이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 국내외에서 OOO 제품을 제조·판매하는 법인이다.

나. 광주지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)이 2024.10.24.부터 2024.12.12.까지 청구법인의 2020~2022사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과는 아래와 같다.

- 아 래 -

(1) 청구법인이 해외 자매회사 또는 해외 자회사(이하 “해외법인들”이라 한다)에 청구법인 소속 직원 총 OOO명(이하 “쟁점파견인력”이라 한다)을 파견하고, 이들에 대한 인건비 OOO원(이하 “쟁점인건비”라 한다)을 지급하였으나, 청구법인이 아닌 해외법인들이 쟁점인건비을 부담(손금불산입)하여야 한다고 보았다.

＜표1＞ 쟁점파견인력 및 쟁점인건비 내역

○○○

(2) 청구법인이 해외 자회사인 C에 지급보증(C가 미국 내 공장건설시 조달한 자금)을 제공하고, 2021~2022사업연도에 이에 대한 보증수수료 OOO원[청구법인의 모법인인 P㈜의 지급보증수수료율 0.42%(이하 “쟁점보증수수료율”이라 한다) 적용]을 수익으로 인식하였으나, 국세청모형을 적용하였을 때의 지급보증수수료율인 1.99%(이하 “국세청 지급보증수수료율”이라 한다)를 적용(OOO원 익금산입)하여야 한다고 보았다.

＜표2＞ 지급보증수수료율 비교

○○○

(3) 청구법인이 해외 특수관계법인인 L로부터 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 제공받으면서 이에 대한 대가로 OOO원(BR 1.15를 적용하여 산정한 금액이고, 이하 “쟁점용역대가”라 한다)을 지급하였는데 처분청은 BR 산출시 비교대상기업을 재선정(청구법인이 선정한 업체 중 5개 업체는 업종이 무관하다고 보아 제외)한 결과 쟁점용역대가가 정상가격 범위를 초과하여 과다지급(OOO원 익금산입)되었다고 보았다.

＜표3＞ 쟁점용역대가 내역

○○○

＜표4＞ 판매관리비 대비 매출총이익비율(BR) 비교

○○○

(4) 청구법인의 연구인력 중 M을 포함한 OOO명(이하 “쟁점인원”이라 한다)이 사실상 연구활동을 전담하지 않은 것으로 보아 OOO명의 인건비 OOO원에 대하여 연구·인력개발비세액공제(OOO원)를 배제한 후, 위 4개 사항에 대한 과세자료를 처분청에 통보하였고 이에 따라 처분청은 위 사항을 모두 반영하여 2025.5.12. 청구법인에게 2020~2022사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

＜표5＞ 연구개발비 세액공제 배제 대상 인력내역

○○○

＜표6＞ 과세처분 내역 상세

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점파견인력은 해외법인들에서 청구법인의 업무를 수행하였으므로 해외법인들과 청구법인이 쟁점파견인력에 대한 인건비를 분담하여 지급한 것은 「법인세법」상 손금에 해당한다.

(가) 쟁점파견인력의 파견 목적 및 효과 등을 고려할 때 해외법인들과 청구법인이 쟁점파견인력에 대한 인건비를 분담한 것은 경제적으로 합리적인 의사결정에 해당한다.

1) 해외법인들은 청구법인의 자회사 또는 자매회사들로서 청구법인으로부터 주요 원재료 또는 제품을 공급받아 미국과 유럽시장 등에 이를 제조 또는 판매하는 법인들이기 때문에 청구법인의 중요한 거래처에 해당한다.

2) 청구법인은 해외법인들에 쟁점파견인력을 파견하여 해외법인들의 재고현황을 파악하고, 재무·시장·거래처 상황 등을 정확하게 파악함으로써 청구법인의 사업계획에 반영하고 있으므로 쟁점파견인력은 청구법인과 해외법인들 양쪽의 사업에 모두 기여하고 있는 것이다.

3) 처분청은 쟁점파견인력이 청구법인의 사업에 기여하지 않는다는 의견이나, ⅰ) 쟁점파견인력을 통해 청구법인의 사업에 중요한 영향을 미치는 해외법인들의 제반사항을 확인하여 청구법인의 수익 증진에 도움이 되고 있고, ⅱ) 해외 현지 시장 및 거래처 동향을 파악하여 해외매출에도 기여하며, ⅲ) 해외 신규법인 및 공장설립 등 사업확장과 매출신장에도 공헌하고 있다.

4) 심판원에서도 다수의 선결정(조심 2024서3382, 2025.1.14., 조심 2020서7379, 2021.10.26., 조심 2014전2612, 2015.6.2. 등 다수)에서 청구법인과 같이 해외 현지법인이 국내 파견법인의 제품을 일부 제조하거나 원재료를 조달하여 제조 및 판매하여 국내 파견법인의 수익에 영향을 미치는 경우 파견직원에 대한 인건비를 국내 파견법인의 손금으로 인정하고 있다.

(나) 쟁점파견인력은 해외법인들에서 현지업무 외에도 청구법인의 업무를 수행하고 있고, 이는 청구법인의 ‘해외지사 관리규정’을 통해서도 확인되며, 청구법인이 제출한 쟁점파견인력들의 업무증빙자료(이메일 등)를 통해서도 객관적으로 확인되므로 쟁점인건비가 청구법인의 손금에 해당하지 않는다고 보아 과세한 처분은 취소되어야 한다.

(다) 청구법인은 쟁점파견인력에 대한 인건비를 전액 부담한 것이 아니고 쟁점파견인력의 청구법인 업무 비중을 고려하여 30~70% 수준으로 인건비를 부담하였는바, 이는 경제적 합리성이 있는 비용에 해당하므로 이를 부인하여 과세한 처분은 부당하다.

(2) 설령 쟁점인건비가 손금에 해당하지 않는다고 보아 손금불산입하더라도 해외법인들은 쟁점파견인력들과 근로계약에 따라 인건비를 부담하였고, 쟁점인건비를 해외법인들이 쟁점파견인력에게 지급할 의무가 없으므로 쟁점인건비를 소득처분하는 경우 해외법인들에 대한 기타소득이 아닌 쟁점파견인력에 대한 상여로 소득처분하여야 한다.

(3) 청구법인은 2020~2021사업연도 법인세 신고시 C와 관련한 지급보증수수료율을 산정함에 있어 국세청이 고시하는 지급보증수수료율(국세청 지급보증수수료율)을 확인할 수 없어 모법인의 지급보증 수수료율(쟁점보증수수료율)을 참고하여 신고하였고, 쟁점보증수수료율(0.49%)이 무디스 기준 수수료율(’20년 0.31~2.24%, ’21년 0.28~1.25%)의 범위 내에 있으며, 지급보증수수료율과 관련하여 조세심판원(조심 2019부2128, 2019.11.19., 조심 2021중5861, 2022.7.12.)과 법원(대법원 2018.3.29. 선고 2017두73983 판결 등)에서도 무디스 기준의 적정성을 인정하고 있으므로 쟁점보증수수료율을 부인하고, 법인세 신고 이후에 고시된 국세청 보증수수료율(중위값 1.99%)을 적용하여 과세한 처분은 부당하다.

(4) 명칭에도 불구하고 쟁점용역의 본질은 판매(영업)지원서비스이고 청구법인이 판매(영업)지원회사를 비교대상업체로 하여 정상가격범위를 산정하였으므로, 이를 부인하고 비교대상회사를 기술지원서비스업체로 재선정하여 이에 따른 BR(판매대비 매출총이익 비율)을 산정한 후 청구법인이 적용한 BR 1.15가 적정하지 않은 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

(가) 처분청은 쟁점용역을 기술지원서비스로 보아 비교대상회사를 기술지원서비스업을 영위하는 회사들로만 구성하여 정상가격범위를 재산정하였으나, 청구법인이 쟁점용역의 명칭을 기술지원서비스라고 표현한 이유는 쟁점용역의 본질이 판매(영업)지원서비스임에도 불구하고 판매지원을 위해서는 화학제품에 대한 이해가 필수적이기 때문에 L와의 계약서에 기술지원이라고 표현하였을 뿐이다. 또한 BR방식은 단순 판매지원기업의 이익률을 검증하기 위하여 제한적으로 사용하는 방법이므로 기술지원서비스업만을 비교대상으로 구성한 과세관청의 기준은 이론상으로도 맞지 않다.

(나) 청구법인이 적용한 BR이 1.15로 매년 동일한 가운데 조사청이 임의로 산정한 BR값이 2022년에는 유난히 그 값이 작게 산정되었고, 조사청이 정성분석을 하기 이전 수치상으로는 2022년 BR값이 1.78~1.14였으나, 조사청이 정성분석을 한 이후 2022년 BR값이 1.02~1.10으로 변경되어 청구법인이 적용한 BR값 1.15가 정상가격범위를 벗어난 것으로 보이므로 과세관청이 임의로 정성분석을 실시하고 익금산입하여 과세한 처분은 부당하다.

(5) 쟁점인원은 청구법인의 기업부설연구소의 전담인원으로 신고되어 있고 연구업무를 수행할 수 있는 학력도 보유하고 있으며 실제 연구개발활동도 수행한바 있으므로 쟁점인원에 대하여 연구·인력개발세액공제를 배제하여 과세한 처분은 위법·부당하다.

(가) 쟁점인원은 R에 기업부설연구소 연구개발 전담요원으로 적정하게 신고되어 있고, 공업고등학교에서 화학공학을 전공하여 연구개발활동을 수행할 충분한 능력을 갖추었다.

(나) 쟁점인원은 부설연구소의 연구2팀 소속으로 기술동향 및 신기술연구를 수행하는 부서에서 다양한 연구개발 업무를 수행하였다.

나. 처분청 의견

(1) 해외법인들에 파견된 쟁점파견인력에게 청구법인이 지급한 쟁점인건비는 청구법인의 업무와 무관한 비용이므로 손금에 해당하지 않는다.

(가) 청구법인과 모법인의 지배구조를 보면 C는 청구법인의 자회사이고, 그 외 회사들(A, B, D)은 자매회사로서 청구법인과 지분관계가 없다. 청구법인은 조사과정에서 쟁점파견인력과 관련한 관리규정 및 용역계약서를 제출하지 아니하였고, 조사청이 쟁점파견인력이 수행한 업무를 확인한 결과 해외법인들의 업무만을 수행한 것으로 판단하여 청구법인이 지급한 쟁점인건비를 손금불산입하였다.

(나) 청구법인은 당초 미제출하였던 쟁점파견인력의 업무 관련자료를 과세전적부심사청구시 일부 제출하였으나, 이메일을 통한 보고 내역만 있어 이를 근거로 쟁점파견인력이 청구법인의 업무를 수행하였다고 판단하기 어렵고, 청구법인이 제출한 자료를 근거로 처분청이 소명비율을 산정하였으나 소명자료를 신뢰하기 어렵다고 판단하여 쟁점인건비 전액을 업무무관비용으로 보아 부인하였다.

(다) 청구법인은 쟁점파견인력과 관련한 용역계약서도 제시하지 아니하였고, 쟁점파견인력이 사무분장표 및 조직도상 국내업무를 수행한 사실도 불분명하며, 이에 대하여 청구법인이 명확하게 소명하지 못한 점 등을 고려하여 쟁점인건비를 부인하였다.

(2) 청구법인이 지급한 쟁점인건비는 청구법인의 국내사업장의 사업소득에 해당하지 않으므로 「법인세법」제106조 제1항 제1호 라목에 따른 기타소득에 해당한다.

(3) 청구법인은 해외 자회사인 C에게 지급보증과 관련한 수수료를 정상가격보다 과소수취하였으므로 그 차액을 익금산입하여 과세한 처분은 정당하다.

(가) 청구법인은 2021~2022사업연도에 C에 지급보증을 제공하고 수수료 OOO원을 수익으로 인식하였고, 청구법인이 제출한 개별기업보고서를 보면 청구법인은 지급보증수수료율을 국세청 모형을 사용하여 신고한다고 되어 있으나, 실제 국세청 모형이 아닌 모법인[P㈜] 의 지급보증수수료율인 0.42%를 적용하여 신고하였으므로 조사청은 이를 확인하여 국세청 지급보증수수료율인 1.99%를 적용하여 경정하였다.

(나) 청구법인은 국세청 지급보증수수료율이 조회되지 않았다고 주장하나, 설령 국세청 지급보증수수료율이 조회되지 않는다 하더라 청구법인은 모법인의 지급보증수수료율이 아닌 무디스 모형을 적용한 지급보증수수료율을 적용하였어야 하며, 사후적으로 쟁점보증수수료율이 무디스 모형에 따른 지급보증수수료율 범위 내에 있다고 하더라도 이는 「국제조세 조정에 관한 법률」제16조(국제거래에 대한 자료 제출의무) 제6항에 따라 불복청구시 제출된 자료에 해당하여 과세관청이 이를 과세자료로 활용하지 않을 수 있는 것이다.

(4) 쟁점용역은 L가 청구법인에게 기술지원서비스를 제공한 용역이므로 비교대상기업을 재선정하여 정상가격범위를 산출한 후 이에 따라 과세한 처분은 정당하다.

(가) 청구법인은 조사 당시 쟁점용역과 관련한 용역보고서 등을 제출하지 아니하여 조사청이 계약서와 금융거래내역 외에 쟁점용역에 대하여 확인할 자료가 제한적이었다.

(나) 이에 따라 조사청이 청구법인이 신고한 개별기업보고서상 비교대상 기업 선정 및 정상가격 산출근거를 검토한 결과 청구법인이 선정한 비교대상기업 중 5개 업체가 L의 업종과 무관한 것으로 확인되었다.

(다) 이후 처분청은 비교대상업체 6개를 선정하여 정상가격을 산출하였고, 2022사업연도 BR값이 범위를 벗어나 OOO원을 익금산입하였다.

(5) 쟁점인원은 연구전담업무를 수행하지 않았으므로 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 배제하여 과세한 처분은 정당하다.

(가) 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 위해서는 형식적인 요건뿐만 아니라 연구개발 활동에 실질적인 요건을 충족하여야 하므로 조사청은 이를 확인하기 위하여 연구소 업무분장표, 연구계획서, 연구노트 등 증빙자료를 요청하였으나, 청구법인은 업무분장표의 담당자 이름을 음영처리하여 제출하는 등 연구내용을 확인할 수 있는 자료 제출에 협조하지 아니하였다.

(나) 이후 조사청이 자료 미체출과 관련한 과태로 부과 공문을 발송한 후에야 업무 분장 및 담당자를 확인할 수 있는 자료를 제출하였고, 연구인력 OOO명 중 OOO명에 대하여는 세액공제 대상으로 판단하였으나, 쟁점인원은 연구보고서나 연구실적 수행여부가 확인되지 않아 세액공제 대상에서 배제하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 쟁점파견인력에게 지급한 쟁점인건비가 청구법인의 손금에 해당하는지 여부

② 쟁점인건비가 청구법인의 손금에 해당하지 않는 경우 기타소득이 아닌 상여로 소득처분하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 청구법인이 해외 자회사인 C에게 지급보증용역을 제공하고 수취한 수수료가 적정하지 않은 것으로 보아 과세한 처분의 당부

④ 해외 특수관계법인인 L로부터 용역을 제공받고 대가를 과다지급한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

⑤ 청구법인 소속 직원 OOO명이 「조세특례제한법」제10조에 따른 연구개발세액공제 대상에 해당하지 않는다고 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 쟁점①과 관련하여 제출된 자료는 아래와 같다.

1) 청구법인이 제출한 쟁점파견인력의 파견기간 및 해외법인들에서 담당한 업무는 아래 ＜표7＞과 같고, 담당업무를 보면 해외법인들의 실적·재고관리, 재무현황 보고, 청구법인이 공급하는 제품 수요처 파악 등인 것으로 나타난다.

＜표7＞ 쟁점파견인력 파견기간 및 해외 현지 담당 업무

○○○

2) 청구법인의 해외지사 관리규정 제5조(해외조직의 업무)를 보면 해외지사는 고유업무와 본사(청구법인)의 해외업무를 원활하게 하기 위해 본사의 수출입 알선 및 지원업무 등을 수행하도록 규정한 내용이 확인된다.

＜표8＞ 청구법인의 해외지사 관리규정 중 일부

○○○

3) 청구법인은 쟁점파견인력이 청구법인과 주고받은 이메일 자료를 제출하였는바, 해당 이메일의 주요 내용을 요약한 자료는 아래 ＜표9＞와 같고, 쟁점파견인력별로 이메일 내용 중 일부를 정리한 자료는 아래 ＜표10＞과 같다.

＜표9＞ 쟁점파견인력별 수발신 이메일 중요 부분 요약

○○○

＜표10＞ 쟁점파견인력별 이메일 중 일부(＜표9＞의 내용 상세)

○○○

4) 쟁점파견인력이 수령한 급여와 해외법인들에서 쟁점파견인력과 동일한 직급의 직원들에게 지급한 급여는 아래 ＜표11＞, ＜표12＞와 같다.

＜표11＞ 쟁점파견인력들이 파견기간 중 수령한 연간 급여

○○○

＜표12＞ 쟁점파견인력과 동일 직급의 해외 인력파견법인 직원들의 급여

○○○

5) 조사청은 청구법인이 제출한 소명자료(이메일 등)를 근거로 쟁점인건비와 관련한 소명비율을 확인하였으나, 소명자료를 신뢰하기 어렵다고 판단하여 소명비율을 불인정하고 쟁점인건비 전액을 부인하였다.

＜표13＞ 처분청이 산정한 쟁점인건비의 부담비율과 소명비율

○○○

6) 청구법인은 조특법에 따른 중소·중견기업에 해당하지 않고, 해외법인들과 청구법인의 원재료 및 제품 거래내역 관련 자료를 제출하지 아니하였다.

(나) 쟁점②와 관련한 자료는 아래와 같다.

1) 처분청은 청구법인이 적용한 쟁점지급보증수수료율(0.42)이 아닌 국세청 지급보증수수료율(평균값 1.99)을 적용하여 차액 OOO원을 익금산입하였다.

＜표14＞ 국세청 지급보증수수료율

○○○

2) 청구법인과 C간의 지급보증수수료와 관련하여 청구법인이 제출한 개별기업보고서(＜표15＞)를 보면 국세청 모형을 사용한 지급보증수수료율을 적용한다고 되어 있다.

＜표15＞ 청구법인의 개별기업보고서

○○○

3) 조사청은 C(2020년 신설법인)와 관련한 2020사업연도의 국세청 지급보증수수료율이 언제부터 조회가 가능하였는지 제출하지 아니하였다.

4) 청구법인이 제시한 무디스 모형에 따른 지급보증수수료율에 대하여 청구법인과 처분청간 다툼이 없다.

(다) 쟁점③과 관련한 자료는 아래와 같다.

1) 처분청은 청구법인이 근거자료를 제출하지 않아 쟁점용역의 성격을 계약서를 바탕으로 기술지원서비스로 판단하였으나, 청구법인은 쟁점용역이 실제 기술지원서비스가 아닌 판매(영업)지원서비스에 해당한다고 주장한다.

2) 청구법인이 선정한 비교대상업체 중 조사청이 제외한 업체는 ＜표16＞과 같고, 처분청이 재선정한 비교대상기업은 아래 ＜표17＞와 같다.

＜표16＞ 청구법인이 선정한 비교대상업체 중 조사청이 제외한 업체

○○○

＜표17＞ 처분청이 비교대상업체로 선정한 6개 업체

○○○

3) 청구법인과 L간 계약서를 보면 L가 청구법인에게 ‘Technical Service’를 공급한다는 내용이 나타나나, ‘Technical Service’의 구체적인 내용은 확인되지 않는다.

(라) 쟁점④와 관련한 자료는 아래와 같다.

1) 쟁점인원은 청구법인이 R에 제출한 기업부설연구소 연구개발인력(연구원, 연구2팀 소속)에 포함되어 있는 것으로 확인된다.

2) 청구법인이 제출한 쟁점인원의 업무수행내역은 아래 ＜표18＞과 같다.

＜표18＞ 쟁점인원 수행업무 내역

○○○

3) 청구법인은 M·N의 업무일정표(일자별로 수행업무 등이 기재되어 있음)를 제출하였고, O이 사내 게시판에 업로드한 업무자료(연구자료)를 제출하였다.

4) 처분청은 청구법인이 당초 세무조사시 쟁점인원 등과 관련한 자료요청에 불성실하고 비협조적으로 임하여 자료 미제출에 따른 과태료 부과공문을 발송한 사실이 있다며 관련 증빙을 아래 ＜표19＞와 같이 제출하였다.

＜표19＞ 처분청이 발송한 자료 미제출시 과태료 관련 공문

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점① 살피건대 처분청은 쟁점파견인력이 해외법인들의 업무만을 수행하였기 때문에 청구법인이 지급한 쟁점인건비는 청구법인의 손금에 해당하지 않는다는 의견이나,

쟁점파견인력은 청구법인 소속 직원들이고 청구법인이 쟁점파견인력에 대한 성과평가를 진행하고 있어 청구법인의 관리·감독 하에서 해외법인들에서 근무한 것으로 보이며, 청구법인이 해외법인들에게 원재료 및 제품을 공급하고 있는 거래구조를 감안할 때 해외법인들은 청구법인의 주요 매출 거래처에 해당하고, 쟁점파견인력이 해외법인들의 재고자산관리, 매출실적관리, 해외 시장동향관리 등을 수행하며 이와 관련한 현황보고 등을 청구법인이 쟁점파견인력에게 지시하거나 쟁점파견인력이 청구법인에게 지속적으로 보고하고 있는 것이 이메일 자료 등을 통해 확인되므로 쟁점파견인력은 청구법인의 매출증대를 위해 해외법인들에서 근무한 것으로 보아야 할 것이므로 청구법인이 분담한 쟁점인건비는 청구법인의 손금에 해당하는 것으로 보인다.

(나) 쟁점①이 인용됨에 따라 쟁점②는 심리의 실익이 없어 이를 생략한다.

(다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살펴보면 처분청은 쟁점지급보증수수료율이 국세청 모형에 따른 요율에 해당하지 않아 부적정하므로 국세청 모형에 따른 지급보증수수료율을 적용하여야 한다는 의견이나,

청구법인이 쟁점지급보증수수료율을 적용하여 2021~2022사업연도 법인세를 신고할 당시 국세청 모형 지급보증수수료율이 고시되었는지 여부가 확인되지 않는 가운데 청구법인이 적용한 쟁점지급보증수수료율이 무디스 모형에 따른 지급보증수수료율 범위 내에 있는 것으로 확인되고, 무디스 모형에 따른 지급보증수수료율에 대하여 청구법인과 처분청 모두 다툼이 없는 것으로 보이므로 쟁점지급보증수수료율을 부인하여 과세한 처분은 취소되어야 할 것으로 판단된다.

(라) 쟁점④에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점용역이 기술지원서비스에 해당하여 기술지원서비스 업체를 비교대상기업으로 선정하여 쟁점용역 대가를 과다 지급한 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다는 의견이나,

청구법인은 L가 인도에서 청구법인의 제품을 공급받아 판매하는 판매법인에 해당하여 청구법인에게 기술용역을 공급할 이유가 없어 쟁점용역이 실제 단순 판매지원서비스에 해당한다고 주장하고 있고, 청구법인과 L가 작성한 계약서에서도 쟁점용역의 구체적인 성격이 확인되지 않으며 처분청도 쟁점용역이 기술지원서비스에 해당하는지 여부를 확인하지 못한 상황에서 용역계약서에 나타난 용어(Technical Service)를 근거로 하여 비교대상업체를 재선정한 것으로 보이므로 L가 청구법인에게 공급한 쟁점용역이 기술지원서비스인지 아니면 판매(영업)지원서비스인지 여부를 실제 공급된 용역의 구체적인 내용을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

(마) 마지막으로 쟁점⑤에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점인원이 연구개발활동을 수행하지 않았으므로 쟁점인원에 대한 인건비는「조세특례제한법」제10조에 따른 연구개발세액공제 대상에 해당하지 않는다는 의견이나,

쟁점인원은 R에 제출된 기업부설연구소의 연구개발인력에 해당하고, 공업고등학교에서 청구법인의 주업인 에너지 경화수지제품 제조·판매업과 관련된 과목(화학공학)을 학습하는 등 충분히 연구개발활동을 수행할 능력이 있는 직원들로 보인다.

다만, 쟁점인원의 독자적인 연구성과가 확인되지 않으므로 쟁점인원이 실제 청구법인에서 수행한 업무가 연구개발세액공제 대상에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 국제조세조정에 관한 법률(2018.12.31. 법률 제16099호로 일부 개정된 것)

제4조(정상가격에 의한 과세조정) ① 과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다. 다만, 제5조에 따른 정상가격 산출방법 중 동일한 정상가격 산출방법을 적용하여 둘 이상의 과세연도에 대하여 정상가격을 산출하고 그 정상가격을 기준으로 일부 과세연도에 대한 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하는 경우에는 나머지 과세연도에 대하여도 그 정상가격을 기준으로 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하여야 한다.

② 납세자가 제2조 제1항 제8호 다목 및 라목에 따른 특수관계에 해당하지 아니한다는 명백한 사유를 제시한 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

제5조(정상가격의 산출방법) ① 정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성ㆍ기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다. 다만, 제6호의 방법은 제1호부터 제5호까지의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다.

5. 거래순이익률방법 : 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에 있어 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래 중 해당 거래와 비슷한 거래에서 실현된 통상의 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

제11조(국제거래에 대한 자료 제출의무) ② 국외특수관계인과의 국제거래규모 및 납세의무자의 매출액 등이 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 납세의무자는 사업활동 및 거래내용 등에 관하여 대통령령으로 정하는 통합기업보고서, 개별기업보고서 및 국가별보고서(이하 “국제거래정보통합보고서”라 한다)를 「법인세법」 제6조에 따른 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 12개월 이내에 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 과세당국은 대통령령으로 정하는 바에 따라 제4조, 제5조 및 제6조의2를 적용하기 위하여 필요한 거래가격 산정방법 등의 관련 자료를 제출할 것을 납세의무자에게 요구할 수 있다.

⑥ 제4항에 따라 자료 제출을 요구받은 자가 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 자료를 기한까지 제출하지 아니하고, 불복신청 또는 상호합의절차 시 자료를 제출하는 경우 과세당국과 관련 기관은 그 자료를 과세 자료로 이용하지 아니할 수 있다.

(2) 국세조정에 관한 법률 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30405호로 일부 개정 된 것)

제4조(정상가격의 산출방법) ③ 법 제5조 제1항 제5호에 따른 거래순이익률방법을 적용할 때에는 다음 각 호의 사항을 고려하여야 한다.

1. 통상의 거래순이익률은 다음 각 목에 따른 사항을 기초로 산출한다.

가. 매출에 대한 거래순이익의 비율

나. 자산에 대한 거래순이익의 비율

다. 매출원가 및 영업비용에 대한 거래순이익의 비율

라. 영업비용에 대한 매출총이익(거래순이익과 영업비용을 합산한 것을 말한다. 이하 같다)의 비율

마. 그 밖에 합리적이라고 인정될 수 있는 거래순이익률

2. 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)가 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래와 비슷한 거래를 특수관계가 없는 자와는 한 적이 없는 경우에는 다음 각 목의 거래 중 해당 거래의 조건과 상황이 비슷한 거래의 거래순이익률을 사용할 수 있다.

가. 국외특수관계인과 특수관계가 없는 자 간의 거래

나. 특수관계가 없는 제3자 간의 거래

제6조의2(용역거래의 경우 정상가격) ① 거주자와 국외특수관계인 간의 용역거래(경영관리, 금융자문, 지급보증, 전산지원 및 기술지원, 그 밖에 사업상 필요하다고 인정되는 용역의 거래를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 가격이 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 용역거래의 가격인 경우에는 그 거래가격을 정상가격으로 보아 손금(損金)으로 인정한다.

1. 용역 제공자가 사전에 약정을 체결하고 그 약정에 따라 용역을 실제로 제공할 것

2. 용역을 제공받은 자가 제공받은 용역으로 인하여 추가적으로 수익이 발생하거나 비용이 절감되기를 기대할 수 있을 것

3. 제공받은 용역의 대가가 법 제5조 및 이 영 제4조부터 제6조까지의 규정에 따라 산정될 것. 이 경우 법 제5조 제1항 제3호에 따른 원가가산방법 또는 이 영 제4조 제3항 제1호 다목에 따른 거래순이익률방법인 경우에는 다음 각 목의 기준에 따라 산정한다.

가. 발생한 원가에는 그 용역 제공을 위하여 직접 또는 간접으로 발생한 비용 모두를 포함시킬 것

나. 용역 제공자가 그 용역을 수행하기 위하여 제3자에게 그 용역의 일부 또는 전부를 대행하여 수행할 것을 의뢰하고 대금을 한꺼번에 지급한 후 이에 대한 비용을 용역을 제공받는 자에게 재청구하는 경우 용역 제공자는 자신이 그 용역과 관련하여 직접 수행한 활동으로부터 발생한 원가에 대해서만 통상의 이윤을 더할 것. 다만, 용역의 내용과 거래 상황 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

4. 제1호부터 제3호까지의 사실을 증명하는 문서를 보관ㆍ비치하고 있을 것

⑤ 거주자와 국외특수관계인 간 지급보증 용역거래의 가격에 대한 정상가격 산출방법은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 한다.

1. 보증인의 예상 위험과 비용을 기초로 하여 정상가격을 산출하는 방법

2. 피보증인의 기대편익을 기초로 하여 정상가격을 산출하는 방법

3. 보증인의 예상 위험 및 비용과 피보증인의 기대편익을 기초로 하여 정상가격을 산출하는 방법

⑥ 제5항을 적용할 때 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 지급보증 용역거래에 대한 가격으로 적용한 경우에는 이를 정상가격으로 본다.

1. 지급보증계약 체결 당시 해당 금융회사가 산정한 지급보증 유무에 따른 이자율 차이를 근거로 하여 산출한 수수료의 금액(해당 금융회사가 작성한 이자율 차이 산정 내역서에 의해 확인되는 것에 한정한다)

2. 제5항 각 호의 방법으로서 국세청장이 정하는 바에 따라 산출한 수수료의 금액

(3) 조세특례제한법

제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인의 연구개발 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2029년 12월 31일(제2호의 국가전략기술 중 반도체 분야 기술의 경우 2031년 12월 31일)까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용하며, 제1호 및 제2호를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 납세의무자의 선택에 따라 그 중 하나만을 적용한다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구ㆍ인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 “중견기업”이라 한다)의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50]에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우 : 100분의 25

2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 : 다음의 구분에 따른 비율

가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 20

나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15

3) 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우 : 100분의 8

4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우 : 다음 계산식에 따른 비율(100분의 2를 한도로 한다)

　 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

(4) 조세특례제한법 시행령

제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

(5) 조세특례제한법 시행령 [별표6]

1. 연구개발

가. 자체연구개발

1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비

(6) 조세특례제한법 시행규칙

제7조(연구 및 인력개발비의 범위) ③ 영 별표 6 제1호가목1)가)부터 다)까지 외의 부분 본문에서 “기획재정부령으로 정하는 자”란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」에 따른 연구전담요원(산업디자인전문회사의 경우 연구업무에 종사하는 「산업디자인진흥법 시행규칙」 제9조 제1항 제1호에 따른 전문인력을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 및 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」에 따른 연구보조원과 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다.

(각 호 생략)

(7) 법인세법

제26조(과다경비 등의 손금불산입) 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

2. 복리후생비

3. 여비(旅費) 및 교육ㆍ훈련비

4. 법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비

5. 제1호부터 제4호까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것

제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고

제93조(외국법인의 국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

10. 국내원천 기타소득 : 제1호부터 제9호까지의 규정에 따른 소득 외의 소득으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

아. 제67조에 따라 기타소득으로 처분된 금액

(8) 법인세법 시행령

법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

3. 인건비[내국법인이 발행주식총수 또는 출자지분의 100분의 100을 직접 또는 간접 출자한 해외현지법인에 파견된 임원 또는 직원의 인건비로서 「소득세법」 제127조제1항에 따라 근로소득세가 원천징수된 인건비(해당 내국법인이 지급한 인건비가 해당 내국법인 및 해외출자법인이 지급한 인건비 합계의 100분의 50 미만인 경우로 한정한다)를 포함