이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2023.11.1.부터 인천광역시 서구 OOO에서 OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)라는 상호로 서비스업(광고·마케팅 등)을 영위하기 위하여 사업자등록을 한 후, 쟁점사업장의 소재지를 2024.6.11. 경상남도 김해시로, 2024.7.29. 인천광역시 연수구로, 2024.9.30. 부산광역시 남구로, 2024.10.17. 경기도 부천시로, 2024.11.5. 제주특별자치도 서귀포시로, 2024.11.13. 인천광역시 서구로, 2024.11.20. 부산광역시 금정구로, 2025.2.6. 인천광역시 서구로, 2025.3.12. 서울특별시 동작구로 각 이전하여 심리일 현재까지 사업을 영위하고 있는 계속사업자이다.

나. 처분청은 2025.4.14.부터 2025.6.20.까지를 조사 기간으로 하여 쟁점사업장에 대한 2023년 제2기~2024년 제2기 부가가치세 세목별조사를 착수하였으나, 청구인은 2025.4.15. ‘질병으로 인한 입원치료’를 이유로 2025.4.14.~2025.10.31. 기간 동안 세무조사 중지를 신청(이하 “1차 신청”이라 한다)하였다.

다. 처분청은 1차 신청을 검토한 결과, 청구인이 제시한 병원진단서가 위조된 것임을 확인하고 2025.4.16. 이를 불승인하였고, 이에 청구인이 새로운 진단서를 발급받아 2025.4.17. 재차 세무조사중지 신청(이하 “2차 신청”이라 한다)을 함에 따라 처분청은 이를 검토하였으나, 청구인이 제시한 사유는 「국세기본법 시행령」 제63조의9 제1호에 따른 세무조사 중지 사유에 해당하지 아니한다고 보아 2025.4.21. 2차 신청을 불승인하는 내용의 결과통지를 하였다.

라. 한편, 청구인은 2025.4.17. 서울지방국세청장에게 권리보호요청을 접수하였고, 이를 인계받은 부산지방국세청 납세자보호위원회는 심의 결과 2025.5.1. 청구인에게 시정불가를 통지하였으며, 이에 청구인은 2025.5.7. 국세청장에게 재차 권리보호요청을 접수하였으나, 심의결과 2025.6.2. 청구인에게 시정불가를 통지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2025.6.4. 심판청구를 제기하면서 부산지방국세청장에게 권리보호요청을 재접수하였고, 부산지방국세청 납세자보호위원회는 심의결과 청구인에 대한 권리침해 사실 및 위법·부당성은 없으므로 조사중지는 불가하다고 판단하여 2025.6.25. 청구인에게 시정불가를 통지하였으며, 이에 청구인은 2025.6.30. 국세청장에게 권리보호요청을 접수하였고, 심의 결과 조사 진행은 정당하다고 판단하여 2025.7.22. 청구인에게 시정불가를 통지(이하 “쟁점통지”라 한다)하였다.

바. 청구인은 이에 불복하여 2025.7.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2025년 5월 진단서를 바탕으로 세무조사중지를 신청하였고, 이후 병세가 지속적으로 악화되어 여러 차례의 보완된 진단서를 제출하였음에도 과세관청은 이를 무시하고 동일한 판단을 반복하고 있다. 이는 단순한 시정불가가 아닌 명백한 사실 오인 및 재량권의 일탈·남용이다.

2025년 5월 이후 간수치의 급등, 암 수술 일정 등 실질적 건강상 악화가 존재함에도 국세청은 이를 ‘변동 없음’이라 처리하여 납세자보호 사무처리규정 제93조의 ‘실질적 사정변경’에 대한 재심의 의무를 이행하지 않았다.

의료전문가의 판단을 비전문가인 공무원이 자의적으로 배척하고 처분의 사유와 근거를 누락하였다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점통지는 불복 대상이 되는 행정처분에 해당하지 아니한다.

쟁점통지는 청구인에게 처리결과를 단순히 회신한 것에 불과하고, 세무조사에 따른 결과통지나 부과처분이 이루어지지 아니한 상태이므로, 청구인의 심판청구는 「국세기본법」 제55조에 따른 불복 청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하는바, 이 건 심판청구는 부적법하다.

(2) 청구인은 쟁점통지에 대해 본인의 권리를 침해하며 부당하다고 주장하나, 청구인이 처분청에게 강제적인 세무조사 중지를 요구할 법규상 또는 조리상 신청권에 대한 근거를 찾을 수 없으며, 청구인은 당초 진단서를 위조하고 조사공무원에게 거짓진술을 하여 세무조사를 고의적으로 기피하려고 하였으며,

2025.6.18. 경기도 화성시에 새로운 사업자를 등록하여 사업을 영위하는 등의 행위를 감안하여 처분청은 「국세기본법 시행령」 제63조의9에 따라 청구인이 세무조사를 받지 못할 정도로 곤란한 것은 아니라고 판단한 것이므로, 설령 쟁점통지가 불복 청구 대상이 되는 처분일지라도 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

처분청의 권리보호 심의요청 처리결과(시정불가) 통지가 위법·부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2025.3.14. 법률 제20774호로 일부 개정된 것)

제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.

제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우

제80조의2(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 "20일 이내의 기간"은 "상당한 기간"으로 본다.

제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청 등) ② 사전통지를 받은 납세자가 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 조사를 받기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무관서의 장에게 조사를 연기해 줄 것을 신청할 수 있다.

제81조의8(세무조사 기간) ④ 세무공무원은 납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유로 세무조사를 진행하기 어려운 경우에는 세무조사를 중지할 수 있다. 이 경우 그 중지기간은 제1항부터 제3항까지의 세무조사 기간 및 세무조사 연장기간에 산입하지 아니한다.

(2) 국세기본법 시행령(2025.2.28. 대통령령 제35345호로 일부 개정된 것)

제63조의7(세무조사의 연기신청) ① 법 제81조의7 제2항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 화재, 그 밖의 재해로 사업상 심각한 어려움이 있을 때

2. 납세자 또는 납세관리인의 질병, 장기출장 등으로 세무조사가 곤란하다고 판단될 때

3. 권한 있는 기관에 장부, 증거서류가 압수되거나 영치되었을 때

4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있을 때

제63조의9(세무조사의 중지) 법 제81조의8 제4항에서 "납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제81조의7 제2항에 따른 세무조사 연기신청 사유에 해당하는 사유가 있어 납세자가 조사중지를 신청한 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 2025.6.30. 청구인이 국세청장에게 신청한 권리보호요청에 대한 통지서는 아래와 같다.

＜권리보호 심의요청 처리결과 통보＞

(2) 청구인이 조사중지 신청 시 제출한 질병관련 서류(진단서, 진료확인서 등)는 아래와 같다.

(3) 처분청이 제출한 청구인의 사업자등록 이력에 따르면 2025.6.18. 경기도 화성시에 OOO이라는 상호로 신규 사업자등록을 한 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「국세기본법」 제55조 제1항은 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 위법한 행정처분의 취소를 구하는 소는 위법한 처분에 의하여 발생한 위법상태를 배제하여 원상으로 회복시키고 그 처분으로 침해되거나 방해받은 권리와 이익을 보호·구제하고자 하는 소송이므로, 비록 그 위법한 처분을 취소한다 하더라도 원상회복이 불가능한 경우 등 그 취소로 인하여 회복될 수 있는 현실적 이익이 없는 경우에는 소의 이익이 없다 할 것인바(대법원 1996.11.29. 선고 96누9768 판결 등 참조),

이 건 심판청구일 현재 쟁점통지가 위법한지 여부에 따라 영향을 미칠 과세처분이 없고, 세무조사에 따른 결과통지나 부과처분이 이루어지지 아니한 상태에서의 쟁점통지는 그 통지 자체로 불복청구의 대상이 되는 처분으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 쟁점통지의 절차적 하자를 주장하는 이 건 심판청구는 부적법한 것으로 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.