이유
1. 처분개요

가.청구법인은 2009년 설립되어 비주거용 건물임대업을 영위하고 있고, 2018.11.21. OOO원에 매매로 취득한 서울특별시 서초구 OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2021.5.31. 청구법인의 대표이사 A의 자녀인 B에게 OOO원에 양도(이하 “쟁점거래”, 해당 양도가액을 “쟁점거래가액”이라 한다)하고, 쟁점거래가액을 사업용 부동산의 양도가액으로 2021년 제1기 과세기간의 부가가치세 및 2021사업연도 법인세 신고를 각각 하였다.

나.처분청은 쟁점아파트가 소재한 단지 내에 101동 505호(이하 “비교대상아파트”라 한다)가 쟁점아파트와 공동주택가격과 면적이 유사하고 쟁점아파트의 양도일부터 3개월 이내인 2021.8.12. OOO원(이하 “쟁점매매사례가액”, 관련한 거래를 “쟁점매매”라 한다)에 매매된 사실을 확인하고 쟁점매매사례가액을 쟁점아파트의 시가로 보았으며, 청구법인이 쟁점아파트를 특수관계인인 B에게 시가인 쟁점매매사례가액보다 저가로 쟁점거래를 한 것이 「부가가치세법」 제29조 제4항 및 「법인세법」 제52조에 따른 부당행위계산 부인의 대상에 해당된다고 보아 쟁점매매사례가액과 쟁점거래가액의 차액인 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 사업용 부동산의 양도가액에 가산하여, ＜별지1＞ 기재와 같이 청구법인에게 2025.5.22. 및 2025.5.23. 각 2021년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2021사업연도 법인세 OOO원을 각각 경정·고지하고, 2025.5.29. 쟁점금액을 B의 2021년 귀속 기타소득으로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2025.8.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)쟁점매매사례가액은 시세보다 이례적으로 높게 거래된 가액이어서 부당행위계산 부인규정상의 시가로 볼 수 없으므로, 청구법인이 2개 감정기관에 의뢰하여 받은 감정가액의 평균액인 OOO원[이하 “쟁점감정가액”, 관련한 감정평가를 “쟁점감정평가(서)”라 한다]을 위 시가로 보아 이 건 과세처분의 과세표준 등을 경정해야 한다.

부당행위계산 부인규정의 기준으로 삼거나 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다)상 시가에 포함하는 유사매매사례가액은 평가대상 주택과 공동주택가격의 차이가 평가대상 주택의 공동주택가격의 100분의 5 이내일 것이 요구되는 등 산정요건이 엄격한바, 쟁점거래 당시 쟁점아파트에 관한 감정가액이 없었고 청구법인이 2021년 제1기 부가가치세 확정신고기한(2021.7.25.)까지 쟁점아파트 또는 유사자산의 매매사례가액이 있는지 여부를 매매사례가액을 확인하였으나 공개된 것을 찾지 못하여서(이는 비교대상아파트의 등기일이 2021.8.12.이어서 국세청, 한국부동산원 등 매매사례를 공시하는 기관에서 쟁점매매를 알 수 없었던 것에 기인한다) 한국부동산원에서 제공하는 시세정보(시세기준월이 2021년 6월인 매매가액의 하한평균가와 상한평균가는 각각OOO원 및 OOO원이었다) 및 국토교통부의 공동주택 공시가격 산정 기초자료(2020년 6월과 12월에 각 계약된 매매사례를 참고하여 2021.1.1. 기준 하한가와 상한가는 각각 OOO원 및 OOO원이었다)를 참고하여 그 범위 내에서 쟁점거래를 하였는데, 쟁점매매사례가액은 위 시세정보 등의 가격 범위를 현저히 벗어난 것이다.

쟁점아파트가 소재한 단지는 2개동만으로 이루어진 소규모인 점, 교통, 학군 등의 입지조건이 다른 아파트 단지에 비하여 열악한 점 등을 이유로 매매가 적고(연평균 1·2건에 불과한데 2021년에도 쟁점거래와 쟁점매매 2건뿐이었다) 매매가액이 낮게 형성되어 있다. 그럼에도 불구하고 청구법인이 비교대상아파트가 고액인 쟁점매매사례가액으로 매매된 사유에 대하여 인근의 공인중개사 2인으로부터 확인한 결과 비교대상아파트는 2인의 공인중개사가 공동으로 중개하였는데 쟁점매매 전에 고급자재를 사용한 수리를 통해 가치가 증대되었고(다만 해당 수리가 자본적 지출이었는지 아니면 수익적 지출이었는지 여부는 확인하지 못하였다), 복수의 매수인이 비교대상아파트를 매수하고자 경쟁했던 이유로 OOO원부터 시작하여 쟁점매매사례가액(OOO원)까지 매매가액이 상승하게 된 것인 점 등을 감안할 때 쟁점매매사례가액은 쟁점매매라는 이례적인 거래에 따른 것이므로 부당행위계산 부인규정의 적용시의 시가로 볼 수 없다(위 확인 내용은 청구법인과 아무런 관계가 없는 ‘쟁점매매를 중개한 공인중개사 2인’으로부터 서면으로 받은 확인서에 기재된 것이다),

객관적인 교환가치가 존재하지 않는 경우 소급하여 감정평가한 금액을 시가로 볼 수 있는바(대법원 2002.6.28. 선고 2000두6244 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 이 건 과세처분 후에 억울하여 감정기관 2곳에 쟁점아파트에 대한 감정평가를 의뢰하였고 이들 감정기관은 2025.2.7. 및 2025.5.27. 감정평가기준일을 2021.5.31.로 하여 쟁점감정평가를 하였는데, 이에 따른 쟁점감정가액은 앞서 제시한 한국부동산원의 시세추이와 유사한 등 쟁점부동산의 시가로 봄이 타당하므로 쟁점감정가액을 시가로 보아야 한다.

(2)(예비적으로) 청구법인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다.

①앞서 제시하였듯이 쟁점매매사례가액은 청구법인의 2021년 제1기 부가가치세 확정신고기한(2021.7.25.)까지 공시되지 않아서 청구법인으로서는 쟁점매매사례가액이 존재하는지에 대해 알 수 없었던 점, ②이러한 상황에서 청구법인은 한국부동산원에서 제공하는 시세정보 등 공시된 자료를 최대한 확인하여 쟁점거래가액을 쟁점아파트의 시가로 보아 쟁점거래를 한 점 등을 감안할 때, 청구법인에게 이 건 과세처분 중 가산세를 감면받을 정당한 사유가 있었던 것으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점매매사례가액은 시가에 해당하므로 이 건 과세처분은 적법·정당하다.

「법인세법」 제52조 제2항에서 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 시가로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제89조 제1항에서 같은 법 제52조 제2항의 적용시 해당 거래와 유사한 상황에서 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우 그 가격에 따르도록 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 시가가 불분명한 경우 감정가액, 공시가격 등을 차례로 적용하도록 규정하고 있다. 한편 조세심판원은 2024.2.27. 이 건과 동일하게 ‘법인이 특수관계인에게 임대용 부동산을 양도한 거래에 대해 「법인세법」상 부당행위계산 부인규정을 적용한 처분’의 당부를 가리는 ‘조심 2023중10653’ 심판결정례에서 평가대상 아파트와 비교대상 아파트의 면적과 공시가격이 동일하고 쟁점거래일부터 불과 3개월 이내의 유사매매사례가액을 거래 당시 형성된 시세에 부합하는 ‘특수관계인이 아닌 제3자’ 간에 일반적으로 거래된 가격으로서 평가대상 아파트의 시가로 본 것에 잘못이 없다고 결정하였다. 이 건의 경우 비교대상아파트는 쟁점아파트와 같은 단지에 소재하고 있고 면적(각각 164.05㎡ 및 162.41㎡)과 공동주택가격(2021.4.29. 고시되었고 각각 OOO원 및 OOO원)의 차이가 거의 없으며, 쟁점매매사례가액은 쟁점아파트의 쟁점거래 계약체결일(2021.5.28.)로부터 불과 16일 전(2021.5.12.)에 쟁점매매 계약이 체결된 제3자 간의 거래가액이므로 쟁점아파트의 시가로 봄이 타당하다.

청구법인은 한국부동산원의 시세정보와 국토교통부의 공동주택 공시가격 산정 기초자료, 쟁점아파트와 비교대상아파트의 입지조건 및 인근 공인중개사 2인의 확인서상 확인 내용을 제시하면서 쟁점매매사례가액을 「법인세법」상 시가로 볼 수 없다고 주장하나, ①쟁점아파트와 비교대상아파트가 소재한 단지는 학군(거주민이 학업성취도가 높은 OOO와 OOO 및 OOO에 배정되거나 진학한다)과 교통(포털사이트 지도를 기준으로 지하철 3호선과 신분당선의 환승역인 OOO에서 도보로 6분, 서울특별시의 중심인 OOO과도 도보로 19분이 소요된다) 여건이 우수한 점, ②청구법인이 제출한 공인중개사 2인의 확인서상의 내용은 객관적·구체적으로 입증되지 않은 점(그 확인 내용 중 ‘비교대상아파트의 내부수리가 매수자 간의 매입 경쟁과 매수가격 상승의 원인이 되었다’는 부분은 비교대상아파트의 양도인이 제출한 양도소득세 신고서상의 필요경비 내역을 통해 확인되지 않는다), ③쟁점아파트와 비교대상아파트가 소재한 단지 내의 다른 아파트(101동 105호)도 쟁점아파트의 쟁점거래 계약체결일(2021.5.28.)로부터 1년이 경과하기 전(2022.4.25.)에 쟁점매매사례가액과 유사한 OOO원에 거래되었음을 감안하면 쟁점매매사례가액을 이례적인 가액으로 볼 수 없는 점 등을 감안할 때, 위 청구법인의 주장은 이유 없다.

또한 청구법인은 쟁점감정가액을 쟁점아파트의 시가로 보아야 한다고 주장하나, 앞서 제시하였듯이 「법인세법 시행령」 제89조에 따른 시가는 원칙적으로 같은 조 제1항에 따른 시가를 적용하되 같은 조 제2항에 따라 시가가 불분명한 경우에 한정하여 객관적이고 합리적으로 평가한 감정가액도 시가에 포함되는 것인바, ①쟁점매매사례가액은 쟁점거래 당시 특수관계인이 아닌 제3자 간의 쟁점매매시 거래된 가액으로서 시가에 해당됨이 분명한 점, ②설령 쟁점매매사례가액이 시가에 해당됨이 불분명하다고 보더라도 쟁점감정가액은 쟁점거래의 계약체결일(2021.5.28.)로부터 3년 이상 경과된 시점(2025.2.7. 및 2025.5.27.)에서, 쟁점거래의 계약체결일로부터 불과 16일 전에 계약이 체결된 쟁점매매를 배제하고 쟁점아파트의 쟁점매매 계약일(2021.5.28.)로부터 11개월 이전(2020.6.13.)에 계약이 체결된 매매사례(쟁점아파트가 소재한 단지의 101동 203호의 매매가액 OOO원)를 비교사례로 선정하여 감정평가된 것이므로 객관적이고 합리적으로 평가되었다고 보기 어려운 점 등을 감안할 때, 위 청구주장도 이유 없다.

(2)청구법인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 없다.

청구법인은 쟁점거래의 계약체결일(2021.5.28.) 이후 쟁점아파트의 양도에 대한 부가가치세 과세표준 확정신고일(2021.7.25.)까지의 기간 동안 쟁점매매사례가액이 공시된 사실이 없어 한국부동산의 시세정보 등을 참고하여 관련한 부가가치세와 법인세의 각 신고를 한 것에 대해 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나, ①청구법인이 위 부가가치세 과세표준 확정신고를 할 당시 인근 공인중개사에 대한 문의 등을 통하여 2021.5.21. 쟁점매매의 계약체결 사실을 확인할 수 있었을 것이고 관련한 법인세 신고시 국토교통부의 실거래가 조회 사이트를 통하여 쟁점매매사례가액의 확인을 할 수 있었음에도 그 노력을 하지 않은 한 점, ②특히 이 건 가산세 중 납부불성실가산세는 법정납부기한과 납부일 간의 기간에 대한 이자 성격이 있는 데다가 정상납부한 납세의무자와의 형평성을 감안할 필요가 있는 점 등을 감안할 때, 가산세 면제에 관한 청구법인의 주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①쟁점아파트의 양도가액이 시가인 쟁점매매사례가액보다 저가인 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용한 처분의 당부

②(예비적으로) 가산세 감면의 정당한 사유 여부

나. 관련 법령 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 확인한 사실관계 등은 아래와 같다.

(가)청구법인은 2018.11.21. 제3자로부터 OOO원에 취득한 쟁점아파트를 2021.5.31. B에게 쟁점거래가액(OOO원)에 양도하였고, B은 청구법인의 대표이사이자 발행주식 97% 지분을 보유한 최대주주 A의 자녀로 청구법인과는 「법인세법」 제2조 제12호, 같은 법 시행령 제2조 제8항 1호 및 2호에 따른 특수관계인에 해당된다.

(나)쟁점아파트와 비교대상아파트가 소재한 단지는 2개동(101동 및 102동) 110세대 규모이고 2003.11.29. 사용승인된 공동주택으로, 포털사이트 네이버지도상 지하철 ‘OOO’과 ‘OOO’에서 도보로 각각 6분 및 19분이 소요되는 곳에 소재한다.

(다)국토교통부 실거래가 조회사이트에 따르면 쟁점아파트와 비교대상아파트가 소재한 단지 내 아파트의 2018∼2024년 매매사례(실거래가)는 아래 ＜표＞ 기재와 같다.

＜표＞2018～2024년 쟁점아파트와 비교대상아파트가 소재한 단지 내 아파트의 실거래가 현황

○○○

(라)비교대상아파트의 양도자가 제출한 양도소득세 신고서를 보면 해당 양도자는 비교대상아파트를 재개발·재건축으로 취득한 것으로 보이고 그 취득 당시 산정된 필요경비(청산금 포함) 외에 다른 필요경비의 신고 내역은 나타나지 않는다.

(2) 청구법인이 제출한 증빙자료는 아래와 같다.

(가)청구법인은 2021년 제1기 부가가치세 확정신고기한(2021.7.25.)까지 쟁점아파트 또는 유사자산의 매매사례가액이 있는지 여부를 매매사례가액을 확인하였으나 공개된 것을 찾지 못하여서 한국부동산원에서 제공하는 시세정보 및 국토교통부의 공동주택 공시가격 산정 기초자료를 참고하여 그 범위 내에서 쟁점거래를 하였다고 주장하면서, 위 시세정보 및 공동주택 공시가격 산정 기초자료를 제출하였다.

(나)청구법인은 쟁점아파트가 소재한 단지는 2개동만으로 이루어진 소규모인 데다가 교통, 학군 등의 입지조건이 다른 아파트 단지에 비하여 열악하여서 매매가 적고 매매가액이 낮게 형성되어 있음에도 청구법인이 비교대상아파트가 고액인 쟁점매매사례가액으로 매매된 사유에 대하여 탐문한 결과 비교대상아파트는 2인의 공인중개사가 공동으로 중개한 것으로 쟁점매매 전에 고급자재를 사용한 수리를 통해 가치가 증대되었는데 복수의 매수인이 비교대상아파트를 매수하고자 경쟁했던 이유로 OOO원부터 시작하여 쟁점매매사례가액(OOO원)까지 매매가액이 상승한 것이므로 쟁점매매사례가액이 이례적인 가격에 해당한다고 주장하면서, 인근 공인중개사 2인이 작성한 확인서 2부를 제출하었다.

(다)청구법인은 이 건 과세처분 후에 감정기관 2곳에 쟁점아파트에 대한 감정평가를 의뢰하였고 이들 감정기관은 2025.2.7. 및 2025.5.27. 감정평가기준일을 2021.5.31.로 하여 쟁점감정평가를 하였으며, 이에 따른 쟁점감정가액은 앞서 제시한 한국부동산원의 시세추이와 유사한 등 쟁점부동산의 시가로 봄이 타당하므로 쟁점감정가액을 시가로 보아야 한다고 주장하면서, 쟁점감정평가서를 제출하였다.

(3)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가)먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매매사례가액(OOO원)에 대하여 청구법인이 쟁점아파트의 양도와 관련한 2021년 제1기 부가가가치세 확정신고를 할 당시에 확인한 한국부동산원의 시세정보(2021년 6월 기준 OOO원∼OOO원) 및 국토교통부의 공동주택 공시가격 산정 기초자료(2021.1.1. 기준 OOO원 및 OOO원)와 차이가 나고, 이는 고급자재를 사용한 내부수리 후 비교대상아파트의 매수인 간의 호가경쟁에 기인하는 등 이례적이어서 쟁점아파트의 시가로 볼 수 없으므로, 쟁점감정가액을 쟁점아파트의 시가로 보아 이 건 과세처분의 과세표준과 세액을 경정하여야 한다고 주장하나, 아래와 같은 이유 등으로 청구법인의 주장을 받아들이기는 어려우므로, 처분청이 쟁점매매사례가액을 쟁점아파트의 시가로 보아 청구법인이 쟁점아파트를 시가인 쟁점매매사례가액보다 저가로 양도(쟁점거래)한 것이 「부가가치세법」 제29조 제4항 및 「법인세법」 제52조에 따른 부당행위계산 부인의 대상에 해당된다고 보아 청구법인에게 쟁점매매사례가액과 쟁점거래가액의 차액(쟁점금액)에 관한 부가가치세 및 법인세를 각 부과하고 소득금액변동통지를 한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

1)쟁점매매사례가액은 특수관계가 없는 제3자 간에 쟁점아파트의 쟁점거래 계약일(2021.5.28.)로부터 불과 16일 전(2021.5.12.) 매매계약이 체결된 매매가액인 등 특별한 사정이 없는 한 쟁점아파트의 쟁점거래 계약일 당시 「법인세법 시행령」 제89조 제1항의 ‘특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격’ 등 시가의 범위에 포함된다 할 것인바, 청구법인이 제시한 쟁점매매사례가액이 이례적 가격이라는 사정은 객관적·구체적인 자료가 제시되지 않은 등 쟁점매매사례가액에 특별한 사정이 있어 시가에 해당하지 않는 것으로 보기 어려운 점(청구법인이 제출한 쟁점매매를 중개한 공인중개사 2인의 확인서는 사인 간에 임의로 작성가능한 것이어서 객관적인 자료로 보기 어렵다), 위 ＜표＞ 기재의 2018∼2024년 쟁점아파트와 비교대상아파트가 소재한 단지 내 아파트의 실거래가 현황 중 1㎡당 거래금액을 보면 쟁점아파트의 쟁점거래 매매계약일(2021.5.28.) 전인 2020년 중에도 2차례(2020.6.16.자 거래분 OOO원, 2020.12.4.자 거래분 OOO원)에 걸쳐 쟁점매매사례가액(OOO원)과 유사한 1㎡당 거래금액의 거래가 있었던 점 등에 비추어, 쟁점매매사례가액은 쟁점아파트의 쟁점거래 당시의 시세를 반영하는 「법인세법 시행령」 제89조 제1항에 따른 시가로 봄이 타당하다 하겠다.

2)「법인세법 시행령」 제89조에 따르면 같은 법 제52조 제2항(시가를 기준으로 부당행위계산을 부인한다는 취지)을 적용할 때 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따르되(제1항), 시가가 불분명한 경우 감정가액과 상증법 제38조 등을 준용하여 평가한 가액에 따르도록(제2항) 규정하고 있는바, 위 1)에서 살펴보았듯이 쟁점매매사례가액이 「법인세법 시행령」 제89조 제1항에 따른 시가로 봄이 타당하다고 본 이상, 같은 조 제2항의 감정가액 등이 있는지 여부를 살펴볼 필요는 없다 하겠다.

(나)다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 2021년 제1기 부가가치세 확정신고기한(2021.7.25.)까지 쟁점매매사례가액이 공시되지 않아서 그 존재를 알 수 없었고, 이러한 상황에서 한국부동산원에서 제공하는 시세정보 등 공시된 자료를 확인하여 쟁점거래가액을 쟁점아파트의 시가로 보아 부가가치세 및 법인세의 신고 등을 하였는바, 그 신고시 쟁점아파트의 가액을 시가보다 적게 신고하는 등 세법상 의무를 게을리 한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었으므로 이 건 과세처분 중 가산세를 감면하여야 한다고 주장하나, 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조 제1항에 따르면 부동산 매매계약의 거래당사자는 거래계약의 체결일부터 30일 이내에 거래가격 등을 신고관청에게 공동으로 신고하도록 규정하고 있음을 감안하면 청구법인이 쟁점아파트의 쟁점거래 계약 체결(2021.5.28.) 후 30일이 지나서 쟁점아파트의 양도에 관한 2021년 제1기 부가가치세 확정신고 기한(2021.7.25.) 이전에는 국토교통부 실거래가 현황사이트 등을 통하여 2021.5.12. 쟁점매매의 계약 사실과 쟁점매매사례가액을 확인할 수 있었을 것으로 보이는 점, 쟁점거래는 특수관계인 간의 거래이므로 청구법인으로서는 인근 공인중개사의 탐문 등을 통해 쟁점매매 사실을 확인하는 등 시가에 부합한 거래를 하기 위한 노력이 필요했을 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인의 주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 이 건 과세처분 등

(단위: 원)

세목 등

귀속연도 등

세액 또는 소득금액

송달일

가산세

(납부지연)

법인세

2021사업연도

154,306,410

39,830,684

(28,383,112)

2025.5.23.

소득금액변동통지

2021년

790,000,000

2025.5.29.

부가가치세

2021년 제1기

12,976,970

3,761,159

(2,839,577)

2025.5.22.

(세액 합계)

167,283,380

43,591,843

(31,222,689)

**법인세 및 부가가치세의 세액은 가산세를 포함한 금액이고, 가산세는 납부지연가산세를 포함한 금액이다

＜별지2＞ 관련 법령

(1) 법인세법

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33265호로 일부개정되기 전의 것)

제88조(부당행위계산의 유형 등) ①법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3.자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. (단서 생략)

②제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. (단서 생략)

③제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다.

제89조(시가의 범위 등) ①법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. (단서 및 각호 생략)

②법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1.「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). (단서 생략)

2.「상속세 및 증여세법」 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. (후단 생략)

⑤제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. (단서 생략)

(3) 상속세 및 증여세법

제61조(부동산 등의 평가) ① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

4. 주택

「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(같은 법 제18조 제1항 단서에 따라 국세청장이 결정ㆍ고시한 공동주택가격이 있는 때에는 그 가격을 말하며, 이하 이 호에서 "고시주택가격"이라 한다). (단서 생략)

(4) 부가가치세법

제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. (단서 생략)

④ 제3항에도 불구하고 특수관계인에 대한 재화 또는 용역(수탁자가 위탁자의 특수관계인에게 공급하는 신탁재산과 관련된 재화 또는 용역을 포함한다)의 공급이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 경우에는 공급한 재화 또는 용역의 시가를 공급가액으로 본다.

1.재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 아무런 대가를 받지 아니한 경우

(5) 부동산 거래신고 등에 관한 법률

제3조(부동산 거래의 신고) ① 거래당사자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약을 체결한 경우 그 실제 거래가격 등 대통령령으로 정하는 사항을 거래계약의 체결일부터 30일 이내에 그 권리의 대상인 부동산등(권리에 관한 계약의 경우에는 그 권리의 대상인 부동산을 말한다)의 소재지를 관할하는 시장(구가 설치되지 아니한 시의 시장 및 특별자치시장과 특별자치도 행정시의 시장을 말한다)ㆍ군수 또는 구청장(이하 “신고관청”이라 한다)에게 공동으로 신고하여야 한다. 다만, 거래당사자 중 일방이 국가, 지방자치단체, 대통령령으로 정하는 자의 경우(이하 “국가등”이라 한다)에는 국가등이 신고를 하여야 한다.

1. 부동산의 매매계약

2.「택지개발촉진법」, 「주택법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따른 부동산에 대한 공급계약

3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지위의 매매계약

가.제2호에 따른 계약을 통하여 부동산을 공급받는 자로 선정된 지위

나.「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 취득한 입주자로 선정된 지위

(6) 국세기본법

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3.그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(7) 국세기본법 시행령

제28조(가산세의 감면 등) ① 법 제48조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1.제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

2.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 토지등의 수용 또는 사용, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시ㆍ군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우

3.「소득세법 시행령」 제118조의5 제1항에 따라 실손의료보험금(같은 영 제216조의3 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 지급받은 것을 말한다)을 의료비에서 제외할 때에 실손의료보험금 지급의 원인이 되는 의료비를 지출한 과세기간과 해당 보험금을 지급받은 과세기간이 달라 해당 보험금을 지급받은 후 의료비를 지출한 과세기간에 대한 소득세를 수정신고하는 경우(해당 보험금을 지급받은 과세기간에 대한 종합소득 과세표준 확정신고기한까지 수정신고하는 경우로 한정한다)