이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021년 8월부터 2022년 11월까지 충청남도 당진시 OOO외 177필지 토지(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하고, 이 건 토지를「지방세특례제한법」제71조 제1항에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세의 100분의 35 감면을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2024.1.29. 이 건 토지 중 대체시설로 새로이 설치되는 공공시설용지 210,114㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)는「지방세법」제9조 제2항에서 규정하는 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 해당하여 취득세 비과세대상이라는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.3.22. 이를 거부하였다.

다. 이후 청구법인은 2024.4.11. 쟁점토지는「지방세특례제한법」제73조의2 제1항에 따른 기부채납 반대급부 취득 토지 등에 대한 취득세 100분의 50의 감면을 적용받아야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.5.30. 이를 인용하여 취득세 등 합계 OOO원을 환급하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 충청남도지사는 2021.8.20. 청구법인을 사업시행자로 하는 A단지를 승인 및 지정 고시하였고, 청구법인은 이에 따라 이 건 토지를 취득하였다.

(2) 해당 고시문은 토지이용계획에 따라 전체 용지를 물류시설용지 및 지원시설용지, 공공시설용지로 구분하고 있는데, 청구법인은 이러한 토지이용계획에 따라 물류시설용지가 아닌 일반도로, 보행자도로, 공원 등 공공시설용지로서 취득하였다.

(3)「지방세법」제9조는 취득세를 과세하지 않는 비과세 대상을 명확히 하고 있고, 제2항에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 명시하고 있다.

(4) 쟁점토지는 충청남도지사가 고시한 승인 공고에 따라 국가 또는 지방자치단체에 기부채납을 조건으로 취득한 토지임이 명백한바, 취득세 비과세 대상에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점토지가 국가 등에 기부채납된 것으로 보아「지방세법」제9조에 따라 취득세 등을 비과세하여야 한다고 주장하나,

「지방세법」제9조 제2항에 따른 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산 및 부동산의 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 과세하지 아니하도록 하는 규정의 입법 취지는 국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 것은 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하여 국가 등이 직접 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 취득세 등을 비과세하는 구「지방세법」제106조 제1항, 제126조 제1항과 같은 취지에서 취득세 및 등록세를 비과세하겠다는 데에 있으므로 취득세 및 등록세가 비과세되기 위해서는 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 할 당시에 취득자가 그 부동산을 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있어야 할 것이다.

(2) 또한「지방세법」제9조 제2항 제2호에서는 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 위와 같이 취득세 부과분에 대해서는「지방세특례제한법」제73조의2 제1항에 의해 취득세의 50%를 감면하고 있다.

(3)「지방세특례제한법」제73조의2는 특별히 사회기반시설을 확충하기 위하여 만들어진 지원 규정으로, 사회기반시설은 원칙적으로 국가나 지방자치단체의 책임으로 확충하여야 하나, 민간이 사회기반시설을 조성하여 국가 등에 기부채납하는 경우에 국가나 지방자치단체가 소유하는 부동산을 반대급부로 무상양여하는 부동산에 대한 지방세를 감면하도록 하여 사회기반시설확충에 기여하려는 목적이 있는 것으로 보인다.

(4) 따라서 청구법인의 경우 사회기반시설을 조성하여 국가 등에 기부채납 하지만 국가나 지방자치단체가 소유하는 부동산을 반대급부로 무상양여 받았기에,「지방세법」제9조 제2항에 의한 비과세 대상은 되기 어렵다고 하더라도「지방세특례제한법」제73조의2에 의한 감면 대상으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지는 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 토지이므로「지방세법」제9조 제2항에 따라 취득세를 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

(1) 지방세법(2021.7.8. 법률 제18294호로 개정된 것)

제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 "귀속등"이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각·증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

(2) 지방세특례제한법(2021.6.8. 대통령령 제18209호로 개정된 것)

제71조(물류단지 등에 대한 감면) ①「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지(이하 이 조에서 "물류단지"라 한다)를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2022년 12월 31일까지 경감한다.

제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면) ①「지방세법」제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 조에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(이하 이 조에서 "귀속등"이라 한다)의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 감면한다.

1. 2020년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

2. 2021년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

② 제1항의 경우 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각·증여하거나 국가등에 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우에는 그 감면된 취득세를 추징한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따라 나타나는 사실관계는 다음과 같다.

(가) A단지는 2021.8.20. 아래 ＜표1＞과 같이 충청남도 고시 제OOO호로 지정 및 승인고시되었다가, 2023.7.20. 충청남도 고시 제OOO호로 변경(1차) 승인고시되었다.

＜표1＞ 충청남도 고시 제2021-332호 내용 일부

○○○

(나) 청구법인은 2016.5.16. 설립된 법인으로, 충청남도 당진시 OOO일원에 위치한 A단지 1-1공구의 사업시행을 영위하고 있는데, 1-1공구의 사업면적은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ A단지 1-1공구의 사업면적

(단위 : ㎡)

○○○

(다) 충청남도가 2021년 8월 작성한 “A단지 조성사업/국·공유지 무상귀속 협의서류”에 의하면, 아래 ＜표3＞·＜표4＞와 같이 충청남도 당진시OOO외 52필지 토지 84,596㎡는 국가 등으로부터 사업시행자인 청구법인에게 무상으로 귀속되고, 대체시설로 새로이 설치되는 공공시설용지 210,114㎡(쟁점토지)는 국가 등에게 귀속되는 것으로 확인된다.

＜표3＞ 사업시행자인 청구법인 귀속분(무상)

(단위 : 개, ㎡)

○○○

＜표4＞ 국가 등 귀속분

(단위 : ㎡)

○○○

(라) 청구법인은 2021년 8월부터 2022년 11월까지 이 건 토지를 취득한 후, 이 건 토지를「지방세특례제한법」제71조 제1항에서 규정하는 물류단지개발사업의 시행자가 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세의 100분의 35 감면을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(마) 청구법인은 2024.1.29. 이 건 토지 중 쟁점토지는「지방세법」제9조 제2항에서 규정하는 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 해당하여 취득세 비과세대상이라는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.3.22. 아래 ＜표5＞와 같이 이를 거부하였다.

＜표5＞ 경정청구 결과 통지 내용 일부

○○○

(바) 청구법인은 2024.4.11. 쟁점토지는「지방세특례제한법」제73조의2 제1항에 따른 기부채납 반대급부 취득 토지 등에 대한 취득세 100분의 50의 감면을 적용받아야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.5.30. 아래 ＜표6＞과 같이 이를 인용하여 취득세 등 합계 OOO원을 환급하였다.

＜표6＞ 경정청구 결과 통지 내용 일부

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가)「지방세법」제9조 제2항에서 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고,「지방세특례제한법」제73조의2 제1항 제2호에서「지방세법」제9조 제2항에 따른 부동산 중 국가 등에 귀속되거나 기부채납한 것의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 등을 무상으로 양여받는 조건으로 취득하는 부동산에 대해서 2021년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있다.

한편「지방세법」제9조 제2항의 입법취지는 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 부동산을 취득하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세를 비과세하겠다는 데에 있다고 할 것(대법원 2011.7.28. 선고OOO 판결, 같은 뜻임)이고,「지방세특례제한법」제73조의2 제1항에서는 위 비과세 대상 부동산 중 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 등을 무상양여받은 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 일정기간을 정하여 취득세를 비과세하지 아니하고 면제 및 경감하도록 하고 있다.

(나) 청구법인은 쟁점토지를 취득하여 국가 등에 기부채납하기로 하였으므로 쟁점토지를 취득세 비과세 대상으로 보아야 한다고 주장하나,

충청남도가 2021년 8월 작성한 “A단지 조성사업/국·공유지 무상귀속 협의서류”에서 청구법인은 쟁점토지를 취득하여 국가 등에 기부채납하고 국가 등으로부터 토지 84,596㎡를 무상으로 양여받는 것으로 나타나므로 쟁점토지는 기부채납의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산을 무상으로 양여받는 조건으로 취득한 것으로 보는 것이 타당한 점, 처분청은 쟁점토지에 대하여「지방세특례제한법」제73조의2 등의 취득세 감면규정을 적용하여 이 건 취득세의 100분의 50을 경감한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지에 대하여「지방세법」제9조 제2항에서 규정하는 비과세 적용을 배제하여 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.