이유
1. 처분개요

가. OOO은 2019.7.5. 경기도 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 a 외 2명에게 OOO원에 양도한 후, 2019.8.30. 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. OOO은 법인으로 보는 단체의 승인신청을 하여 2019.10.29. 처분청으로부터 승인 통지를 받은 후, 2020.2.11. 쟁점토지의 양도소득이 청구법인의 최초사업연도의 손익에 귀속되나 「법인세법」 제4조(과세소득의 범위) 제3항 제5호 등에 의거 수입금액에서 제외되는 것으로 법인세를 신고하는 한편, 2020.2.12. 쟁점토지의 양도소득에 대하여 거주자의 지위에서 신고·납부한 양도소득세가 환급되어야 한다며 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구법인이 쟁점토지의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수 없다고 보아 2020.4.16. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 2020.6.24. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 2022.6.20. 당초 종중의 지위에서 쟁점토지 양도차익에 대해 납부하였던 양도소득세 OOO원은 환급하는 것이 타당하다며 처분청의 거부처분을 취소하라는 결정(조심 OOO, 이하 “쟁점심판결정”이라 한다)을 하였으며, 이에 따라 처분청은 2022.7.11. 관련 세액을 환급하였고, 이로부터 약 2년 7개월이 지난 2025.2.18. 쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용되지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 2019사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점토지는 청구법인의 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용되었다.

(가) 청구법인의 대표 b는 OOO의 20세손으로, 현재 종중원은 157명이며, 청구법인은 아래 ＜표1＞과 같이 2011.11.6. 개정한 종중규약을 첨부하여 처분청에 법인으로 보는 단체의 승인을 신청하여 2019.10.29. 승인통지와 함께 수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등으로 고유번호증을 교부받았다.

＜표1＞ 청구법인 규약

○○○

또한, 청구법인은 “선조의 숭봉과 애종정신을 기르고, 선조의 위덕과 충효사상을 승계하며, 종중의 친목과 상부상조 협동 번영을 도모함”을 목적으로 하여 ① 선조들이 유덕 추모, ② 묘소의 수호와 제형 행례, ③ 선조들이 유덕 추모, ④ 종중원의 상부상조 등을 고유목적사업으로 하고 있다.

(나) 쟁점토지의 현황은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 쟁점토지의 현황

○○○

쟁점토지는 1725.12.10.부터 OOO의 분묘가 있던 종중선산으로, 1953.4.9. 종중원 명의로 회복에 의한 보존등기를 한 후, 1984.2.8. 국방부에 매도하였으나, 1998.6.11. 다시 종중원 명의로 환매 취득하였다가 1999.12.16. 명의신탁해지를 원인으로 중종 명의로 소유권이 이전되었으며, OOO의 묘가 모셔져 있었으나, 묘가 쟁점토지의 하단에 위치하여 추가적인 묘지 조성이 어려움이 있고, 4차선 도로에 연접하여 벌초 및 시제 등 종중 행사의 어려움이 있었다.

쟁점토지와는 별도로 청구법인은 위 선조 이외의 묘를 인접(약 2㎞)에 위치한 경기도 OOO에 대다수를 모시고 있었으며, 종중원 역시 OOO에 본가를 두고 현재 거주하고 있어 쟁점토지의 분묘를 경기도 OOO로 이장하여 차후 후손들의 분묘 사용을 가능하도록 하였다.

이 후 청구법인은 2019.3.9. 임시총회를 개최하여 선친들의 시제 및 종중 분묘의 관리비용과 후손들의 장학금으로 사용할 목적으로 쟁점토지의 매각을 결정하여, 2019.6.10. a 외 2명에게 쟁점토지를 OOO원에 매각하는 계약을 체결하고, 2019.7.5. 쟁점토지의 소유권을 이전하였다.

(다) 청구법인은 쟁점토지를 선산으로 사용하기 위해 취득하고 분묘로 사용하다가 양도한 것으로, 토지 보유에 따른 이익을 취득할 목적으로 단순히 보유한 유형자산이 아니다.

청구법인은 공동선조의 후손들에 의하여 그 선조의 분묘 수호 및 봉제사 등을 목적으로 형성되는 자연발생적인 종족단체로, 쟁점토지가 종중의 선산으로 사용되어 왔다면 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산이라고 할 수 있는바, 쟁점토지는 1725.12.10.부터 종중의 선조인 OOO의 분묘가 있던 종중선산이었고, 이후 OOO의 묘가 있었으며, 이러한 사실은 2013년 OOO에서 확인되므로, 쟁점토지는 보유에 따른 이익을 얻을 목적이 아닌 청구법인의 고유목적사업 중 “묘소의 수호와 제형 행례”에 사용된 유형자산이다.

(라) 쟁점토지는 고유목적사업에 직접 사용하였고, 고유목적 이외의 용도로 사용한 사실이 없다.

쟁점토지는 ① 등기부등본에 등기가 이루어진 1953.4.9.부터 또는 1984.2.8. 국방부에 매도하였으나 다시 종중원 명의로 환매 취득한 1998.6.11.부터 청구법인의 고유목적사업인 선산으로 사용하였고, ② 처분일인 2019.7.5.을 기준으로 선산으로 사용한 기간은 3년 이상이며, ③ 청구법인이 쟁점토지에 있던 분묘를 이장한 이후 임대 등 다른 목적으로 사용한 사실이 쟁점토지의 등기부등본 및 청구법인의 사업자등록상 등으로 없는 청구법인이 보유한 고유재산이고, ④ 쟁점토지를 처분한 목적이 2019.3.9. 임시총회 회의록에서와 같이 “선친들의 시제 및 종중 분묘의 관리비용과 후손들의 장학금”으로 사용하기 위해 쟁점토지의 양도대금을 계속 관리하고 있는 것으로 쟁점토지 처분 전이나 처분 후에 있어서도 청구법인의 고유목적에 사용한 유형자산에 해당하고 있어 일반적인 단순 보유와는 구별된다.

(마) OOO과 청구법인은 동일하다.

조세심판원은 쟁점심판결정에서 “쟁점토지의 양도차익을 청구법인에게 귀속시킴을 전제로 청구법인이 종중이 신고·납부한 양도소득세 환급을 청구한 만큼, 당초 종중의 지위에서 쟁점토지 양도차익에 대해 납부하였던 양도소득세 OOO원은 환급하는 것이 타당하다”고 결정하였다.

즉, OOO은 청구법인과 별개의 주체가 아닌 하나의 주체로 보아 세법을 적용한 것이고, 처분청 역시 하나의 주체로 보아 청구법인의 심판청구에 대한 답변에서도 관련 법령을 “「법인세법」 제4조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조 제2항”을 들면서 “청구종중의 쟁점토지는 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 사용하지 않았으므로 심판청구 기각”을 의견으로 제시한 사실로 볼 때, OOO과 청구법인을 별개로 볼 사유가 없다.

(바) 처분청은 새로운 사실을 추가함이 없이 당초 처분청의 경정청구 처리 결과 통지 및 답변서의 내용이 그대로 반영된 쟁점심판결정 관련 청구를 근거로 이 건 처분을 하였다.

쟁점심판결정 관련 당초 답변서와 같이 처분청은 청구법인이 쟁점토지의 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 사용하지 않았음을 처분의 근거로 하고 있는 것으로, 이미 이 건 처분을 하기 위해 쟁점토지의 현황에 대하여 처분청은 충분히 검토를 마친 것이고, 쟁점심판결정의 심리 당시에도 이와 같은 처분청의 의견을 반영한 것이다.

또한, 쟁점심판결정의 내용은 처분청을 기속하고 있어 처분청이 쟁점심판결정에 따라 당초 경정청구를 인용한 건에 대하여 구체적이고 새로운 사실을 추가함이 없이 당초 처분청의 경정청구 거부와 동일한 사유로 이 건 처분을 한바, 이는 「국세기본법」 제80조(결정의 효력)에 반하는 것이다. 즉, 처분청은 당초 경정청구에 대한 처분 근거와 관련된 사실관계에 대하여 추가되거나 부인할 수 있는 증빙을 제시하지 아니한 상황에서 당초 경정청구 거부의 근거와 동일한 사유로 다시 부과처분을 할 수 없는 것이다.

(2) 가사 이 건 처분이 정당하다고 하더라도, 처분청에게 부과처분 지연과 관련된 책임이 있다고 할 것이므로, 쟁점심판결정에 따른 양도소득세 환급일(2022.7.11.)부터 이 건 처분일(2025.2.17.)까지의 납부불성실가산세에 대한 책임은 처분청이 부담하여야 할 것이다.

「국세기본법」 제80조 제2항에서 “심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분”을 하도록 하고 있음에도, 처분청은 쟁점심판청구 결정(2022.6.20.)으로부터 2년 7월이 경과한 2025.2.17. 새로운 사실관계를 추가하거나 부인할 수 있는 근거에 따라 과세함이 없이 단순히 쟁점심판결정을 근거로 과세한바, 이 건 처분과 관련된 청구법인의 납부지연에 따른 정당한 사유를 청구법인에만 있는 것으로 물을 수 없다 할 것이고, 오히려 쟁점심판결정을 통보받고도 즉시 양도소득세와 법인세를 동시에 과세하지 아니한 처분청에 책임이 있다고 할 것이므로, 납부불성실가산세 중 처분청의 부과처분 지연에 따른 납부불성실가산세는 경정되어야 한다.

즉, 처분청의 이 건 처분이 정당하다고 하더라도 청구법인은 OOO과 동일한 하나의 주체로 쟁점토지의 양도에 따른 수입금액을 관리하고 있고, 처분청이 환급한 양도소득세 역시 청구법인이 수입금액으로 보아 관리하고 있어 처분청이 OOO과 청구법인을 별개의 주체로 보아야 하는 합당한 사유가 없으므로 쟁점심판결정과 이 건 처분은 동시에 이루어져야 하였을 것임에도, 특별한 사유를 제시함이 없이 지연하여 과세한 것이므로 이에 대한 책임은 당연히 처분청이 부담하는 것이 일반적인 과소신고에 대한 가산세를 납세자가 부담하는 것과 같은 맥락에서 처분청이 의무를 해태한 책임을 분담하는 것으로 형평의 원칙에 부합하다 할 것이다.

(3) 처분청의 답변에 대한 청구법인의 항변내용은 아래와 같다.

(가) 쟁점심판결정에서 판단한 사실관계에 대하여 청구법인이나 처분청은 추가적인 자료를 제출하지 아니하여 기본적인 사실관계에 대해 다투지 않고 있다.

(나) 처분청의 이 건 처분의 근거는 납부서에서와 같이 “2019년 귀속 종중 토지 양도소득 법인세 과세 - 조심 OOO 심판”이라고 명시하고 있으며, 법인세 경정결의서에서도 과세근거 사유에 대하여 납부서와 동일한 내용을 명시하고 있다. 즉, 처분청은 쟁점심판결정 이외에 어떠한 추가적인 증거나 증빙을 제시함이 없이 이 건 처분을 하였다.

(다) 처분청의 당초 경정청구 처리 결과 통지의 처리 사유를 보면, “자산처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수 없어 경정청구 거부합니다”라고 기재되어 있고, 당초 답변서에서도 부과처분의 근거법령으로 “「법인세법」 제4조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조 제2항”을 거론하고 있으며, 쟁점심판결정의 “나. 처분청 의견”에서도 이 건 부과처분의 근거인 「법인세법」 제4조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조 제2항에 대하여 다투는 것으로 되어 있다.

(라) 쟁점심판결정의 “다. 사실관계 및 판단”에 따르면, “청구법인은 법인으로 보는 단체로서의 승인일 이전에 발생한 쟁점토지 양도손익에 대하여 거주자인 종중의 지위에서 2019.8.30. 양도소득세를 납부하였다가 ① 「법인세법 시행령」 제4조 제2항에 따라 법인에게 귀속됨을 전제로 ② 「법인세법」 제4조 제3항 제5호 단서(3년 이상 고유목적사업 사용)에 의하여 법인세 과세대상이 아니라고 주장하며 2020.2.12. 당초 납부한 양도소득세를 환급해달라는 청구를 제기하였고, 처분청은 쟁점토지 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수 없음을 사유로 경정청구를 거부하였으나, 종중은 쟁점토지를 2019.7.5.자로 양도하였고, 종중은 2019.10.29. 법인으로 보는 단체로 승인을 받았으며, 「법인세법 시행령」 제4조 제2항은 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위내에서 조세포탈의 우려가 없을 때 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다고 규정하고 있고, 청구법인의 최초사업기간은 「법인세법 시행령」 제4조 제1항 라목에 따라 승인일인 2019.10.29.부터 최초 도래하는 시제일(매년 12월 둘째 주, 종중규약 20조)로 쟁점토지 양도일 2019.7.5.은 시제일 이전 1년 이내에 속하여 법인의 최초 사업연도 손익에 산입할 수 있는 요건을 충족하므로, 쟁점토지의 양도차익을 청구법인에게 귀속시킴을 전제로 청구법인이 종중이 신고·납부한 양도소득세 환급을 청구한 만큼, 당초 종중의 지위에서 쟁점토지 양도차익에 대해 납부하였던 양도소득세 OOO원은 환급하는 것이 타당하다고 보여지므로 처분청이 청구법인에게 한 2019년 귀속 양도소득세 경정청구 거부처분은 잘못이 있다고 판단된다”고 하여, 처분청의 경정청구 거부 사유인 “쟁점토지 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수 없음”에 대한 판단을 하였을 뿐, 이 건 처분과 같이 법인세를 과세하여야 한다는 “별론” 등의 구체적인 언급은 없었다. 따라서 처분청이 이 건 처분의 근거로 제시한 쟁점심판결정과는 달리 사실관계에 따른 것으로 추정된다.

(마) 결국 처분청은 당초 경정청구 거부 시점에서 청구법인에게 법인세를 부과하여야 한다는 것을 인지한 것으로 보아야 할 것이므로, 처분청이 이 건 처분을 즉시하지 아니한 구체적이고 명백한 근거를 제시하지 아니하는 한 과세 지연에 대한 책임을 당연히 처분청이 부담하는 것이 일반적인 가산세의 책임을 납세의무자에게 있다고 보는 현 세법의 체계하에서 형평성의 원칙에 합당하고, 처분청은 세목변경을 통하여 부과처분을 할 수 있는 충분한 여지가 있음에도 불구하고 이를 이행하지 아니한바, 가산세는 면제되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지는 청구법인의 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용되지 아니하였다.

(가) 처분청이 쟁점토지의 거래상대방으로부터 징취한 확인서(매매 당시 분묘 없음) 및 쟁점토지에 대한 항공사진(2015년부터 분묘 확인 가능하지 아니함)의 내용으로 볼 때, 쟁점토지에 2015년 이후부터 양도시점인 2019.7.5. 현재까지 계속하여 3년 이상 쟁점토지에 분묘가 존재하지 아니하였음이 명확하다.

(나) 2015년 이후 분묘가 쟁점토지에 존재하지 않은 사실에 비추어 볼 때, 청구법인 사업의 핵심인 묘소를 수호하고, 제형을 행례하는 용도로 쟁점토지가 이용되었다고 보기 어려운바, 쟁점토지의 양도일인 2019.7.25. 현재 3년 이상 계속하여 청구법인의 고유목적사업에 쟁점토지를 직접 사용하였다는 청구주장은 사실과 다르다.

1) 청구법인의 2018.11.18. 정기총회 회의록에 따르면, 당해연도의 시제가 쟁점토지가 아닌 경기도 OOO에서 행해졌고, 이는 적어도 회의록 작성 당시에는 쟁점토지에서 청구법인의 시제가 열리지 않았음을 알 수 있는 방증이라고 할 것이다.

2) 아울러, 청구법인은 쟁점토지의 양도대금이 “추후” 청구법인의 관리비용 등으로 지출될 예정인 점을 근거로 들어, 쟁점토지의 양도소득이 과세대상 소득에 해당하지 아니함을 주장하나, 이는 쟁점토지의 처분일 “이전” 3년 이상 계속하여 쟁점토지가 고유목적사업에 사용될 것을 전제로 비과세소득의 요건을 규정하고 있는 「법인세법 시행령」제3조의 법리를 오해하고 있는 것으로 보이고, “종중 지출비용을 충당하기 위한 사업을 고유목적사업으로 보는 것은 종중의 거의 모든 사업을 고유목적사업으로 보는 결과로 귀결이 되므로 예외를 과도하게 확장해석하여 조세법률주의에 반함”이라는 판결문(제주지방법원 2020.9.8. 선고 2019구합5100 판결)의 내용으로 볼 때, 청구주장은 원칙을 무색하게 하는 불합리를 초래할 가능성이 있는 것으로 보인다.

(다) 쟁점토지에 2015년부터 분묘가 존재하지 않은 사실은 쟁점심판결정에서도 확인된 내용인바, 동 결정문에서 청구주장을 인용한 것은 거주자의 지위에서 신고·납부하였던 쟁점토지에 대한 양도소득을 청구법인이 법인격을 취득한 이후 청구법인에 귀속시키는 것을 전제로 당초 신고·납부한 양도소득세는 환급하는 것이 타당하다는 점에 근거할 뿐이고, 처분청은 쟁점심판결정에 따라 환급을 결정하였으므로, 처분청이 「국세기본법」 제80조(결정의 효력)를 위반하였다는 청구주장도 이유가 없다고 할 것이다.

(2) 이 건 처분은 「국세기본법」상의 부과제척기간을 준수한 것으로, 가산세 감면의 정당한 사유가 있는 것으로 보기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점토지가 양도일 현재 3년 이상 계속하여 청구법인의 고유목적사업에 사용되었는지 여부

②쟁점심판결정에 따른 당초 양도소득세의 환급일부터 이 건 법인세 처분일까지의 납부지연가산세는 감면되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

(2) 법인세법 시행령

제3조(수익사업의 범위) ② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 다음 각 호의 구분에 따른 수입을 말하며, 제1호와 제2호에 모두 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 수입 중 큰 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 본다.

1. 유형자산 및 무형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우 : 해당 자산의 처분으로 인하여 생기는 수입. 이 경우 비영리내국법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 당시의 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 한다.

제4조(사업연도의 개시일) ① 법인의 최초사업연도의 개시일은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 내국법인의 경우에는 설립등기일. 다만, 법 제2조 제2호 다목에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 경우에는 다음 각 목의 날로 한다.

라. 「국세기본법」 제13조 제2항의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초사업연도의 개시일전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다.

(3) 국세기본법

제13조(법인으로 보는 단체) ① 법인(「법인세법」 제2조 제1호에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

제47조의4(납부지연가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(「인지세법」 제8조 제1항에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

3. 법정납부기한까지 납부하여야 할 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) 중 납부고지서에 따른 납부기한까지 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 100분의 3(국세를 납부고지서에 따른 납부기한까지 완납하지 아니한 경우에 한정한다)

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

제80조(결정의 효력) ① 제80조의2에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속(羈束)한다.

② 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점토지에 선조들의 분묘가 모셔져 있었다는 증빙으로 2013년 OOO 사진(아래 ＜표3＞ 참조)과 2015.2.10. 구정 임시총회 회의록(아래 ＜표4＞ 참조)을 제출하였다.

＜표3＞ 쟁점토지의 2013년 OOO 사진

○○○

＜표4＞ 청구법인이 제출한 2015.2.10. 구정 임시총회 회의록의 일부 내용

○○○

(2) 청구법인은 선친들의 시제 및 종중 분묘의 관리비용과 후손들의 장학금으로 사용할 목적으로 쟁점토지를 매각하였다는 증빙으로 2019.3.9. 임시총회 회의록(아래 ＜표5＞ 참조)을 제출하였다.

＜표5＞ 청구법인이 제출한 2019.3.9. 임시총회 회의록 일부 내용

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(3) 처분청은 2015년 이후 쟁점토지에 분묘가 존재하지 아니하였다는 증빙으로 ＜별지＞와 같은 사진을 제출하였다.

(4) 처분청은 이 건 처분 시 납부지연가산세 OOO원(법인세 신고납부기한의 다음날～이 건 고지일)과 과소신고가산세 OOO원 합계 OOO원을 부과한 것으로 결의서상 확인된다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 선산으로 사용하기 위해 취득하고 분묘로 사용하다가 양도한 것으로, 토지 보유에 따른 이익을 취득할 목적으로 단순히 보유한 유형자산이 아니고, 고유목적 이외의 용도로 사용한 사실도 없어 쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용되었다고 주장하나, 「법인세법」 제4조 제3항 제5호는 비영리내국법인의 과세대상이 되는 수익사업 중 하나로 유형자산 등의 처분으로 생기는 수입을 원칙적으로 과세대상으로 정하되, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산으로서 대통령령이 정하는 것을 예외적으로 비과세대상으로 삼고 있고, 같은 법 시행령 제3조 제2항은 법인세 과세대상에서 제외되는 고유목적사업에 직접 사용하는 유형자산 등을 해당 자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 자산을 말한다고 규정하고 있는데, 이는 비영리법인이라도 보유하고 있는 자산을 처분함으로써 수입이 발생할 경우 이를 수익사업에서 생기는 과세대상 소득으로 취급하는 것을 원칙으로 하되, 자산의 처분일을 기준으로 3년간 고유목적사업에 직접 사용하였다는 객관적인 사실관계가 인정된다면 비영리법인의 활동목적을 존중하여 예외적으로 비과세대상으로 삼겠다는 관계 법령의 취지로, 이와 같은 예외적인 감면규정은 엄격하게 해석하여야 하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다 할 것인바, 청구법인이 제출한 총회 회의록상 청구법인은 쟁점토지에 존재하였던 분묘 3기(OOO의 묘)를 2015년에 이장한 것으로 나타나고, 처분청이 제출한 OOO 사진에 의하더라도 2013년에는 쟁점토지에 분묘가 확인되나 2015년에는 분묘가 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점토지가 양도될 당시 3년 이상 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용되었음이 충분히 입증되었다고 보기 어려우므로, 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, 처분청은 이 건 처분이 부과제척기간 내에 행해진 것이어서 납부지연가산세 감면의 정당한 사유가 있는 것으로 보기는 어렵다는 의견이나, 처분청은 쟁점심판결정에 따라 이 건 처분일까지도 여전히 쟁점토지가 고유목적사업에 사용되지 아니한 것으로 보아 즉시 납부지연가산세를 포함한 법인세를 청구법인에게 부과할 수 있었던 것으로 보임에도 이를 이행하지 아니하고 지체하다가, 쟁점심판청구 결정일로부터 약 2년 7개월이 경과한 후에서야 새로운 사실관계를 추가하거나 부인할 수 있는 근거에 따라 과세함이 없이 쟁점심판결정에 근거하여 이 건 처분을 한 것으로 보이는바, 처분청에게 이 건 처분 지연과 관련된 책임이 없는 것으로 보기 어려워 보이는 반면, 청구법인이 당초 신고한 양도소득세 OOO원은 처분청이 이 건 처분 시 경정한 법인세 산출세액 OOO원보다 많아 청구법인에게 달리 조세회피 목적이 있었다고 단정하기는 어려운 측면이 있는 점 등에 비추어, 쟁점토지가 고유목적사업에 사용되지 아니한 것으로 보는 이상 과소신고가산세 및 법인세 신고납부기한의 다음날부터 쟁점심판결정에 따른 양도소득세 환급일까지의 납부지연가산세를 감면하기 어려움은 차치하더라도, 쟁점심판결정에 따른 당초 양도소득세의 환급일인 2022.7.11.부터 이 건 법인세 처분일인 2025.2.18.까지의 납부지연가산세를 감면함은 타당한 것으로 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 처분청이 제출한 쟁점토지의 사진

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