이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.11.5. 경기도 용인시 기흥구 OOO호(이하 “쟁점사업장”이라 한다)에 본점을 두고, 통신판매업·전자상거래업·경영컨설팅업·부동산 매매 및 임대업·부동산 개발업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로,

2024.1.31. ‘임대사업용’으로 서울특별시 광진구 OOO 외 1필지 토지 및 건축물(이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 매매로 취득하고, 과세표준 OOO원 중 주택 부분 OOO원은 「지방세법」 제13조의2에 따른 주택 중과세율(12%)을 적용하여 산출한 취득세 등 111,494,310원을, 주택 이외 부분(이하 “쟁점부동산”이라 한다) OOO원은 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목에 따른 표준세율(4%)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구법인의 사실상 본점을 청구법인의 대표이사인 a의 주소지인 서울특별시 용산구 OOO호(이하 “대표이사 주소지”라 한다)로 보고, 쟁점부동산이 「지방세법」 제13조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에 따라 법인이 대도시 내에서 설립 이후 5년 이내에 취득하는 부동산에 해당한다고 보아, 중과세율(8%)을 적용하여 2025.3.10. 청구법인에게 취득세 등 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 법인의 본점이란 법인의 중추적인 의사결정이 이루어진 장소로서 인적·물적 시설이 갖추어진 장소를 말하는바, 법인의 본점 소재지는 원칙적으로 등기부상 소재지로 하며, 만일 법인의 중추적인 의사결정이 이루어지는 장소로서 인적·물적 시설이 갖추어진 장소가 등기부상 본점 소재지가 아닌 별도의 장소라는 사실은 과세관청이 입증해야 한다.

(2) 청구법인은 컨설팅업과 부동산매매 및 임대업을 운영하고 있고, 해당 업종에서 가장 중요한 업무는 투자대상 부동산에 관한 정보를 얻는 것이며, 이러한 업무는 카페나 강의장 등에서 이루어질 뿐 별도로 상주하는 사무실이 필요하지 않고 가끔 부동산 관련 정보를 교환하거나 회의할 장소가 필요하였을 뿐이다. 청구법인은 고정된 사업장이 꼭 필요하지 않을 뿐만 아니라 고정된 사업장을 임차하게 되면 비용이 과다하게 발생하게 됨에 따라, 본점 사업장으로 비상주 사무실인 쟁점사업장을 정하게 된 것이다.

(3) 처분청은 청구법인의 대표이사가 주소지 인근에 주로 머물며 청구법인의 중추적인 의사결정을 하였을 것이라는 의견이나, 대표이사가 개인사업자로 등록한 사업장은 사업자등록만 하였을 뿐 실질적인 사업을 하지 아니한 채 폐업하였고, 세금계산서 발행 IP주소 위치를 확인해 보아도 대표이사 주소지 근처는 한 군데도 없으며, 대표이사 주소지는 단지 가족과 생활하기 위한 주소일 뿐, 청구법인의 중추적인 의사결정이 이루어지는 장소도 아니고, 주소지에 본점 업무를 수행하는 직원이 근무하지도 않으며, 집기나 비품 등 법인의 업무를 수행하는 데 필요한 물적 시설도 갖춰지지 아니하였는바, 처분청에서 청구법인의 특수성을 고려하지 않고, 청구법인의 본점으로 사용하고 있는 장소를 특정하지도 않으면서 단지 대표이사 주소지를 청구법인의 본점으로 추정하여 취득세를 중과하는 것은 너무나 가혹하다.

나. 처분청 의견

(1) 「지방세법」 제13조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에서는 대도시에서 법인을 설립함에 따라 대도시의 부동산을 취득하는 경우 법인 설립 후 5년 이내에 취득한 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다고 규정하고 있고, 해당 규정은 대도시 내로의 인구 유입에 따른 인구팽창을 막고 대도시의 인구 분산을 기하여 지역 간의 균형적 발전 등을 도모하는 데 그 목적이 있는 것으로서(대법원 2006.6.15. 선고 OOO판결 참조), 법인의 실질적인 업무 기반이 모두 대도시에 있고, 실제 사무 처리도 모두 대도시에서 이루어짐에도 법인등기부상 본점 소재지를 대도시가 아닌 곳에 형식적으로 등재한 경우 그러한 법인의 대도시 내의 부동산 취득에 관하여 취득세를 중과하지 않는다면, 위와 같은 입법취지에 어긋나게 되고, 법인들이 실제의 본점 등을 등기하지 않음으로써 위 제도를 잠탈할 우려가 크다고 할 것이므로, 위 규정상의 대도시 내의 법인 등에 해당하는지는 법인등기부상의 기재와 상관없이 실질적으로 본점 등의 역할을 수행하는 곳을 기준으로 하여 판단하여야 할 것이다(대법원 2012.7.12. 선고OOO판결, 서울고등법원 2022.7.22. 선고 OOO 판결 등 같은 뜻임).

(2) 법인의 본점은 형식적으로 등재된 곳이 아닌 실질적인 업무 기반이 있는 곳이어야 하는바, 청구법인의 경우 대도시 외에 설립된 쟁점사업장에서 기획, 재무, 총무 등 전반적인 사업을 수행하였는지를 확인하기 위하여 쟁점사업장을 방문하였으나, 출입문은 잠겨있고 내부 전등도 꺼진 채 출입하는 인원이 전혀 없으며 입구에 우편함도 보이지 않아, 청구법인의 목적사업을 감안하더라도 언제든 우편물을 받아줄 수 있는 장소에 본점을 둔 것이라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려우며 실제로 처분청에서 발송한 우편물도 우편함에 투함될 뿐 등기우편이 관리인 등에 직접 송달되지 아니하였던 점, 대표이사는 질의 및 답변서와 2024.10.31.자 출장에서 법인 설립 당시부터 비상주 공유오피스 형태로 사업장을 운영하고 있고, 쟁점사업장에 두세달에 한 번 출근하고 출퇴근 당일에 대한 증빙은 없다고 하였으며, 질의 및 답변서의 첨부서류로 제출한 의사록에 본점 회의실에서 이사회를 개최하였다고 작성한 것과는 달리 면담에서는 이 사건 부동산 인근에서 작성하였다고 밝히는 등 청구법인 역시 쟁점사업장은 임직원이 상주하면서 법인의 주된 기능을 수행하는 사무소가 아니라는 점을 인정하였다.

(3) 청구법인은 법인의 본점 소재지는 원칙적으로 법인등기부상 소재지로 하며 만일 법인의 중추적인 의사결정이 이루어지는 장소로서 인적·물적 시설이 갖추어진 장소가 등기부상 본점 소재지가 아닌 별도의 장소라는 사실은 과세관청이 입증해야 한다고 주장하나,

일반적인 과세처분 취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 과세관청이 아닌 상대방이 문제가 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 상대방이 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다 할 것이다(대법원 2002.11.13. 선고OOO 판결 등 같은 뜻임).

이 건의 경우 앞서 본 바와 같이 쟁점사업장은 대도시 내 법인 설립에 따른 부동산 취득 중과세를 회피하기 위하여 형식적으로 등기된 본점으로 봄이 상당한 반면, 청구법인은 부동산 임대업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로 업무 특성상 대표이사가 머무는 장소 어느 곳이든 본점이 될 수 있고 달리 주소지라고 해서 공간의 제약을 받지 아니한 점, 대표이사는 본인의 주소지 인근에 개인사업장을 운영하여 대표이사 주소지 또는 개인사업장에 주로 머물며 중추적인 의사결정을 하였을 것이라 쉽게 추단되는 점, 이 건 부동산 임대차 계약과 관련된 세금계산서 발급 IP주소가 ‘서울특별시 용산구’로 확인되는 점(이 건 부동산 계약 및 취득시기에 발급된 IP주소가 대표이사 주소지 법정동으로 표시됨에도 불구하고 청구법인은 대표이사 주소지 인근에서 IP주소가 한 곳도 나타나지 않는다고 주장) 등에 비추어 처분청이 청구법인의 사실상 본점을 대표이사 주소지로 보아 쟁점부동산의 취득에 대하여 중과세율을 적용하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산의 취득에 대하여 대도시 내 법인 설립 후 5년 이내에 한 부동산 취득으로 보아 중과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2021.11.5. 쟁점사업장에 본점을 두고, 통신판매업, 전자상거래업, 경영컨설팅업, 부동산 매매 및 임대업, 부동산 개발업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, a이 대표이사(1인 사내이사)로 등재되어 있다.

(나) 청구법인은 ㈜A(이하 “임대인”이라 한다)와 부동산임대차 계약을 체결하여 2021.11.2.부터 2025.11.1.까지(매년 새로이 임대차계약서를 작성) 쟁점부동산을 월임대료 OOO원(보증금 없음, 12개월치 선불 지급)에 임차하였고, 특약사항으로 “계약종료시 즉시 사업자등록증의 주소지를 말소 또는 변경하도록 한다”, “계약기간의 연장은 2개월 전에 협의하도록 한다”고 약정하였다.

(다) 세금계산서 발급내역에 따르면 청구법인은 2022년에는 행사대행 매출 OOO원(공급가액), 2023년에는 컨설팅 및 행사대행 매출 OOO원(공급가액), 2024년에는 임대료 매출 OOO원(공급가액)이 발생한 것으로 나타나고, 해당 임대료 매출은 쟁점부동산 임차인에게 쟁점부동산을 임대하여 발생한 것으로 확인된다.

＜표＞ 청구법인의 매출내역

○○○

(라) 처분청이 청구법인의 본점 소재지와 관련하여 조사한 내용은 아래와 같다.

1) 처분청은 2024.9.10. 14:15경 쟁점사업장(청구법인의 법인등기부상 본점 소재지)에 출장하여, 쟁점사업장이 종래 “A비즈센터 용인OOO점”이라는 공유오피스였다가 현재는 스터디, 세미나, 팔순잔치 등 각종 행사를 위해 공간을 대관하는 업체인 “OOO점”으로 변경된 것으로 보이고, 방문 시 대관공간은 잠겨있고 내부 전등도 꺼져 있었다고 출장복명하였다.

2) 처분청은 2024.10.31. 15:00경 쟁점사업장에 재차 출장하여 현장확인을 하고 청구법인의 대표이사인 a과 면담하였으며, 현장확인 결과 쟁점사업장은 공간대여 형태로 이용되고 있는 사업장인 사실을 확인하였고, 임대인의 블로그 등을 통해 쟁점사업장 소재지가 ‘세금 혜택이 있는 비과밀억제권역에서 사업자 등록을 하세요’, ‘비과밀억제권역 왜 중요할까요?’ 등의 문구로 홍보되고 있는 사실을 확인하였다.

3) 처분청은 2024.10.17. 청구법인의 사실상 본점 소재지를 조사하기 위해 서울특별시 용산구 소재 a의 개인 사업장을 출장하여 조사하였으나 폐문 등 사유로 현장조사를 하지 못하였다.

4) 대표이사는 질의답변서(2024.10.30.)를 제출하여 청구법인 운영현황과 관련하여 ① 청구법인의 전체 직원(임원 포함)은 대표이사 1인이고, 상주하는 직원이 없다, ② 청구법인은 법인 설립시부터 계속하여 쟁점사업장에서 운영하고 있고, 대표이사는 두세달에 한 번 정도 쟁점사업장에 방문하여 부동산 시장 및 앞으로의 법인 운영방안 등에 대한 조사를 하였다, ③ 대표이사가 청구법인 발행 주식을 전부 소유하고 있어 주주총회는 개최하지 아니하였고, 최근 지점을 설치하면서 2024.2.2. 이사회를 개최하였으며, 법인 정관, 의사록 등 법인의 주요 서류는 본인의 차량에 보관하고 있다, ④ 청구법인은 부동산 매매업과 이와 관련된 컨설팅 사업을 영위하는 법인으로, 특별히 고정된 사업장이 필요하지 않고 가끔 회의 등 용도로 사용할 수 있는 사무실이 필요하였기에, 임대료가 저렴하고 관련 우편물을 잘 전달해 주며 교통이 편리한 쟁점사업장을 임차하게 되었다.

5) 처분청은 청구법인이 발행한 세금계산서 발급 IP주소를 발췌하여 조회한 결과 ‘서울특별시 용산구 OOO’, ‘서울특별시 용산구 OOO아파트) 등 서울특별시 내에서 발급된 사실을 확인하였고, 그 중 쟁점사업장 소재지에서 발급된 세금계산서는 한 건도 없음을 확인하였다.

(마) 대표이사 a은 청구법인의 법인 설립일(2021.11.5.) 보다 약 일주일 앞서는 2021.10.29.에 대표이사 주소지 인근 서울특별시 용산구 OOO호에서 예술, 스포츠 및 여가 관련 서비스업/정보통신업을 영위하는 것으로 개인사업자 ‘OOO’를 개업하였다가, 2025.1.17. 개인사업자를 폐업하였다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」제13조 제2항 제1호는 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우에 취득세를 중과하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제27조 제3항은 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소등”이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제6조는 위 영 제27조 제3항 전단에서 규정한 “행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장”과 관련하여 「법인세법」 제111조ㆍ「부가가치세법」 제8조 또는 「소득세법」 제168조에 따른 등록대상 사업장으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말하되, 영업행위가 없는 단순한 제조ㆍ가공장소(제1호), 물품의 보관만을 하는 보관창고(제2호), 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장(제3호)을 제외하고 있다.

(나) 처분청은 청구법인이 쟁점사업장에 본점을 두고 설립되었으나 실제로는 대표이사 주소지 등 대도시 내에 사실상 본점을 두고 설립된 법인이므로 쟁점부동산 취득에 대하여 「지방세법」제13조 제2항 제1호에 따라 취득세를 중과하여야 한다는 의견이나,

청구법인은 2021.11.5. 컨설팅업과 부동산매매 및 임대업을 운영하기 위하여 설립된 법인으로, 2022년 및 2023년에 행사대행 매출이 일부 발생하였다는 점에서 처분청은 청구법인의 대표이사가 주소지 인근에 개인사업자 등록을 한 장소에 주로 머물며 중추적인 의사결정을 하였다고 보았으나, 개인사업자로 등록한 사업장은 사업자등록만 하였을 뿐 실질적인 사업이 이루어지지 않았다가 폐업하였고, 대표이사 주소지는 거주를 위한 장소일 뿐 대표이사 주소지에서 청구법인의 중추적인 의사결정이 이루어진 사실이 확인되지 않는 점 등에 비추어, 청구법인이 대도시내에 본점을 두고 설립된 사실을 인정하기 어렵다고 판단된다.

또한, 「지방세법」제13조 제2항 제1호에 따라 법인이 대도시에서 지점, 사무소 또는 사업장을 설치하면서 그 설립·설치 등 이전에 법인의 지점, 분사무소 등의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산 또한 취득세 중과대상에 해당하나, 쟁점부동산은 임대사업용 부동산에 불과하여 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소인 사무소 또는 사업장 등에 해당하지 않고, 청구법인이 달리 쟁점부동산에 인적·물적 설비를 갖추어 부동산 임대업을 영위하고 있다는 사실이 확인되지도 아니한바, 쟁점부동산의 취득이 대도시에서 지점, 사무소 또는 사업장설치에 따른 부동산의 취득에도 해당하지 않는 것으로 보인다.

(다) 따라서 처분청에서 쟁점부동산이 대도시 내에서 법인 설립 이후 5년 이내에 취득하는 부동산에 해당한다고 보아, 취득세를 중과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2022.1.1. 법률 제18544호로 일부개정되기 전의 것)

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

(2) 지방세법 시행령(2021.12.31. 대통령령 제32293호로 일부개정되기 전의 것)

제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소등”이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.

(3) 지방세법 시행규칙(2021.12.31. 행정안전부령 제300호로 일부개정되기 전의 것)

제6조(사무소 등의 범위) 영 제27조 제3항 전단에서 “행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장”이란 「법인세법」 제111조ㆍ「부가가치세법」 제8조 또는 「소득세법」 제168조에 따른 등록대상 사업장(「법인세법」ㆍ「부가가치세법」 또는 「소득세법」에 따른 비과세 또는 과세면제 대상 사업장과 「부가가치세법 시행령」 제11조 제2항에 따라 등록된 사업자단위 과세 적용 사업장의 종된 사업장을 포함한다)으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음 각 호의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조ㆍ가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장