이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.10.6. ㈜AAA(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 주식 100%를 취득(이하 “이 건 주식”이라 한다)한 후, 2020.12.3. 쟁점법인의 취득세 과세대상 부동산(경기도 용인시 OOO, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 장부가액(OOO원)에 「지방세법」(2020.8.12., 법률 제17473호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제2항 제3호의 세율(1천분의 20)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 이후 청구법인은 2022.1.3. 쟁점법인을 흡수합병함에 따라 쟁점부동산을 취득한 것으로 보아 쟁점부동산의 시가표준액(OOO원)에 「지방세법」제15조 제1항 제3호 및「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것, 이하 같다) 제57조의2(기업합병·분할 등에 대한 감면) 제1항을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 이 건 주식을 취득(2020.12.3.)할 당시 과점주주 간주취득세(이하 “간주취득세”라 한다)를 이미 신고·납부 하였으므로 법인합병(2022.1.3.)으로 인한 취득세(이하 “쟁점취득세”라 한다)는 동일 과세물건에 대한 이중과세에 해당하다고 주장하며, 2024.11.14. 처분청에 경정청구 제기하였다.

라. 처분청은 과점주주 취득세(2%)에는 등록세(1.5%) 부분이 포함되어 있지 않으므로 법인합병 후 부동산 소유권 이전 등기를 위해서는 무상취득에 따른 등록세(1.5%)를 추가 납부하여야 하는 것이므로 이중과세가 아니라고 보아 2024.12.13. 이를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 쟁점법인의 과점주주로서 간주취득세를 이미 신고·납부한 후, 합병으로 취득한 쟁점법인의 부동산 등에 대하여 신고·납부한 쟁점취득세는 동일한 물건 취득에 대한 이중과세에 해당하는 것으로 처분청은 과점주주의 간주취득세는 구 취득세에 해당하고, 법인합병 취득세는 구 등록세에 해당하므로 이중과세가 아니라는 의견이나, 개정 전「지방세법」을 청구법인의 사례에 적용하는 것은 타당하지 아니하다.

나. 처분청 의견

「지방세법」 제6조 제1호에서 "취득"이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제7조 제2항에서 부동산등의 취득은 「민법」 등 관계 법령에 따른 등기·등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다고 규정하고 있다.

위의 규정에 따른 부동산의 취득이란 형식적 취득과 사실상의 취득 행위를 모두 포괄하는 의미이고, 형식적 취득이란 소유권이전 형식에 의한 모든 경우를 의미하며, 사실상 취득이란 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지 못하였으나 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 의미한다 할 것(대법원 2002.7.12. 선고 2000두9311 판결, 같은 뜻임)이고, 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용·수익·처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상 취득행위 자체를 과세객체로 하는 것(대법원 2007.5.11. 선고 2005두13360 판결, 같은 뜻임)이다.

일반적인 경우는 자산을 취득하게 되면 그 취득자는 그 과세물건에 대한 실질적인 지배권(사실상 취득)과 형식적인 소유권(형식상 취득)을 같이 취득하게 되는데, 구「지방세법」에서는 사실상 취득은 구 취득세로, 형식상 취득(소유권의 등기 또는 등록)은 구 등록세로 구분하여 과세하고 있었지만, 현행 취득세 체계에서는 이를 통합하여, 구 취득세와 구 등록세를 합한 과세 세율을 현행 취득세 세율로 하고 있으며, 사실상 취득(구 취득세) 혹은 형식상의 취득(구 등록세)만으로 과세세율을 적용하여야 하는 경우에는 「지방세법」제15조의 세율특례 등으로 이를 보완하고 있어 그 입법취지를 유지하고 있다.

과점주주 취득세의 경우, 비상장법인의 주식의 과반을 취득하여 과점주주가 된 자는 해당 법인의 자산에 대한 소유권을 형식적으로 취득하지는 못하였지만, 과점주주가 되면서 실질적으로 해당 법인의 자산에 대한 관리·처분권을 취득하게 되어 실질적인 지배권을 가지므로, 그에 대한 사실상 취득한 것으로 간주하여 납세의무가 성립하고, 그 세율 역시 구 취득세의 세율(1000분의 20)과 동일한바, 사실상 취득세로 보아야 할 것이다.

반면, 흡수합병으로 인한 취득세는 피흡수합병 법인의 자산을 흡수합병 법인의 소유로 그 등기 사항을 변경하게 되면서, 그 소유권이 형식적으로 흡수합병 법인으로 넘어가면서 취득세를 납부한 것이고, 그 세율 역시 무상취득 세율(1000분의 35)에서 중과기준세율(1000분의 20)을 뺀 세율로 구 등록세의 세율(1000분의 15)과 동일한바, 형식상 취득세로 판단하는 것이 타당하다 할 것이다.

청구법인은 이 건 주식을 취득하여 쟁점법인의 자산을 실질적으로 취득(사실상 취득)하였으나, 실제 소유권은 쟁점법인과 흡수합병하면서 쟁점법인의 자산의 소유권을 이전(형식상 취득) 받으면서, 쟁점법인의 자산을 완전히 소유(사실상, 형식상 취득)하게 되었다 할 것인 점,

이중과세란 일반적으로 동일한 과세물건에 대하여 두 개의 동일 또는 유사한 조세가 부과되는 것을 말한다 할 것(서울행정법원 2012.8.17. 선고 2011구합42543 판결 참조)인데, 앞서 살펴보았듯이, 과점주주 취득세와 흡수합병으로 인한 취득은 그 성질이 사실상 취득, 형식상 취득으로 다르며, 과세물건의 취득 요건 자체도, 과점주주 취득세는 쟁점주식을 취득(2022.7.1.)하여 쟁점법인의 과점주주가 되었을 때 성립하게 되고, 흡수합병으로 인한 취득세는 청구법인이 합병등기하면서 그 자산의 소유권을 취득(2022.10.7.) 함으로써 성립하는 것으로, 그 과세요건과 과세사실 등이 다르며, 과점주주 취득 간주 행위와 흡수합병의 취득 행위는 취득세의 과세객체로서 독립적인 취득 행위로서의 성질을 가진다고 할 것(대전고등법원 2006. 6. 22. 선고 2005누1648 판결, 같은 뜻임)인 점에서 이중과세라고 볼 수는 없다 할 것인 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 과점주주가 되어 취득세를 신고·납부한 후 청구법인이 쟁점법인을 흡수합병하여 쟁점부동산의 취득세를 신고·납부한 것은 이중과세에 해당한다고 볼 수 없으므로 이 건 경정청구 거부처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점법인의 주식 100%를 취득함으로써 쟁점법인 소유의 부동산에 대하여 간주취득세를 신고·납부한 청구법인이 쟁점법인을 합병함에 따라 쟁점법인 소유 부동산을 실제 취득하게 되는 경우 취득세 납세의무가 존재하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인의 등기사항증명서에 따르면, 2001.2.7. 통신장비기구 및 판금제조업 등의 목적으로 설립되었고 본점은 경기도 의정부시 OOO로 나타난다.

(나) 주식매매계약서 및 주주명부에 따르면 청구법인은 2020.10.6. 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점법인의 주식을 100% 취득한 사실이 나타난다.

＜표1＞ 청구법인의 주식 취득 내역

○○○

(다) 청구법인은 2020.12.3. 아래 ＜표2＞와 같이 과세표준을 산출한 후 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

＜표2＞ 청구법인이 신고·납부한 취득세 등 내역

(단위 : 원)

○○○

(라) 등기사항전부증명서 및 합병계약서에 따르면, 청구법인과 쟁점법인은 2021.11.8. 합병계약을 체결하였고, 2022.1.4. 쟁점법인은 청구법인과 합병하고 해산한 사실이 확인된다.

(마) 취득세 신고서 및 감면신청서에 따르면, 청구법인은 2022.1.27. 처분청에 「지방세특례제한법」제57조의2 제1항에 따른 취득세 감면율(60%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(바) 청구법인은 이 건 주식을 취득(2020.12.3.)할 당시 과점주주 간주취득세를 이미 신고·납부 하였으므로 법인합병(2022.1.3.)으로 인한 쟁점취득세는 동일 과세물건에 대한 이중과세에 해당하다고 주장하며, 2024.11.14. 처분청에 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.12.13. 아래와 같은 사유로 이를 거부하였다.

○○○

(사) 청구법인이 신고·납부한 간주취득세 및 쟁점취득세의 과세 요건과 근거 법령을 비교해 보면 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 간주취득세 및 쟁점취득세의 과세요건과 근거 법령

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점법인의 주식 취득에 따른 간주취득과 쟁점법인 합병에 따른 쟁점부동산의 실제 취득은 그 성질이 같지 아니하므로, 별개의 취득세 과세대상이라는 의견이다.

그러나, 「지방세법」 제7조 제5항에서 “법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있으므로, 청구법인은 2020.10.6. 쟁점법인의 발행주식을 취득하여 과점주주가 됨과 동시에 「지방세법」상 쟁점법인이 소유하고 있는 쟁점부동산 등을 취득한 것으로 간주된다고 할 것이다.

따라서, 청구법인이 2022.1.3. 쟁점법인을 합병함으로써 ‘민사법적’ 의미에서 실제 쟁점부동산에 대한 소유권을 취득하게 된다고 하더라도, 「지방세법」상 청구법인이 이미 취득하여 소유하고 있는 것으로 간주된 쟁점부동산을 2022.1.3. 다시 취득한 것으로 볼 수는 없다고 봄이 타당하다.

그런데, 「지방세법」제7조 제1항은 취득세는 부동산 등을 취득한 자에게 부과한다고 규정하고 있으므로, 청구법인과 같이 2022.1.3.「지방세법」상 쟁점부동산을 취득하였다고 볼 수 없는 경우에는 취득세 납세의무가 성립할 여지가 없다고 할 것이다.

위와 같은 지방세법령 규정의 내용들을 고려하면, 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자에 대한 간주 취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지는 아니하였지만 임의처분하거나 관리 운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과하는 것이므로, 그럼에도 불구하고 과점주주가 그 법인의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257 판결, 조심 2024지45, 2024.9.13. 등, 같은 뜻임).

따라서, 청구법인에게 2022.1.3. 쟁점부동산을 취득함에 따라 취득세 납세의무가 존재한다는 전제 하에 처분청이 청구법인에게 한 이 건 경정청구 거부처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세법

제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주 중 대통령령으로 정하는 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.

제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정에 따른 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

2. 제1호 외의 무상취득 : 1천분의 35. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은 1천분의 28로 한다.

제15조(세율의 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 하되, 제11조 제1항 제8호에 따른 주택의 취득에 대한 취득세는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제2항에 해당하는 경우에는 이 항 각 호 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 세율의 100분의 300을 적용한다.

3. 「법인세법」 제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우 또는 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그러하지 아니하다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다.

3. 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득. 이 경우 과세표준은 제10조 제4항에 따른다.

(2) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것)

제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면) ① 「법인세법」 제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 사업용 재산을 2024년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 「지방세법」 제15조 제1항에 따라 산출한 취득세의 100분의 50(법인으로서 「중소기업기본법」에 따른 중소기업 간 합병 및 법인이 대통령령으로 정하는 기술혁신형사업법인과의 합병을 하는 경우에는 취득세의 100분의 60)을 경감하되, 해당 재산이 「지방세법」 제15조 제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다.

1. 「지방세법」 제13조 제1항에 따른 취득 재산에 대해서는 같은 조에 따른 중과기준세율(이하 “중과기준세율”이라 한다)의 100분의 300을 적용하여 산정한 금액

2. 「지방세법」 제13조 제5항에 따른 취득 재산에 대해서는 중과기준세율의 100분의 500을 적용하여 산정한 금액