이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2016.7.11. 주식회사 A(이하 “A”라 한다)로부터 주식회사 B(이하 “B”라 한다)의 발행주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하였고, 2020.7.13. 청구인이 보유한 B 발행주식 OOO주와 C(청구인의 배우자)이 보유한 B 발행주식 OOO주의 합계 OOO주를 D 주식회사에 총 OOO원(1주당 OOO원)에 양도하고, 양도소득세를 무신고하였다.

나. 처분청은 2024.10.2.∼2024.11.21. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점주식의 취득가액을 1주당 OOO원으로 보아, 2025.2.21. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.20. 이의신청을 거쳐, 2025.9.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점주식 취득가액에는 자문수수료(OOO원), 과점주주 취득세(OOO원), 계약보증금(OOO원), 수익금(OOO원) 등 총 OOO원(이하 “자문수수료 등”이라 한다)이 포함되어야 한다.

(1) 이 건 경위는 다음과 같다.

(가) 청구인은 2016.7.11. A로부터 쟁점주식(OOO주)을 OOO원(1주당 OOO원)에 취득하는 내용의 주식매매계약서를 체결하였고, 2016.7.13. 추가계약을 통해 매매대금이 증액되어 총 취득금액은 OOO원(1주당 OOO원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)이 되었다.

(나) 청구인은 2015년부터 쟁점주식을 취득하기 위한 자금을 수시로 A에 입금하였고, A는 이를 가수금 및 단기차입금 등으로 회계처리하였다.

(다) 처분청은 쟁점주식의 총 취득금액(OOO원, 1주당 OOO원) 중 자문수수료(OOO원), 과점주주 취득세(OOO원), 계약보증금(OOO원), 수익금(OOO원) 등 총 OOO원을 부인하여, 쟁점주식의 총 취득금액을 OOO원(1주당 OOO원)으로 보아 이 건 처분을 하였다.

(2) 청구인이 쟁점주식을 쟁점금액에 취득한 사실은 매매계약서, A의 재무상태표, 가수금 정산현황, 대체전표 및 금융거래내역 등으로 확인되는바, 이를 부인한 처분은 부당하다.

(가) 계약의 해지나 해제 없이는 그 계약은 법적인 효력이 있고, 그 계약을 부인하려면 부인하려는 자(처분청)에게 입증책임이 있는 것임에도, 처분청은 이건 계약이 허위라는 것을 입증하지 못하고 있다.

(나) 쟁점금액은 주식 양수도 거래에서 필수적으로 수반되는 주식평가 등 자문수수료, 과점주주 취득세, 양도에 따른 수익금 등으로, 이는 취득가액 부인대상이 아니며, 특히 수익금은 OOO원이 넘는 이 건 매매거래에서 단 OOO원에 불과하다.

나. 처분청 의견

자문수수료 등이 실제 지급되었다는 증빙자료가 존재하지 않으며, A는 청구인이 대표이사로 재직 중인 법인이자, C이 지분 100%를 보유하고 있는 법인으로, 청구인의 의사에 따라 임의로 계약서 작성이 가능한 점 등을 고려할 때, 자문수수료 등을 취득가액에 포함하지 아니한 처분은 타당하다.

(1) 처분청은 자문수수료 등은 다음과 같은 이유로 취득가액에서 부인하였다.

(가) A가 쟁점주식을 취득하면서 자문수수료를 지급하였다면 매입세금계산서를 수취하였어야 하나, 2016년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 동안 동 금액의 세금계산서를 수취한 사실이 확인되지 않는다. 따라서, 청구인이 제출한 계약서만으로 실제 지출여부가 확인되지 않은 자문수수료를 취득가액에 포함시킬 수 없다.

(나) 처분청은 청구인에게 과점주주 취득세 납부 증빙을 제출하면 이를 취득가액으로 인정하겠다는 의사를 표시하였으나, 청구인은 이를 제출하지 않았다.

(다) 청구인이 쟁점주식의 취득가액에 포함되어야 한다고 주장하는 계약보증금은 A가 E(B의 기존 주주)로부터 쟁점주식을 취득하면서 지급한 계약이행보증금으로, 이는 계약이 체결되지 않았을 경우 이에 대한 배상금 성격으로 지급되는 것으로, A와 E의 거래는 정상적으로 종결되었기에, 이행보증금이 지급되었거나 지급될 가능성은 없다.

(라) 청구인은 A에 수익금을 지급하였다고 주장하나, 처분청이 A의 손익계산서를 확인한 결과, 유가증권처분이익이 계상되어 있지 않는 등 수익금을 지급하였다는 사실을 확인할 수 없다.

(2) 처분청은 A가 2016.3.31. 기존 주주들로부터 1주당 OOO원에 쟁점주식을 취득하였으므로, 처분청은 A가 기존 주주들로부터 취득한 가액(1주당 OOO원)까지는 청구인의 취득가액으로 인정하여, 추가계약에 따른 증액분 중 일부(1주당 OOO원)를 반영하여 쟁점주식의 취득가액을 1주당 OOO원으로 산정하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식의 취득가액에 자문수수료 등이 포함되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) A와 B의 법인 현황은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 법인 현황

○○○

(나) 청구인과 A가 2016.7.11. 작성한 주식매매계약서는 아래 ＜표2＞와 같으며, 동 계약서에는 A가 청구인에게 쟁점주식(OOO주)을 OOO원(1주당 OOO원)에 매도한다는 내용이 기재되어 있다.

＜표2＞ 주식매매계약서(2016.7.11.)

○○○

(다) 청구인과 A가 2016.7.13. 작성한 주식매매추가계약서는 아래 ＜표3＞과 같으며, 동 계약서에는 청구인이 A에게 1주당 OOO원에 해당하는 OOO원과 자문수수료(OOO원), 과점주주 취득세(OOO원), 계약보증금(OOO원), 수익금(OOO원)을 추가로 지급한다는 내용이 기재되어 있다.

＜표3＞ 주식매매추가계약서(2016.7.13.)

○○○

(라) 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다.

1) 청구인은 2015년∼2016년에 걸쳐 A에 총 OOO원을 입금하였다고 주장하면서 금융거래내역을 제출하였고, 이를 요약하면 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 금융거래내역 등

○○○

2) 청구인은 이행보증금(OOO원)에 대한 증빙으로, E가 작성한 영수증, 은행계좌 입금내역, E와 A가 작성한 합의서 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 자문수수료 등 총 OOO원을 쟁점주식의 취득가액에 포함하여야 하고, 청구인은 2015년∼2016년에 걸쳐 A에 총 OOO원을 지급하였으며, 그 중 일부가 쟁점주식의 취득자금으로 사용되었다고 주장하나, 과점주주 취득세 납부 증빙 및 자문수수료 등이 실제 지급되었다는 객관적·구체적 증빙을 제출하지 못하고 있고, 청구인은 A와 작성한 주식매매추가계약서를 증거자료로 제출하였으나, A는 청구인이 대표이사로 재직하고 있는 법인이자, 청구인의 배우자인 C이 지분 100%를 보유하고 있는 법인으로, 청구인의 의사에 따라 임의로 계약서 작성이 가능한 점을 고려할 때, 동 계약서의 신뢰성에 의문이 드는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 소득세법

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

(2) 소득세법 시행령

제163조(양도자산의 필요경비) ⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세

나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용

다. 공증비용, 인지대 및 소개비

라. 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용

마. 가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

(3) 지방세법

제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주 중 대통령령으로 정하는 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.

(4) 지방세법 시행령

제10조의2(과점주주의 범위) ① 법 제7조 제5항 전단에서 “대통령령으로 정하는 과점주주”란 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주 중 주주 또는 유한책임사원(이하 “본인”이라 한다) 1명과 그의 특수관계인 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 특수관계인을 말한다.

1. 「지방세기본법 시행령」 제2조 제1항 각 호의 사람

2. 「지방세기본법 시행령」 제2조 제2항 제1호의 사람으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사람

가. 주주

나. 유한책임사원

3. 「지방세기본법 시행령」 제2조 제3항 제1호 가목에 따른 법인 중 본인이 직접 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

4. 「지방세기본법 시행령」 제2조 제3항 제2호 가목에 따른 개인ㆍ법인 중 해당 개인ㆍ법인이 직접 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인ㆍ법인

5. 「지방세기본법 시행령」 제2조 제3항 제2호 나목에 따른 법인 중 본인이 직접 또는 제4호에 해당하는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

② 제1항 제3호부터 제5호까지에 따른 법인의 경영에 대한 지배적인 영향력의 기준에 관하여는 「지방세기본법 시행령」 제2조 제4항 제1호 가목 및 같은 항 제2호를 적용한다. 이 경우 같은 항 제1호 가목 및 제2호 나목 중 “100분의 30”은 각각 “100분의 50”으로 본다.

(5) 지방세기본법

제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)