이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 물류단지 개발사업(이하 “이 건 물류단지 개발사업”이라 한다)의 사업시행자로서, 이 건 물류단지 개발사업을 위하여 2021.3.5.～2022.9.30. 기간 동안 경기도 OOO 일대의 토지 및 건물(＜별지1＞ 기재, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득한 후, 그 취득가액을 과세표준으로 하고, 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 가목 및 나목에 따른 세율 등을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 쟁점부동산 중 일부면적이 처분청에 무상으로 귀속하는 조건으로 취득한 공공시설용 부지로 취득세 등의 비과세 대상에 해당하고, 「지방세특례제한법」 제71조 제1항에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하므로 취득세 등 일부를 환급하여야 한다는 취지로 2024.5.22. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.7.18. 경정청구 내용 중 공공시설용 부지에 대한 취득세의 비과세 부분만을 인용하고, 물류단지에 대한 취득세 감면 부분에 대한 경정청구는 거부하여 청구법인이 기납부한 취득세 등 합계 OOO원 중 OOO원을 환급하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 먼저 사실관계를 살펴보면, 청구법인은 2019.8.30. 사업시행자 지정 신청서를 제출한 직후 2019년 11월경부터 사업부지 내 토지 매입을 개시하였고, 사업시행인가를 득한 직후(2021.2.26.)부터 수용 또는 사용 대상 토지 등을 매수하기 위하여 토지소유자 및 관계인과 협의 절차를 진행하였으나, 토지 보상 협의가 이루어지지 않는 경우 「토지보상법」상 수용절차를 진행할 수 있도록 2021.1.20. 동 법에 근거한 보상계획 열람 공고를 게시하였다.

이후 토지 소유자들이 토지 보상 협의를 거부하여 토지 보상 절차가 상당 기간 지연됨에 따라 청구법인은 종전 소유자와의 협의가 성립하지 않은 잔여 사유지에 대해서 2021.12.10. A에 수용재결 신청을 접수하였고, A의 토지 수용 재결(재결일 : 2022.3.21., 수용개시일 : 2022.5.6.) 결정에 따라 공탁금을 납부함으로써 사유지 확보가 완료된 시점(2022.5.4.)에 지체없이 이 건 물류단지 개발사업에 착공하였다.

(2) 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제32조 제1항에서 법인 사업시행자의 경우 사업대상 토지면적의 3분의 2 이상을 매입하여야 토지등을 수용하거나 사용할 수 있다고 규정하고 있는바, 법인 사업시행자는 사업대상 토지의 3분의 2 이상의 소유권을 확보하여야 토지수용위원회에 수용 재결을 신청할 수 있다.

게다가 청구법인이 수용재결을 신청한 시점(2021.12.10.)부터 수용재결을 통한 수용개시일(2022.5.6.)까지 약 5개월의 시간이 추가로 소요된 점 등을 고려하면 토지 취득일로부터 1년 이내에 사업부지 소유권을 1년 이내에 모두 확보하여 사업을 완료하는 것은 사실상 불가능하다.

대법원은 토지 취득일 이후 1년이 경과할 때까지 착공은 물론 건축허가조차 받지 못하였을 뿐만 아니라 부지조성공사도 전혀 개시하지 않은 사실관계에서 쟁점 추징규정의 ‘정당한 사유’의 판단 기준으로 법령에 의한 금지, 제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함해야 한다고 하며, 사업의 규모 등을 고려하여 추진 과정에서 협의 및 입찰 등의 다수의 절차를 거쳐야 하는 일련의 과정 등을 정상적인 노력을 다하더라도 사업이 지연될 수밖에 없는 내부적 사유에 해당한다고 판시하였다(대법원 2023.4.13. 선고 2023두30413 판결).

그리고 조세심판원은 토지 보상협의 및 수용 재결 등의 토지 매수 절차가 단기간에 완료되기 어려운 점을 고려하여 산업단지 조성사업과 관련하여 토지 취득일로부터 3년 내에 조성공사를 착공하지 아니하더라도 「지방세특례제한법」 78조 제1항 단서에 따른 추징 대상에 해당하지 않는다고 판단한 바 있다(조심2021지3150, 2022.12.22.).

B에 따르면 현재 운영중 또는 건설중인 민간 물류단지의 평균 사업기간은 5.9년으로 1년 이내의 사업기간으로 사업을 종료한 물류단지는 단 1건도 존재하지 않는데, 이는 물류단지 사업 규모 및 절차의 특성상 1년 이내에 사업 준공이 사실상 불가능하다는 것을 입증하는 것이다.

위와 같은 사정을 감안할 때, 공익성을 담보한 사업을 수행하는 사업시행자에 대한 세제 혜택차원에서 입법된 물류단지 감면 조항의 적용 여부를 판단할 때 사업 특성을 감안하지 않고 법문 그대로 엄격하게 해석한다면, 세제 지원을 받을 수 있는 곳이 한 군데도 존재하지 않는다는 모순이 발생한다.

따라서 청구법인이 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제27조에 따라 지정된 사업시행자로서 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지를 개발하기 위해 쟁점부동산을 취득하였다는 점이 명확하고, 「지방세특례제한법」 제178조 제1항 제1호에 규정된 추징규정의 적용대상에도 해당되지 않는바, 쟁점부동산의 취득에 대하여 취득세 감면을 적용하는 것이 타당하다.

(3) 만약 청구법인이 쟁점부동산을 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 인정되지 않는다 하더라도, 최소한 이 건 물류단지 개발사업의 토지조성공사 착공시점(2022.5.4.)에는 청구법인이 쟁점부동산을 직접 사용한 것으로 보아야 한다.

조세심판원에서는 「지방세특례제한법」 제71조 제1항에 따른 감면 적용과 관련하여 부동산을 ‘직접 사용’한다는 것은 ‘물류단지 조성 공사를 착공하는 것’이라고 판단하여 취득일 후 1년 내에 착공한 경우에는 추징사유가 발생하지 않는다고 판단한 바 있다(조심 2023지4190, 2022.12.22.).

또한 위 심판례에서는 설령 처분청의 의견처럼 ‘직접 사용’시점을 ‘조성공사의 준공 시점’으로 본다고 하더라도, 민원 발생에 따른 지연은 외부적인 사유에 해당하는 것으로 민원보상협의 등 이를 해결하기 위한 진지한 노력을 하였음이 확인된다면, 취득일 후 1년 내에 직접 사용하지 않은 정당한 사유가 있다고 판단하였다.

위 선결정례에 따르면 취득일 후 1년 내에 착공한 경우에는 추징사유가 발생하지 않는바, 최소한 이 건 물류단지 개발사업의 토지조성공사 착공시점(2022.5.4.)에 이르러서는 쟁점부동산을 직접 사용한 것이 명백한바, 그로부터 1년 전인 2021.5.4. 이후에 취득한 부동산은 「지방세특례제한법」 제71조 제1항에 따른 물류단지 등에 감면 적용대상에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 부동산을 취득한 후 유예기간 내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한 “정당한 사유”라 함은 행정관청이나 법령 등에 의한 금지·제한 등 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 사업에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 사용할 수 없는 내부적인 사유도 포함하는 것으로, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 취득목적에 비추어 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 당해 부동산을 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지의 여부를 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 1998.11.27. 선고 97누5121 판결, 같은 뜻임).

청구법인은 쟁점부동산을 취득하는 과정에서 보상 협의 및 수용 재결 등의 매수 절차의 어려움이 있었다고 하나, 이는 물류단지 개발사업을 추진하기 전에 충분히 예측가능한 사안에 해당되는 점, 그 외에 행정관청의 귀책사유 등 쟁점부동산을 해당 용도로 직접 사용하지 못할 만한 정당한 사유가 있었다고 보이지 않는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청에서 청구법인이 정당한 사유 없이 쟁점부동산을 취득 후 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않은 것으로 보아 한 이 건 경정청구 거부처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

(2) 「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 그 사업에 직접 사용하는 부동산이라 함은 현실적으로 그 사업에 직접 사용되고 있는 것만을 지칭하는 것이고, 단지 사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 것까지 포함한다고 볼 수 없다고 할 것이다(대법원 2002.10.11. 선고 2002두6491 판결 참조).

청구법인은 2022.5.4. 쟁점부동산에 대한 착공이 시작되었으므로 이를 해당 용도로 ‘직접 사용’ 한 것으로 보아야 하나, 이러한 착공 행위는 해당 목적 사업에 직접 사용하기 위한 준비작업으로 보아야 할 것이므로 착공일부터 쟁점부동산을 물류단지 개발사업에 직접 사용했다고 보기는 어려운 점, 이 건 물류단지 개발사업의 준공일이 2024.8.27.인 것이 확인되어 준공일부터 쟁점부동산을 목적사업에 직접 사용하였다고 보는 것이 타당할 것인 점, 청구법인이 취득한 쟁점부동산의 경우 이 건 물류단지 개발사업의 준공일(2024.8.27.)부터 감면 유예기간인 1년 이내에 취득한 부동산이 없는 것이 취득세 신고자료 등을 통해 확인되는 점을 종합하여 볼 때, 쟁점부동산을 해당 용도로 직접 사용한 날은 이 건 물류단지 개발사업의 준공일로 보는 것이 타당할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 물류단지 토지조성공사 착공 시점에 쟁점부동산을 직접 사용한 것으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

② 청구법인이 물류단지 개발을 위하여 취득한 부동산을 취득일로부터 1년 내에 직접 사용하지 않은 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2019.8.30. 경기도지사에게 OOO 물류단지계획 지정 및 실시계획승인 신청서를 제출하였고, 2019.11.29.～2022.9.30. 기간 동안 쟁점부동산을 취득한 후, 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(나) 청구법인은 2021.1.20. 이 건 물류단지 개발사업의 보상계획 열람공고를 하였다.

(다) 경기도지사는 2021.2.26. 이 건 물류단지 개발사업에 대하여 실시계획 승인 고시를 하면서, 청구법인을 이 건 물류단지 개발사업 시행자로 지정하였다(경기도 고시 제2021-5044호).

(라) 청구인은 이 건 사업부지 토지소유자였던 OOO 외 OOO인과의 토지 보상 협의경위서를 제출하였고, 위 경위서에는 토지소유자들과의 면담, 전화 등을 통한 협의 내역이 기재되어 있다.

(마) 청구법인은 2021.12.10. 경기도 C에 수용재결 신청을 하였고, 경기도 C는 2022.3.21. 수용 재결을 하였다(수용 개시일 : 2022.5.6.).

(바) 청구법인은 2022.5.4. 경기도지사에게 이 건 물류단지 개발사업의 착공을 통보하였다.

(사) 청구법인이 제출한 월간 공정보고서 등에 따르면 이 건 물류단지 개발사업의 공정률 변동 내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 이 건 물류단지 개발사업의 공정률 변동 내역

○○○

(아) 청구법인은 이 건 물류단지 개발사업을 완료하여 2024.8.27. 준공인가를 받았다(경기도 공고 제2024-5852호).

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」 제71조 제1항에서 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있다.

한편, 같은 법 제178조 제1항에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서, 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다.

(나) 처분청은 착공 행위는 해당 목적 사업에 직접 사용하기 위한 준비작업으로 보아야 할 것이므로 착공일부터 쟁점부동산을 물류단지 개발사업에 직접 사용했다고 보기는 어렵다는 의견이다.

그러나, 「지방세특례제한법」 제71조 제1항에서 ‘「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산’에 대해서 취득세의 100분의 35를 감면하도록 규정하면서 같은 법 제178조 제1호는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에 취득세를 추징한다고 규정하고 있는바, 위 규정의 문언상 부동산을 직접 사용한다는 것은 ‘물류단지를 개발하는 것’을 의미한다고 할 것이므로 착공 시점에 물류단지를 개발하는 것에 직접 사용한 것으로 보아야 할 것인 점(조심 2023지4190, 2024.8.13., 같은 뜻임) 등에 비추어,

청구법인이 취득한 쟁점부동산 중 2021.5.5. 이후 취득한 부동산들은 취득일부터 1년 내에 해당 용도로 직접 사용한 부동산에 해당하므로, 「지방세특례제한법」 제178조 제1항에 따른 취득세 등의 추징대상에 해당하지 아니하는 것으로 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

처분청은 행정관청의 귀책사유 등 쟁점부동산을 해당 용도로 직접 사용하지 못할 만한 정당한 사유가 있었다고 보이지 않는 점 등을 근거로 이 건 처분은 적법하다는 의견이다.

그러나, 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제32조 제1항에서 일반 법인의 경우 사업대상 토지면적의 3분의 2 이상을 매입하여야 토지등을 수용하거나 사용할 수 있다고 규정하고 있어 수용을 위한 토지 매입에 상당한 시간이 소요될 것으로 보이는 점,

청구법인은 물류단지 개발사업 실시계획이 승인되기 전인 2021.1.20. 이 건 물류단지 개발사업의 보상계획 열람공고를 하였고, 2021.2.26. 이 건 물류단지 개발사업에 대하여 실시계획이 승인 고시되고 청구법인이 이 건 물류단지 개발사업 시행자로 지정된 후, 2021.3.5.～2022.9.30. 기간 동안 쟁점부동산을 취득하였으며, 2021.12.10. 경기도 C에 수용재결 신청을 하였고, 경기도 C가 2022.3.21. 수용 재결을 한 후 청구법인이 2022.5.4. 이 건 물류단지 개발사업에 착공하였으며, 별다른 지연 없이 물류단지 개발사업을 진행하여 2024.8.27. 준공인가를 받았는바, 위의 일련의 과정을 볼 때 청구법인이 이 건 물류단지 개발사업을 위하여 진지한 노력을 다하였다고 보이는 점 등에 비추어,

청구법인이 쟁점부동산을 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 판단되므로, 처분청이 청구법인에게 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 쟁점부동산 명세

○○○

＜별지2＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 일부개정된 것)

제71조(물류단지 등에 대한 감면) ① 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다.

제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부개정된 것)

제71조(물류단지 등에 대한 감면) ① 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지(이하 이 조에서 "물류단지"라 한다)를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2022년 12월 31일까지 경감한다.

제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(3) 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률

제22조(일반물류단지의 지정) ① 일반물류단지는 국토교통부장관이 지정한다. 다만, 대통령령으로 정하는 규모 이하의 일반물류단지는 관할 시ㆍ도지사가 지정한다.

제27조(물류단지개발사업의 시행자) ① 물류단지개발사업을 시행하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 물류단지지정권자로부터 시행자 지정을 받아야 한다.

② 제1항에 따라 물류단지개발사업의 시행자로 지정받을 수 있는 자는 다음 각 호의 자로 한다.

1. 국가 또는 지방자치단체

2. 대통령령으로 정하는 공공기관

3. 「지방공기업법」에 따른 지방공사

4. 특별법에 따라 설립된 법인

5. 「민법」 또는 「상법」에 따라 설립된 법인

제32조(토지등의 수용ㆍ사용) ① 시행자는 물류단지개발사업에 필요한 토지등을 수용하거나 사용할 수 있다. 다만, 제27조 제2항 제5호의 시행자인 경우에는 사업대상 토지면적의 3분의 2 이상을 매입하여야 토지등을 수용하거나 사용할 수 있다.

(4) 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 시행령

제13조(일반물류단지의 지정) ① 법 제22조 제1항 단서에서 “대통령령으로 정하는 규모”란 100만 제곱미터를 말한다.