이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.11.10. 경기도 포천시 OOO(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하고 「지방세특례제한법」제11조 제2항에 따라 취득세 등을 감면받았다.

나. 처분청은 청구법인이 이 건 토지(상세 목록 아래 ＜표1＞과 같다)를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아 2025.3.6. 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

＜표1＞ 이 건 토지의 세부내용 및 변동사항

(단위 : ㎡)

○○○

※ 이 건 토지 중 경기도 포천시 OOO를 이하 “쟁점토지①”라 하고, 경기도 포천시 OOO를 이하 “쟁점토지②”라 한다.

다. 청구법인은 이에 대하여 불복하여 2025.5.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 먼저 쟁점토지①과 관련한 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제19조에 의거 2021.10.12. 설립된 농업회사법인으로, 설립 후 농업경영체 등록 관청인 농산물품질관리원의 확인 및 심사를 거쳐, 2021.11.26. 쟁점토지①에 대해 농작물 재배 경작지로 농업경영체 등록을 완료하였다.

청구법인은 쟁점토지①에서 청보리 및 호밀을 경작하였고, 이는 가을에 파종하여 다음 해 여름(5~6월)에 수확하는 작물로써 파종, 생육관리, 수확 등 실질적인 경작활동을 아래 ＜표2＞와 같이 수행하였다.

＜표2＞ 쟁점토지① 경작활동 현황

○○○

청구법인은 설립 당시 영농에 필요한 사무공간, 창고 등의 기반시설이 갖추어져 있지 않아, 사무업무 및 영업활동을 원활하게 수행할 수 있는 여건이 마련되어 있지 않았다.

이에 따라 청구법인은 모법인인 AAA협동조합의 사업장 소재지인 “경기도 포천시 OOO”을 청구법인의 본점 소재지로 등록하였다.

2024년 2월 공장건물이 완공되기 전까지 청구법인은 자체적인 사무공간, 창고, 회계관리 시스템(ERP 프로그램 등)을 구축하지 못하여 영업 및 판매 활동보다는 농작물 생산을 주된 목적으로 하여 농작물 생산을 위한 종자 구입, 파종 전 부지 정비 및 관리, 파종 작업, 생육기간 중 농작물 관리 및 수확 대상 농가 선정, 수확일정 조율 등 실질적인 경작활동에 중점을 두고 사업을 수행하였다.

청구법인은 2023년 하반기부터 2024년 상반기까지 공장 건축공사를 진행함에 따라, 공사 차량의 빈번한 출입과 토사의 반출입, 건설공사로 인한 비산먼지 발생 등으로 인해 정상적인 경작활동이 불가능한 상황으로 인해 해당 기간 동안 경작을 일시적으로 중단할 수밖에 없었으나, 이는 불가피한 사정에 따른 일시적인 상황으로 농지의 이용 목적에는 변함이 없다.

(나) 처분청의 의견에 대한 청구법인의 주장은 다음과 같다.

1) 처분청은 2024.10.11. 실시한 현장확인을 통해 쟁점토지①에 농작물이 존재하지 않고 잡초가 무성하다는 점을 근거로, 최근 3년간 실질적인 경작이 없었다고 보았다. 그러나 이 시점은 통상적인 작물 수확이 종료되고 다음 작물의 재배 준비가 진행되기 전인 비경작기에 해당하는 시기로, 경작이 일시 중단된 상태에 불과하다.

이와 같이 일시적인 농한기 상태만을 근거로 실질 경작 여부를 판단하는 것은 적절치 않으며, 실제 농업의 주기성과 경작 특성을 반영하지 않은 처분은 타당성을 결여된 것이다.

또한, 행정안전부는 영농활동을 지속적으로 하여 토지를 영농에 직접 사용하는 경우라면 농한기 등 일시적인 관리가 소홀하였다는 이유로는 영농활동이 없거나 중단된 것으로 보아 감면세액을 추징할 수 없다고 보고 있다(행정안전부 지방세운영과-555, 2010.2.5., 같은 뜻임).

2) 청구법인은 쟁점토지①에서 파종, 경작, 수확 등 일련의 농업활동을 실질적으로 수행해 왔다. 다만, 사업 초기 인프라 부족으로 인해 수확물은 법인의 직접판매가 아닌 작업자 인건비 지급 형식으로 유통되었고, 이에 따라 회계상 매출이 계상되지 않았을 뿐이다.

또한 경작은 청구법인이 주체가 되어 수행된바, 이는 실질적으로 법인의 영농행위로 평가되어야 하며, 회계상 수치만을 기준으로 이를 부정하는 것은 타당하지 않다. 청구법인은 3차 수확분(2024년 11월 파종, 2025.7.1.~19.수확)에 대하여 수확 및 판매 관련 사무환경이 갖추어진 상황에서 농작물 매출거래부분에 대하여 법인장부에 적정하게 인식하였다.

영농활동을 입증할 수 있는 종자 구입 영수증, 작업 사진 등 객관적인 자료 역시 확보하고 있으며, 이는 실질 경작행위가 있었음을 뒷받침하고 있다.

3) 2023년 하반기, 쟁점토지① 인근의 공장 신축공사로 인해 경작활동이 일시 중단된 것은 사실이나, 이는 불가항력적인 외부 사유로 인한 것으로, 청구법인은 쟁점토지①를 영농 외의 다른 목적으로 사용한 바가 전혀 없다.

그리고 쟁점토지①를 취득한 날로부터 3년내인 2024.11.6.부터 계속적인 영농활동을 하고자 종묘를 구입한 사실이 명확하게 확인되고, 현재까지 계속하여 영농의지를 갖고 영농활동을 이어나가고 있다.

따라서 일시적 휴경 상태를 경작 포기의 근거로 삼는 것은 영농 현실을 무시한 판단이며, 이는 농지 활용의 본질 목적에도 반한다고 할 것이다.

(2) 쟁점토지②에 대한 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 포천시 축산농가의 수익 증대 및 안정적인 축산경영 지원을 위하여, 축산농가에 필요한 사료를 안정적으로 공급하고자 쟁점토지②를 공장용지로 사용할 목적으로 취득하였으며, 아래 ＜표3＞과 같이 해당 토지에 공장 신축을 위한 제반활동을 수행하였다.

＜표3＞ 쟁점토지② 공장신축활동 현황

○○○

(나) 위 ＜표3＞의 10번의 내용과 같이, 청구법인은 2022.5.12. 처분청에 공장설립 승인 신청서를 제출하였으나, 처분청은 약 4개월이 경과한 2022.9.22. 공장설립을 승인하였다.

청구법인은 신청서 제출 이후, 처분청의 기업지원과로부터 산업단지 조성과 관련하여 사업부지의 이동과 이에 따른 보상을 조건으로 협의하자는 비공식적인 제안을 받은 바 있으나, 해당 제안을 거절하였다.

제안받은 대체 부지는 군부대 인접에 따른 고도제한, 낮은 지반으로 인한 성토 비용 증가, 출입구 위치 문제로 인한 민원 발생 우려 등으로 사업 추진에 부적절하였으며, 이에 따라 청구법인은 협의를 진행하지 않았다.

이후 공장설립 승인은 장기간 지연되었고, 청구법인이 수차례 유선으로 승인 여부를 문의하였으나, 담당자의 부재나 휴가 등을 이유로 명확한 안내를 받지 못하였다.

청구법인은 처분청이 OOO 산업단지 조성을 위하여 청구법인의 부지가 포함된 부지계획을 추진하면서, 승인 절차를 의도적으로 지연시킨 것으로 판단하고 있으나, 이를 입증할 명시적인 증빙자료(공문서, 녹취 등)는 확보하지 못하였다.

(다) 위 ＜표3＞의 12번의 내용과 같이, 청구법인은 2022.9.27. 처분청에 건축허가 신청서를 접수하였으나 「수도권정비계획법」에 따라 공장 총허용량 초과로 공장의 건축이 제한된다는 통보를 받았다.

처분청의 공장 총허용량은 경기도에서 총허용량 배정에 따라 제한 해제 여부가 결정되는 사항으로, 2023년 처분청의 공장 총허용량 초기화로 인하여 청구법인의 건축허가 신청접수일로부터 약 3개월이 지난 2023.1.3. 건축허가가 승인되었다.

(라) 조세심판원은 일관되게, 공장신축을 위한 토지의 경우 “직접 사용”의 시점을 “착공일”로 판단하고 있으며, 착공이 지연되었다 하더라도 그 지연이 청구법인의 정상적이고 진지한 노력에도 불구하고 발생한 불가피한 사정에 기인한 경우에는 정당한 사유가 있다고 결정하고 있다(조심 2018지3266, 2019.3.14., 조심 2019지197, 2019.10.31., 조심 2023지4190, 2024.8.13. 외 다수, 같은 뜻임).

그럼에도 불구하고 처분청은 쟁점토지②에 대해 “직접 사용” 시점을 “공장건물 사용승인일”로 자의적으로 해석하여 이 건 과세처분을 하였는바, 이는 조세심판원의 일관된 해석기준에 반하는 것으로, 청구법인의 법적 안정성과 예측 가능성을 중대하게 침해하는 부당한 처분이라 할 것이다.

(마) 또한, 처분청은 쟁점토지②를 취득한 후, 도로점용 허가 및 문화재 정밀지표조사를 약 1년간 진행하였고, 2022.3.7.에 건축허가를 받았으며, 착공신고 또한 2023.2.16.에서야 수리된 점으로, 외부적인 사유 없이 청구법인의 귀책으로 쟁점토지② 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다는 의견이다.

위의 처분청 의견과 달리 청구법인은 쟁점토지②를 취득하여 공장건물 신축을 위하여 진입로확보ㆍ도로점용허가ㆍ공장신설승인요청ㆍ건축허가신청ㆍ착공허가ㆍ건설공사ㆍ공장건물 사용승인 등 시간허비 없이 정상적인 노력을 다하였다.

그러나 청구법인이 통제할 수 없는 처분청의 공장신설승인 지연(약 4개월 소요)과 처분청의 공장허용량 문제로 인한 건축허가 지연(약 3개월 소요)으로 인하여 공장건물착공이 처분청의 업무지연사유로 약 7개월간 지연되었다.

위 내용과 같이, 청구법인은 쟁점토지② 취득일부터 1년 내에 해당 용도에 맞게 직접 사용하지 못한 사유는 불가피한 외부 사정에 따른 것으로서 정당한 사유가 명백히 존재하는바, 처분청이 제반사정을 무시하고 이루어진 이 건 과세처분은 부당하므로 최소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 이 건 토지 중 쟁점토지①에 대하여 살펴보면

(가) 청구법인은 2021.11.9. 취득하고 2021.11.12. 청보리 씨앗을 구입하여 같은 해 11.17. AAA협동조합의 장비 및 인력을 동원하여 파종한 후 2021.11.∼2022.4.까지 선정된 농가에서 잡초 및 병충해 관리와 시비(비료)관리를 하였고, 2022.5.10. 선정된 농가 BBB에 의하여 노동력과 장비를 지급받아 수확하였고, 수확물을 그 대가로 지급하였으며, 이러한 일련의 작업을 2022년도 10월에 시작하여 2023. 5월중 시행하였으며, 2023년 5월부터 2024년 10월까지는 쟁점토지②에 공장신축 공사로 인하여 휴경하였으며, 2024년 11월 이후 다시 같은 작업을 진행하였다고 주장한다.

(나) 그러나, 청구법인은 직접 경작하였다고 주장하면서 법인장부상 매출내역 등의 증빙자료를 제출하지 못하고 있고,「농업·농촌 및 식품산업 기본법」 제3조 제1호 및 같은 법 시행령 제2조에서 규정하는 농작물 재배업·축산업·임업 등을 직접 경영하는 것을 말하며, 사전적 의미로도 농작물을 효율적으로 재배하고 이를 수확하는 활동을 의미하는 것이며, 법인이 농산물을 재배하고 있다 하더라도 이를 공동으로 출하하거나 유통한 사실이 확인되지 않는 경우에는 이를 농업회사법인이 영농 활동을 하였다고 보기 어렵다.

또한, 대법원 2020.3.12. 선고 2019두59806 판결을 참조하여 쟁점토지①을 보면, 설령 청구법인의 주장대로 인프라 부족으로 발기인으로 참석한 청구외 CCC 및 BBB에 의하여 경작되고 수확되었다 하여도 이는 청구법인이 “직접사용”하였다고 평가할 수도 없다고 판시하는 것으로 해석할 수 있다.

특히, 청구법인은 2021.10.27. 국세청에 사업자 등록 신청시 개업일을 2023.1.1.로 기재한 것을 보면 1년의 유예기간인 2022.11.9.에도 실질적으로 운영되지 않은 법인으로 보이고, 청구이유서에 2024년 2월 청구법인의 공장건물이 완공되기 전에는 자체적 사무공간 및 시스템이 없어 농작물 생산을 주된 목적으로 종자구입, 파종전 부지정비, 파종과 생육관리, 그리고 수확 대상 농가 선정 등의 사업을 수행하였다고 기재되어 있어 청구이유서를 보더라도 유예기간 내 직접 사용한 것으로 보기는 어려우므로 처분청의 과세처분은 정당하다.

(2) 이 건 토지 중 쟁점토지②에 대하여 살펴보면

(가) 청구법인은 쟁점토지②를 2021.11.9. 취득한 후 지속적으로 공장을 신축하기 위하여 도로점용허가, 문화재 정밀지표조사, 공장신설 승인 절차, 건축물 착공 및 승인 절차를 지속적으로 진행하여 유예기간 내 직접사용을 위하여 최선의 노력을 다하였으나 처분청의 허가 지연 등 청구법인의 의지로는 해결되지 않는 외부적 사유로 이는 정당한 사유에 의한 공사 지연이며, 처분청의 직접 사용의 시점을 공장의 착공일이 아닌 사용승인일로 보는 것은 자의적 해석이라고 주장한다.

(나) 그러나, 이러한 행정절차는 통상적인 건축허가 진행 과정으로 판단되며 행정관청에 의한 금지나 제한으로 볼 수 없고, 법령에 의한 금지나 제한 등 객관적으로 불가능한 사유가 있었다고 볼 수도 없으며, 따라서 정당한 사유로 보기는 어렵다.

또한, 청구법인이 2022.5.12. 처분청 관련 부서에 제출한 공장신설승인신청서 상의 사업계획서를 보면 건축물 착공예정일을 2022년 7월로 정하고 준공예정일을 2024년 6월로 작성되어 있으며, 이는 청구법인도 사전에 유예기간내 건축물의 완공이 어렵다는 것을 인지한 것으로 판단된다. 아울러, 착공허가도 유예기간이 경과한 2023.2.16.에 진행한 것을 보면 청구법인이 주장하듯이 유예기간내 사업목적으로 직접 사용하고자 최선의 노력을 다하였다고 보기 어렵다.

(다) 다음으로, 청구법인은 처분청이 직접사용의 시기를 착공일이 아닌 준공일로 자의적으로 판단하였다고 주장하나, 대법원(2008.5.29. 선고 2008두3319 판결)은 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물의 사용승인을 받은 시점을 직접 사용시기로 판단하고 있으므로 자의적 판단이 아니다.

(라) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세 요건 또는 조세 감면 요건을 막론하고 조세 법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장 해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면 요건 규정 가운데에 명백히 특혜 규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 등 참조).

더구나, 「지방세특례제한법」상의 “정당한 사유”는 예외 규정에서도 또 다른 예외 규정이라는 점을 고려할 때 마냥 폭 넓게만 인정할 수는 없다. 부동산을 취득하는 소유자는 취득세를 납부하는 것이 원칙이고, 감면은 아주 예외적인 경우에만 인정된다. 즉 청구법인이 감면을 받지 못하게 되는 것은 원칙으로 돌아가 일반적인 납세의무를 부담한다는 의미가 있는 것이다. 또한, 감면 요건을 함부로 확장 해석하여 감면 범위를 넓히게 되면 그로 인한 세수 부담이 다른 납세자 전체에게로 넘어가게 되고 세법 규정의 기준이 모호해지는 문제가 발생하게 되므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 관련 법령

지방세특례제한법(2021.4.20. 법률 제18128호로 개정된 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다.

제11조(농업법인에 대한 감면) ② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2023년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

나. 쟁점

① 청구법인이 쟁점토지①를 취득일부터 1년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 과세한 처분의 당부

② 청구법인이 쟁점토지②를 취득일부터 1년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인의 등기사항전부증명서에 따르면, 경기도 포천시 OOO을 본점으로 하고 기업적 농업경영을 통하여 생산성을 향상시키거나 생산된 농산물을 유통·가공·판매함 등을 목적으로 하여 2021.10.12. 설립된 것으로 나타난다.

(나) 청구법인이 2021.10.27. 관할세무서에 등록한 사업자등록증에 따르면, 개업일을 2023.1.1.로 기재된 것으로 나타난다.

(다) 쟁점토지①과 관련하여 제출된 자료는 다음과 같다.

1) 청구법인은 경작을 하기 위한 종자를 구입하였고 일부 매출하였다는 증빙으로 아래 ＜표4＞와 같이 세금계산서를 제출하였고, 제출한 금융거래내역서(청구법인 계좌)상 관련 금액이 입·출금 된 것으로 나타난다.

＜표4＞ 청구법인이 수취 및 발급한 세금계산서 내역

(단위 : 원)

○○○

2) 청구법인이 제출한 문서에 따르면, 2021.11.13., 2022.10.17. AAA협동조합에 경작활동을 위한 장비 및 인력동원요청을 한 것으로 나타난다.

3) 청구법인은 2021.11.17.부터 2025.7.1.까지의 파종·수확사진 제출하였다.

4) 청구법인이 제출한 수확물 인수인 BBB의 확인서(2025.4.25. 작성)에 따르면, 쟁점토지①에서 2022.5.10., 2023.5.15. 청보리, 호밀을 수확하였고 수확 과정에서 발생한 노동력 및 장비 등은 본인이 직접 부담하였는데 해당 수확과 관련하여 청구법인에 제공한 노동력 및 장비 사용 등의 대가로 본 수확물을 지급 받았음을 확인하고 별도의 금전 거래 없이 수확물로 대체 지급되었음을 확인한다고 기재되어 있다.

5) 처분청의 출장 보고서 주요내용에 따르면, 출장일시는 2024.10.11.이고 확인대상은 농업법인 감면 후 취득일부터 1년 이내 직접 사용 및 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 타용도 사용 여부확인으로 기재되어 있고, 확인결과 전산 자료상 확인상 농업법인 감면 후 2022년 11월 경 건물이 완공되어야 하나 2024.2.14. 건물이 완공된 것으로 확인, 현장 출장 시 현재 목적사업(감면목적 : 사료 생산 유통, 가공)에 맞게 운영 중으로 건축물에 대하여는 1년내 목적사업 사용중이나, 토지는 1년내 목적사업에 사용하고자 하는 건축물 신축이 안된 것으로 유예기간 내 목적사업 미사용으로 판단된다고 기재되어 있다.

(라) 쟁점토지②와 관련하여 제출된 자료는 다음과 같다.

1) 청구법인은 처분청의 친환경도시재생과로부터 2021.11.22. OOO에 대하여 토지분할 허가를 받은 것으로 나타난다.

2) 청구법인의 사료공장 생산 기계설비 시설공사 입찰공고문(2021.12.2.)을 제출한바, 제안발표일은 2021.12.23.으로 나타나고, 그 결과 2022.2.3. 주식회사 DDD, 계약금액 OOO원으로 확정되어 2022.3.8. 주식회사 DDD와 청구법인의 사료공장 생산 기계설비계약을 체결한 것으로 나타난다.

3) 2021.12.9. 공장설비 인허가대행용역계약 체결한다는 내부결재문서를 제출하였고, 2022.2.18. 현 측량설계공사와 인허가대행용역계약을, OOO건축사무소와 설계용역계약을 체결한 것으로 나타난다.

4) 의정부국토관리사무소장(OOO)은 청구법인에게 경기도 포천시 OOO 상 농가주택 진출입 목적의 도로점용(연결)허가 권리·의무 승계를 신고한 사항에 대하여 수리(승계신고 사유 : 토지매매)한 것으로 나타나고, 2022.3.2. 도로점용(연결)허가 기간연장 신청에 대하여 당초 허가사항과 시설물 등이 상이하여 허가기간 연장이 곤란하고 당초 허가사항대로 시공후 기간연장을 재신청 할 수 있도록 2022.6.30. 한시적으로 연장한다고 청구법인에게 통보한 것으로 나타난다(OOO).

의정부국토관리사무소장(OOO)은 공장 진출입로 설치를 위한 도로점용 변경허가신청에 대하여 미비한 사항이 있어 2022.3.29.까지 보완통보를 하고 2022.4.12. 제출기한을 연장 후 2022.4.15. 최종적으로 농가주택 진출입로를 공장 부지 진출입으로 도로점용허가 변경된 것으로 나타난다.

5) 청구법인이 제출한 공장 신설 신청서에 따르면, 2022.5.12. 공장 승인신청을 하였고, 첨부된 사업계획서상 착공예정일은 2022년 7월, 준공일은 2024.6.30.로 나타난다.

6) 청구법인은 2022.5.26. 처분청으로부터 건설공사를 위해 문화재 정밀지표조사를 선행해야한다는 보완회신을 받은 후 문화재 발굴조사(2022.7.4.~2022.7.6.) 후 2022.9.21. 공장신설 승인통보를 받은 것으로 나타난다.

7) 청구법인은 2022.9.27. 건축허가 신청을 하였으나, 처분청은 2022.10.5. 보완사항을 요청하였고, 보완내용에 「수도권정비계획법」 제18조 및 같은 법 제21조에 따라 공장 총허용량 초과로 공장의 건축이 제한된다는 내용이 기재되어 되어 있으며, 청구법인은 2023.1.3. 연면적 3,193.7㎡의 공장용 건축물의 건축허가(OOO)를 받은 후 2023.2.16. 착공신고를 하였고, 2024.2.14. 건축물 사용승인을 받았다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」 제11조 제2항에서 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2023년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있고, 제3항에서는 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서, 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다.

(나) 처분청은 청구법인이 쟁점토지①을 취득한 후 1년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였으므로 쟁점토지①에 대한 취득세는 추징대상이라는 의견이다.

그러나, 청구법인이 제출한 세금계산서 수취내역에 따르면 2021.11.12., 2022.10.17., 2024.11.6. 청보리, 호밀종자 등을 구매한 것으로 나타나고, AAA협동조합에 2021.11.17., 2022.10.21. 장비 및 인력동원을 요청하였으며, 매년의 파종, 수확사진 등을 제출하고 있는 점,

쟁점토지① 인근에 거주하는 BBB는 본인의 장비로 수확물을 직접 수확하였다고 확인하고 있어 그 수확물을 유통한 것으로 볼 수 있어 보이는 점,

처분청의 출장보고서에 따르면 출장일시가 2024.10.11.이고 쟁점토지①의 취득일은 2021.11.10.인바, 처분청이 1년 내에 직접 사용하였는지 여부에 대하여 최소 2022.11.10. 전에 확인하여야 할 것으로 보이고 청구법인이 재배한 것은 청보리, 호밀로 1년 내내 경작할 수 없으므로 당연히 잡초가 있는 상태가 있을 수 밖에 없어 보여 이 같은 이유만으로 청구법인이 쟁점토지①에 농작물을 재배하지 아니하였다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어,

청구법인은 쟁점토지①을 취득일부터 1년 이내에 영농 등 해당 용도로 직접 사용한 것으로 보이므로 처분청이 쟁점토지①의 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가)「지방세특례제한법」제11조 제3항 제1호의 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 사유를 의미하고, 부동산 취득 당시 1년 이내에 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고, 취득 후 1년 이내에 당해 부동산을 그 사업 내지 고유 업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 부동산을 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없다(조심 2023지2008, 2023.8.18. 같은 뜻임).

(나) 청구법인은 쟁점토지②를 취득한 후 1년 이내에 착공 및 공장신축을 하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장한다.

그러나, 산업용 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세의 감면 규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당한바(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 2022.5.12. 처분청에 제출한 공장신설 승인신청서의 사업계획서에 따르면, 건축물의 착공예정일은 2022년 7월로 정하고 있고 준공예정일을 2024년 6월로 기재되어 있어 청구법인도 사전에 유예기간내 공장 건축물 준공이 어렵다는 것을 인지하였던 것으로 보이는 점,

청구법인이 건축물 착공일을 직접 사용 시점으로 보아야 한다고 주장하며 제시한 우리 원 선결정례 등은 이 건과 사실관계가 달라 원용하기 어렵고, 설령 착공일을 직접 사용한 것으로 보더라도 청구법인은 쟁점토지②를 취득한 후 1년이 경과한 2023.2.16. 착공허가를 받아 유예기간을 경과한 점,

청구법인은 2021.11.10. 쟁점토지②를 취득한 후 공장을 신축하기 위하여 공장신설 승인 신청하기까지 6개월을 소요되었는데, 도로점용허가, 문화재 정밀지표조사 등은 청구법인이 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 사유로 보이고 이러한 행정절차는 통상적인 건축허가 진행 과정으로 행정관청에 의한 금지나 제한으로 볼 수 없는 점,

청구법인은 공장신설 승인이 약 4월간 처리가 지연되어 처분청의 귀책사유가 있다고 주장하나 이에 대한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어,

청구법인이 쟁점토지②를 취득일부터 1년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로 처분청이 쟁점토지②에 대한 취득세를 추징한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.