이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2012.1.20. 설립하여 건설업을 영위하는 유한회사 A(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 공동대표이사(2019.1.31.～2019.5.28.)이고, 쟁점법인은 2019.5.24. 충청남도 당진시 송악읍 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 주식회사 B(이하 “관련법인”이라 한다)에게 양도대금 합계 OOO원으로 양도하였으나 OOO원을 익금으로 계상하였고,

또한 쟁점법인과 관련법인은 2018.11.12. 유한회사 C에게 쟁점토지를 포함하여 6필지에 대한 OOO 근린생활시설 신축 부지조성을 위한 토목공사를 대금 OOO원으로 하여 공동도급하였으나, 쟁점법인은 토목공사비 OOO원을 손금으로 계상하여 2019사업연도 법인세를 신고하였다.

나. 서인천세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.10.12.～2023.10.31. 기간동안 쟁점법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점법인은 쟁점토지 양도대금 중 OOO원을 누락하고, 유한회사 C의 토목공사비 OOO원 중 관련법인이 부담하여야 할 금액 OOO원을 과다계상한 것으로 보아, 매출누락금 중 귀속이 불분명한 OOO원 및 토목공사비 중 과다계상한 OOO원 합계 OOO원을 대표자인 청구인에 대한 상여로 소득처분하는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2024.10.17.(공시송달) 청구인에게 2019년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.1.15. 이의신청을 거쳐, 2025.5.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점법인이 매수자인 관련법인으로부터 쟁점토지의 양도대금 중 미수령한 금액 OOO원(이하 “쟁점①금액”이라 한다)을 대표자 상여 소득처분금액(OOO원)에서 제외하여야 한다.

쟁점법인과 관련법인은 쟁점토지에 대한 양도대금을 관련법인이 쟁점법인의 채무를 대위변제하기로 하였는바, 쟁점법인은 쟁점토지 매매대금(OOO원) 중 쟁점법인의 대출금 OOO원과 쟁점법인의 채무 OOO원(① a에 대한 채무 OOO원, ② 주식회사 D의 미지급금 OOO원, ③ 주식회사 E의 미지급금 OOO원, ④ 유한회사 C의 OOO원) 합계 OOO원을 관련법인으로부터 수령하였으나 나머지 잔액 OOO원(쟁점①금액)을 지급받지 못하였다.

따라서 쟁점법인에게 쟁점토지 양도대금의 미수금이 존재함에도 이를 고려하지 않는 것은 부당하고, 쟁점토지 양도대금 중 미수금인 쟁점①금액은 유보로 소득처분하는 것이 타당하다.

(2) 대표자 상여로 소득처분한 금액(OOO원) 중 OOO원(이하 “쟁점②금액”이라 한다)은 쟁점법인이 채권자 a으로부터 차입한 금액을 관련법인이 대위변제하였기 때문에 소득처분금액에서 제외하여야 한다.

쟁점법인은 a에게 쟁점②금액을 차용하면서 선이자 OOO원을 제외하고, 2019.3.20. OOO원을, 2019.3.21. OOO원을 합계 OOO원을 OOO계좌로 입금하여 차용한 사실이 분명하다. 증빙이 미흡하더라도 「국세기본법」상 실질과세의 원칙에 따라 사실 조사를 했다면 쟁점법인이 a에 대한 채무를 부담한 사실을 자금의 흐름상 알 수 있음에도 불분명한 자금 유출로 보아 청구인에게 상여로 소득처분한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 대표자 상여로 소득처분된 금액 중 쟁점토지 양도대금 미수령금인 쟁점①금액을 유보처분 대상이라고 주장하나,

쟁점법인은 조사당시 쟁점토지 양도대금의 미수령 사실을 소명하지 않았는바, 쟁점토지 중 양도대금 OOO원은 쟁점법인의 금융기관(OOO) 대출금 OOO원과 쟁점법인의 유한회사 C에게 부담하는 채무 OOO원 중 OOO원을 상계하는 것으로 기재되어 있고, 나머지 양도대금 OOO원은 쟁점법인이 a에게 부담하는 채무 OOO원, 주식회사 D의 미지급금 OOO원, 주식회사 E의 미지급금 OOO원, 유한회사 C의 미지급금 OOO원 합계 OOO원 상당의 채무를 관련법인이 인수하여 매매대금과 상계하고, 나머지 OOO원을 현금으로 지급받았다고 소명하였다. 청구인이 제시한 근거는 쟁점법인 명의 계좌가 아닌 관련법인 명의 OOO계좌 거래내역을 정리한 것만으로 쟁점토지 양도대금의 미수령 사실을 믿기 어렵다.

(2) 청구인은 채권자 a이 쟁점법인에게 대여한 금액 OOO원(쟁점②금액)을 관련법인이 대위변제하고 쟁점토지 양도대금에서 공제하였으므로 쟁점②금액은 상여처분 대상이 아니라고 주장하나,

조사당시 쟁점법인이 쟁점②금액의 부채를 부담하는지를 알 수 있는 객관적 증빙을 확인할 수 없었다. a이 입금한 OOO계좌는 청구인이 운영하는 농업회사법인 유한회사 F 명의의 계좌이며, a에게 지급된 OOO계좌는 관련법인 명의의 계좌이므로 쟁점법인의 차입금 존재여부, 운영내역, 계약내용 등이 객관적으로 확인되지 않는다.

따라서 쟁점법인의 신고누락한 양도대금 중 귀속이 불분명한 쟁점②금액을 대표자 상여로 소득처분한 것은 정당하며, 이에 따라 처분청이 종합소득세를 부과한 처분도 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인에게 상여로 소득처분한 금액 중 쟁점①금액과 쟁점②금액을 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 것)

제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고

(2) 법인세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 개정된 것)

제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다.～라.(생략)

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 쟁점토지의 부동산등기부에 따르면, 쟁점법인은 쟁점토지(4필지)를 2017～2018년 기간중에 취득하였고, 2019.5.3. 관련법인과 쟁점토지 중 1번, 2번, 3번 토지에 관하여는 대물변제계약을 체결하였으며, 4번 토지에 관하여는 매매계약을 체결하였고, 2019.5.24. 관련법인에게 쟁점토지의 소유권이전등기가 각 경료되었으며, 같은 날 주식회사 G에 신탁으로 소유권이전등기가 각 경료된 것으로 나타난다.

＜표1＞ 쟁점토지 양도내역

(단위 : 백만원)

○○○

(나) 쟁점법인과 관련법인은 2019.5.3. 위 쟁점토지 중 1번, 2번, 3번에 대한 대물변제계약서를 작성하였는바, 채권자는 관련법인, 채무자는 쟁점법인으로 하여 쟁점법인(채무자)은 관련법인(채권자)에게 OOO원의 채무를 부담하고, 채권에 대한 대물변제로서 쟁점토지 3필지를 관련법인에게 양도하기로 한다고 기재되어 있고,

같은날 쟁점토지 중 4번에 대한 매매계약서를 작성하였는바, 매도인은 쟁점법인, 매수자는 관련법인으로 하여 매매대금 OOO원으로, 잔금 지급일은 2019.5.21.으로 기재되어 있다.

(다) 쟁점법인은 이 건 세무조사 기간 중에 소명자료를 제출하였는바, 쟁점토지 중 1번, 2번, 3번 토지 양도대금 OOO원은 쟁점법인의 금융기관(OOO) 대출금 OOO원과 쟁점법인의 유한회사 C에게 부담하는 채무 OOO원 중 OOO원을 상계하는 것으로 기재되어 있고,

쟁점토지 중 4번 토지의 매매대금 OOO원은 쟁점법인이 a에게 부담하는 채무 OOO원, 주식회사 D의 미지급금 OOO원, 주식회사 E의 미지급금 OOO원, 유한회사 C의 미지급금 OOO원 합계 OOO원 상당의 채무를 관련법인이 인수하여 매매대금과 상계하고, 나머지 OOO원을 현금으로 지급받은 것으로 기재되어 있다.

(라) 쟁점법인·관련법인(도급인)과 유한회사 C(수급인)이 2018.11.12. 작성한 민간건설공사 표준도급계약서 따르면, 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점토지를 포함하여 6필지에 대한 OOO 근린생활시설 신축부지 조성을 위한 토목공사로서 공사대금 OOO원, 준공일 2019.2.28.으로 기재되어 있다.

＜표2＞ 토목공사 토지

(단위 : ㎡, %)

○○○

(마) 조사청이 작성한 조사보고서에 따르면, 도급계약서에는 쟁점법인과 관련법인의 각 공사대금 부담에 관한 내용이 없고, 관련법인의 부담 부분에 관한 객관적 자료가 없어 쟁점법인과 관련법인의 소유토지 면적 비율로 쟁점법인은 OOO원(57%), 관련법인은 OOO원(43%)으로 안분하였는바,

1) 쟁점법인이 계상한 유한회사 C의 토목공사비 OOO원 중 OOO원을 과다계상한 것으로 보아 손금 불산입하고,

2) 쟁점토지 중 4번 토지 양도대금(OOO원)에 관하여 매수자인 관련법인이 2019.5.24. 주식회사 D의 미지급금 OOO원, 주식회사 E의 미지급금 OOO원, 유한회사 C의 OOO원을 대위변제한 것으로 확인되어 기타사외유출로 소득처분하고,

3) 관련법인이 2019.5.24. a에게 OOO원(쟁점②금액)을 지급한 것은 확인되나 쟁점법인의 채무를 대위변제한 것인지 알 수 있는 증빙이 없으며, 유한회사 C에게 일부금액만 대위변제하고 나머지 OOO원에 대한 지급 증빙이 확인되지 않고, 쟁점법인이 현금으로 수수하였다고 소명한 금액 OOO원 합계 OOO원을 귀속이 불분명한 금액으로 보아 대표자인 청구인에게 상여로 소득처분한 것으로 기재되어 있다.

＜표3＞ 양도대금 채무 상계 및 소득처분 내역

(단위 : 원)

○○○

(바) 조사청의 조사자료 중 유한회사 C이 2019년 5월경 작성한 공사비 완납증에 따르면, 충청남도 당진시 송악읍 OOO외 소재 근린생활시설 신축공사현장에 대한 토목공사를 완료하였고 공사대금 OOO원을 완납 받았음을 확인하고, 문서 말미에 ‘관련법인과 H 귀중’이라고 기재되어 있다.

또한 관련법인의 계좌 거래내역에 따르면, 관련법인은 2018.11.23. 유한회사 C에게 OOO원을 지급하고, 유한회사 C의 계좌 거래내역에 따르면, 관련법인은 2019.5.24. 유한회사 C에게 OOO원을 지급한 것으로 나타난다.

(사) 청구인은 쟁점법인이 관련법인으로부터 쟁점토지 양도대금 중 쟁점①금액을 미수령하였다고 주장하며 관련법인 명의 OOO계좌 거래내역을 제출하였고,

또한 청구인은 쟁점법인이 채권자 a으로부터 쟁점②금액을 차입하고 매수자인 관련법인이 쟁점토지 양도대금 일부로 대신 지급한 것이라고 주장하며 계좌 거래내역을 제출하였는바, 해당 계좌는 농업회사법인 유한회사 F(대표이사 청구인) 명의의 계좌이고, 2019.3.20. 및 2019.3.21. a으로부터 OOO원이 입금된 것으로 나타난다.

(아) 쟁점토지 중 1번 토지의 등기부에 따르면, 2019.3.20. 근저당권설정등기(채무자는 농업회사법인 유한회사 F, 근저당권자는 a)된 후 2019.5.24. 해당 근저당권설정등기가 말소된 것으로 나타난다.

(자) 관련법인의 법인등기부에 따르면, 청구인은 2016.12.26.까지 관련법인의 사내이사로 나타나며, 국세청통합전산망에 따르면, 청구인은 2020.10.8.～2022.3.25., 2024.5.2.～2024.12.31.(직권폐업) 기간동안 관련법인의 대표자로 등재된 것으로 나타난다.

한편, 농업회사법인 유한회사 F의 법인등기부에 따르면 청구인은 2019.2.7.부터 농업회사법인 유한회사 F의 대표이사로 등재된 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점법인이 관련법인으로부터 쟁점토지 양도대금 중 미수금액인 쟁점①금액을 대표자 상여처분금액에서 제외하여야 한다고 주장하나,

「법인세법 시행령」 제106조 등에 의하면 사외유출된 금액을 소득처분함에 있어 귀속자가 불분명한 경우에는 대표이사에게 상여로 소득처분하도록 규정하고 있는바, 특별한 사정이 없는 한 등기된 대표이사를 그 법인의 대표자로 보아야 하는데(조심 2016서1107, 2016.9.6., 같은 뜻임), 청구인은 2019.1.31.～2019.5.28. 기간동안 공동대표이사로서 쟁점법인을 운영하였던 점, 양도대상 물건의 양도가액은 양도대금 수령 여부와 관계없이 거래 당시에 실제 약정된 양도금액으로 쟁점토지의 대물변제계약서 및 매매계약서에 따르면 쟁점토지의 양도가액은 OOO원이므로 신고 누락한 양도가액 OOO원을 익금산입하여 대표자인 청구인에 대한 상여로 소득처분한 것은 타당한 점, 이 건 세무조사 당시 쟁점법인이 제시한 소명자료에는 쟁점법인이 쟁점토지의 양도대금을 상계(대위변제) 및 현금으로 지급받은 것으로 기재되어 있는 점, 쟁점법인의 소명자료와 청구인이 제출한 관련법인의 계좌 거래내역을 비교하면 관련법인이 유한회사 C에게 대위변제한 금액과 현금으로 지급받은 금액이 서로 다른바, 관련법인이 2018.11.23., 2019.5.27. 유한회사 C에게 합계 OOO원을 지급한 것으로 나타나고, 또한 유한회사 C의 공사비 완납증 등을 종합적으로 고려하면 쟁점법인이 관련법인으로부터 쟁점토지 양도대금 중 쟁점①금액을 미수령하였다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점법인이 a으로부터 차입한 쟁점②금액을 관련법인이 대위변제하였으므로 쟁점②금액 상당액을 대표자상여처분금액에서 제외하여야 한다고 주장하나,

a은 2019.3.20., 2019.3.21. 청구인이 운영하는 농업회사법인 유한회사 F 명의 OOO계좌로 합계 OOO원을 입금하고, 쟁점법인이 소유한 쟁점토지 중 1번 토지에 근저당권설정등기를 경료하였으나 채무자는 농업회사법인 유한회사 F으로 나타나는 점, 쟁점법인이 쟁점②금액의 실질 채무자라고 인정할 만한 객관적 자료 제시가 없는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.