이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 2021.1.26. 전라남도 화순군 OOO를 소재지로 하여 설립된 수산물의 유통·가공·판매업 등을 영위하는 어업회사 법인으로, 2022.9.30. 전라남도 화순군 OOO 외 9필지 토지 19,858.9㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 처분청으로부터 분양을 원인으로 취득한 후 2022.10.7. 전라남도 화순군 내수면 스마트양식장 시범단지 조성사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)의 민간사업보조자(양식어종 : OOO)로 선정됨에 따라 쟁점토지의 취득을「지방세특례제한법」 제12조 제1항 제2호에 따른 어업회사법인이 영어 등에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득으로 보아 취득세의 100분의 50을 감면신청하여 취득세 등 OOO원을 감면받았다.
나. 이후 처분청은 2024.6.10. 청구법인이 「지방세특례제한법」 제12조 제3항 제1호에 따른 ‘정당한 사유 없이 쟁점토지를 취득일(2022.9.30.)부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우’에 해당하여 취득세 추징대상에 해당하는 것으로 보아 2024.10.15. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.25. 이의신청을 거쳐 2025.4.7. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 청구법인은 2022.9.30. 쟁점토지를 취득한 후 1년 이내인 2023.2. 13. 가설건축물 축조신고필증을 수령한 후 건축공사에 착공하여 양식장 용도의 가설건축물을 완공하였다.
양식장 관리동은 국가보조금이 투입된 사업으로 청구법인이 진행하는 것이 아니고 쟁점사업의 위탁사업자인 한국농어촌공사 화순지사에서 진행했으며, 관리동의 건축허가는 2023.5.4. 받았으나 OOO원의 국가 사업비에 포함된 관계로 전라남도의 실시설계 허가가 나지 않아 사업을 진행할 수 없었고, 2023.10.20. 전라남도의 실시 설계승인이 난 이후인 2023년 12월경 관리동용 건축물의 착공신고를 한 후2024.10.17. 사용승인을 받았다. 처분청은 위와 같은 사실이 있음에도 쟁점토지를 취득한 후 1년 이내에 직접 사용하지 아니하였다고 보아 이 건 과세처분을 하였다.
쟁점사업의 보조사업자로 선정되기 위해서는 전라남도 화순군 관내에 어업법인 또는 영어조합법인을 설립하고 화순군에서 조성한 토지를 매입해야 하는 것이 의무였기 때문에 2022.7.22. 쟁점토지의 계약금을 지급하였고 2022.10.7. 민간보조사업자로 선정되었으며, 쟁점토지의 잔금은 2022.9.30. 지급을 완료하였고, 쟁점토지 소유권이전등기는 2022.10.4. 하였다. 이 같은 쟁점토지의 취득 행위도 청구법인이 임의로 진행한 것이 아니고 한국농어촌공사 화순지사, 처분청의 농촌활력과와 협의를 통해서 진행된 사항이다.
쟁점사업은 국비 OOO, 지방비 OOO, 자비 OOO의 사업비가 투입되는 사업으로서 해양수산부의 기본계획승인과 전라남도의 실시설계 승인을 받아야 진행할 수 있고, 화순군 위탁사업자인 한국농어촌공사 화순지사만이 OOO 자금을 집행할 수 있는 사업이어서 청구법인이 임의로 진행할 수 없다.
해양수산부의 기본계획은 2023.3.22. 승인되었고 전라남도의 실시설계은 2023.10.20. 승인되었는바, 즉 쟁점토지 등기일인 2022.10.4.로부터 1년이 경과된 2023.10.20. 실시설계가 승인된 것을 망각한 것이다.
가설건축물(양식장)은 청구법인이 추가로 투입한 자금으로 축조하여 별도의 승인 없이 2023.2.13. 가설건축물 축조 신고를 한 후 착공을 시작하여 가설건축물 양식장을 완성한 것이다.
(2) 청구법인의 항변내용은 다음과 같다.
(가) 처분청과 청구법인 간에 2022.7.22. 체결된 쟁점토지 분양계약서 제5조 제2항에 따르면 피분양자(청구법인)는 부지 내에 양식장을 설치할 때 내수면 양식단지 분양계약 체결 시 제출한 사업계획서에 따른 건축설계 도면을 분양자에게 제출하여 사전승인을 받은 후 양식장을 설치하여야 한다고 기재되어 있고, 제9조 제1항에 따르면 인수한 양식장 용지에 계약 체결일로부터 2년 이내에(2024.7.21. 이내) 양식장 및 부대시설 설치를 착공하여야 하며, 3년 이내(2025.7.21. 이내)에 완료함을 원칙으로 한다고 기재되어 있다.
또한 전라남도는 2023.6.22. 쟁점사업의 업무 협의를 한 후 계약 심사 검토 의견으로 자부담 시공부분 추진을 지시(양식동, 가설건축물)하였고, 전라남도는 해당 용도(양식장)로 사용하는 것을 인지하고 있었다. 처분청으로부터 분양받은 쟁점토지는 일반 개인 간의 토지 계약이 아닌 내수면 OOO 조성을 위한 국비가 투입된 토지 분양 계약이기에 양식장 시설을 설치하기 위해서는 처분청과 상위 부서인 전라남도의 실시 설계 승인이 꼭 필요한 사항이었다.
쟁점토지를 취득한 후 1년 이내에 청구법인이 쟁점토지를 이용하지 아니한 것으로 보아 감면된 취득세를 추징한 것은 청구법인과 계약체결을 하였던 처분청(농촌활력과)의 의사소통과 업무협조가 있었다면 충분히 소명되는 일이었다[처분청 시행계획승인 공문(OOO)].
(나) 2023년 10월 경에 검색되는 네이버 지도상 쟁점토지에 자체비용으로 설치한 가설건축물도 보이지 않는다는 처분청의 의견은 사실이 아니다. 실제 청구법인이 2025년 8월에 촬영한 현장사진을 보면 완공된 건물들이 보이고 있으나 2025.8.20. 검색한 네이버 지도상에는 2023년 10월 처분청이 제시한 지도와 같은 나대지로 나타나고 있어 네이버 지도의 사진은 업데이트가 되지 아니한 것이다.
(다) 쟁점사업의 위탁사업자인 한국농어촌공사 화순지사의 협약서(위탁자 : 처분청, 보조사업자 : 청구법인, 수탁자 : 한국농어촌공사 화순지사장) 및 공사발주, 용역, 공사감독, 시공관리 등 전반적인 사항을 관리하는 한국농어촌공사 화순지사가 작성한 사실확인서를 보면 청구법인의 주장이 사실임을 알 수 있다.
나. 처분청 의견
(1) 이 건의 경우 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때, 청구법인이 1년의 유예기간 이내에 쟁점사업에 대한 공사를 착공하기 위한 일련의 행정적·물리적인 진지한 노력을 다하였음에도 불구하고 처분청의 정책 결정 지연 또는 내부 의사결정 지연 등의 귀책 사유로 착공하지 못하였다고 보기는 어렵고 오히려 쟁점사업 시행계획의 승인이 늦어진 것은 청구법인의 귀책 사유 때문이라 봄이 타당하다.
청구법인은 2022.12.13. 기본계획 승인 요청을 하였으나 해양수산부로부터 2023.1.9. 및 2023.3.7. 2차례에 걸쳐 보완요청을 받아 보완 사항을 제출하였다. 이로 인해 기본계획의 최종 승인은 2023.3.20.에 이루어졌다. 또한 청구법인은 2023.8.18. 시행계획의 승인을 요청하였는데, 전라남도로부터 2023.8.25., 2023.9.6., 2023.10.13. 3차례에 걸쳐 보완요청을 받았고 보완사항을 제출함에 따라 시행계획의 최종 승인이 2023.10.20.에 이루어졌다.
그런데 해양수산부 및 전라남도가 청구법인의 기본계획 및 시행계획에 대해 수 차례 보완요청을 한 것이 관련 법령에 근거가 없다거나 현저히 합리성을 벗어난다고 볼 만한 사정은 확인되지 않는다. 특히 행정청의 재량권 일탈·남용에 관한 증명책임의 소재는 행정행위의 효력을 다투는 자에 있는바(대법원 2022.9.7. 선고 2021두39096 판결), 청구법인은 막연하게 전라남도의 시행계획 승인이 늦어져 착공할 수 없었다고만 주장할 뿐 전라남도의 재량권 일탈·남용에 관하여 입증을 하지 못하고 있다.
오히려 청구법인은 2023.9.26. 및 2023.10.6. 2차례에 걸쳐 기본계획 변경을 요청하여 2023.10.6. 이에 대한 최종 승인이 이루어졌다. 또한 전라남도의 2023.10.13.자 ‘쟁점사업 시행계획보완 통보’ 공문에 따르면, ‘기본계획과 시행계획 부합 여부 확인 결과, 실시설계 관련 허위자료 제출 등의 사유로 추가 자부담에 대한 실시설계 도면, 내역서 등을 조속히 제출하시기 바랍니다’라고 기재되어 있다. 즉, 기본계획 변경 및 시행계획의 최종 승인이 늦어진 이유는 청구법인의 귀책 사유 때문이므로 이로 인하여 청구법인은 쟁점토지 취득일부터 1년의 유예기간 이내에 착공이 이루어지기 어렵다는 점을 능히 예상할 수 있었다.
상기 이유에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 1년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에 ‘정당한 사유’가 있다고 보기는 어렵다.
(2) 어업법인이 영어 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 감면하되(「지방세특례제한법」 제12조 제1항 제2호), 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있다.
‘직접 사용’이란 부동산의 소유자인 어업법인이 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 의미하고(「지방세특례제한법」 제2조 제8호, 수원고등법원 2024.5.22. 선고 2023누13520판결, 같은 뜻임), ‘해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용’하는 것인지는 해당 사업목적과 부동산의 취득 목적을 고려하여 그 실제의 사용 관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2015.5.14. 선고 2014두45680 판결, 같은 뜻임). 구체적으로 ‘직접 사용’하였다고 인정하려면, 사업 또는 업무의 목적에 부합하는 건축물을 신축하여 사용승인 또는 준공검사를 받고(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결, 조심 2015지1255, 2015.11.12., 같은 뜻임), 해당 사업을 지속적으로 영위하여야 한다(조심 2023지4137, 2024.7.16., 같은 뜻임).
이러한 기준에 따라 취득세 추징 규정을 청구법인에 적용하여 보면, 청구법인이 쟁점토지를 직접 사용하였다고 보기 위해서는 쟁점토지를 취득한 후 1년의 유예기간 내에(2023.9.30.) 스마트양식장 시범단지 조성에 맞게 사용하여야 한다. 보다 구체적으로는 청구법인이 2023.9.30.까지 스마트양식장 시범단지를 신축하여 사용승인 또는 준공검사를 받고 스마트양식업을 영위하여야만 쟁점토지를 직접 사용하였다고 볼 수 있다.
그러나 청구법인은 2023.3.20. 스마트양식장 시범단지 조성사업 기본계획을 승인받았고, 1년 유예기간이 지난 2023.10.20. 스마트양식장 시범단지 조성사업 시행계획을 승인받았을 뿐 스마트양식장 시범단지의 사용승인 또는 준공검사를 받지 못하였다. 이에 따라 착공신고는 2023.12.15.에서야 이루어졌다. 따라서 청구법인은 쟁점토지를 취득일부터 1년의 유예기간 내에 ‘직접 사용’하였다고 보기 어렵다.
이에 대하여 청구법인은 가설건축물을 1년의 유예기간 이내에 완성한 이상 ‘직접 사용’하였다고 주장하나, 먼저 청구법인이 2023.2.13. 가설건축물의 축조 신고를 한 사실이 확인되기는 한다(「건축법」 제21조).
그러나 가설건축물도 건축공사를 완료한 후 사용하려면 허가권자에게 사용승인을 신청하여야 하는데(「건축법」 제22조 제1항), 그와 같은 사실이 확인되지 않는다. 무엇보다 가설건축물은 존치기간이 원칙적으로 3년 이내이고, 전기 등 새로운 간선 공급설비의 설치를 필요로 하지 않아야 하고, 건축물대장에 등재되지도 않는다(「건축법 시행령」 제15조 제1항 제2호, 제3호 및 제2항). 즉 가설건축물은 말 그대로 임시적인 건축물에 불과하고 가설건축물이 애당초 스마트양식장 시범단지 조성사업 기본계획 및 시행계획(실시계획 도면 등)에서 염두에 둔 스마트양식장에 해당하는지 의문이다.
청구법인은 가설건축물을 취득하고도 이에 대한 취득세 등을 신고하지 않아 정확한 취득일자를 알 수 없고, 계정별원장, 가설건축물 도급계약서 등 객관적인 자료인 법인장부를 제출하지 않고 가설건축물 축조신고필증만을 근거로 하여 쟁점토지 취득일부터 1년 이내에 직접 사용하였다고 주장하고 있으며, 포털사이트 네이버 지도에서 2023년 10월 기준으로 쟁점토지는 나대지로 방치된 상태인 사실을 알 수 있어, 청구법인이 취득일부터 1년 이내에 양식장 가설건축물을 축조하여 쟁점토지를 직접 사용하였다는 주장은 타당하지 않다.
또한 청구법인은 2023.5.4. 양식장 관리동(OOO)의 건축허가를 받았지만, 1년의 유예기간 이내에 이에 대한 사용승인 또는 준공승인을 받은 바도 없으므로 이 건 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 1년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
나. 관련 법률
지방세특례제한법(2021.11.30. 법률 제18522호로 개정되기 전의 것)
제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다.
제12조(어업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인 중 경영상황을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “어업법인”이라한다)이 영어ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기 준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2023년 12월 31일까지 경감한다.
2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조에 따른 어업회사법인
③ 제1항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가) 쟁점사업의 주요내용은 아래 ＜표1＞과 같다.
＜표1＞ 쟁점사업의 주요내용
○○○
(나) 청구법인은 2022.9.30. 쟁점토지를 취득한 후 2023.3.20. 해양수산부장관으로부터 쟁점사업에 대한 기본계획의 최종 승인을 받았으며, 2023.9.26. 및 2023.10.6. 해양수산부장관에게 수처리장의 공사비 감액, 관광객 체험공간 조성 등 6차 산업 활성화를 위한 관리동 면적 확대, 물가 상승에 따른 사업비 변경, 스마트설비 시스템 관련 사업비 추가 자부담 등의 사유로 기본계획 변경 승인을 요청하였으며, 같은 날 해양수산부장관은 이를 최종 승인한 사실이 있는바, 쟁점사업 기본계획의 승인 진행과정을 요약하면 아래 ＜표2＞와 같다.
＜표2＞ 쟁점사업 기본계획의 승인 진행 과정 요약
○○○
(다) 청구법인은 2022.7.22. 처분청과 쟁점토지의 분양계을 체결하였고 그 주요 내용은 아래 ＜표3＞과 같다.
＜표3＞ 쟁점토지 분양계약 주요내용
○○○
(라) 처분청, 청구법인, 한국농어촌공사 화순지사가 2022년 9월 체결한 내수면 스마트양식장 시범단지 조성사업 추진 업무 위·수탁 협약서에 따르면, 위탁자는 처분청, 수탁자는 한국농어촌공사 화순지사, 보조사업자는 청구법인, 총사업비는 OOO원(OOO), 사업기간 당초 2022.10.7.부터 2024.9.31.까지에서 2022.10.7.부터 2024.12.30.까지 변경한 것으로 나타난다.
(마) 청구법인이 제출한 가설건축물 축조 신고필증(2023.2.13.)의 주요 내용은 아래 ＜표4＞와 같고, 처분청의 관리동(OOO) 건축허가서(OOO) 주요내용은 아래 ＜표5＞와 같은바, 관리동의 건출물대장에 따르면 2023.12.18. 착공하고 2024.10.17. 사용승인받은 것으로 나타난다.
＜표4＞ 가설건축물 축조신고서 주요내용
○○○
＜표5＞ 관리동의 건축허가서 주요내용
○○○
(바) 쟁점사업의 수탁자인 한국농어촌공사 화순지사는 청구법인이 쟁점토지를 해당용도(양식업)로 사용하기 위해 양식장용 가설건축물 의 축조신고를 하는 등 일련의 과정을 거치며 토지 취득 후 1년이 경과하기 전 해당용도로 직접 사용하였고, 사업 시행 절차에 따라 착공하였다는 내용의 확인서를 제출하였다.
(사) 처분청이 2024.12.31. 출장하여 2025.1.3. 작성한 출장결과보고서 주요내용은 아래 ＜표6＞과 같다.
＜표6＞ 처분청이 작성한 출장결과보고서 주요내용
○○○
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.
(가) 「지방세특례제한법」제12조 제1항에서 어업법인이 영어ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2023년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서, 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다.
(나) 위 조항에서 규정된 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결 등 다수, 같은 뜻임).
(다) 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다는 의견이다.
그러나, 청구법인은 전라남도 화순군 내수면 스마트양식장 조성사업의 민간사업보조자로서 선정됨에 따라, 쟁점토지를 취득하였고, 청구법인이 쟁점토지상에 양식장을 조성하기 위해서는 해양수산부장관의 기본계획 승인, 전라남도지사의 시행계획 승인이 필요하였던 점,
청구법인은 2022.9.30. 처분청으로부터 쟁점토지를 취득하였으나 처분청은 2022.12.13. 해양수산부장관에게 기본계획의 승인을 요청하였고, 수차례의 보완을 거쳐 해양수산부장관은 2023.3.20. 기본계획을 승인한 점,
처분청은 2023.8.18. 전라남도지사에게 시행계획의 승인을 요청하였고 수차례의 보완 및 기본계획의 변경을 거쳐 전라남도지사는 2023.10.20. 시행계획을 승인한 점,
청구법인은 2023.2.13. 쟁점토지상에 양식장용 가설건축물 8,640㎡의 축조신고서를 제출한 후 가설건축물을 축조한 점,
청구법인은 2023.5.4. 쟁점토지상에 관리동용건축물의 건축허가를 받은 후 2023.12.18. 건축물 건축공사에 착공하여 2024.10.17. 사용승인을 받은 점 등에 비추어
청구법인은 2022.9.30. 쟁점토지를 취득한 후 2024.10.17. 관리동을 신축하여 사용승인을 받았으나 그 사이에 해양수산부장관의 기본계획 승인, 전라남도지사의 시행계획 승인 등을 거쳐 2023.2.13. 양식장용 가설건축물 8,640㎡을 신축하는 등 쟁점토지를 취득일부터 1년 이내에 양식장 등으로 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였으나 시간적 여유가 부족하여 유예기간을 넘긴 것으로 보이는바, 쟁점토지를 취득일부터 1년 이내에 해당사업에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.