이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2012.7.2. 서울특별시 동작구 OOO 일대에 주택재건축사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)을 시행하기 위하여 설립된 법인으로, 2020.2.26. 공동주택 959세대, 근린생활시설, 노유자시설을 신축한 후, 2020.4.27. 같은 동 OOO외 16필지 토지 770㎡의 지목을 사실상 변경한 것으로 보아, 증가한 가액인 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 이후 청구법인은 이 건 정비사업은 지상에 위치한 기존 주택을 철거하고 그 위에 주택을 재건축한 것으로서 사실상 지목변경이 없었으므로 기 납부한 취득세 등 OOO원을 환급해달라는 취지로 2024.3.13. 경정청구를 제기하였는데,

처분청은 지목변경 면적이 기존 770㎡가 아닌 763㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)라고 보아, 2024.5.8. 청구법인에게 취득세 등 OOO원을 환급하고, 나머지 OOO원에 대한 경정청구는 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) (주위적) 쟁점토지는 사실상 지목변경이 없었으므로 「지방세법」 제7조 제4항에 따라 지목변경 취득세를 과세할 수 없다.

「지방세법」 제7조 제4항은 ‘토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우’를 취득으로 보도록 규정하고 있으므로 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 시행령」 제58조에서 규정하고 있는 28개의 지목들 상호간에 사실상의 지목변경이 있는 경우에만 지목변경에 대한 취득세 납세의무가 성립하게 된다.

「지방세법」 제7조 제14항은 ‘「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」 제67조에 따른 대(垈) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 등 관계 법령에 따른 택지공사가 준공된 토지의 지목을 건축물과 그 건축물에 접속된 정원 및 부속시설물의 부지로 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다’고 규정하고 있어 그 문언상 ‘토지의 지목이 사실상 변경되는 경우’를 납세의무의 성립요건으로 명시하고 있는 점, 위 조항이 2019.12.31. 개정되면서 ‘공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 제67조에 따른 대(垈) 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 등 관계 법령에 따른 택지공사가 준공된 토지에 정원 또는 부속시설물 등을 조성·설치하는 경우에는 그 정원 또는 부속시설물 등은 토지에 포함되는 것으로서 토지의 지목을 사실상 변경하는 것으로 보아’라고 규정형식을 바꾼 점 등에 비추어 보면, 위 조항은 종전 토지의 지목이 사실상 변경될 것임을 납세의무의 성립요건으로 하고 있다고 보아야 한다(대법원 2024.2.15. 선고 2023두59636판결 및 하급심판결 참조).

이 건 정비사업의 정비구역은 서울특별시 동작구 OOO 일대 49,108㎡로 아래 ＜표1＞과 같이 정비사업시행 전 택지 38,593㎡, 도로·하천 1,418㎡, 기타 9,907㎡, 합계 49,108㎡에서 2016.11.3. 관리처분계획변경인가에 따라 택지 38,838㎡, 정비기반시설 10,224㎡, 학교용지 46㎡, 합계 49,108㎡로 용도변경되었다.

＜표1＞ 관리처분계획변경인가에 따른 토지용도 변경 내역

○○○

이와 같이 이 건 정비사업의 경우 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다)에 따라 기존의 주택 등을 철거하고 아파트등을 재건축한 것으로서 택지의 면적이 변경이 없으므로 ‘토지의 지목을 사실상 변경’한 것에 해당하지 않는바, 지목변경에 대한 취득세 납세의무가 없다.

(2) (예비적) 건축물 도급공사에 토목공사·조경공사 등이 포함되어 있는 경우 지목변경에 따른 취득세를 추가과세하는 것은 이중과세에 해당한다.

「지방세법」 제7조 제14항은 택지공사가 준공된 토지에 정원 또는 부속시설물 등을 조성ㆍ설치하는 경우에는 그 정원 또는 부속시설물 등은 토지에 포함되는 것으로서 토지의 지목을 사실상 변경하는 것으로 보아 취득세 과세대상에 포함하도록 규정되어 있다.

따라서 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 주택재건축정비사업을 시행하면서 사실상 지목변경이 있었다고 하더라도 주택재건축정비사업시행자가 건설회사와 건축공사 도급계약을 체결하면서 도급공사계약 금액에 건축물 건축뿐만 아니라 토목공사, 조경공사 등 주택재건축을 위하여 필요한 일체의 공사비 및 제반비용을 포함한 경우에는 해당 공사도급금액에 지목변경과 관련한 비용도 포함된 것으로서 이미 도급공사금액을 건축물 취득원가에 포함하여 신고했다면, 별도로 지목변경 취득세를 부과하는 것은 도급공사계약 금액에 포함된 지목변경 공사비와 함께 이중으로 과세되는 것(조세심판원 2022지1091, 2023.10.23. 참조)으로 부당하다.

이 건의 경우 일부 도로 및 하천이 대지로 지목 변경이 되었다 하더라도 청구법인은 AAA 주식회사와 2014.9.17. 체결한 도급공사에 따라 토목공사비용 OOO원, 조경공사비용 OOO원을 포함한 총 건축공사비 OOO원을 건축물 취득세 과세표준에 포함하여 신고ㆍ납부한바, 지목변경에 대한 취득세를 추가 과세하는 것은 위 건축공사비 OOO원에 포함된 지목변경공사비를 이중으로 과세한 것에 해당한다.

따라서 청구법인이 2020.4.27. 이 건 정비사업 임시사용승인에 따라 건축물 취득세 과세표준액에 건축공사비 OOO원을 신고하고도 지목변경에 따른 가액증가분으로 취득세 등 OOO원을 신고ㆍ납부한 것은 이중과세에 해당하므로 이 건 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) (주위적) 「지방세법」 제7조 제4항에서 ‘토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다’라고 규정하고 있으며, 같은 법 제14항에서 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」 제67조에 따른 대(垈) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 등 관계 법령에 따른 택지공사가 준공된 토지에 정원 또는 부속시설물 등을 조성ㆍ설치하는 경우에는 그 정원 또는 부속시설물 등은 토지에 포함되는 것으로서 토지의 지목을 사실상 변경하는 것으로 보아 토지의 소유자가 취득한 것으로 본다고 규정하면서, 건축물을 건축하면서 그 건축물에 부수되는 정원 또는 부속시설물 등을 조성ㆍ설치하는 경우에는 그 정원 또는 부속시설물 등은 건축물에 포함되는 것으로 보아 건축물을 취득하는 자가 취득한 것으로 보는 것으로 규정하고 있다.

청구법인은 도시정비법에 따라 기존의 주택 등의 건축물을 철거하고 아파트 등을 재건축 한 것으로서 토지의 지목을 사실상 변경한 것에 해당하지 아니한다고 주장하나, ‘OOO 주택재건축 정비사업 택지조서’에 따르면 도로에서 택지로 259㎡, 하천에서 택지로 504㎡가 편입된 것이 확인되므로 토지의 지목이 사실상 변경된 것에 해당한다.

(2) (예비적) 청구법인은 도급계약서상에 토목공사비와 조경공사비가 포함되었으며 계약을 체결한 건축공사비를 신축건물 취득세 과세표준에 포함하여 신고하였는바, 건축공사비에 포함된 토목공사비 및 조경공사비와 이중으로 과세된다고 주장한다.

(가) 그러나, 「지방세법」 제7조 제14항 본문과 그 단서 규정은 기존의 지목이 대인 토지 위에 조경 및 도로 포장공사 등을 하여 토지의 가치를 상승시킨 경우에 한정되는 것이라 할 것이므로 기존의 지목이 대가 아닌 상태에서 건축물 등을 건축함에 따라 그 지목이 대로 변경된 경우에는 「지방세법」 제7조 제14항이 아닌 「지방세법」 제7조 제4항에 따른 지목변경 취득세를 적용하는 것이 타당한 것으로 보이고(조심 2022지1053, 2023.10.19.) 토지의 지목을 변경하여 당해 토지의 가액이 증가하는 때 그 증가분은 취득세 과세대상이 되는바, 쟁점토지의 지목변경과 건물의 취득은 독립적인 취득세 과세객체가 되며, 여러 개의 과세객체가 동시에 발생한다면 그 과세표준, 취득의 시기, 세율 등은 과세객체별로 각각 독립적으로 적용해야 할 것이므로 이중과세로 볼 수 없다.

(나) 「지방세법 시행령」 제17조에서 법 제10조 제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액에서 지목변경 전의 시가표준액을 뺀 가액으로 하며, 다만, 제18조 제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 하도록 정하고 있다.

이는 토지의 지목변경에 따른 가액 증가분을 원칙적으로 토지의 시가표준액을 기준으로 산정하되, 판결문이나 법인장부 등에 의하여 그 비용이 객관적으로 증명되는 경우에는 시가표준액을 기준으로 한 산정방식에 우선하여 위와 같이 증명된 가액으로 과세표준을 산정하여야 함을 규정한 것이다.

청구법인이 제출한 도급계약서상의 계약금액과 신축건물 취득세 과세표준에 포함되어 있는 건축공사비 금액은 상이하여 실제의 취득가격에 부합한다고 증명되지 않았으므로 이를 과세표준으로 삼을 수 없다고 할 것이므로 이러한 증명 불가로 인한 불이익은 납세자가 부담하여야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적) 사실상 지목변경이 없었으므로 지목변경 취득세는 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

② (예비적) 이 건 건축물의 취득세 과세표준에 지목변경 공사비가 포함되어 있으므로 쟁점토지 취득세를 환급해달라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 심판청구서 및 처분청의 답변서 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2012.7.2. 서울특별시 동작구 OOO에 주사무소를 두고 도시정비법과 조합정관이 정하는 바에 따라 이 건 정비사업을 시행하기 위해 설립되었다.

(나) 이 건 정비사업의 추진경위는 아래와 같다.

＜이 건 정비사업 추진경위＞

○○○

(다) 청구법인은 2020.2.26. 이 건 정비사업에 대한 임시사용승인을 받아 공동주택 959세대 157,612.892㎡, 상가 1,092.66㎡, 노유자시설 1,757.187㎡, 총 건축물 160,462.739㎡를 취득하였다.

(라) 청구법인은 2020.4.27. 이 건 정비사업의 임시사용승인에 따라 쟁점토지의 지목변경이 있었던 것으로 보아 토지의 지목변경으로 증가한 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

(마) 이후 청구법인은 이 건 정비사업은 쟁점토지 지상에 위치한 기존 주택을 철거하고 그 위에 주택을 재건축하였으므로 사실상 지목변경이 없었다는 사유로 기 납부한 취득세등 OOO원을 환급해달라는 취지로 2024.3.13. 경정청구를 제기하였다.

(바) 처분청은 이 건 정비사업으로 지목이 변경된 면적은 청구법인이 당초 신고한 770㎡가 아닌 763㎡라고 보아, 2024.5.8. 취득세 등 OOO원을 환급하고, 나머지 OOO원에 대한 경정청구는 거부하였다.

(사) ‘OOO 주택재건축 정비사업 택지조서(구역변경고시)’에 의하면 이 건 정비사업 부지 중 763㎡의 지목이 당초 도로 및 하천에서 대지로 변경된 것으로 나타난다.

＜표＞ 쟁점토지 내역

(단위 : ㎡, 원)

○○○

(아) 청구법인과 시공사(AAA)가 제출한 공사비 총괄표는 아래와 같다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 정비사업은 기존의 주택 등을 철거하고 아파트 등을 재건축한 것으로서 전체 택지 면적의 변경이 없으므로 토지의 지목변경이 없었다고 주장하나,

「지방세법」 제7조 제4항 및 제14항에 따르면 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 보도록 되어 있는바, 이 건 정비사업의 정비구역은 서울특별시 동작구 OOO 일대 49,108㎡로 정비사업 시행 전 택지 38,593㎡, 도로ㆍ하천 1,418㎡, 기타 9,907㎡로 구분되어 있다가, 관리처분계획변경인가에 따라 기존 도로에서 택지로 259㎡, 하천에서 택지로 504㎡가 편입된 것이 확인되므로 총 763㎡의 토지 지목이 사실상 변경된 점 등에 비추어 위 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 정비사업으로 신축된 건축물 취득세 과세표준에 쟁점토지에 대한 토목공사비와 조경공사비가 포함되어 있으므로 토지의 지목변경에 따른 취득세를 이중으로 납부하였다며 쟁점토지 취득세의 환급을 주장하나,

「지방세법 시행령」 제18조 제1항에 따르면 취득가격은 그 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 간접비용의 합계액으로 하는 것이나, 그 비용이 과세대상물건이 아닌 다른 물건이나 권리에 관하여 지급된 것이어서 과세대상물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상물건을 취득하기 위하여 그 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 과세대상물건의 취득가격에 포함된다고 보아 과세표준으로 삼을 수는 없다할 것(대법원 2011.2.24. 선고 2010두24586 판결 등, 같은 뜻임)인바,

청구법인의 주장대로 쟁점토지의 지목변경비용이 이 건 정비사업으로 취득한 건축물의 취득원가에 포함되었다고 하더라도 이는 건축물의 취득세 과세표준에서 차감할 것이지 쟁점토지의 취득세 환급을 요구할 것은 아닌 점 등에 비추어 위 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2021.7.8. 법률 제18294호로 개정되기 전의 것)

제7조(납세의무자 등) ④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다.

⑭ 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」 제67조에 따른 대(垈) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 등 관계 법령에 따른 택지공사가 준공된 토지에 정원 또는 부속시설물 등을 조성ㆍ설치하는 경우에는 그 정원 또는 부속시설물 등은 토지에 포함되는 것으로서 토지의 지목을 사실상 변경하는 것으로 보아 토지의 소유자가 취득한 것으로 본다. 다만, 건축물을 건축하면서 그 건축물에 부수되는 정원 또는 부속시설물 등을 조성ㆍ설치하는 경우에는 그 정원 또는 부속시설물 등은 건축물에 포함되는 것으로 보아 건축물을 취득하는 자가 취득한 것으로 본다.

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.

④ 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조제1항 또는 「법인세법」 제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득

(2) 지방세법 시행령(2019.12.31. 대통령령 제30318호로 일부개정된 것)

제17조(토지의 지목변경에 대한 과세표준) 법 제10조제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 가액으로 한다. 다만, 제18조제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다.

1. 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액(해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 산정한 가액을 말한다)

2. 지목변경 전의 시가표준액(지목변경 공사착공일 현재 공시된 법 제4조제1항에 따른 시가표준액을 말한다)

제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

③ 법 제10조제5항제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 판결문: 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해ㆍ포기ㆍ인낙 또는 자백간주에 의한 것은 제외한다)

2. 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서. 다만, 법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변, 화재, 교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.

제20조(취득의 시기 등) ⑩ 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다. 다만, 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.

(3) 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률

제67조(지목의 종류) ① 지목은 전ㆍ답ㆍ과수원ㆍ목장용지ㆍ임야ㆍ광천지ㆍ염전ㆍ대(垈)ㆍ공장용지ㆍ학교용지ㆍ주차장ㆍ주유소용지ㆍ창고용지ㆍ도로ㆍ철도용지ㆍ제방(堤防)ㆍ하천ㆍ구거(溝渠)ㆍ유지(溜池)ㆍ양어장ㆍ수도용지ㆍ공원ㆍ체육용지ㆍ유원지ㆍ종교용지ㆍ사적지ㆍ묘지ㆍ잡종지로 구분하여 정한다.

② 제1항에 따른 지목의 구분 및 설정방법 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.