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위법한 조사 여부
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심판청구
위법한 조사 여부
조심 2025중1804생산일자 2025-12-23
AI 요약
요지
영업사원을 통해 의료진에게 리베이트를 지급한 내용이 확인되고, 사전통지 시 진술 담합 및 증거 인멸 개연성 있는바, 위법한 세무조사 해당하지 않음
상세내용

이유
1.처분개요

가.청구법인은 2002.8.22. A 주식회사라는 상호로 설립된 법인으로 2022년 11월경 의약품 제조업을 영위하는 주식회사 B(이하 “피합병법인”이라 한다)을 흡수합병하였다.

나.서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호의 규정에 따라 청구법인을 세무조사 대상자로 선정하고, 「국세기본법」제81조의7 제1항에 따라 세무조사 사전통지시 증거 인멸 등의 우려가 있어 조사목적을 달성할 수 없는 경우에 해당하는 것으로 보아 세무조사 사전통지를 생략하여 2024.7.2.부터 2024.9.20.까지 법인통합조사(이하 “쟁점세무조사”라 한다)를 실시하였고, 그 결과에 따라 허위영수증 판촉비 및 법인신용카드 사적 사용액 합계 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 손금불산입하고, 이에 대하여 피합병법인의 임직원에게 상여로 소득처분하여야 하며, 해당 기간 수취한 매입세금계산서 중 일부가 실제 용역의 공급없이 수취한 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 이에 따라 처분청은 2024.12.12. 청구법인에게 2021∼2022사업연도 법인세 합계 OOO원(2021사업연도분 OOO원 및 2022사업연도분 OOO원) 및 부가가치세 합계 OOO원을 경정·고지하고, 피합병법인의 임원 및 직원에게 쟁점금액을 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2025.3.7. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1) 청구법인은 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호에 따라 정기선정 외 세무조사 대상자로 선정될 사유에 해당하지 않았는바, 쟁점세무조사는 위법한 세무조사에 해당하므로, 그에 따른 이 건 처분은 위법·부당하다.

(가) 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호는 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의가 있고, 그와 같은 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 비정기 세무조사를 실시할 수 있도록 규정하고 있는데, 신고 내용에 탈루나 오류가 있음이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우를 말한다고 할 것이고(대법원 2010.12.23. 선고 2008두10461 판결 참조), 세무조사가 납세자의 재산권이나 영업에 미치는 막대한 영향, 과세관청이 함부로 세무조사를 하는 경우에 발생할 수 있는 각종 부작용 등에 비추어 법이 정한 세무조사 개시 사유에 해당하는지 여부는 엄격하게 해석하여야 할 것이며(대법원 2016.12.15. 선고 2016두47659 판결 참조), 적법하게 세무조사가 개시되었다는 점은 과세관청이 증명하여야 할 것이다(서울고등법원 2016.7.13. 선고 2015누57408 판결 참조).

(나) 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호의 ‘명백한 조세탈루의 개연성’에 대하여 대법원 및 조세심판원은 혐의를 입증할 만한 강력한 정황과 자료가 충분히 뒷받침되어 상당한 정도의 개연성이 있고, 과세관청이 자의적으로 판단해서는 안되며, 외부에서 객관적으로 확보한 자료나 누구나 납득할 수 있는 합리적인 분석을 통해 조세탈루의 발생 가능성이 논리적·합리적으로 설명되는 경우로 해석하고 있다.

(다) 조사청은 법인세 신고내역, 2023.8.30.자 공정거래위원회 공시자료 및 피합병법인의 리베이트 관련 보도자료 등에 따라 명백한 조세탈루의 개연성이 인정되는 경우에 해당한다는 의견이나, 피합병법인의 리베이트 관련 보도자료의 경우 제보자의 진술에 의존한 것으로서 객관성이 있는 자료라고 볼 수 없고, 2023.8.30.자 공정거래위원회 공시자료 모두 청구법인이 피합병법인을 인수하기 이전에 발생한 사건에 대한 것으로서 청구법인의 경영진 및 직원들과 무관한 사건으로, 사실관계 또한 관련 제보자 및 의료인의 진술에 근거한 것일 뿐만 아니라 금액, 지급일 및 지급방법 등 구체적인 사실관계가 기재되어 있지 않으며, 위 공시자료에는 청구법인이 영업사원들로부터 허위영수증을 제출받아 해당 금액 상당의 금원을 각 영업사원들에게 이체하고 이를 출금하여 리베이트자금으로 활용하였다는 내용이 기재되어 있지 않는 등 리베이트와 청구법인간의 관련성을 확인할 수 없는바, 조사청이 조세탈루의 개연성을 자의적으로 판단하여 청구법인을 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호에 따른 세무조사 대상자로 선정하였다고 볼 수 있다.

(라) 따라서 조사청이 청구법인을 조사대상으로 선정한 선정검토보, 분석보고서 등을 쟁점세무조사의 적법성을 입증하기 위한 증거자료로 제출하지 않는 이상 쟁점세무조사는 비정기 세무조사 선정사유를 위반한 위법한 세무조사에 해당한다.

(2) 쟁점세무조사는 세무조사 사전통지 제외 사유에 해당하지 않음에도 사전통지를 생략한 채 이루어진 위법한 세무조사에 해당하므로 그에 따른 이 건 처분은 위법·부당하다.

(가) 「국세기본법」제81조의7 제1항은 ‘세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 15일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지하여야 합니다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다’라고 규정하고 있고, 같은 조 제4항은 ‘세무공무원은 제1항 단서에 따라 사전통지를 하지 아니하고 세무조사를 하는 경우 세무조사를 개시할 때, 1. 사전통지사항, 2. 사전통지를 하지 아니한 사유, 3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항이 포함된 세무조사통지서를 세무조사를 받을 납세자에게 교부하여야 한다’고 규정하고 있는바, 이와 같이 세무조사에 앞서 사전통지를 하도록 규정한 것은, 납세자의 자발적인 협력을 받아 세무 조사를 원활하게 수행함으로써 세무조사의 효율성을 도모하는 한편, 납세자가 조사대상 세목과 조사사유 등을 미리 파악한 다음 충분한 시간을 갖고 준비함으로써 세무조사과정에서 방어권을 적절하게 행사할 수 있도록 보장하는 데에 그 취지가 있다고 할 것이다.

(나) 법원은 ‘세무조사 사전통지 제외사유가 없음에도 불구하고 세무조사 사전통지를 하지 아니한 채 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세처분을 하는 것은 적법절차의 원칙에 어긋나는 것이라고 보아야 하고, 나아가 이와 같은 위반행위는 과세처분에 별다른 영향을 미치지 않는 사소한 절차위반이라고 볼 수 는 없으며, 오히려 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차상의 하자에 해당하는 것’이라고 판시(서울고등법원 2019.4.10. 선고 2017누38128 판결)하였고, 사전통지를 생략한 세무조사 및 이에 터잡은 과세처분의 위법성이 문제된 사안에 대하여, 세무조사 사전통지에 대한 제외사유는 구체적 이어야 하고, 그와 같이 구체적인 제외사유가 실제로 있었는지 여부는 엄격하게 판단하여야 한다는 전제에서, ① 피고가 작성한 ‘중복조사 해당 여부 및 사전통지 제외사유 검토서’ 및 ‘세무조사 통지서’ 모두 「국세기본법」 제81조의7 제1항 단서에 따라 세무조사 사전통지를 하지 아니하였다는 기재만이 있을 뿐, 사전통지에 증거인멸 등 조사 목적을 달성할 수 없다고 판단하는 구체적인 근거 내지 사유에 관하여 아무런 기재가 없는 점, ② 피고 소속 공무원들이 이 사건 관련 세무조사 개시 당시에 원고 법인에게 증거인멸 등 조사목적을 달성 할 수 없다고 판단하는 구체적인 근거 내지 사유를 설명하였다는 점을 인정할 증거도 없다는 점, ③ 피고는 이 사건 세무조사 이전에 이미 부산광역시장으로부터 통보받은 내용과 자료 등에 대한 검토분석을 통해 직간접경비 내역을 상당 부분 파악하였던 것으로 보이는 점, ④ 원고 법인은 이 사건 세무조사 이전에 이미 법인세소득세 등에 관한 신고를 통해 과세관청에 특수관계인들에게 지급된 급여 등 직간접경비에 관한 신고를 하였으므로 관련 자료를 은폐 하거나 조작하는 것은 불가능 내지 현저히 곤란하였을 것으로 보이는 점, ⑤ 원고 법인이 이 사건 가산세 관련 세무조사를 전후하여 자료들에 대한 은폐 조작을 시도하려고 하였다는 점을 인정할 증거는 없고 오히려 피고 소속 공무원들이 요구하는 대로 자료 일체를 제출하였다는 점 등을 들어, 세무조사 사전 통지 제외사유가 없음에도 사전통지가 생략된 중대한 절차적 하자가 있다고 보아 당해 과세처분이 위법하다고 판단하였다(부산고등법원 2022.5.13. 선고 2021누21842 판결).

(다) 조사청은 2023.8.30.자 공정거래위원회 공시자료에 비추어 청구법인의 직원들이 허위영수증 제출 및 리베이트 제공에 대한 진술을 담합하거나 청구법인이 증거를 인멸할 개연성이 큰바, 사전통지를 생략한 쟁점세무조사가 정당하다는 의견이나, ① 쟁점세무조사 과정에서 확인한 조사청이 확인한 신용카드매출전표의 경우 청구법인이 은폐하거나 조작할 수 없는 자료인 점, ② 청구법인이 법인세 신고시 제출한 관련 자료를 보관·비치하고 있고, 쟁점세무조사의 과정에서 이미 신고·납부한 법인세 과세표준 산정 내역과 배치되는 방향으로 관련 자료를 은폐하거나 조작할 수는 없는 점, ③ 쟁점세무조사를 전·후하여 회계 전표를 성실히 제출하였고, 이를 근거로 조사청이 허위 영수증 내역 등을 확보할 수 있었던 점, ④ 영업사원 등의 관련자들이 진술을 담합하더라도 회계전표와 법인카드사용내역 등 관련 증거 수집이 가능했다는 점 등에 비춰 쟁점세무조사에 앞서 사전 통지가 이루어졌다 하더라도 세무조사의 목적을 달성할 수 있었을 것으로 보이는바, 「국세기본법」제81조의7 제1항 단서 규정에 의하여 사전통지를 생략할 수 있는 경우에 해당한다고 볼 수 없다.

(라) 한편 조사청은 쟁점세무조사 개시일 당일 청구법인의 대표이사 등에게 쟁점세무조사 사유 등에 대하여 설명하였으므로 사전통지 생략 등에 따른 절차적 하자가 인정되지 않는다는 의견이나, 쟁점세무조사 개시 당일 사전통지 예외사유로서 ‘「국세기본법」제81조의7 제1항 단서 규정에 의하여 사전통지를 생략’한다고 기재한 세무조사 개시 통지 공문만을 전달했을 뿐 구체적으로 ‘조사사무처리규정’ 제21조 제1항이 규정하고 있는 사유 중 어디에 해당하는지, 어떤 증거인멸 등 조사목적을 달성할 수 없다고 판단하는 구체적인 근거 내지 사유에 대해서는 구체적인 설명이 전혀 없었고, 조사청이 충분한 설명을 했다고 해도 세무조사에 앞서 사전통지를 하도록 규정한 취지가 납세자의 자발적인 협력을 받아 세무조사를 원활하게 수행함으로써 세무조사의 효율성을 도모하는 한편, 납세자가 조사대상 세목과 조사사유 등을 미리 파악한 다음 충분한 시간을 갖고 준비함으로써 세무조사과정에서 방어권을 적절하게 행사할 수 있도록 보장하는 데에 그 취지가 있는 것이므로, 단순히 조사 개시 당시에 그 개시 사유를 설명하였다는 사정만으로는 사전통지 미실시에 따른 세무조사의 위법성이 치유된다고도 볼 수 없다.

(마) 따라서 쟁점세무조사는 사전통지를 제외할 수 있는 사유에 해당하지 않음에도 사전통지 없이 실시된 위법한 세무조사에 해당하고, 위법한 세무조사에 따른 이 건 처분은 위법·부당하다.

(3) 조사청은 쟁점세무조사가 사전통지 생략 등 절차적 하자가 있더라도 그에 따른 처분의 위법성에 영향을 미칠만 큼 중대한 것으로 볼 수 없으므로 이 건 처분이 정당하다는 의견이나, 사전통지 생략 요건에 해당되지 않음에도 사전통지를 생략한 경우 이와 같은 위반행위는 과세처분에 별다른 영향을 미치지 않는 사소한 절차위반이라고 볼 수 는 없고, 오히려 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차상의 하자에 해당하는 것인바, 조사청의 의견을 받아들일 수 없다.

나. 처분청 의견

(1) 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호에 따른 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당하지 않음에도 조사청이 청구법인을 대상으로 쟁점세무조사를 실시하였으므로 이는 위법한 세무조사에 해당한다고 주장하나, 대법원은 위 규정에 대하여 ‘조세의 탈루 사실을 확인할 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 있는 자료에 의하여 인정할 수 있는 경우로 엄격하게 제한하여 해석할 것은 아니다’(대법원 2022.10.15. 선고 2022두48202 판결)라고 판시하였는바, 조사청은 청구법인에 대한 공정거래위원회의 공시자료상 기재된 리베이트 관련 사실관계 및 청구법인의 접대비 대비 광고선전비가 과다하게 계상된 손익계산서를 통해 청구법인이 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당하는 것으로 보아 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호에 따라 청구법인을 세무조사 대상으로 선정하고 쟁점세무조사를 실시하였으므로 청구법인의 위 주장을 받아들이기 어렵다.

(2) 조사청은 조사목적을 달성하기 위해 「국세기본법」상 절차에 따라 사전통지를 생략하고 쟁점세무조사를 실시한 것으로 이는 적법한 세무조사에 해당한다.

(가) 「국세기본법」제81조의7 제1항은 세무조사의 통지와 관련하여 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 15일전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사사유, 그 밖에 사항을 통지하여야 한다고 규정하면서, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 사전통지를 생략할 수 있도록 규정하고 있다. 또한 ‘국세청 조사사무처리규정’ 제21조 제1항은 세무조사 사전통지를 생략할 수 있는 사유를 열거하여 규정하고 있는데, 이중장부, 허위계약, 증빙서류 허위작성 및 변조, 차명계좌 이용, 명의 위장 등 부정한 방법으로 세금을 탈루한 혐의가 있는 경우(제2호), 사전통지시 거래 상대방 또는 제3자와 담합의 우려가 있는 경우(제6호) 및 이에 준하는 사유로 조사목적을 달성하기 어렵하도 인정되는 경우(제7호) 등을 규정하고 있다.

(나) 법원 및 조세심판원은 혐의와 관련한 자료를 일부 확보하였으나 계약서, 대금 지급자료 등 세금 탈루 사실을 직접적으로 확인할 자료를 확보하지 못하였다거나 세무조사 개시 당시 신고 내용에서 확인된 탈루나 오류의 혐의를 감추기 위해 말을 맞출 가능성이 있는 경우 등에는 세무조사 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없는 경우에 해당한다고 판단하여 「국세기본법」제81조의7 제1항 단서 조항에 따라 세무조사 사전통지를 생략할 수 있는 경우에 대하여 폭넓게 인정하고 있다.

(다) 조사청은 청구법인의 부당 고객유인행위에 대한 공정거래위원회의 공시자료(2023.8.30.자)를 통해 청구법인이 영업사원들에게 허위 영수증을 제출받아 제출된 금액 상당의 금원을 각 영업사원 명의의 계좌로 이체한 후 이를 현금으로 출금하여 리베이트 자금으로 활용한 사실을 확인하고, 사전통지를 할 경우 청구법인의 영업사원들이 허위 영수증 제출 및 리베이트 제공 여부에 대한 진술을 담합하거나 청구법인이 증거를 인멸할 개연성이 크다고 판단하여 사전통지를 생략하고 쟁점세무조사를 실시하게 되었는바, 이는「국세기본법」제81조의7 제1항 단서 조항에 따라 세무조사 사전통지를 생략할 수 있는 경우에 해당하였다고 할 것이므로 쟁점세무조사는 적법한 세무조사에 해당한다.

(3) 한편 청구법인은 공정거래위원회의 조사와 관련하여 청구법인이 피합병법인을 인수하기 이전에 발생한 사실관계로서 해당 행위의 주체가 피합병법인으로 현재 청구법인의 경영진이나 직원과는 무관하다고 주장하나, 조사청은 청구법인을 세무조사 대상법인으로 선정하면서 합병존속법인(구 A 사업자등록번호 124-81-99***)과 피합병법인(구 B 사업자등록번호 214-87-01***)을 구분하여 선정하였고, 쟁점세무조사의 경우 피합병법인의 합병 소멸일까지를 조사대상기간으로 하였으며, 피합병법인이 흡수합병되어 경영진이 변경되었다고 하여도 피합병법인의 경우 별도의 법인격에 해당하므로 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다.

(4) 쟁점세무조사가 사전통지 절차 등을 위반한 것이라고 하더라도 조세법은 강행규정이므로 세법이 정한 과세요건을 충족하면 과세관청은 세법이 정하는 바에 의하여 징수하여야 할 것이고, 이러한 절차위반 등이 중대한 것이 아닌 한 그에 기초한 처분이 무효가 되거나 당해 처분을 취소하기는 어렵다고 할 것이며, 사전통지를 하지 않은 절차상 하자가 처분의 위법성에 영향을 미칠만큼 중대하다고 보기 어려우므로(대법원 2014.3.27. 선고 2013두26613 판결 참조), 쟁점세무조사에 기초한 이 건 처분은 적법하다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

쟁점세무조사가 조사대상자 선정의 위법 및 사전통지 생략 등의 절차적 하자가 있는 위법한 조사에 해당하므로 그에 따른 이 건 처분이 위법·부당하다는 청구주장의 당부

나.관련 법령 : <별지> 기재

다.사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구법인은 2002.8.22. 설립된 법인으로 2022.11.1. 피합병법인을 흡수합병하였고, 피합병법인은 2001.12.27. 설립된 법인으로 2022.11.1. 청구법인과 합병하여 해산하였다.

(나) 조사청은 조사사유를 ‘「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호의 규정에 따라 세무조사 실시’라고 기재하고, 사전통지 미실시 사유를 ‘「국세기본법」제81조의7 제1항 단서 조항에 따라 세무조사 사전통지 생략’이라고 기재하여 쟁점세무조사 개시일 당시 청구법인에게 세무조사 개시통지 공문을 교부한 것으로 확인된다.

<표1> 세무조사 개시통지 공문

○○○

(2) 쟁점세무조사와 관련하여 조사청은 청구법인을 비정기 세무조사 대상으로 선정하고, 쟁점세무조사에 앞서 사전통지를 생략한 것과 관련하여 다음과 같은 자료를 제출하였다.

(가) 조사청은 청구법인에 대한 공정거래위원회 의결서 및 관련 언론보도를 통해 피합병법인의 리베이트와 관련된 사실관계 등이 확인되어 이는 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당한다는 의견이로 공정거래위원회 의결서 및 관련 언론기사를 제출하였다.

<표2> 공정거래위원회 의결서

○○○

(나) 조사청은 청구법인(피합병법인)의 2019∼2022사업연도 법인세 신고시 제출된 손익계산서상 접대비 대비 광고선전비 비율이 과다한 것을 고려할 때 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당한다는 의견으로, 청구법인(피합병법인)의 손익계산서를 제출하였다.

<표3> 청구법인(피합병법인) 손익계산서(일부 발췌)

○○○

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 「국세기본법」상 비정기 세무조사 대상 선정 사유에 해당하지 않거나 세무조사 사전통지를 생략할 수 있는 사유에 해당하지 않으므로 쟁점세무조사가 위법한 이상 그에 따른 이 건 처분이 위법·부당하다고 주장한다.

(나) 「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호는 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’ 비정기 세무조사 대상자로 선정할 수 있도록 규정하고 있고, 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우의 경우 신고 내용에 탈루 또는 오류 혐의가 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우라고 할 것인바(대법원 2010.12.23. 선고 2008두10461 판결, 같은 뜻임), 청구법인에 대한 공정거래위원회 의결서에 따르면 청구법인의 영업사원 및 리베이트를 지급받은 의료진의 진술을 통해 2016년 8월경부터 2019년 7월경까지 의약품 처방의 대가로 영업사원을 통해 의료진에게 현금을 지급한 사실이 확인된 것으로 나타나고, 청구법인의 리베이트 지급 행위에 대한 언론기사 내용을 통해 청구법인의 직원이 허위 영수증을 제출하고 그에 상응하는 현금을 지급받아 이를 의료진에 지급하였다는 내용도 확인되며, 청구법인의 법인세 신고시 제출된 손익계산서상 접대비 대비 광고선전비 비율이 과다한 것으로 나타나는 등, 당초 신고 내용에 탈루 또는 오류 혐의에 대한 개연성이 객관적·합리적 자료에 의하여 인정되는 경우에 해당한다고 볼 수 있다.

(다) 또한 「국세기본법」제81조의7 제1항 단서 조항은 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우 사전통지를 생략할 수 있다고 규정하고 있는데, 이 건의 경우 쟁점세무조사를 실시하기에 앞서 사전통지를 할 경우 허위영수증을 제출하고 금원을 지급받아 리베이트를 제공한 청구법인의 직원들이 진술을 담합하거나 청구법인이 관련 증빙자료를 인멸할 개연성이 있다고 할 것인바, 사전통지로 인해 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에 해당한다고 볼 수 있다.

(라) 따라서 청구법인에 대한 쟁점세무조사가 「국세기본법」상 관련 규정에 따라 위법한 세무조사에 해당한다고 인정하기는 어려우므로 처분청이 쟁점세무조사 결과에 따라 청구법인에게 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1)국세기본법

제23조(법인의 합병으로 인한 납세의무의 승계) 법인이 합병한 경우 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 설립된 법인은 합병으로 소멸된 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비를 납부할 의무를 진다.

제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청 등) ① 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 15일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 "사전통지"라 한다)하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 세무공무원은 제1항 단서에 따라 사전통지를 하지 아니하고 조사를 개시하거나 제4항 제2호의 사유로 조사를 개시할 때 다음 각 호의 구분에 따른 사항이 포함된 세무조사통지서를 세무조사를 받을 납세자에게 교부하여야 한다. 다만, 폐업 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 제1항 단서에 따라 사전통지를 하지 아니하고 조사를 개시하는 경우 : 사전통지 사항, 사전통지를 하지 아니한 사유, 그 밖에 세무조사의 개시와 관련된 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항

2. 제4항 제2호의 사유로 조사를 개시하는 경우 : 조사를 긴급히 개시하여야 하는 사유

제81조의9(세무조사 범위 확대의 제한) ① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.

② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다.

(2) 조세사무처리규정

제21조(세무조사의 사전 통지) ① 세무조사를 실시하는 경우에는 「국세기본법」 제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청 등)제1항에서 정하는 바에 따라 세무조사 사전 통지(별지 제1호 서식)를 작성하여 조사개시 15일 전에 납세자 또는 납세관리인에게 송달하고 송달을 확인할 수 있는 근거서류를 보관하여야 한다. 다만, 조세범칙조사 또는 「국세기본법」 제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청 등) 제1항 단서에 따라 사전 통지를 하면 증거인멸 등의 우려가 있어 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 조사관서장의 승인을 받아 사전 통지를 생략하고 조사를 시작할 수 있다.

1. 거짓 세금계산서ㆍ계산서 수수 또는 무자료거래 등 유통질서 문란행위 및 신용카드 변칙거래로 세금을 탈루하거나 탈루하게 한 혐의가 있는 경우

2. 이중장부ㆍ허위계약ㆍ증빙서류 허위작성 및 변조ㆍ차명계좌 이용, 명의위장 등 부정한 방법으로 세금을 탈루한 혐의가 있는 경우

3. 현금거래를 누락하는 방법 등을 통해 세금을 탈루한 혐의가 있는 경우

4. 기업자금을 빼돌려 이를 기업주 등 개인이 착복하였거나 개인 재산증식에 이용한 혐의가 있는 경우

5. 국제거래 및 역외거래를 이용하여 세금을 탈루하였거나 기업자금을 불법으로 해외에 빼돌린 혐의가 있는 경우

6. 사전 통지 시 거래상대방 또는 제3자와 담합의 우려가 있는 경우

7. 제1호부터 제6호까지의 규정에 준하는 사유로 조사목적을 달성하기 어렵다고 인정되는 경우

② 제1항 단서에 따라 세무조사를 시작한 경우에는 세무조사 시작 시 사전 통지를 하지 않은 사유 등이 기재된 세무조사 개시 통지(별지 제2호 서식)를 교부하여야 한다.

③ 세무조사 사전 통지 또는 세무조사 개시 통지를 하는 경우에는 조사사유 란에 조사대상 선정사유와 법적근거를 기재하고, 부분조사를 실시하는 경우에는 부분조사 범위 란에 부분조사 대상 범위를 상세히 기재하여야 하며, 조사대상 과세기간에 대하여 이미 세목별 조사 또는 부분조사를 실시한 경우에는 조사제외 대상 란에 조사제외 대상 세목, 과세기간 및 범위 등을 명확히 기재하여 중복조사를 방지하여야 한다.

④ 납세자가 폐업 등 다음 각 호의 사유에 해당하는 경우에는 제2항에 따른 세무조사 개시 통지의 교부를 생략할 수 있으며, 이러한 경우에는 「국세기본법」 제10조 및 제11조의 규정을 준용하여 세무조사 개시 통지 서류를 송달하여야 한다.

1. 납세자가 세무조사 대상이 된 사업을 폐업한 경우

2. 납세자가 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우

3. 납세자 또는 납세관리인이 세무조사통지서의 수령을 거부하거나 회피하는 경우