이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 방송업을 영위할 목적으로 방송법에 따라 대한민국 정부(기획재정부)가 100% 출자하여 설립된 비영리내국법인이고, 고유목적사업인 일반방송사업과 수익사업인 광고방송, 뉴스, 드라마 등 콘텐츠 판매사업을 영위하고 있다.

나. 청구법인은 2019∼2021사업연도에 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인의 AM 라디오 방송 중계시설 등 13개 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 매각하였는데, 쟁점부동산은 고유목적사업에 사용한 유형자산이므로 처분이익을 수익사업과 고유목적사업의 수입금액 비율에 따라 안분하고, 고유목적사업 비율에 해당하는 처분이익 OOO원을 제외하고 해당 사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

＜표1＞ 쟁점부동산 내역

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다. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.3.23.∼2023.6.13. 기간 동안 청구법인에 대한 2019∼2021사업연도 법인세 통합세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점부동산을 2019∼2021사업연도에 매각한 뒤, 이를 「법인세법」 제4조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제3조 제2항 제1호(이하 “쟁점법령”이라 한다)에서 규정한 고유목적사업에 사용한 유형자산으로 보아 법인세를 신고하지 않았는데, 이는 3년 이상 고유목적사업에 계속하여 사용한 것이 아니라는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2024.3.8. 청구법인에게 법인세 2019사업연도분 OOO원, 2020사업연도분 OOO원 및 2021사업연도분 OOO원을 각 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 처분일로부터 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용한 것이 아닌 방치되었으므로 쟁점법령을 적용할 수 없다는 의견이나, 다음과 같은 이유에서 청구법인은 쟁점부동산을 3년 이상 고유목적사업에 ‘사용’한 것으로 보아야 한다.

(1) 쟁점법령의 입법취지 등을 고려하여 합목적적으로 해석하여야 하는데, 쟁점법령의 입법취지는 비영리법인이라고 하여 세법상 부동산 투자가 유리하지 않도록 하고, 상당기간 동안 부동산과 같은 고정자산을 고유목적사업에 직접 사용하도록 유도하기 위함이다. 청구법인은 쟁점부동산을 22∼44년 기간 동안 장기간 보유하면서 고유목적사업 외에 다른 용도로 사용하지 않아 부동산 투자를 하였다고 보기 어렵고, 쟁점부동산은 상업시설이나 주거시설로부터 떨어져 있어 부동산 투자를 할 수도 없으며, 투기할 의도도 없었다. 청구법인은 부동산 투자가 아닌 고유목적사업으로만 직접 사용하였으므로 쟁점부동산 처분일로부터 3년 동안 고유목적사업인 중계소를 운영하지 않았더라도 쟁점법령에서 규정한 ‘사용’한 것으로 보아야 한다.

(2) 쟁점부동산을 처분하기 위해서는 일정한 기간이 필요하므로 고유목적사업에 사용하였다가, 일정기간 처분과정을 거쳐서 처분한 경우도 ‘사용’의 범위에 포함하여야 한다. 부동산을 처분하기 위해서는 일정 기간이 필요함에도 불구하고 처분 과정을 사용의 범위에 포함하지 않는다면 쟁점법령의 취지를 몰각시키게 되고, 납세자에게 불가능을 강요하게 된다. 일반적인 부동산과 달리, 청구법인은 쟁점부동산의 매각시기를 결정할 수 없다. 쟁점부동산은 중계소로 사용되었는데, 중계소의 폐소 여부는 방송통신위원회가 결정하고, 매각 금액과 방식도 법령에서 정하는 방법을 따라야 한다. 이를 거치기 위해서는 처분 과정에서 상당한 시간이 소요되므로 쟁점부동산을 처분하기 위해 이용하지 않았다는 이유로 쟁점법령을 적용하지 않는 것은 부당하다.

(3) 구체적으로, 송·중계소 등 무선국 폐소를 위해서는 ① 방송통신위원회에 송·중개소 폐소 신고, ② 방송통신위원회가 송·중개소 폐소 여부 검토, ③ 방송통신위원회가 송·중개소 폐소 수리 통보 및 당일 주파수 이용권 반납, ④ 송·중개소 폐소 완료된 토지 처분에 대한 이사회 의결, ⑤ 장비 및 시설 철거, 자산감정평가 및 공개경쟁입찰 등 매각절차 진행의 순서로 진행된다.

(4) 국세청 질의회신(법인46012-3594, 1995.9.21.)에 의하면, ‘고유목적사업에 사용하던 고정자산의 처분 전에 이전함으로써 이전일로부터 처분일까지 일시적으로 고유목적사업에 사용하지 못한 경우에는 처분일 현재 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보는 것’이라고 하였는데, 청구법인도 쟁점부동산의 이전일로부터 처분일까지 일시적으로 고유목적사업에 사용하지 못한 경우이므로 쟁점법령이 적용되어야 한다.

나.처분청 의견

(1) 「법인세법」 제4조 제3항 제5호는 비영리내국법인은 유형자산의 처분으로 인한 수입을 과세하도록 하였고, 유형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우에는 수입에서 제외한다고 규정하였다. 여기서 말하는 ‘처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용’한 경우란 처분일로부터 3년을 소급하여 고유목적사업에 사용하는 경우만을 의미하고, 정당한 사유가 있는 경우에는 달리 본다는 규정을 두고 있지 않으므로 비영리법인이 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지 여부는 고려되어서는 안 된다. 청구법인은 쟁점부동산의 폐소 후에도 방송시설을 운영·관리하여 국가적 비상상황에서 재난방송 등에 대비하고 보안시스템을 유지하며 출장근무 등 업무를 계속하였다고 주장하나, 실제 방송 송출이 불가능하고, 잔존시설만 땅속에 매립된 채 남아있다. 청구법인은 직원이 구체적으로 어떤 업무를 위하여 출장을 하였는지 주장과 증명이 부족하므로 이를 고유목적사업에 직접 사용하였다고 보기 어렵다.

(2) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(OOO). 청구법인은 쟁점부동산을 고유목적사업에 사용하였으나 처분 과정에서 불가피하게 유휴시설이 된 경우에도 쟁점법령이 적용되어야 한다고 주장하나, 쟁점법령의 비과세 요건 중 하나인 ‘고유목적사업에 직접 사용’에 대한 해석은 엄격하게 하여야 하므로 청구법인의 주장은 그 이유가 없다. 만약 청구법인의 주장대로 사용의 개념을 확정한다면 납세자의 의사에 따라 처분시점을 임의로 결정한 가능성이 있고, 다른 납세자들도 매각이 지연되었다는 이유라는 이유로 고유목적사업에 직접 사용하였다고 주장하면서 탈세에 악용될 우려가 있다. 설령, 청구법인의 주장대로 ‘사용’의 개념을 확장해석하더라도 쟁점부동산의 처분은 폐소일로부터 9년 10개월이 걸리는 등 오랜기간 동안 쟁점부동산을 고유목적사업에 사용하였다고 보기도 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산이 「법인세법 시행령」 제3조에 따른 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용된 자산에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제4조(과세소득의 범위) ③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조 제1항에 따른 배당소득

4. 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

(2) 법인세법 시행령

제3조(수익사업의 범위) ② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 “대통령령으로 정하는 수입”이란 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 다음 각 호의 구분에 따른 수입을 말하며, 제1호와 제2호에 모두 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 수입 중 큰 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 본다.

1. 유형자산 및 무형자산의 처분일(「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제25조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우 : 해당 자산의 처분으로 인하여 생기는 수입. 이 경우 비영리내국법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 당시의 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 한다.

(3) 방송법

제43조(설치등) ① 공정하고 건전한 방송문화를 정착시키고 국내외 방송을 효율적으로 실시하기 위하여 국가기간방송으로서 한국방송공사(이하 이 章에서 "公社"라 한다)를 설립한다.

② 공사는 법인으로 한다.

③ 공사의 주된 사무소의 소재지는 정관으로 정한다.

④ 공사는 업무수행을 위하여 필요한 때에는 이사회의 의결을 거쳐 지역방송국을 둘 수 있다.

⑤ 공사의 자본금은 3천억원으로 하고 그 전액을 정부가 출자한다.

⑥ 제5항의 자본금 납입의 시기와 방법은 기획재정부장관이 정하는 바에 따른다.

⑦ 공사는 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

⑧ 제7항에 따른 설립등기와 지역방송국의 설치등기, 이전등기, 변경등기, 그 밖에 공사의 등기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제54조(업무) ① 공사는 다음 각호의 업무를 행한다.

1. 라디오방송의 실시

2. 텔레비전방송의 실시

3. 위성방송등 새로운 방송매체를 통한 방송의 실시

4. 방송시설의 설치·운영 및 관리

5. 국가에 필요한 대외방송(국제친선 및 이해증진과 문화·경제교류 등을 목적으로 하는 放送)과 사회교육방송(외국에 거주하는 한민족을 대상으로 민족의 동질성을 증진할 목적으로 하는 放送)의 실시

6. 「한국교육방송공사법」에 의한 한국교육방송공사가 행하는 방송의 송신 지원

7. 시청자 불만처리와 시청자 보호를 위한 기구의 설치 및 운영

8. 전속단체의 운영·관리

9. 방송문화행사의 수행 및 방송문화의 국제교류

10. 방송에 관한 조사·연구 및 발전

11. 제1호부터 제10호까지의 업무에 부대되는 수익사업

② 국가는 제1항 제5호에 해당하는 업무에 대하여 보조금을 지원할 수 있다.

③ 공사는 이사회의 의결을 거쳐 제1항 각호에 해당하는 업무 또는 이와 유사한 업무를 행하는 법인에 대하여 그 자본금의 전부 또는 일부를 출자할 수 있다.

(4) 전파법

제22조(주파수 사용승인 및 무선국 개설허가의 유효기간) ① 제18조의2 제3항에 따른 주파수 사용승인의 유효기간은 10년 이내의 범위에서, 제19조 제1항에 따른 무선국 개설허가의 유효기간은 7년 이내의 범위에서 대통령령으로 각각 정하며, 그 기간이 끝나면 재승인이나 재허가를 할 수 있다.

② 제1항에도 불구하고 「선박안전법」, 「어선법」 또는 「수상레저기구의 등록 및 검사에 관한 법률」에 따라 선박에 의무적으로 개설하여야 하는 무선국(이하 "의무선박국"이라 한다)이나 「항공안전법」에 따라 항공기 또는 경량항공기에 의무적으로 개설하여야 하는 무선국(이하 "의무항공기국"이라 한다)의 개설허가 유효기간은 무기한으로 한다.

③ 제1항에 따른 승인이나 허가의 유효기간은 다음 각 호에서 정한 날부터 기산한다.

1. 주파수 사용승인은 제18조의2 제3항에 따라 주파수 사용승인을 받은 날

2. 무선국 개설허가는 제24조 제3항 본문에 따른 검사증명서를 발급받은 날. 다만, 제24조의2 제1항 각 호에 따른 무선국의 개설허가는 그 허가를 받은 날로 한다.

④ 제1항에 따른 재승인이나 재허가의 절차와 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제25조의2(무선국의 폐지 및 운용 휴지) ① 시설자가 무선국을 폐지하려고 하거나 무선국의 운용을 1개월 이상 휴지하려는 경우 또는 1개월 이상 운용을 휴지한 무선국을 재운용하려는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 과학기술정보통신부장관에게 신고하여야 한다. 다만, 지상파방송사업을 위한 방송국 시설자의 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 방송통신위원회에 신고하여야 한다.

② 시설자가 무선국의 폐지를 신고한 때에는 그 허가 또는 개설신고에 따른 효력은 소멸된다.

(5) 방송통신발전 기본법

제40조의3(재난방송등 수신시설의 설치) ① 「도로법」 제2조 제1호에 따른 도로, 「도시철도법」 제2조 제3호에 따른 도시철도시설 및 「철도의 건설 및 철도시설 유지관리에 관한 법률」 제2조 제6호에 따른 철도시설(마목부터 사목까지의 시설은 제외한다)의 소유자·점유자·관리자는 터널 또는 지하공간 등 방송수신 장애지역에 제40조 제1항에 따른 재난방송 등 및 「민방위기본법」 제33조에 따른 민방위 경보의 원활한 수신을 위하여 필요한 다음 각 호의 방송통신설비를 설치하여야 한다. 이 경우 국가는 예산의 범위에서 설치에 필요한 비용의 전부 또는 일부를 보조할 수 있다.

1. 「방송법」 제2조 제1호 나목에 따른 라디오방송의 수신에 필요한 중계설비

2. 「방송법」 제2조 제1호 라목에 따른 이동멀티미디어방송의 수신에 필요한 중계설비

② 방송통신위원회는 정기적으로 제1항에 따른 방송통신설비의 설치 여부 및 수신 상태에 대한 조사를 실시하고 그 결과를 공표하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 방송업을 영위할 목적으로 「방송법」에 따라 대한민국 정부(기획재정부)가 100% 출자하여 설립된 비영리내국법인이고, 고유목적사업인 일반방송사업과 수익사업인 광고방송, 뉴스, 드라마 등 콘텐츠 판매사업을 영위하고 있다.

(나) 청구법인은 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점부동산을 양도하였는데, 쟁점부동산의 이사회 폐소의결일부터 매각의결일까지 1년 미만은 3건, 나머지 10건은 1년 3개월∼1년 7개월이 소요되었고, 쟁점부동산의 폐소일부터 처분일까지 총 9개월∼9년 10개월이 소요되었으며, 처분청이 제시한 자료에 의하면, 쟁점부동산의 토지와 그 지상 건물의 세부내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표2＞ 쟁점부동산 매각 현황

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＜표3＞ 쟁점부동산 세부내역

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(다) 청구법인은 쟁점부동산의 양도로 인한 처분이익을 수입사업과 고유목적사업의 수입금액 비율로 안분하여, 아래 ＜표4＞와 같이 고유목적사업 비율(약 50%)에 해당하는 비수익사업의 처분이익(OOO원)을 비과세소득으로 하여 법인세를 신고·납부하였다.

＜표4＞ 쟁점부동산의 처분이익 계산내역

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(라) 처분청은 청구법인이 비과세소득으로 신고한 쟁점부동산의 처분이익에 대하여 쟁점법령의 비과세요건을 충족하지 못한 것으로 보아, 2024.3.8. 청구법인에게 법인세 2019사업연도 OOO원, 2020사업연도 OOO원, 2021사업연도 OOO원을 각 경정·고지하였다.

＜표5＞ 2019사업연도 법인세 경정내역

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＜표6＞ 2020사업연도 법인세 경정내역

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＜표7＞ 2021사업연도 법인세 경정내역

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(마) 청구법인이 제출한 사진에 의하면, 쟁점부동산의 송신탑의 안테나 설치 부지에는 Radial Earth가 먼저 설치되는데, 송신탑의 높이와 동일한 길이로 5° 간격으로 360° 방사형으로 부지 전체에 매설되었고, 쟁점부동산 중 비아송신소 출입문에 “이곳은 방송 송출을 위한 국가 중요 시설로 출입을 금합니다”라는 문구가 기재되어 있다.

(바) 쟁점부동산의 공매 공고문에 의하면, ‘매각대상 재산은 현황상태로 매각하여, 본 토지의 지상, 지하의 시설물 등의 제거 및 이설로 인해 발생되는 제반문제는 매수자의 부담과 책임으로 처리하는 조건으로 매각한다’고 기재되어 있다.

(사) OOO 토지사용승낙 관련 보고에 의하면, ‘OOO는 2010년 폐소된 후 제대로 관리되지 않고 방치된 상태였다’고, ‘2013년 3월부터 매년 OOO와 사용대차계약을 체결하여 초화류 식재(꽃밭조성) 목적으로 무상 제공’되었다고 기재되어 있으며, 청구법인의 공문에 의하면, 청구법인은 2019.6.27. 이사회 결과로 OOO를 폐소 후 장비 및 시설 철거, 전용회선 폐지 등을 추진하였고, 2019.10.16. 이사회에서는 OOO 등의 부지 및 건물 매각을 결의하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 매각하기까지 방치하여 쟁점부동산은 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용된 자산으로 보기 어렵다는 의견이나, 쟁점부동산의 대부분은 공동주택처럼 시장에서 거래가 활발히 이루어지는 자산이 아닌, 송신소로 사용하던 지방도시의 소규모 토지로 통신시설 등으로 사용되던 것으로 이를 양도하기 위해서는 일정 기간이 소요되는 것이 불가피해 보이는 점, 쟁점부동산을 양도하기 위해서는 고유목적사업인 송신소로서의 사용 중단, 방송통신위원회에 폐소 통보, 이사회 결의 등 쟁점부동산을 양도까지 통상 상당한 시간이 걸리는데, 위 절차는 자산을 매각하기 위한 하나의 절차로 보이고, 폐소가 확정된 날부터 공매 등 처분일까지 기간은 방송시설로 사용된 자산의 처분을 위해 관리하는 기간으로 보이며, 동 자산의 처분을 위한 관리 역시 「방송법」 제14조 제1항 제4호의 ‘방송시설의 관리’에 포함되는 것으로 보이는바, 폐소일 이전에 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용되었고, 처분·관리 기간에 수익사업 등 다른 목적으로 사용된 사실이 없다면 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 볼 수 있는 점, 쟁점부동산 중 OOO의 경우 건물부지는 2012년에 서울특별시 OOO에 매각되었고, 나머지 유수지만이 OOO와 무상사용대차 계약에 따라 공원으로 사용되었으나, 이는 서울특별시에 매각하는 과정(청구법인은 폐소 이전부터 서울특별시와 매각을 협의하였던 것으로 보인다)에서 공익 목적으로 무상사용을 협의한 결과에 불과한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점부동산의 처분이익을 익금에 산입하여 2019∼2021사업연도 법인세를 과세한 처분은 잘못인 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.