이유
1.처분개요

가. 청구인은 2021.12.27. 서울시 OOO 소재 토지 및 건물(이하 건물을 “쟁점건물”, 건물과 토지를 합쳐 “쟁점부동산”이라 한다)을 양도하고, 2022.2.25. 쟁점건물 양도에 대해 주거용면적(1층∼3층)이 비주거용면적(4층, 5층)을 초과하는 1세대1주택(다가구주택) 고가주택 양도로 보아 전체 양도차익 OOO원 중 비과세 양도차익 OOO원을 제외한 과세대상 양도차익을 OOO원으로 산정하고, 「소득세법」 제95조 제2항 [표2]의 장기보유특별공제율을 적용하여 장기보유특별공제액 OOO원을 공제한 후 양도소득세 과세표준 OOO원에 대한 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2025.3.10.부터 2025.3.29.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하였고, 청구인이 쟁점건물 중 1층 일부 상가면적을 제외한 전체 5개 층을 장기간 주택 용도로 사용한 사실과 사실상 공동주택으로 사용하던 쟁점건물을 다가구주택으로 용도변경하고 용도변경일로부터 2년 이내 양도했다고 판단해, 1세대1주택 비과세 양도차익 산정을 위한 보유기간을 충족하지 아니하였다고 보아 비과세 신고를 부인하고 「소득세법」 제95조 제2항 [표1]의 장기보유특별공제율을 적용하여 2025.6.16. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.4. 심판청구를 제기하였다.

2.청구인 주장 및 처분청 의견

가.청구인 주장

쟁점부동산 양도 계약일 현재 쟁점건물의 용도현황은 전체 연면적 446.12㎡ 중 주택 면적이 257.62㎡, 근린생활시설 면적이 188.5㎡으로서 건물 전체를 1세대1주택으로 보아 1세대1주택 비과세 규정을 적용하고 OOO원 초과분에 대한 양도차익에 대해서 양도소득세를 신고·납부하였다. 「국세기본법」 제14조의 실질과세 원칙과 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제154조 제3항에 의거 주택사용면적이 주택외 부분의 면적보다 크므로 건물 전체를 1세대1주택 고가주택으로 보아 신고한 내용이 적정하므로 처분청이 비과세 신고를 부인하여 양도소득세 OOO원을 경정·고지한 처분은 취소되어야 한다.

나.처분청 의견

쟁점건물은 청구인이 2010.11.9. 신축한 건물(1층부터 4층까지 : 고시원, 5층 : 주택)로서 청구인이 고시원 용도로 건축된 쟁점건물의 1층∼4층을 주거용으로 무단용도 변경하여 사용한 사실이 건축물대장상 확인되고, 2020.5.11. 위반건축물 표시가 해제된 이후에도 청구인이 제출한 부동산매매계약서, 임대차계약서 등으로 보아 쟁점건물은 1층 일부 비주거용 면적을 제외하고 1층부터 5층까지 장기간 주거용으로 사용한 것으로 확인된다.

쟁점건물 건축물대장에는 2021.2.25. 4층과 5층이 용도변경(4층 : 고시원→학원, 5층 : 주택→학원)된 것으로 기재되어 있으며, 용도변경에 따라 쟁점건물이 공동주택(5개 층을 주택으로 사용)에서 다가구주택(3개 층을 주택으로 사용)으로 변경된 날부터 2년 이내인 2021.12.27. 쟁점건물을 양도하였으므로 관련 해석사례 및 결정례(사전-2017-법령해석재산-0669 2017.12.28., 심사양도 2011-0209, 2011.9.29.)에 따라 쟁점건물의 양도는 「소득세법」 제89조(비과세 양도소득) 제1항 제3호에 규정한 1세대1주택 고가주택 비과세 양도차익 산정을 위한 보유기간 요건을 충족하지 않는다.

또한, 「소득세법 시행령」(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정되어 2022.5.31. 대통령령 제32654호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대1주택의 범위) 제5항 단서에 따르면 2주택 이상 보유자가 1주택 외의 주택을 모두 처분(양도, 증여, 용도변경)하는 경우 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 비과세 보유기간을 기산한다고 규정하고 있으며, 쟁점건물은 2021.2.25. 용도변경일 이전 5개 층이 주택 용도로 사용되어 사실상 공동주택에 해당하므로 청구인이 공동주택을 보유한 상태에서 다가구주택으로 용도 변경한 경우 비과세 요건 중 보유기간의 기산일을 용도변경일로 보아야 하고 보유기간 기산일부터 양도일인 2021.12.27.까지 2년 미만에 해당하므로 설령 쟁점건물 중 1호를 이 매매계약일 및 양도일 현재 1주택으로 보는 다가구주택에 해당하더라도 1세대1주택 고가주택 비과세 양도차익 산정을 위한 보유기간 요건을 충족하지 않는다.

쟁점건물은 2021.2.25. 4층, 5층의 용도를 변경하기 전까지 5층 전체가 주택으로 사용되었고, 다세대주택을 보유하다가 다가구주택으로 용도변경한 경우 관련 해석사례(재산세과-3650, 2008.11.06.)에 따라 「소득세법」 제95조 제2항 [표2]의 장기보유특별공제율의 보유기간 기산일은 용도변경일이고 용도변경일부터 양도일까지 3년 미만 보유한 쟁점건물은 위 장기보유특별공제율의 적용대상이 아니므로 처분청은 당초 청구인이 신고한 장기보유특별공제액 OOO원을 부인하고, 같은 항 [표1]의 장기보유특별공제율을 적용하여 공제액을 OOO원으로 감액하였다.

3.심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산이 1세대1주택 비과세(고가주택) 적용 대상에 해당하는지 여부

나.관련 법령 :　＜별지＞ 기재

다.사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인은 2021.12.27. A에게 매매대금을 OOO원으로 하여 쟁점부동산을 매도하는 매매계약을 체결하였다.

(나) 쟁점건물의 건축물대장에는 주용도가 제2종근린생활시설로 기재되어 있고 건축물 현황은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 건축물대장상 건축물 현황

○○○

(다) 건축물대장의 변동사항 기재에 따르면 ‘지상 1, 2, 3, 4층 제2종근린생활시설(고시원) → 주거용으로 무단용도변경(290.325㎡) ＜지상 1층(101호, 102호, 103호), 지상 2층(201호, 202호, 203호, 204호), 지상 3층(301호, 302호, 303호, 305호), 지상 4층(402호, 403호, 404호, 405호)＞’라고 기재되어 있고, 이에 대해서는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.

(라) 쟁점건물 4, 5층의 용도는 2021.2.25. 학원으로 변경되었는데 변경 전은 아래 ＜표2＞와 같고, 변경 후는 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표2＞ 용도변경 전

○○○

＜표3＞ 용도변경 후

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물 양도는 1세대1주택 비과세 규정이 적용되기 위한 보유기간 요건을 충족한 뒤에 이루어진 것이라고 주장하나, 1세대가 단독주택 멸실 후 신축한 다세대주택을 「소득세법 시행령」 제155조 제15항에 따른 다가구주택으로 용도변경하여 하나의 매매단위로 양도하는 경우로서, 용도를 변경한 날로부터 2년 이상 보유하고 양도하는 경우에는 단독주택으로 보아 「소득세법 시행령」 제154조 제1항의 규정을 적용하는 것인데(조심 2019서2473, 2019.10.10., 같은 뜻임), 용도변경 전 쟁점건물은 5개층 이상을 주택으로 이용하는 공동주택이었던 점, 청구인이 쟁점건물의 용도를 다가구 주택으로 변경한 일자는 2021.2.25.이고 쟁점건물을 양도한 일자는 2021.12.27.이므로 용도변경일로부터 쟁점건물 양도 시까지 보유기간 2년 요건이 충족되지 않았음이 역수상 명백하여 1세대1주택 비과세 규정을 적용할 수 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

(2) 소득세법 시행령(2022.5.31. 대통령령 제32654호로 개정되기 전의 것)

제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. (단서생략)

③ 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경(「건축법」제19조에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다]한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.

제155조(1세대1주택의 특례) ⑮ 제154조 제1항을 적용할 때 「건축법 시행령」 별표1 제1호 다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. 다만, 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다.

부칙 제1조(시행일)

이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각호의 개정 규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

3. 제154조 제5항의 개정규정 : 2021년 1월 1일

(2) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ①법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다.

(3) 건축법 시행령

[별표1] 용도별 건축물의 종류(제3조의5 관련)

1. 단독주택

가. 단독주택

나. 다중주택

다. 다가구주택: 다음의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다.

1) 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것. 다만, 1층의 전부 또는 일부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택(주거 목적으로 한정한다) 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외한다.

2) 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적의 합계가 660제곱미터 이하일 것

3) 19세대(대지 내 동별 세대수를 합한 세대를 말한다) 이하가 거주할 수 있을 것

2. 공동주택

가. 아파트 : 주택으로 쓰는 층수가 5개 층 이상인 주택

나. 연립주택 : 주택으로 쓰는 1개 동의 바닥면적(2개 이상의 동을 지하주차장으로 연결하는 경우에는 각각의 동으로 본다) 합계가 660제곱미터를 초과하고, 층수가 4개 층 이하인 주택

다. 다세대주택 : 주택으로 쓰는 1개 동의 바닥면적 합계가 660제곱미터 이하이고, 층수가 4개 층 이하인 주택(2개 이상의 동을 지하주차장으로 연결하는 경우에는 각각의 동으로 본다)