쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

예규·판례

쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산...

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심판청구

조심 2025서1513

생산일자 2025-11-24

AI 요약

요지

쟁점거래처를 포함한 여러 업체의 세금계산서가 동일한 IP주소에서 동일인에 의해 발급된 것으로 보이고, 쟁점거래처가 쟁점거래와 관련하여 제기한 심판청구에서 우리 원은 쟁점거래를 가공거래로 판단한 바 있는 등 쟁점거래는 가공거래로 보임

상세내용

이유
1.처분개요

가. 청구법인은 2017년 1월에 개업하여 서울특별시 강남구 OOO에서 일반여행업을 영위한 법인으로 2018.3.31. 폐업하였다.

나. 청구법인은 일명 “OOO”으로 불리는 OOO인 구매대행업자를 모집하여 면세점에 입점한 여행사에 소개시켜 주는 모객용역을 공급하고 그 대가로 송객수수료를 수취하였는데, 2017년 제2기 및 2018년 제1기에 주식회사 A(이하 “A”라 한다) 및 주식회사 B(이하 “B”라 하고, A와 합하여 “쟁점거래처”라 한다)에게 아래 ＜표1＞과 같이 매출세금계산서 4매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 작성·발급하였다.

＜표1＞ 쟁점세금계산서 발급 내역

(단위 : 원)

○○○

다. 처분청은 2024.2.5.부터 2024.10.31.까지 청구법인에 대한 2017년 제2기 부가가치세 세목별 세무조사(이하 “쟁점세무조사”라 한다)를 실시한 결과, 청구법인이 실제로는 쟁점거래처에 모객용역을 공급한 사실이 없음에도 실제 용역을 공급한 것처럼 쟁점세금계산서를 쟁점거래처에 작성·발급한 것으로 보아, 청구법인의 쟁점세금계산서상 공급가액에 해당하는 2017년 제2기 과세표준(OOO원)을 감액하여 경정하고, 「부가가치세법」 제60조 제3항 제1호에 따라 재화나 용역을 공급하지 않고 세금계산서를 발급한 경우에 부과되는 가산세(공급가액의 2%)를 적용하여, 2024.12.2. 청구법인에게 2017년 제2기 부가가치세 OOO원(가산세)을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 대표이사 a은 OOO인 단체 관광객을 가이드하고 쇼핑을 유도하여 수수료를 수취하는 개인가이드 생활을 오래 하였으나, 2015년 메르스사태, OOO인의 개인관광 증가에 따른 단체관광객 감소 및 가이드 간 경쟁심화로 인하여 수입이 감소하자, 직접 관광객을 상대로 영업하여 여행을 알선·소개함으로써 소득을 늘리고자 청구법인을 설립하였다.

이후 2017년 OOO 등으로 OOO 단체관광객이 급감하자 면세점에서는 OOO에서 인기있는 화장품 등의 제품에 대한 프로모션을 강화하기 위해 판매실적과 연동된 모객수수료 인상안을 제시하였고, 청구법인은 기존의 여행업 대신 소위 OOO을 유치하여 송객수수료를 받는 방식으로 사업방식을 바꾸게 되었다.

하지만, 면세점 매출을 늘려 수수료를 더 받기에는 여행사들의 개별적 영업전략으로는 한계가 있고 면세점이 청구법인과 같은 영세 여행사와는 직접 계약을 해주지 않아, 청구법인과 같은 영세 여행사는 면세점과 직접 계약한 상위여행사들과 거래를 할 수 밖에 없다.

이 과정에서 청구법인은 더 많은 OOO을 모객하기 위해 다른 여행사들과 치열한 경쟁을 할 수 밖에 없었으나, 이러한 거래 및 경쟁구조를 알고 있는 OOO들은 자신들에게 유리한 여행사로 쉽게 옮겨갔고, 이를 막고 더 많은 OOO을 유치하기 위하여 청구법인은 수취한 송객수수료 중 일부를 OOO들에게 쇼핑수수료라는 명목으로 지급하였는데, 그 결과 청구법인의 이익은 매출에 비해 낮은 수준에 머물렀다.

(2) 쟁점세무조사는 신의성실의 원칙에 반한다.

(가) 쟁점세무조사와 관련한 그간의 경과를 살펴보면, 청구법인은 2017년 4월 설립한 이래 2018년 3월까지 OOO원의 부가가치세를 전액 납부하는 등 납세의무를 성실히 이행한 법인으로, 2017.10.16. 오전 서울지방국세청 국제거래조사국 세무공무원들이 갑자기 청구법인의 사무실에 들어와 조사를 착수(조사기간 2017.10.16.～2017.12.24., 이하 “당초세무조사”라 한다)하였는데, 같은 날 세무공무원들은 청구법인의 각종 전산자료와 서류 등을 서울지방국세청 사무실로 옮긴 후 세무조사를 진행하였다.

이에 청구법인은 최대한 자료를 제공하고 관련 사실관계 등을 충실히 설명하는 등 원활한 조사진행에 성실히 협조하였고, 그 결과 서울지방국세청장은 청구법인이 2017년 제1기(2017.1.1.～2017.6.30.)에 발급한 세금계산서 중 사실과 다른 것은 없다고 판단하였고, 결국 아무런 과세없이 조사가 종결되어 2018.1.11. 세무조사 결과통지를 받게 되었다.

하지만, 처분청의 쟁점세무조사에서는 청구법인이 2017년 제2기(2017.7.1.～2017.12.31.)에 발급한 세금계산서 중 2017년 7월부터 9월까지 발급분은 정상으로 인정한 반면, 2017년 10월부터 12월까지 발급분은 사실과 다른 거짓세금계산서로 판단하였고, 그 결과 이 건 부가가치세 부과처분을 받게 된 것이다.

(나) 조세법률관계에서 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명한 경우 신의성실의 원칙이 적용되어 그에 반하는 과세관청의 행위는 제한되는데, 신의성실의 원칙은 그 공적견해의 표명 당시 사정이 그대로 유지됨을 전제로 하는 것으로, 사후에 사정변경이 있어서 그 공적견해가 더 이상 납세자에게 신뢰의 대상이 될 수 없는 정도의 특별한 사정이 없는 한 표명된 공적견해에 반하는 과세관청의 처분은 신의성실의 원칙에 반하므로(대법원 2011.5.13. 선고 2008두19659 판결 참조), 서울지방국세청장의 청구법인에 대한 당초 세무조사에서 정상거래로 인정한 쟁점거래처와의 거래에 대하여, 처분청의 쟁점세무조사에서는 재화나 용역을 공급하지 않았다고 보아 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 판단하여 이 건 과세처분을 한 것은, 별다른 사정변경이나 계약 및 거래형태의 변경이 전혀 없음에도 다른 판단을 한 것으로 신의성실의 원칙에 반하는 것에 해당한다.

(다) 특히, 서울지방국세청장의 당초 세무조사는 청구법인의 사무실에 세무공무원들이 사전예고도 없이 들어와 청구법인의 각종 서류 및 심지어 금고까지 열람하여 수거한 자료 등을 서울지방국세청 사무실로 옮겨가서 진행하는 소위 영치조사였고, 이에 청구법인도 성실히 조사에 협조하여 결국 모든 거래가 정상거래로 인정되어 아무런 과세처분을 받지 않았는데, 단지 과세기간만 다를 뿐 거래처, 거래내용 및 거래형태 등이 동일한 처분청의 쟁점세무조사 대상인 쟁점세금계산서 거래에 대해서 실제 거래가 없었다고 판단한 것은 납세자의 신뢰보호에도 명백히 반하는 것에 해당한다.

(라) 위와 같이 서울지방국세청장의 당초 세무조사 결과 청구법인은 이와 동일한 거래에 대해서는 정상거래로 인정받게 된다는 신뢰를 갖을 수 밖에 없는데, 처분청이 이와 다른 결과로 과세처분을 하는 것은 세무행정의 일관성을 저해하는 것으로, 쟁점세금계산서가 사실과 다르다는 것에 대해서 과세처분에 대한 입증책임의 원칙에 따라 처분청이 입증을 해야 하는 것으로 이에 대하여 청구법인에게 입증책임이 전환된다는 것은 성립할 수 없는 것이다.

이에 더하여, 처분청은 쟁점세금계산서가 거짓인 이유가 부가가치세를 탈루하려고 한 것이라고 하고 있으나, 쟁점세금계산서가 거짓이면 오히려 매출세액이 줄어 청구법인에게 환급이 발생하는 이익이 있으므로 이러한 처분청 의견도 잘못된 것으로 보인다.

따라서 처분청이 쟁점세금계산서가 정상이라는 사실을 청구법인이 입증해야 한다고 하나, 상당한 시간이 경과한 현재 관련 직원이 퇴사하였고 자료보관의 어려움 등으로 관련 자료도 충분하지 않으나, 당초 서울지방국세청장의 세무조사에서 충분한 자료와 진술을 하여 정상거래로 인정받은 이상 쟁점세무조사에서도 정상거래가 아니라는 처분청의 입증이 충분하지 않다면 이 건 과세처분도 잘못된 것이라고 보아야 한다.

(3) 청구법인은 실제 관광객을 모집하여 송객하는 용역을 쟁점거래처에 공급하고 송객수수료를 수취하였으므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 것이 아니다.

(가) 청구법인은 거래처인 상·하위 여행사와 독립적 경제주체로서 계약에 따른 역할을 실제 수행하였고, 그 결과에 따라 거래형태에 맞춰 쟁점세금계산서를 발급하였다.

한편, 처분청도 청구법인이 쟁점거래처로부터 대금을 지급받은 금융거래 내역을 확인하였고, 청구법인은 B가 226명의 가이드들에게 지급한 사업소득지급명세서, 모객 목적의 SNS(OOO) 대화내용, 고객운용에 사용된 법인소유차량(7대)의 차량등록증, 면세점·여행사 및 청구법인 사이의 수수료 협의내용과 면세점 전산의 매출자료를 근거로 작성된 송객수수료 정산서 및 이체증빙 등을 제출하였다.

따라서 위와 같이 청구법인이 제출한 자료를 통해 쟁점세금계산서가 거짓이 아님을 충분히 확인할 수 있음에도 이 건 과세처분을 한 것은 부당하다.

(나) 처분청은 2017년 거래분에 대해서 서울지방국세청장의 당초 세무조사 결과와 다른 판단을 하였고, 2017년 제2기 거래분 중에도 정상거래로 판단한 7월～9월 거래와 달리 10월～12월에 해당하는 쟁점세금계산서만 사실과 다른 것으로 판단하였는데, 이는 청구법인이 쟁점거래처에 제공한 모객용역은 2017년 중 동일한 형태와 내용으로 계속 이루어졌음에도 일부 특정거래만 선택하여 실제 거래가 없었다고 판단한 것으로 부당한 처분에 해당한다.

또한, 설령 일부 증빙 등이 미비되었다고 하더라도 거래당사자 사이에 이루어진 전체 거래를 통해 살펴보아 정상거래를 한 것으로 보는 것이 타당함에도 처분청은 일부 의심되는 사정이 있다고 하여 특정기간의 거래를 전부 실제 거래가 없는 것으로 판단하는 잘못을 저질렀다.

(다) 또한 여행업계의 상황과 그간 거래관행에 대한 고려 없이 일부 거래관행이나 증빙내역 등이 다른 업계와 다르다고 하여 실제 거래가 없었다고 단정한 처분청의 판단은 부적절한 것이다.

청구법인은 수시로 변하는 수수료율 등 상황변화가 심한 업계의 특성에 맞춰, 상위여행사와 정규계약서를 작성하는 것보다 그때 그때 실무자간 협의를 통해 계약하는 방식으로 대응하였고, 수수료를 더 많이 주는 여행사로 몰리는 가이드들의 특성에 맞춰 전속용역에 대한 근로계약을 체결할 수 없었기에 계약서 등 관련서류가 일부 미비되었던 것이다.

특히, 수수료율이 비공개되기를 원하는 면세점이나 여행사의 요구에 따라 정식계약을 체결하는 것보다 구두합의로 수수료율을 결정하는 것이 업계의 관행으로 굳어진 점을 고려해야 함에도 처분청은 이를 무시하고 이 건 처분을 한 잘못이 있다.

(라) 그간 실제 거래 없이 세금계산서를 발급하여 거래를 가공으로 만들고 이를 과세관청에게 적발당했던 여행사들은 부가가치세를 체납하거나 폐업한 경우로서 거래증빙을 갖출 수 없는 상황이었다.

청구법인은 그간 거래를 가공으로 만들었던 여행사들과 달리 부가가치세를 성실히 신고·납부한 사업자로, 서울지방국세청장의 당초 세무조사에서 많은 거래증빙을 제출하여 정상거래를 인정받았고 부정한 금융거래나 불특정한 현금수수를 하지 않고 거래사실이 있는 매출에 대응하는 금융거래와 일치하는 세금계산서를 발급한 성실한 사업자이다.

나. 처분청 의견

(1) 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에는 예외적으로 장부와 증빙 등 자료의 제시가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있으므로(대법원 2009.11.4. 선고 2005두16406 판결 참조), 쟁점세금계산서와 관련한 쟁점거래처 등의 불복과정에서 해당 거래가 실재하지 않았다는 점이 상당한 정도로 증명되었기 때문에 예외적으로 청구법인이 쟁점세금계산서가 정상 세금계산서라는 점에 대하여 입증해야 할 것이나, 청구법인은 쟁점세무조사 대상기간인 2017년 제2기에 해당하는 입증자료를 전혀 제출하지 않는 등 이와 관련한 입증책임을 제대로 하지 않았다.

(2) 쟁점세무조사는 신의성실의 원칙을 위반하지 않았다.

(가) 세금계산서는 각 거래별로 발급되는 것으로 특정 세금계산서가 사실과 다른 것인지 여부는 해당 거래로 판단하는 것이지 이와 유사한 다른 거래에 대한 세금계산서가 정상이라고 하여 정상세금계산서라고 판단할 수는 없는 것이므로, 세금계산서의 거짓 또는 정상 여부에 대한 판단은 거래별로 개별판단 해야 하는 것이다.

따라서 서울지방국세청장의 당초 세무조사에서 2017년 제1기 발급분 세금계산서를 정상으로 판단하였다고 하여 이를 2017년 제2기 발급분도 정상이라고 신뢰할 만한 공적견해의 표명이라고 볼 수 없는 것이다.

(나) 한편, 청구법인과 쟁점거래처 사이의 2017년 1월부터 9월까지의 거래와 2017년 10월부터 2018년 3월까지의 거래는 다음과 같은 차이가 있어 청구법인의 이 건 과세처분은 신의성실의 원칙에 반하지 않는다.

우선 2017년 9월까지 B가 최상위 여행사로 면세점으로부터 직접 송객수수료를 수취하였으나, 2017년 10월부터는 A가 최상위 여행사가 되고 B는 그 다음의 차상위 여행사가 되는 변화가 있었고, A와 청구법인 사이의 거래는 2017년 11월 처음 발생하여 두 시기에 거래구조의 중대한 차이가 발생하였다.

다음으로, 금융거래 내역을 보면, 2017년 9월까지 청구법인은 B가 면세점으로부터 정산을 받으면 당일 또는 수일 이내에 원단위까지 정확하게 계산된 수수료를 B로부터 입금받았으나, 2017년 10월부터는 OOO원 단위로 나누어 면세점 정산과 무관한 시기 및 금액으로 입금을 받는 등 금융거래에 상당한 차이가 있었다.

(3) 이 건은 거래처 조사의 심판결과, 대표자 문답, 세금계산서 발행 IP주소 및 금융거래 정황 검토 등을 거쳐 판단한 것으로, 청구법인은 이에 반하는 사실의 입증을 하지 못하였으므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

(가) 서대문세무서장은 2022년 5월부터 12월까지 B에 대한 부가가치세 세목별조사(조사대상기간 2017년 제2기～2018년 제1기)를 실시하여 쟁점세금계산서를 용역이나 재화의 거래없이 수수한 것으로 보고 관련 과세처분을 하였고, B가 이에 불복하여 제기한 조세심판에서 조세심판원은 기각결정(조심 OOO, 2025.2.12.)을 하였고, 강남세무서장은 2019년 1월～10월 및 2021년 11월～12월(재조사) A에 대한 거래질서관련조사를 실시하여 청구법인이 용역이나 재화의 거래 없이 세금계산서를 발급한 것으로 보고 관련 과세처분을 하였고, A는 이에 불복하지 않았으므로, 이 건 과세처분은 쟁점거래처에 대한 세무조사 및 심판결정에 따른 것으로 정당한 처분에 해당한다.

(나) 청구법인 대표이사 a과 B 대표이사 b에 대한 문답을 통해 청구법인과 B는 동일인을 정산담당 직원으로 둔 사실을 확인하는 등 실제 거래 없이 쟁점세금계산서를 수수한 혐의가 매우 높은 사실관계가 확인되었다.

(다) 청구법인은 쟁점세금계산서를 청구법인의 사업장이 아닌 B의 사업장으로 보이는 장소에서, A 등 다른 거래처와 동일한 IP 및 장비를 사용하여 발급하였고, 이는 임의로 세금계산서를 발급하였을 가능성이 높다는 사실을 나타내는 것이어서, 청구법인은 정산내역 등을 제출하여 자신의 주장이 맞다는 점을 입증해야 함에도 아무런 자료를 제출하지 않았다.

(라) 또한 앞서[(2). (나)] 살펴본 바와 같이, 쟁점세금계산서와 관련된 금융거래가 그 전과 달리 OOO원 단위로 나누어 입금되었고, 이 입금액의 사용처도 대부분 상품권 구매에 사용된 사실이 확인되어, B가 세무조사를 받은 후 법인자금을 청구법인을 이용하여 유출하고 이를 청구법인이 매입한 상품권으로 돌려받으려 했을 가능성이 높다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점세무조사가 신의성실의 원칙에 반한다는 청구주장의 당부

② 청구법인은 실제 관광객을 모객하는 용역을 제공하고 그 대가로 송객수수료를 수취하였으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 것으로 본 이 건 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법

제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

(2) 부가가치세법(2017.12.19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것)

제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그 세금계산서등에 적힌 금액을 말한다)의 2퍼센트를 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우

(3) 법인세법

제75조의5(증명서류 수취 불성실 가산세) ① 내국법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 그 받지 아니하거나 사실과 다르게 받은 금액으로 손금에 산입하는 것이 인정되는 금액(건별로 받아야 할 금액과의 차액을 말한다)의 100분의 2를 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다.

제116조(지출증명서류의 수취 및 보관) ① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증명서류를 작성하거나 받아서 제60조에 따른 신고기한이 지난 날부터 5년간 보관하여야 한다. 다만, 제13조 제1항 제1호에 따라 각 사업연도 개시일 전 5년이 되는 날 이전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금을 각 사업연도의 소득에서 공제하려는 법인은 해당 결손금이 발생한 사업연도의 증명서류를 공제되는 소득의 귀속사업연도의 제60조에 따른 신고기한부터 1년이 되는 날까지 보관하여야 한다.

② 제1항의 경우에 법인이 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화나 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아 보관하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드 매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우에는 그 증명서류를 포함한다. 이하 제117조에서 같다)

2. 현금영수증

3. 「부가가치세법」 제32조에 따른 세금계산서

4. 제121조 및 「소득세법」 제163조에 따른 계산서

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2017년 1월 c을 대표이사로 하여 개업하였으나, 2017년 5월 대표이사를 한국계 OOO인인 a로 변경하였다.

(2) 청구법인은 소위 OOO을 직접 모객하여 B 등 면세점에 입점한 여행사에 소개하고 그 대가로 송객수수료를 받는 사업을 영위하면서, 2017년 제1기 공급가액 OOO원, 2017년 제2기 공급가액 OOO원의 매출세금계산서를 발급하였고, 2018.3.31. 폐업하였다.

(3) 청구법인에 대한 서울지방국세청장의 2017년 제1기 부가가치세 세목별 조사는, 그 조사사유로 “2017년 제1기 거래에 있어 세금계산서를 주고받은 사실이 없거나 사실과 다른 신고내용과 실제 거래내용이 일치하지 아니하여 신고의 적정성을 검증”하는 것으로 되어 있고, 조사결과를 요약하면 아래 ＜표2＞와 같으며, 2018.1.11. 세무조사결과 통지를 완료하였다.

＜표2＞ 서울지방국세청장의 2017년 제1기 청구법인 조사결과 요약

(단위 : 원)

○○○

(4) 서대문세무서장이 실시한 쟁점거래처 중 B에 대한 세무조사 및 조세심판결과를 살펴보면 다음과 같다.

(가) 서대문세무서장 세무조사에 대한 종결보고서에 따르면, B는 청구법인의 폐업신고(2018.3.31.) 전날인 2018.3.30.에 쟁점세금계산서 중 위 ＜표1＞의 연번 2, 3번의 세금계산서를 수취한 것으로 나타나며, 해당 기간 중 청구법인의 사업소득 지급내역이 없고, B에서 청구법인으로 대금이 지급되는 즉시 동 금액은 상품권 구입, 국세 납부에 사용되거나 B의 대표이사 b가 대표로 있는 주식회사 C 계좌로 이체된 것으로 나타나, 서대문세무서장은 쟁점세금계산서를 실거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 판단하였다.

(나) 우리원은 위 세무조사에 따른 부가가치세 부과처분에 불복하여 B가 제기한 심판청구를 아래와 같이 이전 세무조사에서 직전 과세기간 (2017년 제1기)에 발급·수취한 세금계산서를 정상으로 판단한 것이 불복대상 세무조사 대상기간(2017년 제2기～2018년 제1기)에 발급·수취한 세금계산서를 정상으로 인정된다는 신뢰할 만한 공적견해의 표명으로 볼 수 없다는 이유 등으로 쟁점세금계산서를 포함하여 불복대상 세금계산서 거래를 실물거래 없이 거래한 사실과 다른 것으로 보아 기각결정(조심 OOO, 2024.6.26.)하였다.

○○○

(5) 강남세무서장이 A에 대해 실시한 세무조사 및 그 심판청구 결과에 따른 재조사에 대한 내용은 다음과 같다.

(가) 강남세무서장이 2019.1.11.～2019.10.23. 기간 동안 쟁점거래처 중 A에 대한 조세범칙조사 종결보고서에 따르면, A가 청구법인으로부터 발급받은 위 ＜표1＞의 연번 1번 쟁점세금계산서와 관련하여, 2017년 10월 B의 매입세금계산서 발행금액 중 일부의 송객수수료가 청구법인으로 발행된 것으로 확인되나, 매입에 대응하는 매출을 특정하지 못하여 사실과 다른 세금계산서(가공)로 확정한다고 되어 있다.

(나) 한편, 위 세무조사에 따른 과세처분에 불복하여 제기된 심판청구에서 우리 원이 재조사 결정(조심 OOO, 2020.9.28.)을 함에 따라, 강남세무서장이 실시한 재조사에 대한 조사종결보고서에 따르면, 쟁점세금계산서와 관련한 부분은 당초 실시한 세무조사와 결론이 동일하였고, B로부터 A가 수취한 세금계산서(2017년 10월～2018년 4월 발급분, 40매, 공급가액 합계 OOO원)에 대하여 다음과 같은 내용이 기재된 것으로 나타난다.

○○○

(6) 청구법인과 B가 전산담당 직원을 동일인으로 두고 있었다고 아래와 같이 청구법인 대표이사 a과 B 대표이사 b가 세무조사 당시 문답한 것으로 나타난다.

○○○

(7) 청구법인은 쟁점세금계산서를 아래 ＜표3＞과 같이 A 등 다른 거래처와 동일한 IP로 발급하였는데, 이에 처분청은 B의 사업장에서 청구법인이 동일한 IP 및 장비를 사용하여 다른 거래처와 함께 쟁점세금계산서를 발급하였다는 의견이다.

＜표3＞ 전자세금계산서 IP 조회내역

(단위 : 매, 원)

○○○

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 이 건에 대하여 다음과 같이 살펴본다.

우선, 쟁점①과 관련하여 청구법인은 당초세무조사 결과와 달리, 쟁점세무조사에서 쟁점세금계산서를 실제 용역의 거래 없이 교부한 세금계산서로 판단하여 부가가치세를 과세한 이 건 과세처분은 신의성실의 원칙에 반한다고 주장하나, 당초세무조사와 쟁점세무조사는 그 조사대상기간이 서로 다르고, 각 세무조사의 조사대상기간 동안 교부된 세금계산서들도 다른 별개의 거래에 대하여 교부된 세금계산서이어서, 당초세무조사 결과가 쟁점세금계산서를 정상 거래에 따라 교부한 세금계산서로 보겠다는 공적견해의 표명이라고 볼 수 없으므로, 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙에 반한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

다음으로, 쟁점②와 관련하여 청구법인은 쟁점세금계산서는 청구법인이 쟁점거래처에 실제 모객용역을 제공하고 교부한 것이므로 이 건 과세처분은 위법하다고 주장하나, 쟁점거래처를 포함한 여러 여행사들이 교부한 세금계산서들과 쟁점세금계산서가 동일한 IP로 발급되었고, 청구법인 대표이사 a과 B 대표이사 b가 두 법인의 세금계산서 발급 및 경리 업무를 동일인(d)이 하였다고 진술한 점, 청구법인과 B의 세무조사 종결보고서에 따르면, 청구법인이 B로부터 수수료를 수취하면 이를 상품권 등을 구입하거나 B 대표이사 b가 대표로 있는 다른 법인(주식회사 C)의 계좌에 입금한 것으로 나타나는 점, 쟁점세금계산서를 교부한 기간 중 청구법인이 OOO에게 사업소득을 지급한 내역이 없는 점, B가 실제 용역의 거래 없이 쟁점세금계산서를 포함한 세금계산서를 수취한 것으로 보고 서대문세무서장이 B에게 한 부가가치세 과세처분에 대하여 B가 불복하여 제기한 심판청구에서 우리 원이 기각 결정(조심 OOO, 2024.6.26.)을 한 점, 쟁점세금계산서를 포함한 세금계산서를 실제 용역의 거래 없이 수취한 것으로 보고 강남세무서장이 A가 부가가치세 부과처분 등에 불복하여 제기한 심판청구에 따른 재조사 결정(조심 OOO, 2021.9.28.)에 따라 실시된 재조사 결과, 쟁점세금계산서에 대한 부분은 당초 처분을 유지하는 것이 타당하다는 조사결과가 불복없이 확정된 점 등에 비추어, 처분청이 실제 용역의 제공 없이 쟁점세금계산서를 교부한 것으로 보고 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.