이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.8.19. 전라남도 여수시 OOO토지 9,884㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고, 처분청에 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 「지방세특례제한법」제78조 제4항 등에 따른 감면(75%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2024.10.15. 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호에 따라 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 유예기간(4년) 내 해당용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 추가로 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2024.12.9. 쟁점토지를 유예기간 내 해당용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하며 추가로 납부한 취득세 등을 환급해달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.1.21. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.4.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점토지 취득 당시 쟁점토지의 법령상 용도 문제로 위험물 제조소 등의 설치가 불가능하다는 사실을 알지 못했고, 이를 인지한 후 쟁점토지 용도변경을 신청하였으나, 용도변경 절차가 늦어져 유예기간 내에 쟁점토지를 해당 목적으로 직접 사용하지 못한 것이므로 이는 정당한 사유에 해당한다.

청구법인은 2020.8.19. 쟁점토지를 취득한 후 이를 사용하기 위한 신축공사 설계 감리용역을 의뢰한 결과 쟁점토지가 법령상 이유로 사용할 수 없다는 사실을 알게 되어, 산업단지관리기관인 광양만권경제자유구역청(이하 “경제자유구역청”이라 한다)에 미착공 사유를 전달하고, 아울러 실시계획 용도변경을 요청하였으나, 용도변경이 지연되었다.

청구법인은 쟁점토지 분양 공고문에서 입주대상 업종에 화학물질 및 화학제품 제조업이 명시되어 있고, 분양신청시 제출한 사업계획서에 생산제품이 자세히 기재되어 있었다. 쟁점토지 분양 후 경제자유구역청이 청구법인의 공장이 설치 운용될 수 있도록 지구단위 계획서를 확인하고 필요한 경우 지구단위계획변경을 하였어야 한다. 그리고 사전에 이러한 조치를 하지 않았다 하더라도, 사후에 즉시 지구단위계획변경을 하였어야 한다. 그러나 이러한 계획변경이 늦어짐에 따라 청구법인은 쟁점토지를 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 것이므로 이는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 쟁점토지 용도를 정확히 확인하지 아니하고 취득한 것은 청구법인의 잘못이므로 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다.

청구법인이 제출한 첨부자료인 AAA산업단지 조성토지 분양 공고 제8호 나목에 따르면 “본 산업단지의 개발계획, 실시계획, 환경·재해 등 각종 영향평가의 협의 내용, 토지이용에 관한 제반 관계법규와 건축 관련법규 등을 계약체결 이전에 열람·확인하여야 하고, 이를 확인하지 못함으로써 발생되는 책임은 신청자에게 있으며 규제내용이 상이한 경우에는 강화된 법규내용에 따라야 합니다”라고 안내되어 있다.

또한, 청구법인이 체결한 분양계약서 제9조 제1항에는 “청구법인은 제1조의 규정에 의하여 건축물을 건립할 때에는 산업단지 개발계획(실시계획 포함)과 「산업단지 및 개발에 관한 법률」등 관계규정에 의하여 건립하여야 한다”고 명시하고 있다.

또한, 경제자유구역청이 2020.6.25. 고시한 AAA산업단지 실시계획 변경 승인 고시에 따르면 쟁점토지를 포함한 다수의 공장용지에서 위험물 관련 시설이 불허용도로 지정된 사실을 확인할 수 있다.

이러한 사실관계에 따르면 청구법인은 쟁점토지를 취득하기 전에 사전에 조금만 주의를 기울였다면 충분히 확인할 수 있는 사실로서 이에 대한 귀책사유는 행정기관이 아닌 청구법인에게 있다고 보는 것이 타당하다.

결국, 청구법인은 쟁점토지를 2020.8.19. 취득한 후 2년 6개월이 경과한 2023년 2월 무렵 쟁점토지에 위험물 관련 시설을 설치할 수 없다는 사실을 인지하였을 뿐만 아니라, 그 시점에 용도변경을 신청하였는바, 이는 진지한 노력을 다한 것으로 보기도 어렵다.

따라서, 청구법인의 귀책사유에서 비롯되었을 뿐만 아니라 진지한 노력을 다 한 것으로 보기도 어려우므로 청구법인에게는 정당한 사유가 인정된다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 유예기간(4년) 내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 고굴절 광학렌즈 원료물질과 정밀화학 제품 등을 개발하여 제조/생산 판매하는 화학제품 전문업체로, 2020.8.19. 경제자유구역청으로부터 쟁점토지를 취득하였다.

(나) 경제자유구역청은 2022.6.13. 청구법인에게 입주계약 체결 후 2년 동안 공장 등의 건설에 착수하지 않은 사항이 확인되니 6개월 이내에 사업에 착수하여 달라는 시정명령을 통보하였다. 이에 따라 청구법인은 아래와 같은 소명자료를 제출하였다.

＜소명자료 내용 중 발췌＞

- 2022년 12월부터 해당부지에 공장 추가 신축을 위해 기본설계를 진행하고, 건축설계업체를 선정하여 본 설계를 진행하고자 견적서를 받아 건축을 위한 작업을 추진하였음.

- 건축업자를 통한 설계 준비를 하던 중 지난 2월 13일 건축사무소로부터 해당 부지에 정밀화학 제품 생산을 위한 화학공장과 관리사무실 등은 건축할 수 있으나, 「건축법 시행령」 [별표1] 제9호 위험물 저장 및 처리시설은 건축할 수 없다는 정보를 유선상으로 처음 접하게 됨.

(다) 청구법인은 2022년 12월경 쟁점토지에 공장 추가 신축을 위한 설계용역을 의뢰하였고, 2023.2.14. 건축사무소로부터 쟁점토지에 위험물 저장 및 처리시설은 건축할 수 없다는 통보를 받았다.

＜건축법 사전 검토서 내용 중 발췌＞

○○○

(라) 청구법인은 2024.3.14. 원부자재 및 제품 보관 용도의 위험물 저장창고를 지을 수 있도록 쟁점토지에 대한 지구단위 실시계획 용도변경을 요청하였으나, 유예기간 종료일(2024.8.19.)까지 용도변경이 이루어지지 아니하였고, 이로 인하여 청구법인은 쟁점토지에 착공조차 하지 아니하였다.

＜청구법인 작성 문서 내용 중 발췌＞

○○○

(마) AAA산업단지 조성토지 분양 공고 내용은 아래와 같다.

＜분양 공고문 내용 중 발췌＞

AAA산업단지 조성토지 분양 공고

AAA산업단지 산업단지계획 변경 시 산업시설용지 2블럭 일부 필지에 대해 입주대상업종의 변경사항이 발생하여 「산업입지 및 개발에 관한 법률」시행령 제42조의3 제1항 규정에 따라 다음과 같이 분양공고합니다.

(중략)

3. 입주대상업종

ㅇ 기타운송장비제조업, (중략) 화학물질 및 화학제품 제조업

(중략)

8. 기타 유의사항

가. 계약체결 후 소정의 의무사항 기타 매매계약서의 약정사항을 이행하지 아니한 경우 계약을 해제할 수 있으며 계약이 해제되었을 때에는 계약금은 우리청에 귀속됩니다.

나. 본 산업단지의 개발계획, 실시계획, 환경·재해 등 각종 영향평가의 협의 내용, 토지이용에 관한 제반 관계법규와 건축 관련법규 등을 계약체결 이전에 열람·확인하여야 하고, 이를 확인하지 못함으로써 발생되는 책임은 신청자에게 있으며 규제내용이 상이한 경우에는 강화된 법규내용에 따라야 합니다.

라. 토지사용 시에는 산업입지 및 개발에 관한 법률 또는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 등에 의한 개발계획 및 실시계획 승인사항과 환경·재해 등 각종 영향평가 등을 준수하여야 합니다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지에는 위험물 저장 및 처리시설을 설치하지 못하는 등 법령상의 장애로 인하여 유예기간 내에 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것이므로 정당한 사유가 있다고 주장한다.

「지방세특례제한법」제78조 제5항 본문과 제1호는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 4년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있는데, 위 규정에서 ‘정당한 사유’라 함은 그 취득 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지ㆍ제한 등의 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 뜻한다(대법원 2020.4.29. 선고 2020두31750 판결, 같은 뜻임)고 할 것이다.

그런데, 청구법인의 경우 2020.8.19. 쟁점토지를 취득한 이후 2년이상 경과한 2022년 12월 경에 이르러서야 건축사무소에 설계용역을 의뢰하는 등 청구법인은 특별한 이유 없이 시간을 낭비하였는바, 이는 청구법인이 쟁점토지를 산업용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다한 것으로 보기 어렵고,

청구법인은 쟁점토지 취득 당시 쟁점토지에 위험물 제조소 등을 설치할 수 없다는 장애사유를 알지 못하였고, 이로 인하여 쟁점토지 사용이 늦어진 것이라고 주장하나, AAA산업단지 분양공고문에 의하면 “본 산업단지의 개발계획, 실시계획, 환경·재해 등 각종 영향평가의 협의 내용, 토지이용에 관한 제반 관계법규와 건축 관련법규 등을 계약체결 이전에 열람·확인하여야 하고, 이를 확인하지 못함으로써 발생되는 책임은 신청자에게 있다”고 명시하고 있으므로 위와 같은 장애사유가 있는지 여부는 청구법인이 직접 확인할 사항에 해당하고, 건축사무소에서 건축법령을 검토한 결과 위험물 제조소의 설치가 불가능하다는 사실을 쉽게 알 수 있었던 점에 비추어 보면 청구법인도 조금만 주의를 기울였더라면 이를 쉽게 알 수 있었던 것으로 보이는바, 청구법인이 주장하는 장애사유는 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시부터 존재하던 장애사유로서 설령 청구법인이 그러한 장애사유를 몰랐다 하더라도, 이러한 장애사유는 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다.

따라서, 처분청이 청구법인에게는 쟁점토지를 유예기간이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 인정되지 않는다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리 결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2022년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(「건축법」 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.

나. 산업단지등에서 대수선(「건축법」 제2조제1항제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2022년 12월 31일까지 경감한다.

다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

(2) 지방세특례제한법

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년(2019년 1월 1일부터 2020년 12월 31일까지의 기간 동안 취득한 경우에는 4년)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우