이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.6.4. 서울특별시 강남구 OOO(이하 “이 건 토지”라 하고, 그 지상건축물 405.16㎡를 포함하여 이하 “종전부동산”이라 한다)를 취득한 후 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」(2021.12.28. 법률 제18655호로 개정된 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제7호 나목의 표준세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 이 건 토지의 종전건축물을 멸실한 후 2022.6.29. 그 지상에 건축물 513.42㎡(OOO빌딩 이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축하고, 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제11조 제1항 제3호의 표준세율(1천분의 28)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 처분청은 청구법인이 사실상 대도시 내로 본점을 전입한 후 5년 이내에 대도시 내 부동산인 종전부동산을 취득한 후, 이 건 건축물을 신축하여, 그 일부인 119.84㎡(3층, 이하 “쟁점건축물”이라 한다)와 그 부속토지 46.89㎡(이하 “쟁점토지”라 하고, 쟁점건축물을 포함하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 본점용도로 사용하였다고 보아, 2025.4.7. 청구법인에게 종전부동산과 쟁점부동산의 취득가격을 각각의 과세표준으로 하고,「지방세법」제13조 제1항(쟁점부동산, 본점용 부동산) 및 제2항(종전부동산, 대도시 내 부동산)의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 청구법인이 납부한 세액을 차감하여 아래 ＜표＞와 같이 산출한 취득세 등 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

＜표＞ 이 건 취득세 등의 부과 내역

(단위 : 원)

○○○

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2020.5.4. 경기도 용인시 OOO를 본점소재지로 하고, 경영, 경제조사 분석 및 용역서비스업, 부동산 교육 및 마케팅, 컨설팅업, 부동산 매매 및 임대업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다.

(2) 청구법인은 설립 당시 대표이사인 AAA와 감사 BBB를 임원으로 등기하였으나 실제로는 AAA(100% 과점주주)만 근무하는 1인 회사로서, DDD사무소에 대해 임대차계약을 체결한 후 DDD사무소에 책상, 의자, 전화 등 업무에 필요한 물적시설을 갖추고, 부동산 관련 업무를 수행하였다.

(3) 청구법인은 2021.6.4. 종전부동산(서울특별시 강남구 OOO)을 매매로 취득하여, 종전건축물을 철거한 후, 2022.6.29. 이 건 건축물을 신축하고, 2022.8.12. 이 건 건축물의 3층(쟁점부동산)을 청구법인의 대표이사인 AAA가 대표이사로 있는 주식회사 CCC(이하 “CCC”라 한다)에게 임대하였다.

(4) 청구법인은 쟁점부동산을 CCC에게 임대하고 임대차계약에 따른 임대수익만 받고 있을 뿐 CCC와는 사실상 관련이 없는 법인이고, CCC는 학원업 및 강의업 등을 영위하는 법인으로서, 쟁점부동산에 청구법인과 별도의 인적·물적시설을 갖추고, 쟁점부동산을 학원 용도(강의장)로 사용하고 있다.

(5) 청구법인의 경우 부동산 임대업의 특성상 DDD사무소에 상주 인력을 둘 필요가 없고, AAA는 청구법인을 설립한 후 DDD사무소에서 부동산 임대계약 및 관리 업무를 수행하고 있을 뿐, 청구법인이 쟁점부동산을 청구법인의 사무소(본점)로 사용한 사실이 전혀 없으며, 이와 같은 사실은 청구법인의 업무기록과 DDD사무소의 임대차계약서 및 현장사진에서 확인된다.

(6) CCC는 청구법인의 대표이사인 AAA가 설립한 법인으로 청구법인과 특수관계인에 해당하기는 하지만, 청구법인과 별도로 고유의 사업 목적과 조직 체계를 갖추고 있으며, 청구법인과 쟁점부동산에 대한 임대차계약을 체결하고 이를 본점으로 사용하고 있음에도 처분청은 청구법인이 쟁점부동산에서 각종 업무를 수행할 수 있다는 정황만으로 기본적인 사실 관계 조차 확인하지 않은 채, 종전부동산을 대도시 내로 전입에 따른 부동산의 취득으로 보아「지방세법」제13조 제2항에 따라 취득세를 중과세하고, 쟁점부동산을 대도시 내에서 본점 신축으로 보아「지방세법」제13조 제1항에 따라 취득세를 중과세한 처분은 부당하므로 전부 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2020.5.4. 설립한 후 등기사항전부명세서에 DDD사무소를 본점사무소로 등기하였으나, DDD사무소의 전용면적은 3.96㎡로 매우 협소할 뿐만 아니라 월 임대료도 OOO원에 불과하며, 그 물적시설(책상, 의자 등) 및 DDD사무소에 본점으로 볼 만한 표시나 연락처 등이 전혀 기재되어 있지 않은 사실 등을 볼 때, 청구법인이 DDD사무소에서 경영 활동을 수행하였다고 보기는 어렵다고 할 것이다.

(2) CCC는 2020.5.4. 서울특별시 서초구 OOO(면적 184.47㎡, 이하 “EEE사무소”라 한다)을 본점소재지로 하고, 교육지원 서비스업 등을 목적사업으로 하여 설립한 후 대표이사인 AAA와 그 임직원들이 실제로 근무하고 있고, 그 후 2022.8.12. 쟁점부동산으로 본점을 이전하였다.

(3) 청구법인과 CCC의 임직원은 사실상 동일하고, DDD사무소의 규모나 현황을 볼 때 청구법인의 업무나 중요한 의사결정은 사실상 CCC의 본점에서 이루어졌다고 보는 것이 타당하다.

(4) 또한, 청구법인이 제출한 계정별 원장 등을 보면, 청구법인의 임직원(1인)에 대한 복리후생비의 사용처가 대부분 CCC의 본점이 있는 서울특별시 서초구이고, 특히 식대의 경우에는 그 지출 장소·일시 등이 유사한 것으로 나타나는데, 이는 청구법인과 CCC가 동일한 장소에서 함께 운영되고 시사하는 것으로 청구법인과 CCC의 본점은 사실상 동일하다고 할 것이다.

(5) 조세심판원은 법인의 본점은 대표이사 등 임직원이 상주하면서 기획, 재무, 총무 등 전반적인 사업을 수행하고 있는 주된 사무소를 의미하며 이는 등기가 아니라 법인의 중추적인 의사 결정 등을 수행하는 장소를 뜻한다고 결정(조심 2016지370, 2016.11.25.)하고 있음을 볼 때, 청구법인의 실제 본점은 법인등기사항전부증명서에서 확인되는 DDD사무소(경기도 용인시 OOO)가 아니라 CCC의 본점인 EEE사무소(서울특별시 서초구 OOO)으로 보는 것이 타당하다.

(6) 따라서, 청구법인은 2020.5.4. 대도시 내에 소재하는 EEE사무소에서 설립한 후 그 설립일부터 5년 이내인 2021.6.4. 대도시 내의 부동산인 종전부동산을 취득하였으므로 이에 대하여는「지방세법」제13조 제2항에 따라 1천분의 80을 세율로 하여 취득세 등을 부과하여야 하며, 또한, 청구법인은 이 건 건축물을 신축하여 그 중 일부를 본점(쟁점부동산)으로 사용하고 있으므로「지방세법」제13조 제1항에 따라 쟁점부동산 중 토지에 대하여는 1천분의 80을, 건축물에 대하여는 1천분의 68을 세율로 하여 취득세 등을 부과하여야하므로 처분청이 정당 (중과)세율로 산출한 세액에서 청구법인이 납부한 세액을 차감하여 청구법인에게 이 건 취득세 등 OOO원을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 종전부동산을 청구법인의 대도시 내로 본점 전입에 따른 부동산으로 보아 취득세를 중과세 한 처분의 당부

② 쟁점부동산을 대도시 내 본점 신축으로 보아 취득세를 중과세 한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인의 대표이사인 AAA는 2020.4.28. OOO(임대인)과 아래와 같은 내용으로 DDD사무소의 임대차(사용)계약을 체결하였다.

○○○

(나) 청구법인은 2020.5.4. 대도시 밖의 지역에 있는 경기도 용인시 OOO를 본점소재지로 하고, 목적사업을 경영, 경제조사 분석 및 용역서비스업, 부동산 교육 및 마케팅, 컨설팅업, 부동산 매매 및 임대, 전대업 등으로 하여 설립되었으며, 등기 임원은 대표이사 AAA(100% 과점주주)와 감사 BBB이다.

(다) CCC는 2020.5.4. 대도시 내에 소재하는 서울특별시 서초구 OOO(EEE사무소)을 본점소재지로 하고, 목적사업을 교육지원 서비스업, 외국어학원 및 기타 교습학원, 교육위탁 및 파견 등의 교육사업, 주거용 비주거용 부동산 매매, 임대 및 관리업 등으로 하여 설립되었으며, 등기 임원은 대표이사 AAA(100% 과점주주), 감사 BBB·FFF이다.

(라) 청구법인은 2021.6.4. 대도시 내에 소재하는 종전부동산(서울특별시 강남구 OOO)을 취득한 후 그 지상 건축물을 멸실하고, 2021.7.26. 이 건 건축물의 신축공사를 착공하여 2022.6.29. 처분청으로부터 이 건 건축물의 사용승인을 받았으며, 청구법인은 종전부동산과 이 건 건축물에 대해 대도시 밖에서 설립한 법인이 취득한 것으로 하여, 표준세율로 산출한 취득세 등을 신고·납부하였다.

(마) 청구법인은 2022.8.12. 쟁점부동산(서울특별시 강남구 OOO)을 CCC에게 임대(보증금 OOO원, 월 임대료 OOO원)하였고, CCC는 본점을 EEE사무소에서 쟁점부동산으로 이전하였다.

(바) CCC의 EEE사무소와 쟁점부동산에는 사무실과 강의실이 있는데, AAA(청구법인 및 CCC의 대표이사)는 해당 강의실에서 일반인들을 상대로 주택 청약 관련 내용을 강의하는 것으로 나타나는데, AAA의 저서(OOO)을 보면, AAA는 2019년 9월경 CCC의 EEE사무소에 휴게실 용도인 ‘OOO’를 마련하였다고 기재되어 있다.

(사) 청구법인이 제출한 DDD사무소의 현장 사진을 보면, DDD사무소에는 전용시설인 책상·의자 외에 공용시설인 복사기, 탁자, 탕비실 등이 있는 것으로 나타나나, DDD사무소의 임대차계약이 2021.4.27. 만료된 후 그 계약기간을 갱신하였는지를 알 수 있는 계약서와 AAA를 포함한 임직원의 근무상황명세서 등은 제출하지 않아, DDD사무소에서 근무한 인원과 근무 기간 등은 알 수 없으며, 다만, 처분청이 제출한 청구법인의 복리후생비 원장(2020.5.25.∼2020.7.31.)을 보면, 그 사용처는 대부분 EEE사무소가 있는 서울특별시 서초구 일대이고, 경기도 용인시에서 사용한 사실은 없는 것으로 나타난다.

(아) 2025.10.15. 개최한 조세심판관회의에 출석한 청구법인의 대리인 OOO 세무사는 청구법인의 경우 부동산 매매 및 임대업을 주로 하는 대표이사 1인 회사로서, 부동산의 매매나 임대는 대부분 그 부동산이 소재하는 지역의 공인중개사사무소에서 이루어지는데, 경기도 용인시 일대에는 청구법인 소유의 부동산이 없어서, AAA가 DDD사무소에 갈 일은 거의 없었다고 답변하였다.

(자) 한편, 청구법인은 2023.9.23. 서울특별시 강남구 OOO 소재 이 건 건축물(513.42㎡)과 그 부속토지(200.9㎡, 이 건 건축물을 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 주식회사 FFF에게 OOO원에 매각하였다.

(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 본다.

(가)「지방세법」제13조 제2항 제1호에서 대도시에서 법인을 설립하거나 법인의 본점 등을 대도시 밖에서 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제27조 제3항에서 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립 및 법인의 본점의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점 등의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소 등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다고 규정하고 있다.

또한, 같은 법 시행규칙 제6조에서 “행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장”이란「법인세법」등에 따른 등록 대상 사업장(비과세 또는 과세면제 대상 사업장과 종된 사업장을 포함)으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대,「지방세법」제13조 제2항 제1호에서 규정하고 있는 취득세 중과세 대상 부동산에는 형식적으로 대도시 밖에서 설립하였으나 실질적으로는 대도시 내에서 설립한 것과 다를 것이 없는 법인이 그 설립또는 전입일부터 5년 이내에 취득하는 부동산도 포함하는 것이 대도시 내로의 인구 유입과 경제력의 집중을 막아 지역간의 균형발전을 도모하고자 신설한「지방세법」제13조 제2항의 입법 취지에 부합하는 점(대법원 2006.6.15. 선고 2006두2503 판결, 같은 뜻임),

「지방세법 시행령」제27조 제3항 및 같은 법 시행령 제6조에서 “행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장”이란「법인세법」등에 따른 등록 대상 사업장 등으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있는데,

청구법인의 대표이사인 AAA의 사업 방식(EEE사무소나 쟁점사무소에서 일반인을 상대로 강의 및 컨설팅)이나 청구법인의 복리후생비 사용 내역 및 청구법인 대리인의 진술 등을 고려하면 청구법인이 그 설립일(2020.5.4.)부터 DDD사무소의 임대차계약기간이 만료된 2021.4.27.까지 DDD사무소에 인적(임직원 등) 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업을 행하였다고 보기는 어려운 점,

청구법인은 DDD사무소의 임대차계약기간이 만료(2021.4.27.)된 후인 2021.6.4. 종전 부동산을 취득하였고, 2021.7.26. 이 건 건축물의 신축공사를 착공하여, 2022.6.29. 처분청으로부터 사용승인을 받았으며, 2023.9.23. 이 건 부동산을 주식회사 FFF에게 매각하였음을 볼 때, 종전 부동산의 취득과 이 건 건축물의 사용승인 및 이 건 부동산의 매각과 관련한 사무는 전부 대도시 내에 소재하는 EEE사무소나 쟁점부동산에서 이루어졌다고 보는 것이 타당한 점 등에 비추어,

청구법인은 대도시 내에서 설립 또는 전입한지 5년 이내에 종전부동산을 취득하였다 할 것이므로 처분청이 종전부동산을「지방세법」제13조 제2항 제1호에서 규정하고 있는 부동산으로 보아 그 취득세를 중과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 본다.

(가)「지방세법」제13조 제1항에서「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지를 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다고 규정하고 있다.

(나) 위의 (2)에서 살펴보았듯이 청구법인은 DDD사무소의 임대차계약 기간 만료일(2021.4.27.) 후 대도시 내에 있는 EEE사무소로 사실상 전입하여, EEE사무소에서 본점 업무를 수행하다가 2022.6.29. 이 건 건축물을 신축한 후 쟁점부동산으로 본점을 이전하여, 쟁점부동산을 본점으로 사용하였다고 보는 것이 타당하다.

(다) 따라서, 처분청이 쟁점부동산을「지방세법」제13조 제1항에서 규정하고 있는 본점용 부동산의 신축으로 보아 그 취득세를 중과세한 처분도 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항,「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2021.12.28. 법률 제18655호로 개정된 것)

제6조[정의] 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

19. “중과기준세율”이란 제11조 및 제12조에 따른 세율에 가감하거나 제15조 제2항에 따른 세율의 특례 적용기준이 되는 세율로서 1천분의 20을 말한다.

제11조[부동산 취득의 세율] ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

3. 원시취득 : 1천분의 28

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

나. 농지 외의 것 : 1천분의 40

제13조[과밀억제권역 안 취득 등 중과] ①「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하기 위하여 신축하거나 증축하는 건축물을 포함한다)과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다.(단서 생략)

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

⑥ 제1항과 제2항이 동시에 적용되는 과세물건에 대한 취득세율은 제16조 제5항에도 불구하고 제11조 제1항에 따른 표준세율의 100분의 300으로 한다.

제16조[세율 적용] ⑤ 같은 취득물건에 대하여 둘 이상의 세율이 해당되는 경우에는 그중 높은 세율을 적용한다.

(2) 지방세법 시행령(2021.12.31. 대통령령 제32293호로 개정된 것)

제27조[대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준] ③ 법 제13조제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소등”이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소 등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다.(이하 생략)