면하겠다는 것으로 이 건 또한 국토교통부의 서부내륙고속도로 건설 실시계획 승인에 따라 교회를 이주하게 되었으므로 취득세 감면이 적용되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점토지가 임시 예배건물에 출입하기 위한 도로부지로 사용되고 있으므로 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용된 것으로 보아야 한다고 주장하나,

비영리사업자가 당해 부동산을 “그 사업에 사용”한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, “그 사업에 사용”의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이며, 종교단체가 취득ㆍ등기하는 부동산이라 하더라도 취득세 등의 비과세 대상이 되는 것은 종교의식, 예배축전, 종교교육, 선교 등 종교목적으로 직접 사용되는 부동산에 한하는 것이고, 여기서, 종교목적에 직접 사용되는 부동산이라 함은 최소한의 종교의식 등을 할 수 있는 교회당 등 실내의 예배시설이 갖추어진 부동산을 뜻하는 것으로 보아야 하는바(조심 2012지460, 2012.9.28.),

도로는 일반인들의 자유로운 통행을 목적으로 개설되는 것이므로 쟁점토지가 청구법인의 교회로 진입하는 유일한 도로라 하더라도 이를 종교 행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위한 것이라기 보기 어려우므로 쟁점토지는 「지방세특례제한법」 제50조 제1항에 따른 감면대상에 해당하지 아니한다(조심 2024지501, 2024.6.17., 같은 뜻임).

(2) 청구법인은 이 건 토지를 취득한 이후 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하고 있으나,

‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 지방세 감면의 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득 목적에 비추어 고유 목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유 목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결 참조)인 바,

청구법인은 이 건 토지를 취득할 당시부터 이 건 토지 지상에 교회건물을 신축하기 위해서는 진출입로 공사가 선행되어야 한다는 사실을 충분히 인지하였을 것으로 보이는 점, 보상금 수령시기를 짐작하여 발생한 자금부족, 공사 업체의 경제적 어려움 및 공사중단 등의 사정은 청구법인의 내부사정에 불과한 점, 이외에 달리 이 건 토지를 감면 유예기간 이내에 직접 사용하지 못한 데에 법령에 의한 금지·제한이나 행정관청의 귀책사유 등의 외부적인 사유는 없었던 것으로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때 이 건 취득세 부과처분은 정당하다.

(3) 청구법인은 이 건 토지는 토지 수용에 따른 대체취득 부동산으로 「지방세특례제한법」 제73조에 따른 감면에 해당한다고 주장하나,

청구법인은 이 건 토지는 「지방세특례제한법」 제50조 제1항의 감면을 적용받아 해당 감면 조항의 적정여부를 다투는 사안으로 청구법인이 주장하는 토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 감면은 수용의 사실을 안날 이후 대체취득의 원인행위를 하고 일정기한 이내 대체 취득물건의 납세의무가 성립되었는지, 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속하여 종전 토지 소재지에 주민등록이나 사업자등록을 두고 실제 거주하거나 사업을 한 소유자였는지, 보상금으로 대체취득하였는지(대체취득 물건의 취득원인) 등을 종합적으로 검토하여 개별적으로 적용해야 할 것으로 이 건 토지를 토지수용 등으로 인한 대체취득 감면을 적용해야 한다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점토지는 예배건물의 진입로로 사용되고 있으므로 종교행위를 목적으로 직접 사용하는 부동산에 해당한다는 청구주장의 당부

② 이 건 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

③ 이 건 토지는 토지 수용에 따른 대체취득 부동산이라는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 심판청구서 및 처분청의 답변서 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2020.1.27. 이 건 토지를 취득(증여)한 후, 2020.2.3. 취득가액(OOO원)을 과세표준으로 하고 「지방세특례제한법」 제50조 제1항에 따라 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라는 사유로 취득세를 면제받았다.

(나) 청구법인이 이 건 토지의 취득세 감면 신청 당시 제출한 사업계획서에 따르면, 이 건 토지의 사용 용도는 소속 교회의 건축, 주차부지, 담임목사의 사택, 진입로 및 교육관으로 확인된다.

(다) 청구법인이 진행한 신규교회 및 임시교회 건축물 공사 현황은 아래와 같다.

＜신규교회 및 임시교회 건축물 공사 현황＞

○○○

(라) 청구법인은 2025.3.27. 경기도 평택시 OOO 토지 지상에 신규 교회 건축물을 준공한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지는 임시교회 건물로 진입하는 도로 등으로 사용되고 있으므로 청구법인의 종교목적에 직접 사용하는 토지로서 감면대상에 해당한다고 주장하나,

종교단체가 취득ㆍ등기하는 부동산이라 하더라도 취득세 등의 비과세 대상이 되는 것은 종교의식, 예배축전, 종교교육, 선교 등 종교목적으로 직접 사용되는 부동산에 한하는 것이고, 여기서 종교목적에 직접 사용되는 부동산이라 함은 최소한의 종교의식 등을 할 수 있는 교회당 등 실내의 예배시설이 갖추어진 부동산과 이에 필수적으로 부대되는 시설로 한정하여야 할 것으로, 도로는 일반인들의 자유로운 통행을 목적으로 개설되는 것이므로 이 건 토지가 청구법인의 교회로 진입하는 유일한 도로라 하더라도 이를 종교 행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위한 것이라고 보기 어려운 점(조심 2024지501, 2024.6.17., 같은 뜻임) 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 토지를 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 종교목적으로 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 존재한다고 주장하나,

정당한 사유란 취득한 재산을 해당 사업에 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지ㆍ제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 내부적으로 그 재산을 해당 사업에 사용하기 위해 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 해당 사업에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것으로, 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 3년 이내에 종교행위 목적으로 사용하지 못한 것은 토지보상금 지연, 시공사와의 공사비용 문제 등에 그 원인이 있었던 것으로 보이나 이는 청구법인의 내부적인 사정으로 이러한 사유만으로는 이 건 토지를 취득한 후 3년 이내에 종교행위 목적으로 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점, 청구법인은 2022.5.4. 시공사와 2023.5.31.까지 교회를 신축하기로 하는 계약을 체결한바, 설령 공사가 지연되지 않았다고 하더라도 이 건 토지 취득일인 2020.1.27.로부터 3년 이내에 종교목적으로 직접 사용할 수 있었다고 보기 어려운 점, 청구법인이 제출한 자료만으로는 청구법인이 쟁점토지를 종교행위 목적으로 사용하지 못한 데에 법령의 금지·제한 및 행정기관의 귀책사유를 발견할 수 없는 점 등에 비추어, 위 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 토지는 토지 수용에 따른 대체취득 부동산으로 취득세를 감면해야 한다고 주장하나,

「지방세특례제한법」 제73조 제1항에 따르면 토지수용 등에 의해 부동산등이 매수, 수용 또는 철거된 자가 계약일 또는 해당 사업인정 고시일 이후에 대체취득할 부동산등에 관한 계약을 체결하고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 종전의 부동산등을 대체할 부동산등을 취득하였을 때 취득세 등을 면제하도록 되어 있는바,

위 규정은 부동산등이 수용된 자가 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 종전의 부동산등을 대체할 부동산등을 취득할 것을 감면요건으로 하고 있으므로 증여, 유증 등 일방의 의사표시에 대한 승낙으로 무상으로 취득하는 부동산은 감면요건을 충족하였다고 보기 어려운 점(지방세특례제도과-977, 2014.7.9.), 위 규정은 토지ㆍ건물이 공익사업지구 내로 편입되어 보상을 받은 자가 보상금으로 다른 지역에서 토지나 건물을 취득하는 경우 생활기반 회복을 보충적으로 지원하기 위하여 취득세 등을 감면하는데 그 취지가 있으므로, 보상금과 별도로 증여계약에 의해 취득한 토지까지 취득세를 감면하는 것은 입법 취지에 어긋나 보이는 점 등에 비추어 위 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부개정된 것)

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

제73조(토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 감면) ① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」, 「도시개발법」 등 관계 법령에 따라 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자(「관광진흥법」 제55조 제1항에 따른 조성계획의 승인을 받은 자 및 「농어촌정비법」 제56조에 따른 농어촌정비사업 시행자를 포함한다)에게 부동산(선박ㆍ어업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다)이 매수, 수용 또는 철거된 자(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산등을 해당 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 같은 법 제78조 제1항부터 제4항까지 및 제81조에 따른 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 해당 사업인정 고시일(「관광진흥법」에 따른 조성계획 고시일 및 「농어촌정비법」에 따른 개발계획 고시일을 포함한다) 이후에 대체취득할 부동산등에 관한 계약을 체결하거나 건축허가를 받고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을 말하고, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항에 따라 토지로 보상을 받는 경우에는 해당 토지에 대한 취득이 가능한 날을 말하며, 같은 법 제63조 제6항 및 제7항에 따라 보상금을 채권으로 받는 경우에는 채권상환기간 만료일을 말한다)부터 1년 이내(제6조 제1항에 따른 농지의 경우는 2년 이내)에 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 종전의 부동산등을 대체할 부동산등을 취득하였을 때(건축 중인 주택을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 면제한다. 다만, 새로 취득한 부동산등의 가액 합계액이 종전의 부동산등의 가액 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대해서는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

1. 농지 외의 부동산등

가. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도ㆍ특별자치도 내의 지역

나. 가목 외의 지역으로서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 있는 특별자치시ㆍ시ㆍ군ㆍ구와 잇닿아 있는 특별자치시ㆍ시ㆍ군ㆍ구 내의 지역

다. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도와 잇닿아 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도 내의 지역. 다만, 「소득세법」 제104조의2제1항에 따른 지정지역은 제외한다.

2. 농지(제6조 제1항에 따른 자경농민이 농지 경작을 위하여 총 보상금액의 100분의 50 미만의 가액으로 취득하는 주택을 포함한다)

가. 제1호에 따른 지역

나. 가목 외의 지역으로서 「소득세법」 제104조의2제1항에 따른 지정지역을 제외한 지역

② 제1항에도 불구하고 「지방세법」 제13조 제5항에 따른 과세대상을 취득하는 경우와 대통령령으로 정하는 부재부동산 소유자가 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세를 부과한다.

③ 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 환매권을 행사하여 매수하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다.