이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2019.4.2. 경상남도 밀양시 OOO 공장용지 49,971.4㎡(이하 “연접토지”라 한다)와 같은 OOO 공장용지 6,609.9㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고, 연접토지 및 쟁점토지가 산업단지에서 산업용 건축물등을 신축하여 취득하는 부동산에 해당한다고 보아, 2019.4.3. 처분청에 「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항 제2호 가목에 따른 감면율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 이후 청구법인이 정당한 사유 없이 쟁점토지의 취득일부터 4년이 경과할 때까지 이를 산업용 건축물등의 신축에 직접 사용하지 아니하였으므로, 「지방세특례제한법」(2023.12.29. 법률 제19862호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제5항 제1호에 따라 앞서 감면된 취득세 등의 추징사유가 발생하였다고 보아, 2024.7.16. 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.9.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 유예기간 내 쟁점토지를 산업용 건축물등의 신축 용도로 직접 사용하였다.

(가) 청구법인은 2019.4.2. AAA일반산업단지 내 공장 건물을 신축하기 위해 연접토지 및 쟁점토지를 취득하였고, 이후 연접토지에 공장(이하 “이 건 공장”이라 한다)을 신축하여 2020.4.9. 그 공장에 관한 소유권보존등기를 마쳤다.

(나) 청구법인은 당초부터 연접토지 및 쟁점토지를 한 필지의 공장용지로 생각하고 매입하였으나, 매도인측의 사정으로 위 각 토지가 분필된 채로 청구인에게 그 소유권이 이전되었다.

이에 청구법인은 연접토지와 쟁점토지의 합병을 신청하였고, 2022.1.21. 위 각 토지가 합병되어 1필지의 토지(경상남도 밀양시 OOO 공장용지 56,581.3㎡, 이하 “이 건 합병토지”라 한다)가 되었는바, 쟁점토지는 처분청의 이 건 취득세 등 부과처분일 현재 위 1필지의 토지의 일부에 해당한다.

(다) 이처럼 청구법인은 쟁점토지의 취득일(2019.4.2.)부터 4년이 경과하기 전인 2020.4.9. 연접토지에 공장을 신축하였고, 위 유예기간이 경과하기 전인 2022.1.21. 쟁점토지가 연접토지에 합병되어 하나의 토지가 되었으므로, 청구법인은 유예기간 내 쟁점토지를 산업용 건축물등의 신축 용도로 직접 사용하였다고 보아야 한다.

(라) 처분청은 위와 같이 1필지의 토지에 대하여 이루어진 취득세 등 감면에 관하여 법률상 근거도 없이 그 중 일부 토지에 대하여만 그 감면분을 추징하는 처분을 한 바, 취득세를 감면할 때는 1필지의 토지에 대한 감면을 하면서, 감면된 취득세를 추징할 때에는 1필지 토지의 일부분에 대하여 추징을 하는 것은 과세요건 법정주의 및 과세요건 명확주의를 위반하는 것이다.

(마) 청구법인은 또한 유예기간 내 쟁점토지에 2그루의 큰 나무를 식재하였는데, 이는 청구법인이 연접토지에 공장을 준공할 당시 조경을 위해 식재한 나무들이다.

청구법인은 추후 공장을 증축함과 동시에 조경수를 더 심을 계획이고, 이와 같은 조경은 장소를 보다 아름답고 편안하게 하여 이 건 공장에 필수적인 시설에 해당한다는 점을 고려할 때, 청구법인은 쟁점토지를 유예기간 내 산업용 건축물등의 신축 용도로 직접 사용하였다고 보아야 한다.

(2) 설령 청구법인이 유예기간 내 쟁점토지를 산업용 건축물등의 신축 용도로 직접 사용하지 않았다고 하더라도, 청구법인에게 “정당한 사유”를 인정하여 취득세 등 감면분의 추징을 배제해야 한다.

(가) 청구법인은 2020년 9월경 「국가균형발전 특별법」제11조에 근거한 지방투자촉진보조금 제도를 통해 연접토지에 신축한 이 건 공장에 대하여 보조금 약 OOO원을 교부받았다.

당해 보조금을 수령한 기업에게 교부되는 ‘보조금 수령기업의 의무 및 주의사항’에 기재된 내용에 따르면, 보조금 수령기업은 보조금 정산을 신청한 날로부터 5년 간 사업을 영위해야 하고, 기존사업장을 유지해야 하며, 이를 미이행 할 경우 보조금 환수대상에 해당하게 된다.

(나) 청구법인은 당초 OOO에 소재한 청구법인의 기존 공장시설을 쟁점토지로 이전할 계획이었으나, 공장 이전 시 위 조항에 따라 기 수령한 보조금을 환수당할 우려가 있어 이전하지 못하였다.

청구법인은 이와 같은 사정을 처분청에 사전에 충분히 설명하였으나, 위 보조금을 교부한 처분청과 경상남도는 청구법인에게 OOO에 있는 공장을 이전하지 않을 것을 요구하였고, 이에 청구법인은 쟁점토지로 OOO에 있는 공장시설을 이전하지 못하였던 것이다.

(다) 대법원은 “정당한 사유”에 대하여 “법령에 의한 금지, 제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다”고 보고, “부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작”하여 구체적인 사안에 따라 정당한 사유의 유무를 개별적으로 판단해야 한다고 판시하고 있다(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18580 판결 참조).

(라) 청구법인은 쟁점토지를 유예기간 내 산업용 건축물등의 신축에 직접 사용하고자 노력하였으나, 보조금 환수 우려 및 처분청의 요구사항 준수 등의 사정으로 그 기간 내 쟁점토지를 해당 목적에 직접 사용하지 못한 것이므로, “정당한 사유”를 인정하여 취득세 등의 추징이 배제되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점토지를 유예기간 내 산업용 건축물등의 신축 용도로 직접 사용하지 않았다.

(가) 청구법인이 쟁점토지를 취득하여 각 취득에 대한 취득세 등을 감면받을 당시(2019.4.2.) 연접토지와 쟁점토지는 서로 다른 지번을 부여받은 별개의 토지에 해당하였다.

(나) 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인바(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 참조),

청구법인이 2020.4.9. 연접토지에 이 건 공장을 신축하였고, 2022.1.21. 연접토지 및 쟁점토지를 합병하여 1필지의 토지가 되었다고 하더라도, 그와 같은 쟁점토지 취득 이후의 사정을 고려하여 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내 산업용 건축물등의 신축 용도로 직접 사용하였다고 볼 수 없다.

(다) 처분청이 쟁점토지 취득일부터 4년이 경과한 이후인 2024.6.11. 해당 토지에 출장하여 확인한 바에 따르면, 쟁점토지에는 잡풀이 무성할 뿐 산업용 건축물등이 신축되어 있거나 공장의 부속토지로 사용되고 있지 않았다.

또한 연접토지와 쟁점토지가 하나의 울타리 안에 위치하고 있지 않았고, 위 두 개 토지의 지면의 고저가 3m 이상 차이 남에 따라 해당 토지들을 하나의 공장 용지로 보기도 어려운 형상이었으므로, 쟁점토지를 유예기간 내 산업용 건축물등의 신축 용도에 직접 사용하였다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

(라) 한편 「지방세특례제한법」제78조 제5항에서 규정한 산업용 건축물등의 ‘해당 용도로 직접 사용’되고 있는지 여부는 필지 수나 공부상의 기재와 관계없이 산업용 건축물의 효용과 편익을 위해 실제 사용되고 있는지 여부를 기준으로 객관적으로 판단해야 하는 것이므로, 1필지의 토지라도 그 일부가 산업용 건축물의 효용과 편익을 위해 사용되고 있지 않은 경우 그 부분은 산업용 건축물의 부속토지라고 볼 수 없어 ‘해당 용도로 직접 사용’되고 있다고 볼 수 없다(대전고등법원 2022.4.21. 선고 2021누12464 판결 참조).

따라서 설령 청구법인의 주장과 같이 연접토지와 쟁점토지를 1필지의 토지로 보아 판단한다고 하더라도, 쟁점토지가 나대지로 방치되어 산업용 건축물의 효용과 편익을 위해 사용되고 있지 아니한 사실이 명백하게 확인되는 이상, 청구법인이 이를 유예기간 내 산업용 건축물등의 신축 용도로 직접 사용하였다고 볼 수 없다.

(2) 청구법인은 정당한 사유 없이 쟁점토지를 유예기간 내 산업용 건축물등의 신축 용도로 직접 사용하지 아니하였다.

(가) 청구법인이 수령한 지방투자촉진보조금은 국내기업의 건축물 신축에 따른 사업 시설 신설·증설을 촉진하기 위한 지원수단으로, 그 목적 달성을 위해 보조금 수령기업이 일정 기간 동안 기존사업장을 임대, 폐쇄, 매각, 축소하지 않고 유지하도록 하는 의무를 부과하고 있다.

(나) 청구법인은 위 보조금 관련 의무사항을 준수하기 위해 쟁점토지를 유예기간 내 산업용 건축물등의 신축 용도로 직접 사용하지 아니한 것이므로 “정당한 사유”가 인정되어야 한다고 주장하나, 이는 청구법인의 쟁점토지 취득 이후 스스로의 선택에 의해 발생한 내부적인 사정에 불과하고, 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유에 해당한다고 볼 수 없다.

청구법인이 쟁점토지를 4년 간 잡풀이 무성한 상태로 방치하는 외에 이를 산업용 건축물등의 신축에 사용하기 위해 진지한 노력을 다하였다고 볼만한 사정이 입증되지도 않았으므로, 청구법인에게 “정당한 사유”를 인정하여 취득세 등의 추징을 배제할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 유예기간 내 쟁점토지를 산업용 건축물등의 신축 용도로 직접 사용하였는지 여부

② 청구법인이 유예기간 내 쟁점토지를 산업용 건축물등의 신축 용도로 직접 사용하지 아니한 데 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2019.4.2. AAA기계소재공단사업협동조합으로부터 연접토지 및 쟁점토지를 취득하고, 연접토지 및 쟁점토지가 산업단지에서 산업용 건축물등을 신축하여 취득하는 부동산에 해당한다고 보아, 2019.4.3. 처분청에 「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항 제2호 가목에 따른 감면율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(나) 청구법인은 2020.4.9. 연접토지 지상에 이 건 공장을 신축하고 그 소유권보존등기를 마쳤으며, 2020.4.20. 위 공장에 ‘이 부동산(건물)은 보조금이 지원되어 있으며, 2025.4.20.까지 보조금을 지원한 중앙행정기관의 장의 승인 없이 보조금의 교부 목적에 위배되는 용도에 사용, 양도, 교환, 대여 및 담보의 제공을 할 수 없다’는 내용의 금지사항등기가 경료된 것으로 확인된다.

(다) 처분청은 2020.10.30. 청구법인에게 아래 ＜표1＞과 같이 「지방자치단체의 지방투자기업 유치에 대한 국가의 재정자금 지원기준」에 따른 지방투자촉진보조금 지급 계획을 통지하였다.

＜표1＞ 지방투자촉진보조금 심의결과 통보 및 보조금 교부 관련 안내

○○○

(라) 연접토지 및 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 따르면, 주식회사BBB이 2019.3.21. 연접토지 및 쟁점토지에 관하여 토지개발사업시행으로 인한 각 소유권보존등기를 경료한 것으로 나타난다.

청구법인은 2019.4.10. 연접토지 및 쟁점토지에 대한 각 소유권이전등기를 마쳤고, 청구법인의 소유권이전등기 당시 연접토지 및 쟁점토지는 서로 별개의 지번을 부여받은 토지에 해당하였으나, 2022.1.21. 이 건 합병토지로 합병되어 1필지의 토지가 된 것으로 나타난다.

(마) 국토정보플랫폼에서 확인되는 연접토지 및 쟁점토지의 항공사진에 따르면, 쟁점토지는 2019년도부터 2024년도까지 계속해서 나대지 상태인 것으로 나타난다.

위 항공사진과 카카오맵에서 확인되는 연접토지 및 쟁점토지의 로드뷰 사진에 따르면, 연접토지의 지면이 쟁점토지의 지면보다 높은 곳에 위치해 있고, 연접토지와 쟁점토지의 경계에 벽돌조의 담장이 설치된 것으로 보이는바, 처분청은 연접토지와 쟁점토지 지면의 고저차가 3m 이상이라고 답변하였다.

(바) 처분청이 제출한 2024.6.11.자 쟁점토지 출장결과보고서에서 확인되는 쟁점토지의 현황사진에 따르면, 해당 토지는 잡초가 무성하고 산업용 건축물등이 신축되어 있지 아니한 것으로 확인된다.

청구법인은 쟁점토지에 유예기간 내 조경수 2그루를 식재하였다고 주장하며 촬영일 미상의 쟁점토지 사진을 제출하였다.

(사) 처분청은 당초 쟁점토지를 공장의 부속토지로 보아 재산세 분리과세대상으로 구분하였으나, 이후 쟁점토지의 사실상 현황이 나대지에 해당하는 것으로 확인됨에 따라 당해 토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 2019년도부터 2024년도까지의 재산세를 경정·고지하였다고 답변하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 이 건 쟁점①에 대해 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제78조 제4항은 산업용 건축물등을 신축하기 위해 취득하는 토지에 대하여 취득세를 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항 제1호는 그 토지를 정당한 사유 없이 취득일부터 4년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

이 때 토지가 위 규정에 따라 산업용 건축물등의 신축 용도로 직접 사용되고 있는지 여부는 필지 수나 공부상 기재와 관계없이 실제 산업용 건축물등의 효용과 편익을 위해 사용되고 있는지 여부를 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다고 할 것이다(조심 2019지3819, 2020.3.25., 대전고등법원 2022.4.21. 선고 2021누12464 판결(확정), 같은 뜻임).

(나) 연접토지 및 쟁점토지의 항공사진, 현황사진 등에 따르면, 청구법인은 연접토지 및 쟁점토지의 취득일(2019.4.2.)부터 4년이 경과할 때까지 연접토지에 이 건 공장을 신축하였을 뿐, 쟁점토지는 잡초가 무성한 나대지 상태로 방치하여 산업용 건축물등의 효용이나 편익을 위해 사용하지 아니한 것으로 확인되는 점,

연접토지와 쟁점토지는 벽돌조 담장으로 구분되어 있고, 그 지면의 고저가 3m 이상 차이나 외관상 하나의 공장용지로서 이용되고 있다고 보기 어렵고, 그 밖에 쟁점토지가 이 건 공장 및 연접토지와 경제적 일체성을 이루고 있다고 볼만한 자료가 제출되지 아니한 점,

「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호는 토지를 유예기간 내 산업용 건축물등의 신축에 직접 사용하지 않는 경우 “그 해당 부분에 대해서는” 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 연접토지 및 쟁점토지를 취득한 이후 해당 토지들이 1필지의 토지로 합병되었다고 하더라도, 쟁점토지가 산업용 건축물등의 효용과 편익을 위해 사용되고 있지 않은 이상 해당 부분에 대한 취득세 감면분의 추징을 면할 수 없는 것인 점 등에 비추어, 처분청에서 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내 산업용 건축물등의 신축 용도에 직접 사용하지 않았다고 본 것에 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 다음으로 이 건 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호는 산업용 건축물등을 신축하기 위해 취득하는 토지를 정당한 사유 없이 취득일부터 4년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

이 때 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지·제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 목적사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 부동산의 취득 목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하거나 건축공사에 착공하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 그 사업에 사용할 수 없거나 건축공사에 착공할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(조심 2018지2013, 2019.3.20., 같은 뜻임).

(나) 청구법인은 지방투자촉진보조금의 환수를 면하기 위해 쟁점토지에 유예기간 내 산업용 건축물등을 신축하지 못하였으므로 “정당한 사유”를 인정해야 한다고 주장하나, 이는 청구법인의 경제적 판단에 따라 발생한 내부사정에 불과하고, 청구법인이 마음대로 할 수 없는 장애 사유에 해당하지 않는 점, 청구법인이 유예기간 내 쟁점토지를 산업용 건축물등의 신축 용도로 직접 사용하기 위해 진지한 노력을 다하였음을 입증하는 자료가 제출되지 아니한 점 등에 비추어, 청구법인에게 “정당한 사유”가 인정되지 않는다고 본 처분청의 이 건 취득세 등 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.

(2) 지방세특례제한법(2023.12.29. 법률 제19862호로 개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년(2019년 1월 1일부터 2020년 12월 31일까지의 기간 동안 취득한 경우에는 4년)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우