이유
1. 처분개요

가. 청구법인(합병법인으로 합병 당시 회사명은 “AAA 주식회사”이다)은 2022.5.18. 구(舊) 주식회사 BBB(「지방세법」제28조 제2항 단서에 따른 대도시 중과 제외 업종을 영위하던 법인으로, 이하 “피합병법인”이라 한다)를 합병하는 등기를 하면서, 아래 ＜표1＞과 같은 자본금 OOO원의 증액 등기(이하 “쟁점등기”라 한다)에 대하여 「지방세법」제28조 제2항에 따른 중과세율(1천분의 12)을 적용하여 산출한 등록면허세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

＜표1＞ 청구법인 등기사항증명서 내용 중 발췌

(단위 : 주, 원)

○○○

나. 청구법인은 2022.9.27. 쟁점등기는 「지방세법」제28조 제2항 단서에 따른 ‘대도시 중과 제외 업종’을 영위하는 피합병법인을 합병하는 과정에서 이루어진 등기이므로 중과세율(1천분의 12)이 아닌 「지방세법」제28조 제1항 제6호 가목 2)에 따른 세율(1천분의 4)이 적용되어야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였는데,

처분청은 증가된 자본금 중 대도시 중과 제외 업종을 영위하는 피합병법인의 자산비율에 해당하는 부분에 대해서는 일반세율(1천분의 4) 적용 대상으로 보아 관련 등록면허세 99,431,520원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 환급하였으나, 청구법인의 자산비율에 해당하는 부분에 대해서는 중과세율(1천분의 12)이 적용된다고 보아, 2023.12.12. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.1.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 대도시 중과 제외 업종을 영위하는 피합병법인을 합병하는 과정에서 쟁점등기를 한 것이므로, 쟁점등기는 등록면허세 중과세 대상에 해당하지 않는다.

청구법인은 오로지 합병을 목적으로 설립된 특수목적 법인으로, 중과 제외 대상 업종을 영위하고 있는 피합병법인을 합병하기 위하여 설립되었으며, 피합병법인을 합병한 이후에는 당초 피합병법인이 영위하던 사업(대도시 중과 제외 업종)만을 영위하였다.

청구법인은 합병등기일이 속하는 사업연도 개시일부터 합병등기일까지 매출액이 OOO원이고, 소멸법인은 합병등기일이 속하는 사업연도의 개시일부터 합병등기일까지 매출액이 OOO원이다.

이러한 사실관계에 비추어보면, 쟁점등기에는 행정안전부 예규(지방세운영과-1565, 2010.4.19.)가 적용되는 사안이므로, 쟁점등기는 등록면허세 일반세율 적용에 해당한다고 봄이 타당하다.

나. 처분청 의견

이 건과 같이 중과대상 업종을 영위하는 법인과 중과 제외 업종을 영위하는 법인의 합병에 관하여 등록면허세를 어떻게 과세할 것인지에 대한 지방세법령상 규정은 존재하지 않는다.

청구인이 심판청구의 근거로 제시한 예규에는 대도시 내에서 설립된 지 5년 이내의 법인이 중과 제외 업종을 겸업하기 위해 증자를 통해 피합병법인을 흡수합병하는 경우, 당해 법인의 총 매출액에서 중과 제외 업종과 중과대상 업종의 매출액 비율에 따라 안분하여 과세한다고 기재되어 있다.

그런데, 청구법인이 제출한 증거자료를 통해 중과대상 업종과 중과 제외 업종의 매출액 비율을 확인할 수 없으므로, 청구법인이 신고·납부한 등록면허세 전체를 중과 제외 대상으로 볼 수 없다.

결국, 합병과 관련한 규정은 「지방세법 시행령」제45조 제3항만 존재하는바, 위 규정을 적용하여 중과세 적용 여부를 청구법인과 피합병법인의 자산 비율을 기준으로 산정함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 오로지 대도시 등록면허세 중과 제외 업종만을 영위하기 위한 목적으로 피합병법인을 합병하는 과정에서 증자등기를 한 경우에는 등록면허세 중과대상에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 2020.8.13. 서울특별시 영등포구 OOO를 본점 소재지로 하여 설립된 법인으로, 등기사항증명서에 설립 당시 목적 사업은 “이 회사는 자본시장과금융투자업에관한법률에 따라 회사의 주권을 한국거래서 코스탁시장에 상장한 후 다른 회사와 합병하는 것을 유일한 사업목적으로 한다”라고 기재되어 있다.

(나) 피합병법인은 2014.5.29. 서울특별시 강남구 OOO를 본점 소재지로 하여 설립된 법인으로, 등기사항증명서에 목적 사업은, 컴퓨터 프로그래밍 서비스업, 광고 대행업, 소프트웨어 개발, 제조, 유통 및 유지보수업 등이 기재되어 있고, 2022.5.18. 청구법인과 합병 후 해산한 것으로 기재되어 있다.

(다) 피합병법인은 2020.10.12. 중소벤처기업부장관으로부터 기술혁신형 중소기업 확인서(유효기간 : 2020.10.12.∼2023.10.11.)를 받은 사실이 확인되며, 이에 따라 피합병법인이 영위하는 사업이 「지방세법」제28조 제2항 단서에 따른 대도시 중과 제외 업종에 해당하는 사실은 다툼이 없다.

(라) 청구법인은 2022.5.18. 피합병법인을 합병한 후 쟁점등기를 하였으며, 아래 ＜표2＞와 같이 피합병법인이 영위하던 사업목적을 청구법인의 사업목적으로 추가하면서, 기존 사업목적은 삭제하였다. 또한, 청구법인은 합병 당일 회사명을 피합병법인의 회사명이었던 주식회사 BBB로 변경하였으며, 피합병법인의 대표이사가 청구법인의 대표이사로 취임하였다.

＜표2＞ 청구법인 등기사항증명서상 사업목적 변경 내역

○○○

(마) 청구법인이 제출한 2022.6.7.자 기술혁신형 중소기업 확인서에 의하면, 청구법인은 피합병법인과 합병 이후에도 기술혁신형 중소기업 자격을 유지하고 있는 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 이 건과 같은 합병에 적용되는 규정이 명확하지 아니하고, 합병에 적용될 수 있는 규정은 「지방세법 시행령」제45조 제3항이 유일하므로, 위 규정을 적용하여 청구법인의 자산비율에 대응하는 쟁점등기 부분에 대해서는 중과세율을 적용하여야 한다는 의견이다.

그러나, 「지방세법」제28조 제2항 제1호는 ‘대도시에서 법인을 설립하거나 설립 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 등기’에 대해서는 등록면허세의 세율을 100분의 300(이하 “중과세율”이라 한다)으로 한다고 규정하면서, 같은 조 제2항 단서에서 ‘대도시에서 설치가 불가피하다고 인정되는 업종에 대해서는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있는바, 설립 등기 또는 자본 및 출자액을 증가시키는 등기가 오로지 대도시 중과 제외 업종을 영위하기 위하여 이루어진 경우에는 등록면허세 중과세율을 적용할 수 없다고 보아야 한다.

이러한 규정에 비추어 이 건을 살펴보면, 청구법인은 2022.5.18. 쟁점등기를 하면서 피합병법인을 합병함과 동시에 등기사항증명서상 사업목적을 피합병법인이 영위하고 있는 사업목적으로 변경하였으므로(위 ＜표2＞ 참조), 청구법인은 합병과 함께 기술혁신형 중소기업으로서 오로지 대도시 중과 제외 업종만을 영위하고 있다 할 것(청구법인의 기술혁신형 중소기업 확인서 참조)이므로, 자본을 증가시키는 등기인 쟁점등기는 「지방세법」제28조 제2항 단서에 해당하는 업종에 따른 등기로서 중과세율이 적용되지 않는다고 봄이 타당하다.

한편, 처분청은 합병에 관한 유일한 규정인 「지방세법 시행령」제45조 제3항이 이 건에도 적용되어야 한다는 의견이나, 위 규정은 합병 후 법인이 등록면허세 중과세 대상인 사업과 중과제외 사업을 동시에 영위하게 된 경우 중과세 적용 비율을 안분하는 방법 및 기준에 관한 규정이므로, 이 건과 같이 청구법인과 피합병법인이 합병하여 오로지 중과 제외 업종만을 영위하게 된 경우에는 「지방세법」제28조 제2항 단서가 우선하여 적용된다고 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점등기에 대하여 「지방세법 시행령」제45조 제3항을 적용하여 합병 당시 청구법인의 자산비율에 해당하는 부분에 대하여는 중과세율이 적용된다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2025. 12. 4.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록 세율을 적용한다.

6. 법인 등기

가. 상사회사, 그 밖의 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

1) 설립과 납입 : 납입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4(세액이 11만2천5백원 미만인 때에는 11만2천5백원으로 한다. 이하 이 목부터 다목까지에서 같다)

2) 자본증가 또는 출자증가 : 납입한 금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4

나. 비영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

1) 설립과 납입 : 납입한 출자총액 또는 재산가액의 1천분의 2

2) 출자총액 또는 재산총액의 증가 : 납입한 출자 또는 재산가액의 1천분의 2

다. 자산재평가적립금에 의한 자본 또는 출자금액의 증가 및 출자총액 또는 자산총액의 증가(「자산재평가법」에 따른 자본전입의 경우는 제외한다) : 증가한 금액의 1천분의 1

라. 본점 또는 주사무소의 이전 : 건당 11만2천5백원

마. 지점 또는 분사무소의 설치 : 건당 4만2백원

바. 그 밖의 등기 : 건당 4만2백원

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기를 할 때에는 그 세율을 제1항 제1호 및 제6호에 규정한 해당 세율(제1항 제1호 가목부터 라목까지의 세율을 적용하여 산정된 세액이 6천원 미만일 때에는 6천원을, 제1항 제6호 가목부터 다목까지의 세율을 적용하여 산정된 세액이 11만2천500원 미만일 때에는 11만2천500원으로 한다)의 100분의 300으로 한다. 다만, 대도시에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 대해서는 그러하지 아니하다.

1. 대도시에서 법인을 설립(설립 후 또는 휴면법인을 인수한 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)하거나 지점이나 분사무소를 설치함에 따른 등기

2. 대도시 밖에 있는 법인의 본점이나 주사무소를 대도시로 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액이 증가하는 경우를 포함한다)함에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

③ 제2항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 대도시 중과 제외 업종으로 법인등기를 한 법인이 정당한 사유 없이 그 등기일부터 2년 이내에 대도시 중과 제외 업종 외의 업종으로 변경하거나 대도시 중과 제외 업종 외의 업종을 추가하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 제2항 본문을 적용한다.

④ 제2항은 제1항 제6호 바목의 경우에는 적용하지 아니한다.

⑤ 제2항에 따른 등록면허세의 중과세 범위와 적용기준, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 지방세법 시행령

제26조(대도시 법인 중과세의 예외) ① 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

34. 「중소기업 기술혁신 촉진법」 제15조 및 같은 법 시행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 기업이 경영하는 사업. 다만, 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입하는 경우는 제외한다.

제44조(대도시 법인 중과세의 예외) 법 제28조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 제26조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 업종을 말한다.

제45조(대도시 법인 중과세의 범위와 적용기준) ① 법 제28조 제2항제1호에 따른 법인의 등기로서 관계 법령의 개정으로 인하여 면허나 등록의 최저기준을 충족시키기 위한 자본 또는 출자액을 증가하는 경우에는 그 최저기준을 충족시키기 위한 증가액은 중과세 대상으로 보지 아니한다.

② 법 제28조 제2항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 중과세 대상으로 보지 않는다.

1. 분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 경영한 대도시 내의 내국법인이 법인의 분할(「법인세법」 제46조 제2항 제1호가목부터 다목까지의 요건을 모두 갖춘 경우로 한정한다)로 인하여 법인을 설립하는 경우

2. 「조세특례제한법」 제38조 제1항 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전에 따라 「금융지주회사법」에 따른 금융지주회사를 설립하는 경우. 이 경우 「조세특례제한법」 제38조 제1항 제2호 및 제3호를 적용할 때 법령에 따라 불가피하게 주식을 처분하는 경우 등 같은 법 시행령 제35조의2 제13항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.

3. 「방위산업 발전 및 지원에 관한 법률」 제20조에 따른 방위산업 공제조합을 설립하는 경우

③ 법 제28조 제2항을 적용할 때 대도시에서 설립 후 5년이 경과한 법인(이하 이 항에서 “기존법인”이라 한다)이 다른 기존법인과 합병하는 경우에는 중과세 대상으로 보지 아니하며, 기존법인이 대도시에서 설립 후 5년이 경과되지 아니한 법인과 합병하여 기존법인 외의 법인이 합병 후 존속하는 법인이 되거나 새로운 법인을 신설하는 경우에는 합병 당시 기존법인에 대한 자산비율에 해당하는 부분을 중과세 대상으로 보지 아니한다. 이 경우 자산비율은 자산을 평가하는 때에는 평가액을 기준으로 계산한 비율로 하고, 자산을 평가하지 아니하는 때에는 합병 당시의 장부가액을 기준으로 계산한 비율로 한다.

④ 삭제 ＜2016. 12. 30.＞

⑤ 법 제28조 제2항을 적용할 때 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 법 제28조 제2항 각 호의 등기에 대한 등록면허세의 과세표준이 구분되지 아니한 경우 해당 법인에 대한 등록면허세는 직전 사업연도(직전 사업연도의 매출액이 없는 경우에는 해당 사업연도, 해당 사업연도에도 매출액이 없는 경우에는 그 다음 사업연도)의 총 매출액에서 제26조 제1항 각 호에 따른 업종(이하 이 항에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)과 그 외의 업종(이하 이 항에서 “대도시 중과 대상 업종”이라 한다)의 매출액이 차지하는 비율을 다음 계산식에 따라 가목 및 나목과 같이 산출한 후 그에 따라 안분하여 과세한다. 다만, 그 다음 사업연도에도 매출액이 없는 경우에는 유형고정자산가액의 비율에 따른다.

1. 대도시 중과 제외 업종과 대도시 중과 대상 업종을 겸업하는 경우

2. 대도시 중과 제외 업종을 대도시 중과 대상 업종으로 변경하는 경우

3. 대도시 중과 제외 업종에 대도시 중과 대상 업종을 추가하는 경우 ＜대도시 중과 제외 업종과 대도시 중과 대상 업종의 매출액이 차지하는 비율의 계산식＞

가. 해당 법인 중과 대상 업종 매출비율(퍼센트)

나. 해당 법인 중과 제외 업종 매출비율(퍼센트)