이유
1. 처분개요

가. 주식회사 A(이하 “체납법인”이라 한다)은 2013.9.13.부터 인천광역시 OOO에서 토목공사 건설업을 영위하는 법인으로, 2020∼2022사업연도 법인세 등의 국세 총 OOO원을 체납하였다.

나. 처분청은 2017·2018사업연도의 주식변동등상황명세서상 청구인이 체납법인 발행주식 OOO주 중 OOO주(지분율 60%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 보유하고 있던 사실을 확인하고, 위 체납세액 납세의무 성립일 현재 청구인이 체납법인의 과점주주에 해당하는 것으로 보아 2025.2.14. ＜표1＞와 같이 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하여 체납세액 합계 OOO원(이하 “쟁점체납세액”이라 한다)을 납부하도록 고지하였다.

＜표1＞ 체납세액 및 제2차 납세의무 지정내역

○○○

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.12. 이의신청을 거쳐 2025.8.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 단순한 명의대여자에 불과하므로, 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.

(1) 청구인은 단순한 명의대여자에 불과하고 쟁점주식의 실제 소유자는 체납법인의 대표이사 B(이하 “쟁점대표이사”라 한다)이다.

(가) 체납법인은 쟁점대표이사가 독립적으로 설립·운영한 법인으로, 청구인은 체납법인의 설립이나 출자에 관여한 사실이 없고, 주주총회나 이사회에 참석하거나 의결권을 행사한 적도 없다. 또한 임원으로 재등재된 사실이 없으며, 체납법인으로부터 급여·배당·이자 등 금전상 이익을 수령한 사실도 전혀 없다.

(나) 청구인은 쟁점대표이사의 배우자가 운영하던 회사에 운송 용역을 제공하고 수수료를 지급받는 업무를 수행하던 자로, 2013년 9월경 쟁점대표이사의 부탁으로 단순히 이사 등기를 위한 명의만 빌려주었을 뿐, 법인 설립이나 출자와 관련된 사실을 전혀 알지 못했다. 청구인은 2016년 3월경 체납법인의 사내이사로 등재된 사실을 알게 된 즉시 쟁점대표이사에게 사임 의사를 밝혔으며, 같은 해 3월 31일자로 사내이사 사임 등기를 완료하였다. 이후 약 1년간 단순 배차 용역을 수행한 후 거래를 완전히 종료하였고, 그 이후로 체납법인과 아무런 관계를 유지하지 않았다.

(다) 청구인은 체납법인의 주식을 인수하거나 인수대금을 지급한 사실이 전혀 없다. 금융거래내역에서도 주식 취득 관련 자금 흐름은 확인되지 않았다.

(라) 공증용 주주명부에도 청구인의 이름은 등재되어 있지 않고, 실제 주주는 쟁점대표이사(OOO주), C(OOO주), D(OOO주)로 기재되어 있다.

(2) 처분청이 청구인을 과점주주로 보아 제2차 납세의무를 부과한 것은 실질적 증거 없이 형식적 등재만을 근거로 한 위법한 처분이다.

(가) 처분청은 단순히 주식등변동상황명세서, 법인등기부등본 등에 기재된 사실만으로 과점주주로 판단하였으나, 이는 실질과세원칙에 반한다. 실질적인 출자나 경영참여가 없음에도 명의도용 또는 명의대여 상태를 입증하지 못하면 납세의무를 면할 수 없다는 처분청의 해석은 납세자에게 과도한 입증책임을 지우는 것이다.

(나) 특히 청구인과 같이 실제 주식 취득 사실이 없고, 장기간 경과로 관련 서류나 증빙 확보가 곤란한 경우, 이를 이유로 일방적으로 과세하는 것은 형평에 반한다.

　(다) 청구인은 체납법인의 협조를 기대할 수 없는 상황에서, 주주가 아니라는 사실을 입증하기 위해 처분청, 체납법인 등에 당시 계좌내역, 주주총회의사록, 주주명부 등을 요청했으나, 처분청으로부터 일부의 답변만을 받았다.

(3) 객관적 사실을 기반으로 한 정당한 과세가 이루어질 수 있도록 재조사 결정이 이루어져야 한다.

(가) 처분청은 2017·2018사업연도의 주식등변동상황명세서를 근거로 납세의무 성립일 당시 청구인이 체납법인의 주식을 보유했다는 사실을 입증했다는 의견이나, 처분청은 청구인이 2020년부터 2022년까지 체납법인의 주식 60%를 보유했다는 사실을 입증하지 못하였다.

(나) 2017·2018사업연도의 주식등변동상황명세서는 이 건 체납세액의 귀속시기가 되는 사업연도의 자료가 아니다. 2018.12.31. 이후 증권거래세 등의 신고내역이 없다는 사실 또한 청구인이 체납세액의 납세의무 성립일(2020∼2022사업연도)에 체납법인의 주식을 입증할 수 있는 증거에 해당하지 않는다.

(다) 반면, 청구인이 제출한 2022.3.22.자 주주명부에 주주구성이 다르다는 점과 체납법인의 설립 이후 증권거래세 등의 신고내역이 전혀 없다는 점을 고려한다면, 통상인은 주식변동등상황명세서의 주주가 실제 주주명부상의 주주구성과 다를 가능성과 주주의 변동이 있음에도 별도의 신고가 이루어지지 않은 경우에 대한 가능성을 의심할 수밖에 없다.

그러나 처분청은 단순히 위 주주명부는 특정 시점의 형식적인 자료에 불과하다는 이유로 추가 사실관계의 확인없이 이 건 처분을 하였다. 따라서 주주명부에 의해 처분청이 확정한 사실관계가 잘못되었음이 확인된 이상, 처분청은 2020∼2022사업연도의 주주 구성에 관한 입증을 하여야 한다.

(라) 청구인은 체납법인으로부터 그 어떤 소득도 지급받은 사실이 없다. 처분청 주장대로라면 2대 주주인 쟁점대표이사가 약 10년간 체납법인으로부터 상당한 소득을 지급받았는데, 1대주주인 청구인이 아무런 이익을 얻지 못했다는 것은 일반적이라고 보기 어렵다.

나. 처분청 의견

청구인을 체납세액의 납세의무 성립일 당시 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하여 납부를 고지한 이 건 처분은 정당하다.

(1) 처분청은 체납세액의 납세의무성립일을 기준으로 주주현황을 검토하여 청구인을 제2차 납세의무를 지정하였다.

(2) 「국세기본법」 제39조 제2호 소정의 제2차 납세의무를 지우는 경우에 있어서 같은 제2호와 같은 법 시행령 제20조의 요건을 갖춘 과점주주에 해당한다는 사실은 과세관청이 주장·입증하여야 하나, 과세관청으로서는 주주명부나 법인이 과세관청에 제출하는 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등에 의하여 과점주주라고 볼 수 있는 자료를 제출하면 일응의 입증을 하였다고 보아야 할 것이고, 제2차 납세의무자로서의 책임을 면하고자 하는 자가 그 주주 명의를 도용당하였다거나 실질적으로 주주가 아니고 형식상의 주주에 불과하다는 등 제2차 납세의무자가 될 수 없다는 사실을 입증하여야 한다.

(3) 체납법인의 사업자 등록 신청서 등에 청구인의 인감도장을 확인할 수 있고, 주식변동등상황명세서 제출 및 주식 양도세 신고납부가 이루어지지 않는 점 등 주주변동사항을 확인할 수 있는 서류의 제출이나 신고가 없었다.

따라서 청구인이 명의를 도용당하였다거나 실질적으로 주주가 아니고 형식상의 주주에 불과하다는 등 제2차 납세의무자가 될 수 없는 사실에 대한 입증이 부족하므로 이 건 처분은 정당하다.

(4) 청구인이 제출한 녹취록은 처분청의 처분에는 아무런 영향을 미칠 수 없을 뿐만 아니라, 2022년 3월 주주명부는 측정 시점의 형식적 자료에 불과하여, 2020∼2022사업연도 납세의무 성립일 현재의 과점주주의 지위까지 부정하는 증거로 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 체납세액의 납부를 고지한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것)

제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제21조【납세의무의 성립시기】② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 소득세ㆍ법인세 : 과세기간이 끝나는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세는 그 법인이 해산을 하는 때

4. 부가가치세 : 과세기간이 끝나는 때. 다만, 수입재화의 경우에는 세관장에게 수입신고를 하는 때를 말한다.

제39조【출자자의 제2차 납세의무】법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세ㆍ가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

(2) 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정된 것)

제39조【출자자의 제2차 납세의무】법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

부칙 ＜법률 제17650호, 2020.12.22.＞

제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(출자자의 제2차 납세의무에 관한 적용례) 제39조의 개정규정은 이 법 시행 이후 법인의 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 체납법인의 주식변동내역과 관련한 사항은 아래와 같다.

(가) 국세청 통합전상망에서 확인되는 체납법인의 주주현황은 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 처분청의 국세통합전산망상 체납법인의 주주현황

○○○

(나) 처분청이 제출한 2017·2018사업연도의 주식등변동상황명세서의 내용은 위 ＜표2＞와 같고, 이후 사업연도에 체납법인이 신고한 주식등변동상황명세서는 없는 것으로 나타난다.

(다) 체납법인의 사업자등록시 제출된 의사록 및 정관 등에는 발기인으로 청구인의 서명이 기재되어 있다.

＜체납법인 설립 시 제출된 자료＞

○○○

(라) 반면, 2022년 3월 작성된 체납법인의 주주명부는 아래와 같고, 위 주식변동등상황명세서의 신고와 달리 쟁점대표이사, C, D이 주주로 기재되어 있다.

＜2022년 3월 체납법인의 주주명부＞

○○○

(2) 체납법인의 대표이사 변경이력은 아래와 같다.

(가) 체납법인의 대표이사 및 사내이사의 변경내역은 ＜표3＞과 같고, 설립 이후 현재까지 쟁점대표이사가 대표이사로 등재되어 있으며, 청구인은 2016.3.31. 사내이사에서 사임한 것으로 나타난다.

＜표3＞ 체납법인 대표이사 변경내역

○○○

(나) 체납법인은 2022.3.31. 대표이사의 중임과 사내이사 변경 등과 관련하여 이사변경등기신청을 하였는데, 당시 제출한 등기서류에 첨부된 정기주주총회의사록을 보면, 쟁점대표이사의 주재 하에 총 주주 3명 중 2명(쟁점대표이사, D)이 참석하여 쟁점대표이사의 중임과 D의 사내이사의 취임을 각 승낙한 것으로 기재되어 있다.

＜정기주주총회 의사록, 2022.3.31.＞

○○○

(3) 청구인과 쟁점대표이사의 사업이력은 아래 ＜표4＞, ＜표5＞와 같다.

＜표4＞ 청구인의 사업이력

○○○

＜표5＞ 쟁점대표이사의 사업이력

○○○

(4) 그 밖에 청구인이 제출한 자료는 아래와 같다.

(가) 이의신청 결정서에 기재된 체납법인 설립일 전후 청구인의 금융거래내역은 아래와 같다.

＜체납법인 설립일 전 후 금융거래내역＞

○○○

(나) 쟁점대표이사와 청구인 간의 2025.3.10. 통화 녹취록은 아래와 같다.

＜청구인과 쟁점대표이사와의 통화 녹취록＞

○○○

(다) 청구인은 이 건 심판청구 시 처분청에 요청하여 아래의 사실관계에 대한 회신을 받았다.

1) 설립 이후 체납법인이 제출한 배당소득 지급명세서는 없다.

2) 2022년 3월 주주명부상의 주주로 확인된 주주들에 대한 지급명세서 제출 내역은 아래와 같다.

○○○

3) 체납법인 설립 당시(2013년 9월) E 납입금 OOO원의 금융거래내역은 회신이 불가하다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 2020.12.22. 법률 제17650호로 개정되기 전 「국세기본법」 제39조 제2호는 법인의 재산으로 그 법인이 납부할 국세 등에 충당하여도 부족한 경우에 과점주주에게 그 국세의 납세의무성립일 현재 제2차 납세의무를 지울 수 있도록 하면서 그 과점주주의 범위를 ‘주주와 그의 특수관계에 있는 자들로서 그들의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들’로 규정하였다가, 2020.12.22. 법률 제17650호로 개정된 「국세기본법」(적용시기는 2021.1.1. 이후 법인의 납세의무가 성립하는 분부터)은 ‘주주와 그의 특수관계에 있는 자의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’로 규정하였다.

이와 같은 개정은 조세징수의 확보를 위하여 원래의 납세의무자인 법인의 재산에 대하여 체납처분을 하여도 징수하여야 할 조세에 부족이 있다고 인정되는 경우에 사법질서를 어지럽히는 것을 최소화하면서 실질적으로 법인의 운영을 지배할 수 있는 출자자에 한하여 법인으로부터 징수할 수 없는 액을 한도로 하여 보충적으로 납세의무를 부담케 하는 제2차 납세의무제도의 취지에 부합하도록 제2차 납세의무를 지울 수 있는 과점주주의 범위를 법인의 임원 임면권 행사, 사업방침 결정 등 사실상 법인 경영에 영향력을 행사하였다고 인정되는 경우 등인 ‘법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’로 한정한 것으로 보인다(조심 2022부6898. 2023.1.11., 참조).

(나) 이 건의 경우, 체납법인의 주식 40%를 보유한 쟁점대표이사는 설립 당시부터 현재까지 체납법인의 대표이사로 근무 중이고, 계속하여 급여를 수령하고 있으며, 설립 당시와 2022년 3월 이사 변경 당시까지도 주주총회나 이사회에 참석하여 의결권을 행사한 것으로 나타나는 반면, 청구인은 2016.3.31. 내부이사에서 퇴임하였고, 급여·배당금 등의 경제적 이익을 받은 사실이 없는 것으로 나타나는 점, 청구인이 제출한 2022년 3월 주주명부에 따르면 청구인이 아닌 C, D이 주주로 기재되어 있고, 2022.3.31. 임원 변경등기시 제출된 주주총회 의사록에 기재된 주주의 현황도 이와 같은바, 주식상황변동명세서가 신고되지 아니한 2019년∼2022년 3월 사이에 청구인은 주주에서도 제외된 것으로 보이는 점, 2025년 청구인과 쟁점대표이사의 대화 내용에서도 청구인은 체납세액의 내용에 대해 알지 못하여 쟁점대표이사에게 질문하고 있는 것이 나타나는 점 등에 비추어 청구인은 쟁점체납세액의 각 납세의무 성립일 당시 체납법인의 경영에 대해 지배적인 영향력을 행사한 자에 해당한다고 보기 어렵다.

따라서 처분청이 청구인에게 한 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 중 2021.1.1. 이후 체납법인의 납세의무가 성립하는 분은 청구인이 체납법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하였음을 전제로 한 처분이므로 이는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(다) 다만, 2020.12.22. 개정 전 「국세기본법」에서는 제2차 납세의무를 지우는 과점주주 요건을 ‘주주들의 소유주식의 합계가 50％를 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사한 자’로만 규정하고 있고, ‘주식에 관한 권리 행사’는 반드시 현실적으로 주주권을 행사할 것을 요구하는 것은 아니며, 국세의 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다고 할 것인바(대법원 2004.10.15. 선고 2003두8418 판결, 참조), 2017·2018사업연도 주식등변동상황명세서상 청구인이 쟁점주식을 보유하고 있는 것으로 나타나나, 앞서 본 바와 같이 2019년∼2022년 3월 사이에 주주권의 변동이 있었던 것으로 나타나는 점, 청구인은 쟁점대표이사의 부탁으로 명의만 대여하였고 출자금을 납입한 사실이 없다며 본인의 금융거래증빙을 제출한 반면, 쟁점대표이사는 설립 당시부터 현재까지 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구인이 체납법인의 실제 주주로서 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있다고 단정하기 어려운 측면이 있다.

따라서 2020.12.31. 이전 체납법인의 납세의무가 성립하는 분은 처분청이 체납법인 설립 시 실제 주금의 납입자 및 청구인이 실제 주주라고 주장하는 쟁점대표이사에 대한 확인 등을 통해 납세의무 성립일 현재 과점주주를 재조사하여 그 결과에 따라 제2차납세의무자 지정 및 납부고지 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.