이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 2022.2.25. 경상남도 양산시 OOO 토지 1,294.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 경매를 원인으로 취득한 후, 같은 날 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
나. 그 후, 청구법인은 쟁점토지의 취득이 「지방세특례제한법」제38조 제1항에 따른 “의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산”으로서 취득세 경감(100분의 30) 대상에 해당하고, 유예기간(1년) 내에 직접 사용(건축물 준공)하지 못한 ‘정당한 사유’가 있다고 주장하며, 2023.6.26. 처분청에 기 신고·납부한 취득세 등의 경정을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.7.17. 이를 거부하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.8.28. 이의신청을 거쳐 2024.1.9. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 「지방세특례제한법」 제178조 제1항에서 정하는 ‘정당한 사유’라고 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고,
납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서, 부동산의 취득 목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2023.8.18. 선고 2022두48721 판결, 대법원 2017.8.18. 선고 2017두42293 판결 등, 같은 뜻임).
(2) 청구법인은 의업을 하는 것을 주된 목적으로 하는 경영 주체가 의업의 비영리성을 손상함 없이 법인 자격을 취득할 수 있도록 마련된 「의료법」의 규정에 따라 시도지사의 인가를 받아 설립된 의료법인으로서 「의료법」상 의료기관 종사자 등의 편의를 위하여 보건복지부령으로 정하는 사업(제49조 등) 외 의료법인이 직접 영위하는 부대사업, 투자 목적의 토지매입이나 건물임대 사업에 제약이 있는 비영리 의료법인이고, 재산에 대한 처분·정관의 변경 또한 그 밖의 서류를 갖추어 주사무소 소재지 관할의 시도지사의 허가를 받아야 하며(제48조 등),
청구법인이 쟁점토지에서 신축하고 있는 A의원 전체가 진단·병리검사 등의 수검 목적의 검사센터로 진행되고, 사실상의 부동산 취득의 목적에 맞추어 건축이 진행되고 있는 사실은 청구법인이 제출한 자료 등에 의하여 입증이 가능하다.
(3) 청구법인이 쟁점토지에 건축 중인 A의원은 진단·병리 검사 등의 의료업 목적의 수검검사센터로 일반 건축물보다 건축물의 용도, 배치, 형태와 검사기기 및 자동화 설비로 차별된 URS, 유틸리티, 설계(진동 및 소음)의 심의·보완 절차 등 필요한 절차를 순차적으로 진행하였으며,
또한, 이 과정 중 2022.6.3. 쟁점토지에 지하수의 유입이 확인되어 긴급 현장답사, 인근 연약지반 침하 사례, 인근 건물 결로, 흙막이 가시설 문제 현장 답사, 지하층 흙막이 관련 대안 협의 등을 진행하였고, 굴착심의 진행 시 처분청 건축조례에 따라 지하 안전성평가 기준에 가까운 기준을 적용하여 설계[흙막이 설계를 겹침 CIP(토압) + JSP(차수압) + 바닥JSP를 적용하여 지하안전성평가 기준에 가까운 기준 적용] 하였다.
이에 따라, 지하 4층부터 지상 4층까지의 내부 건축설계 변경 계획에서 지하 1층부터 지상 5층까지로 변경하고, 지하 주차공간을 대체하기 위해 2022.6.16. 처분청(건축과)과 미팅을 진행하였으며, 지하수 및 연약지반에 대한 토지 기초건축 자문 및 주차장 관련 처분청 조례를 확인하였다.
청구법인은 2022.6.27. 쟁점토지 옆에 소재한 OOO토지를 주차장 대체부지로 추가 매입OOO하여 공사를 신속하게 진행하기 위한 노력을 하였고, 위와 같은 문제들로 토목 기초공사 기간이 8개월 이상 진행되었으며, 이후 지속적인 공사기간 연장(도심지 민원, 지반보강공사 추가, 레미콘 주5일제 시행 및 화물연대 파업, 평년 대비 강우일수 증가 지하층 지장물 및 가시설 간섭 등)에도 쟁점토지를 목적사업에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다 할 것임에도 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
청구법인은 지하 1층부터 지상 5층까지의 A의원을 건축하고자 2022.2.25. 쟁점토지를 취득하였고, 공사기간이 2022.4.1.부터 2024.4.30.까지인 사실이 공사도급계약서 등에 의하여 확인되는바, 청구법인은 쟁점토지에 A의원을 신축하는 기간이 1년 이상 소요될 것을 미리 알 수 있었던 것으로 보이는 점,
청구법인이 쟁점토지를 사용하고자 함에 있어 전혀 예측하지 못했던 법령에 의한 금지나 제한 등의 외부적인 사유나 행정관청의 귀책사유가 달리 확인되지 아니하므로 쟁점토지를 취득하여 1년 이내에 직접 사용(준공)하지 못한 것은 청구법인의 내부적인 사유에 의한 것이라 할 것인 점,
청구법인이 쟁점토지 취득일(2022.2.25.)부터 6개월이 지난 2022.8.31.에 이르러서야 건축물 연면적 등을 확정하는 건축허가를 받은 점,
2022.9.20. 착공신고 하였으나, 청구법인이 처분청에 제출한 공사감리일지에서 2023.4.10. 지하층 터파기공사에 착수되었음이 확인되므로 실제로는 유예기간(1년)이 지난 후에 건축공사에 착공한 것으로 보이는 점,
유예기간(1년)이 7개월이 경과한 2023년 9월말까지도 지상 1층 부분의 기초공사만 진행 중이었던 사실이 확인되는 점 등에 비추어
청구법인은 쟁점토지 취득일부터 1년 이내에 해당 용도로 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다한 것으로 보기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
의료법인이 의료업에 사용하기 위하여 취득한 쟁점토지를 1년 이내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.
(가) 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인(의료법인 OOO)은 의료기관의 설치운영, 지역영세민 구료 및 무의촌 순회진료 등을 목적으로 1991.7.16. 설립된 것으로 나타난다.
＜표1＞ 청구법인 현황(발췌)
○○○
(나) 청구법인은 울산지방법원의 부동산임의경매(OOO)에 참여하여 2022.2.25. OOO 주식회사 소유의 쟁점토지를 낙찰받아 이를 취득(OOO원)한 후, 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.
(다) 청구법인은 쟁점토지상에 A의원의 신축을 위하여 2022.4.1. 아래 ＜표2＞와 같이 건설공사 도급계약 및 기술용역 도급계약 등을 각각 체결한 것으로 나타난다.
＜표2＞ 쟁점토지상 건설공사 도급계약 등 체결 내역(발췌)
○○○
(라) 청구법인은 「의료법」제48조의 규정에 따라 “경기도 용인시 OOO”을 소재지로 하여 2005.2.24. 경기도지사로부터 법인설립허가(제OOO호)를 받았으며, 2022.6.16. 쟁점토지에 양산분사무소 설치(기본재산 증가 보고-토지 1,294.3㎡) 허가(정관변경)를 받은 것으로 나타난다.
(마) 쟁점토지의 전소유자 진주생명공학연구소 주식회사는 2016.4.22. 처분청으로부터 아래 ＜표3＞과 같이 제1종 근린생활시설(의원 등) 신축을 위한 건축허가를 받았으며, 청구법인은 2022.8.31. 아래 ＜표4＞와 같이 건축허가 변경(신축-2차변경)을 받은 것으로 나타난다.
＜표3＞ 쟁점토지상 건축허가 내역(발췌)
○○○
＜표4＞ 쟁점토지상 건축허가 변경 내역(발췌)
○○○
(바) 처분청은 2022.9.23. 청구법인이 제출한 A의원 신축공사의 착공신고를 수리한 후, 청구법인에게 이를 통지하였다(건축과-OOO).
(사) 청구법인이 제출한 “OOO센터 현황보고”의 현황사진 등에 의하면, 2022년 4～6월 기존구조물 철거, 2022년 8월 가설공사 등을 거쳐 2022.9.23. 건축공사에 실제 착공한 것으로 나타나며, 2022년 10～12월 파일공사 및 CIP공사 시작, 2023년 2월부터 SGR, 차수공사 등의 공사를 진행한 것으로 나타난다.
(아) A의원 신축공사의 공사감리일지(토공사, 가설공사 등)를 요약하면, 아래 ＜표5＞와 같다.
＜표5＞ A의원 신축공사 감리일지(요약)
○○○
(자) 청구법인은 2022.2.25. 쟁점토지를 취득하고, 그 지상에 A의원의 신축을 위하여 정상적인 노력을 다하여 왔다고 주장하며, 아래 ＜표6＞과 같은 추진일정 등의 자료를 제출하였다.
＜표6＞ A의원 신축 진행 경과(청구법인 정리)
○○○
(차) 청구법인은 쟁점토지(1,294.3㎡)를 포함한 2,483.5㎡의 토지상에 지하 1층, 지상 5층 규모의 의료시설인 A의원(1,058.47㎡)을 신축하여 2024.7.11. 처분청으로부터 사용승인서를 교부받은 것으로 나타난다.
(카) 청구법인은 2024.8.9. 처분청으로부터 A의원에 대하여 아래 ＜표7＞과 같이 의료기관 개설신고증명서(제OOO호)를 교부받은 것으로 나타난다.
＜표7＞ A의원 의료기관 개설신고증명서(발췌)
○○○
(타) 경상남도지사는 과세전적부심사청구의 조사 등을 위해 2023.9.25. 쟁점토지에 대한 현지출장조사 등을 통해 아래와 같은 사실을 확인한 것으로 나타난다.
＜표8＞ 경상남도지사의 쟁점토지 현지출장조사 보고서(발췌)
○○○
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이에 대하여 살펴본다.
(가) 「지방세특례제한법」제38조 제1항에서는 「의료법」 제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 경감한다고 규정하고 있고,
같은 법 제178조 제1항에서는 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 하면서 그 제1호에서는 “정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우”를 규정하고 있으며,
같은 법 제2조 제1항 제8호에서는 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있다.
(나) 살피건대, 토지를 취득하여 그 지상에 새로운 건축물을 신축하거나 증축하는 건축공사는 원칙적으로 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 직접 사용을 위한 준비행위에 불과하므로 토지를 취득하여 고유업무에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 토지를 고유업무에 직접 사용한 것이라고 볼 수는 없다 할 것이지만, 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 것에 대한 “정당한 사유”가 있는 것으로는 보아야 할 것이고(대법원 2009.3.12. 선고 2006두11781 판결 등 다수, 같은 뜻임),
「지방세특례제한법」등에 의한 “정당한 사유”에는 법령에 의한 금지 제한 등 그 법인 등이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다 할 것이며, “정당한 사유”의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득 목적에 비추어 고유 목적에 사용하는데 걸리는 시간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 취득자가 부동산을 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참착하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인바(대법원 2017.8.18. 선고 2017두42293 판결, 같은 뜻임),
청구법인은 의료업에 직접 사용하기 위하여 2022.2.25. 쟁점토지를 취득한 후, 2022.4.1. 건설공사 도급계약 및 기술용역 도급계약 등을 체결한 것으로 나타나는 점, 청구법인은 2022.8.31. 건축(변경)허가 등을 통해 청구법인으로 건축주를 변경한 후, 2022.9.23. 실제 건축공사에 착공한 것으로 나타나는 점, 청구법인은 위 사실관계 ＜표6＞에 나타난 바와 같이 의료업 건축물(지하 1층 ～ 지상 5층)을 건축하기 위하여 지속적인 노력을 기울인 것으로 보이고, 2024.7.11. 쟁점토지상에 A의원을 신축하여 사용승인서를 교부 받은 것으로 나타나는 점 등에 비추어
청구법인은 쟁점토지를 취득하여 의료업에 직접 사용하기 위하여 정상적이고 진지한 노력을 다하여 온 것으로 보이므로, 청구법인이 쟁점토지 취득일부터 1년이 경과하여 의료업에 사용하였다 하더라도 이는 유예기간 내 의료업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다(조심 2023지4427, 2024.10.14., 같은 뜻임) 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세특례제한법
제2조 (정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다.
제38조(의료법인 등에 대한 과세특례) ① 「의료법」 제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다.
1. 2024년 12월 31일까지 취득세의 100분의 30(감염병전문병원의 경우에는 100분의 40)을, 재산세의 100분의 50(감염병전문병원의 경우에는 100분의 60)을 각각 경감한다.
2. 삭제 ＜2021. 12. 28.＞
제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우